1DOTA

Crystallographic structure of duck ovotransferrin at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQERVTLSCVQKATYLDCIKAISNNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYERSGGSTTSYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGISEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNGPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAAHAVVARDDSKIDDIWSFLGMQAYSLGVDTTSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPELMDSQLYLGFEYYSAIQSLRKDQLTVGPRENKIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGEVECTILDDNKDCIVKITKGEADAISLDGGFVYTAGVCGLVPVVGESYEDETQCSKDEEQPAYYFAVAVVKKSSAITWNNLQGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLIHNKTGSCDFDDYFSEGCAPGSPPNSRLCKLCQGSGENLLEKCVASSHEKYYGYTGALRCLVEQGDVAFIKHSTVGENVSGSNKDDWAKGLTRDDFELLCTNGKRAKTMDYKTCHLAKVPTHAVVARPEKANKIRELLEGQEKLFGLHGTEKERFMMFQSQTKDLLFKALTKCLVKLRQGITYKEFLGDEYYASVASLNTCNPSDLLQVCTFLEDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Iron transport protein
publication title Structure of diferric duck ovotransferrin at 2.35 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DUCK OVOTRANSFERRIN
total genus 175
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dotA03
4GLIA 4YZZA 3TMGA 1LB8A 4F39A 2ANJA 2GHAA 3BBRA 2XHDA 4UA8A 1FQDA 3MUQA 3C33A 1D9VA 3FASA 4OESA 2ZNUA 1MY2A 1YCJA 2CMOA 2V84A 3T22A 2A5SA 2XXUA 3PPNA 3PUZE 5EHSA 4R6YA 5I57B 1LFGA 5I58B 3R26A 3MAMA 4IY6A 1HSJA 1SYIA 3IL1B 4YU0A 1LGBC 4IB2A 5L9MA 4H5FA 4LA9A 2PT1A 4ESWA 4NWCA 4U4SA 1LAGE 2G93A 3U8QA 1AL3A 2I49A 3MVWA 1BKAA 3FVNA 1MQDA 3K00A 1OQHA 1MPCA 1B0HA 4IO3A 1US4A 4F29A 4OERA 4R73A 3VFJA 3S9NC 1Y4TA 3V83A 1LAHE 1LLSA 1NKXA 2QL3A 3C35A 5TP9B 3V5AA 4ZS9A 3IK6B 3SDFA 3LBSA 2REGA 3K6VA 4ELRA 5AA2D 1TFDA 2XXRA 3PMVA 4JDFA 4ZEFA 3PPPA 2PMSA 5ICTA 3MP6A 3IOWA 3PD8A 1I69A 1B58A 1DPEA 2CZLA 1VR5A 5H8FB 1IUDA 3FD3A 1QKAA 3RN8A 3E9XA 3PPRA 1M5BA 3O2AA 3RQTA 1CB6A 2DQVA 3FV2A 4YKPA 1B5JA 1SW2A 3MWBA 4R75A 3CFZA 1ZMGA 4MLQA 3K6XA 1R6ZA 2NVUB 4LONB 4ZEDA 1UTBB 4OEVA 3H7MA 2Z8DA 3E3KA 4IO4A 1H45A 3O6IA 4NF4A 4IO6A 4AQ4A 4F3SA 4PFTA 5LOMA 3ONMA 3HSTA 3LSXA 5KCJB 1IZ1A 3VXCA 2GHBA 2Z22A 2RCBA 2QMWA 2DVCA 3T96B 2UVGA 2F6PA 3MVYA 2VHAA 3QUFA 2DWJA 4EQ9A 1B7UA 2DWHA 4EXLA 3TTKA 2ZYNA 2DSFA 3K1NA 2AYSA 2DP8A 3R7XA 1MH4A 2ZXTA 3O28A 4R2FA 4FAJA 5FHNA 2F34A 3MJNA 2P2AA 1FTKA 3KN7A 4DIGA 3FJ7A 1Y1ZA 3UN6A 2I4BA 4R74A 3FXQA 1YTVA 4H8IA 2PX1A 3TQLA 1JVXA 2F7AA 3OELA 4EF2A 3KEIA 3EF7A 2O1LA 3WAFA 3RPWA 1I6QA 2XXTA 4PFUA 1DSNA 1SW5A 1CE2A 1JNFA 4JWYA 2QSXA 4ZE9A 2XXPA 5JTYA 1O63A 4BDQA 1MPBA 3EPEA 4R72A 1IXIA 3HHFA 1BP5A 5H8NB 5K2YA 3PD9A 2QPQA 4UACA 4PP0A 3KFMA 4PETA 2DYXA 3PGFA 2UVJA 4C0RA 4DXCA 5L9SA 5B7DA 2F97A 1B3HA 1QUJA 1Y3QA 5CMCA 2REJA 3RGYA 4BLAA 4NF8B 2XXQA 3PUVE 3LSWA 4G68B 3S9LC 1B32A 3IJXB 2GH9A 5EHMA 1II5A 2RC9A 4YKIA 1SD3A 4ZECA 1NFTA 2ZMBA 3SKPA 3OEKA 1N3WA 1IXHA 5ITOA 4HTGA 4THIA 1MY0A 3BFTA 4KYSA 4OYVA 2I6EA 1Y3NA 4G8NA 2O84X 4F3BA 1MXZA 3OSRA 3JZJA 3TTLA 1WODA 4U1OA 1ZIUA 1SI1A 4I1DA 1PDAA 1A55A 2XXXA 4G8HA 3CG1A 5EYFA 4IO7A 1DOTA 1MS7A 3K2DA 5I2KB 1MXWA 2P1SA 1PC3A 3K6UA 1I6BA 1LCFA 1P1QA 4H1XA 2XXVA 1MXYA 3OEMA 4FEDA 1B5IA 1JW4A 2VOZA 2FYIA 4GL0A 3IOUA 2I3VA 5H8HA 2A5TA 1BIYA 4QFKA 3VV5A 4ISUA 3SEXA 1S50A 1MY4A 4P11A 3IOVA 3LC8A 2I0BA 4QSDA 2Y7PA 2H99A 4ELQA 1OVBA 2F6GA 1A8FA 4F3GA 4KFQA 1R9QA 2F35A 2OZZA 4TQUQ 4OTEA 4NTLA 5I84A 4GL8A 2HEUA 5ELVA 4P0IA 1TFAA 4LQ5A 2Z8EA 3KSJA 2XX7A 4OETA 4XIGQ 4EDPA 5AA3A 1B4HA 2FA7A 3U92A 4NF6B 2DXRA 4O3AA 4F1YA 3I6VA 1FQCA 2V25A 2H4IA 1PEBA 4R6HA 1MXVA 1UIVA 1S7YA 5AA2B 4IY5A 2RKMA 4OEUA 5DVJA 3N94A 2XD2A 2DOJA 2O7UA 1Y20A 2I0CA 3B6QA 1MPDA 1FQBA 4ZE8A 4JSOA 1USYH 1SVXB 2GFEA 1JW1A 5HBCA 5ISUA 1MDP1 4U2RA 5A5XA 3I5OA 3FJGA 1URGA 3FGSA 1XT8A 3VVDA 5H8QA 1H44A 3ECRA 5BWJA 4Z7EA 1P99A 4QHQA 3H6VA 3PUXE 3S2VA 2NXOA 2B3FA 5L8DA 1A40A 3DP6A 1SBPA 2D21A 3OO9A 3MQ9A 1OQGA 4R9GA 5J1DA 1WDNA 3OOAA 4RYAA 4U21A 1LAXA 4PE5B 3M3LA 2VGQA 4OZ9A 4MF3A 4R9FA 2F78A 2Y84A 2RC8A 1AH5A 2B65A 2PYYA 3A3UA 1AMFA 4IO2A 3A09A 4TLLB 3TUSA 3H6UA 2Y7RA 3B6WA 4OHNA 1D9YA 3CFLA 4XKQA 1QKBA 4ZZAA 3IJOB 2V3TA 3MP1A 4QFLA 5AA4A 3KJTA 4MH5A 4H65A 1R9LA 2OJTA 5BUUA 4OQOA 3QUJA 2QMXA 3T9UA 1L5TA 2Y7IA 3W15C 4KD5A 3R6UA 1IITA 4GRKA 3OENA 1OIBA 5IKBA 4ZDMA 3CIJA 1EZOA 4ZEBA 2Q88A 4ZZEA 3HCQA 1B1XA 1URDA 3QAXA 3OD7A 4FECA 2ONSA 4POXA 4QSEA 3FVGA 5ITPA 1A7LA 4RPOA 1AOVA 4RK9A 4KI0E 2IEEA 2O69A 4FORA 4ELPA 1QW0A 1B4ZA 4G8MA 4H0WA 4ONYA 1QULA 1QJMA 3H6TA 5CI5A 2UYFA 3VLUA 1OLCA 5KZTA 4KCCA 4DLDA 5IAIA 3MZ9A 2XXYA 5ICQA 3BFUA 3E13X 4KHZE 2UYEA 1A8EA 1MH3A 3FZVA 1ZKBA 2QJEA 3HO7A 4DXBA 5AA1A 3TODA 4N07A 2GRVA 3TTNA 3RY3A 3Q28A 3N6TA 3L6GA 3G3KA 1PB7A 2RINA 1MM6A 3VE1B 1LFHA 2F36A 2Q89A 1JQFA 4GVOA 2DE3A 3G3GA 4E0WA 4NF4B 3HHGA 4YAHX 2ZYMA 1XOCA 3THIA 3KOSA 4NMYA 4F1UA 1IQ7A 2QS3A 3GBBA 4JSDA 1J1NA 3VVFA 1SYHA 4ESXA 2HZLA 3OO7A 1B46A 3ZSFA 1JVYA 4POWA 4DDDA 5DTBA 3H03A 1B3LA 1M5FA 3S4UA 2F8DA 2YLNA 1A54A 4G68C 3DP4A 2UXAA 4X1BA 1Z7NE 1B5HA 4F2OA 3SERA 1UTHA 1JEVA 4OWDA 3C31A 4Q30B 3EHTA 2AL4A 1LB9A 2NUVA 4TLMB 3P7IA 1N76A 2Z8FA 1Y1MA 2P0SA 3SEYA 4IO5A 2NWJA 2ZYOA 3C36A 3K1PA 1XVXA 3IB1A 2O1MA 2O68A 4MBPA 1AIVA 3LSLA 1SDXA 2R9JA 5FHMA 1VFDA 4HCYA 2H5YA 3DELB 2H25A 3C32A 1BTJA 4WXJA 5JTYB 4FATA 2DVZA 1RYXA 3MVZA 3CR9A 3EHUA 1B3EA 2HZKA 2VP1A 2DE2A 4PFWA 4QFNA 4H8JA 2BJJX 4RA1A 5F1QA 4F1VA 3T93B 4QF9A 4HS7A 3M3FA 1OVTA 3IR1A 4GOTA 2I48A 3G7WA 1FTMA 1O7TA 1B1HA 2ABHA 2I4CA 4DZ1A 1JETA 4F2QA 2G29A 5HPQA 2HAUA 2FNCA 4LATA 3QYTA 1IEJA 5JEIA 3TFLA 3U93A 4X1DA 4RNSA 1N04A 2AIXA 1LBCA 5DEXA 4NF5A 5CMKA 2V93A 4N13A 5DT6A 1SI0A 4DXUA 4ECFA 2DXYA 2QRYA 3CSBA 1MRPA 1SW1A 2DE4A 1YAEA 1P1NA 3B7DA 4F19A 3QXMA 1H43A 3T9HB 1KWHA 5I2NA 4HCWA 1ZLQA 5H8HB 2A5TB 3T9XB 3MC2A 4ZEIA 1MDQA 2O6AA 4GWOA 4F31B 1NNPA 4WEPA 1Y9UA 1WVJA 3RT6B 3MVXA 3AXFA 1MG1A 3K02A 3CG3A 2OCUA 2RCAA 1LFIA 2ALUA 5I59A 3ILTB 1O64A 4FIMA 5KDTA 2OBGA 3UA8A 3T9VA 1F9BA 1ZU0A 3TDJA 3IOTA 2Q2CA 1EU8A 4YB6A 1NL5A 1B0LA 3E4RA 3FVKA 1N7XA 3CVGA 3RUMA 3VXBA 3F11A 4R6KA 3G3FA 3KBRA 1NH7A 1FTOA 1N3XA 3W9WA 1FTJA 1LAFE 4XKPA 1S9TA 2H9BA 4HW8A 1JEUA 1Y3PA 5CMBA 4OMBA 3FUZA 4XTCQ 4PFYA 3VLWA 1N84A 1IXGA 4O3BA 3O29A 4Q8RA 3FATA 3SETA 3C34A 3BKIB 3A3CA 1MQHA 4TOZA 4AB5A 3DP8A 1Z7ME 2RC7A 3SEWA 1ZTYA 3RTWB 5A5XB 3GXAA 2XXWA 1XVYA 5TPAA 1NMUA 4JWXA 3N6UA 3TKDA 1ZJLA 5H8QB 1FQEA 3HPIA 4XKNA 4F18A 1NNKA 2Y7WA 3H6WA 3S9MC 2UVIA 3FXUA 1Q35A 4H67A 4AB6A 3O9PA 1GR2A 3W9VA 4G4PA 1EZPA 1XS5A 1DTZA 3VVEA 4BDNA 1FW0A 1B51A 3TCHA 3FXRA 2Z23A 1ZBMA 3U94A 4ZEKA 1TXFA 5I56A 1USYE 4U1ZA 2PT2A 4RXLA 1T0KA 3OXNA 4LZ7A 3K0VA 3FV1A 4YKKA 3H06B 4BDMA 3TCFA 1ANFA 5HM4B 4ELOA 2VD3A 3MZBA 1D4NA 2R71A 3TEPA 3H4ZA 4EUOA 1NH8A 2ZNSA 4YMBA 1RKMA 1PB9A 5AA4B 4KYEA 4O3CA 2XX8A 1B3GA 2PBWA 1Y4CA 3Q25A 1I6AA 4DCYA 1MXUA 4IGTA 4YICA 4LQ2A 4YKJA 1XHYA 4EQ7A 3C9HA 3PUYE 2B3BA 3TTMA 2X7PA 1MY3A 3ILUB 4LZ5A 2F7CA 3KZGA 3U72A 4DE8A 3FIRA 1NNFA 2AL5A 3WAEA 5FHOA 2DWIA 5I57A 5I58A 3MP8A 2Q9TA 5M2VA 4DCXA 1P1OA 3PV0E 5CRYA 3JYRA 3QIMA 1NNTA 4GQOA 4PQJA 4OENA 2XD3A 3MW0A 1YPNA 2D5WA 4WKMA 5AE4A 4Q5TA 3OSQA 4G2ZA 3U1OA 4I9DA 3KN8A 1B9JA 2LAOA 3TTRA 1FTLA 1VE4A 3LSFB 4JWOA 1B40A 1IXCA 1P1WA 5TP9A 3GBAA 1B7HA 4OFLA 1N0TA 3CSGA 1N7WA 4EF1A 3G3HA 5CBRA 3MZ1A 3KJ7A 2IA4A 1H3DA 4GF8A 3L6HA 1QUKA 3MPLA 1HSEA 5DYHA 4I8CA 4LP2B 3PPQA 2F7BA 5H8FA 3TYHA 3QK6A 1M5CA 2ESNA 3IO4A 3M8UA 4K3FA 4ND9A 3D4CA 4NE4A 2YJPA 4GXSB 1MQJA 4KR5A 3ODBA 4RPNA 3SEUA 3K01A 4M1VA 4LUBA 1UTBA 1IIWA 3QSLA 1FQAA 3TCGA 4GD5A 1SQYA 3UK4A 2E0SA 2VD2A 3IX1A 2HAVA 1URSA 2F5XA 2QS2A 4FEBA 2O7IA 5KCJA 4FJPA 4XKRA 3LUYA 4OXVA 1TWYA 2E1SA 4LZ8A 1UTHB 2V3UA 4KYDA 1D3KA 5DVIA 4C1UA 3G3JA 1B7ZA 3VDFA 3UIFA 3Q27A 4H6DA 3TELA 3OO6A 4GIZA 3VLVA 1B2HA 2OWTA 4EXKA 1VFEA 4OFOA 4YB5A 4U23A 2QS1A 2Q8JA 1FCKA 3TZAA 3K4UA 1JW5A 2OLBA 2DS9A 4F22A 1UQWA 4YB7A 3PPOA 4FE8A 3PMXA 3ZKLA 2HCAA 3IORA 4LVQA 3CFXA 1Q1KA 3EHSA 5CBSA 4KPTA 5H8SA 2OK2A 1GVCA 3I3VA 1POY1 4R2BA 2ONRA 4IGRA 1POTA 4KCDA 2OWSA 3PMWA 4JXIA 4EQBA 4KQPA 2WKYA 1M5EA 5CM6A 1OMPA 2X7QA 4MLVA 4JB7A 3GZGA 5H8NA 3LR1A 1H76A 1MQIA 5K2XA 3S9EA 3IB2A 1DPPA 1P1UA 1EH3A 5DEXB 2I58A 3RNNA 3IB0A 4NF5B 5FTIA 2THIA 4NF8A 3UGWA 3V89B 4G68A 1B52A 3D4GA 2Y7KA 3TPAA 5FTHA 3O6GA 3V8XB 1VSOA 1B3FA 3KSXA 3M3KA 5CC2A 4NEDA 2DWAA 3PU5A 3EQ1A 3CRBA 4G77A 5TU0A 2H98A 4GXAA 4BDRA 1LSTA 1MM7A 3K6WA 4X9TA 4OVJA 3O6HA 4MFIA 1TT1A 5I2NB 2Q2AA 1MQGA 3FVOA 4QRZA 1LCTA 2X26A 1B05A 4M4GA 2XXHA 1QUIA 4BDOA 5DVFA 3SEVA 1B6HA 1RYOA 4OFJA 4N6PA 4NWDA 3RT8A 5I2KA 3C4MA 3K1MA 5I59B 3DM0A 5KDTB 4C1TA 1DTGA 3TQWA 3USDA 5JK4A 2HXWA 4WEDA 3MPKA 3OMBA 4RJZA 1PBQA 2QS4A 3UP9A 1SW4A 3HV1A 2O51A 1MY1A 4QFOA 3H3GA 1DMBA 4I62A 5B70A 4U22A 2RF1A 4Q0CA 1ELJA 2ONKE 1UIUA 3B6TA 3IO6A 4QFPA 1XC1A 3UORA 2V3QA 2PVUA 3FJMA 2UVHA 2ZNTA 2XXIA 1EZ9A 2I3WA 3CI8A 4NF6A 1GV8A 3O97A 2M8CA 3OO8A 2D3IA 4L17A 5L9OA 5TPAB 5AA2A 3RTFB 3Q26A 3KGCA 1OLAA 4F3PA 3T66A 1QVSA 3KOTA 4P0GA 1PB8A 4JBZA 1ATGA 3HN0A 5CMMA 3PUWE 2KLFA 4U4XA 3G3IA 4E0XA 2ZYKA 2HFBA 4YMAA 2W7YA 3KN3A 3O66A 4XXUA 2HQ0A 1FQFA 5F7VA 4QSCA 3MBPA 5I56B 1BLFA 1R1NA 2YPNA 3TAJA 4Z0IA 4H5GA 4RK2A 3ZKKA 3SESA 3ZS6A 1M5DA 2NOOA 1PBPA 4RY1A 4BDLA 3Q29A 3KG2A 3N5LA 3RLFE 2XX9A 3IAZA 2R6GE 4GFRA 4X48A 1GTKA 3DLNA 3N26A 1A99A 3EN3A 1LBBA 1HSLA 3JV9A 1US5A 1MXXA 1GGGA 3GLBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GLIA 4YZZA 3TMGA 1LB8A 1K9YA 4F39A 2ANJA 2GHAA 3BBRA 2XHDA 4UA8A 1FQDA 3MUQA 3C33A 1D9VA 4N81A 4N8GA 3FASA 4OESA 2ZNUA 1MY2A 1YCJA 2CMOA 4PE3A 2V84A 3T22A 2A5SA 2XXUA 4KXPA 3PPNA 3PUZE 5EHSA 4R6YA 5ESYA 5I57B 1LFGA 5I58B 4PCDA 3R26A 3MAMA 4IY6A 5J16A 1NV4A 1HSJA 3NOHA 1SYIA 3IL1B 2HXRA 4YU0A 1LGBC 4IB2A 5L9MA 4H5FA 4LA9A 2PT1A 4ESWA 4NWCA 4U4SA 1LAGE 2G93A 3U8QA 1AL3A 2I49A 3MVWA 1BKAA 3FVNA 1MQDA 3K00A 1OQHA 1MPCA 1B0HA 2CZKA 4IO3A 4DI4B 1US4A 4F29A 1AWBA 4OERA 4P1EA 4PFIA 4R73A 3VFJA 3S9NC 1Y4TA 3V83A 1LAHE 1LLSA 1NKXA 2WBBA 4PAKA 2QL3A 3C35A 5TP9B 3V5AA 4ZS9A 3IK6B 3SDFA 3LBSA 2REGA 3K6VA 4ELRA 5AA2D 1TFDA 2XXRA 3PMVA 4JDFA 4ZEFA 3PPPA 2PMSA 1FPFA 5ICTA 2GQ1A 4O7MA 3MP6A 3IOWA 3PD8A 1I69A 1B58A 1DPEA 2CZLA 1VR5A 5H8FB 1IUDA 3FD3A 3ROJA 1QKAA 4GWZA 3E78A 3RN8A 3E9XA 3PPRA 1M5BA 3O2AA 4X04A 3RQTA 1CB6A 2DQVA 3FV2A 1NUZA 4YKPA 1B5JA 1SW2A 3MWBA 4R75A 3CFZA 4NG7A 1ZMGA 4MLQA 3K6XA 1R6ZA 2NVUB 4HE2A 4LONB 4ZEDA 1UTBB 4OEVA 1IMEA 3H7MA 2Z8DA 3E3KA 4IO4A 1H45A 1IMFA 4I3EA 3O6IA 4NF4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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