1B7ZA

Structure of oxalate substituted diferric mare lactoferrin from colostrum
Total Genus 218
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
218
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of oxalate-substituted diferric mare lactoferrin at 2.7 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LACTOFERRIN)
molecule tags Metal transport
total genus 218
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7zA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7zA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7zA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7zA03
4MBPA 3H7MA 2XXTA 2B65A 5AA2B 2BJJX 3CFXA 4BDQA 4PFTA 4UA8A 3PPNA 4JB7A 4EQBA 5AE4A 3T9VA 4EXKA 1DTZA 2OCUA 1VSOA 4O3CA 3HV1A 1B5HA 4POWA 5I59B 4HTGA 3TELA 2DSFA 3W9VA 4FJPA 4NWCA 2PVUA 4MFIA 3TFLA 3MAMA 5CMMA 3C9HA 4GRKA 2XXVA 2H99A 1MQIA 2DWIA 1B3HA 1LSTA 1SVXB 2THIA 2DS9A 4PFYA 1XS5A 5JK4A 4R2FA 3OXNA 1DTGA 2HZKA 1ZU0A 3KGCA 1KWHA 1N04A 4GFRA 3SETA 5EHMA 2AL5A 4KFQA 3C33A 4BDNA 1MRPA 1A7LA 2FA7A 5K2YA 3IX1A 3PU5A 4WXJA 1UIVA 1L5TA 4E0XA 3QSLA 1AL3A 2RC9A 1TWYA 2XXQA 4RPOA 3OSRA 4JBZA 3RUMA 5I57B 2VD3A 2Q2CA 1ZBMA 4DE8A 3GLBA 2Y7KA 4YICA 1LAXA 4KCDA 4BDRA 2O7UA 1LLSA 1N0TA 2XXPA 4R6KA 3E13X 2ZXTA 1QVSA 3FZVA 4KQPA 3U72A 1GR2A 2QRYA 4OERA 3A3UA 3TTLA 3MPKA 3S9NC 4PETA 1XC1A 3IB1A 1IXGA 1HSJA 2PT2A 3MP8A 3LR1A 2WKYA 3K6WA 5I57A 3C35A 3B6QA 1B3GA 3A3CA 1OLAA 4ZE9A 4KHZE 3KN8A 4DLDA 3EPEA 4H65A 4KYSA 1IZ1A 2H98A 4ZEKA 3H03A 2D3IA 1MXWA 3TPAA 1PBQA 3FJMA 5AA1A 4WEPA 4GXSB 2R9JA 2XX9A 4YMBA 3CVGA 1VE4A 1EZ9A 3D4GA 4GWOA 3IO6A 2F8DA 3FXUA 3CR9A 1WDNA 4NE4A 2ONSA 4F1YA 1BP5A 1SYIA 4OFJA 1JETA 2VHAA 3SDFA 3PUVE 3FVNA 3PUXE 1B6HA 1JW4A 1Y4TA 2O1LA 4XKPA 3P7IA 3EN3A 3G3FA 3FV1A 4GIZA 2REJA 1POY1 2QPQA 2PX1A 4FECA 1NL5A 1MY4A 3UN6A 4HW8A 1N7XA 1B5IA 1OQGA 3K4UA 4H5GA 4M1VA 3QK6A 1B0HA 3CIJA 2UVGA 1WVJA 2NVUB 3CSGA 4X48A 2F6GA 4LVQA 4H67A 4OYVA 4ESXA 4RK9A 5EHSA 1MPBA 3W9WA 3T93B 3S9EA 3L6HA 4OVJA 4THIA 3C4MA 3ZKLA 2P1SA 5I2KB 1XVYA 1F9BA 5CBRA 3HN0A 2Y84A 1O7TA 1VFDA 4G4PA 1USYH 1D4NA 3FVOA 1JVXA 4XKNA 3U94A 4X1DA 1M5FA 4WKMA 4QFPA 4QFKA 5CI5A 3QUJA 2XX7A 3OO8A 5TU0A 5CRYA 1MH3A 1TFAA 3BBRA 2AYSA 4LQ5A 3K01A 3O29A 1B3EA 1XVXA 1NH7A 3RGYA 3G3IA 4F19A 4QHQA 5ICQA 3TAJA 3KZGA 3RY3A 5I2KA 3Q25A 2Q89A 2ZYOA 3MVYA 2E1SA 5H8NB 4OZ9A 3FATA 1H44A 1MH4A 3Q28A 1D9YA 3O66A 4ZDMA 3VLVA 3TODA 5B70A 2GFEA 3K6XA 2Y7IA 3FIRA 1SW4A 3RN8A 4E0WA 2F7AA 1Y1ZA 4N6PA 1B4ZA 1O63A 4KPTA 2QS1A 4EUOA 4EDPA 2X7QA 1IXHA 3U92A 3S9LC 1JQFA 5I56B 4F3SA 4OEVA 1B58A 2UVHA 5KDTB 4QSCA 1S50A 3LBSA 3R7XA 1SQYA 3MP1A 3S4UA 4FIMA 2GH9A 5I2NB 3MZ1A 3B6TA 4PE5B 4EF1A 4GL0A 5CBSA 1B51A 4G68C 5L9MA 3GBBA 4IO3A 5FHMA 3FASA 3UIFA 2YJPA 3PGFA 5JEIA 1EH3A 1P1NA 3KSXA 4R73A 1EZPA 4NF5B 4QRZA 3IOTA 1SW2A 4NEDA 5I58B 4U21A 2PT1A 2F5XA 2UVIA 1PB9A 5I56A 5CC2A 3CG3A 4P0IA 1PB8A 1B7ZA 5F7VA 5KDTA 4RXLA 4NF8B 1QKAA 5IKBA 2PMSA 1NNTA 5H8QB 4RPNA 4R74A 1IQ7A 4TQUQ 1EZOA 1Z7ME 1MY0A 4AB5A 1Y20A 5DVJA 4F18A 1OMPA 3THIA 2V84A 3PMVA 5AA2D 2A5TA 3WAFA 4NMYA 4KCCA 3G3GA 1UTBB 5DTBA 4IB2A 5I58A 4GQOA 2DVZA 4XXUA 3MQ9A 4AB6A 2OZZA 1MY2A 2YPNA 4NF8A 4OFOA 2OLBA 3BFTA 4U1ZA 2QL3A 4TOZA 3H4ZA 1QUKA 1B46A 3FJ7A 3E4RA 3T96B 4KYDA 2F36A 1B7UA 1SI1A 4BDMA 3DELB 3TYHA 2V3UA 1MXUA 2RKMA 1UTBA 3HHFA 5ISUA 4IO7A 1JEUA 4N13A 1FTOA 2Q2AA 1OLCA 3MVZA 4XIGQ 3L6GA 2ZNUA 3OO6A 3GZGA 2DQVA 1ZLQA 2ZNTA 2IEEA 2DXRA 3OEMA 1MQHA 2DWHA 3RLFE 5L8DA 1B9JA 1AOVA 3JZJA 2QJEA 4DIGA 3H6WA 5FTHA 1USYE 3UP9A 1MPDA 2D21A 2R6GE 4ELPA 4Z0IA 4OMBA 1QKBA 1PDAA 2O1MA 3IJOB 5CMBA 2LAOA 2NOOA 4R72A 5L9SA 4PP0A 3A09A 1MQJA 3SEUA 1S7YA 1S9TA 3T9UA 4GF8A 1ZIUA 2DE3A 1B7HA 3M3FA 2QS4A 1HSLA 3UK4A 4NF6A 3MJNA 4YB5A 3BKIB 5H8SA 3QIMA 2XD3A 2V3TA 1CB6A 4OESA 1UIUA 5F1QA 3RT8A 1N3XA 5KZTA 5AA4B 4POXA 4BLAA 1N76A 1BKAA 3H6VA 2RCAA 4F22A 2OBGA 1AIVA 2ONRA 2O6AA 1Y9UA 1URGA 4H6DA 4F1UA 3V83A 4G68B 5HPQA 5TPAB 1NMUA 1IXCA 2HZLA 2QS3A 3T66A 4QF9A 4UACA 3N5LA 4OENA 1M5CA 1N3WA 2DYXA 3HSTA 4NWDA 4IO5A 1JNFA 1NNKA 2ZYMA 2UVJA 1SD3A 2ZYNA 3IO4A 4OEUA 2OWTA 4G2ZA 5AA4A 3G3JA 3SEVA 3PPRA 1P99A 4IO4A 4YKJA 5KCJB 5L9OA 1LGBC 2GHBA 4DXUA 2QMXA 2ESNA 1LBCA 2I49A 1FQDA 4TLLB 3O6IA 1I69A 1SW1A 3I5OA 4G68A 4PQJA 3VXBA 1BLFA 5TPAA 3LSXA 4YB6A 2HFBA 2DE4A 3DP4A 4JSDA 1R9LA 1US5A 1LFGA 1EU8A 2D5WA 1JW1A 1QUJA 2X7PA 3KN3A 2M8CA 1M5BA 2I0BA 2FYIA 4I62A 1FTKA 3SERA 4K3FA 3VVFA 5AA3A 4U4SA 4OWDA 3TTKA 3V8XB 3GBAA 5KCJA 2NWJA 3EHTA 4G8MA 4PFUA 4MF3A 2B3FA 3CG1A 1FQFA 1P1WA 4GVOA 5BUUA 4F3PA 3VLWA 4QFLA 4LATA 3QAXA 1YCJA 1RYXA 2E0SA 2DE2A 3PPOA 2YLNA 3QUFA 1SYHA 5HBCA 3EQ1A 1MG1A 1DMBA 1O64A 3TTRA 1QJMA 1B32A 4RNSA 1MM6A 1B5JA 3K00A 2P0SA 4OTEA 4XKRA 2QS2A 1ELJA 3DLNA 1IITA 3G7WA 2H5YA 3RQTA 4G8HA 2V3QA 4I1DA 4BDOA 3IB2A 3TCFA 3HPIA 3TEPA 1FQBA 2Q88A 3EHSA 1GGGA 3KFMA 2O68A 3KJ7A 3K1MA 4JDFA 1MXYA 1Y4CA 2OWSA 1MS7A 4U2RA 1PB7A 1D3KA 1MY3A 1N7WA 1Y3QA 3DP6A 4BDLA 2HCAA 3MWBA 2HAVA 2I4BA 3FVGA 2ABHA 4IGRA 4U1OA 4DZ1A 2VOZA 1HSEA 3CI8A 3E9XA 3ILTB 4Q5TA 5B7DA 2RCBA 4YB7A 1MQDA 1MQGA 3I6VA 3U93A 3RNNA 4U23A 1URSA 3MZ9A 5CMKA 3R26A 2RC8A 3N6UA 4GLIA 3W15C 2KLFA 4LZ8A 3O9PA 1Y3NA 2GRVA 3K2DA 4GXAA 5JTYB 2Z23A 3RPWA 5K2XA 3TMGA 4MH5A 3K02A 3K1NA 1OVBA 4TLMB 2NUVA 4F29A 4P0GA 3M3KA 1NKXA 4HS7A 1LFIA 3QXMA 4H8IA 4LQ2A 1YTVA 1J1NA 1B1HA 2I3WA 3CFLA 2CZLA 5EYFA 1UQWA 3H06B 1BTJA 4JWXA 4DXBA 4C1UA 2XXWA 1ATGA 3VFJA 4O3AA 1DSNA 3KOSA 4ZZEA 3PUYE 4GD5A 3CFZA 1NNPA 5JTYA 1NH8A 4U4XA 1TFDA 5DYHA 3K0VA 1H3DA 2REGA 3TQLA 5ITOA 3IORA 3OEKA 4ZEFA 2ALUA 3FGSA 3T9HB 3O97A 1DPEA 3TUSA 2A5TB 3TKDA 5HM4B 1QW0A 3EHUA 3MC2A 5FHNA 1A40A 3BFUA 4Z7EA 3G3KA 4KR5A 5DVIA 3VVEA 5ICTA 2B3BA 2VD2A 5DEXB 4FAJA 1B4HA 3HO7A 2R71A 1PBPA 3D4CA 3FXQA 3LUYA 3OSQA 2XXIA 2XXUA 3KSJA 4OHNA 3ONMA 3TQWA 2O51A 1Q1KA 3OD7A 2PYYA 3PUWE 5FTIA 4G77A 2IA4A 1B05A 1MM7A 4QFNA 5ELVA 4H1XA 4LP2B 4C1TA 1LAFE 4F39A 3VE1B 1SW5A 4ECFA 4HCYA 4YMAA 5DEXA 2H4IA 3Q29A 1FW0A 4IGTA 4DCYA 3OO7A 1A54A 3TTMA 1B3LA 4FORA 4Q8RA 4YU0A 1A99A 5CM6A 3CSBA 2HEUA 3IOVA 2UYFA 4X9TA 2ONKE 2Y7RA 4R75A 5I84A 4FATA 3N94A 4YZZA 2XXYA 1H45A 3KOTA 3USDA 3WAEA 3CRBA 5H8HB 3PPQA 1NNFA 4ZE8A 4C0RA 2HAUA 1LBBA 3KEIA 3RT6B 4IY5A 4R2BA 3N6TA 3MVXA 3GXAA 3RTWB 4JWOA 3TZAA 4ELQA 4NF6B 2XX8A 1AH5A 3FVKA 2H9BA 3IJXB 1MXVA 4FEDA 4XKQA 1R6ZA 5H8FA 3Q27A 4ELRA 2NXOA 3IB0A 1II5A 1LCFA 3MZBA 4JSOA 2ZYKA 3K1PA 5H8HA 2XXXA 1MDQA 3S2VA 1M5EA 3R6UA 3ECRA 4R9FA 4YKPA 5AA2A 4HCWA 2QSXA 1POTA 1Y3PA 2VP1A 2DXYA 4Q0CA 1ZTYA 1MDP1 2I0CA 1A55A 4R9GA 4H8JA 2ZMBA 2XD2A 4P11A 4EQ9A 3JV9A 5I59A 3O28A 2I4CA 3UGWA 1A8EA 2F7BA 2QMWA 3O6HA 2HXWA 3FJGA 4QFOA 3PD8A 4YAHX 4MLQA 3SEYA 2CMOA 1DPPA 3LSLA 4ZZAA 4NF4B 3MP6A 4ND9A 1XHYA 1LCTA 3H6TA 3JYRA 1SI0A 2F35A 4R6YA 3OMBA 3C31A 2AL4A 4ESWA 1FCKA 1OQHA 4IO6A 4I9DA 3PPPA 4WEDA 3N26A 3OENA 3IK6B 4H5FA 2Z8DA 3AXFA 3SESA 1B0LA 4IO2A 1WODA 4NF4A 1GV8A 1YAEA 2XHDA 3QYTA 2F7CA 3ZSFA 4OFLA 4AQ4A 3FUZA 1VFEA 3LSFB 4ZS9A 3VLUA 4ZEBA 1FTMA 3PMXA 2I58A 3IOWA 3PD9A 1FQCA 4YKKA 2HQ0A 1PC3A 1VR5A 1XOCA 1FQAA 2Y7WA 3KBRA 4U22A 4M4GA 3IOUA 3C32A 1AMFA 4RY1A 4F1VA 4EQ7A 2RC7A 4KD5A 5FHOA 1SBPA 1LB8A 4NTLA 5CMCA 1B3FA 2F6PA 2V25A 3C36A 4GL8A 1JW5A 1H43A 4DXCA 2GHAA 5ITPA 1LAGE 1ZKBA 4KI0E 3B6WA 3FV2A 3G3HA 1B2HA 4ISUA 1MXXA 2DWJA 1B1XA 4ZECA 1QULA 4X1BA 1TT1A 5IAIA 1LAHE 1RKMA 2DWAA 4F3GA 3SKPA 3TTNA 1D9VA 1BIYA 1FTJA 4H0WA 3SEWA 3FXRA 4G8NA 1Z7NE 3MUQA 4DDDA 3O6GA 5M2VA 3FD3A 3MVWA 1ANFA 2Z8FA 2Z8EA 2Q9TA 3KG2A 4RA1A 1M5DA 3U8QA 3PV0E 2UXAA 1PEBA 3Q26A 1B40A 4FEBA 2XXHA 4GOTA 4JXIA 1MXZA 3ILUB 3ZS6A 1NFTA 2FNCA 1JEVA 1JVYA 4O3BA 2ANJA 4LZ5A 4IY6A 2I48A 2F97A 3ODBA 3K6VA 3T9XB 1ZMGA 1OVTA 4LONB 2O7IA 1P1UA 4OXVA 3T22A 4ONYA 4OETA 3K6UA 3UORA 2A5SA 2G93A 5J1DA 4ZEDA 3C34A 3O2AA 3EF7A 3HCQA 3MBPA 1MY1A 1P1QA 4RK2A 1A8FA 5DT6A 2DVCA 4FE8A 4JWYA 4LZ7A 5LOMA 5DVFA 3VXCA 1R1NA 3LC8A 1TXFA 1FQEA 1CE2A 1US4A 4Q30B 3VV5A 1N84A 3PMWA 4ZEIA 3OELA 4L17A 4I8CA 2Q8JA 5A5XB 3V5AA 1IXIA 2OJTA 1H76A 1Q35A 2G29A 1GTKA 3S9MC 2V93A 1LFHA 1OIBA 1MPCA 3DM0A 1LB9A 3M8UA 4N07A 3PUZE 4DCXA 1XT8A 3OO9A 1IEJA 3M3LA 4PFWA 4EXLA 2P2AA 3RTFB 3VVDA 2AIXA 1P1OA 1IUDA 2O84X 1UTHB 3KN7A 1T0KA 5TP9B 2DOJA 5A5XA 1B52A 2RF1A 3HHGA 4QSDA 3UA8A 3DP8A 5H8NA 3H6UA 2UYEA 3MPLA 2I3VA 2VGQA 3V89B 4F3BA 1I6AA 3IAZA 4LA9A 2OK2A 2X26A 3TCGA 1I6BA 4QSEA 3VDFA 1GVCA 3U1OA 2Z22A 3IL1B 4ELOA 5BWJA 1UTHA 1ZJLA 2Y7PA 1QUIA 2F34A 4OQOA 5TP9A 2PBWA 1IIWA 4EF2A 2W7YA 4RJZA 4MLVA 3ZKKA 4XTCQ 5I2NA 4YKIA 4F2QA 3TCHA 1FTLA 3F11A 2RINA 3OOAA 3SEXA 2DP8A 2O69A 2XXRA 4F2OA 2H25A 1I6QA 2F78A 4NF5A 3B7DA 1URDA 4RYAA 3I3VA 3LSWA 1DOTA 4F31B 4KYEA 1RYOA 3H3GA 1R9QA 5H8QA 1YPNA 2ZNSA 5H8FB 1SDXA 3E3KA 3MW0A 1Y1MA 2I6EA 3KJTA 4R6HA 4LUBA 3TDJA 3IR1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DI3D 4MBPA 3H7MA 2XXTA 2B65A 5AA2B 2BJJX 3CFXA 4BDQA 4PFTA 4UA8A 3PPNA 1Q9DA 4JB7A 4EQBA 5AE4A 3T9VA 4EXKA 1DTZA 2OCUA 1VSOA 4O3CA 4PFIA 3HV1A 1B5HA 4POWA 5I59B 4HTGA 1G0IA 3TELA 2DSFA 3W9VA 4FJPA 4NWCA 1NV1A 2PVUA 4MFIA 3TFLA 3MAMA 5CMMA 3C9HA 4GRKA 2XXVA 2H99A 1MQIA 1NV5A 2DWIA 4MCOA 1B3HA 1LSTA 5IM2A 1SVXB 2THIA 1BK4A 2DS9A 4PFYA 5IZ1A 4MAGA 1XS5A 5JK4A 4R2FA 3OXNA 1DTGA 2HZKA 1ZU0A 3KGCA 1KWHA 1K9YA 1N04A 4GFRA 3SETA 5EHMA 2AL5A 4KFQA 3C33A 4BDNA 1MRPA 1A7LA 2FA7A 1RDZA 5K2YA 3IX1A 3PU5A 4WXJA 1UIVA 1L5TA 4E0XA 2XWIA 3GYYA 3QSLA 1AL3A 5EQ9A 2RC9A 2GQ1A 1TWYA 1DK4A 2XXQA 4RPOA 3OSRA 4JBZA 3RUMA 5I57B 2VD3A 3KBZA 4GWSA 2Q2CA 1ZBMA 4DE8A 3GLBA 2Y7KA 4YICA 1LAXA 4KCDA 4BDRA 2O7UA 1LLSA 1N0TA 2XXPA 4R6KA 3E13X 2ZXTA 1QVSA 3FZVA 4KQPA 3U72A 1GR2A 2QRYA 4OERA 5LDZA 3A3UA 2VPNA 3TTLA 1FPIA 3MPKA 3S9NC 4PETA 1XC1A 3IB1A 1YZ0A 5ET6A 1IXGA 1HSJA 4QBAA 1NUWA 2PT2A 3MP8A 3LR1A 2WKYA 3K6WA 5I57A 3C35A 5LTCA 3B6QA 1B3GA 3A3CA 2CZHA 1OLAA 4ZE9A 4KHZE 3KN8A 4DLDA 3EPEA 4H65A 4KYSA 1IZ1A 2VT5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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