1B7ZA

Structure of oxalate substituted diferric mare lactoferrin from colostrum
Total Genus 218
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
218
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of oxalate-substituted diferric mare lactoferrin at 2.7 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LACTOFERRIN)
molecule tags Metal transport
total genus 218
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7zA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7zA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7zA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7zA03
3B6WA 1MXZA 3FXQA 2XD3A 3QK6A 2H25A 3MBPA 1I6AA 3PUXE 1L5TA 4L17A 4OEVA 3K6XA 1B3FA 4OFOA 4DLDA 1CE2A 5AA2B 4Q8RA 3KJ7A 1AOVA 3SEYA 2V93A 3G3IA 4ZDMA 1LBBA 4XTCQ 3N94A 3E9XA 1Y20A 3PPNA 1QUKA 3N26A 3D4GA 3IR1A 1RKMA 4U1ZA 5FHNA 3MZ1A 3B7DA 2I58A 1WVJA 1US5A 3KGCA 4R2FA 2I48A 5I56A 5DVIA 2PVUA 3IOTA 3KOTA 4E0XA 1VE4A 1DMBA 2DXYA 1I69A 4H0WA 3T9HB 3K00A 3EHSA 2DWAA 3FVOA 5AA4A 1AL3A 1M5EA 3RN8A 4OTEA 1EH3A 2NXOA 3FVKA 1TT1A 3W9WA 1ZTYA 2YPNA 3O66A 5CBSA 2AYSA 1EZ9A 1MY2A 3SEUA 4X48A 4H1XA 4ESXA 5AA4B 2X26A 1OLCA 4YKJA 2QS1A 2HAVA 4R2BA 4HCWA 3C34A 4UACA 3FXRA 4R6KA 4UA8A 3RPWA 1IZ1A 3MP6A 3ODBA 4DZ1A 3F11A 3ZSFA 4BDOA 4YAHX 1YPNA 2ZYOA 5DT6A 4NMYA 5EYFA 1IQ7A 1USYE 3BFUA 3IO6A 2A5TB 4X1DA 2XD2A 2ANJA 4N07A 1J1NA 1JETA 4F3SA 1JVXA 4PE5B 1B3HA 3S4UA 1IIWA 4DDDA 4F2QA 1B7HA 4FJPA 1JW5A 2Z8DA 2Y84A 1A7LA 2HEUA 4N13A 3AXFA 3QXMA 5B70A 4DXBA 4NWDA 3FUZA 4PFYA 1FQAA 4MF3A 1Y1MA 2Z23A 3RTWB 1LAFE 1XHYA 4YU0A 2I49A 4KHZE 3C4MA 1ZKBA 2ZNTA 1H76A 1Q35A 1MDQA 3T9XB 3MAMA 4F2OA 3C36A 3FD3A 2ZNUA 2QSXA 3OOAA 3PU5A 4PFWA 2B3FA 1II5A 1SW1A 1LCFA 2RCBA 2I3VA 3KN8A 4X1BA 4EF1A 1MM6A 3HHGA 3V8XB 1NNTA 3OO7A 3KJTA 3Q26A 2I3WA 2VHAA 4ZS9A 4U2RA 4F3GA 1H43A 3V5AA 2YJPA 4YKKA 4G8HA 4KYEA 3ONMA 1LFGA 4LQ2A 4GIZA 4NF6A 2UYFA 3H03A 4EF2A 4EQBA 3O2AA 3EHUA 3DP4A 2I4BA 4G8MA 4R73A 4WEPA 3UORA 1PBPA 5CM6A 3VV5A 3M3FA 4QFKA 1GTKA 2D3IA 3O6GA 5H8NA 3H6TA 4FATA 4ZEFA 4LVQA 1A99A 4OXVA 3RT6B 3A3CA 4KFQA 3H06B 3Q29A 4GL8A 3PPRA 3OO6A 3IOUA 3LBSA 4OZ9A 1FTJA 1LAXA 1B4ZA 1UTBA 4PQJA 3K1MA 5I84A 3E13X 1AH5A 5CMBA 5LOMA 1FQEA 3TTKA 4H5GA 4IY5A 2WKYA 4BDNA 2F35A 3PUVE 4Q0CA 1UTBB 4ELPA 1HSLA 1H44A 3GXAA 3W9VA 4YMAA 3GZGA 3LSXA 3UN6A 3L6GA 2REJA 5JK4A 4Z0IA 4NF4A 4HCYA 3K4UA 5CBRA 4O3AA 1QULA 2Q89A 2DXRA 1Y4TA 5HM4B 3FATA 4IO3A 5BUUA 3FIRA 3MVYA 3C32A 4GWOA 5AA2D 3RT8A 1B7UA 3RGYA 1WODA 1BLFA 3MPLA 1ATGA 5M2VA 4NF4B 3N5LA 1LB8A 5I58A 4LA9A 4WEDA 5TPAA 4RYAA 3SDFA 1VR5A 3JV9A 1SD3A 3QIMA 2O51A 1QKBA 3V89B 5I58B 4ELQA 3C33A 3K2DA 5TPAB 3OEMA 2NWJA 2ZMBA 2NVUB 3MP1A 1QKAA 2GRVA 1O64A 1SDXA 1TFDA 1N76A 3EN3A 2Q2AA 1Y4CA 1H45A 3WAFA 3TTNA 3T93B 1PBQA 3DM0A 3ILUB 3PPQA 1MQGA 2O69A 2Y7KA 1MPDA 1IEJA 4QF9A 2RCAA 1MQJA 2XXPA 2O68A 2DVZA 2FYIA 4HS7A 3E4RA 4IO6A 1SQYA 1B32A 4MLQA 4ELRA 1NL5A 3QUJA 2V84A 4BDLA 3SEXA 1Y9UA 1TXFA 3FJ7A 2ZNSA 3ZKLA 3FVNA 1PB7A 3OO8A 1WDNA 1R6ZA 4H8IA 4Q5TA 1CB6A 1DTGA 1A54A 1D3KA 1DSNA 3EHTA 3A09A 4F18A 4XKNA 4KQPA 3MZ9A 3KEIA 3O6HA 1JQFA 1B58A 4OWDA 2VD3A 3KG2A 1A55A 1NKXA 2PT2A 2RC7A 1LAHE 2VD2A 2REGA 4ND9A 5DTBA 1B7ZA 3MJNA 4KYSA 3O29A 3RQTA 2H5YA 1GGGA 3TODA 3VXCA 3GLBA 3CFLA 2HXWA 3FGSA 2Z8FA 1ZBMA 1JVYA 3R7XA 2O1MA 1JW4A 3CSGA 4BDQA 4JWYA 2XXXA 4GQOA 2XXIA 3CR9A 3TTMA 1BKAA 1LSTA 5K2YA 1B2HA 2H98A 3SEVA 3K01A 1NFTA 2UVHA 2Q88A 2XXRA 2M8CA 4KD5A 3RNNA 4LZ5A 3FJGA 2F34A 1MQHA 4NTLA 4YMBA 3L6HA 4GLIA 5I59A 1DPPA 1N7WA 4ISUA 5KCJA 5CI5A 4LZ8A 3DELB 1ZU0A 1UIUA 4KI0E 3OELA 3N6TA 4FE8A 4IO7A 4JWXA 2RC8A 3RY3A 3OSQA 4RXLA 3PUYE 5I59B 2H9BA 5I57A 2RC9A 3MP8A 3VLUA 3PUWE 4U22A 4QFNA 5FTIA 4NWCA 2A5TA 1MS7A 2I4CA 5H8QA 5KCJB 2CMOA 5FHOA 1MY4A 1YAEA 3H7MA 2QPQA 1M5BA 4POWA 3TQLA 2BJJX 3UP9A 2ZYKA 3IJOB 4XKPA 1MPCA 2F6PA 4HTGA 2UXAA 2I0BA 3H6WA 5K2XA 1Z7NE 4DXCA 5I57B 3K0VA 1US4A 1YCJA 1USYH 1Q1KA 4U4XA 4F31B 3WAEA 1YTVA 5H8QB 1ANFA 4DCXA 2ABHA 2DOJA 3EPEA 1LAGE 3TEPA 4PP0A 4DIGA 4C1TA 3HO7A 2IA4A 1I6QA 3K1NA 1ELJA 1OQHA 4IO5A 4OERA 1SI0A 2F78A 4IGRA 5CMKA 5BWJA 1PEBA 1EZPA 3OO9A 3K6VA 3TTRA 1B3GA 4K3FA 1DOTA 1PC3A 4KR5A 3MWBA 3DP6A 4AB6A 4IO2A 4KCDA 2NUVA 3RLFE 3CFZA 3C9HA 2OBGA 4PETA 2GH9A 1ZJLA 2B3BA 3JZJA 1SW2A 1ZIUA 3SETA 3TMGA 1AMFA 4XIGQ 1VSOA 3BBRA 1QUIA 3IB0A 2Y7RA 3SESA 1B40A 2Y7PA 2ALUA 4NF8B 2O7IA 1B3EA 2AL4A 1B3LA 3T22A 4R6HA 2O1LA 3USDA 3IJXB 4M4GA 1D4NA 4OEUA 1MPBA 2X7PA 3IL1B 2AL5A 4ZECA 1AIVA 4YZZA 4BDRA 4OHNA 1M5CA 3MQ9A 3G3GA 2ONKE 4MH5A 1JEUA 1QUJA 2UYEA 1BP5A 1F9BA 3N6UA 3PV0E 1SW5A 3KZGA 3G7WA 4E0WA 4H6DA 2QS4A 4C0RA 3IB1A 5J1DA 4LUBA 5CRYA 5H8FA 5DYHA 2R71A 4R6YA 4JSOA 3VLWA 4XKRA 2D21A 1H3DA 2QL3A 2FA7A 4RPNA 4U4SA 4IO4A 1MQDA 2ZYNA 2RKMA 3ZS6A 4I9DA 4LQ5A 3TCFA 3JYRA 1TWYA 2PBWA 3FXUA 3ILTB 1XS5A 1FW0A 5H8FB 4F19A 3KBRA 3H6VA 4ELOA 1B46A 4F39A 4OQOA 4ZZAA 4Q30B 3K6WA 5F1QA 5CC2A 2PT1A 2F7BA 3K6UA 3OMBA 3QSLA 1B51A 1JW1A 2XXVA 4OENA 1HSEA 3THIA 2G29A 3FV2A 2OZZA 5L8DA 2DE4A 2HAUA 1BTJA 1OVBA 2R9JA 4G77A 2UVIA 1UIVA 1FQCA 4RPOA 3PGFA 2FNCA 1D9YA 3I3VA 3TTLA 1JNFA 1S7YA 4MFIA 1N7XA 3LUYA 4G68C 2Z22A 1R1NA 2V3UA 4P11A 1GVCA 2HCAA 4PFTA 4F1YA 4OESA 3Q27A 4RK9A 4ZEIA 3IK6B 1M5FA 3RTFB 3GBAA 5H8HA 3Q25A 1GV8A 4IGTA 2F36A 3CG3A 5TP9A 1OMPA 2RF1A 5ICTA 3MUQA 3SEWA 5AA1A 2XXTA 5ITPA 2CZLA 1SW4A 4KCCA 5CMCA 5DEXA 3MVXA 1XVXA 5H8HB 4GFRA 4F22A 2OK2A 4YKIA 2A5SA 3MVWA 3VFJA 5TP9B 5I2NB 2DE3A 1OQGA 3TZAA 3BKIB 4ONYA 3OENA 1PB8A 2XXYA 1P99A 5DEXB 5F7VA 3CG1A 4JSDA 2P1SA 3QYTA 4M1VA 1Y3NA 4EXKA 4QSEA 4TQUQ 1NMUA 1S50A 4RY1A 4GXAA 4YICA 4AQ4A 5KZTA 3EQ1A 2GHBA 2VOZA 1FTMA 1R9QA 3OXNA 3PPPA 2E1SA 4JB7A 4U21A 5I2KA 4DE8A 2PYYA 1MQIA 3U94A 1TFAA 1IXIA 4G68A 1A8EA 5HPQA 3OSRA 3MW0A 4ZEKA 3VLVA 4JBZA 1EZOA 1JEVA 3TPAA 2Y7WA 1T0KA 3TAJA 2G93A 4FORA 3KFMA 4DCYA 4I8CA 3T96B 4DXUA 5KDTA 2F97A 5I2KB 2V3QA 5L9OA 2F8DA 4FIMA 5ISUA 4XXUA 2QMXA 4G68B 2XHDA 4H67A 4FAJA 4R9FA 3H4ZA 1OLAA 2ESNA 4G4PA 4F3BA 3D4CA 4FECA 3VDFA 4ZZEA 3O9PA 5KDTB 2QS2A 3I5OA 1FQFA 4P0IA 1FQBA 3R26A 1A8FA 4I62A 3VVFA 3E3KA 3O28A 2O7UA 1LCTA 3M3KA 3TFLA 4OYVA 4GXSB 1PB9A 5H8SA 4OVJA 3IOVA 3FJMA 3S9MC 4ZE8A 3C35A 4AB5A 2P0SA 3HSTA 2VP1A 3S9EA 3LSLA 3ZKKA 1FTLA 4LONB 4YKPA 2PX1A 3PUZE 2H4IA 2X7QA 5JEIA 2DE2A 1DTZA 1QJMA 4PFUA 1MXXA 2DP8A 3G3HA 3SKPA 4R72A 3VVDA 5EHMA 3TCHA 2F7CA 4LP2B 1OVTA 2P2AA 1ZLQA 1LB9A 4P0GA 1B5HA 1PDAA 3TCGA 1Z7ME 1B4HA 3MPKA 3U93A 5FHMA 1N3WA 3IX1A 3QUFA 3S2VA 4G2ZA 1NNKA 1POY1 5I56B 4YB7A 2UVGA 4QFLA 4RK2A 4GF8A 3RUMA 4H8JA 2QRYA 2ONSA 3PMWA 4TLLB 2XXWA 2THIA 5DVFA 3HN0A 2PMSA 3CIJA 2HZKA 4OFLA 4EQ9A 4FEBA 2DWIA 2GFEA 2QMWA 1B1HA 1DPEA 3P7IA 2ZYMA 1MXVA 4N6PA 4QFPA 3HPIA 1UQWA 1LFIA 3U92A 1MDP1 3PD9A 1GR2A 2DVCA 3KN7A 4EQ7A 1B0LA 3TDJA 1VFEA 3IOWA 3LSWA 2QJEA 3PD8A 1URSA 5EHSA 5L9MA 1D9VA 2DQVA 1LGBC 1B9JA 1MY3A 3LR1A 4NF5A 1MY0A 3K1PA 1MXUA 2W7YA 1O63A 4C1UA 2ONRA 1Y3QA 1FQDA 1P1NA 4FEDA 3VVEA 1Y1ZA 2Q8JA 2UVJA 2V25A 4O3CA 3OEKA 4TOZA 2I0CA 3OD7A 3HV1A 4NF5B 5AA3A 2Q2CA 4NF8A 1B6HA 3IB2A 4RA1A 2XXQA 3CRBA 3U8QA 1IUDA 4R9GA 2V3TA 1QW0A 4O3BA 3I6VA 3S9NC 1R9LA 2OLBA 4ECFA 2O6AA 1B5JA 3K02A 2IEEA 1B0HA 5DVJA 2OWTA 4YB6A 3HHFA 3SERA 2I6EA 1MRPA 2DSFA 4EXLA 1ZMGA 1IXHA 3FVGA 4LZ7A 2QS3A 3UGWA 4EUOA 1RYOA 3IORA 2H99A 4H5FA 1SI1A 1OIBA 4JDFA 1I6BA 4QSDA 2OWSA 4ZEBA 1M5DA 2NOOA 3FASA 4U1OA 2KLFA 3LSFB 3PMVA 1MM7A 1MH3A 2RINA 2XXHA 5AE4A 4ESWA 3TUSA 4OFJA 3V83A 1P1UA 1EU8A 4GD5A 4GRKA 3CFXA 4JXIA 4RJZA 1P1OA 4G8NA 3M8UA 2AIXA 5FTHA 1FTOA 5CMMA 2F7AA 4IB2A 1URDA 1LLSA 4QHQA 3CVGA 3T66A 4WKMA 1UTHA 2XX8A 1P1QA 4IY6A 5ICQA 2LAOA 4OMBA 4POXA 4F1VA 1VFDA 3B6QA 4R75A 2XXUA 1LBCA 5ITOA 1XVYA 3VE1B 5ELVA 3KN3A 2R6GE 3G3JA 2O84X 3LC8A 4R74A 4NF6B 4H65A 4NEDA 3M3LA 3UK4A 4KPTA 1UTHB 3KSJA 2HQ0A 4MLVA 4BDMA 1B5IA 1Y3PA 2ZXTA 2DWHA 1SYHA 5H8NB 4XKQA 3EF7A 2GHAA 3G3KA 3PPOA 1O7TA 2D5WA 3U72A 4X9TA 2E0SA 4BLAA 4EDPA 2OJTA 4NE4A 3B6TA 3C31A 3U1OA 4MBPA 1XT8A 3H3GA 3MVZA 5IKBA 2XX9A 3KSXA 3IO4A 4YB5A 1XOCA 2Z8EA 3R6UA 5HBCA 3MZBA 3ECRA 1IXGA 4LATA 1MG1A 1N84A 3TYHA 4QSCA 1SYIA 4GOTA 4F1UA 3TKDA 3DLNA 4QFOA 3O97A 2F5XA 4THIA 4RNSA 5TU0A 5I2NA 2B65A 1NH8A 1SBPA 1N0TA 1URGA 1NNFA 3Q28A 2YLNA 4ZEDA 1MH4A 1S9TA 4GVOA 3T9UA 1POTA 1HSJA 4GL0A 1B05A 1IXCA 4Z7EA 3IAZA 2HZLA 2OCUA 4KYDA 1B52A 4JWOA 1IITA 5L9SA 3TELA 1N3XA 1MXWA 1NNPA 4F29A 2HFBA 3CSBA 5JTYA 3DP8A 1XC1A 2F6GA 3W15C 3FV1A 2XX7A 5IAIA 1B1XA 3VXBA 3T9VA 3A3UA 1P1WA 3CI8A 3TQWA 3QAXA 3S9LC 4HW8A 5JTYB 4OETA 3O6IA 3G3FA 3UA8A 1N04A 2VGQA 5A5XA 2DYXA 1MY1A 4WXJA 3GBBA 1QVSA 1SVXB 1FTKA 3KOSA 4U23A 3H6UA 3FZVA 3HCQA 5B7DA 4QRZA 1NH7A 4I1DA 1BIYA 2DWJA 2Y7IA 5A5XB 2Q9TA 4ZE9A 3MC2A 1FCKA 1RYXA 2DS9A 1KWHA 4F3PA 3PMXA 4TLMB 3UIFA 1LFHA 1MXYA 1A40A 3BFTA 5AA2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B6WA 1MXZA 3FXQA 2XD3A 3QK6A 3RPLA 2H25A 3MBPA 4X04A 1I6AA 3PUXE 1L5TA 4L17A 4OEVA 3K6XA 1B3FA 4OFOA 4DLDA 1CE2A 5AA2B 4P3LA 5ET8A 1FPGA 3RPLB 4Q8RA 3KJ7A 1AOVA 3SEYA 2V93A 3G3IA 4ZDMA 1LBBA 4XTCQ 3N94A 3E9XA 1Y20A 3PPNA 1QUKA 3N26A 4PAIA 3D4GA 3IR1A 1RKMA 4U1ZA 5FHNA 3MZ1A 3B7DA 2I58A 1WVJA 1US5A 3KGCA 4R2FA 2I48A 5I56A 5DVIA 2PVUA 3IOTA 3KOTA 4E0XA 1VE4A 1DMBA 2DXYA 1I69A 4H0WA 3T9HB 4N6KA 3K00A 4PTKA 2Y5KA 3EHSA 2DWAA 3FVOA 1KA0A 5AA4A 1AL3A 1M5EA 3RN8A 4OTEA 1EH3A 2QVRA 4O8MA 2NXOA 3FVKA 1TT1A 3W9WA 1NV7A 1ZTYA 4GBWA 2YPNA 3O66A 5CBSA 1K9ZA 2AYSA 1EZ9A 1MY2A 3SEUA 4X48A 4H1XA 4ESXA 5AA4B 1NV6A 1INPA 2X26A 1OLCA 4YKJA 2QS1A 2HAVA 4R2BA 4PBHA 1NV4A 4HCWA 4OVPA 3C34A 4UACA 3FXRA 4R6KA 3E79A 4UA8A 3RPWA 5IZ1A 1IZ1A 3MP6A 3ODBA 4DZ1A 3F11A 3ZSFA 4BDOA 4YAHX 1YPNA 2ZYOA 5DT6A 4NMYA 2VT5A 5EYFA 1IQ7A 1USYE 1CNQA 3BFUA 3IO6A 4GX6A 2A5TB 4X1DA 4P47A 2XD2A 2ANJA 1FRPA 2R8TA 4XFEA 4N07A 1J1NA 1JETA 4F3SA 2PCRA 2XWVA 1RDYA 1IMCA 1JVXA 4PE5B 1B3HA 3S4UA 1IIWA 4DDDA 4F2QA 1B7HA 4FJPA 1JW5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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