1D3KA

Human serum transferrin
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVQHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of two mutants (K206Q, H207E) of the N-lobe of human transferrin with increased affinity for iron.
pubmed rcsb
molecule keywords SERUM TRANSFERRIN
molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d3kA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d3kA02
3D4GA 3RTWB 4ZS9A 2RCAA 2OCUA 2ABHA 3EHSA 1N0TA 1D4NA 3FVNA 5M2VA 1N3XA 4G68A 3MW0A 4EQ9A 4NF6A 5ISUA 4F2OA 1Y1ZA 4POWA 3OEMA 3IOWA 3RPWA 2OBGA 3KN3A 2RKMA 2DWHA 4I8CA 1A55A 4KQPA 4XTCQ 3V83A 1US4A 2GH9A 3E13X 1TWYA 2RCBA 2XD3A 4IO2A 2DOJA 3IOVA 2F7BA 4NF8A 3MZ1A 2VGQA 4LP2B 3AXFA 3E3KA 3BFUA 3M3LA 5I58A 3B6TA 4RJZA 3CFXA 2XXVA 2I58A 3PPPA 5DVIA 1MY3A 1S7YA 1A8FA 2VOZA 4LZ7A 3C33A 4IGRA 4I1DA 2PVUA 4DDDA 2PT1A 3M8UA 4Q8RA 4WEPA 4F2QA 2Q8JA 3MZBA 3T66A 1S9TA 3H06B 3IJXB 5JK4A 1B58A 4PE5B 2E1SA 1MPDA 3TZAA 4F29A 1IITA 4TOZA 4ISUA 3LSFB 3QYTA 4OZ9A 4ELRA 2G29A 2I48A 4LVQA 5EHMA 4JDFA 4LA9A 3U1OA 1YCJA 3L6HA 2P0SA 3GZGA 3K1NA 1PEBA 1YPNA 4O3BA 2XXIA 3FVKA 1SW1A 1XC1A 4O3AA 4RPNA 2H5YA 2QL3A 5I56A 3TTRA 3SEXA 2Z8DA 1L5TA 3TTMA 4F1YA 3G3GA 4O3CA 1JW1A 3C34A 5HBCA 4H5GA 3TEPA 1AH5A 1N3WA 3G3FA 4BDQA 2Z22A 3FUZA 5AA2D 2OLBA 2ALUA 2ZXTA 5I57A 3TELA 1LCTA 4NF6B 2XD2A 1QKAA 3JYRA 1BKAA 4ECFA 2I0BA 2O6AA 2QSXA 2M8CA 2HXWA 1MY2A 4G8HA 4IO5A 3O66A 4PP0A 1B0HA 1M5FA 4H6DA 3ILTB 1H45A 5I59A 5J1DA 1N7XA 3H4ZA 1Y4CA 1LSTA 2DWAA 4AQ4A 1SW2A 1VSOA 4F22A 1PBQA 1XS5A 3L6GA 4NF8B 1NNTA 1T0KA 1OIBA 5IKBA 1SVXB 3PMXA 4U4XA 5I58B 2Z8FA 3S9EA 3O2AA 4XXUA 1FQBA 4LONB 1UTBB 1ZLQA 2HCAA 1B7ZA 4KCDA 1MPBA 2XXHA 1GVCA 3H6WA 1CE2A 4QSCA 4PFTA 3DP6A 2QRYA 4AB6A 4G68C 1FQAA 1H43A 1USYH 3WAFA 4QFNA 4LZ5A 3G7WA 4OFLA 1NNKA 1POTA 4H8IA 1NNPA 3QXMA 4HCYA 1JVXA 4KYSA 5H8NB 3SETA 3TDJA 1Q35A 3VVDA 4QHQA 1D9YA 4LQ2A 4OENA 3LR1A 3O97A 2OJTA 3ODBA 4G8NA 3F11A 1LB8A 2HZLA 3ZS6A 1FTKA 5A5XA 3CSGA 3RQTA 4WEDA 4M4GA 4OWDA 5I56B 3K0VA 3PD8A 3UN6A 3MPLA 2V3QA 4L17A 5H8QA 2PBWA 4ZE9A 2HAUA 2NWJA 3KFMA 4NF4B 3VVEA 4OMBA 4GXSB 1AOVA 3UA8A 5H8FA 4FJPA 5ELVA 1OLCA 4OERA 1F9BA 1LBBA 1QUKA 4QFOA 4GWOA 4KYDA 3MP6A 4LZ8A 4XKQA 4EDPA 4N6PA 3IR1A 4YKPA 5CMBA 2RC8A 1B5JA 1DPEA 4K3FA 3CVGA 1JVYA 5FTIA 2P2AA 1TT1A 3N26A 1WVJA 3IB0A 3M3KA 2DVCA 2VD3A 1AMFA 2AIXA 4LQ5A 2RC7A 1Y3NA 4NEDA 1R1NA 3T9VA 1D9VA 3PUZE 1EZ9A 2KLFA 3IORA 2XX8A 1JQFA 2PYYA 2F8DA 4DZ1A 2V3UA 4R73A 1FCKA 1IIWA 1MH4A 1P1QA 4DXUA 1IXCA 5CBRA 4H0WA 2PX1A 3OO8A 3CR9A 3FASA 3QUFA 5LOMA 1SW5A 3LSLA 1US5A 2H25A 4P0IA 4PETA 3PMVA 4YB7A 1XT8A 1IXHA 3KJ7A 3HHGA 4Q5TA 3C31A 1ZKBA 1MXZA 5I2KA 2D3IA 1BTJA 2DQVA 3VVFA 1B0LA 4OETA 2R9JA 3MWBA 1B32A 2OK2A 1OVTA 3TQWA 3T9XB 4H1XA 4NF5A 1XOCA 3RLFE 3FXUA 5AA2B 4IO7A 1B05A 4DE8A 1NKXA 5CI5A 5TU0A 3TODA 1TFDA 4NE4A 4G4PA 4AB5A 3MVWA 3BKIB 5B7DA 2I3VA 4UA8A 3N6UA 1DPPA 3OELA 1P1UA 5AA3A 1ANFA 1B5IA 3LUYA 3TTKA 3FD3A 3Q25A 2UVJA 2RC9A 1NH7A 1JETA 3JZJA 3U72A 1N84A 4OESA 5A5XB 5KZTA 1B9JA 3V89B 3VLUA 1QW0A 3IB2A 1QUJA 2CZLA 4PQJA 4F3SA 3QUJA 2PMSA 4IY5A 3T93B 5H8HA 3K6VA 1MXWA 3FXRA 2WKYA 1POY1 3K6UA 2D5WA 5H8FB 1XVYA 3W15C 3W9WA 4NMYA 5CBSA 4ESWA 3OENA 2DVZA 1ZTYA 3FXQA 3RT6B 2XXUA 1SW4A 2QMWA 1MXVA 4H67A 3T96B 2F36A 1DTGA 4ONYA 4ZDMA 3C36A 4XKRA 1SYIA 2O7IA 3KJTA 3O29A 3RTFB 4C1UA 3HCQA 1DMBA 1B5HA 1I6AA 5HM4B 3RGYA 5CC2A 4X1BA 4U4SA 3S9NC 3S9MC 3RNNA 4YMBA 1FQFA 2DWIA 3BFTA 3OOAA 4I62A 2HZKA 4R74A 4QF9A 1MY4A 2UVHA 3PPOA 2YPNA 3U8QA 1MM6A 1FTMA 4N13A 4ELOA 4H65A 2GRVA 3KSJA 4DCYA 1EZPA 4MFIA 3V5AA 1IQ7A 1UTHA 4UACA 2QPQA 2ZMBA 1USYE 1BP5A 3DP8A 4RXLA 3H6TA 1LAGE 2H99A 1MQDA 1QJMA 3UIFA 4GIZA 3A3CA 2THIA 1B40A 1MQJA 4KCCA 2W7YA 4NF5B 4I9DA 4KHZE 1ZJLA 1B4ZA 3FZVA 3K6WA 3MZ9A 4JBZA 4RYAA 1LFGA 3SEYA 1A99A 2Z8EA 3ZSFA 5FHMA 2HQ0A 4ELQA 3KEIA 4EXKA 5BWJA 2NVUB 1Q1KA 2I0CA 1O63A 3Q27A 1MDQA 4JXIA 2DXRA 3U94A 3TFLA 2A5SA 2A5TA 3MC2A 1II5A 2XXWA 2F7CA 4MBPA 4EF2A 4X48A 2P1SA 2PT2A 4G68B 3W9VA 2UYEA 3C35A 1MM7A 1UIVA 5KDTA 3EN3A 3OSRA 4OYVA 3A3UA 1I6BA 4GLIA 4JWYA 4XKPA 1AL3A 3I3VA 2Q2CA 1SBPA 4E0WA 2Q2AA 3H03A 1B7UA 3K2DA 1ZMGA 3FV2A 3VLWA 2G93A 1IEJA 1IUDA 4IO3A 4MF3A 3H6UA 5K2YA 1EU8A 1FW0A 1A7LA 5CM6A 5TPAA 1B1HA 3CI8A 3HN0A 4F3BA 4U1ZA 3CIJA 4R75A 1FTJA 2F34A 5H8SA 3T9UA 2XX9A 1KWHA 1OLAA 4YKJA 3KSXA 1HSJA 2B65A 2HAVA 1JEUA 3H3GA 3CSBA 1VR5A 4JSDA 1ZU0A 3USDA 4U23A 3OD7A 1LB9A 4HCWA 3IJOB 1DOTA 2OZZA 1GTKA 4FATA 3DELB 1URGA 5I2NA 4XKNA 2O84X 1QKBA 5IAIA 2ZYMA 1ELJA 1MH3A 3DP4A 1OQHA 3S2VA 3FJMA 3CRBA 1Z7ME 2V84A 1D3KA 2QS3A 3MP1A 3FIRA 3IL1B 3K1PA 2ZNSA 3UP9A 5K2XA 4ZZAA 4ZECA 3ILUB 2ZYOA 1QULA 4IO4A 1LGBC 2R71A 1SQYA 3G3IA 3WAEA 4YB6A 1MPCA 3BBRA 2RF1A 2X26A 4BLAA 3H6VA 5AA1A 1M5BA 5ICTA 2ESNA 5CRYA 1B46A 2Q9TA 1URSA 2DE2A 3RY3A 1A54A 1WDNA 2CMOA 2I4CA 4PFYA 4LUBA 4OVJA 3N94A 3IOTA 3FVGA 4JB7A 3VDFA 2REJA 1PBPA 4H8JA 4NTLA 4OXVA 4POXA 4QFKA 3MBPA 3LBSA 4X1DA 5DTBA 1O64A 1MS7A 3PV0E 5I57B 1B52A 1WODA 1DSNA 4U22A 3VXCA 1Y20A 2AL5A 1R9LA 3HV1A 4LATA 4P0GA 1PB8A 4F1VA 1PDAA 1MXYA 1B2HA 4F3GA 4ELPA 1PB9A 2R6GE 1XHYA 3IB1A 4RK2A 5I59B 4IY6A 1DTZA 4GL8A 1MG1A 4ZEFA 1AIVA 4JWXA 1B7HA 4X9TA 4QSDA 4RY1A 3TTLA 1JNFA 2DE3A 1B6HA 3PGFA 1LCFA 3HO7A 2Q89A 5KCJA 2Y7WA 1P1WA 1H76A 4TLMB 3OO7A 3IOUA 3GBBA 3K1MA 1M5DA 5F7VA 2XXRA 4GQOA 4OEUA 3DLNA 1P1NA 2X7PA 4R6HA 3KN7A 1NH8A 1ZIUA 2I3WA 3MAMA 3K4UA 3OO9A 5DVJA 4F1UA 5DYHA 4Z0IA 3PD9A 3TCHA 1SI0A 3C4MA 4QFLA 2ONSA 3O6HA 1EH3A 3C32A 1GR2A 2FNCA 3PUYE 2UVIA 3TMGA 4GD5A 4FAJA 1MDP1 1VFEA 1B3EA 4YICA 1NL5A 4F18A 3MJNA 4R2BA 3FV1A 3EQ1A 4YMAA 2RINA 4YKKA 5L9OA 3MVZA 2O7UA 2VP1A 3IX1A 4THIA 3R26A 1GV8A 2VHAA 3PMWA 3TAJA 1QVSA 4R2FA 1S50A 1BIYA 4BDLA 4E0XA 3TYHA 1RYOA 4DLDA 3UGWA 4FIMA 1HSEA 3Q26A 3K00A 1SYHA 5TP9A 2Y7KA 3K6XA 5H8QB 3GXAA 3U93A 4ZEKA 3U92A 3D4CA 2QJEA 3TUSA 4BDOA 1MQIA 5BUUA 4PFUA 1MRPA 3EF7A 3SDFA 3Q28A 3QIMA 4G2ZA 3HPIA 4OEVA 3M3FA 3PUXE 4F19A 4N07A 1FTLA 1MQGA 3SEUA 2XHDA 1SD3A 3QSLA 1TXFA 2AL4A 3G3KA 1IXGA 1UQWA 2Y7IA 4KD5A 2BJJX 2V93A 5JEIA 4NWDA 4G77A 2ZYNA 3O28A 1RKMA 4KI0E 4FEDA 4KR5A 3RUMA 3KGCA 1XVXA 2F6GA 4F3PA 1UTBA 3V8XB 3IK6B 2ZNUA 1OMPA 2HEUA 3ECRA 2DXYA 2UXAA 1UIUA 4MLQA 2LAOA 3DM0A 2B3FA 1LAHE 4YKIA 3R7XA 4U2RA 3UK4A 3S4UA 3TKDA 3ONMA 1N04A 2IEEA 1I69A 1SI1A 2DS9A 2H9BA 3TPAA 4XIGQ 1LAXA 3T9HB 5KCJB 2AYSA 3HSTA 2DP8A 3PU5A 3VV5A 2XX7A 2GHBA 1H44A 1NFTA 3SEWA 4OFOA 2ONRA 5ICQA 4GOTA 1NNFA 4BDMA 1MQHA 5EHSA 3G3HA 5I2KB 2FYIA 2OWTA 5H8NA 4GF8A 5FHNA 2D21A 5DEXA 4HTGA 1QUIA 3OMBA 4U1OA 4KFQA 4TLLB 1P1OA 5FHOA 1NMUA 4R6KA 3O6IA 1ZBMA 3IO4A 4GVOA 1MY0A 1O7TA 3C9HA 2O1MA 4KPTA 2Y84A 3MPKA 2O51A 4Q30B 5CMMA 1RYXA 2UYFA 4YZZA 3T22A 3GLBA 1B3FA 3UORA 4Z7EA 4EXLA 1IZ1A 3LC8A 1Z7NE 4NF4A 3IAZA 3N6TA 4JWOA 1CB6A 4WKMA 1FQEA 4EUOA 1TFAA 4F31B 2XXTA 2HFBA 2IA4A 3EHTA 4ZZEA 1N7WA 1OVBA 3ZKLA 5L9MA 3ZKKA 2X7QA 2Y7RA 5TP9B 3JV9A 3PPRA 5HPQA 2GFEA 4EQ7A 5H8HB 3OXNA 1LFIA 2F6PA 2ZYKA 4RK9A 5I84A 1ATGA 1YAEA 3FJ7A 3O6GA 4IO6A 1VFDA 1A8EA 3TTNA 5FTHA 4R6YA 4GFRA 5AA4A 2O68A 4R9FA 3TCFA 1J1NA 3KOTA 4R72A 2FA7A 3KZGA 1Y9UA 2XXXA 3CG3A 1FQDA 2V3TA 3TCGA 1Y3PA 5DT6A 4DCXA 3K02A 2Z23A 2Y7PA 3B6WA 4Q0CA 1Y1MA 2F7AA 1FTOA 3CFLA 2F97A 5CMKA 2H98A 2NUVA 1LFHA 3FATA 3H7MA 3KBRA 4FECA 1JW5A 2E0SA 3QK6A 1A40A 1MXUA 3PPNA 1VE4A 1EZOA 3MP8A 5F1QA 2B3BA 4FE8A 4ZEBA 4NWCA 1N76A 2UVGA 1P99A 3RT8A 4ZEDA 1Y3QA 4ND9A 2ZNTA 3EHUA 2YJPA 3FGSA 1PB7A 4BDNA 3GBAA 3O9PA 5JTYA 5AA2A 3I6VA 4QFPA 2NXOA 3HHFA 1I6QA 1UTHB 2H4IA 5CMCA 4YAHX 1B4HA 3RN8A 1PC3A 2GHAA 3OSQA 3B7DA 1MY1A 4ESXA 2DYXA 3VFJA 5DEXB 3KOSA 1LAFE 1B1XA 5AE4A 4RA1A 1YTVA 2F35A 4FORA 4F39A 1B51A 2ANJA 4R9GA 4ZEIA 2QS1A 1HSLA 4YU0A 4G8MA 4MH5A 3S9LC 2DSFA 2XXYA 4U21A 1R6ZA 5ITPA 2I49A 2DWJA 4PFWA 1JW4A 1LLSA 4IB2A 2DE4A 2A5TB 3EPEA 3MVYA 3E9XA 2NOOA 2I4BA 4FEBA 4TQUQ 5ITOA 4EF1A 1SDXA 2F78A 5KDTB 4OFJA 3IO6A 3VXBA 4YB5A 2VD2A 4HS7A 4MLVA 4C0RA 2QMXA 3LSXA 2O69A 4GL0A 4RPOA 4DXCA 1B3HA 1OQGA 3MUQA 3PPQA 3PUWE 5DVFA 2REGA 1R9QA 3P7IA 4DIGA 2O1LA 2V25A 4HW8A 3CG1A 4BDRA 2F5XA 4DXBA 3A09A 5L9SA 4OHNA 4WXJA 2XXQA 3SEVA 3I5OA 4EQBA 5AA4B 3K01A 1Y4TA 1MXXA 1IXIA 2Q88A 3B6QA 4KYEA 3G3JA 1FQCA 5TPAB 1M5CA 3QAXA 1GGGA 5EYFA 3TQLA 3KG2A 4M1VA 3SKPA 5B70A 2QS2A 1H3DA 2QS4A 2ONKE 4H5FA 4GXAA 3E4RA 1M5EA 3OEKA 4RNSA 5L8DA 1BLFA 2OWSA 3FJGA 1LBCA 2YLNA 4QRZA 3LSWA 5I2NB 3Q29A 1B3GA 3KN8A 4OTEA 4GRKA 3THIA 4OQOA 1JEVA 4C1TA 2I6EA 3FVOA 4P11A 4IGTA 3N5LA 3R6UA 4QSEA 5JTYB 1B3LA 2XXPA 3PUVE 3MVXA 3CFZA 3VLVA 3SESA 3SERA 4JSOA 3OO6A 3VE1B 4ZE8A 1URDA 3MQ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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