1DOTA

Crystallographic structure of duck ovotransferrin at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQERVTLSCVQKATYLDCIKAISNNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYERSGGSTTSYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGISEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNGPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAAHAVVARDDSKIDDIWSFLGMQAYSLGVDTTSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPELMDSQLYLGFEYYSAIQSLRKDQLTVGPRENKIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGEVECTILDDNKDCIVKITKGEADAISLDGGFVYTAGVCGLVPVVGESYEDETQCSKDEEQPAYYFAVAVVKKSSAITWNNLQGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLIHNKTGSCDFDDYFSEGCAPGSPPNSRLCKLCQGSGENLLEKCVASSHEKYYGYTGALRCLVEQGDVAFIKHSTVGENVSGSNKDDWAKGLTRDDFELLCTNGKRAKTMDYKTCHLAKVPTHAVVARPEKANKIRELLEGQEKLFGLHGTEKERFMMFQSQTKDLLFKALTKCLVKLRQGITYKEFLGDEYYASVASLNTCNPSDLLQVCTFLEDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of diferric duck ovotransferrin at 2.35 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DUCK OVOTRANSFERRIN
molecule tags Iron transport protein
total genus 175
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA03
5AA2B 2RINA 1ZJLA 4GQOA 1OVTA 1AL3A 2AL5A 1M5BA 3RT6B 1L5TA 3IO4A 5TP9B 2QL3A 1P1UA 3ECRA 3K6XA 5L9MA 5H8NB 3Q28A 3IR1A 2E1SA 4R6YA 4WEPA 2R6GE 4FAJA 3FV1A 4GF8A 5IAIA 1LBCA 4R9FA 3TZAA 4OTEA 3RUMA 1Y3PA 4FJPA 5AA2D 5CMMA 2V84A 2XXQA 4QFNA 2F7CA 4MLVA 1PDAA 5I2KB 1JW1A 2O69A 3G3GA 4X1DA 1YCJA 1NNTA 4RXLA 3K1PA 3TCHA 3T9XB 4G68C 3M3KA 3U93A 3TUSA 2B3BA 4ZZAA 4Q30B 1GTKA 4LQ5A 4ZZEA 1VFEA 2VGQA 3KG2A 4U21A 3K6UA 4GVOA 2DOJA 1B3LA 4O3BA 4RA1A 4EXKA 3FD3A 2XXVA 1MY2A 1PB7A 3PUZE 5KDTA 4GWOA 3SEXA 1MM7A 5HPQA 4I1DA 1Y1MA 3V83A 1PBQA 2DXYA 1II5A 4THIA 2PX1A 3QAXA 3H06B 4OQOA 2XXIA 4H5GA 3KSJA 1US5A 5AA1A 1H45A 3MJNA 1B0HA 3H03A 1DSNA 1IUDA 1OLAA 1ATGA 3GXAA 3MPLA 3N6TA 5KDTB 1H43A 3OSQA 4XXUA 3LC8A 4FORA 3WAFA 4G8HA 3PPQA 4OMBA 2XXPA 1QKAA 3LSFB 4U4XA 5EYFA 4OVJA 3BFUA 3HN0A 4GD5A 4DXCA 1LFGA 2BJJX 2RCBA 1MQDA 3FIRA 5BUUA 2Q88A 3W15C 4QFPA 3PD9A 4OETA 1NFTA 5AA4A 5DVJA 2QS4A 5DT6A 4ESWA 1SDXA 4PP0A 5F7VA 4OZ9A 4DE8A 4GL8A 1OMPA 3BFTA 3OXNA 3MBPA 1UIVA 2ONKE 3FUZA 4P0IA 3G7WA 4EQBA 2GHAA 4G77A 4POWA 3O97A 2HQ0A 3THIA 2QPQA 1MS7A 3TTMA 1XOCA 3FZVA 1MDQA 1F9BA 1R9QA 2R9JA 3JV9A 2G93A 3K00A 3PGFA 1QKBA 5AA4B 1EU8A 2F5XA 5FHMA 5BWJA 3RT8A 4P11A 2H25A 1B05A 2H4IA 5I2NB 1LAGE 1IIWA 4F1VA 5H8FB 4RPOA 4G68B 3C9HA 2DWAA 4OENA 2THIA 1MQIA 2IA4A 3QXMA 2ANJA 1SI1A 2XD3A 3VLWA 3MVYA 2VHAA 1LAHE 1WVJA 1M5DA 1A55A 4ZEFA 2VD2A 1R1NA 3VLVA 3C32A 1HSLA 2QS2A 4NF6B 3C35A 2XXHA 3FJGA 3M3LA 3IJXB 1WDNA 4LZ7A 3MW0A 4LONB 4DCYA 1ZLQA 1B52A 4XKQA 4RNSA 1NNPA 2I48A 1OVBA 1UTHA 5JTYA 4YMAA 4JWOA 4XKRA 3Q27A 3TELA 5I58A 1J1NA 2XXUA 3S4UA 2ONSA 5HM4B 5AE4A 3G3IA 2UXAA 3HPIA 4ND9A 4BLAA 3OENA 3ODBA 2V3QA 1LCFA 3KEIA 1Z7NE 3MQ9A 2Y7WA 3EPEA 4M4GA 4HW8A 4POXA 3CI8A 1MQGA 1O63A 3E4RA 4QF9A 1D3KA 1OQGA 1FQEA 1H76A 4BDLA 1B9JA 3E3KA 3CVGA 4RY1A 2I3VA 2UYFA 4NF8A 1HSEA 3B6QA 2M8CA 5I58B 4GLIA 3UP9A 2O1MA 1B5HA 1SW2A 3UN6A 4F3PA 3FV2A 3IB0A 4IO7A 4Q0CA 2GHBA 3I5OA 2F34A 1IXGA 2AIXA 2F6GA 1SBPA 4YAHX 4IB2A 2XHDA 1NH7A 4OESA 3OMBA 4YKIA 3RY3A 1JW5A 1P99A 1EZ9A 4IO5A 3V5AA 2DE2A 3OOAA 4NF8B 1PEBA 2DE4A 1RYOA 3S9MC 4EXLA 2H5YA 3TPAA 5JK4A 3S9NC 3KN7A 1B7UA 3M8UA 3K1MA 4JB7A 4ESXA 3IB1A 1CE2A 2AYSA 1Y1ZA 1XVYA 1GR2A 4JWXA 3UK4A 3EN3A 1IEJA 4ZECA 4PETA 5IKBA 4R72A 4IGRA 3PMVA 2QRYA 4YB5A 1P1OA 2DWHA 1B46A 3MP6A 3TFLA 3I3VA 2PT2A 1B3GA 2H99A 4F22A 3CG3A 3ILUB 2Y7KA 5FHOA 2Y84A 1BTJA 3QK6A 1A7LA 3QSLA 1RYXA 1OQHA 1LGBC 3H4ZA 4DXUA 1R6ZA 1VR5A 2RKMA 3T96B 2OWSA 4OFLA 2DS9A 4NF5B 1JEUA 2KLFA 3GBBA 3O9PA 3MZBA 3L6HA 3LBSA 2XXRA 1Q1KA 3OO6A 1EZPA 4XKNA 4QSCA 1Y4TA 1S7YA 2ZNTA 1N04A 3IORA 3FXRA 2Z22A 1Y9UA 2DSFA 5DEXA 1MDP1 2ZYOA 3OSRA 3FJ7A 4UACA 4WEDA 1MPDA 3TODA 4Q5TA 2NOOA 2QS1A 2QMWA 2V93A 1LCTA 4FEBA 4YKPA 1USYH 4GFRA 4R6KA 1FTLA 3W9WA 1SYIA 1MXUA 2O7IA 3G3HA 4GXAA 1JETA 2P0SA 5FTIA 5CMBA 3QUFA 2OZZA 3C33A 3MC2A 3H7MA 1LFHA 3RN8A 3T22A 1GGGA 5K2YA 1AOVA 2D3IA 4O3CA 4PFTA 1DMBA 4X1BA 1MXVA 4GL0A 1FTKA 4JXIA 3SETA 3KJ7A 3U1OA 4WXJA 3CRBA 2I4BA 2OJTA 2NUVA 1B3EA 3S2VA 4YB7A 1MPCA 4EDPA 4F3SA 4C1TA 1B6HA 4ZE8A 3EHTA 4ELOA 2ZYMA 3DP8A 4YICA 5H8HA 3FGSA 3KBRA 4RK2A 3O6GA 1Q35A 1XS5A 3MVXA 2X26A 4H8JA 3FJMA 5CMKA 3OD7A 3KN3A 2PMSA 4EQ9A 2I58A 1USYE 2G29A 3K0VA 2NWJA 3W9VA 2I0BA 1POY1 4JSDA 4LP2B 1XVXA 2HAVA 3AXFA 1B2HA 1LFIA 5TPAA 1IXCA 4G4PA 3PMWA 1MY0A 4ZEIA 4R75A 1JNFA 1A99A 1I6QA 2D5WA 3C4MA 4N6PA 4YKKA 1N3XA 2DWJA 3VLUA 2D21A 4F1YA 2DE3A 2OLBA 3FVGA 1OLCA 1BIYA 1FTOA 4KHZE 1MY1A 4MBPA 3PPNA 3S9LC 2RC8A 4E0WA 4TOZA 4OEUA 3CFXA 2I49A 3DM0A 3PD8A 3Q29A 1FQAA 3RLFE 3K1NA 4MH5A 3VDFA 4R2FA 4Z0IA 4AB5A 2A5SA 3IOWA 4OYVA 3FASA 2YPNA 3PMXA 1MXZA 5L9SA 3FVOA 1FQDA 1MRPA 2FYIA 4BDRA 2A5TA 4ZEBA 4OERA 4OHNA 1N0TA 3K02A 4KCDA 1ZMGA 1H44A 4U1OA 3VXBA 3ZKLA 3KSXA 2UVJA 5JEIA 2VOZA 3S9EA 3FVKA 4OWDA 5DTBA 2F35A 5ELVA 1DTZA 4U1ZA 3H6UA 1JVXA 3ZSFA 3L6GA 3CFZA 1M5CA 2F78A 4H1XA 1PB8A 3U8QA 3K6WA 4H67A 1EZOA 2RC7A 3G3KA 3N5LA 2Z8EA 1P1QA 3WAEA 3T66A 2A5TB 3VE1B 2YLNA 4EF1A 1NMUA 2X7PA 1IITA 4FE8A 1UTBA 4OXVA 4MLQA 4I8CA 4R73A 4M1VA 2O6AA 4F1UA 1BKAA 3HHFA 3UORA 5ISUA 1AIVA 3O28A 4G8MA 3PU5A 2YJPA 3IJOB 3MP8A 2XXYA 1MPBA 3VV5A 2O1LA 5H8SA 3CG1A 1VFDA 4LVQA 4ZEDA 1TFAA 4H8IA 3UA8A 3UGWA 3V8XB 4ZE9A 4XKPA 5B7DA 4LUBA 4ELPA 1XHYA 3O6IA 2ESNA 2QMXA 2CMOA 1B4HA 1A40A 1SQYA 1B51A 2ZMBA 4NF4A 4OEVA 1N76A 3IOUA 1UTBB 3OEKA 1FQCA 2I0CA 4RYAA 3R26A 4HTGA 2OBGA 3DLNA 4RJZA 1IQ7A 2QS3A 2OK2A 2GFEA 3TYHA 1TWYA 3IAZA 3SEYA 3B6WA 3KFMA 5M2VA 3CFLA 1N7WA 4IY5A 1TFDA 5TU0A 3KOSA 1SW1A 4TLMB 1CB6A 3LSXA 3G3JA 4NE4A 4YB6A 4NF4B 2O7UA 1ZKBA 4IGTA 4IY6A 1MQJA 4HCWA 5L8DA 3LR1A 3IO6A 3PPPA 4FECA 3EQ1A 4XIGQ 1UTHB 1D4NA 5JTYB 5ICQA 5K2XA 3TMGA 2ABHA 5CBRA 1SD3A 3I6VA 3A3UA 1PC3A 3MWBA 2H98A 1MY3A 3FVNA 3ZS6A 5I56A 3H3GA 2DWIA 3B6TA 3PUVE 5L9OA 3Q25A 3SEWA 1QUJA 1Y4CA 1I6BA 4ZEKA 4R6HA 3MAMA 2F7BA 3TQLA 3OELA 3OEMA 3RTWB 1FTMA 1ZU0A 3K4UA 1SI0A 1R9LA 2WKYA 4DIGA 1B0LA 3MZ9A 5CM6A 3PUWE 3IB2A 2Q8JA 3PUXE 4GXSB 4EUOA 1MM6A 3DELB 1NNKA 4NWDA 3T9VA 5CBSA 5I56B 3T9UA 1ZBMA 3SKPA 3SERA 4FATA 2DXRA 1D9VA 4FEDA 3P7IA 2QJEA 3PPOA 3MZ1A 1D9YA 1TXFA 4N13A 4PFYA 2W7YA 1AH5A 1QW0A 2XXXA 1IZ1A 1MXWA 4L17A 3MUQA 1NH8A 4HS7A 2H9BA 2HAUA 2F7AA 3R6UA 3OO9A 1LAFE 1BP5A 3A3CA 1LSTA 2P1SA 4QFKA 4MFIA 5ICTA 4GRKA 5I57A 3PV0E 3RGYA 1M5EA 3TTRA 2UVIA 2PBWA 1FCKA 1MXXA 4PE5B 3O66A 4RPNA 1OIBA 4DLDA 1N3WA 1KWHA 2ZNUA 3DP6A 4G2ZA 2NVUB 2LAOA 3SDFA 1T0KA 4RK9A 4UA8A 3C36A 1PBPA 3MVWA 5TP9A 1LBBA 4F29A 3VVDA 5F1QA 4QSDA 4AB6A 4OFJA 5H8NA 1B3FA 1YPNA 1B7ZA 5I57B 4ZDMA 3E13X 2F6PA 1NNFA 5DYHA 4R2BA 3JYRA 3TCFA 2GH9A 2RF1A 2UYEA 1ELJA 1Z7ME 3RPWA 2R71A 4X9TA 3O6HA 4EQ7A 5I2KA 1B1HA 4LATA 5ITOA 1UIUA 2Q2CA 4QFOA 1QJMA 4JDFA 1JVYA 4PQJA 1FW0A 4R74A 2E0SA 3H6TA 4BDNA 2XX7A 4ZS9A 4PFUA 1VE4A 4IO6A 4MF3A 4F2QA 4I9DA 5KCJA 1UQWA 1S50A 3F11A 4KCCA 4H0WA 4Z7EA 2VP1A 1TT1A 4KI0E 1NKXA 5DEXB 4TLLB 3CR9A 2F97A 4F3GA 1H3DA 1M5FA 5HBCA 3A09A 4H5FA 4X48A 1MH3A 2HZLA 4P0GA 2PT1A 1FQFA 3M3FA 3D4GA 5KCJB 3IOVA 2FNCA 3KOTA 1S9TA 3CSGA 3UIFA 4NTLA 4YMBA 5FTHA 2CZLA 1WODA 5AA3A 3O29A 4KYSA 1IXIA 3EHSA 5DVIA 3RQTA 1Y3NA 5LOMA 3LSWA 4FIMA 1LB9A 2Y7RA 3VFJA 4F3BA 3TQWA 3C34A 4DXBA 4H65A 4YKJA 4AQ4A 2I3WA 3ZKKA 1A8FA 3K6VA 2XXTA 2Z8DA 3KN8A 2Y7IA 3VXCA 5I59A 2I6EA 2IEEA 2Q89A 4KD5A 5CC2A 2XX8A 1JW4A 4JBZA 1PB9A 2ZYKA 4JSOA 5H8HB 4K3FA 4BDMA 5KZTA 4KR5A 3V89B 4ONYA 3GZGA 2V3TA 2DYXA 2VD3A 1GVCA 4F31B 1BLFA 2DQVA 1A8EA 3TCGA 1FQBA 1I6AA 1SW5A 1QUKA 3O2AA 1VSOA 1YTVA 1YAEA 1QULA 2UVHA 3SEUA 4NWCA 5I59B 5TPAB 3MP1A 2F36A 2GRVA 4BDOA 1QVSA 4IO3A 5I2NA 5A5XA 3RNNA 3VVFA 3IX1A 3FXQA 2QSXA 5CRYA 5H8FA 3OO7A 3LUYA 4G68A 2AL4A 4XTCQ 1URDA 3G3FA 2ZNSA 3HO7A 3CIJA 4DZ1A 3BKIB 1ZIUA 3DP4A 5I84A 5EHMA 4F18A 4G8NA 2XXWA 4LA9A 2HFBA 3VVEA 5CI5A 3KJTA 4ISUA 1LB8A 4R9GA 1RKMA 5DVFA 2REGA 4WKMA 5A5XB 1B7HA 3TTNA 3H6VA 1B58A 4LQ2A 4DCXA 4HCYA 4NF6A 2ZYNA 2V3UA 2XX9A 3GLBA 2HXWA 4QSEA 4DDDA 1FTJA 2ZXTA 1SYHA 4U4SA 3LSLA 5CMCA 2PYYA 1POTA 3RTFB 3TEPA 1MG1A 4GIZA 3IOTA 1JEVA 1DOTA 2DVZA 3MVZA 4ELRA 3QUJA 4GOTA 2O68A 1N84A 5B70A 3EF7A 4O3AA 1SW4A 4NEDA 1I69A 1MQHA 3FXUA 4F19A 3K2DA 3CSBA 1P1NA 3HHGA 4IO4A 1JQFA 4U23A 1B4ZA 2Y7PA 1ANFA 4N07A 1GV8A 1MH4A 5EHSA 4KPTA 4QFLA 1HSJA 1ZTYA 3PUYE 1B40A 4KYDA 3TKDA 4Q8RA 5H8QA 1MXYA 2HCAA 2O51A 1DTGA 2Q2AA 3KZGA 3IK6B 3EHUA 3Q26A 4YZZA 4KFQA 3PPRA 2UVGA 4F2OA 1NL5A 3JZJA 1B3HA 1B5JA 3T9HB 4U2RA 4LZ5A 5ITPA 3H6WA 3KGCA 1MY4A 2ONRA 4TQUQ 2NXOA 1IXHA 1O7TA 4QRZA 1Y20A 3SESA 2Z23A 3T93B 4F39A 5H8QB 4ECFA 4U22A 2F8DA 2B65A 3HSTA 4JWYA 3TTKA 5J1DA 1US4A 2Z8FA 1QUIA 2V25A 1AMFA 2X7QA 4LZ8A 3D4CA 3K01A 2REJA 3BBRA 1LLSA 2OCUA 1P1WA 1SVXB 2O84X 3OO8A 1B1XA 4KYEA 2RCAA 1URSA 3USDA 3ONMA 4QHQA 3U94A 2OWTA 4NMYA 1DPPA 1A54A 4C1UA 4BDQA 3U92A 3TTLA 2PVUA 3N94A 3HV1A 3N26A 5FHNA 1EH3A 3SEVA 3HCQA 4C0RA 3R7XA 2RC9A 2FA7A 2B3FA 3B7DA 4NF5A 2HZKA 3FATA 3IL1B 3QYTA 4IO2A 5AA2A 1DPEA 3TAJA 2DP8A 3ILTB 4OFOA 3GBAA 4YU0A 1XT8A 1N7XA 1URGA 2XD2A 3TDJA 4ELQA 1B5IA 2I4CA 3C31A 4EF2A 4I62A 1XC1A 4E0XA 2DVCA 3QIMA 2HEUA 3MPKA 3E9XA 1Y3QA 4PFWA 1LAXA 3U72A 2ALUA 2Q9TA 1O64A 4KQPA 1B32A 2P2AA 3N6UA 4H6DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AA2B 2RINA 1ZJLA 4GQOA 1OVTA 2WX9A 1AL3A 2AL5A 1M5BA 3RT6B 1L5TA 3IO4A 5TP9B 2XA5A 2QL3A 1P1UA 3ECRA 3K6XA 5L9MA 5H8NB 2P3VA 3Q28A 3IR1A 2E1SA 4R6YA 4WEPA 2R6GE 4FAJA 3FV1A 4GF8A 3D1RA 5IAIA 1LBCA 4R9FA 3TZAA 4OTEA 3RUMA 1Y3PA 4FJPA 5AA2D 5CMMA 2V84A 2XXQA 3SZPA 4QFNA 2VPOA 2F7CA 4MLVA 1PDAA 4N91A 5I2KB 1JW1A 2O69A 3G3GA 4X1DA 4PTKA 1YCJA 1NNTA 4RXLA 3K1PA 3TCHA 3T9XB 4G68C 3M3KA 4MNPA 3U93A 3TUSA 2B3BA 1FBCA 4ZZAA 4Q30B 2BJIA 1GTKA 2ZZWA 4LQ5A 4ZZEA 1VFEA 2VGQA 3KG2A 4U21A 4GWUA 3K6UA 4GVOA 4XEQA 2DOJA 1B3LA 4O3BA 4RA1A 1FJ9A 4UABA 4EXKA 3FD3A 2XXVA 4O7MA 1MY2A 1FPBA 1PB7A 3PUZE 5KDTA 4GWOA 4JVDA 3SEXA 1MM7A 5HPQA 4I1DA 1Y1MA 3V83A 1PBQA 4O8MA 2DXYA 1II5A 4THIA 2PX1A 3QAXA 3H06B 4OQOA 2XXIA 4GWWA 4H5GA 4PC9A 3KSJA 1US5A 4GX3A 5AA1A 1H45A 3MJNA 5I3SA 4I40A 1B0HA 3H03A 1IMFA 1DSNA 1JP4A 1IUDA 1OLAA 1ATGA 3GXAA 3MPLA 3N6TA 4P47A 5KDTB 1H43A 3OSQA 4N4UA 2V4CA 4XXUA 3LC8A 4FORA 3WAFA 4G8HA 3PPQA 4OMBA 1FBEA 2XXPA 1QKAA 3LSFB 4U4XA 5EYFA 4OVJA 3BFUA 3HN0A 4GD5A 5EQAA 4DXCA 1LFGA 2BJJX 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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