1A99A

Putrescine receptor (potf) from e. coli
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
341
structure length
341
Chain Sequence
QKTLHIYNWSDYIAPDTVANFEKETGIKVVYDVFDSNEVLEGKLMAGSTGFDLVVPSASFLERQLTAGVFQPLDKSKLPEWKNLDPELLKLVAKHDPDNKFAMPYMWATTGIGYNVDKVKAVLGENAPVDSWDLILKPENLEKLKSCGVSFLDAPEEVFATVLNYLGKDPNSTKADDYTGPATDLLLKLRPNIRYFHSSQYINDLANGDICVAIGWAGDVWQASNRAKEAKNGVNVSFSIPKEGAMAFFDVFAMPADAKNKDEAYQFLNYLLRPDVVAHISDHVFYANANKAATPLVSAEVRENPGIYPPADVRAKLFTLKVQDPKIDRVRTRAWTKVKSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and mutational analysis of the Escherichia coli putrescine receptor. Structural basis for substrate specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
molecule tags Binding protein
source organism Escherichia coli
total genus 126
structure length 341
sequence length 341
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a99A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1a99A02
3TKDA 4MLQA 4M4GA 2YPNA 3PPNA 4OESA 4KCCA 4ZS9A 1MQDA 1GGGA 4M1VA 4F1YA 5DYHA 4YMAA 3S2VA 4IY6A 5KZTA 1JW5A 2GHAA 1FTOA 3TQWA 1FTMA 4OWDA 4TLMB 3HN0A 3MZ9A 3TZAA 1F9BA 3FJGA 4ZZAA 1XVXA 3RN8A 1DTZA 2O7IA 5CC2A 1IITA 4F29A 3IB0A 4ONYA 3E9XA 4KR5A 2F97A 4YKPA 3CIJA 3TEPA 1WVJA 5KDTB 3BKIB 2I0CA 1D4NA 3Q25A 2XXPA 1IXHA 4F2OA 1B05A 2NOOA 2RINA 2Z23A 4EQ9A 1Y20A 5I56A 3VXBA 3H3GA 3Q27A 2OJTA 2XHDA 4XKNA 4EF1A 4R9GA 4GLIA 2H4IA 2VD2A 1O7TA 1D9YA 2OLBA 3ILUB 1S7YA 3KJTA 2ZYKA 4FJPA 1PC3A 3H6VA 4R75A 1B5IA 5BUUA 2PT2A 1FQFA 3U94A 4YKJA 1H45A 1JETA 3EF7A 1Y1ZA 1OQHA 1MXYA 3IOTA 3FVGA 3HHGA 1MRPA 1MXWA 3FJMA 5TU0A 1BKAA 4QFNA 4HTGA 1Y3PA 4F3SA 4IGTA 1QVSA 1EU8A 4PFUA 1B4ZA 1MXVA 5BWJA 1BP5A 5DVFA 2Z22A 4GOTA 3KJ7A 3OO6A 4F22A 1LAXA 2A5SA 3TELA 3TODA 2THIA 4QFKA 1XS5A 2Q88A 1PB8A 1UQWA 2CZLA 1URSA 2XX8A 1P1QA 4ISUA 1A7LA 4FECA 2XXUA 1DTGA 1QUJA 4OFJA 1OVBA 1POY1 3CI8A 1R1NA 5DTBA 3OENA 4UACA 1FQBA 4IB2A 2QRYA 1B3HA 2DVCA 1H43A 1OLCA 4OMBA 1MDP1 5JEIA 2HFBA 3MUQA 5TP9B 2G93A 2H99A 3FIRA 2QJEA 3ZKLA 4IO3A 4NE4A 2ZYOA 3G3GA 4XKRA 4MF3A 5JK4A 4QSEA 1HSLA 1B4HA 4IO4A 3BFUA 3S9MC 2OWSA 4DXBA 2HEUA 4H5GA 3I6VA 3MC2A 4QRZA 2NWJA 2RC9A 4GL8A 1T0KA 4ELOA 1SW5A 2UYEA 3V8XB 2XXRA 5EHMA 5AA2B 2DXRA 2O1LA 1MQHA 4FAJA 4ZECA 3Q26A 2RCBA 2P2AA 5L9MA 2XX7A 1Z7NE 1TT1A 2GFEA 4LZ8A 3ILTB 3OXNA 1NNPA 2UVGA 3M8UA 4KYSA 4U4XA 3VFJA 2VHAA 3EN3A 5CBSA 3OSRA 2NXOA 4WEDA 1UIVA 1UIUA 3A09A 2V3QA 1FW0A 5TP9A 4U23A 1LAHE 3FVKA 4JWYA 3MP8A 3CFXA 1MPBA 1JVYA 3CFLA 1IEJA 1YTVA 4FE8A 4DCYA 1N7WA 4R2FA 4RY1A 2Y84A 4YU0A 5DVIA 3CG3A 3RQTA 1HSEA 1SVXB 2UXAA 1B46A 1Y4TA 1B6HA 5I84A 1VSOA 2R71A 1B7UA 4ZEBA 2RC7A 2IEEA 3UGWA 1B3FA 3N94A 2D5WA 2QS3A 3W9WA 2QS4A 4H6DA 4YZZA 5IAIA 4GF8A 5AA2A 1XHYA 3KN7A 3TTMA 2DSFA 1MXUA 3RLFE 2H98A 4E0WA 3PPPA 1LSTA 1P1NA 2UVHA 2HAUA 1N76A 3SERA 3QUFA 4F39A 2PYYA 3KZGA 1D9VA 4LUBA 1XC1A 4OHNA 4MH5A 3T22A 1FCKA 2ALUA 2Q8JA 2ZYMA 1PB9A 3FUZA 3QXMA 4BDQA 1NH7A 5K2YA 2FNCA 3IORA 3TPAA 4OFLA 3QSLA 3IX1A 1DSNA 3FJ7A 1MY0A 4MBPA 1USYE 2PX1A 1B51A 3E13X 3C4MA 1MPCA 4DE8A 4H8IA 2OCUA 3B6QA 3MZ1A 4ZDMA 4G68C 2DWHA 2HQ0A 4IY5A 4H65A 4LP2B 1NL5A 2OBGA 1AH5A 4G68B 1B58A 3USDA 2O1MA 4F18A 3JYRA 3IB2A 1D3KA 1B7ZA 3D4GA 3FXUA 2Y7PA 3PUXE 3MVXA 3H6UA 4RYAA 3MJNA 1POTA 4Z0IA 4QSDA 3DELB 3TCHA 4OFOA 1LB9A 3SEWA 4R6KA 3HHFA 4O3BA 3EHTA 2I4BA 4JB7A 4IO6A 4FEDA 3PPQA 1B5JA 1TXFA 3IJOB 4H8JA 3RNNA 1SYHA 3LSLA 1MDQA 2F78A 1B40A 3T66A 3MVYA 4RK2A 3PMWA 1ZTYA 5HBCA 2RC8A 2VP1A 4PETA 1MH3A 3KN8A 1QW0A 5LOMA 3U92A 2FA7A 4OEUA 4PFWA 3KGCA 3LR1A 4QSCA 2ANJA 1ZJLA 2UVJA 3GLBA 4WEPA 3GXAA 3TTNA 1MS7A 4GD5A 2ABHA 2R9JA 4G68A 4I9DA 4JSDA 4DZ1A 1QJMA 3TCGA 3C33A 3IR1A 4NTLA 1B2HA 1A8FA 2XXVA 5CI5A 4EXLA 4OTEA 5FHOA 4F3PA 3T9XB 1DPEA 3VVEA 1GTKA 3PMVA 3KOSA 5AE4A 1CE2A 3FGSA 3DLNA 1B3LA 5FHMA 3LSWA 2QPQA 4Q30B 4H5FA 3RUMA 1A8EA 3C34A 3CVGA 4KYDA 2V25A 2DWIA 1XT8A 3TDJA 3B6WA 5F1QA 1QUIA 4QF9A 3C32A 3MP1A 1US5A 2H9BA 1LAGE 5ICTA 1VR5A 1SW1A 3U1OA 3I5OA 4Q8RA 2ZNSA 2DVZA 3QAXA 4JWOA 3K01A 1A54A 3C31A 1Y3NA 4GRKA 1PBPA 3OMBA 1Z7ME 4IO5A 4IO2A 2Y7WA 4I8CA 1DOTA 4UA8A 1L5TA 1IZ1A 1ZMGA 1H3DA 2HAVA 1PB7A 3U8QA 3FD3A 1B9JA 4OETA 2XXXA 1N3XA 2ESNA 3S9NC 1RKMA 1M5BA 3K02A 4YICA 4LQ5A 1EH3A 2HXWA 2I6EA 2Q9TA 2QS1A 3UA8A 1OLAA 4YKIA 3VDFA 4IGRA 3UIFA 3GZGA 2VOZA 1NNFA 1PDAA 3IAZA 3RT8A 1I6QA 2X7PA 4U4SA 4RPOA 3U72A 2DE4A 4N07A 2AL5A 2I0BA 1BTJA 3RT6B 3TMGA 3IL1B 1EZPA 2DOJA 3HSTA 3O66A 3H03A 1UTHA 4Q5TA 4ZE8A 3C36A 1MG1A 3EHUA 3OSQA 4G2ZA 3RGYA 4BDLA 4EDPA 5HM4B 1P99A 2ZNTA 2Z8DA 1OIBA 1JEVA 1LGBC 4FIMA 1YCJA 1PBQA 3H6WA 5DEXB 5H8QB 3HO7A 5FTIA 1O63A 4POXA 1MXZA 2V3UA 1HSJA 4IO7A 1SW2A 3ZSFA 3HPIA 3HV1A 2UVIA 2OWTA 4E0XA 4H0WA 2M8CA 3K2DA 4GWOA 3R7XA 2QMWA 2XXIA 1B0LA 3I3VA 3PUZE 2O7UA 4H67A 1O64A 1AMFA 3H4ZA 4XKPA 4EUOA 2V93A 5I58B 1A40A 2B3BA 2DP8A 1DPPA 3OELA 3HCQA 1R9QA 1MH4A 3UK4A 4JDFA 2O6AA 4G8HA 4RXLA 5ICQA 3O29A 4WXJA 3T9VA 1XOCA 1OQGA 1QKAA 1AOVA 1LAFE 5FTHA 3SDFA 4F1VA 3KBRA 4FORA 3O28A 3CFZA 5DEXA 1B0HA 5H8QA 5I57B 3K00A 1B3GA 4XXUA 3TTLA 4LQ2A 4AQ4A 3KSJA 3W15C 1US4A 1MQJA 4P0IA 5M2VA 2V84A 2Q89A 1WDNA 2RKMA 4ZEDA 1H44A 4PE5B 3G7WA 5KCJB 2Z8FA 4U22A 4THIA 2YLNA 2DXYA 4AB6A 1AIVA 4ESWA 2LAOA 4FATA 1WODA 5I58A 2XXYA 4LATA 1JVXA 2AL4A 5ISUA 2F7BA 4U1OA 2O69A 3N6TA 3PUYE 3FASA 1SI1A 3LC8A 1BIYA 1M5FA 4GIZA 2OK2A 2REJA 4OQOA 3A3CA 5CMCA 3MWBA 4AB5A 2F6PA 4U21A 3O6HA 5I57A 3O9PA 3KFMA 3BBRA 2XXWA 4G77A 4JSOA 2XXHA 3DP8A 5AA4B 3TQLA 1NNKA 4DLDA 1IXCA 5CRYA 2QSXA 3O2AA 3BFTA 4C1UA 2CMOA 5L9OA 4XIGQ 5L9SA 3CG1A 1FTKA 2Z8EA 2VD3A 5KCJA 4YAHX 3VVFA 3MAMA 4BDNA 2D21A 4N6PA 3K6XA 4PFTA 3S4UA 2HZKA 1NKXA 4ZE9A 2I4CA 3IO4A 2UYFA 1J1NA 3SEYA 4LZ5A 4ELQA 3S9LC 3K0VA 5B7DA 4XKQA 4O3AA 1MQIA 3E4RA 2DWAA 4ESXA 2QL3A 3UP9A 3VLUA 4EQBA 4NF8B 4G4PA 1JNFA 1SI0A 4BDOA 5AA3A 5EYFA 3IB1A 5AA4A 3VXCA 2ZMBA 3OO7A 4EQ7A 5I59B 4GVOA 4JXIA 4EXKA 4DXUA 3CSGA 4OYVA 4BDMA 1LBBA 3TAJA 3LSXA 4YMBA 3G3KA 3FV1A 3M3FA 4R74A 2F6GA 1SQYA 4KD5A 1FQAA 4C1TA 3C9HA 1JW1A 1IUDA 4OENA 2DE3A 4X9TA 3ONMA 2W7YA 4P0GA 5CMMA 4DXCA 5J1DA 3PV0E 2XX9A 3MVZA 4MFIA 3M3KA 3M3LA 3MBPA 4NF5B 3PPOA 4QFOA 3V5AA 2ZYNA 4GXAA 3CR9A 1FQDA 2Y7IA 1VFDA 3DM0A 2YJPA 2I3VA 3IJXB 2ONRA 5HPQA 3FATA 4NF8A 1NFTA 3G3HA 1M5CA 4YB5A 5CMBA 4RA1A 1B1XA 2I48A 1ZKBA 3K1PA 3ODBA 2B65A 2XD2A 5I59A 5K2XA 3TCFA 4F31B 3TTRA 1URGA 1CB6A 1P1UA 1KWHA 2I58A 3EQ1A 3PD8A 4HCYA 4NEDA 3MPLA 1SBPA 2GHBA 5H8NB 3KG2A 2DE2A 1N04A 1UTHB 3QK6A 1I6BA 3KEIA 3MW0A 1N7XA 3A3UA 3B7DA 3L6HA 4KHZE 1R9LA 2XXQA 3T9UA 2PT1A 3G3FA 1ANFA 1RYXA 4NF6B 3H6TA 1IQ7A 4LA9A 2ZNUA 5I2NB 4OEVA 3PMXA 4NF5A 4ELPA 3UN6A 2H25A 1ZBMA 1ATGA 1QULA 4OERA 4MLVA 5CM6A 3IOUA 4R9FA 1LB8A 1LCFA 3E3KA 3FVOA 2BJJX 2DS9A 2PBWA 4HW8A 4OXVA 4ELRA 3IOVA 4KYEA 3F11A 3P7IA 4WKMA 4HS7A 4TLLB 4Z7EA 4ZZEA 1EZ9A 1MQGA 1ZU0A 2ZXTA 5JTYB 3TFLA 3EHSA 4NWDA 3JV9A 4I1DA 2P0SA 3K4UA 1N84A 4I62A 2QS2A 3L6GA 1IXIA 5H8NA 2DYXA 1LLSA 4QHQA 5F7VA 1MM7A 2V3TA 1P1WA 3RPWA 1I69A 3Q28A 1JQFA 1BLFA 1LBCA 3PUVE 4R72A 3G3IA 2F35A 1QKBA 1RYOA 4NF6A 3MP6A 5I2NA 1URDA 1TFDA 3VV5A 2Y7RA 3SEVA 5DT6A 1ELJA 3T9HB 3OEMA 3VLWA 1H76A 5H8HB 5KDTA 3WAEA 3CSBA 4XTCQ 4X1DA 5CBRA 5A5XB 3FXQA 1GVCA 3PGFA 1MM6A 4YKKA 2NVUB 1USYH 4DDDA 4U1ZA 2PVUA 3OEKA 1SYIA 3B6TA 4BDRA 2D3IA 2I3WA 2P1SA 5FHNA 5JTYA 1Q35A 1GV8A 1NMUA 4GL0A 1FTLA 1OVTA 5H8SA 3TTKA 3QYTA 2F8DA 4LZ7A 5H8FB 4F2QA 1TWYA 4N13A 2F5XA 4P11A 1IIWA 4YB7A 1SDXA 1NH8A 3LBSA 2FYIA 3FV2A 2R6GE 1B5HA 1B52A 4C0RA 3K6UA 1Y4CA 2PMSA 3QIMA 3KSXA 4RK9A 3JZJA 3Q29A 1UTBB 1LFHA 5AA2D 1OMPA 5H8HA 3W9VA 1SD3A 4R73A 3SEXA 1XVYA 3SESA 5CMKA 5A5XA 2VGQA 2F7CA 3ZS6A 1IXGA 4PQJA 4F1UA 1VE4A 2X26A 5AA1A 1JW4A 2G29A 2WKYA 2XD3A 1N3WA 3G3JA 3ZKKA 1PEBA 2RF1A 3MQ9A 1R6ZA 3V89B 2QMXA 5EHSA 4DIGA 4NWCA 2XXTA 5L8DA 1ZIUA 3PPRA 4ZEIA 1EZOA 4PFYA 5TPAB 4JBZA 5H8FA 3GBBA 4Q0CA 3KN3A 2Q2AA 4LONB 3PU5A 5B70A 1P1OA 1S9TA 1S50A 2REGA 4PP0A 3H7MA 5I2KB 3D4CA 4X48A 4R6HA 5IKBA 3OO9A 2O68A 1SW4A 4TQUQ 1UTBA 2DQVA 4L17A 4FEBA 4RJZA 4GFRA 1YAEA 3SKPA 1Y1MA 2RCAA 1LCTA 3T96B 3LUYA 2F7AA 3UORA 4RNSA 2O51A 4GQOA 3KOTA 3RTWB 4G8NA 4R6YA 3V83A 3S9EA 3ECRA 4RPNA 4KFQA 3GBAA 3K1NA 3TUSA 2F34A 3C35A 1MY2A 1AL3A 3OD7A 3IO6A 2NUVA 2GH9A 1A55A 3U93A 3N5LA 3OOAA 3MZBA 1QUKA 1FQCA 5TPAA 4NF4B 3O6GA 2A5TB 3VE1B 4F3GA 2I49A 2OZZA 3MPKA 4QFPA 4QFLA 3DP6A 4BLAA 1MXXA 3EPEA 4TOZA 4KQPA 3RTFB 5ITOA 5I2KA 2GRVA 4ND9A 3PD9A 4F3BA 3N6UA 2IA4A 2ONKE 3K6WA 3R26A 4KI0E 1M5EA 3IOWA 1LFIA 1VFEA 1MPDA 4X1BA 3QUJA 3WAFA 4NMYA 3RY3A 4POWA 3O6IA 1Y9UA 2HZLA 4GXSB 4ZEFA 1LFGA 1M5DA 4O3CA 4K3FA 2E0SA 2KLFA 4KPTA 3H06B 3PUWE 1NNTA 5ELVA 4DCXA 4H1XA 5DVJA 3K6VA 4ZEKA 4EF2A 3LSFB 1GR2A 3R6UA 4JWXA 2H5YA 5ITPA 1YPNA 2O84X 4KCDA 3T93B 1MY4A 1II5A 3N26A 1MY1A 3O97A 3OO8A 4NF4A 4ECFA 2A5TA 4OZ9A 1B7HA 3IK6B 4HCWA 1I6AA 3FZVA 3AXFA 2ONSA 1B3EA 2Q2CA 1FTJA 1B1HA 3VLVA 2DWJA 3FXRA 2X7QA 2HCAA 4R2BA 4U2RA 1FQEA 1Q1KA 2B3FA 2Y7KA 3CRBA 1TFAA 4LVQA 3SETA 2AIXA 3VVDA 4F19A 1JEUA 4YB6A 3MVWA 1DMBA 4OVJA 1N0TA 1Y3QA 1ZLQA 5I56B 1A99A 1MY3A 3DP4A 3TYHA 2E1SA 4G8MA 1B32A 2F36A 3THIA 3SEUA 3FVNA 2AYSA 3K1MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I3EA 3TKDA 4MLQA 4M4GA 2YPNA 3PPNA 4OESA 5LTCA 4KCCA 1K9ZA 4ZS9A 1MQDA 1GGGA 4M1VA 4F1YA 5DYHA 4YMAA 3S2VA 4IY6A 5KZTA 1JW5A 2GHAA 1FTOA 1FPEA 3A29A 3TQWA 1FTMA 4OWDA 4TLMB 3HN0A 3MZ9A 1NUXA 3TZAA 1F9BA 3FJGA 4ZZAA 1XVXA 3RN8A 4MHFA 1NV0A 1DTZA 2FHYA 2O7IA 5CC2A 1IITA 4F29A 3IB0A 4ONYA 2QVRA 3E9XA 4KR5A 2F97A 4YKPA 3CIJA 3TEPA 1WVJA 4MMPA 5KDTB 3BKIB 2I0CA 1D4NA 3Q25A 2XXPA 1IXHA 4F2OA 1JP4A 1B05A 2NOOA 2RINA 4N6DA 2Z23A 4EQ9A 1Y20A 5I56A 3VXBA 3H3GA 3Q27A 2Y5KA 2OJTA 2XHDA 4XKNA 4EF1A 2DDKA 5DW8A 4R9GA 2XWOA 4GLIA 2H4IA 4MNIA 2VD2A 1O7TA 1D9YA 2OLBA 3ILUB 1S7YA 3KJTA 2ZYKA 4FJPA 1PC3A 3H6VA 4R75A 1B5IA 5BUUA 2PT2A 1FQFA 3U94A 4YKJA 1H45A 1JETA 3B50A 3EF7A 1Y1ZA 1OQHA 1MXYA 3IOTA 3FVGA 3HHGA 1MRPA 1MXWA 3FJMA 5TU0A 1BKAA 1K9YA 4QFNA 4HTGA 1Y3PA 4F3SA 4IGTA 1QVSA 4PTKA 1EU8A 4PFUA 1B4ZA 1MXVA 1Q9DA 4OA4A 1BP5A 5BWJA 5DVFA 3MSTA 2Z22A 4N17A 4GOTA 3KJ7A 3OO6A 4F22A 1LAXA 2A5SA 3TELA 3TODA 4G61A 2THIA 4QFKA 1XS5A 2Q88A 1PB8A 1UQWA 2CZLA 1URSA 2XX8A 1P1QA 4ISUA 4HXVA 1A7LA 4FECA 1FJ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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