1B3EA

Human serum transferrin, n-terminal lobe, expressed in pichia pastoris
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
Knots found
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDNYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray crystallography and mass spectroscopy reveal that the N-lobe of human transferrin expressed in Pichia pastoris is folded correctly but is glycosylated on serine-32.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (SERUM TRANSFERRIN)
molecule tags Iron transport
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 330
sequence length 330
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3eA02
4R9GA 2PMSA 1LCFA 3QSLA 4H0WA 2DYXA 4POXA 4Q30B 4YKIA 3W9VA 2XX7A 4XKQA 4FATA 1JEVA 2Q2AA 2UYEA 1MDP1 3I5OA 3FZVA 2O69A 2DE4A 2QJEA 2ZYNA 3MVYA 2QPQA 3DP6A 2VD3A 1B58A 3ILTB 4LONB 4YKPA 4F2QA 2VGQA 4NMYA 2YLNA 1MRPA 2DOJA 3JV9A 2Z8DA 3DLNA 3SESA 1PEBA 4H5FA 3WAEA 4R6HA 3OD7A 4IO7A 4KI0E 5ICTA 2I58A 3HHFA 4O3BA 4YKKA 5JTYB 1II5A 3LSXA 4FIMA 4F29A 1NKXA 3I3VA 3FVKA 4HW8A 2UVJA 3HSTA 4G8MA 1NH8A 3H03A 3TTKA 3F11A 3N26A 2IEEA 4Z0IA 1IXCA 2A5TB 3KN3A 4P11A 4IY5A 4JWYA 3VLUA 2ONKE 1UIVA 1QKBA 3Q29A 5H8SA 4JBZA 3TYHA 5TP9A 4LZ8A 1B5HA 5I59B 1DTGA 1IIWA 3U1OA 1DOTA 1FTKA 2D21A 3IX1A 3CFXA 3EN3A 3TAJA 4ZS9A 2H4IA 3TELA 1POY1 1FCKA 3C4MA 5CMBA 4U4SA 4OWDA 3FV2A 1MY3A 3DP4A 1LAXA 3Q28A 5AA3A 3UN6A 4GL0A 2ZYKA 1ZLQA 4POWA 2HCAA 4KYDA 4FAJA 4NF8A 2CMOA 1XHYA 2AYSA 2XXRA 4NE4A 3LC8A 3V5AA 4NTLA 5BUUA 3C36A 4FJPA 4XTCQ 1FQBA 5B70A 5A5XA 4R6KA 4O3CA 1P1OA 3PUZE 3IOTA 1MXZA 4EQBA 1XS5A 1B40A 4OENA 3QAXA 2R71A 3T9XB 5AA2A 3V83A 3O6HA 1MG1A 3M3KA 3K6UA 2E1SA 3M8UA 1RYOA 3TFLA 3SEVA 3O6GA 4XIGQ 3SEYA 3CFZA 2LAOA 1UTHA 3FJ7A 2ZMBA 2Q8JA 3OOAA 4GIZA 3K4UA 2V3TA 3QK6A 2DWIA 2RC7A 5CMMA 1HSEA 2DVCA 4X1DA 1FQCA 3VV5A 4ZZAA 5H8HB 2I4CA 4NF6B 2Y84A 4IO3A 3N94A 3FD3A 2Y7RA 4AB5A 1TXFA 2UXAA 3IJXB 4R72A 2G29A 2W7YA 2WKYA 3V89B 3S9EA 5JK4A 1NFTA 3QIMA 1N7WA 3IOUA 1LBBA 1PC3A 3JYRA 3MPKA 4JWOA 3R26A 2QS1A 3FVNA 1WVJA 3B6WA 2Q2CA 2RC8A 2V3UA 2QRYA 3MW0A 4OXVA 4QRZA 4JSOA 2O7IA 3EF7A 4MH5A 2XXHA 3SKPA 1MH4A 3FJGA 1XVYA 2GHBA 4U4XA 4RK9A 1MQIA 2ZNSA 1MPCA 3LSLA 2O51A 4ZZEA 1YAEA 4ELQA 2H99A 3R7XA 3SEXA 4C0RA 2DXYA 3FGSA 4THIA 4YKJA 3OO9A 3RNNA 1R1NA 3CSGA 2XX8A 3MP1A 3IB0A 1EH3A 4FEDA 4RPNA 1FQDA 5KDTA 3MC2A 3G3GA 4QHQA 1B4HA 4RA1A 4LA9A 5DVFA 1IXHA 1QW0A 4F22A 2H98A 2F78A 3OO8A 1FTMA 4Q5TA 1OLCA 4R73A 5HBCA 2OZZA 4P0GA 4R9FA 3K1PA 5DT6A 3K1MA 3LUYA 1B3LA 4YB5A 1B5JA 2ZYOA 1MY4A 4PFUA 1B1XA 4Z7EA 5ITPA 4C1UA 3S4UA 3GXAA 4DE8A 1FW0A 4IO5A 4IY6A 1B52A 3SDFA 3MZ9A 4HS7A 3I6VA 2P0SA 4MBPA 5DYHA 3PUWE 1A99A 5H8NA 4G4PA 3RQTA 1PDAA 4LZ7A 4JB7A 5TP9B 4E0WA 3ECRA 1P1NA 3PGFA 3T96B 2F97A 1CE2A 1SW5A 4H6DA 2AL5A 4O3AA 3IOVA 1UTBA 1A7LA 2XHDA 4EF2A 3SERA 4Q8RA 1JETA 4ZEBA 1MXVA 4UA8A 5LOMA 2VHAA 1LGBC 2QS4A 3KEIA 4NF8B 1TFAA 3KN8A 4G8HA 5FTHA 4HTGA 2XXUA 1LFHA 1B3EA 1TFDA 3A09A 1MDQA 4PE5B 2V84A 4ISUA 4OEUA 3RLFE 1A8FA 5A5XB 1OLAA 1H3DA 1Y4TA 4ELOA 2OCUA 1MPBA 3K0VA 2DE3A 4X1BA 4IGTA 2RC9A 4OVJA 4LP2B 3TTLA 2RKMA 4GFRA 2KLFA 5FHMA 5AA2B 3VLWA 3LR1A 4EXKA 3FV1A 1I6AA 1B05A 1UTHB 2UVIA 3B6QA 5FHNA 3VXBA 1XOCA 1OVTA 5TPAA 2Z8EA 3QUFA 3THIA 3N6UA 1MY0A 1SW1A 2B3BA 4DCXA 4PQJA 4ZECA 1Y20A 4C1TA 3ZKLA 3R6UA 4JWXA 3EQ1A 3TDJA 1LAGE 4QFLA 2X7PA 3IR1A 2QSXA 3TQWA 4AB6A 3TODA 3K02A 3KGCA 3UORA 4F19A 3SEUA 3K6VA 2AIXA 4IB2A 3RN8A 1BIYA 1H43A 2HZKA 3OO6A 1BLFA 1N84A 1M5EA 3KSJA 3T9UA 2YPNA 3DM0A 4OERA 3U94A 1ANFA 4NF4A 3CRBA 1R9LA 1URGA 5CMCA 1MXXA 1Y3QA 4QSEA 3T9HB 3E3KA 4RYAA 4GOTA 1XVXA 4BDLA 1EZ9A 3KSXA 4G68C 2I0CA 3PPQA 1JVXA 1B3HA 1D3KA 2GH9A 1JEUA 5KDTB 1M5DA 1MM6A 2VP1A 4PP0A 2Y7PA 4OETA 1FTLA 1PB7A 4EQ9A 1Y3NA 3BFTA 1JW4A 3SETA 1A55A 4OMBA 5AE4A 4EXLA 1FTJA 1IXIA 1AIVA 2CZLA 4LQ5A 5CBSA 4EQ7A 5I2NA 2O84X 2XXPA 3T93B 1AL3A 4LVQA 3E9XA 3RTWB 5H8FA 4KR5A 4QSCA 3ZS6A 5M2VA 3U93A 1VR5A 4IO4A 3RUMA 1BTJA 1FQFA 2X7QA 1QUIA 3QUJA 1GTKA 4PFWA 1TWYA 5F7VA 1D9YA 3TTRA 1B46A 3KJ7A 3PPOA 5H8NB 4F18A 3KJTA 1LAFE 1MXUA 4RY1A 3FVOA 1N3WA 1GGGA 3MZBA 4H5GA 3C34A 3C35A 4QSDA 3FATA 1GV8A 1MQJA 4F3BA 3E4RA 5DVJA 4QFOA 2F35A 1SYHA 1OMPA 3S9NC 1Y1MA 3MAMA 4GLIA 4OEVA 1UTBB 1SBPA 3FUZA 3HO7A 1WDNA 4GL8A 3TUSA 4BDRA 3VDFA 5I57A 3RPWA 2IA4A 3H6VA 3PV0E 2HZLA 3L6HA 1ZBMA 1MH3A 5I2KA 1UIUA 1BP5A 5L9SA 1MS7A 3U8QA 5H8QA 2OBGA 1DMBA 1Z7NE 1QULA 2I48A 1B3FA 4IO6A 3FVGA 2REJA 4E0XA 2O68A 4BDOA 4F3SA 4RNSA 4GRKA 3H6TA 4DXBA 4WEPA 1OQHA 4MLQA 3OSRA 2XX9A 3IO6A 4I9DA 5L9MA 3MP6A 3IB1A 4BDNA 5CBRA 1P1WA 1N0TA 4YMBA 3MVWA 3A3CA 4ESWA 1JW1A 5TPAB 3H6WA 3O2AA 4I8CA 4P0IA 2OK2A 4ZEDA 1Q1KA 1DPPA 2G93A 3IAZA 1USYH 2ALUA 4XKNA 4DIGA 1R6ZA 4YMAA 3A3UA 2P2AA 4R2FA 3MP8A 3K6XA 1ZJLA 1Y4CA 3WAFA 3B7DA 1H44A 1IEJA 3VVEA 3BKIB 1IUDA 1SVXB 3H06B 1B0HA 2R9JA 1LAHE 5B7DA 1D9VA 2OLBA 1MXWA 3DP8A 2ABHA 1ATGA 2D3IA 2HAUA 3U92A 3MUQA 3RT6B 4NWCA 4DCYA 5CM6A 4NF5A 5ELVA 3M3LA 1Y9UA 1QVSA 3GLBA 5CMKA 2Z22A 4NF4B 2OWTA 4JSDA 4F2OA 1URDA 4PFYA 4H8IA 2B3FA 4R75A 3PUVE 2QL3A 3O29A 1FTOA 4G68A 1SW2A 3KFMA 1B4ZA 3LBSA 5EHMA 2PBWA 4XXUA 4ZE9A 1LLSA 4R6YA 4F31B 5KCJA 1EZOA 2HAVA 4H8JA 3VVDA 3CSBA 3HPIA 1A54A 1J1NA 4DZ1A 1AH5A 1MQHA 2HEUA 4TLMB 2QMXA 4U23A 5EHSA 5L8DA 3Q27A 1NNKA 3OELA 4KCDA 4M4GA 4F1VA 1OIBA 2DXRA 2F7BA 2Y7IA 4N07A 2FNCA 5I2NB 3W15C 3LSFB 5I56A 1QUKA 5CI5A 2AL4A 3PU5A 4R74A 5H8FB 1PB9A 2NUVA 3PMXA 1LB8A 3G3FA 3P7IA 1OVBA 2DQVA 2PT2A 4UACA 4F3GA 4TLLB 3H4ZA 1ZU0A 5IKBA 2OWSA 3H3GA 4Q0CA 5DTBA 1LSTA 3IJOB 2ANJA 1QUJA 3C32A 2XXTA 2XXIA 1I6QA 4GXAA 1B9JA 4M1VA 2O6AA 1YTVA 3T22A 3ILUB 2Z8FA 2THIA 5JEIA 3MBPA 3PD9A 4EUOA 4OYVA 2DSFA 2D5WA 3GBBA 2I6EA 4QFNA 3HCQA 2I3WA 1US4A 4OFJA 1NMUA 3ZKKA 5I57B 1GVCA 4RJZA 4LUBA 1O64A 1FQEA 5ICQA 1B6HA 5I2KB 2UYFA 4FECA 1SW4A 3S2VA 4ZE8A 5H8QB 2I3VA 3CI8A 4PETA 4GF8A 1H76A 4KHZE 1B32A 3C31A 3L6GA 3USDA 1N76A 1P1QA 3MQ9A 2I0BA 1QKAA 4ONYA 3MZ1A 4ECFA 4NWDA 1XC1A 4YICA 3HN0A 2F7CA 2XXVA 5I58A 3HHGA 3UIFA 3CG3A 3KZGA 3FXUA 1B5IA 2Q89A 2F8DA 5EYFA 3G3HA 2ZYMA 1NNPA 1EZPA 3PMWA 3IB2A 2H5YA 4H65A 1GR2A 3UP9A 2X26A 3UA8A 3MVXA 3MWBA 4K3FA 3Q26A 3O97A 4EF1A 2ESNA 2PX1A 1I6BA 4FORA 4L17A 3IORA 2P1SA 4DLDA 1MQDA 3VLVA 1MQGA 4MF3A 4RPOA 4KD5A 3K01A 2DWHA 3IK6B 2XXQA 4X48A 2RF1A 2V3QA 2F6PA 2NVUB 4YZZA 3FXQA 1PBQA 3BBRA 4WXJA 1JNFA 1M5FA 1A8EA 5IAIA 1AOVA 5FTIA 3VXCA 1ZKBA 4NF5B 4YAHX 1B51A 3JZJA 4F39A 2PT1A 1EU8A 4LZ5A 5AA4A 1N7XA 3TZAA 1P99A 3GBAA 4OQOA 2F7AA 2F5XA 2Y7WA 4TQUQ 3S9MC 4OFLA 5AA2D 1B3GA 4ESXA 1YCJA 2XXWA 4KFQA 4G68B 4KYEA 4ZDMA 1M5BA 3QXMA 2NWJA 3CVGA 4OTEA 1Q35A 1LB9A 3RT8A 5KCJB 2UVGA 3TTNA 3VFJA 4XKRA 3Q25A 3OEKA 1MXYA 1PB8A 3GZGA 3EHTA 1YPNA 3FXRA 3OMBA 2RCAA 5BWJA 2DS9A 4U1OA 2Y7KA 2DVZA 4BDMA 4GXSB 2XD3A 4DDDA 1LFGA 4OZ9A 3TPAA 2XD2A 1SQYA 1URSA 3TQLA 3B6TA 2R6GE 3K2DA 5TU0A 2H25A 5I56B 3TTMA 1H45A 4F3PA 2Q88A 1SDXA 1CB6A 4F1YA 5DEXA 2GHAA 3O28A 1POTA 3MPLA 4G2ZA 1RYXA 2DP8A 2DWJA 1R9QA 4ND9A 1MY2A 5ITOA 3T66A 1DSNA 3TKDA 4KPTA 1JW5A 1N04A 3KN7A 1ZTYA 1VFEA 2FA7A 3RGYA 2XXXA 1B2HA 3D4GA 4HCWA 4G77A 4EDPA 5DVIA 1RKMA 4DXUA 1L5TA 3UK4A 1IZ1A 1HSJA 1SI1A 4F1UA 1LBCA 3T9VA 3LSWA 2B65A 4U21A 4U2RA 2Z23A 3G3IA 1JVYA 3MJNA 3FJMA 4AQ4A 4I1DA 4LQ2A 1XT8A 3H7MA 5F1QA 1ELJA 5FHOA 2QS2A 1Z7ME 3CG1A 2GRVA 4WKMA 3S9LC 4BLAA 5K2XA 1UQWA 3BFUA 2OJTA 2YJPA 4XKPA 2QMWA 4WEDA 2PVUA 2VD2A 3K00A 4KCCA 4KQPA 1N3XA 1Y1ZA 1WODA 1SD3A 2Q9TA 4N13A 3OO7A 3HV1A 1TT1A 5I58B 2PYYA 4ZEFA 3KBRA 3PPRA 3FASA 4DXCA 1B1HA 3EHSA 4FE8A 3C9HA 3EPEA 2NXOA 3SEWA 3PPNA 1MPDA 3V8XB 5HM4B 3TCFA 3FIRA 2UVHA 1MY1A 2F36A 4YB6A 4OFOA 2QS3A 2V25A 1US5A 2FYIA 4PFTA 3M3FA 4X9TA 3RTFB 2I49A 3IO4A 3PPPA 3IOWA 5CC2A 5JTYA 4OHNA 1Y3PA 2HXWA 4GWOA 2RCBA 1SI0A 1LFIA 4IO2A 2F6GA 4MLVA 2A5TA 2E0SA 1JQFA 3KOSA 3TCGA 4ZEIA 4YB7A 4NEDA 1M5CA 1S9TA 3ONMA 4GQOA 3ODBA 1PBPA 5CRYA 5I59A 3H6UA 3PMVA 4R2BA 4JDFA 3AXFA 3CIJA 4U22A 3EHUA 3G3JA 4TOZA 2ZXTA 3DELB 3PUXE 4QFPA 4BDQA 3C33A 5AA4B 2DWAA 3TMGA 1KWHA 4N6PA 1ZMGA 5I84A 4GD5A 1I69A 3RY3A 5HPQA 3K6WA 3D4CA 4MFIA 2ZNTA 2O7UA 3K1NA 5KZTA 2HFBA 4KYSA 2ONSA 3OSQA 4U1ZA 1IITA 5K2YA 3KOTA 3ZSFA 2F34A 3VE1B 2HQ0A 1DTZA 4ELPA 1SYIA 3CR9A 1B7UA 4OESA 4YU0A 3G3KA 4H67A 3TCHA 1D4NA 1VFDA 3G7WA 2ONRA 5ISUA 2V93A 2H9BA 1IXGA 4JXIA 3E13X 2XXYA 1DPEA 4ZEKA 1NNFA 3N6TA 3UGWA 3OEMA 3IL1B 2VOZA 1MM7A 2ZNUA 2O1LA 3VVFA 1B7HA 3W9WA 1VE4A 1T0KA 1FQAA 1O7TA 5DEXB 3OENA 4RXLA 2DE2A 1OQGA 2RINA 1S7YA 1QJMA 4QF9A 5J1DA 1NNTA 4FEBA 2A5SA 5L9OA 1NL5A 1LCTA 1AMFA 3TEPA 2M8CA 2NOOA 4LATA 1F9BA 3U72A 5H8HA 4NF6A 1VSOA 3KG2A 2O1MA 3PUYE 3OXNA 1NH7A 2REGA 1B7ZA 3O6IA 3CFLA 1IQ7A 3PD8A 1A40A 5AA1A 1HSLA 3O9PA 1USYE 1B0LA 3MVZA 4H1XA 1S50A 2I4BA 3N5LA 4GVOA 3QYTA 4I62A 1O63A 4RK2A 4G8NA 4ELRA 4IGRA 1BKAA 3O66A 1ZIUA 4QFKA 4HCYA 1P1UA 2GFEA 2BJJX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4R9GA 2PMSA 1LCFA 3A29A 3QSLA 4H0WA 2DYXA 4POXA 4Q30B 4YKIA 3W9VA 2CZKA 2XX7A 4XKQA 3HFUA 4FATA 4MCOA 2QFLA 1JEVA 4N8YA 2Q2AA 2UYEA 1MDP1 3I5OA 3FZVA 2O69A 4OANA 2DE4A 2QJEA 2ZYNA 3MVYA 1LBYA 1NV1A 2QPQA 3DP6A 2VD3A 5EYGA 1B58A 3ILTB 4LONB 4YKPA 4F2QA 2VGQA 4NMYA 2YLNA 1MRPA 2DOJA 3JV9A 2Z8DA 3DLNA 2L5VA 3SESA 1PEBA 1IMEA 1IMBA 4H5FA 1FPEA 3WAEA 4R6HA 3OD7A 4IO7A 4KI0E 5ICTA 2I58A 3HHFA 4O3BA 3LSXA 1II5A 4YKKA 5JTYB 4FIMA 4F29A 1NKXA 3I3VA 3FVKA 4HW8A 2UVJA 3HSTA 3PTYA 4G8MA 4MIJA 1FPDA 1NH8A 3H03A 3RPLA 3B50A 4PFIA 3TTKA 3F11A 1NUYA 3N26A 4HXVA 2IEEA 4Z0IA 1IXCA 4UABA 2A5TB 3KN3A 4P11A 4IY5A 4JWYA 3VLUA 2ONKE 1UIVA 1QKBA 4GX6A 3Q29A 5H8SA 4JBZA 3TYHA 5TP9A 4LZ8A 1B5HA 5I59B 1DTGA 1IIWA 3U1OA 1DOTA 1FTKA 2D21A 3IX1A 3CFXA 3EN3A 3TAJA 4ZS9A 2H4IA 3TELA 1POY1 1FCKA 4NHBA 3C4MA 5CMBA 4JVCA 4U4SA 4OWDA 3FV2A 5F24A 1MY3A 4OVTA 4MHFA 3DP4A 1LAXA 3Q28A 5AA3A 5EQAA 3UN6A 4GL0A 2MKZA 2ZYKA 1ZLQA 4POWA 2HCAA 4KYDA 4FAJA 4NF8A 2CMOA 2WBDA 1XHYA 2AYSA 2XXRA 4NE4A 3LC8A 3V5AA 4NTLA 5BUUA 3C36A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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