1DTGA

Human transferrin n-lobe mutant h249e
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
Knots found
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDNYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSETVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
publication title Mutation of the iron ligand His 249 to Glu in the N-lobe of human transferrin abolishes the dilysine "trigger" but does not significantly affect iron release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRANSFERRIN
total genus 106
structure length 331
sequence length 331
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 2000-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dtgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dtgA02
3MP1A 3G3HA 1FQBA 1O63A 3MBPA 3S4UA 3T9UA 4AB5A 3PMWA 3K1NA 4ISUA 1DPEA 3FVKA 3O6HA 2GHBA 3CVGA 2DE4A 2YPNA 3RQTA 4G4PA 2CMOA 5ELVA 4ZS9A 3FJMA 1N7WA 3WAEA 1URSA 2I3WA 3SEUA 1Y3NA 3TQWA 5L9OA 2XXRA 4NF8B 3GBAA 4ONYA 1LB8A 4DIGA 4YMAA 1OIBA 2H5YA 1N3WA 2PMSA 1O64A 4LZ7A 2M8CA 3K01A 3PPOA 3W9WA 4G8HA 1WVJA 2O1LA 3K1MA 3PUWE 1B5HA 1LBCA 5IAIA 5I2KB 5TPAA 4XKRA 3FUZA 3TCGA 1NH8A 1IXGA 4POXA 2HAUA 4PP0A 2DWAA 2Z8EA 5I2NA 4F3BA 3OXNA 2XX9A 3B6WA 4DLDA 3SEVA 1BP5A 1DOTA 4IY5A 3N6TA 3N5LA 3OMBA 1J1NA 1QULA 4ELQA 2A5TA 4F19A 2XHDA 3QAXA 3PD8A 1B40A 3TZAA 4NF4B 4BDLA 3UORA 1ANFA 2ZYKA 1VE4A 4PFWA 4NWCA 4RXLA 4PFYA 3ZS6A 4ZEKA 4LONB 1OMPA 1TFAA 4R72A 2HAVA 2DWHA 1R9QA 4KD5A 3O6GA 5EHMA 2XXHA 4NTLA 2F7CA 4JDFA 1HSLA 4NWDA 4IO3A 3QXMA 1SD3A 5FHNA 1DPPA 3G3JA 4QSEA 4FAJA 1LCFA 4P11A 4GOTA 4EF2A 3S9EA 1YPNA 5ICQA 4KCDA 1ZJLA 1OVBA 4XTCQ 4G77A 1SW5A 5ISUA 5CBSA 4FATA 3UGWA 1FTOA 1NH7A 3I5OA 4ZZEA 4GQOA 4LP2B 3KN3A 1LBBA 4G68B 1PEBA 1VFEA 1Z7ME 4EF1A 4TOZA 4ZECA 5CM6A 3VXBA 2RC9A 1YAEA 2I4CA 4O3AA 1A8EA 2OWSA 4H0WA 1BIYA 4DDDA 4F18A 4L17A 3FD3A 4OERA 1Y20A 3IOTA 3IJXB 3EQ1A 3VE1B 1PB7A 4PFUA 5I58A 3PGFA 2F35A 1QW0A 2A5SA 3KJTA 3MAMA 1NNPA 4KYSA 4OEUA 2DP8A 5KDTB 2H25A 4NEDA 3T93B 4YU0A 3T9HB 4WEPA 5AE4A 2E1SA 3RT6B 1B51A 1US5A 4C1UA 2GH9A 3DELB 2O84X 4FJPA 1USYE 4GVOA 2AL4A 3KOTA 3V5AA 2O7IA 1MY4A 1P1NA 3OO7A 4YKIA 3C36A 1B3LA 2PBWA 3L6HA 5CMCA 3LSLA 1P1WA 1MQJA 1H76A 3G7WA 4IY6A 4XXUA 4U1ZA 1B4ZA 1CE2A 5DTBA 5L9MA 2H98A 3QIMA 3KFMA 5DEXA 4K3FA 3VFJA 3K00A 2ZMBA 4OTEA 3RUMA 3HSTA 1LSTA 4U23A 3H06B 1JEVA 4FEBA 1IZ1A 3SESA 3B6QA 5DVFA 3SDFA 1VR5A 1HSEA 1ZLQA 4OFJA 1MXUA 2NWJA 3HV1A 4HS7A 1SQYA 1S50A 4BDRA 4JWXA 3TPAA 1I6AA 2QS4A 1P99A 4X48A 3C34A 1OQGA 3FVGA 4O3BA 2FYIA 4HCYA 1N04A 2Y7IA 4OESA 4G68C 1MY3A 2B65A 4KCCA 5H8NB 1Z7NE 4LZ8A 4U21A 5I2NB 4H8IA 3RNNA 3L6GA 3BFTA 3DP8A 1FQFA 2DE3A 4QF9A 3IAZA 2A5TB 3H7MA 5H8HB 2Q89A 4BLAA 2IEEA 1YCJA 4X1DA 3ILTB 3KGCA 2R9JA 4NF4A 1H44A 2I6EA 1DTGA 4EDPA 2FNCA 3FGSA 3K2DA 1B7UA 4R74A 3ZKKA 3P7IA 3C9HA 4IO4A 4R6HA 5K2YA 2VD2A 3O28A 1RYXA 1B0HA 4RA1A 1MQDA 2REGA 1D4NA 4ECFA 4DZ1A 1UTBA 3VVFA 2RC7A 2O7UA 4OVJA 4YAHX 2V3UA 1A40A 2Q9TA 3HHFA 3O9PA 4MFIA 1H43A 3KEIA 1IITA 4YKPA 4G8MA 3EHUA 1MRPA 5CC2A 1OVTA 3IOWA 3QK6A 4XIGQ 2NOOA 2PT2A 1H3DA 2X7QA 3H3GA 1IQ7A 4GLIA 1PC3A 4JBZA 1MY1A 3I6VA 1PBQA 1SDXA 1LAFE 4ELPA 5I57B 1B0LA 3K4UA 4GFRA 4YKKA 2I0CA 1LB9A 1Y3QA 4X1BA 5I58B 3VXCA 3MVYA 2OJTA 3FASA 2UVIA 4IO5A 4RPOA 3MPKA 1US4A 2QMXA 4NE4A 5H8QA 2DWJA 1NMUA 3GBBA 3KSXA 2ZNTA 5TU0A 1GV8A 3ODBA 3OO8A 3K6UA 3BFUA 4H5GA 1POTA 3S9NC 3OEMA 4H1XA 4RNSA 3IX1A 5A5XA 4U4XA 2I0BA 2XD3A 3PD9A 3Q27A 2UXAA 4OFLA 3FATA 4Q0CA 1SYHA 2XXYA 1B1XA 2HZKA 4U1OA 1AIVA 2VGQA 3UIFA 1KWHA 3IOVA 3RPWA 1Y1MA 5JK4A 4KHZE 1PB9A 3TMGA 4G2ZA 5HBCA 1NL5A 4GL0A 3IB2A 3C33A 3OENA 4X9TA 1A54A 4QSDA 1PBPA 4JWYA 4YB6A 1PB8A 2Z23A 4OZ9A 3EPEA 1N76A 2O1MA 1B2HA 3O29A 1QUKA 4QHQA 1UIUA 3OELA 1TWYA 3T9VA 3ZKLA 4GRKA 3MC2A 3TYHA 2QS3A 5KCJA 3O6IA 1B1HA 2E0SA 2V25A 3MQ9A 3PPRA 3TUSA 1H45A 4YB5A 3TELA 3VVDA 1UIVA 4N07A 4ZEIA 5H8NA 4GF8A 1XVXA 4EXKA 3B7DA 1MPDA 4F1VA 4U2RA 5H8HA 3RLFE 3EN3A 4RK9A 4G8NA 5BUUA 3H03A 2WKYA 2O69A 5ITPA 3MUQA 1ZU0A 1IIWA 3C4MA 3T22A 4F2OA 4P0GA 4C0RA 3PUZE 5I56B 3TQLA 2X26A 4MF3A 1II5A 4I1DA 4F2QA 3TCFA 3E3KA 2XXQA 2GFEA 1UTBB 3IR1A 1QUIA 1QVSA 3O2AA 2QS1A 4ESWA 3A3UA 3RGYA 3LSFB 3TAJA 1MXYA 1IXIA 2ESNA 3LSXA 4R75A 4EUOA 1QJMA 5DT6A 4R9FA 2ZYMA 1YTVA 5J1DA 1VSOA 2OLBA 4YMBA 2HEUA 3K6VA 1NKXA 3DLNA 4TLLB 2Q88A 3CRBA 1ZKBA 3MZ9A 4XKNA 1BKAA 2ONKE 3IL1B 5I57A 1JW1A 3QUJA 4R2BA 1BLFA 4NF6B 4YZZA 3VLVA 5H8QB 3TKDA 2UVHA 3R26A 1B3HA 1P1QA 3TTNA 4N6PA 5EYFA 2I49A 1NNKA 4RJZA 5AA1A 2G29A 1MPCA 5HPQA 4P0IA 3SETA 3EHTA 2RCAA 5A5XB 4LUBA 1SI0A 2O6AA 3FXRA 2F34A 4RPNA 2RF1A 3O97A 3FZVA 4HW8A 3QSLA 5H8SA 5CBRA 4EQ9A 2HXWA 1A55A 2Q8JA 2F7BA 4KR5A 4R6YA 3CG1A 3OO6A 4OQOA 5FTHA 1TFDA 1EZ9A 3IOUA 3MZBA 2I58A 3VV5A 2X7PA 1S7YA 3S9MC 2H9BA 3KN8A 2DQVA 3UK4A 3TODA 5H8FA 3SEYA 4LA9A 1FTMA 1MXVA 2DVZA 3FXQA 1A7LA 3EHSA 2Z8FA 1TXFA 3TTRA 3GXAA 1TT1A 3H6UA 3CSGA 1LFIA 2OWTA 1I69A 3OOAA 1FW0A 1Y4TA 4KQPA 2F8DA 2H4IA 1T0KA 4R9GA 1N0TA 3CR9A 3GLBA 3OD7A 3D4GA 3H6TA 4WXJA 3KJ7A 2W7YA 5EHSA 3OSQA 1VFDA 4DXBA 2AL5A 3E9XA 4C1TA 4FIMA 3HPIA 2ONRA 3U93A 2PT1A 4LQ2A 1P1OA 2PYYA 5KCJB 1M5FA 4GXAA 2FA7A 1Y1ZA 3ECRA 4LATA 1MQIA 4GWOA 4BDOA 4M4GA 4BDNA 2OCUA 5FTIA 4U22A 5CMKA 1FTKA 4LVQA 1DMBA 1M5DA 1N84A 3MZ1A 3KSJA 3JV9A 1URDA 4OETA 4IGTA 3FJ7A 5L8DA 4FEDA 3R6UA 5LOMA 1QKAA 1B05A 3TDJA 3TCHA 1O7TA 3UA8A 4ZZAA 5F7VA 3VLWA 3PPPA 1RYOA 5I56A 2G93A 4HCWA 4BDQA 4GXSB 2F78A 2D3IA 1Q1KA 4EXLA 2DWIA 3HN0A 5TP9B 2ZYNA 3H6VA 3FIRA 2UVJA 1B46A 1ZIUA 2RC8A 4OXVA 1GVCA 4GIZA 4MBPA 3OEKA 1MS7A 4ND9A 3CSBA 2DVCA 3K0VA 3S2VA 3N26A 2ALUA 1D9VA 3N6UA 1M5CA 3U8QA 3USDA 4YB7A 3K6WA 3I3VA 2Z22A 4RY1A 1JW4A 5CMMA 4HTGA 2O68A 2GRVA 3FV1A 4N13A 2VHAA 2XXIA 5B70A 3JZJA 4IO7A 2Y7PA 3M3LA 5AA4B 4NF6A 2XD2A 4JB7A 3TFLA 2VD3A 1LGBC 2F7AA 3H6WA 3HO7A 3A09A 2GHAA 3LUYA 1L5TA 3JYRA 1OQHA 4RK2A 2P0SA 4XKQA 3CFLA 2QMWA 1AH5A 4OEVA 1B58A 4EQ7A 2XXUA 3MVWA 1B3EA 4IO2A 1IXHA 3RT8A 3O66A 3KBRA 3MP8A 2YLNA 4LZ5A 1I6QA 3Q28A 4OENA 2LAOA 4FORA 1A8FA 2OZZA 2XXTA 3H4ZA 4BDMA 1MM6A 2AIXA 3B6TA 5H8FB 1GGGA 2HZLA 2Q2CA 3VVEA 4F29A 1AOVA 1M5EA 5FHOA 1FQCA 4QFNA 3LBSA 5AA2A 2QRYA 5L9SA 3W9VA 1B32A 3E13X 4OYVA 1NNTA 1Q35A 1LAHE 4MLVA 4Q5TA 4R2FA 2THIA 4KFQA 1MQHA 1SW1A 3TEPA 4DE8A 3PMVA 2ZNUA 2REJA 1B7ZA 1A99A 1XVYA 1JETA 3BKIB 5IKBA 3U94A 1JQFA 4ZE9A 2DXRA 4F3GA 4ELRA 3LR1A 3PUYE 1SYIA 3G3IA 3Q26A 5ITOA 1SI1A 2ANJA 3FVNA 5CI5A 3CI8A 3HHGA 4GD5A 1NNFA 1R6ZA 4NF5B 2DSFA 3KN7A 4I9DA 3T9XB 1SW4A 3SEXA 3K1PA 4F3SA 3PU5A 1UQWA 1LFHA 1FCKA 3PUXE 3ILUB 3CG3A 2DYXA 3V8XB 2YJPA 2P1SA 2RINA 3U72A 3F11A 4QRZA 5JEIA 2B3FA 4RYAA 2XX8A 1FQEA 4Z7EA 1XS5A 1S9TA 4H65A 1SBPA 2OBGA 3N94A 4YKJA 1B3GA 2I48A 3OO9A 4JXIA 1F9BA 1Y9UA 2PX1A 3MPLA 3U1OA 5I59A 3BBRA 3M8UA 3IORA 3IB0A 4JSOA 4F39A 2UVGA 5TP9A 3V83A 4THIA 3M3KA 4Q8RA 1B52A 3K02A 4KYEA 1MM7A 2R71A 1UTHB 4OHNA 4DXCA 1ZTYA 2XXPA 5JTYA 2PVUA 5FHMA 4E0XA 1B5IA 2P2AA 1IXCA 5HM4B 4POWA 3C35A 2XXVA 3TTLA 2F97A 5DYHA 2F5XA 4PQJA 1D3KA 1JW5A 1QKBA 5AA2D 4PFTA 3DP4A 4E0WA 3UN6A 1JEUA 3KOSA 5AA4A 1XOCA 2HFBA 3FV2A 3QUFA 1LFGA 4LQ5A 1MPBA 3C31A 2UYEA 5CMBA 2ZXTA 5F1QA 3VLUA 4FE8A 3CFZA 3LSWA 1DTZA 2DOJA 1MXWA 4H6DA 5DVIA 1WDNA 3CFXA 3PUVE 1EZOA 4FECA 1MXXA 1B9JA 2VP1A 1JVYA 1DSNA 2V93A 2OK2A 4JWOA 1B7HA 4YICA 4AB6A 1N3XA 4O3CA 2ABHA 2V84A 4EQBA 4IO6A 1JVXA 4ZEFA 3ONMA 4AQ4A 1SW2A 1P1UA 4I8CA 2ZYOA 2XX7A 3MJNA 3UP9A 4F1UA 1OLCA 4UACA 2D5WA 3Q29A 1FQAA 2DE2A 1XC1A 1AMFA 5AA2B 1MH3A 1EZPA 2HCAA 4WKMA 3SEWA 5DVJA 3MVZA 4Q30B 2ONSA 1R9LA 2V3TA 2NVUB 2H99A 1M5BA 4ZEBA 1ELJA 1Y3PA 4QFKA 4KYDA 1MG1A 2V3QA 4XKPA 2Y84A 2XXXA 3TTKA 4PETA 4F1YA 1OLAA 1SVXB 4ELOA 2DXYA 3THIA 4M1VA 3G3KA 1B4HA 1GR2A 3W15C 4OMBA 3MWBA 3K6XA 1D9YA 4F3PA 3MP6A 1B6HA 3OSRA 1USYH 2Z8DA 3FXUA 4NF8A 1LLSA 1LAGE 4MLQA 4U4SA 3RN8A 1JNFA 3MVXA 1ATGA 3IJOB 3S9LC 3PV0E 3DM0A 4ESXA 1IUDA 3Q25A 3E4RA 4GL8A 4QFLA 1MDP1 1N7XA 4NF5A 4KI0E 2I4BA 5TPAB 5K2XA 1IEJA 2I3VA 2QJEA 1ZMGA 2XXWA 3AXFA 3KZGA 3C32A 5I2KA 4Z0IA 1FTJA 1Y4CA 4F22A 5BWJA 3T66A 1MY2A 2ZNSA 1ZBMA 1B5JA 4OWDA 1NFTA 4H8JA 2VOZA 3PMXA 1CB6A 1HSJA 1B3FA 2QL3A 4IGRA 3G3FA 1MQGA 4WEDA 4OFOA 2QS2A 2IA4A 5I59B 3R7XA 4UA8A 2Q2AA 1POY1 1QUJA 5B7DA 3LC8A 5AA3A 3RY3A 2NXOA 2AYSA 3ZSFA 4DXUA 2RCBA 4ZE8A 1LAXA 4TQUQ 3RTFB 3MW0A 1MY0A 5JTYB 2QPQA 3M3FA 1BTJA 1UTHA 2D21A 3VDFA 1LCTA 3D4CA 3IO6A 2HQ0A 2Y7WA 1GTKA 1PDAA 5KZTA 1FTLA 3IO4A 4JSDA 4IB2A 2NUVA 4DCYA 1FQDA 2RKMA 3PPQA 2R6GE 3G3GA 4NMYA 1URGA 4DCXA 3SERA 4G68A 1EH3A 2Y7RA 4H67A 1EU8A 5I84A 3SKPA 3IB1A 4MH5A 2DS9A 5ICTA 4ZDMA 5CRYA 4KPTA 1WODA 3WAFA 3T96B 4TLMB 3KG2A 5KDTA 1MDQA 1R1NA 3IK6B 2BJJX 3DP6A 4QFPA 3GZGA 4I62A 4QSCA 4R73A 2O51A 2QSXA 3HCQA 2KLFA 1MH4A 1I6BA 2F6PA 3CIJA 5M2VA 3U92A 1MXZA 2F36A 2UYFA 4ZEDA 2CZLA 3FJGA 3TTMA 2B3BA 2F6GA 3FVOA 3V89B 2Y7KA 3A3CA 4H5FA 4QFOA 3PPNA 1RKMA 4F31B 1AL3A 1XT8A 3QYTA 3EF7A 4PE5B 4R6KA 5DEXB 1XHYA 3RTWB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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