1CE2A

Structure of diferric buffalo lactoferrin at 2.5a resolution
Total Genus 207

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
207
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKNVRWCTISQPEWLKCHRWQWRMKKLGAPSITCVRRASVLECIRAITEKKADAVTLDGGMVFEAGRDPYKLRPVAAEIYGTKESPQTHYYAVAVVKKGSNFQLDQLQGRNSCHTGLGRSAGWNIPMGILRPYLSWTESLEPLQGAVAKFFSASCVPCVDRQAYPNLCQLCKGEGENQCACSPREPYFGYSGAFKCLQDGAGDVAFVKETTVFENLPEKADRDQYELLCLNNTRAPVDAFKECHLAQVPSHAVVARSVDGKEDLIWKLLSKAQEKFGKNKSGSFQLFGSPPGQRDLLFKDSALGFLRIPSKVDSALYLGSRYLTALKNLRETAEEVQARRARVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQIVTCATASTTDDCIALVLKGEADALSLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIANQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLNREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSLSERAAHVEQVLLHQQALFGENGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
100200300400500600600500400300200100
050100150200Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Metal transport
publication title Structure of buffalo lactoferrin at 2.5 A resolution using crystals grown at 303 K shows different orientations of the N and C lobes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LACTOFERRIN)
total genus 207
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-03-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ce2A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ce2A04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ce2A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ce2A03
3CFXA 1M5BA 2OWTA 5TU0A 3M3FA 4YMBA 4OENA 2Y7PA 4I9DA 1DTGA 4F31B 1Y20A 4NF4B 1QUIA 2Y7WA 2HFBA 5JEIA 4GF8A 1PDAA 1IXGA 3VV5A 3Q28A 1SBPA 4PFUA 2V25A 3T66A 3HHFA 3SEWA 3ECRA 1D3KA 2B65A 3TQWA 2REJA 1P1QA 3KJ7A 3PD8A 4MLVA 4TLLB 2XXTA 1UTBA 3W9WA 4EXKA 3Q27A 5H8SA 2OK2A 3E13X 3G3KA 5AA3A 3OENA 4H5GA 3TELA 1ANFA 1RKMA 3OSRA 4RPOA 2BJJX 3MP8A 5TP9A 5DT6A 2ONRA 3PPRA 4F39A 3LUYA 3VXBA 5L9SA 1QUJA 3FJGA 1I69A 2R9JA 3KN7A 5AA2A 4KPTA 4LVQA 4GLIA 4FEDA 3Q26A 3KEIA 3DP6A 3M3KA 4NF6A 1MXUA 3RGYA 5I58A 1D9YA 1M5FA 3IO6A 2GHBA 3VVEA 1D4NA 3O2AA 2O7UA 3CG3A 1H43A 4F29A 3F11A 2LAOA 4G4PA 2HEUA 4G8NA 5I59A 3MP1A 4OWDA 3HO7A 1R1NA 2DS9A 4Q0CA 3DELB 4BDQA 1MG1A 1GGGA 1LGBC 3LR1A 3S9MC 1TWYA 4IO4A 4FAJA 3FUZA 3EHSA 1PB8A 5AE4A 4ND9A 3TTKA 1B0HA 1S50A 2O69A 4DIGA 5KZTA 4KCDA 2PMSA 4F3BA 1UIVA 2D3IA 2D5WA 3PPQA 3TDJA 2PVUA 3PD9A 4FE8A 2DP8A 3UP9A 2HAUA 4GWOA 3MP6A 1XHYA 3AXFA 3A09A 3B6WA 1B3EA 1B3LA 2H98A 2DXYA 4Q8RA 1B7UA 4YKPA 4JWXA 3M3LA 2I6EA 1LAXA 2ZYNA 1N76A 4OESA 5B7DA 1B58A 2I0CA 5DEXA 1US4A 3Q25A 5CMBA 2B3BA 4DCXA 2R6GE 1BKAA 2XHDA 1B32A 3K00A 1LLSA 3C34A 3H6UA 4XIGQ 4PQJA 2F6PA 1Y3PA 1UTHB 5AA4B 1MXVA 4H67A 3D4CA 2NOOA 1USYE 4EF2A 3MQ9A 3ZKKA 1RYXA 2YJPA 3H3GA 4LONB 4DLDA 1PC3A 2DE2A 3E9XA 3MVYA 3RT6B 3V89B 1FQCA 3G3HA 2XXQA 1VSOA 1R9QA 4ELRA 3KSJA 3FJMA 4GL0A 4NF8B 4GD5A 4RXLA 3JYRA 3RNNA 3IJOB 4QFKA 2ONSA 2AL4A 4U21A 1B6HA 4U4XA 4C1UA 2XD3A 2Z8EA 5TP9B 1EZPA 4KFQA 5K2YA 3CFLA 3TODA 1B7ZA 5AA2B 1GR2A 4U4SA 2DWJA 5JTYA 4XKNA 4HW8A 3IOWA 4IGRA 4NWCA 1WODA 4NF6B 4YKJA 4H6DA 4N6PA 4U23A 5I58B 3FZVA 1LB9A 3K6WA 3HV1A 4DDDA 1SQYA 5H8FB 2AYSA 4XTCQ 4HCWA 3CFZA 1B9JA 1M5EA 4IO5A 3RTFB 4YMAA 4RPNA 3ONMA 2H4IA 4X1BA 1VFEA 3EHTA 3RTWB 3W15C 2O84X 5H8HA 2RC8A 1B05A 1URDA 1IQ7A 4DXUA 3IR1A 3TTNA 4U1ZA 2CZLA 3FATA 2Q8JA 2OWSA 3IB1A 4F19A 2QJEA 4P11A 3A3CA 1QVSA 1VR5A 2IEEA 1JQFA 3ODBA 3LSFB 4K3FA 2RCAA 4XKRA 1NNKA 3KSXA 4LA9A 1M5DA 5CMMA 4ESXA 1XS5A 2QRYA 2ALUA 4U22A 4EQ9A 3H6VA 2Q89A 1ZIUA 2QL3A 2REGA 1UIUA 2UYEA 2V84A 4BDMA 3K6XA 4AQ4A 5BWJA 4GOTA 2F34A 4QSDA 2ZYOA 2GH9A 1AL3A 4KD5A 2RKMA 1POY1 2X7QA 4BDRA 3PPPA 1EZOA 5DEXB 1OQGA 3TAJA 4AB5A 1LBBA 2OBGA 3EF7A 1SI1A 3VLUA 1MS7A 3TCGA 4BDLA 3B6QA 3T93B 4HS7A 4JWOA 5I57A 3V8XB 2O68A 2PT2A 4IY6A 4R2BA 2DWHA 5F1QA 3KJTA 4QFOA 3JV9A 4ZE8A 2IA4A 2V3QA 3UIFA 2RC7A 5B70A 1QUKA 3BFUA 4M1VA 4R6YA 1O7TA 5DYHA 3UORA 1Y3NA 1B0LA 4RA1A 4U2RA 3PUZE 4F2QA 3PU5A 2XXIA 4P0IA 4LQ2A 2QS2A 5L9MA 4G2ZA 4LATA 3CR9A 3I5OA 1B3GA 5A5XA 1SW4A 1LAHE 1R9LA 3RN8A 2DE3A 4GXAA 2XD2A 1ATGA 4ZZEA 3OELA 2F36A 4YKKA 1DPEA 1EZ9A 1QKAA 2ZYMA 4H65A 3KZGA 1BP5A 4ZEKA 4ELOA 3ILTB 1MQJA 2ZNTA 3N5LA 2UYFA 3MVWA 4PP0A 3UA8A 1FQFA 4EDPA 1B2HA 3ZS6A 2GHAA 4YKIA 4NWDA 4NMYA 2QMWA 4F3GA 1B5IA 1ZBMA 3UGWA 4H8JA 3SETA 5H8NA 1HSEA 3BKIB 3TYHA 2FYIA 3C9HA 4NE4A 3C36A 1LCTA 2V3TA 4THIA 3FV1A 1B1HA 2DQVA 4F22A 3GXAA 3O66A 3OO7A 2I4CA 1KWHA 4Z7EA 2G29A 4OERA 3FGSA 1T0KA 3K1MA 5CBSA 1VE4A 1H3DA 2ZXTA 1N84A 4ZEBA 5TPAA 3K2DA 1N3XA 3MVZA 2G93A 2NUVA 1IEJA 4GVOA 4ZEIA 4N07A 4HTGA 1MQGA 1OQHA 4R72A 1HSLA 2UXAA 1HSJA 2W7YA 2XXUA 3DP4A 3IK6B 1OVTA 3HN0A 3U94A 1USYH 4FECA 2F8DA 3KGCA 4MFIA 5ELVA 2XXPA 3O6HA 1N7XA 1FTLA 4XKQA 1PB7A 4F1YA 1FTKA 3G7WA 2XXRA 3N94A 5EHMA 1BTJA 2QSXA 2XX7A 4MF3A 3EPEA 4IB2A 2PT1A 4R6KA 3C33A 1IXHA 3I6VA 4R9FA 4POWA 5I57B 3TQLA 5I2KB 3O6IA 3KBRA 2Y7KA 2H99A 4UACA 3QUJA 1UQWA 2O7IA 2X26A 2ZYKA 3MWBA 4M4GA 3TFLA 4F3PA 1MY3A 5FTHA 2AIXA 4EUOA 1SW1A 1B5JA 1PBPA 4TOZA 3MZ9A 4DXCA 4G8HA 3KOTA 3K0VA 1NNPA 4F2OA 2NVUB 2XX9A 5HBCA 4JBZA 1NNFA 3RT8A 5JK4A 3N6TA 1LFIA 3TTMA 3PUWE 3U92A 4QFNA 3SEVA 5A5XB 5ISUA 2OLBA 4KYSA 2DSFA 4F1VA 3N26A 4QHQA 3U1OA 2FA7A 3ZKLA 3FVKA 1A8EA 3MPLA 2GFEA 3B7DA 2P0SA 1LAFE 1Y9UA 2ZNSA 3GBAA 5CMCA 3LBSA 4KCCA 3RPWA 4F18A 3T96B 1P1UA 5J1DA 1FTJA 1FTMA 3CSBA 3RY3A 5DVJA 3HCQA 3E3KA 3R6UA 1MM6A 4IGTA 3O6GA 1MY1A 2ZNUA 5AA1A 5CRYA 4XKPA 3D4GA 1L5TA 1FW0A 5H8NB 3IL1B 2HQ0A 4RY1A 4ECFA 3H7MA 1MQHA 2DOJA 1H45A 3VXCA 1FQAA 1QKBA 4Q30B 3H06B 4R75A 3S9EA 3GZGA 1ZTYA 1UTBB 1QULA 4EQ7A 4RNSA 4OVJA 3LSWA 2Z8DA 3VVDA 1IZ1A 2HAVA 5TPAB 4LQ5A 3O97A 3IAZA 1JVXA 2VP1A 3SDFA 1ZLQA 2I3WA 3O9PA 4FJPA 1Y3QA 5IKBA 2Y84A 3H6TA 1JEUA 3T9HB 4RK9A 1YPNA 3UN6A 4N13A 5CI5A 4H5FA 1H76A 4Q5TA 2QMXA 3B6TA 4KQPA 5I2NA 4PE5B 3PMVA 2Z23A 5M2VA 1IITA 4RYAA 3LSXA 4YICA 5I59B 4ZEFA 2B3FA 2DYXA 1ZU0A 1A55A 3K1PA 1XVXA 1I6AA 1NH8A 3S9LC 3CI8A 4X1DA 3FJ7A 5EHSA 3IB0A 2X7PA 4FORA 4DCYA 3IO4A 1MXWA 4OYVA 5ICQA 3KN3A 2F35A 4QSCA 4I1DA 3T22A 5L8DA 1FQBA 4IY5A 3PV0E 5FHNA 3QAXA 3MVXA 4EXLA 4IO3A 1AH5A 5KDTA 1B5HA 3FVNA 1MY4A 3RUMA 3THIA 1US5A 4FEBA 4OFJA 1GV8A 1MRPA 2DE4A 1N04A 1PB9A 3CIJA 2XXHA 2HCAA 3OEKA 1MPDA 3PUYE 3PUVE 3KOSA 4U1OA 3T9VA 1B40A 2PBWA 3CG1A 3DLNA 4LP2B 4GXSB 4QF9A 1NKXA 4LZ5A 4MH5A 3LSLA 2CMOA 4L17A 1P1NA 4WEPA 2HZKA 3OOAA 5ICTA 4O3BA 3MZBA 3HSTA 3CRBA 3MC2A 3HHGA 3O29A 3OSQA 1MXXA 3H6WA 3K4UA 2P1SA 1YAEA 2DWAA 3C32A 3DM0A 4JXIA 1URGA 1S9TA 3FD3A 3V5AA 1SDXA 2DVCA 3BBRA 3PMXA 1P1OA 2O1MA 4RK2A 2UVJA 1FQDA 1P1WA 3K1NA 4R2FA 2VOZA 3PUXE 3FXUA 3SEYA 3FV2A 1A54A 3QXMA 4F1UA 3TUSA 1N0TA 1FQEA 1JVYA 3DP8A 4OQOA 1O64A 1LB8A 1CE2A 3G3FA 1DPPA 1Y4TA 3HPIA 4OFOA 4BDOA 2QS3A 2PX1A 1BIYA 4OZ9A 5L9OA 3VE1B 4OFLA 3GLBA 5JTYB 2I48A 2QPQA 5DVIA 3V83A 1B3FA 1O63A 2HZLA 3TCFA 2ESNA 4F3SA 5I2NB 2O51A 5H8QA 4E0XA 1FTOA 2F6GA 4G68A 2OJTA 1TXFA 3FIRA 1H44A 1UTHA 1XC1A 1DMBA 4HCYA 4GQOA 4ZEDA 1JW5A 5ITOA 2A5TA 1B51A 4JDFA 1GVCA 2H25A 3ILUB 3MAMA 3IJXB 4OTEA 3G3GA 3T9XB 3OO9A 3QUFA 4DXBA 3TPAA 5H8HB 2Q88A 3MUQA 3SERA 4XXUA 4MBPA 3TEPA 4NEDA 2XXYA 1URSA 1D9VA 4G8MA 1MQIA 4BLAA 4BDNA 1RYOA 1SW5A 3TKDA 1M5CA 3ZSFA 5KDTB 4NF8A 5DTBA 1IIWA 1MQDA 2Q2CA 3TTRA 1JW4A 2OZZA 1TT1A 2F5XA 4O3CA 1F9BA 4NTLA 1B46A 5K2XA 4JB7A 3UK4A 1ZJLA 2F78A 4GFRA 1II5A 4YAHX 5F7VA 4C0RA 1NNTA 4WXJA 3FXQA 4ELPA 3OMBA 4R74A 5CMKA 4QRZA 1TFDA 1BLFA 4YU0A 1IXIA 5DVFA 3G3JA 2I3VA 2E0SA 1NMUA 3IX1A 4OHNA 4IO6A 4YB6A 4H1XA 2P2AA 2Z8FA 1Y1ZA 3SEXA 5H8FA 2QS1A 3VLVA 3QSLA 2Y7IA 4PETA 3C31A 3P7IA 2VD3A 4R6HA 4G68C 4O3AA 3TCHA 5EYFA 1R6ZA 4YB5A 2RC9A 4ZDMA 2YPNA 2M8CA 1SYHA 3MJNA 2Q9TA 4AB6A 1JW1A 1I6QA 2O6AA 4KYEA 5FHMA 3E4RA 4NF5A 1A99A 1MPCA 2ANJA 1SI0A 2H9BA 4LZ8A 4PFTA 4EQBA 2D21A 1MXYA 2HXWA 3EN3A 1GTKA 4LZ7A 3IOUA 3MBPA 1YTVA 4GRKA 3G3IA 4LUBA 4I8CA 4OEVA 3N6UA 2UVIA 2Q2AA 2F7BA 2RINA 1YCJA 3PPOA 2FNCA 3PGFA 3PMWA 5BUUA 1P99A 1OIBA 3FVOA 4OEUA 1FCKA 3USDA 2UVGA 1LAGE 3KFMA 3IOTA 4YZZA 4ONYA 4JSOA 5H8QB 1OVBA 4G68B 2I49A 4ZZAA 1MH4A 2UVHA 2A5TB 4R73A 5I84A 3VDFA 3MZ1A 4FATA 4OMBA 5HPQA 2DXRA 3QIMA 3T9UA 3L6GA 5LOMA 5I56A 1MY2A 3EHUA 3S2VA 3OD7A 2RCBA 3CSGA 1Z7NE 3S4UA 2XXWA 3FASA 3RQTA 3U8QA 2DWIA 3IORA 4ESWA 2VHAA 3VVFA 1SD3A 5IAIA 4QSEA 1S7YA 2OCUA 3C4MA 3K01A 4ISUA 1NFTA 1J1NA 1MDP1 1QW0A 5FTIA 1IUDA 1ELJA 3L6HA 1IXCA 1POTA 1VFDA 4KHZE 1DOTA 1XVYA 3EQ1A 4ELQA 3M8UA 1Z7ME 2VD2A 1DTZA 2I58A 1MPBA 4C1TA 1ZKBA 3JZJA 4KYDA 4YB7A 5KCJA 2ZMBA 5CM6A 3QYTA 3U72A 4OXVA 2VGQA 3CVGA 4GL8A 3Q29A 3SESA 4R9GA 3OEMA 1AIVA 1MY0A 3H03A 2DVZA 5FHOA 3WAEA 3KN8A 3KG2A 3H4ZA 1LBCA 1N7WA 1Q35A 1OLCA 2RF1A 1XOCA 5AA2D 1PBQA 4NF4A 3U93A 3OO6A 4X48A 1XT8A 2F97A 3GBBA 3VFJA 4PFYA 3C35A 2NXOA 3WAFA 1DSNA 4EF1A 2XX8A 3A3UA 3IOVA 2V3UA 1B52A 1OMPA 4OETA 4ZE9A 3IB2A 2Y7RA 3TZAA 2XXVA 3VLWA 2A5SA 1MXZA 1Y4CA 2R71A 4NF5B 1CB6A 4P0GA 3RLFE 4PFWA 4ZS9A 1AMFA 2AL5A 4KI0E 3TTLA 1TFAA 1EU8A 1SYIA 4IO7A 1SW2A 2PYYA 4KR5A 2QS4A 4GIZA 2O1LA 1MM7A 2V93A 5CC2A 3K6VA 1B7HA 3OXNA 1Y1MA 4H8IA 2F7CA 1NH7A 3TMGA 1SVXB 2F7AA 1A8FA 1LSTA 1B1XA 1N3WA 1ZMGA 1JETA 1WDNA 3K02A 4QFPA 3R26A 5I2KA 4Z0IA 3SKPA 1B3HA 1B4HA 2ABHA 2YLNA 3W9VA 5CBRA 1A40A 1EH3A 2ONKE 4POXA 3PPNA 2I0BA 5I56B 4UA8A 4WEDA 3MW0A 1JEVA 3BFTA 3QK6A 3S9NC 1JNFA 1LFHA 3LC8A 3FXRA 1MDQA 4ZECA 1LCFA 1B4ZA 4FIMA 4G77A 3I3VA 1I6BA 1A7LA 3OO8A 3SEUA 2I4BA 3O28A 4DE8A 4H0WA 4I62A 1WVJA 4TQUQ 3R7XA 1QJMA 4JWYA 5HM4B 2Z22A 2XXXA 1NL5A 2THIA 2KLFA 4RJZA 4MLQA 2WKYA 4DZ1A 1PEBA 2GRVA 3K6UA 4TLMB 4X9TA 3FVGA 5KCJB 4QFLA 1AOVA 1LFGA 4JSDA 1MH3A 5ITPA 5AA4A 2NWJA 2H5YA 1Q1KA 4WKMA 3MPKA 1OLAA 2E1SA 4E0WA 4IO2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CFXA 3NOHA 1M5BA 2OWTA 4OA4A 5TU0A 3M3FA 4YMBA 4OENA 2Y7PA 4I9DA 1DTGA 4F31B 1Y20A 2F3DA 4NF4B 1QUIA 4NN3A 2Y7WA 1FRPA 2HFBA 5JEIA 4GF8A 1PDAA 1IXGA 3VV5A 3Q28A 1SBPA 4PFUA 2V25A 4UABA 3T66A 3HHFA 3SEWA 3ECRA 1D3KA 2B65A 3TQWA 2REJA 1P1QA 3KJ7A 3PD8A 4MLVA 4TLLB 2XXTA 1UTBA 3W9WA 4EXKA 3LUZA 3Q27A 5H8SA 4N15A 2OK2A 3E13X 4PGPA 3G3KA 5AA3A 3OENA 4H5GA 3TELA 1ANFA 4GX6A 1RKMA 3OSRA 4RPOA 2BJJX 1YYZA 1QGXA 3MP8A 2WX9A 5TP9A 5DT6A 2ONRA 3PPRA 4F39A 3LUYA 3VXBA 5L9SA 1QUJA 4GWZA 3FJGA 4PFRA 1I69A 2R9JA 3KN7A 5AA2A 3HFUA 4KPTA 4LVQA 4GLIA 4P1LA 4FEDA 1IMBA 3Q26A 3KEIA 3DP6A 3M3KA 4NF6A 1MXUA 4MMPA 3RGYA 5I58A 1D9YA 1INPA 1M5FA 1NV1A 3IO6A 2GHBA 3VVEA 1D4NA 3O2AA 2O7UA 3CG3A 1H43A 4F29A 3F11A 2LAOA 4G4PA 2HEUA 4G8NA 5I59A 3MP1A 4OWDA 3HO7A 1R1NA 2DS9A 4Q0CA 3DELB 4BDQA 1MG1A 4OVQA 4P47A 1GGGA 1LGBC 2B4MA 3LR1A 3S9MC 1TWYA 4JVDA 2OX3A 4IO4A 4FAJA 1NUYA 3FUZA 1D9QA 1PB8A 3EHSA 5AE4A 1FJ9A 1G0HA 4ND9A 3TTKA 1B0HA 1S50A 2O69A 4DIGA 5KZTA 4KCDA 2PMSA 4F3BA 5J16A 1UIVA 2D3IA 2WYPA 2D5WA 3PPQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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