1CE2 | Genus

Total Genus 207

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	207
sequence length	689
structure length	689
Chain Sequence	APRKNVRWCTISQPEWLKCHRWQWRMKKLGAPSITCVRRASVLECIRAITEKKADAVTLDGGMVFEAGRDPYKLRPVAAEIYGTKESPQTHYYAVAVVKKGSNFQLDQLQGRNSCHTGLGRSAGWNIPMGILRPYLSWTESLEPLQGAVAKFFSASCVPCVDRQAYPNLCQLCKGEGENQCACSPREPYFGYSGAFKCLQDGAGDVAFVKETTVFENLPEKADRDQYELLCLNNTRAPVDAFKECHLAQVPSHAVVARSVDGKEDLIWKLLSKAQEKFGKNKSGSFQLFGSPPGQRDLLFKDSALGFLRIPSKVDSALYLGSRYLTALKNLRETAEEVQARRARVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQIVTCATASTTDDCIALVLKGEADALSLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIANQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLNREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSLSERAAHVEQVLLHQQALFGENGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8592114278448171__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8592114278448171__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1CE2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8592114278448171__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8592114278448171","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1CE2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8592114278448171__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfae03cb8b44eac6f982106/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfae03cb8b44eac6f982106/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfae03cb8b44eac6f982106/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfae03cb8b44eac6f982106/pdb.gz): 668 ms

reading 689 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

689 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 43 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:688});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Metal transport
publication title	Structure of buffalo lactoferrin at 2.5 A resolution using crystals grown at 303 K shows different orientations of the N and C lobes. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN (LACTOFERRIN)
total genus	207
structure length	689
sequence length	689
ec nomenclature
pdb deposition date	1999-03-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00405	Transferrin	Transferrin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	1ce2A02
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	1ce2A04
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	1ce2A01
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	1ce2A03

4POWA 4OHNA 3THIA 3OOAA 2F36A 4G4PA 4R6YA 4YMAA 2Z23A 1MQIA 3FASA 1Z7NE 1MY3A 1PEBA 2ONKE 1SI0A 3T9HB 3EPEA 1PB9A 4WEDA 2UVGA 1PB8A 2B3FA 1D9YA 3TKDA 2GHAA 2XD3A 1POY1 1JW5A 3W9VA 2LAOA 3CR9A 3JYRA 1IIWA 1SW4A 4DLDA 1VSOA 4TQUQ 2I4BA 4ZEBA 2XX9A 3AXFA 2ZNSA 1Q1KA 4XKRA 2YJPA 3FVNA 2UVJA 4NF8A 2V3TA 2XXRA 4PFUA 5ICQA 2F5XA 2O84X 1GGGA 2DE3A 4BDRA 4OFJA 3LSWA 2I4CA 3H6VA 4OTEA 1ZU0A 2ONSA 1MG1A 1MM7A 4C0RA 3UP9A 5ITOA 4ELPA 4FECA 4G8HA 1MXUA 2NVUB 4PE5B 2XXUA 4O3BA 1NL5A 4KI0E 1LAHE 4DDDA 4M1VA 4O3CA 4G2ZA 3MP1A 3IB2A 3PPPA 4OMBA 1IEJA 3KOSA 2F6PA 1ZKBA 1XC1A 1LAGE 2O7UA 5K2XA 1I6AA 4GXAA 3V5AA 4EDPA 1JEVA 3DP6A 2F7CA 4ESXA 5JTYA 2Z8DA 3M8UA 3O6GA 2RC9A 1Q35A 3O97A 4OESA 3VLWA 5AA2D 4N07A 1EZ9A 5BUUA 1OQHA 2ZNUA 3QXMA 1FQFA 1URGA 1OVTA 3A3UA 1D4NA 3LBSA 4F2QA 3OSRA 5EYFA 2VD2A 5EHSA 2ALUA 1B3LA 4H0WA 3W9WA 3PUXE 1QKBA 1DOTA 4POXA 5CMMA 4C1TA 5HBCA 1HSLA 3G7WA 5LOMA 4WEPA 2PT1A 4NWDA 1FQBA 3FXQA 3L6GA 3H6WA 1B3HA 4G68B 1XHYA 2OWTA 5JK4A 4HS7A 3IB1A 3RY3A 2G29A 1LB9A 3PD8A 5CMCA 3T22A 1XVYA 3IOWA 3I6VA 4EQ9A 2M8CA 2Q88A 4R6KA 4DIGA 1UTBB 4YMBA 1P1UA 3E9XA 2F34A 4GIZA 3C36A 2DVCA 1B1HA 2QJEA 5I57A 3CIJA 3TYHA 3PUVE 2O1LA 1LGBC 3K0VA 4RK2A 4NE4A 1FTMA 2F8DA 1MY4A 3T9VA 3TZAA 3O6HA 2RCAA 3ONMA 5B70A 4F2OA 2Z8FA 3TPAA 1AH5A 1TT1A 1NNPA 1H76A 1EH3A 1FTOA 1BKAA 4FIMA 4ZS9A 2VOZA 1FQDA 5ISUA 5DVFA 2ZYNA 4C1UA 2RC7A 2DWAA 4QF9A 1O7TA 3FD3A 3OMBA 3RTFB 3PPNA 2Y7RA 1QUKA 3TFLA 3KJ7A 2XXQA 1DPEA 3M3KA 5I59B 1UTHB 4YICA 3G3HA 3EF7A 2DOJA 3TAJA 1MXYA 2XXWA 4F31B 5I56B 4QFPA 1SW5A 4RXLA 1LFIA 3N6TA 1B7ZA 3ECRA 3OEKA 3KN8A 5I59A 5L9OA 4F39A 1UTHA 2DXRA 1D3KA 2YPNA 3O29A 1DPPA 5AA2B 4NWCA 1H43A 5H8NA 3TTRA 5I56A 1Y3PA 1GR2A 4OERA 2XD2A 5H8FA 1FQEA 4ECFA 2DQVA 1S50A 1MXWA 3ZSFA 1M5DA 3VLUA 2QS2A 2P0SA 1AMFA 3DELB 3KBRA 1URDA 4XKQA 2F35A 1QUJA 3FATA 5KZTA 3BBRA 1XS5A 3R6UA 1YTVA 5A5XA 4YZZA 4NEDA 1HSJA 2ZMBA 5B7DA 4H65A 2A5SA 4TLMB 4H8IA 1AIVA 2Y84A 4OETA 3PD9A 4AB6A 3JZJA 1FQCA 3BFTA 2NXOA 4H5GA 1POTA 1SYIA 4IB2A 3VVDA 3MP6A 3ZS6A 1QW0A 3N94A 4PFWA 1AOVA 4QSCA 5I58A 1B0LA 4HCWA 2Q2CA 3PMXA 4RK9A 1USYE 4OZ9A 3G3GA 3TTMA 5AA1A 5TPAA 4GRKA 2XX8A 2OWSA 3RLFE 1A40A 3KG2A 1SD3A 3O9PA 1ELJA 5DEXB 1MPBA 2REGA 1EU8A 4Q30B 2ZYMA 3GBBA 5KCJB 4GL0A 4DXUA 4LZ7A 3H3GA 1USYH 1KWHA 3UORA 4DCXA 1BP5A 2PT2A 4GVOA 1MQJA 1ZTYA 3TCHA 1IXIA 4MBPA 5AE4A 1Y4TA 2V93A 4KCDA 1IITA 2I48A 3K01A 1QVSA 4ESWA 2W7YA 1ATGA 3BKIB 4Q8RA 4MLVA 1FTJA 2RKMA 1B7UA 4OYVA 4ZEFA 2F7BA 4P0IA 3KJTA 3PMWA 1JW1A 3EQ1A 3K1PA 3N6UA 3TODA 1MRPA 4BDOA 3QYTA 4QRZA 3L6HA 3OO6A 2V3QA 1Y9UA 4DXCA 4LZ8A 3RT6B 5J1DA 3K6XA 1A55A 1QUIA 3IO4A 3G3JA 2OK2A 3IAZA 4XKNA 5TU0A 2NUVA 3R26A 2D21A 4O3AA 3RGYA 4KYDA 4R9GA 3MW0A 5I84A 4RJZA 1FTKA 3GBAA 3B7DA 1OQGA 3IOVA 4I1DA 3MZ1A 4UA8A 1O64A 3LSXA 4ELOA 3VXBA 2G93A 1B05A 4KCCA 1M5BA 1MQDA 2XXTA 5F7VA 4QSEA 5M2VA 3KSXA 4NF8B 3H6UA 2DSFA 3TELA 2RC8A 1LLSA 4U22A 3T96B 3RT8A 3FXRA 1SI1A 3QSLA 1MH4A 2H25A 4F3GA 1SDXA 2Y7KA 3OXNA 1A54A 3KEIA 2XXYA 3V83A 2QRYA 3MJNA 4TLLB 4IO5A 1MY2A 1OLAA 3HHGA 3RNNA 3DP8A 4QFOA 5EHMA 4ONYA 3U93A 5JTYB 1NNFA 1NH8A 2UVHA 4K3FA 1DMBA 5H8HB 3KN7A 4LP2B 4AB5A 2DYXA 5DTBA 2H5YA 4GF8A 1MPCA 3K4UA 3FJ7A 1MY1A 2ZXTA 1I69A 2DE2A 3K1NA 4IO2A 3S9LC 2A5TA 3TDJA 1VR5A 1B9JA 5H8HA 2I58A 2ANJA 2PBWA 3G3FA 3MBPA 2XXIA 1T0KA 1S7YA 2GHBA 4JWYA 3FJGA 4Z0IA 5H8QA 4MH5A 5CBSA 1F9BA 1RYOA 5ELVA 4IO6A 1LFHA 2OZZA 1O63A 1B5JA 3PPRA 1B58A 1B2HA 3KSJA 2Z8EA 3FXUA 1MXVA 2FNCA 1R9QA 4KPTA 4KR5A 4R9FA 3MVYA 4FATA 4RYAA 3GXAA 1MDQA 2F78A 2ZNTA 1N04A 3CI8A 1Y3NA 2P1SA 2KLFA 4LZ5A 3RQTA 1DSNA 1GV8A 2I3VA 2Y7IA 3CG1A 2HAUA 3K1MA 2I3WA 3OO8A 1B32A 5I57B 3LSLA 2Q8JA 1UIUA 4DXBA 4ELQA 4I8CA 2QS1A 1N76A 2AL4A 3N26A 4DE8A 3E4RA 4R74A 4H1XA 1B3GA 3F11A 4JDFA 4F22A 4HCYA 4ZZAA 4NF6B 4LQ2A 1URSA 4OFLA 1HSEA 4R75A 2R9JA 5JEIA 2DWHA 4FJPA 3U8QA 4N6PA 4EUOA 4YKPA 3E3KA 3M3LA 4F1UA 4ZDMA 4GLIA 4EXKA 1SW2A 3H03A 4IY5A 1H44A 1N0TA 1VFEA 4RPOA 5CMKA 2O1MA 4R6HA 4FEBA 4IGRA 4NF6A 3KOTA 2RF1A 3B6WA 4PP0A 3B6TA 1BTJA 2Q9TA 4KQPA 2Q2AA 3MZBA 3SEWA 1XVXA 3GLBA 3I3VA 4LQ5A 2O7IA 3QAXA 1IZ1A 1PB7A 4ZECA 3JV9A 3ODBA 2UYEA 3PPOA 3CSGA 4N13A 5I2NA 1CE2A 2WKYA 1FQAA 2THIA 4MF3A 4R2FA 3IOTA 5H8NB 1WODA 2GFEA 4KHZE 3D4GA 3SERA 1A7LA 1FW0A 4Q5TA 3IB0A 4BDMA 2O51A 3DM0A 4XXUA 3WAEA 5H8FB 3TCGA 1DTZA 2GRVA 1M5EA 3S4UA 3H7MA 1B0HA 4KD5A 3SKPA 1VE4A 4U1OA 1IXCA 5FTHA 2HCAA 4JBZA 1XOCA 1OLCA 1EZOA 3TTNA 2Z22A 4NF4A 1FCKA 4DZ1A 4JXIA 2PMSA 2XXHA 2Y7PA 5A5XB 2HFBA 5TP9A 3O2AA 3IK6B 4OQOA 1SYHA 1JETA 1N84A 1IXHA 5DVJA 1LCFA 3H4ZA 1MPDA 3MUQA 3CFXA 4ZEIA 4FE8A 1FTLA 3EHSA 5I58B 3MQ9A 3C31A 1B5HA 1PC3A 3VXCA 3CRBA 4ZE8A 4LUBA 2DWIA 3UIFA 1Y1MA 1WVJA 4EQBA 2QPQA 4JWXA 5TPAB 3PMVA 3K6UA 3T9XB 1LB8A 4IGTA 1N3WA 3VLVA 5DYHA 4THIA 2Y7WA 2O69A 5CM6A 4HW8A 4F1VA 4F29A 2DXYA 1NKXA 3USDA 3VVFA 4Q0CA 2QS4A 3RTWB 4BDNA 3FJMA 5FHNA 3K2DA 2D5WA 1JVXA 5L9MA 3MVXA 2E1SA 3S9EA 3TEPA 5L8DA 4P11A 1YAEA 4U21A 5HPQA 2CZLA 3FIRA 3LSFB 4F3BA 4PETA 3UA8A 3HN0A 3C34A 5K2YA 2DE4A 1LFGA 1M5CA 2Q89A 3IORA 1TFDA 1US4A 3RUMA 3CFZA 3B6QA 1B4ZA 4EF2A 3G3IA 4E0XA 4X1BA 3O28A 4AQ4A 2PVUA 4F18A 3H06B 3KGCA 1GTKA 4QSDA 1NH7A 1QULA 4X48A 3PUWE 1AL3A 3EHUA 4XTCQ 3SEUA 3OENA 1R9LA 1ZIUA 4PFTA 4RPNA 3A09A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2DWJ A;  1JVY A;  3IX1 A;  3IOU A;  3LR1 A;  1R6Z A;  2DVZ A;  1MDP 1;  3U92 A;  3FUZ A;  3EHT A;  3HHF A;  4RA1 A;  1MQG A;  2I6E A;  2O68 A;  4NF5 A;  4JB7 A;  2XX7 A;  4EXL A;  5CI5 A;  4FED A;  5AA2 A;  4YKJ A;  2QS3 A;  3FVO A;  2HAV A;  4GFR A;  4R2B A;  2AIX A;  5ICT A;  4GL8 A;  4U1Z A;  2OBG A;  4P0G A;  2YLN A;  4GXS B;  2E0S A;  4FOR A;  3C35 A;  2AL5 A;  3QUJ A;  4PQJ A;  4E0W A;  3GZG A;  3SEV A;  3S9M C;  3MPL A;  4OEV A;  3G3K A;  4JSD A;  3MZ9 A;  3K00 A;  3U94 A;  1B7H A;  1LAF E;  5AA4 B;  2XHD A;  4DCY A;  1JEU A;  3T66 A;  1DTG A;  3IR1 A;  1NMU A;  3W15 C;  3KFM A;  4H8J A;  4F1Y A;  1N3X A;  2QMW A;  5H8S A;  1Y3Q A;  1GVC A;  4U2R A;  3VDF A;  1B6H A;  1NNK A;  4IO3 A;  3V89 B;  2VHA A;  5BWJ A;  1H3D A;  5KDT B;  1PDA A;  5AA4 A;  4OEU A;  1SQY A;  3VVE A;  3HST A;  3U72 A;  1LBB A;  1US5 A;  4UAC A;  2PYY A;  4LVQ A;  1RYX A;  1TWY A;  2RCB A;  3PV0 E;  1D9V A;  3BFU A;  4NTL A;  1I6Q A;  1ZMG A;  2NOO A;  2O6A A;  5KDT A;  2UVI A;  3QIM A;  3KN3 A;  1MM6 A;  2CMO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4POW A;  4OHN A;  3THI A;  3OOA A;  2F36 A;  4G4P A;  4XFE A;  4R6Y A;  2PCR A;  4NGU A;  4YMA A;  2Z23 A;  1MQI A;  3FAS A;  1Z7N E;  1MY3 A;  1PEB A;  2ONK E;  5A5L A;  3D1R A;  1SI0 A;  4HE1 A;  3T9H B;  3EPE A;  1PB9 A;  4WED A;  2UVG A;  1PB8 A;  2B3F A;  1D9Y A;  4NQ8 A;  1IMD A;  3TKD A;  4X04 A;  2GHA A;  2XD3 A;  1POY 1;  4PFB A;  3ISP A;  4GWS A;  1G0I A;  1JW5 A;  3W9V A;  2LAO A;  3CR9 A;  4MX6 A;  4HE0 A;  3JYR A;  1IIW A;  1SW4 A;  4DLD A;  1VSO A;  4N6K A;  4TQU Q;  2I4B A;  4ZEB A;  2XX9 A;  3AXF A;  2ZNS A;  5LTC A;  1Q1K A;  4XKR A;  2YJP A;  3FVN A;  2UVJ A;  4NF8 A;  2V3T A;  2XXR A;  4PFU A;  4P1E A;  5ICQ A;  2F5X A;  2O84 X;  1GGG A;  2DE3 A;  4BDR A;  4OFJ A;  3LSW A;  2I4C A;  3H6V A;  4OTE A;  1ZU0 A;  2ONS A;  1MG1 A;  1MM7 A;  4C0R A;  3UP9 A;  5ITO A;  4ELP A;  4FEC A;  2VPO A;  3B50 A;  4G8H A;  4PF8 A;  1MXU A;  2NVU B;  4PE5 B;  2XXU A;  4O3B A;  1NL5 A;  2PFZ A;  4KI0 E;  1LAH E;  4DDD A;  4M1V A;  2GQ1 A;  4O3C A;  4G2Z A;  3MP1 A;  3IB2 A;  3PPP A;  4MMP A; 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 3MVZ A;  5ET5 A;  4XIG Q;  2NWJ A;  3Q28 A;  1Y20 A;  2F97 A;  2D3I A;  3EN3 A;  3SET A;  4F3P A;  4WKM A;  3OEL A;  1JW4 A;  4G77 A;  4N4U A;  3Q29 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1CE2A

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