1DOTA

Crystallographic structure of duck ovotransferrin at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQERVTLSCVQKATYLDCIKAISNNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYERSGGSTTSYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGISEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNGPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAAHAVVARDDSKIDDIWSFLGMQAYSLGVDTTSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPELMDSQLYLGFEYYSAIQSLRKDQLTVGPRENKIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGEVECTILDDNKDCIVKITKGEADAISLDGGFVYTAGVCGLVPVVGESYEDETQCSKDEEQPAYYFAVAVVKKSSAITWNNLQGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLIHNKTGSCDFDDYFSEGCAPGSPPNSRLCKLCQGSGENLLEKCVASSHEKYYGYTGALRCLVEQGDVAFIKHSTVGENVSGSNKDDWAKGLTRDDFELLCTNGKRAKTMDYKTCHLAKVPTHAVVARPEKANKIRELLEGQEKLFGLHGTEKERFMMFQSQTKDLLFKALTKCLVKLRQGITYKEFLGDEYYASVASLNTCNPSDLLQVCTFLEDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of diferric duck ovotransferrin at 2.35 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DUCK OVOTRANSFERRIN
molecule tags Iron transport protein
total genus 175
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA03
1UTBA 1ZMGA 4AQ4A 3RGYA 5AA4A 4NF5B 2RINA 1LB8A 1MPDA 3MQ9A 2YLNA 1O63A 4YMBA 4NWCA 3T96B 4WEPA 1XC1A 2B65A 4ECFA 2ZXTA 2QSXA 1Y3QA 2R6GE 5LOMA 2QRYA 4TQUQ 3KFMA 3TCHA 3FZVA 4FE8A 4KFQA 3ZSFA 1SDXA 1P1WA 1DPEA 1S9TA 4QSCA 5I2KB 2Q8JA 3USDA 5CMCA 2CMOA 2QMXA 3CVGA 3OO7A 1MG1A 1TFDA 1UQWA 1SQYA 4YZZA 2DP8A 4UACA 3TKDA 2OZZA 3SDFA 4HTGA 2F6PA 3A09A 5CMKA 3K1NA 1FQCA 3IORA 4I8CA 1NNKA 2O84X 3KN7A 4LUBA 4RA1A 5DEXA 4DCYA 4YU0A 2YPNA 3PUYE 2O1LA 4BDOA 1DTZA 1PBPA 2Y7RA 4OESA 1MS7A 4FIMA 3MVWA 5ELVA 3TTMA 2UXAA 3MVXA 1SI0A 2PT1A 5DVIA 2I3VA 3R26A 3PPOA 3DP6A 3RUMA 4OERA 3IJXB 1SD3A 4R6YA 2DS9A 3PUWE 3JV9A 2OJTA 3K1PA 3KSXA 5EHSA 5HBCA 2XXRA 1TT1A 1BTJA 5FTHA 1EZOA 3IOWA 3KJ7A 3HHGA 3O97A 4Q5TA 2E1SA 5I57A 4GLIA 1SW4A 3O66A 3T9UA 4EQBA 5CRYA 2RCAA 1IXHA 3W9VA 3PV0E 1P1NA 2DVCA 2QS4A 1TWYA 4BLAA 1Y3NA 3MVZA 1FQAA 4XKRA 4KPTA 3O29A 3IJOB 1FTOA 1OQHA 1FQEA 2B3FA 4H8IA 4ZEIA 1Y9UA 4BDLA 2I0CA 3TFLA 3K6UA 1A8FA 4DZ1A 1VE4A 4X1BA 4O3CA 1L5TA 1SVXB 1H76A 2XXHA 2Q2AA 2H25A 2PVUA 3PUXE 5JK4A 3FVGA 4LP2B 1R9LA 4G2ZA 3VXCA 2V3TA 5AA2A 1MXUA 4XIGQ 1B51A 4OVJA 3RY3A 3CRBA 1N7WA 1M5BA 2ZYOA 4F19A 1R6ZA 3C4MA 1TFAA 1JETA 3K01A 3K2DA 2QS3A 4U21A 1O64A 5KZTA 1R9QA 2XXVA 3QIMA 4XKQA 3OMBA 1N76A 2OWTA 3PD8A 1CB6A 1MM6A 5ITPA 1MDP1 1SW5A 4N07A 4NE4A 3U93A 1UTHA 1P1OA 4OFLA 2H5YA 3A3CA 4EF1A 5K2YA 1QUKA 3R6UA 5TU0A 1EZ9A 3FJGA 4EQ7A 2O6AA 3K6XA 1A54A 2O1MA 4QFLA 2O7IA 1WODA 4JB7A 3UGWA 1OIBA 2XXUA 4ZDMA 3LUYA 1XVYA 3M3KA 4HW8A 1JW4A 3ZS6A 4RK9A 3RT8A 4DE8A 5CMMA 3MP6A 1B3LA 4QFPA 3T93B 1DOTA 2XD3A 1IQ7A 4FAJA 1A8EA 3VV5A 2RF1A 3OELA 4DXBA 2Y84A 3VLUA 1M5DA 3RT6B 3PMVA 3TAJA 1JW1A 2NXOA 5I2NB 1JQFA 4YB7A 4JWOA 4LONB 1POY1 3S9EA 5KDTA 4MLQA 4R9FA 4I1DA 3DM0A 5FTIA 1YAEA 4ESXA 5ICTA 3UP9A 2YJPA 1ANFA 3IX1A 2LAOA 3CG3A 3VFJA 3TCGA 1I6QA 3G3FA 4ELOA 1B4ZA 3QK6A 4JXIA 4DXCA 2GH9A 3RNNA 1QKBA 4IGRA 3MVYA 1FQBA 3LSFB 4M4GA 4G8HA 1N0TA 4ZEBA 4BDQA 3BBRA 4GXSB 3EN3A 1MXXA 2P1SA 3EHTA 3MC2A 1B1HA 3LSLA 3HHFA 1B05A 4PFTA 4OMBA 4C0RA 1N7XA 3G3JA 1NMUA 5L9SA 2ESNA 4DLDA 3FXRA 3U72A 2DQVA 4LQ5A 4EF2A 3G3HA 3GXAA 4QFKA 1B5HA 2UVJA 4QFOA 4U1OA 3G3KA 4F29A 4DIGA 5CC2A 4G68C 4LATA 3FVOA 3VXBA 2F6GA 4DDDA 1VR5A 1CE2A 2X7QA 4GD5A 3HO7A 1MQIA 4NF6B 1FTMA 1D9VA 1AH5A 4YKPA 2F5XA 3MP1A 2V93A 3UA8A 2RC9A 4NF4A 2ONSA 1A7LA 1ZTYA 1B52A 3KOTA 1B4HA 4NF8A 1Y1MA 5DVJA 4X48A 1DSNA 5AE4A 5A5XA 2UVGA 4U4SA 2ZMBA 3B6QA 4OHNA 3MPKA 3M8UA 2VOZA 4IO5A 2PMSA 1LAXA 4F3PA 2Y7IA 4R6KA 3TDJA 2I49A 3EHUA 4YKIA 5JTYA 3IO6A 1NNTA 1LAGE 3WAEA 5I56A 2XXWA 4ELQA 2AYSA 4R72A 2XX8A 1PC3A 2XXYA 4FEBA 3O6IA 4MBPA 3IOVA 4QRZA 4XXUA 4KYSA 4ZEFA 2RCBA 3MWBA 3IB0A 3GBAA 2V3QA 4X9TA 1JVYA 4KYEA 1SW2A 5L9OA 4BDMA 3Q25A 5M2VA 1FQDA 2I0BA 2IA4A 1B3EA 1OLCA 4ZE9A 3SEUA 5H8QA 2GFEA 2XXIA 1OQGA 3DLNA 3FUZA 3Q26A 3TQLA 4YICA 4JSOA 2QL3A 2KLFA 3FJMA 2PBWA 3G3IA 5J1DA 1N3WA 3T9VA 5FHNA 4F1YA 1IUDA 1MPBA 3FVNA 4YB6A 1Z7ME 3B7DA 5DVFA 4KCDA 1AMFA 5TP9A 2XHDA 2VD3A 4O3AA 5KCJB 4ISUA 3FV2A 3PUZE 4XKPA 1LGBC 4OENA 3IAZA 1NH8A 1SYHA 3TTKA 3S9NC 3EPEA 4F1VA 4HS7A 2DWAA 4THIA 2H4IA 3FIRA 1QKAA 4GIZA 3W15C 1OMPA 1ZKBA 1ZBMA 3MP8A 4G68A 1DPPA 2A5TB 1MXWA 4F31B 1J1NA 1HSLA 3RTWB 3WAFA 3PGFA 4NF5A 3C35A 1D9YA 3K6WA 2VHAA 4TOZA 4LZ7A 5CM6A 5TPAB 4GXAA 3FV1A 1IITA 1MY1A 2HQ0A 5CBSA 3EHSA 2ZYMA 3VDFA 3S9LC 5H8SA 4U23A 4H65A 1MDQA 3T22A 3FGSA 3EQ1A 2F35A 4L17A 4H6DA 4WEDA 1B2HA 3LSWA 1NNFA 4HCYA 4R74A 3PMXA 3IK6B 1GR2A 1AL3A 4F3GA 5I2KA 4PE5B 3O6GA 4KHZE 1Q1KA 1FTLA 1JEUA 1B3FA 4ZZAA 3OO8A 3D4GA 4ZE8A 5DT6A 5AA3A 3I6VA 2Y7PA 3ZKKA 1FQFA 2OK2A 1RYOA 4RJZA 1B58A 1ZLQA 3UK4A 3R7XA 1Z7NE 3C32A 5CMBA 4MH5A 1LAFE 4GL0A 3S2VA 1GTKA 4G4PA 5ICQA 3TPAA 1QJMA 4FORA 1B7HA 1OVBA 3K6VA 2HXWA 3E3KA 1B32A 1FCKA 3FD3A 3TMGA 1ZIUA 1QUJA 3O28A 4AB5A 2GHBA 2D21A 1B6HA 3OSQA 4QHQA 1POTA 3PD9A 1EH3A 1IXIA 2GHAA 1OLAA 2UVIA 4PFYA 3CFXA 3THIA 3SEVA 2FYIA 3V89B 4ZEDA 1NKXA 3KJTA 1XS5A 3Q28A 1D4NA 2O68A 5I59B 4POWA 4UA8A 4JSDA 1PB9A 3FJ7A 4ELRA 2AL5A 2G29A 3C34A 1ZJLA 3CFZA 4NMYA 2G93A 1QULA 1SBPA 2P2AA 3CIJA 3Q27A 1SYIA 4JWYA 1DMBA 3D4CA 4KR5A 2QS1A 3OXNA 4KYDA 2NVUB 5HM4B 2DYXA 3H6UA 4OEUA 5FHMA 3M3FA 1GVCA 2IEEA 1A55A 2Z23A 2DWIA 2NOOA 4PFWA 4RY1A 1B5IA 5IKBA 3LC8A 2XXQA 3IO4A 2HAVA 1ELJA 3OSRA 5H8HB 4G8MA 2BJJX 1HSEA 2PYYA 1QW0A 1USYH 2ZNUA 5ISUA 1A99A 1Y4CA 1MM7A 1TXFA 3SEXA 3K1MA 1Q35A 5JEIA 1B7ZA 3CI8A 2ANJA 4G77A 3TUSA 1LBBA 5H8NB 2Z8EA 4EXLA 1LAHE 1H44A 4WXJA 2ALUA 2X26A 3HV1A 3QXMA 2I4CA 2Q89A 3IB1A 3DP8A 4PFUA 1B9JA 2A5SA 4GRKA 3QAXA 2OBGA 4X1DA 3KGCA 4G8NA 3CFLA 4XTCQ 1Y20A 1FW0A 3KOSA 1IXCA 1JVXA 3F11A 3B6WA 4H5FA 2XXPA 4YB5A 1PDAA 1B40A 5IAIA 2PT2A 2R71A 5CBRA 1PB8A 5I58B 3TELA 4N6PA 3H3GA 4E0XA 3SEYA 2VP1A 2F36A 3DELB 5I2NA 4XKNA 1MRPA 3N94A 4OZ9A 4YKKA 3G7WA 3HPIA 3ONMA 1B0HA 4R75A 4GQOA 3PPPA 4DCXA 2DXRA 3V83A 1MXYA 4FATA 4IB2A 5EHMA 2REGA 2ONRA 4IY6A 2R9JA 5H8FB 5BWJA 4QF9A 2F7CA 1BKAA 1MQJA 4GL8A 3KN8A 2Q9TA 2DXYA 4KD5A 1IEJA 3C36A 1SW1A 4GWOA 4P0GA 1LFIA 4AB6A 4I62A 4F39A 4TLLB 3OEMA 1LLSA 3RPWA 5CI5A 1NL5A 2QS2A 1KWHA 3TYHA 2DWHA 2V25A 4F1UA 2AIXA 4F2OA 3H6VA 4PETA 5FHOA 1IZ1A 3H03A 1B3GA 2P0SA 3MJNA 3IOUA 1YPNA 1B1XA 2REJA 4OYVA 2NUVA 1MY2A 4GOTA 4U22A 2Q2CA 1UIUA 3JYRA 4FEDA 4OXVA 2F34A 1EZPA 4OTEA 3VLVA 2AL4A 4OFOA 1LBCA 3FXQA 1Y1ZA 4LZ5A 4NF6A 1OVTA 3B6TA 3PPNA 1M5EA 2H9BA 3PUVE 3CG1A 2H98A 2DE4A 5F1QA 2HZLA 2VGQA 3C31A 4H1XA 5I84A 3OD7A 3U1OA 4QFNA 2I3WA 3MBPA 4H67A 3CSBA 3PPQA 4HCWA 4NTLA 3IOTA 4N13A 2H99A 2V84A 1UIVA 3SKPA 1NH7A 3QSLA 2QJEA 1Y3PA 1AIVA 1N84A 2HEUA 5DEXB 3IL1B 1EU8A 3N26A 2OWSA 2HCAA 3T66A 3T9HB 3KN3A 2DOJA 4GFRA 1GV8A 1URDA 3H4ZA 2F78A 4EUOA 1JEVA 5AA1A 2XXXA 3PU5A 1LFHA 1Y4TA 2X7PA 3MUQA 4RYAA 1H43A 2F7BA 2B3BA 4OWDA 1PB7A 4EXKA 3QYTA 3O6HA 4WKMA 2DWJA 5L9MA 2DVZA 3VVDA 2XXTA 4OFJA 1MH3A 4ONYA 2XX7A 4MF3A 5I57B 3H06B 3VE1B 1MY0A 3VVEA 2F97A 4PQJA 4JWXA 3JZJA 3MPLA 3LR1A 4NWDA 3TODA 3V8XB 3RTFB 1YCJA 2NWJA 3FASA 4NEDA 3UIFA 4YKJA 5KCJA 4H0WA 3AXFA 3MZ9A 3RQTA 4M1VA 1II5A 1XVXA 1FTJA 3TQWA 1P99A 3IB2A 1URSA 2D5WA 5AA2D 3H6TA 2ZNSA 4MFIA 2A5TA 3N6TA 1USYE 3SESA 4P11A 1GGGA 2ONKE 2OCUA 4U1ZA 1NFTA 1PEBA 2Q88A 4IO6A 5AA2B 4Q8RA 1I69A 4ZECA 3M3LA 4KCCA 5TPAA 3Q29A 3L6GA 1B5JA 5EYFA 2Z22A 3FVKA 5ITOA 1VFEA 4LQ2A 3L6HA 1HSJA 2F8DA 3KSJA 4ESWA 1BP5A 1UTHB 4TLMB 3S4UA 4FECA 4F3BA 1US4A 2HFBA 4IO2A 3VVFA 1JW5A 4I9DA 3I3VA 4ELPA 2ABHA 2UYEA 3H7MA 4O3BA 1P1QA 2ZNTA 3CSGA 1B0LA 1M5FA 1B7UA 4YAHX 4U4XA 3MAMA 4MLVA 4R6HA 3BFUA 5B70A 4DXUA 4C1UA 3T9XB 1NNPA 2HZKA 4JBZA 3QUJA 1ATGA 1QVSA 1FTKA 3OO6A 4BDRA 2Y7WA 3HSTA 1US5A 2ZYNA 1I6AA 4R2FA 1N3XA 1RYXA 3KZGA 3LSXA 3PMWA 2PX1A 1MQHA 4IO3A 1S50A 2QMWA 3BKIB 1IXGA 2O7UA 1D3KA 2XD2A 5KDTB 1A40A 2CZLA 3O9PA 1LSTA 1LFGA 2FNCA 3TTNA 3TCFA 4U2RA 4Z0IA 3SERA 4LVQA 3ILTB 2F7AA 4GVOA 3MZBA 4ZEKA 1XHYA 5L8DA 1SI1A 5I59A 1BLFA 5HPQA 2Z8FA 4Q30B 1VSOA 4OEVA 3KBRA 4H8JA 3I5OA 3ILUB 3FXUA 4RNSA 3K0VA 2DE2A 3N5LA 4K3FA 3W9WA 5DTBA 1JNFA 1QUIA 4ZZEA 3C9HA 1XT8A 4C1TA 3UORA 1YTVA 1BIYA 3H6WA 1P1UA 4FJPA 3SETA 4EQ9A 2DE3A 1XOCA 2FA7A 4LZ8A 4JDFA 2D3IA 3E9XA 4POXA 5BUUA 3CR9A 2V3UA 3G3GA 3U8QA 3OO9A 4QSDA 2I58A 1H45A 3S9MC 1MQGA 3QUFA 3TTLA 4R73A 5H8HA 2HAUA 1WVJA 2RKMA 4Z7EA 3OEKA 2W7YA 4RXLA 4RPOA 1MPCA 3K4UA 3TEPA 3O2AA 2I6EA 4ND9A 4NF4B 2Y7KA 4OQOA 4E0WA 3ECRA 5H8NA 3TZAA 1MY3A 2E0SA 1B46A 3K00A 4NF8B 3C33A 2DSFA 5A5XB 2XX9A 1MXVA 2THIA 4KQPA 3SEWA 2O69A 4RK2A 3OOAA 1ZU0A 2RC7A 1WDNA 5K2XA 4F22A 4H5GA 3U94A 1AOVA 3GBBA 4R2BA 3ZKLA 1T0KA 1O7TA 3A3UA 3BFTA 1S7YA 5JTYB 4KI0E 2QPQA 4IGTA 3KEIA 5I56B 2O51A 5F7VA 3RLFE 1MY4A 1MXZA 4IY5A 1F9BA 1VFDA 4PP0A 1MH4A 1DTGA 5I58A 4BDNA 3GLBA 4F2QA 2VD2A 1MQDA 1IIWA 3GZGA 4OETA 3IR1A 3ODBA 2OLBA 3OENA 4EDPA 1I6BA 3LBSA 1UTBB 1PBQA 3VLWA 3FATA 1H3DA 5AA4B 5H8QB 1M5CA 5B7DA 4F18A 1URGA 4R9GA 1LB9A 4RPNA 1B3HA 3V5AA 3P7IA 3HN0A 1RKMA 1R1NA 2Z8DA 2I48A 5H8FA 3K02A 3MZ1A 3PPRA 2ZYKA 4F3SA 2UVHA 2I4BA 2RC8A 5TP9B 4GF8A 3EF7A 3MW0A 3RN8A 3TTRA 3E13X 4QSEA 3UN6A 4IO7A 1LCTA 2M8CA 5DYHA 3N6UA 3KG2A 2GRVA 3E4RA 3HCQA 1LCFA 4P0IA 3DP4A 4G68B 4LA9A 3U92A 4YMAA 2WKYA 1N04A 4Q0CA 4IO4A 4ZS9A 2UYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UTBA 1FRPA 1ZMGA 2Y5KA 4AQ4A 3RGYA 5AA4A 4NF5B 2RINA 4PDHA 1LB8A 1MPDA 3MQ9A 2YLNA 1O63A 4YMBA 4NWCA 3T96B 4WEPA 1XC1A 2V4CA 2B65A 3KC1A 4ECFA 2ZXTA 2QSXA 1Y3QA 2R6GE 5LOMA 2QRYA 4TQUQ 3KFMA 3TCHA 3FZVA 4FE8A 3QMFA 4KFQA 3ZSFA 4PBHA 1SDXA 1P1WA 1DPEA 1S9TA 4QSCA 5I2KB 2Q8JA 3USDA 4GBWA 5CMCA 2CMOA 2QMXA 1XI6A 3CVGA 3OO7A 1MG1A 1TFDA 1UQWA 1SQYA 4YZZA 4G61A 2DP8A 4UACA 3TKDA 2OZZA 3SDFA 4HTGA 5ET5A 1NV3A 2F6PA 1G0IA 3A09A 5CMKA 3K1NA 5F24A 4AS4A 3IFCA 4PAFA 4XF5A 1FQCA 2FIEA 3IORA 4I8CA 1NNKA 2O84X 3KN7A 4LUBA 5I3SA 1IMEA 4RA1A 5DEXA 4DCYA 4YU0A 2YPNA 3PUYE 3LUZA 5ET7A 2O1LA 4BDOA 1DTZA 5ET8A 1PBPA 2Y7RA 4OESA 5I5PA 1MS7A 4FIMA 3MVWA 5ELVA 3TTMA 2UXAA 3MVXA 1SI0A 2PT1A 5DVIA 1NV2A 2I3VA 1FSAA 3R26A 3PPOA 3DP6A 3RUMA 4OERA 3IJXB 1SD3A 4R6YA 2DS9A 3PUWE 3JV9A 2OJTA 3K1PA 3KSXA 5EHSA 5HBCA 2XXRA 1TT1A 1BTJA 5FTHA 1EZOA 3IOWA 3KJ7A 3FXBA 3HHGA 2KR0A 3O97A 4Q5TA 2E1SA 5I57A 4GLIA 1SW4A 3O66A 3T9UA 2ZZWA 4EQBA 5CRYA 5DW8A 2RCAA 1IXHA 3W9VA 4MIJA 3PV0E 1P1NA 2WBDA 2DVCA 2QS4A 1TWYA 4BLAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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