1BTJA

Human serum transferrin, recombinant n-terminal lobe, apo form, crystal form 2
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
333
structure length
333
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ligand-induced conformational change in transferrins: crystal structure of the open form of the N-terminal half-molecule of human transferrin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (SERUM TRANSFERRIN)
molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 333
sequence length 333
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1btjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1btjA02
5HBCA 1D4NA 1LFGA 3CSBA 2QL3A 1GV8A 2GRVA 2Q2CA 5I57A 1RYOA 1UTHB 3ONMA 2H9BA 4E0WA 4YZZA 3G3IA 4IB2A 2NWJA 3PUWE 2XD3A 1LAXA 2DE2A 4JSOA 1MXYA 4JWXA 3RPWA 3U92A 1B05A 1P1UA 3Q28A 1NL5A 1JW5A 2VD3A 4RJZA 3PPPA 3B7DA 3H7MA 4IO7A 1M5BA 2O7IA 3OD7A 3BFTA 2H99A 4Q30B 1B1HA 5BUUA 1NH7A 3UK4A 3E4RA 3GLBA 4OENA 5L8DA 1YCJA 2VP1A 3PMVA 4N07A 3TCHA 3K4UA 3FJ7A 4LONB 3ILTB 4LZ7A 4F3BA 4YKKA 3FXRA 4GIZA 4I1DA 2H25A 1B4ZA 3F11A 5CM6A 2XXUA 3EQ1A 3MZ1A 1PB8A 2D21A 5M2VA 1XT8A 3H6TA 1Y4TA 2M8CA 4BDNA 2Q88A 5IKBA 1MQGA 3RT8A 1B52A 4LATA 5JTYB 1O7TA 2XX8A 5H8FB 3PV0E 4H5GA 1B0HA 2F7CA 2HZKA 3LSXA 2XXWA 4AB6A 1MH4A 3KG2A 1M5EA 4TQUQ 1S9TA 1TXFA 1IIWA 1QUIA 1FTMA 3TQLA 1B0LA 2I3WA 3KN8A 4F19A 1MDQA 3MJNA 4PE5B 4PETA 1GTKA 2XXYA 3N5LA 3RTWB 3PGFA 3TYHA 3VV5A 4YB7A 3MPKA 3FASA 3Q29A 2D5WA 3ZS6A 3R7XA 4K3FA 1GR2A 2RKMA 2DOJA 1WDNA 2I4BA 3TQWA 1AMFA 2XXRA 3WAEA 1NH8A 2Z23A 5CRYA 1B3LA 2PT1A 2O68A 3LSWA 4I62A 2V84A 5B70A 4R2FA 2W7YA 5BWJA 2F6PA 4G68B 4QFLA 3SEWA 4ISUA 5A5XB 1BTJA 3Q26A 1A99A 1FW0A 3IK6B 3S2VA 3RTFB 1MY4A 3TEPA 1ZU0A 4R72A 1O64A 1P99A 4EDPA 3QUJA 3FJMA 1B5HA 1A8FA 1YAEA 4Z7EA 3C33A 2GHAA 2I6EA 5I2NB 3HPIA 5J1DA 3QK6A 3U93A 1S50A 4R6YA 1JVXA 4YAHX 2QSXA 4OETA 3IOVA 1MM7A 1TFDA 4RK2A 2DWJA 5TPAA 4NF4A 1SW5A 1FQEA 3IB0A 4UA8A 1IXIA 3CIJA 4BDOA 4RPNA 3JYRA 3O6IA 3QXMA 4H6DA 3B6WA 2ZNSA 2AL5A 3S9LC 1EU8A 4FATA 2RC7A 4ELPA 2YPNA 3CFZA 1FQBA 5KCJA 3EN3A 2RC9A 3ZSFA 2LAOA 5FHOA 1NKXA 3O28A 4EXKA 4JBZA 3CSGA 4H1XA 3LSLA 3MVYA 4GRKA 4NWCA 3GXAA 3I6VA 5ICQA 3MWBA 1Y20A 2OJTA 2ZNUA 3C9HA 2DQVA 2Y7KA 4F1YA 4GFRA 3SESA 3U94A 1FTLA 3FVGA 4ZE9A 3MVWA 1PBQA 4QFOA 3TTNA 4XKNA 4F3GA 4N13A 2FNCA 4U21A 5ICTA 2UVHA 5FHMA 2ZYMA 4KI0E 3OO6A 1XHYA 4BDLA 2XXQA 4JWYA 2PX1A 5AA2B 4ZEFA 2GFEA 5DVJA 3GZGA 2A5TA 4PFTA 3RUMA 2Z8DA 3CFLA 4ONYA 2XHDA 3TTLA 3OEKA 5K2XA 1IEJA 2RF1A 1JW1A 2NVUB 3IAZA 1H3DA 1LB9A 5DVFA 3IOWA 3VXBA 1AH5A 1B6HA 4GQOA 3H4ZA 1B51A 1NNFA 2CMOA 4NF6B 4IO3A 4GF8A 2NOOA 3K6UA 3BFUA 3CG3A 5ITOA 3OELA 1ZBMA 3B6QA 4GL0A 1SYIA 1B3HA 5I56A 4KQPA 4PFWA 2ZMBA 3K1NA 1AOVA 3H06B 3HN0A 4ND9A 1ZMGA 5JK4A 3IR1A 3DP6A 3O97A 2F35A 4G68A 5CBSA 3KN3A 5A5XA 1VFDA 4H5FA 1QJMA 1LSTA 4H65A 1RKMA 3K1PA 3G7WA 2AYSA 1SDXA 2OLBA 4HCYA 1N84A 4RXLA 3FVOA 1OLCA 1M5FA 4MLQA 1MQJA 1HSJA 2QRYA 4QHQA 1TFAA 3O29A 4EUOA 3O6HA 2UYFA 1FTJA 3KJTA 2P0SA 1LB8A 1FTKA 4EQBA 3TELA 4O3AA 2RCAA 3K00A 3N6TA 3T9UA 4Q8RA 4YU0A 2F78A 3TAJA 3MC2A 1D3KA 2DVCA 1SI0A 4FIMA 4JSDA 1SI1A 3VDFA 4GLIA 3C36A 1LAFE 1S7YA 2HEUA 4DDDA 4POXA 4NTLA 5FHNA 2HAUA 4ZEIA 1R6ZA 5K2YA 3O2AA 5I2KA 4FJPA 3MAMA 2V93A 5KDTB 4MF3A 2ABHA 2E1SA 1JETA 3N26A 3UORA 5CMBA 1B3GA 3G3JA 1L5TA 3G3HA 4OXVA 3G3GA 3UP9A 3MP8A 4WXJA 3H6WA 4RPOA 2HXWA 4C1TA 4ZZEA 1DPEA 2XX7A 1SD3A 2PMSA 1I6QA 2WKYA 1USYE 3W15C 3QYTA 2P1SA 4X9TA 2F34A 4XKPA 4KR5A 1US4A 4KPTA 3SDFA 2PVUA 3C4MA 3CG1A 5AA2A 3LBSA 4ELOA 1IXGA 4ZE8A 1XVXA 5L9SA 1B2HA 3PPRA 3CFXA 1VE4A 5AA3A 1LLSA 2D3IA 3FV1A 3KZGA 3Q27A 5H8NA 1N7XA 4ECFA 4XKRA 3M3LA 4HTGA 4WKMA 1H45A 4GD5A 1TWYA 3SEXA 5I59A 4XTCQ 3RGYA 1MQIA 3FXQA 4F3PA 3UA8A 4BDMA 3RY3A 1Y9UA 4ZS9A 5KZTA 3K2DA 3RNNA 1MG1A 1YTVA 4IO6A 2VGQA 3S9EA 1MY3A 1XS5A 3IJOB 4EQ9A 4POWA 4HW8A 5ISUA 2O7UA 4R6KA 1XC1A 3Q25A 4OHNA 4H8JA 2VHAA 3EHTA 4NF8B 5I58B 1R9QA 1MY0A 1II5A 4QFNA 3TCFA 4Z0IA 1P1WA 1URDA 3MZBA 4F2OA 3HHGA 3E9XA 4G8MA 1LGBC 3TTKA 4F2QA 4QSDA 1IITA 5IAIA 4QSEA 1UIVA 2I48A 1DTGA 5TP9A 2QMWA 1H44A 4OTEA 4EF1A 3MUQA 4LVQA 4YKIA 4GOTA 4IGRA 1MXVA 2DS9A 4FAJA 3UIFA 4ZDMA 2ZYNA 3HHFA 4FEDA 1M5CA 3ECRA 1D9VA 1UIUA 3SEUA 1ZKBA 3H3GA 2I0BA 2HCAA 3N6UA 3VE1B 1DTZA 1NNKA 5H8QA 1MXUA 3IOUA 1HSEA 5CMMA 2NUVA 4X48A 3FATA 4NF5B 4QFPA 2BJJX 5H8SA 2Q89A 2DE3A 3PPQA 1DPPA 4KD5A 1OLAA 2OBGA 2O51A 4GWOA 1P1OA 1FQDA 1IQ7A 5DEXB 1Q1KA 3BBRA 3SEVA 4PFYA 1JVYA 3VLVA 1B1XA 2Y84A 3IX1A 3L6GA 1QW0A 1R9LA 4JWOA 1Z7NE 1SW1A 2GHBA 3LSFB 5CC2A 3FZVA 3PD9A 3OMBA 1UTHA 1LBBA 3PPOA 4X1DA 1WODA 2O69A 2QS4A 1J1NA 3BKIB 2UVIA 4ELQA 1H76A 3R26A 2HZLA 1DOTA 2QS2A 2G29A 3IL1B 3HCQA 3S9MC 3VLUA 2HQ0A 3TMGA 4QRZA 3M3FA 3V89B 1IXHA 2ONSA 1SW2A 4NMYA 5DT6A 1N04A 1BLFA 2Q9TA 4YMBA 3M8UA 3JZJA 1JNFA 3C34A 5FTHA 3PUYE 4IY5A 5H8HB 1T0KA 1O63A 5B7DA 4ESXA 2RCBA 5CBRA 2UXAA 3PUZE 4JXIA 3GBBA 4OFLA 3O9PA 3OSQA 4LP2B 3G3FA 3TODA 5JTYA 3K6WA 4G8HA 1NNPA 5H8FA 1QUJA 1GVCA 1A55A 1UQWA 2UVJA 1LBCA 3QIMA 3A3UA 4Q5TA 2QS1A 4G68C 5L9MA 1POY1 3QAXA 5CI5A 4ESWA 3D4GA 4O3BA 1ATGA 3PUXE 2I49A 4I8CA 4OFOA 4QSCA 3PD8A 2XXHA 3KOSA 3O66A 1QUKA 3IORA 4MH5A 1Y1ZA 3D4CA 1MPBA 4U2RA 1AL3A 2P2AA 2Z8FA 4EF2A 2I0CA 3HO7A 1MPDA 2AL4A 3JV9A 4THIA 3VFJA 2IA4A 3W9VA 3A3CA 2DXRA 2B3FA 3FIRA 4YICA 5HM4B 3V83A 2FA7A 3MPLA 3DP8A 1OVBA 3PMXA 4F31B 4G77A 4E0XA 4XIGQ 3H6VA 1IXCA 2DWAA 5CMKA 3KEIA 1QKAA 1Q35A 1D9YA 2VOZA 1Y3QA 4O3CA 3USDA 3C32A 3DELB 3KJ7A 3PPNA 4KFQA 3QSLA 1LCTA 4NEDA 2KLFA 4F1UA 3MZ9A 4IO4A 3OXNA 3S4UA 2OWTA 4ZZAA 4KCDA 3MVXA 1BIYA 4DXBA 2F8DA 4OZ9A 4YKPA 3OO9A 1JW4A 1NNTA 1B7HA 4OYVA 5I2NA 1B9JA 1N7WA 1B58A 1I6BA 2B3BA 5EHSA 3U8QA 2X7PA 1N3WA 4IO2A 4P0IA 3RLFE 3CR9A 2X26A 3PUVE 2ALUA 5LOMA 2QS3A 1B5IA 4R9FA 4H0WA 3HSTA 1LFHA 3C31A 4U23A 1JEVA 3DP4A 4LA9A 2F7AA 5HPQA 3N94A 1VFEA 2PT2A 5DYHA 1MDP1 3LUYA 3IJXB 2XXXA 4GXSB 4ELRA 1MXZA 1IZ1A 2REGA 3VXCA 3DM0A 3V8XB 1ZJLA 3SERA 1P1NA 2ONKE 3SEYA 3SKPA 3FXUA 1OQHA 4F39A 2XD2A 4EXLA 2R9JA 2Y7IA 2Z22A 2A5SA 2Y7RA 4QF9A 4MFIA 5H8HA 3FVKA 1A8EA 5F1QA 3IOTA 1WVJA 5AA4B 1QKBA 4YMAA 4U22A 2F7BA 4PP0A 2I58A 4M4GA 5I84A 4GXAA 3OO8A 3KBRA 1ZTYA 5TPAB 4NF4B 4RK9A 3TPAA 4F1VA 1B3FA 3M3KA 1FQAA 1CB6A 2ZXTA 2G93A 3T96B 2DWIA 4RA1A 3T66A 4OWDA 1FQCA 1URGA 1FQFA 1AIVA 1QULA 3K01A 1RYXA 4F3SA 2V3QA 5KCJB 3OOAA 1PC3A 3O6GA 4NF6A 4R6HA 1UTBB 4RYAA 4ZEKA 2ZYOA 1EZOA 3ZKLA 3G3KA 4OESA 1OIBA 2H5YA 1HSLA 4ZECA 2V25A 3UGWA 4LQ2A 5FTIA 4DIGA 3VVEA 1MY1A 4L17A 1PB7A 5AA2D 2QMXA 3PU5A 4UACA 2OCUA 2PYYA 1MXWA 3TFLA 2VD2A 1LCFA 1DMBA 3FJGA 4Q0CA 2RINA 3THIA 2DWHA 1N3XA 4FECA 3IO4A 2V3TA 3T22A 2Z8EA 4EQ7A 4IO5A 2O1MA 4IY6A 1OQGA 3T9HB 3I5OA 4R9GA 2Q8JA 1YPNA 3OEMA 1PB9A 2A5TB 4GVOA 2IEEA 3VLWA 2GH9A 3W9WA 1VR5A 3TKDA 5ELVA 1B46A 4G2ZA 4PFUA 2XXIA 2UYEA 3KN7A 3DLNA 3QUFA 4BDRA 2QPQA 3T9XB 3ODBA 1EZPA 4C1UA 4RNSA 1US5A 4OERA 3EHSA 4U1ZA 1URSA 4M1VA 3VVDA 3P7IA 2Y7WA 5I56B 1MXXA 2HFBA 4OEUA 3CRBA 4I9DA 4XKQA 2THIA 4LZ5A 1MS7A 1B40A 1LFIA 4C0RA 2OZZA 4GL8A 1A54A 2HAVA 4AQ4A 1Y4CA 4KCCA 4YKJA 4P11A 2DXYA 2OWSA 5KDTA 5DTBA 1OMPA 3FVNA 4BLAA 1BP5A 3WAFA 3OENA 2R71A 2AIXA 1Z7ME 4DLDA 3SETA 3LC8A 1IUDA 3KFMA 5AA4A 4U1OA 3S9NC 3L6HA 1SQYA 2Y7PA 1PEBA 1NFTA 3K6VA 3CI8A 2YLNA 4JDFA 5JEIA 3PMWA 3ILUB 2O84X 3ZKKA 3MP6A 4LQ5A 4LZ8A 2F36A 2ESNA 2ANJA 2DE4A 4FEBA 4FORA 4H67A 3K6XA 4WEDA 4DXUA 4YB5A 2R6GE 4AB5A 2PBWA 3KSJA 4ZEDA 2F97A 1GGGA 1UTBA 3MQ9A 4NE4A 3UN6A 3KGCA 2H4IA 3KOTA 3FGSA 3V5AA 5I2KB 3HV1A 3A09A 3CVGA 3OO7A 2F6GA 1PDAA 3H6UA 1KWHA 1H43A 4KYEA 4WEPA 5AE4A 2DP8A 5L9OA 3TTRA 1EH3A 3C35A 4DCXA 4DXCA 5EHMA 5I57B 4NF8A 2B65A 5I58A 4RY1A 1OVTA 1MPCA 1FCKA 4U4XA 2X7QA 3RN8A 3FV2A 2I4CA 3MP1A 4R73A 3U1OA 4R75A 3T9VA 2F5XA 3E13X 4OFJA 1LAHE 4DE8A 5DVIA 3B6TA 4KHZE 3RQTA 1B32A 3I3VA 1XOCA 4OEVA 2DVZA 3FUZA 3GBAA 1Y3NA 2UVGA 3OSRA 3LR1A 4G8NA 3TTMA 2DYXA 1M5DA 2CZLA 4TLLB 4TOZA 3VVFA 2YJPA 1JEUA 1ANFA 1N0TA 5H8NB 5ITPA 4MLVA 2E0SA 5EYFA 3TDJA 1R1NA 3EHUA 4U4SA 2FYIA 3K1MA 1MRPA 4F18A 2O6AA 5I59B 1SBPA 2ONRA 4H8IA 2V3UA 5CMCA 1MQDA 4F29A 4NWDA 1B7ZA 4PQJA 1SVXB 4F22A 4NF5A 4ZEBA 2OK2A 3MVZA 1DSNA 2I3VA 1Y3PA 5TU0A 4YB6A 4TLMB 1N76A 4XXUA 1B5JA 3R6UA 1MH3A 5DEXA 1SW4A 3TZAA 1Y1MA 3AXFA 3TUSA 3MBPA 4IGTA 3T93B 2XXVA 1CE2A 2O1LA 1USYH 4P0GA 3H03A 2XX9A 1XVYA 4R74A 1PBPA 2NXOA 1EZ9A 1B7UA 4FE8A 5TP9B 4R2BA 4G4PA 1F9BA 3EPEA 2ZYKA 4HS7A 1A40A 1MM6A 4DCYA 1I6AA 1ELJA 4MBPA 1TT1A 1SYHA 4KYDA 4OMBA 3E3KA 4DZ1A 3K02A 3RT6B 1VSOA 3K0VA 3KSXA 4N6PA 1POTA 4LUBA 3MW0A 1LAGE 5H8QB 1ZLQA 3IO6A 3U72A 4X1BA 2XXPA 4OVJA 4JB7A 2Q2AA 1NMUA 1B3EA 2DSFA 3EF7A 1MY2A 2RC8A 1B4HA 1I69A 3TCGA 2H98A 1P1QA 1MQHA 4OQOA 1FTOA 1BKAA 4QFKA 2REJA 5AA1A 4HCWA 4KYSA 3IB2A 1QVSA 5F7VA 1ZIUA 1JQFA 2XXTA 3IB1A 1A7LA 2ZNTA 4BDQA 3FD3A 2QJEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HBCA 1D4NA 1LFGA 3CSBA 2QL3A 1GV8A 4MX6A 2GRVA 2Q2CA 5I57A 1NUWA 1RYOA 1UTHB 3ONMA 2H9BA 4E0WA 4YZZA 3G3IA 4IB2A 2NWJA 3PUWE 2XD3A 1LAXA 2DE2A 4N8YA 4JSOA 1MXYA 4JWXA 3RPWA 3U92A 1B05A 1P1UA 3Q28A 1NL5A 1NV2A 1JW5A 2VD3A 4RJZA 3PPPA 3B7DA 4XFEA 3H7MA 1NI9A 4IO7A 1M5BA 2O7IA 3OD7A 3BFTA 2H99A 5IGAA 4Q30B 1B1HA 5BUUA 1NH7A 4FBPA 3E4RA 3GLBA 3UK4A 1RDYA 4OENA 3KC0A 4NF0A 5L8DA 1YCJA 1FPBA 2VP1A 4N8GA 3PMVA 4N07A 4X04A 3TCHA 4PC9A 3K4UA 5IZZA 4OVQA 3FJ7A 4LONB 3ILTB 4LZ7A 2V4CA 1FBEA 4F3BA 4YKKA 2CZHA 3FXRA 4GIZA 4I1DA 2H25A 1B4ZA 3F11A 5CM6A 2XXUA 3EQ1A 3MZ1A 1PB8A 2D21A 5M2VA 1XT8A 3H6TA 1Y4TA 2M8CA 4BDNA 2Q88A 5IKBA 1MQGA 2MKZA 3RT8A 1B52A 4LATA 5JTYB 1O7TA 2XX8A 5H8FB 3PV0E 1G0IA 4H5GA 1B0HA 2F7CA 2HZKA 3LSXA 2XXWA 4AB6A 2QVUA 1MH4A 3KG2A 1M5EA 4TQUQ 1S9TA 1TXFA 1IIWA 1QUIA 1FTMA 3TQLA 1B0LA 2I3WA 3KN8A 4F19A 1MDQA 3MJNA 4PE5B 3A29A 4PETA 1GTKA 3RPLA 2CEYA 2XXYA 3N5LA 3RTWB 3PGFA 3TYHA 3VV5A 4YB7A 3MPKA 3FASA 3Q29A 2D5WA 3ZS6A 3R7XA 4K3FA 1GR2A 1FPFA 2RKMA 2DOJA 1WDNA 2I4BA 3TQWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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