1BP5A

Human serum transferrin, recombinant n-terminal lobe, apo form
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
328
structure length
328
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
publication title Ligand-induced conformational change in transferrins: crystal structure of the open form of the N-terminal half-molecule of human transferrin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (SERUM TRANSFERRIN)
total genus 96
structure length 328
sequence length 328
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1bp5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1bp5A02
1B05A 4QSDA 3GLBA 4JWYA 1PC3A 3K6VA 3KZGA 1VR5A 2D5WA 5H8NA 2ZXTA 3O2AA 5EHMA 2XX7A 4ELRA 2RC7A 1SVXB 2NVUB 4GWOA 1MXXA 4H0WA 2B65A 5L9SA 1FTJA 3O6IA 2GFEA 3QIMA 1GR2A 3EF7A 3MVYA 4QF9A 3U72A 3RUMA 2AYSA 3CRBA 4OEVA 2G93A 3TKDA 3QYTA 4GVOA 2F36A 3G3JA 2PT1A 3K2DA 4C0RA 4TOZA 2F6PA 2P1SA 3TODA 1URDA 2XXQA 4ZEBA 3OELA 4NTLA 2GHAA 5I57B 3KGCA 4DLDA 4NMYA 1B3LA 2HZKA 1JW1A 3SEWA 4ZEIA 5CMMA 1P1NA 3VE1B 2ZYKA 2Z8EA 1B7UA 3UK4A 4POXA 1GTKA 3VVDA 1UIVA 1M5FA 4MBPA 4ZZEA 3EHTA 2PVUA 1PB9A 3R6UA 1QKAA 2Y7RA 3L6GA 1XVYA 3H6VA 3SEXA 4TLMB 3KSXA 4EXLA 1QULA 2DSFA 4NF6A 1B4ZA 1DPPA 3MC2A 4GXSB 1S50A 4YKKA 1M5BA 2B3BA 2OK2A 1N7WA 1MQGA 1Y9UA 3B6TA 2QMXA 2V25A 4QRZA 1MS7A 2O7IA 1P99A 2QS3A 4XIGQ 1USYE 4X48A 1MY1A 4OFOA 4HTGA 5BUUA 1VE4A 3D4GA 1AOVA 4ZEFA 1SBPA 2Q9TA 3EQ1A 4KYSA 2V3UA 1Y4TA 3MWBA 4QFPA 3I3VA 1ZMGA 1EU8A 3RT6B 4KR5A 4LP2B 4F31B 5JK4A 2F97A 5FTHA 5DYHA 5EYFA 5KDTB 4HW8A 2UYFA 1FTLA 1NH8A 2NXOA 3VFJA 3IOWA 2FNCA 3WAFA 3PUVE 1B7ZA 3IOTA 2Q88A 1WODA 3CFZA 4JBZA 4R73A 5I56A 4ONYA 3N6UA 3IO4A 3Q27A 3ILUB 5AA4B 1YTVA 1N3XA 3K1MA 1D9VA 2O51A 2DP8A 3PUXE 1SW1A 4RK2A 5FHNA 2UVJA 4YZZA 3RPWA 4PFYA 1RYXA 4KPTA 4PQJA 4FJPA 3SESA 3RTWB 2DXRA 1DTGA 1I69A 3IB2A 4ZE9A 2F34A 1LBBA 3ODBA 1O7TA 4BDLA 3UA8A 3MAMA 4YB6A 1H43A 3PUWE 1HSLA 4ZE8A 3HN0A 3V5AA 5AA4A 1LCTA 4U4XA 1MH3A 2Z8FA 3HSTA 3R26A 4AQ4A 4QSEA 5DT6A 2OWTA 3M8UA 1R1NA 2ANJA 2HQ0A 3RNNA 5AA1A 1ELJA 2O1LA 4M1VA 5A5XA 4Q8RA 1I6QA 3MBPA 5L9OA 4XKPA 3IX1A 2XXUA 4BDRA 3OSQA 1B51A 3PMVA 2I4BA 4G77A 2QSXA 3O97A 1B2HA 1QUKA 1IEJA 1S7YA 4DE8A 3M3LA 4IO2A 3T96B 1IXIA 3Q26A 3MZ1A 4I1DA 3FUZA 3WAEA 2H9BA 4XKQA 1IZ1A 5ICTA 3MP1A 2PMSA 4QHQA 2VD3A 3BKIB 1OQGA 2XD3A 4NF4A 1SYIA 4GIZA 3SEVA 1B40A 4JWXA 3FD3A 3VVFA 2O7UA 2ZNUA 1NNTA 3N6TA 1B4HA 4I62A 1B6HA 2Z22A 5I58B 4G8HA 4ISUA 2CMOA 2DE4A 4DXBA 1II5A 1O63A 2AIXA 1UQWA 2PYYA 3SETA 4MF3A 4DIGA 3P7IA 4R74A 4C1UA 3EPEA 2KLFA 4XXUA 1MG1A 4IY6A 2I49A 3N26A 3TCGA 5AE4A 4R9FA 3H6TA 4DXCA 4FECA 3OSRA 1Q1KA 1A99A 4YAHX 1YPNA 4OERA 4ZZAA 1MDQA 2Y7KA 2ZNSA 1SI1A 4OMBA 4NEDA 3K0VA 3N94A 3B6QA 2CZLA 3I5OA 3ZSFA 2UVIA 4OXVA 4WEDA 4ND9A 2XXYA 1MPBA 4OENA 4RPOA 1NNKA 1CB6A 4RXLA 4R6HA 1MPDA 4F3PA 2X26A 2I0BA 1MQJA 2DWIA 3FJ7A 4G68A 2AL5A 3DP6A 2DS9A 4OFJA 4GF8A 1OQHA 3KN7A 1CE2A 3H7MA 4RJZA 1LAGE 5FHMA 3C35A 3IR1A 4LQ2A 5TU0A 2IA4A 3FV2A 3I6VA 4X9TA 1B52A 1YCJA 3U1OA 4KYDA 2ALUA 3PUZE 2DXYA 4F29A 4UACA 1F9BA 2R71A 3W15C 5H8NB 4U1OA 5CMKA 2F78A 5L8DA 4UA8A 4O3CA 1EZPA 3VDFA 5B70A 1VSOA 4H8JA 2RCAA 3SEYA 5AA2D 2XXWA 4ZS9A 3L6HA 1MXZA 2NWJA 4DZ1A 3HO7A 4R2FA 3S9NC 1IQ7A 1N0TA 2DVCA 3KEIA 2VOZA 3LSFB 4XKNA 1SQYA 4U4SA 1DPEA 2Z23A 2XXHA 4YICA 4Q30B 2ZMBA 2WKYA 4IY5A 3IAZA 4F3GA 4GLIA 3C4MA 2QS4A 4BLAA 4ELPA 2Y7IA 2QJEA 3MP6A 3E4RA 3GBAA 2V84A 2REGA 4JDFA 1TFDA 3Q29A 1PBPA 1Q35A 1Y20A 1JQFA 3S2VA 1QKBA 4PFTA 1US5A 1EZ9A 3GBBA 4KI0E 1NFTA 5M2VA 4F19A 2O69A 2RCBA 2OLBA 3EHSA 3MQ9A 3CG1A 3FJGA 4NF6B 5ICQA 3LSLA 4TQUQ 1XVXA 1DMBA 5H8FA 1IXHA 3Q25A 4IGRA 3O66A 3TYHA 4C1TA 4N13A 2DE3A 4FORA 3V89B 1ZBMA 4FEBA 5CMBA 3C33A 1BKAA 4NE4A 1FTKA 2H98A 1I6BA 2X7QA 1SDXA 2XXIA 4U21A 2DWHA 3VXBA 3DLNA 2F35A 2H4IA 2A5TB 4OESA 4O3BA 3OOAA 4EUOA 3TTRA 4RY1A 1A55A 2QL3A 1H45A 4PFWA 2H5YA 5HM4B 5I2NB 3DP4A 4U1ZA 4KHZE 2RC8A 1OIBA 4ESWA 3IK6B 1B0LA 2I3VA 3T93B 2DWJA 3M3FA 1DTZA 1N7XA 1B7HA 3KOSA 3W9VA 3KFMA 2THIA 5I56B 3RTFB 3CSGA 4IO7A 5CRYA 4E0WA 1MM7A 2Q8JA 4G8MA 5B7DA 4EQ9A 1B32A 1IXGA 1N3WA 4JB7A 4F18A 4MLQA 5FTIA 2I4CA 2ZYOA 1LB8A 1BIYA 4GQOA 4EQBA 2A5TA 3V83A 3U92A 4GXAA 4I8CA 3PMXA 1P1OA 4F39A 4IO3A 3RY3A 5I2NA 1FQCA 1B5JA 1A7LA 2XHDA 3S4UA 1LFIA 3DELB 2XXTA 1FQEA 1MQIA 2OWSA 1P1QA 2ONKE 1MPCA 3OO8A 4K3FA 4THIA 1IUDA 3IORA 3TMGA 4KD5A 3HHFA 1A8EA 4QFOA 4U2RA 4FE8A 1AL3A 3GZGA 3KJTA 3MJNA 5FHOA 4BDOA 3FXQA 1TXFA 3ZKLA 2DWAA 1FTMA 2I0CA 3HV1A 1QW0A 2X7PA 3UN6A 3VV5A 3S9LC 3G3IA 1POY1 3C36A 3G3GA 4YU0A 2QS1A 4G68C 5A5XB 1RKMA 3PD9A 1GVCA 1OLAA 2DYXA 4N07A 1FQBA 5I2KA 2E1SA 1UIUA 4QFKA 4LZ7A 3FATA 1D4NA 1BP5A 4PETA 3FZVA 3H03A 4FEDA 4BDNA 2Y84A 4ESXA 3HHGA 3T22A 2R9JA 3LSXA 3V8XB 3RQTA 3IL1B 3FVGA 1B9JA 4GD5A 2F7AA 3GXAA 3TAJA 1MY2A 2HAUA 2XXXA 4NF4B 1FQFA 1N04A 4QSCA 1ANFA 3ZKKA 3PUYE 1A54A 4ZECA 1URSA 4DDDA 1GV8A 4PP0A 1VFEA 3S9EA 4P0GA 4F2OA 1H3DA 3UORA 3QSLA 1MDP1 4PE5B 4RYAA 1LCFA 5ITOA 2F6GA 3B7DA 4Z0IA 4DXUA 4OYVA 1AMFA 3C31A 5K2YA 3G3FA 3PMWA 3W9WA 2GRVA 3LR1A 4RNSA 2P2AA 3BFUA 2FYIA 3PPOA 4U22A 3FIRA 3CIJA 2B3FA 2ONRA 5DEXA 1LBCA 2RINA 1SW2A 2OBGA 2D3IA 5CBRA 2Z8DA 4ELOA 3MP8A 3ZS6A 3LSWA 1I6AA 3TZAA 1R9QA 3CFLA 1D3KA 1WDNA 2V3QA 1QUIA 4GL0A 3G7WA 1GGGA 3MPKA 4F1UA 2DOJA 1BTJA 5EHSA 3JZJA 1DSNA 4G68B 4POWA 4RA1A 4GOTA 2I3WA 2VP1A 4X1BA 4F1VA 3PD8A 1MXUA 4ECFA 2E0SA 2I58A 1B0HA 3TQLA 3O6HA 3K00A 3VLUA 5H8HB 4IO6A 4MFIA 1MH4A 1RYOA 4H8IA 1NNFA 4H65A 2REJA 3OENA 1LGBC 4XTCQ 3E9XA 3UGWA 3PU5A 1IXCA 1LFGA 5IKBA 3ECRA 1XS5A 1A40A 1LAFE 3TCHA 2NUVA 5HPQA 2GH9A 3PGFA 3H6WA 3BBRA 3OXNA 2I6EA 5H8QB 1MXWA 4WEPA 1P1UA 3ILTB 4KFQA 5H8HA 2V93A 4OTEA 4OFLA 5F7VA 5K2XA 2YLNA 2UYEA 3F11A 3O29A 2ONSA 2UVGA 1QVSA 4EQ7A 5KZTA 1LAHE 3E3KA 2P0SA 4OEUA 4NF8A 1LSTA 3H4ZA 3OO9A 4R6KA 3VVEA 5HBCA 3IB0A 4Q0CA 3TDJA 4IO4A 1EH3A 4YMBA 4U23A 1NL5A 4F3BA 5LOMA 1PB8A 1SYHA 3TTKA 3KOTA 1Y1ZA 5H8QA 2XX9A 4DCXA 3KN3A 3JYRA 4WXJA 3TEPA 4IGTA 3RGYA 1B3EA 3IO6A 1JW5A 3KN8A 1MRPA 3K02A 1SD3A 1LB9A 4KCCA 3THIA 5DTBA 2O68A 3QAXA 1XHYA 2BJJX 4F1YA 5CBSA 1B3GA 1DOTA 3MVWA 4PFUA 3MVZA 5H8FB 1ZIUA 4XKRA 4NWCA 1OMPA 1XT8A 5J1DA 4FAJA 4EF1A 1PDAA 1Y3NA 2PT2A 1N76A 1SI0A 1TT1A 1PEBA 4MH5A 3Q28A 3R7XA 5JEIA 1B3FA 3K6WA 2XD2A 4YKPA 1Y3QA 4QFNA 4RPNA 1L5TA 3S9MC 2UVHA 4TLLB 4Z7EA 1PBQA 1D9YA 1N84A 4LZ8A 1OVBA 1URGA 3IB1A 3HPIA 5DVIA 2I48A 1Y3PA 3VLVA 4KYEA 2O1MA 1UTBA 3KJ7A 1SW4A 5I59A 3IJOB 4O3AA 4H6DA 1MY0A 3K4UA 4LUBA 2XXVA 4FIMA 1JVXA 3FJMA 3RLFE 1H44A 3SDFA 3A3CA 5L9MA 1O64A 1FQDA 1SW5A 2XXRA 4L17A 1ZLQA 3ONMA 1QUJA 3FV1A 5DVFA 3CVGA 3IOUA 4LATA 4JSOA 4G4PA 4IB2A 4OWDA 2D21A 5BWJA 4YB5A 3QUJA 2HFBA 3EHUA 4EF2A 3QUFA 1S9TA 1J1NA 3CR9A 5TP9B 1B3HA 4YKIA 3DM0A 3E13X 1US4A 4ELQA 3OO7A 3KG2A 2YPNA 2H25A 2PBWA 5CC2A 3TPAA 5DVJA 3CG3A 4GL8A 4YB7A 4OETA 2HCAA 3T9VA 3UIFA 2DVZA 3KBRA 4AB6A 3M3KA 4H5GA 4R72A 1AIVA 5I57A 3HCQA 3H3GA 3K6UA 4R2BA 2PX1A 4AB5A 4HCWA 5TP9A 4OHNA 2OCUA 1H76A 3FXUA 5AA3A 1UTHB 2F5XA 4JSDA 5I2KB 4R6YA 3CI8A 2H99A 3MW0A 5I84A 5ISUA 4OQOA 4Q5TA 3OO6A 5KCJB 3JV9A 3TTLA 3TQWA 4H67A 5CMCA 3U8QA 3PPRA 3TCFA 1ATGA 2ABHA 1P1WA 1M5DA 4MLVA 2YJPA 2G29A 3USDA 3OMBA 4F2QA 4RK9A 2R6GE 3D4CA 3TUSA 1Z7NE 5JTYB 3MUQA 1MY3A 4I9DA 2RC9A 3T9HB 1EZOA 3PPQA 4M4GA 2QS2A 2NOOA 3CFXA 1TFAA 2Q89A 4H1XA 4P11A 4OVJA 2QPQA 1B1HA 4HS7A 2W7YA 1UTHA 2RF1A 3K1NA 2HEUA 3T9XB 1ZTYA 4ZDMA 3EN3A 2F7CA 2Y7WA 1LFHA 3VLWA 2ZYNA 3O28A 3OEMA 3AXFA 5KCJA 3O6GA 1OLCA 1IIWA 1IITA 2O84X 2ESNA 5KDTA 3FXRA 1B5IA 3MZ9A 2HXWA 3MVXA 3FVKA 4NF5B 1POTA 1JETA 5JTYA 2O6AA 2QMWA 4GRKA 3KSJA 5DEXB 4QFLA 3T66A 3SERA 3IOVA 2LAOA 1R9LA 2VD2A 3H06B 1NH7A 1QJMA 1JEVA 1ZU0A 4X1DA 3SEUA 3TTNA 2DE2A 3A3UA 1OVTA 4YMAA 4JXIA 3PV0E 4BDQA 4NF5A 3C9HA 3G3KA 4DCYA 4FATA 2M8CA 1MXVA 2F7BA 3G3HA 1JVYA 4R75A 3LUYA 3PPNA 2DQVA 5TPAB 3VXCA 1MM6A 1B5HA 1FW0A 2V3TA 3BFTA 3T9UA 1Z7ME 3OD7A 2RKMA 3LBSA 3C32A 1M5CA 2HAVA 3K01A 2XX8A 2IEEA 3U94A 3FVOA 3FASA 1JNFA 4ZEKA 5CI5A 1NKXA 1XOCA 1T0KA 4F3SA 3PPPA 4F22A 4WKMA 3FGSA 3SKPA 1B58A 2Y7PA 3TTMA 4JWOA 4LONB 2F8DA 3QK6A 2Q2CA 2GHBA 5F1QA 2XXPA 5IAIA 4NWDA 5ITPA 3LC8A 1PB7A 3H6UA 4OZ9A 1HSJA 1TWYA 1ZKBA 5TPAA 1A8FA 4R9GA 1LLSA 5AA2B 3TELA 1MXYA 3RT8A 1KWHA 3A09A 3TFLA 3DP8A 4LA9A 2VHAA 1WVJA 4NF8B 4LVQA 2ZYMA 4HCYA 4KCDA 1JEUA 3O9PA 1LAXA 1B46A 3CSBA 3MPLA 1Y1MA 5I58A 1NMUA 3FVNA 3QXMA 3MZBA 2UXAA 1FTOA 1XC1A 1MQHA 2AL4A 4P0IA 4LQ5A 3UP9A 2VGQA 2FA7A 1B1XA 5ELVA 1FQAA 4EDPA 2A5SA 4GFRA 3C34A 1HSEA 4E0XA 5AA2A 3K1PA 2HZLA 2ZNTA 1BLFA 1Y4CA 1VFDA 1NNPA 3U93A 4EXKA 4LZ5A 3N5LA 4G8NA 1FCKA 3B6WA 2OZZA 1R6ZA 3IJXB 1M5EA 3K6XA 4ZEDA 1AH5A 1MY4A 5CM6A 4YKJA 1MQDA 4N6PA 2OJTA 2Q2AA 1JW4A 5H8SA 4G2ZA 3RN8A 1UTBB 3OEKA 5I59B 1ZJLA 1USYH 4KQPA 4BDMA 2QRYA 4IO5A 4H5FA 1YAEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B05A 1FBFA 4QSDA 3GLBA 4JWYA 1PC3A 3K6VA 3KZGA 1VR5A 2D5WA 5H8NA 2ZXTA 2OWZA 3O2AA 2QVUA 5EHMA 2XX7A 4ELRA 2RC7A 1SVXB 2NVUB 4GWOA 1MXXA 1RDYA 4H0WA 2B65A 3T1BA 5L9SA 1FTJA 4NN3A 3O6IA 3QIMA 2GFEA 1GR2A 3EF7A 3MVYA 4PAKA 4QF9A 3U72A 3RUMA 4MNCA 2AYSA 3CRBA 3A29A 4OEVA 2G93A 3TKDA 3QYTA 4GVOA 2F36A 4MHFA 3G3JA 2PT1A 3K2DA 4C0RA 1FBCA 4TOZA 2F6PA 4P47A 2P1SA 2GQ1A 3TODA 1URDA 2XXQA 4ZEBA 3OELA 4O8MA 4NTLA 2GHAA 5EYGA 2HPGA 5I57B 3KGCA 4DLDA 4NMYA 1B3LA 2HZKA 4P8BA 1JW1A 4ZEIA 3SEWA 5CMMA 1P1NA 1NUXA 3VE1B 2ZYKA 2Z8EA 1B7UA 3UK4A 4POXA 1GTKA 1DK4A 3VVDA 1UIVA 1M5FA 4MBPA 4PAIA 3EHTA 4ZZEA 2PVUA 1PB9A 3R6UA 1QKAA 2Y7RA 3L6GA 1XVYA 3GYYA 4GX4A 3H6VA 3SEXA 4TLMB 3KSXA 4EXLA 1QULA 1D9QA 2DSFA 4NF6A 1B4ZA 1DPPA 3MC2A 4GXSB 1S50A 4YKKA 2ZZWA 1M5BA 4PC9A 2B3BA 2OK2A 1N7WA 1MQGA 1Y9UA 3B6TA 2QMXA 4QBAA 2V25A 1NV1A 3U65A 4QRZA 1MS7A 2O7IA 1P99A 2QS3A 4XIGQ 1USYE 4X48A 1MY1A 4OFOA 4HTGA 5BUUA 1VE4A 3D4GA 1AOVA 4ZEFA 1SBPA 2Q9TA 3EQ1A 4KYSA 2V3UA 4HE0A 1Y4TA 3BIHA 3MWBA 4QFPA 3I3VA 4N6DA 1ZMGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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