1DOTA

Crystallographic structure of duck ovotransferrin at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQERVTLSCVQKATYLDCIKAISNNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYERSGGSTTSYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGISEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNGPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAAHAVVARDDSKIDDIWSFLGMQAYSLGVDTTSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPELMDSQLYLGFEYYSAIQSLRKDQLTVGPRENKIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGEVECTILDDNKDCIVKITKGEADAISLDGGFVYTAGVCGLVPVVGESYEDETQCSKDEEQPAYYFAVAVVKKSSAITWNNLQGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLIHNKTGSCDFDDYFSEGCAPGSPPNSRLCKLCQGSGENLLEKCVASSHEKYYGYTGALRCLVEQGDVAFIKHSTVGENVSGSNKDDWAKGLTRDDFELLCTNGKRAKTMDYKTCHLAKVPTHAVVARPEKANKIRELLEGQEKLFGLHGTEKERFMMFQSQTKDLLFKALTKCLVKLRQGITYKEFLGDEYYASVASLNTCNPSDLLQVCTFLEDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of diferric duck ovotransferrin at 2.35 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Iron transport protein
molecule keywords DUCK OVOTRANSFERRIN
total genus 175
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA03
2PT2A 4EQ7A 3MVXA 4JDFA 2VGQA 3GLBA 4NF5A 4ELQA 1TT1A 1Y4CA 3HPIA 4JWXA 1B32A 2GRVA 4NF6A 4QRZA 1H44A 3OSQA 4EF2A 3RN8A 3OENA 1GVCA 2G29A 1VSOA 3VDFA 2A5TB 2UVHA 5KZTA 3IO4A 1AL3A 5A5XA 1YTVA 5H8SA 4ELRA 3LUYA 1Y4TA 5EHMA 5CMBA 1FQEA 2O69A 3TTNA 1JVYA 1DMBA 1DSNA 1MM6A 1XVXA 3RTFB 4YB7A 3BKIB 4KPTA 4NF4A 1II5A 3O29A 1POTA 3PU5A 3OXNA 3PPRA 3TYHA 1LLSA 1NKXA 4QFNA 3OELA 1NNFA 3TKDA 5CI5A 4U1ZA 1XS5A 1URGA 4EXKA 4R2FA 2DWHA 2XXYA 4OFOA 4PETA 5JTYB 2I0BA 3C32A 2GHAA 5AA2B 3KJ7A 2I4CA 3IB0A 3RGYA 2CZLA 4BDLA 2HXWA 1LSTA 4JWOA 2O6AA 2VP1A 2DYXA 4M1VA 4EQ9A 4LQ5A 4YKPA 3MQ9A 3S9MC 1UIUA 3K00A 1US5A 3W9VA 1H76A 2Z22A 2E0SA 4RY1A 3VLVA 4WEDA 1SYIA 4TOZA 4I62A 2RC8A 1A54A 2D21A 1FQCA 4TQUQ 1MY1A 4F29A 3KZGA 4MBPA 3CR9A 3S9EA 3MZ9A 4GVOA 2DP8A 3V8XB 5KCJB 2DS9A 2Z8FA 1N0TA 4OVJA 2UVJA 4U23A 3WAEA 5TP9B 1B1HA 1XOCA 4F1YA 5F7VA 5ITPA 2XXWA 3SEXA 1DOTA 1ZBMA 4G68B 2F6PA 2GH9A 3HCQA 4G8NA 3VE1B 4DXUA 4OEVA 2HCAA 2HZLA 5AA4B 1FQAA 3H6WA 3KFMA 5I57A 3CG1A 3KJTA 5B7DA 3KN7A 1RYXA 4LZ8A 1M5CA 1SQYA 3IR1A 2A5TA 3RLFE 3JZJA 3CI8A 1LGBC 2R6GE 2PX1A 4RPNA 1OQGA 3VVDA 3OO9A 4ZEFA 5I84A 5TPAB 3A3UA 5TU0A 1R9LA 4H67A 4X1BA 1ZMGA 2A5SA 1AMFA 3H4ZA 3OD7A 4KCDA 2LAOA 4YU0A 3DP8A 3TUSA 4FATA 2V3QA 4M4GA 1JVXA 2V25A 4N13A 1SD3A 1H3DA 3PMXA 1EZ9A 4ELOA 2AL5A 3T22A 3C34A 3WAFA 4H65A 1WODA 3TCGA 3RY3A 5AA2D 4KCCA 2RC7A 2PVUA 2Q2CA 2YPNA 3A09A 2OWSA 2Y7PA 2ZYKA 5H8FB 5JTYA 2ONRA 1Y3QA 4IY5A 3SEWA 3C33A 2DQVA 5ICQA 3OO6A 3MVWA 1P1WA 4R6YA 4GWOA 1B40A 2GHBA 1KWHA 1O63A 4G8MA 3E13X 3HV1A 3KEIA 3T66A 5AA1A 3IORA 3G3GA 1PEBA 4FECA 4IY6A 1P1QA 4NE4A 5ITOA 1RKMA 1TXFA 2HZKA 1BKAA 3MW0A 4QF9A 3R26A 3K1PA 2WKYA 4QFKA 1B51A 4FAJA 1OMPA 1UIVA 3K1NA 5KCJA 1IZ1A 3ECRA 1FTKA 1JETA 1MY2A 4AB5A 5TP9A 4NF5B 1T0KA 5ELVA 4ZE9A 4KFQA 1LB9A 3FASA 3K02A 1NFTA 4NF6B 3CVGA 3TQWA 2NWJA 1L5TA 4POWA 3S4UA 1B46A 2P2AA 3H7MA 3B6QA 1R9QA 4F39A 4H5FA 4G2ZA 2KLFA 5CMKA 3C31A 5A5XB 1OQHA 1EZPA 2XXVA 2QMXA 2AYSA 3EF7A 1QUKA 4U2RA 4NTLA 3L6GA 4ISUA 1D4NA 3W9WA 3K6VA 3Q29A 3ILTB 3T9XB 1FW0A 3I6VA 4F18A 2OCUA 1IIWA 4XKQA 5I58A 4KD5A 2Z8EA 3UA8A 2QPQA 4F3GA 1I6AA 2W7YA 5L9OA 2ESNA 3K01A 4XKRA 3TCFA 4OHNA 4OEUA 1JEVA 1B3GA 3EQ1A 3TMGA 4PQJA 4THIA 2CMOA 2B65A 4ZEDA 1SW5A 1AH5A 1F9BA 1MY0A 3IJOB 5KDTA 1WVJA 4KYEA 2H5YA 3VXCA 1NMUA 3TQLA 4G4PA 1QKBA 2O7IA 2G93A 1NH7A 1WDNA 5B70A 3IO6A 1MDP1 2F36A 3R6UA 5I2NB 1GGGA 2I6EA 1ZTYA 3QUJA 3K4UA 3USDA 3PMVA 4Q0CA 1B7UA 1Y1ZA 4U4SA 2F6GA 3G3JA 4C0RA 3N6TA 1XHYA 1PB9A 2M8CA 1LAGE 5BWJA 1P99A 2UVIA 3EPEA 4AB6A 4F3PA 3M8UA 4EDPA 3G3FA 1SW2A 2QS4A 4ESXA 4IO7A 4I8CA 1JW1A 5FHMA 2RF1A 3KSJA 4Q5TA 3VLWA 1BLFA 2R9JA 1N04A 2HAVA 1B9JA 1LFHA 1MXUA 2VD2A 1ELJA 5CBSA 4LZ5A 1MXVA 2DVZA 2O1MA 3DP6A 3TTMA 1I69A 5H8QA 3GBBA 4ZEKA 1N3XA 1O7TA 5I57B 2H9BA 3LSLA 2XXQA 2UVGA 3SERA 1GTKA 3FXUA 4H1XA 5BUUA 4YKJA 3MWBA 4R6HA 2FA7A 2THIA 4QFPA 3QIMA 4Z7EA 2DE3A 5JEIA 3HO7A 3T93B 5DVIA 1FCKA 4BDMA 2DOJA 1XC1A 3CFZA 3FVGA 4R9GA 4XKNA 5H8NB 4BDNA 3HSTA 3LR1A 5I2KB 1EU8A 1POY1 2DSFA 4R72A 3PPPA 2Q9TA 2I0CA 4XKPA 1SDXA 2P1SA 4FORA 4ZS9A 3JYRA 1MXWA 4JSDA 4YB6A 3M3KA 3E3KA 2Y7RA 4R75A 4C1UA 1MPBA 3LC8A 5DEXB 4RK2A 4ZE8A 3TZAA 1IXHA 1IQ7A 3O97A 5DYHA 3KSXA 1O64A 3UN6A 4Z0IA 5FTIA 4MF3A 3TELA 1NNPA 3K6WA 5I2NA 1FTOA 1MPDA 5AA3A 1A99A 1A8EA 1PC3A 1GV8A 2XD2A 5K2YA 1D9YA 2V3TA 2QS1A 4C1TA 1LAFE 5HPQA 3K6UA 2F78A 2VHAA 4LUBA 3VVFA 5HM4B 3CFXA 3PUYE 4IO5A 2DWJA 4ZEBA 2X26A 3EHUA 2I3VA 3KN3A 1VFEA 4MLQA 2DWIA 2I58A 3FVKA 3O6HA 5CMCA 3PGFA 3IOWA 4YB5A 4G77A 4GLIA 5J1DA 3DP4A 4F22A 3V5AA 2QS2A 3LSXA 5CMMA 3CIJA 3IX1A 3CG3A 2XXHA 4H5GA 3MP6A 4KR5A 4GL0A 4U22A 2OWTA 1LCTA 2Y7KA 4LATA 3SDFA 2IA4A 1MH3A 4P11A 5JK4A 1TFAA 3C36A 1MQGA 4LVQA 2REJA 5I58B 2ZMBA 3VVEA 4ZZAA 4U21A 1MRPA 2Y84A 3K2DA 3O6GA 2ZNTA 4YKIA 1FTMA 3EN3A 3IOUA 3UGWA 5H8NA 4GFRA 2R71A 5I2KA 1UTBA 4OMBA 2H25A 3H3GA 3MJNA 1S9TA 2ONKE 3T9VA 2DE2A 2HQ0A 1EZOA 3PPOA 4YZZA 1JW4A 2QRYA 5KDTB 1GR2A 2XX7A 3HHFA 2DWAA 4ESWA 3PUWE 1Y1MA 3MP1A 4O3BA 1AOVA 3SETA 2F97A 3G3HA 3U1OA 3FIRA 1J1NA 1ANFA 5DEXA 2F35A 4GOTA 4PFWA 4F2OA 3V89B 5DVJA 3SESA 1UQWA 5FHNA 3VFJA 1IXGA 3FV1A 1YCJA 2I3WA 1B1XA 1HSEA 3ZKKA 3RT6B 3DLNA 3QAXA 1MXYA 3LBSA 2XXRA 2Z23A 1M5BA 1QJMA 3D4CA 4DXCA 2Q88A 1N7XA 1H43A 2Q2AA 2ANJA 2NVUB 4X9TA 1QUIA 2RINA 3PUVE 1M5FA 4E0WA 2NXOA 1MY3A 2XXTA 4O3AA 2D5WA 4KHZE 3ILUB 1A7LA 1EH3A 1ATGA 2ZYNA 3T9UA 4FIMA 3TODA 1MG1A 1RYOA 3OSRA 1URSA 3W15C 1SBPA 1PBPA 3H6UA 3N6UA 4BDRA 3PPNA 2X7PA 1B7ZA 2UYEA 1QUJA 4JBZA 1LCFA 3TAJA 4EF1A 3G3KA 4DCYA 3QSLA 3D4GA 4YAHX 4GXSB 3TTKA 3TTRA 4OTEA 1JEUA 2DXRA 2OK2A 5H8QB 2QS3A 1B3FA 1MQHA 3RT8A 3KGCA 2DXYA 4WEPA 2VOZA 3SKPA 2ZNUA 1LFIA 2XXIA 3S9LC 4ZZEA 1JW5A 1OVBA 3U92A 1S50A 4NMYA 4HCYA 1P1NA 3MPKA 3TDJA 3JV9A 1LFGA 3O6IA 2VD3A 3B6WA 4NF8B 4P0GA 1N7WA 3SEUA 4F31B 4BDOA 3FJGA 2XXUA 4G68C 2ZNSA 1BTJA 1FQBA 4LONB 3IL1B 3RNNA 1PB8A 4OYVA 3VV5A 1UTHA 1NNKA 2DE4A 1Y9UA 5I56B 3RUMA 4KQPA 4F1UA 3M3LA 1M5DA 1R1NA 2V3UA 4ZEIA 4ND9A 2FYIA 4R6KA 2V93A 4G8HA 1D9VA 1OIBA 5I59A 4NWCA 4IGRA 1Z7ME 3FJ7A 4ZDMA 3OO8A 1PB7A 4GIZA 4UACA 3H6VA 3EHSA 1VE4A 3R7XA 3TPAA 3IOTA 3PV0E 1LB8A 4R9FA 3FD3A 1FQDA 1YAEA 2PT1A 3HN0A 3MUQA 4QHQA 1US4A 2REGA 2V84A 4MFIA 4KYDA 2O1LA 3Q28A 3B7DA 4FJPA 1Q35A 1JQFA 4RA1A 4DIGA 2F7CA 4HCWA 4HS7A 2FNCA 1R6ZA 1B52A 3ZKLA 3FZVA 3LSFB 1SI0A 4IO4A 2GFEA 3A3CA 3I3VA 1MM7A 3T9HB 1B5JA 4HTGA 4U4XA 2H98A 1B0LA 5AE4A 3E9XA 1ZU0A 3K1MA 1LBBA 1B4HA 2QSXA 1N3WA 4OETA 4ZECA 3DM0A 5F1QA 3OEMA 4GXAA 3UORA 2YLNA 2ABHA 3O66A 4GRKA 2XHDA 3CSBA 4R74A 3UIFA 4OENA 4DXBA 1FTLA 3T96B 1SI1A 1Y20A 3IJXB 3CSGA 1HSLA 1JNFA 2F34A 3S9NC 1B5HA 1XVYA 4I1DA 2RCBA 4UA8A 4E0XA 4DCXA 3OO7A 1CB6A 4YMBA 1NL5A 1LBCA 2XX9A 4NF8A 3ZS6A 4PE5B 3N5LA 3IB1A 1MQJA 4GL8A 1H45A 1ZLQA 2H4IA 2RKMA 3EHTA 4H0WA 1UTBB 4WKMA 1I6QA 5LOMA 1SVXB 3K6XA 3OOAA 1ZJLA 4IB2A 4IO3A 4F1VA 3RQTA 3IAZA 4PFTA 1MPCA 1TWYA 3V83A 4P0IA 3PMWA 3DELB 3TFLA 2I4BA 4O3CA 3VLUA 4Q30B 3MPLA 2F7AA 1HSJA 3O9PA 2I48A 2F7BA 5I56A 1VR5A 3FXRA 2AIXA 4NEDA 1QULA 3P7IA 5HBCA 1IXCA 4KI0E 1P1UA 3MZBA 4FEDA 3C35A 3QYTA 3FJMA 4OXVA 4OFLA 1ZIUA 4X1DA 4F19A 4TLLB 3ONMA 4R73A 1QVSA 5L8DA 1B5IA 1BP5A 5L9SA 2RC9A 1B3HA 3I5OA 4JWYA 3AXFA 4JXIA 5IKBA 5K2XA 3MVZA 3MP8A 1S7YA 4F3SA 3BFTA 3UP9A 4K3FA 1AIVA 2PMSA 2QJEA 4GF8A 1BIYA 4XXUA 4R2BA 1Y3PA 1MDQA 5EHSA 4TLMB 2ONSA 4DDDA 4LQ2A 1IUDA 3M3FA 5DTBA 4RPOA 2X7QA 2B3BA 3Q25A 2Y7WA 3N26A 2D3IA 3OMBA 3THIA 3FVOA 3CRBA 4LZ7A 4F2QA 3S2VA 4QFOA 3LSWA 4RNSA 1B6HA 2I49A 3GBAA 3B6TA 4IO6A 3U93A 3TEPA 4PFUA 4RJZA 4X48A 4XIGQ 3KG2A 4BDQA 2PYYA 3GXAA 4RYAA 3FGSA 2HFBA 3QK6A 2IEEA 3KOTA 4IO2A 5CC2A 4POXA 1UTHB 3IB2A 2UYFA 4F3BA 2ZYMA 1ZKBA 5ICTA 5DVFA 1SYHA 2B3FA 4ELPA 2Q89A 3FVNA 4N6PA 1IEJA 3OEKA 4FEBA 5EYFA 1P1OA 1QW0A 1MQDA 3MZ1A 1B05A 1CE2A 1D3KA 1DPPA 5DT6A 5FTHA 3MVYA 2O51A 3FXQA 1PBQA 4I9DA 5I59B 3G7WA 3PD8A 1A8FA 4MLVA 3MBPA 3PUZE 4KYSA 3H06B 1OLCA 3KN8A 1Y3NA 4OZ9A 3SEYA 3FUZA 1DPEA 4EUOA 2XXPA 5CBRA 5H8HB 3SEVA 3TCHA 3RPWA 4N07A 5AA2A 4IGTA 2AL4A 3BBRA 3QUFA 1M5EA 2UXAA 4LP2B 4WXJA 1DTZA 3VXBA 5L9MA 4OESA 2PBWA 5IAIA 2XD3A 1A55A 4NWDA 1B3EA 3CFLA 1USYH 2ZXTA 3G3IA 4H8IA 1MH4A 1FQFA 2Y7IA 2YJPA 3Q26A 1B3LA 1VFDA 3KOSA 4OFJA 2HAUA 2HEUA 3K0VA 2F5XA 1N76A 1SW1A 1B7HA 1LAHE 1DTGA 3FATA 4H8JA 3GZGA 4QSEA 1OLAA 3PUXE 1OVTA 4ONYA 4OERA 1NNTA 4OQOA 4RK9A 2O84X 4LA9A 1YPNA 2XX8A 4G68A 1Q1KA 1USYE 1Z7NE 2O7UA 2DVCA 3C9HA 1MXZA 1B4ZA 1FTJA 1MY4A 5AA4A 3Q27A 3MC2A 1MS7A 3RTWB 1B0HA 2OZZA 2QMWA 4RXLA 4QSDA 1IITA 5TPAA 4U1OA 3O28A 3H03A 1B58A 2E1SA 1A40A 4NF4B 1NH8A 3U94A 3PPQA 2BJJX 1SW4A 2OLBA 4EQBA 2NUVA 2OJTA 4GQOA 3F11A 3BFUA 2H99A 3KBRA 4Q8RA 1I6BA 4YKKA 3PD9A 3TTLA 4H6DA 1XT8A 5CM6A 4L17A 5CRYA 4BLAA 4DLDA 3O2AA 4MH5A 3E4RA 3U72A 4PP0A 3QXMA 1PDAA 4DZ1A 2F8DA 1MQIA 2QL3A 3L6HA 2O68A 4JB7A 3N94A 5M2VA 4YICA 4JSOA 4QFLA 3ZSFA 4OWDA 3MAMA 5H8FA 2ALUA 2Z8DA 1IXIA 4GD5A 4QSCA 5H8HA 1MXXA 1QKAA 2XXXA 3HHGA 4EXLA 1B2HA 1LAXA 1URDA 4ECFA 4XTCQ 4DE8A 2P0SA 3ODBA 5FHOA 4FE8A 4YMAA 3IK6B 2Q8JA 1N84A 3H6TA 3FV2A 3UK4A 2OBGA 3C4MA 4PFYA 3U8QA 1TFDA 2ZYOA 5ISUA 4AQ4A 2NOOA 2RCAA 3IOVA 4HW8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PFBA 2PT2A 4EQ7A 1IMEA 3MVXA 4JDFA 2VGQA 3GLBA 4NF5A 4ELQA 1TT1A 1Y4CA 3HPIA 4JWXA 1B32A 2GRVA 4NF6A 4QRZA 1H44A 3OSQA 4EF2A 3RN8A 3OENA 1GVCA 2G29A 1VSOA 4GWSA 3VDFA 2A5TB 2UVHA 5KZTA 3IO4A 1AL3A 2BJIA 5A5XA 1YTVA 5IZ3B 5H8SA 4GWWA 4ELRA 3LUYA 1Y4TA 5EHMA 5CMBA 2FHYA 1FQEA 2O69A 4OVSA 5DW8A 4PBQA 3TTNA 1JVYA 4HE0A 1DMBA 1DSNA 1MM6A 1XVXA 3RTFB 3U65A 2KR0A 4YB7A 3BKIB 4KPTA 5EQ7A 2OWZA 2Q74A 4NF4A 1II5A 4PAFA 3O29A 1POTA 3PU5A 3OXNA 3PPRA 3TYHA 1LLSA 1NKXA 4QFNA 1NV6A 3OELA 1NNFA 3TKDA 5CI5A 4U1ZA 1XS5A 1URGA 4EXKA 5IZZA 4R2FA 3CHGA 2DWHA 2XXYA 4OFOA 4PETA 5JTYB 2I0BA 4HE1A 3C32A 2GHAA 4NHBA 5AA2B 3KJ7A 2I4CA 3IB0A 3RGYA 2CZLA 4BDLA 2HXWA 1LSTA 4JWOA 2O6AA 2VP1A 3ISPA 2DYXA 4M1VA 4EQ9A 4LQ5A 4YKPA 4NN3A 3MQ9A 4PAKA 3S9MC 1UIUA 3K00A 1US5A 3W9VA 1EYIA 3A29A 1H76A 2Z22A 2E0SA 4RY1A 3VLVA 4WEDA 1SYIA 4TOZA 4I62A 2RC8A 1A54A 2D21A 1FQCA 3NOHA 4TQUQ 1MY1A 4F29A 3KZGA 1AWBA 2QFLA 4MBPA 3EKIA 3CR9A 3S9EA 3MZ9A 5IM2A 4GVOA 2DP8A 3V8XB 5KCJB 2DS9A 2Z8FA 1N0TA 4OVJA 2UVJA 4MJOA 4U23A 3WAEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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