1D9YA

Neisseria gonorrhoeae ferric binding protein
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNCAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEIDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis of Iron Uptake in the Pathogen Neisseria gonorrhoeae
rcsb
molecule keywords PROTEIN (PERIPLASMIC IRON-BINDING PROTEIN)
molecule tags Metal binding protein
total genus 110
structure length 309
sequence length 309
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d9yA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1d9yA01
3FUZA 2RINA 4NE4A 4F3BA 3KZGA 3OEMA 3C34A 4GQOA 5I56A 2ZNUA 4GLIA 2NOOA 4PFTA 3TTLA 1GVCA 3I5OA 1I69A 3CFLA 4BDLA 5ICTA 1SW1A 5ISUA 3EHSA 5EHMA 3IX1A 3K6WA 3IO4A 4G77A 5CBRA 5JTYB 1B7HA 1B7UA 3RLFE 3CSGA 2LAOA 2RCAA 2O1LA 3C35A 5HM4B 2QS3A 1VR5A 1OQHA 4U1ZA 4OWDA 2ZNTA 4ISUA 4NF8B 2Z23A 4F29A 5KCJA 4F3SA 1FQAA 2B3FA 1B3FA 3EHTA 3PUZE 4OTEA 4PETA 5A5XA 2GFEA 1JNFA 3K02A 1IZ1A 2UVHA 2Y7PA 1IITA 2DWJA 1IIWA 1Y3PA 5TPAA 1GR2A 5AA2A 4NF6B 5H8HB 2V84A 4P11A 4F39A 4DLDA 5BUUA 4YKPA 2RKMA 3GLBA 5LOMA 4ZZAA 3LBSA 4OMBA 1OVBA 5DVIA 4QSDA 1M5EA 3V8XB 5TU0A 5JEIA 4PFUA 4KYSA 4H8IA 4PFYA 4DXBA 3IK6B 4EF2A 4DCYA 2DE3A 1DPEA 3QAXA 2ZYNA 3H6WA 3GZGA 4ZEBA 2B65A 1H76A 1MXZA 3OO9A 1F9BA 5AA4B 2HCAA 3TTKA 1B3EA 4JSOA 4OHNA 4O3CA 1JETA 5F1QA 4OZ9A 1B5IA 2OK2A 1H44A 2XHDA 4R6HA 4DE8A 4C1UA 3H06B 1B40A 4XKQA 4KYDA 4QHQA 4QF9A 4RXLA 3THIA 3LUYA 1B9JA 2RCBA 1JEVA 3FZVA 1LFGA 5I57B 3CVGA 2DXRA 2NWJA 1FTJA 4GIZA 3M8UA 4JWOA 2PVUA 1URSA 3KGCA 4Q30B 3EHUA 4FIMA 2XXQA 3FIRA 2GHAA 4FE8A 4WKMA 1IEJA 1ZKBA 2AIXA 4IO5A 5DYHA 5H8NB 3KBRA 1MQHA 4Q5TA 4F1UA 4E0WA 1XS5A 3B6TA 1QUIA 4LA9A 2G93A 1ANFA 5CMCA 5ICQA 1FTKA 4U22A 1S7YA 3UIFA 3M3LA 1ATGA 2XX9A 3R6UA 4NTLA 5FHMA 4F2OA 1URGA 2AL4A 1QJMA 3SDFA 3K2DA 4IB2A 4ZDMA 5ITPA 4GF8A 2HXWA 2O6AA 5H8SA 4XKNA 1US4A 1Y3QA 1P99A 3SESA 3FXUA 5L9OA 3PPRA 1N84A 5K2XA 1URDA 1QKAA 1Y4TA 4ZEDA 2FYIA 2VHAA 1CB6A 1MQIA 3KSJA 4BDRA 1XOCA 3ZKKA 1B0HA 5I2KB 2Q2AA 4JB7A 2YPNA 2X7PA 4HTGA 2CMOA 5I59A 1LCTA 1LBCA 5CM6A 3KJ7A 3W15C 3GBAA 1PDAA 1YAEA 4MF3A 4BLAA 3MZ9A 4GFRA 3Q27A 3LSWA 3G7WA 4X1BA 1IXIA 3RNNA 4OFOA 2QMXA 3M3FA 4H65A 3K1MA 2YJPA 4RPNA 3E13X 4LP2B 4NWDA 4KD5A 4R75A 2VGQA 4M4GA 2XXXA 5HBCA 3FGSA 1SDXA 4HW8A 1B58A 4I1DA 4R6YA 1MY1A 4TOZA 1M5DA 5KDTB 4JSDA 3S9MC 3TTRA 4MLVA 1WVJA 1MPCA 4NF8A 3ONMA 2ZMBA 3VLVA 4DCXA 1RKMA 1VFEA 4ESWA 4H5FA 1MXYA 2I4BA 4ZZEA 3RUMA 3KSXA 3U1OA 1EU8A 4NF6A 2DE2A 3C32A 5H8HA 2P1SA 1I6BA 3T96B 2GHBA 5CMMA 1B4ZA 3DP4A 1BP5A 3N94A 4WEPA 3CG1A 4F2QA 1MRPA 4KPTA 3LSXA 2W7YA 1USYE 3Q26A 4KCCA 3OENA 2PMSA 1OLCA 1S9TA 2F5XA 5CC2A 4JBZA 4KFQA 1KWHA 2VOZA 3T22A 4G8NA 1MDQA 1DTGA 3IB1A 4NF4B 3U92A 1SYHA 3TCGA 4FORA 4C1TA 5AA4A 3JYRA 1UTBA 1S50A 4F31B 4QFPA 2ZYOA 1LLSA 1OQGA 1NH8A 4BDNA 1RYOA 4H8JA 2HQ0A 3Q29A 1NL5A 3O28A 1H3DA 2YLNA 4EF1A 1LB8A 3F11A 4G68A 2F36A 5FHOA 4G8MA 4AB5A 2NXOA 1B51A 2DOJA 1PB7A 4QSEA 4X9TA 4JDFA 3FVNA 1POY1 5I57A 3FVGA 2QSXA 3RQTA 3TEPA 2OWSA 3S4UA 4FJPA 3MZBA 4QFLA 1FTLA 1OIBA 2OJTA 1SW2A 3TPAA 1R9QA 1FQFA 4ND9A 1MY2A 2V3TA 3LSLA 3H4ZA 3SEWA 3PD9A 4G2ZA 3K1NA 1ZIUA 1N0TA 2A5TB 1B6HA 4EQ7A 4IO3A 2H25A 2RC7A 5H8NA 3MVWA 3KFMA 3VDFA 4JWXA 2Q2CA 1A99A 1DTZA 3Q25A 3RPWA 1LGBC 1LAFE 3RGYA 3H3GA 3IB0A 1MY0A 2ESNA 4TQUQ 5AE4A 1SD3A 2UVJA 4RA1A 2I49A 1ELJA 4OQOA 3VVFA 4F3GA 5H8FB 5CI5A 3PMVA 2D3IA 4TLLB 1QUJA 2O1MA 4GXSB 4HS7A 3O97A 3V89B 1MQJA 3FJMA 1N04A 1TFDA 1GTKA 4U4SA 2G29A 3MJNA 2ZYMA 1JVXA 3VVDA 1SW5A 1UQWA 1XHYA 3G3IA 5I2KA 2R71A 1D3KA 3QIMA 2IA4A 5H8QB 3VLWA 2REGA 3O2AA 2OBGA 3C33A 3PUVE 3HO7A 1O7TA 4EDPA 1MDP1 5K2YA 1EZPA 5I2NB 1PBPA 5EYFA 3IJOB 3HHGA 2P2AA 4PFWA 4ZS9A 2I4CA 4PP0A 3OSQA 4F3PA 1WDNA 1NNKA 4IGTA 1UTHA 4FEDA 1Y9UA 1B46A 2DXYA 4KHZE 2UVIA 2FNCA 5KDTA 5B70A 2NVUB 4GWOA 2H98A 1MQGA 1SVXB 4N6PA 4DXCA 2PT1A 2DYXA 3ILTB 3L6HA 2GRVA 1Y4CA 3JV9A 5AA1A 1UTBB 1VFDA 3KOTA 1DMBA 3U72A 3FVKA 4R9GA 1B32A 2XXVA 3I6VA 3OELA 1TFAA 4R2FA 1P1QA 4G68B 1HSJA 3MUQA 2XXTA 1B1HA 4ESXA 3DLNA 2X7QA 3CR9A 1B05A 3K1PA 4R2BA 3ZSFA 1ZLQA 4F18A 2ONKE 4LQ2A 1Y20A 4IO4A 1JVYA 5DEXB 2E0SA 5FTIA 2Q88A 4DXUA 4PQJA 1QULA 4H67A 4NF4A 4XTCQ 2Y7WA 4F19A 3VXCA 1FW0A 3IR1A 5L9SA 2F6GA 4MFIA 3UA8A 3TTNA 4RJZA 3LC8A 4FEBA 4RNSA 3O6HA 3SERA 1B7ZA 1LAGE 4GL0A 3OMBA 2QL3A 2PX1A 2F97A 3RT8A 3VVEA 1YTVA 1AH5A 3I3VA 4LUBA 5DVJA 5BWJA 3IL1B 1A8FA 1NNTA 3C4MA 2HZKA 4EXKA 3O6GA 4U2RA 2XXRA 2I0CA 1EH3A 3D4GA 1A55A 3PGFA 3HSTA 1MM6A 1DOTA 2O84X 3S2VA 2O7UA 4OERA 1L5TA 3TELA 2DSFA 1A54A 2ANJA 4TLMB 1WODA 4R74A 1XT8A 2A5TA 4XXUA 3B6WA 4G68C 4ECFA 3H03A 3MVYA 3MC2A 4PE5B 4IO2A 5F7VA 5AA3A 4NF5B 2R9JA 4OESA 4N07A 1NFTA 2DQVA 5IAIA 3IB2A 1ZTYA 2I58A 3S9LC 2XXWA 2DWHA 1OMPA 4YB5A 4KR5A 4OXVA 3C31A 1VSOA 2NUVA 3DM0A 1QVSA 3QXMA 3ILUB 2IEEA 3MWBA 1D4NA 5H8FA 1XVYA 1N7WA 1Q35A 1OLAA 1GGGA 4QFOA 2HEUA 3G3JA 1NMUA 2THIA 3IJXB 3U8QA 4K3FA 3BFUA 2GH9A 4GVOA 4G4PA 3RN8A 2OWTA 1SYIA 3H6VA 4WXJA 3KN8A 3W9WA 1UTHB 3IAZA 3DP6A 3FXQA 4DDDA 4YU0A 4XKPA 1MPDA 3MP1A 5H8QA 2RC9A 4KI0E 3RY3A 1DPPA 1Z7NE 2OLBA 4X48A 3O66A 2XX8A 3K01A 4ZE9A 4ELQA 3G3FA 4UACA 2Q8JA 1PBQA 1NH7A 3N26A 2VD2A 1TT1A 5I2NA 3FJGA 4RPOA 1NKXA 3MVXA 2UXAA 3PUXE 4EXLA 5IKBA 4IO6A 3CIJA 1MH3A 2DVCA 4KQPA 2XXHA 2UVGA 5FHNA 1EZ9A 3HPIA 2PBWA 1RYXA 3PMWA 5FTHA 2RC8A 3VLUA 1BKAA 4F1YA 2I3WA 2O7IA 2DWIA 2Z8FA 3GXAA 4IGRA 4WEDA 4LZ8A 4OFLA 5CMBA 3TDJA 4E0XA 1MQDA 1BIYA 3N6UA 3TKDA 5CMKA 4RY1A 3KEIA 4P0GA 1FQDA 1B5JA 3TQLA 3MBPA 2FA7A 1D9VA 3HCQA 1B4HA 4U4XA 1MPBA 2DVZA 1PEBA 3U94A 2Q89A 3D4CA 3C9HA 1FQEA 4MLQA 2H99A 1O64A 2V3QA 3MVZA 5DEXA 1QW0A 4FAJA 1MG1A 1M5BA 3TZAA 4EQ9A 1ZU0A 1SI0A 1LFHA 1VE4A 1N7XA 3TCHA 3MP8A 5B7DA 4GXAA 4ELRA 5JK4A 4R73A 3T9HB 2R6GE 4NMYA 2ALUA 2F7BA 4RK2A 1Y1MA 4HCYA 4EQBA 3SEVA 1Z7ME 4R9FA 4FECA 2QRYA 3HN0A 3B6QA 3MAMA 3E9XA 1N76A 4O3AA 3CG3A 3DP8A 1USYH 3T9XB 2H5YA 3IORA 3IOUA 1AIVA 3TMGA 4LONB 1PB9A 2ZYKA 4Z7EA 1H43A 2Y84A 3VXBA 3MPKA 1B1XA 2QS2A 2D5WA 1MH4A 1Q1KA 2BJJX 4OEVA 3K6UA 3K4UA 4LZ5A 3N6TA 1JQFA 3R26A 3U93A 3S9NC 3PPPA 3S9EA 4YMBA 1P1UA 1Y3NA 1R9LA 3IO6A 4NF5A 3PPNA 3OD7A 1I6QA 3UGWA 3MPLA 2HAVA 2XXPA 4THIA 4R72A 4XKRA 2XXUA 4U23A 1BTJA 1DSNA 2H4IA 4GD5A 1FQCA 2OCUA 2V3UA 4QFNA 3EN3A 4ELOA 4IY6A 3ZKLA 3OO8A 4F22A 5TP9A 3FD3A 3BKIB 2DE4A 4G8HA 1JW4A 1B52A 4ZECA 3BFTA 3PPOA 2PYYA 3OXNA 1TWYA 4UA8A 4O3BA 3HV1A 3QUJA 3G3KA 4DZ1A 1FTMA 1MS7A 4GL8A 2XD3A 5DTBA 1D9YA 4BDOA 5J1DA 1JW5A 3CI8A 3UK4A 4YICA 1I6AA 2XX7A 3H6UA 1HSLA 2VP1A 2F35A 1TXFA 2DS9A 3K6XA 5L9MA 3CFZA 3O9PA 5CRYA 5M2VA 3MP6A 4H6DA 1XC1A 3VE1B 1SW4A 2UYFA 4YKJA 4KYEA 1EZOA 1BLFA 4U1OA 4H5GA 4C0RA 1ZBMA 2QMWA 2I0BA 4P0IA 3T93B 1B0LA 1SBPA 3BBRA 1UIVA 3ODBA 4OETA 3PMXA 4JWYA 3K0VA 3TAJA 3LSFB 4ZE8A 2I48A 3FV2A 3IOWA 3PUWE 4I9DA 3FV1A 3KN7A 1IQ7A 3A3CA 4EUOA 3OO7A 3E3KA 5I84A 2XD2A 3TFLA 3L6GA 3PD8A 4YKKA 2F7CA 4RK9A 1T0KA 2F34A 5I58B 2Y7RA 2F8DA 4X1DA 3CFXA 4QFKA 3EF7A 4MH5A 2P0SA 2A5SA 3HHFA 3CRBA 2RF1A 3ZS6A 3QYTA 4ZEIA 4IO7A 4YB6A 5KZTA 2X26A 3UP9A 1IXHA 1MY4A 1MXVA 3USDA 3RT6B 2QJEA 3OO6A 2B3BA 3LR1A 2DWAA 1IXCA 2HZLA 4HCWA 1P1NA 3K00A 1MY3A 1SQYA 2I3VA 3V83A 3VV5A 3ECRA 4OENA 2D21A 4YB7A 4POWA 4YZZA 3FATA 3A09A 3W9VA 1SI1A 3OEKA 1QUKA 5I56B 1LCFA 4OVJA 1LBBA 1OVTA 1POTA 1FTOA 3PV0E 3O6IA 2I6EA 1B5HA 3SEYA 3O29A 4JXIA 3EPEA 1J1NA 2XXIA 2UYEA 2DP8A 3CSBA 2ONSA 2QPQA 3PPQA 4H1XA 3TCFA 3E4RA 3G3GA 3PU5A 2O69A 3T9VA 4XIGQ 3T9UA 3N5LA 1R6ZA 4FATA 4IY5A 2QS4A 1MXUA 1N3XA 5HPQA 2REJA 1R1NA 5ITOA 3TTMA 1CE2A 5TP9B 3SEXA 1A7LA 1P1WA 4Z0IA 2Z22A 3MQ9A 1FCKA 4N13A 1PB8A 5AA2D 1LAXA 5KCJB 4BDQA 3FASA 3JZJA 4POXA 3EQ1A 3UORA 1AMFA 4L17A 4QRZA 2AYSA 5CBSA 5A5XB 4LVQA 3AXFA 2OZZA 4DIGA 1LFIA 4NWCA 4M1VA 1B3LA 4ZEFA 4YKIA 3B7DA 5DVFA 3QUFA 5TPAB 5AA2B 2Q9TA 3SEUA 2F7AA 3M3KA 2VD3A 1ZMGA 1AL3A 1M5FA 5JTYA 1XVXA 4U21A 1JEUA 4R6KA 3GBBA 1MM7A 5EHSA 1IXGA 3TUSA 3OSRA 3RTWB 3H7MA 2O68A 3TQWA 4NEDA 5ELVA 1UIUA 4YMAA 1H45A 3SKPA 5DT6A 2PT2A 2QS1A 3UN6A 1II5A 2WKYA 3IOVA 4GRKA 1A40A 1IUDA 1LSTA 1Y1ZA 1HSEA 3T66A 2CZLA 1O63A 3OOAA 3QK6A 4OFJA 2V25A 3FJ7A 4F1VA 1P1OA 3V5AA 2HAUA 3C36A 4AQ4A 1ZJLA 2Z8DA 2HFBA 2ABHA 3K6VA 5L8DA 4BDMA 1MXWA 2KLFA 4MBPA 3DELB 2F6PA 2E1SA 2ZXTA 4LATA 1B3GA 1PC3A 1M5CA 3G3HA 3IOTA 4QSCA 3VFJA 2H9BA 1B2HA 3WAFA 4I8CA 4GOTA 4ONYA 2ZNSA 4Q8RA 1US5A 2O51A 1B3HA 3RTFB 1GV8A 2XXYA 1LB9A 1NNFA 1JW1A 2Z8EA 3KJTA 1AOVA 4AB6A 4ELPA 3Q28A 1YCJA 3TYHA 1LAHE 3R7XA 4LQ5A 3KN3A 1FQBA 4OEUA 4LZ7A 3H6TA 2Y7KA 5I58A 4YAHX 1A8EA 3FXRA 4OYVA 2V93A 2AL5A 1MXXA 4Q0CA 4I62A 2Y7IA 2F78A 4KCDA 3TODA 1YPNA 3MW0A 3PUYE 3A3UA 4ZEKA 1QKBA 1NNPA 4H0WA 3QSLA 3KG2A 3WAEA 2ONRA 3P7IA 3MZ1A 3SETA 5I59B 4RYAA 2M8CA 3KOSA 1N3WA 3FVOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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