1B3EA

Human serum transferrin, n-terminal lobe, expressed in pichia pastoris
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
Knots found
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDNYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray crystallography and mass spectroscopy reveal that the N-lobe of human transferrin expressed in Pichia pastoris is folded correctly but is glycosylated on serine-32.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (SERUM TRANSFERRIN)
molecule tags Iron transport
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 330
sequence length 330
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA02
3IK6B 3QUFA 3TFLA 3UP9A 4X9TA 3KOTA 4JWXA 1MXVA 2ZNSA 5KDTA 5TP9A 4U1OA 3KN7A 4G68B 2B65A 4DXUA 3VLWA 3FJMA 4WXJA 3TQLA 3TKDA 3PUYE 3E9XA 5IKBA 1FQCA 2A5SA 3K6WA 2XXIA 3G3HA 3MVZA 2OWTA 4NF8B 5I2KA 3G3FA 1Y20A 1MY2A 2F35A 1FW0A 4X1DA 4OXVA 1A55A 3PPRA 3OEKA 3MQ9A 1R1NA 5HM4B 3WAEA 3K4UA 2ZXTA 3LSXA 3FD3A 5DYHA 3EN3A 2DE2A 1IXCA 3M3KA 5B70A 3TMGA 4QSDA 3FUZA 2I58A 1PBPA 3LUYA 2GRVA 3Q28A 3VE1B 3B6WA 2Y84A 4RPOA 3EPEA 4THIA 4GL8A 1URDA 1UTBA 1B7HA 1DSNA 1B2HA 3U8QA 3KZGA 4EQBA 3MWBA 1NNKA 2UVIA 4ZS9A 1LAFE 4I62A 4QHQA 1NH7A 2DOJA 4R72A 2QMXA 4YMAA 2I49A 4NF6B 3QAXA 4O3BA 1OIBA 3RPWA 1B51A 3S4UA 4EF2A 4NWCA 3QUJA 3H06B 4KCCA 1N84A 3G3IA 4DXCA 3PU5A 1ATGA 5ITOA 3RGYA 3TYHA 1LFIA 4I8CA 3VV5A 3BKIB 2DQVA 4G8HA 3A3UA 3O28A 4OFOA 1LB8A 4PQJA 3PUZE 4RK9A 3DP8A 5ICQA 3SEUA 3FVGA 2RC7A 3OEMA 3IJOB 2I3WA 2RKMA 3CSBA 5I57B 4MLQA 4LATA 3SETA 4JSDA 4PFTA 4G77A 3AXFA 2F7CA 2CZLA 5H8QB 4XKNA 1B5JA 4YB6A 1Y9UA 4HCYA 4GXSB 2QPQA 1B5HA 1LCFA 4NEDA 1QKAA 5H8FA 2DXYA 2QJEA 3K1PA 4H0WA 4AQ4A 3C9HA 1RYXA 4FEDA 1PBQA 2W7YA 1GVCA 1A99A 1FTMA 5KCJA 3TTLA 1LFHA 4P11A 1SW1A 2QS3A 3FGSA 1SW4A 5AE4A 2UYFA 2HAVA 3ZSFA 4RY1A 3B7DA 2R71A 1NNTA 2F34A 3EF7A 1O63A 4ZECA 4LZ8A 4IO3A 1GR2A 5CMCA 1IXIA 3R26A 1Y3QA 5JEIA 5TPAB 2VHAA 1VFEA 3KBRA 1ELJA 1NL5A 3H4ZA 5CRYA 2Y7RA 2QS2A 5FTIA 4EF1A 3PPNA 3TCFA 1H45A 1B6HA 3HV1A 3ZKLA 2F5XA 5AA2B 1CE2A 4ND9A 4ZEIA 4R74A 5L9OA 1MM7A 2RINA 4RA1A 3TDJA 1JVXA 4HW8A 1B9JA 3OELA 1RKMA 4MLVA 1CB6A 2OWSA 5DEXA 1MDQA 3V83A 1JQFA 5F1QA 2A5TB 2OLBA 3CFZA 4F1YA 3O9PA 3MBPA 3LR1A 2P0SA 1MDP1 1JEUA 1D3KA 3FJ7A 3S9LC 2XX9A 3PPPA 3S2VA 4ISUA 1IXHA 4YKIA 4RNSA 2RF1A 4G68A 4MF3A 3O6IA 3VLVA 2R6GE 1P1NA 2O7UA 5I58A 3I5OA 4LZ5A 5CI5A 2XX8A 1Y3PA 1P1QA 3C4MA 3DELB 1B3HA 1XT8A 5DTBA 3N6UA 3DM0A 5EYFA 5H8HB 3JV9A 3IO6A 5CMBA 4EQ7A 1S50A 2XXWA 3TPAA 1JEVA 3MPKA 1B0LA 3D4GA 4GRKA 3O29A 1B40A 4H5GA 4YMBA 4YB5A 4DXBA 1TT1A 1EU8A 3LBSA 2FYIA 4NF5A 4KHZE 3G7WA 1XVYA 4ZEDA 4NF4A 4GD5A 3BBRA 2DWIA 1O64A 1H44A 4F19A 1N7XA 1Y4TA 4ESXA 3RNNA 1N04A 3THIA 3V89B 4GWOA 3RLFE 1QUIA 4ZZEA 2OJTA 3CI8A 4NF6A 3B6TA 4DCYA 2I4BA 1JW4A 1RYOA 3O6GA 4NWDA 1B4ZA 1SW5A 1QUJA 3E3KA 1AIVA 3C33A 3FVOA 3BFUA 2ABHA 5EHSA 3SKPA 5CM6A 4Q8RA 1FQDA 4RPNA 3R6UA 3HHFA 4OEVA 3U72A 1MQJA 5KZTA 1XVXA 1P1WA 3W9WA 1B7UA 4ZE9A 3H6WA 1MG1A 1N0TA 4AB5A 4F2QA 1OQHA 3H03A 2ONSA 3OENA 4TOZA 4F22A 1FQAA 4LUBA 5B7DA 1FTLA 2XXQA 4DCXA 5H8QA 4GIZA 4ZEKA 1DMBA 4LP2B 3H7MA 3QYTA 1I6QA 3I6VA 3IL1B 4LZ7A 3FXUA 1S7YA 2XXTA 3V5AA 4F29A 3RQTA 4XIGQ 3MP1A 4G8NA 4YKKA 3MW0A 2X7QA 3PUWE 4ELQA 1SYHA 1MRPA 1ZTYA 3MVXA 4FIMA 4WEPA 2DVCA 1HSEA 4RXLA 5JTYA 4IGTA 3CG1A 4BDOA 4K3FA 2H4IA 1MY4A 2PMSA 3ECRA 1BP5A 2ZMBA 4FORA 3TUSA 2QMWA 4Z0IA 1SDXA 4QSCA 3L6GA 4YICA 3PPQA 4XTCQ 1NH8A 3Q25A 2ANJA 4ZE8A 1Y1ZA 2YJPA 3GBAA 2P2AA 2VD2A 4HS7A 3K6XA 4JB7A 4KCDA 2B3FA 2PT1A 4FEBA 3GZGA 1BKAA 3FV2A 5BUUA 3RT8A 4UACA 4KYSA 4E0WA 2H5YA 4JWYA 1FTJA 5I2NB 4NTLA 3VFJA 3PV0E 3IOUA 1XHYA 1DPEA 3CFLA 3H6TA 4WKMA 4JDFA 3UA8A 3FJGA 5I59B 4M1VA 2D21A 2DXRA 1SW2A 3SEXA 1PB8A 3TTMA 2Z8EA 3HPIA 4MFIA 1IUDA 3HSTA 2LAOA 3TZAA 3CG3A 5HBCA 3N94A 1JETA 3MUQA 2DE4A 3K6VA 1MXXA 3O97A 3LSLA 3WAFA 2YPNA 3IO4A 3VDFA 2ESNA 1MXWA 2OZZA 1MQGA 4Z7EA 3IJXB 3H6UA 3QXMA 1TWYA 1SVXB 4AB6A 4R9GA 1B58A 4O3AA 2ONKE 2XXPA 4GQOA 3FVNA 4BDNA 3T66A 1UIUA 1R9QA 3N6TA 2I6EA 4U21A 4F39A 4EQ9A 3R7XA 3G3JA 4F31B 3U1OA 3A09A 1H3DA 2I0BA 4O3CA 1KWHA 5AA4A 4IY5A 1AOVA 2O84X 1LBCA 3ILTB 3PD9A 5CMKA 4U4SA 4BDMA 2UVHA 2I3VA 4C0RA 1N7WA 4NE4A 3K01A 5EHMA 1Q35A 3QIMA 3EQ1A 1SD3A 4IO5A 1SI1A 2AL4A 1LBBA 2ZYMA 2NUVA 1FQEA 2O1MA 4POXA 4ZEBA 3RY3A 1WDNA 4QFPA 3TTNA 4R6HA 3CR9A 5ITPA 4HCWA 5F7VA 5I56A 5FHNA 5M2VA 3ONMA 1BLFA 4F3PA 3MZ1A 1N76A 2F78A 3CFXA 3M3LA 2HFBA 2ZYNA 2RC9A 2VOZA 5L9MA 4ECFA 4ZEFA 4R75A 5A5XA 4QFOA 3IX1A 2IA4A 1ZIUA 1OLCA 3TCGA 1UTHA 1ZLQA 2HEUA 2DYXA 5FHOA 1USYE 1B0HA 2OCUA 1T0KA 5TP9B 3O6HA 3MVYA 4GOTA 2QRYA 1YCJA 3FV1A 2NWJA 4Q30B 1H43A 2X26A 1YPNA 3S9EA 1NMUA 5I2KB 1YAEA 4H6DA 3U94A 4N13A 2X7PA 1QJMA 3KJTA 3KN3A 4H65A 3UIFA 5TU0A 3LC8A 1USYH 3L6HA 1IIWA 1ZJLA 3FXRA 2AL5A 4KYEA 1GGGA 4PFYA 3C32A 3RTFB 4DLDA 4JXIA 1LCTA 3MVWA 3LSWA 2O6AA 2GHAA 3OSQA 1B3LA 1MXUA 4IO6A 2VD3A 4LA9A 4BLAA 1MY1A 4GF8A 4EUOA 3MC2A 4U1ZA 1NNFA 3GLBA 4DE8A 3T9HB 4NF8A 1URGA 2AIXA 4BDQA 2GHBA 1GTKA 3T9UA 3M8UA 2DWAA 1B3EA 1YTVA 2O68A 3IORA 3VLUA 1OQGA 4P0IA 2H98A 2RCAA 5FTHA 2V84A 1A54A 4XKRA 5DT6A 3KSJA 5I59A 2Q9TA 3PPOA 5CC2A 1MXZA 2ZYOA 4DIGA 3KG2A 5DVJA 4YB7A 3IOVA 3OD7A 1D9YA 3USDA 2Y7WA 3CVGA 4F18A 2Q8JA 4YZZA 4IB2A 4U23A 1POTA 4YKPA 1SBPA 3MZBA 2RC8A 4GVOA 4HTGA 2DWHA 5AA2D 4YKJA 1MS7A 2DP8A 4QFLA 4FAJA 4RJZA 2KLFA 5H8FB 1PB9A 3T22A 3SEWA 3PGFA 3TCHA 3IOTA 3OSRA 2D5WA 3DP4A 4C1TA 5KCJB 1II5A 1POY1 4C1UA 5ELVA 1B1HA 2YLNA 4G68C 4MH5A 2F8DA 4ELRA 1M5FA 5I57A 3IOWA 4LQ2A 2PYYA 1OMPA 4XKPA 2FNCA 4FE8A 4TLLB 3O2AA 1LSTA 3W9VA 4RK2A 2NVUB 1QW0A 1PEBA 4H5FA 3JYRA 1N3XA 2VGQA 3MP6A 1O7TA 2XX7A 4QFKA 4ZDMA 4BDRA 2GH9A 1HSLA 4OTEA 3GBBA 2Y7IA 1J1NA 1A8FA 2NOOA 2HAUA 4Q0CA 2V25A 1PC3A 1F9BA 2Z23A 4IO4A 4F1UA 2F97A 1S9TA 4U4XA 4IY6A 1OVBA 1LLSA 2DS9A 3OO8A 4OVJA 4XXUA 2XD2A 1OVTA 1WVJA 1P99A 2XXXA 5JK4A 4QRZA 3SDFA 1BTJA 3A3CA 2Z8FA 2HZKA 1SI0A 2H25A 1VR5A 1TFAA 3TEPA 2PBWA 5TPAA 1Z7NE 2XXUA 3G3KA 2XXVA 1R6ZA 3DLNA 4POWA 3IAZA 2M8CA 3E4RA 1XOCA 1PDAA 3B6QA 3OOAA 1OLAA 4G2ZA 1IXGA 3UN6A 1UIVA 1ZKBA 5HPQA 3FVKA 5AA2A 2QL3A 5H8NB 4OESA 5I58B 2REGA 3S9MC 1MH4A 4G8MA 4OENA 4YAHX 1MPBA 4PFWA 3KFMA 2DE3A 4N6PA 4LVQA 3C34A 4TLMB 3IB1A 4QFNA 3V8XB 2Y7KA 4EDPA 2Q88A 1US5A 3EHTA 3MPLA 2A5TA 3TQWA 1EZPA 4KQPA 4OQOA 2Q2AA 5FHMA 1MM6A 2F6PA 2H99A 3K2DA 1MY3A 1NKXA 4WEDA 2HQ0A 4NF5B 3TAJA 3VVFA 4KYDA 4NF4B 2XXYA 3OMBA 1NFTA 3T93B 4GL0A 2RCBA 1D9VA 5AA1A 1EZ9A 2UVJA 4F1VA 3IB2A 3TTRA 3W15C 1JW5A 5H8HA 1I6AA 1EZOA 1LAXA 4YU0A 1VSOA 2H9BA 4R6KA 3PD8A 1GV8A 3FASA 2R9JA 1URSA 1DTZA 2REJA 4JBZA 5IAIA 4PP0A 2VP1A 4X48A 3RUMA 2HCAA 3T9VA 4FJPA 3RN8A 1I69A 2PT2A 1BIYA 2I48A 1IITA 3U93A 4R2FA 2G93A 3OXNA 4X1BA 3K1NA 2Y7PA 3K6UA 2QS1A 4R6YA 2HXWA 4JSOA 4U2RA 3KOSA 2G29A 1FTKA 2P1SA 4F3BA 4UA8A 3OO7A 5L9SA 1DOTA 2ALUA 2DWJA 1PB7A 3CIJA 3KN8A 3KJ7A 3JZJA 1WODA 2GFEA 2IEEA 4LQ5A 4ESWA 2F7BA 5AA3A 5DVIA 4KI0E 1UQWA 4XKQA 4M4GA 3H6VA 3K0VA 4L17A 3O66A 4R9FA 2NXOA 1HSJA 3PMWA 3PUXE 1MPCA 2OK2A 2O69A 4F2OA 3MP8A 3KSXA 1A8EA 1I6BA 4OHNA 2V3UA 4PE5B 3H3GA 4I1DA 4NMYA 1LFGA 1ZBMA 3C31A 3Q26A 1VFDA 3D4CA 3TTKA 1TFDA 1EH3A 5JTYB 5K2YA 4LONB 1ANFA 2ZNTA 1ZMGA 2PX1A 3SERA 5CBSA 1R9LA 4OZ9A 1XS5A 1M5CA 3FXQA 1NNPA 3UK4A 5CBRA 5KDTB 2Z8DA 2ZNUA 1D4NA 3HO7A 3N5LA 1QKBA 5I84A 1US4A 4OYVA 1ZU0A 3T96B 4OETA 2CMOA 3KEIA 3QSLA 2V93A 4OEUA 1Q1KA 1B32A 1MH3A 3K02A 1FCKA 1QVSA 2F36A 4BDLA 1DTGA 5DVFA 4FECA 3ODBA 1AMFA 1XC1A 3QK6A 5CMMA 3IB0A 1MY0A 1B46A 4RYAA 3EHSA 1LB9A 4P0GA 1JW1A 1B1XA 2V3QA 4GXAA 4U22A 1DPPA 1B3FA 3FIRA 2O51A 1LAHE 3T9XB 1B5IA 3PMVA 2Q2CA 3G3GA 3F11A 3P7IA 1UTBB 4KD5A 3TELA 3ZS6A 2O1LA 5BWJA 1FTOA 4DZ1A 4F3SA 1M5BA 5H8NA 1LAGE 2OBGA 4OFJA 2UXAA 4H1XA 5I2NA 4R2BA 3EHUA 3ZKKA 1M5EA 4Q5TA 3PUVE 3IR1A 3HCQA 3MJNA 4H8JA 4R73A 2QS4A 1JNFA 1H76A 4IO7A 3UGWA 4I9DA 3MZ9A 4ZZAA 1Y4CA 3C36A 5LOMA 1IQ7A 1SQYA 1AL3A 2DSFA 1IEJA 1Y1MA 4H67A 3GXAA 2PVUA 4N07A 1B05A 4PFUA 5AA4B 4F3GA 2ONRA 3FATA 4QSEA 3N26A 3VXBA 3KGCA 4IGRA 2D3IA 3K1MA 2I4CA 3VXCA 3CRBA 5ISUA 1Z7ME 4ELPA 4IO2A 3UORA 2E0SA 2E1SA 1QULA 4EXLA 1AH5A 3FZVA 1MQDA 1JVYA 1B4HA 3E13X 2Q89A 3HN0A 4ONYA 3BFTA 4JWOA 2XD3A 3TODA 4OMBA 2F7AA 4QF9A 1L5TA 4OFLA 2HZLA 1VE4A 5J1DA 1B52A 4E0XA 3SESA 1FQBA 1QUKA 5I56B 3Q27A 2O7IA 1M5DA 2V3TA 3S9NC 1A7LA 2XXRA 4H8IA 3OO6A 1TXFA 3CSGA 4MBPA 5H8SA 3HHGA 3C35A 2UVGA 2ZYKA 1MQHA 5A5XB 2AYSA 4KFQA 2Z22A 3RT6B 3M3FA 1LGBC 1Y3NA 3VVEA 2XXHA 3Q29A 1UTHB 1MXYA 4KR5A 3SEVA 4FATA 3PMXA 1MQIA 5ICTA 4GFRA 2BJJX 1N3WA 3VVDA 1FQFA 1A40A 4EXKA 4OWDA 2UYEA 3SEYA 2THIA 3LSFB 1B7ZA 2B3BA 1P1UA 2XHDA 2DVZA 1IZ1A 4GLIA 3I3VA 4DDDA 2F6GA 4PETA 3MAMA 3RTWB 3OO9A 4TQUQ 1MPDA 2FA7A 3K00A 1P1OA 2WKYA 5L8DA 4KPTA 3ILUB 4ELOA 5DEXB 3U92A 1B3GA 2I0CA 4G4PA 5K2XA 4OERA 2QSXA 1SYIA 3DP6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IK6B 3QUFA 3TFLA 3UP9A 1Q9DA 4X9TA 4HE0A 3KOTA 4JWXA 1MXVA 2ZNSA 3B8BA 5KDTA 5TP9A 4U1OA 3KN7A 4G68B 2B65A 4DXUA 2OX3A 3VLWA 3FJMA 1FPIA 4WXJA 2Y5LA 5EYHA 3TQLA 4O8MA 3TKDA 3PUYE 3E9XA 5IKBA 1FQCA 2A5SA 1NV2A 3K6WA 2XXIA 3G3HA 3MVZA 2OWTA 4NF8B 5I2KA 3G3FA 1Y20A 1MY2A 2F35A 1FW0A 4X1DA 4OXVA 1A55A 3PPRA 3OEKA 4QBAA 3MQ9A 1R1NA 5HM4B 3WAEA 3K4UA 2ZXTA 3LSXA 3FD3A 5DYHA 3EN3A 2DE2A 1IXCA 4GWWA 3M3KA 5B70A 3TMGA 4QSDA 3FUZA 2I58A 4JVDA 1PBPA 3LUYA 2XWIA 2GRVA 3Q28A 3VE1B 3B6WA 2Y84A 4RPOA 3EPEA 4THIA 4GX4A 4GL8A 1URDA 1UTBA 1B7HA 1DSNA 2HPGA 1B2HA 1G0IA 3U8QA 3KZGA 4EQBA 3MWBA 1NNKA 2UVIA 4ZS9A 1LAFE 4I62A 4G61A 4QHQA 1NH7A 2DOJA 4R72A 2QMXA 4YMAA 2I49A 4NF6B 3QAXA 4O3BA 1OIBA 3RPWA 1B51A 1NV6A 3S4UA 4EF2A 4NWCA 3QUJA 3H06B 4KCCA 1N84A 3G3IA 4DXCA 3PU5A 1ATGA 5ITOA 3RGYA 3TYHA 1LFIA 1FBGA 4GBVA 4I8CA 3VV5A 3BKIB 2DQVA 4G8HA 3A3UA 3O28A 4NX1A 4OFOA 5EQAA 4PE3A 1LB8A 4PQJA 3PUZE 4RK9A 3DP8A 5ICQA 3SEUA 3FVGA 2RC7A 1D9QA 1FJ9A 2KQZA 3OEMA 3IJOB 2I3WA 2RKMA 3CSBA 5I57B 2QFLA 4MLQA 4LATA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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