1GGGA

Glutamine binding protein open ligand-free structure
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
LVVATDTAFVPFEFKQGDLYVGFDVDLWAAIAKELKLDYELKPMDFSGIIPALQTKNVDLALAGITITDERKKAIDFSDGYYKSGLLVMVKANNNDVKSVKDLDGKVVAVKSGTGSVDYAKANIKTKDLRQFPNIDNAYMELGTNRADAVLHDTPNILYFIKTAGNGQFKAVGDSLEAQQYGIAFPKGSDELRDKVNGALKTLRENGTYNEIYKKWFGTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The crystal structure of glutamine-binding protein from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTAMINE BINDING PROTEIN
molecule tags Binding protein
source organism Escherichia coli
total genus 62
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1gggA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1gggA01
2O7UA 3S9MC 3CR9A 2XXIA 1WDNA 4JBZA 3IX1A 2OBGA 3OOAA 1LFIA 2H5YA 3KN3A 4F39A 4GL0A 4QFLA 1B0HA 5EYFA 5AE4A 1R1NA 1B46A 2G93A 4ZEDA 3ZSFA 2VGQA 3TEPA 4OERA 4IY5A 5I2NB 4OFJA 1ZU0A 4IY6A 3L6GA 3KN7A 4C1TA 3E13X 4QRZA 3KJTA 3LR1A 3ODBA 2Y84A 1MY1A 4HS7A 4X48A 2DS9A 1QKBA 2HFBA 2Q8JA 3OEKA 1N3XA 4H65A 4TOZA 1FW0A 3GBBA 1M5EA 3R6UA 4H1XA 2XXXA 3TFLA 4OFOA 1DPEA 3LSXA 4F3PA 3SEYA 1N84A 1A99A 4DCYA 3L6HA 3TYHA 2Z8FA 4F3BA 3I3VA 1JW5A 1SI0A 2F78A 1B3LA 5HM4B 3N5LA 1MXWA 3PMWA 4ISUA 1GV8A 1PB9A 4ZEBA 3C35A 5ISUA 1US5A 3B6TA 1M5DA 4NF8B 1IXCA 3PGFA 3R7XA 2I4BA 5I2KB 4ZEIA 1PB8A 2NUVA 3MC2A 4IO6A 4GXSB 5K2YA 1O64A 3H7MA 4R6HA 1NNPA 3TCHA 3LSFB 1S50A 3EPEA 1MY2A 2QS1A 4YICA 1N04A 3D4CA 4JDFA 3QUFA 1AMFA 3LSWA 4GVOA 3K01A 3OMBA 3T96B 2DSFA 2OZZA 1TFDA 1LBBA 3PMVA 4G77A 3PUVE 3RT6B 4ZECA 3OO7A 3A3UA 5DVFA 4JWYA 2XXVA 2XXTA 2HZLA 3FVNA 1UTBB 2A5TA 4PFYA 2F7AA 1LFGA 2DWAA 4U1ZA 4OTEA 4U23A 3S2VA 1SVXB 3K6XA 3OD7A 1KWHA 5ELVA 1B6HA 4FECA 1CE2A 2F35A 5IKBA 5CC2A 3C9HA 5AA2A 4HTGA 3M8UA 2DYXA 3IO4A 2X7PA 4ESXA 2QL3A 4E0WA 1GGGA 4LP2B 2ZYKA 2ALUA 4I1DA 3CFZA 2I49A 4HCWA 4X9TA 5I57B 4BDNA 1OQHA 3R26A 1TWYA 1SW5A 3VXBA 1A40A 1MM7A 5A5XB 5EHSA 3CG1A 2YPNA 4GD5A 3O97A 5TP9A 2DOJA 4K3FA 3CRBA 4DCXA 1XVXA 1A8EA 2X26A 2X7QA 2XD3A 4XXUA 3K6VA 4OWDA 2XXPA 1LCTA 5JEIA 3EHSA 3K4UA 3K6WA 5F7VA 4IO2A 3IJXB 2NXOA 3JYRA 4OMBA 3U93A 1OQGA 4PFUA 3O2AA 1B2HA 5EHMA 1P99A 3V5AA 5HPQA 1JW1A 2RF1A 1MXUA 4DXBA 1NNFA 2I0CA 3KN8A 2Q89A 3FZVA 2D21A 2GH9A 1NH8A 2YLNA 4OETA 3QYTA 2ZNUA 1RKMA 2DWHA 3PUXE 5H8FB 4QFPA 3VLUA 1MH4A 1B4ZA 3RQTA 1UIUA 1O7TA 5DVJA 4I9DA 3KZGA 4QSDA 1B32A 3WAEA 1GR2A 2XXRA 1POY1 3S9LC 2Z22A 1USYH 5B70A 4F2OA 3MVXA 4YMBA 4LZ5A 1M5BA 5L9OA 4KFQA 1NMUA 1P1UA 3DP4A 1WVJA 2E1SA 4KI0E 1B7UA 3KG2A 1VE4A 1SDXA 2RCAA 1FTOA 2Z23A 2DVCA 4Q30B 1ZTYA 1Y3NA 5KDTA 2OLBA 4U21A 1MXYA 3RPWA 3I6VA 2PT1A 4UA8A 3RTWB 4NMYA 4G68C 4JXIA 3DP8A 4OZ9A 2ZYNA 3IOTA 3IORA 4NF5B 1FTLA 3CIJA 2XX9A 2DE2A 4MLVA 3MVYA 1HSEA 4HCYA 4LQ2A 4P11A 3LSLA 4XKNA 4G68A 2BJJX 1ATGA 2NWJA 5DVIA 3LUYA 4HW8A 3F11A 4R73A 1Z7NE 2XXWA 2ZNTA 2V25A 3PPQA 4GFRA 1HSJA 1R9LA 1B3HA 2HZKA 2XX8A 4R75A 2B65A 4I62A 4DXUA 4G8MA 4NTLA 4Q0CA 4OFLA 4R2FA 3B7DA 1NL5A 2O1LA 2FNCA 1MPCA 4MH5A 4KCDA 1Y3QA 2ONSA 4ELOA 3OSQA 4QFKA 3RY3A 3C32A 2QJEA 3FV1A 5I2NA 1F9BA 5TPAB 5ITOA 1N3WA 5I56B 3C31A 3LC8A 1A55A 1TT1A 2ABHA 3IAZA 1BIYA 4NE4A 3U72A 1MRPA 3K1MA 4LVQA 1Y1ZA 1ZBMA 4LQ5A 3OELA 3MZ9A 4FAJA 1MXXA 4EQ9A 1SW2A 1AH5A 1S9TA 2F6PA 3FATA 2GFEA 3IOUA 4LZ8A 5H8NA 4EF2A 1IZ1A 3BFTA 5H8QA 1IXHA 3UP9A 3HN0A 4OEUA 1QVSA 4R72A 5I58B 4YKJA 1POTA 3OSRA 2E0SA 5ITPA 3PPOA 3UK4A 1Q1KA 1B5IA 1P1WA 3IL1B 3EF7A 3Q28A 1RYXA 4EXLA 2I0BA 1ZIUA 3ILUB 5DEXB 3BKIB 1B52A 4PFTA 4Q5TA 3MW0A 4MF3A 3U1OA 5I59B 4YU0A 4DDDA 4IB2A 2CZLA 1H3DA 2QMXA 3Q26A 4GWOA 3DP6A 2XHDA 3TTMA 2IEEA 2UVIA 5AA4B 4IO5A 3QUJA 1BKAA 4ND9A 3E4RA 3G3GA 5KCJB 2ESNA 1CB6A 2REJA 4NF6B 4XIGQ 3VXCA 1XT8A 1JEVA 2AIXA 1B7ZA 5CMMA 5AA1A 3TTKA 4GF8A 1UIVA 2I58A 3D4GA 5FHMA 1JVYA 3ZKKA 4RA1A 4ZS9A 3OO8A 1JNFA 3MWBA 5L8DA 2F36A 2UVHA 1MS7A 3TMGA 1QKAA 1II5A 3BBRA 1URSA 1OVTA 2I6EA 4I8CA 1IEJA 2RC8A 4LUBA 1XOCA 1USYE 1FCKA 3OEMA 1ZLQA 2THIA 1NH7A 3SDFA 3K00A 3G3JA 3PMXA 5H8SA 1OMPA 4JB7A 3TODA 1P1NA 2UYFA 3VLVA 3QXMA 2UYEA 2KLFA 3PU5A 1B51A 5I57A 3TELA 3MZBA 1I6BA 3FXRA 3K6UA 4F1UA 2Q88A 3H6UA 3TTRA 3SKPA 1QULA 4QFNA 4MBPA 4ZE9A 3G3FA 3MP8A 3MP6A 4U4XA 4NEDA 1N7XA 1MY0A 4R2BA 1B3FA 3RLFE 2ONKE 3O9PA 1OVBA 4RK9A 3IOWA 5CMKA 1IXIA 3SEUA 3TTNA 2D3IA 4KYSA 2A5SA 2AL5A 3DLNA 5JTYA 3MAMA 1A7LA 4G8NA 4Q8RA 1T0KA 5TU0A 1FTKA 4P0GA 1OLCA 3TDJA 4ELPA 1B1XA 4PFWA 4UACA 5H8HA 2DQVA 2VD3A 1LCFA 1BP5A 4RK2A 1ELJA 4KYDA 3UIFA 5H8FA 1H43A 2NOOA 4O3AA 1LGBC 4F31B 5K2XA 4BDRA 5BUUA 2V3UA 4U22A 1D9VA 4FE8A 3CFXA 4QHQA 2F34A 4AB6A 4NF4B 4ZE8A 5FHNA 4YKIA 1H44A 3JV9A 2QPQA 2HXWA 3Q29A 4NWCA 1XS5A 3H6WA 1QUIA 1TFAA 1UQWA 3PV0E 3TCFA 4YAHX 3K2DA 2PT2A 4TLMB 3H06B 1EZ9A 1XHYA 2V3QA 2PMSA 3RNNA 1SW1A 4U2RA 4H8IA 1DOTA 3O6GA 2ZMBA 3EHUA 1DTGA 4FEDA 3KOSA 1SYIA 5CMBA 3WAFA 3RT8A 3OENA 1B40A 3W9VA 4N07A 1LAHE 1BTJA 3UN6A 1B58A 3A09A 1I69A 2Y7KA 1N7WA 2LAOA 4IO3A 2F5XA 3GXAA 3HV1A 3KSJA 4OXVA 3IB1A 2XXHA 4P0IA 1NKXA 3PUWE 3O29A 1Y20A 4R9GA 1P1OA 3HHGA 2DXRA 2O68A 4O3CA 1O63A 2V3TA 3VLWA 2DXYA 3MUQA 1B5HA 2VOZA 4X1DA 2R6GE 3VV5A 1L5TA 4QSEA 4DE8A 4FATA 2RINA 4F3GA 1B7HA 3SESA 3USDA 2DE4A 2A5TB 3CG3A 1FQCA 3M3KA 5J1DA 4WEPA 2DP8A 5TPAA 4YB7A 5DT6A 1DSNA 3O6IA 4H6DA 1B05A 4GL8A 1AIVA 3IOVA 1Q35A 1TXFA 1ZMGA 2HAUA 4ONYA 3CI8A 4POXA 2DWIA 3K02A 1JQFA 1OIBA 3ZKLA 1MH3A 4DLDA 2QMWA 1QUJA 3UGWA 4O3BA 4ESWA 2XXQA 1PBQA 3M3LA 4F1VA 3SEWA 1IITA 4YKKA 1I6AA 1FTJA 3W9WA 3OO9A 3IB2A 1H45A 5FTHA 1MY4A 5TP9B 5CBRA 4Z0IA 2Q2AA 5FTIA 2O84X 4H67A 2VHAA 3EQ1A 2F97A 4KCCA 4XKQA 4F2QA 3N6TA 1SBPA 3GZGA 2O69A 4RNSA 4XKPA 4RJZA 4GIZA 4H5FA 4WXJA 1NFTA 4WKMA 2GRVA 5JK4A 3EN3A 1ANFA 5I59A 5CMCA 2H99A 1J1NA 1MQDA 4POWA 5AA4A 4ELQA 5KCJA 5BWJA 1A54A 3IJOB 3T9XB 4OHNA 3IB0A 1FQDA 1MQHA 4M4GA 5LOMA 3FJ7A 5IAIA 3KFMA 1MXZA 4WEDA 1JETA 1EU8A 5CBSA 4DXCA 1FQFA 4EUOA 3FASA 4EF1A 3MVZA 4C1UA 2O51A 3H6TA 1LB8A 1P1QA 3SERA 1R6ZA 4YB5A 5AA2D 4U4SA 1JW4A 4EXKA 2B3FA 5KDTB 1LBCA 3TCGA 2IA4A 3FUZA 2V93A 4ELRA 1NNKA 3VVDA 4R6YA 3PPRA 4KYEA 4NF8A 2B3BA 1GTKA 2P2AA 5I2KA 4TLLB 2H98A 4E0XA 2F7CA 3RTFB 1PBPA 2ZYMA 4G68B 3KSXA 3W15C 5DTBA 2Q2CA 3MBPA 1US4A 1EH3A 3FVGA 4OEVA 4X1BA 3HCQA 3S9NC 3V8XB 2WKYA 4GLIA 2D5WA 1LFHA 3TUSA 3GLBA 1QUKA 3RGYA 1MPDA 4C0RA 3TQWA 3LBSA 1B4HA 3SEXA 1LAXA 1AL3A 4KHZE 1URDA 1JEUA 2V84A 1ZJLA 1B9JA 3RN8A 5CRYA 3C33A 4PP0A 3GBAA 4IGRA 3K1NA 4BDLA 1YCJA 1UTBA 3ZS6A 3PUYE 4F3SA 4BDQA 4RPNA 1JVXA 4EDPA 3B6QA 2H4IA 3OO6A 5AA3A 1H76A 3MJNA 1BLFA 2FYIA 3O6HA 4BDMA 2RC9A 4GXAA 4LA9A 3KEIA 1AOVA 4GQOA 4NF4A 5ICTA 4LZ7A 3S9EA 3HO7A 2Y7RA 3MQ9A 1Y4TA 1IIWA 2AYSA 3KOTA 1FQBA 3MPLA 2O1MA 3H03A 3UA8A 5L9SA 1UTHB 4RYAA 1Y3PA 4M1VA 2ANJA 2O6AA 1FQEA 3FJGA 1EZPA 4ZZEA 5H8NB 2VD2A 1YTVA 1Y1MA 5H8QB 3N6UA 1YPNA 3HSTA 2OWTA 2DVZA 1SW4A 3I5OA 5A5XA 4FIMA 1SYHA 1MXVA 2F6GA 3MPKA 3ONMA 1D9YA 2RKMA 1EZOA 3S4UA 4QFOA 3T9HB 3PD8A 3KJ7A 4PE5B 3K1PA 3QK6A 2HEUA 4F18A 4MLQA 1IUDA 3FD3A 3HHFA 2AL4A 2CMOA 4DIGA 2I3VA 1VR5A 3K0VA 4IO4A 4MFIA 4ZDMA 4RY1A 1DPPA 2Y7IA 4KR5A 4IO7A 4KD5A 1IXGA 1XC1A 2ONRA 1MQIA 4THIA 3U92A 2ZXTA 5CI5A 2GHBA 2Z8DA 3T9UA 2QSXA 4G4PA 4JWXA 4KPTA 3HPIA 1QJMA 3FIRA 3E9XA 3FGSA 1LAFE 4OVJA 3SETA 1B3EA 2UVGA 4XKRA 2NVUB 3SEVA 3E3KA 1HSLA 1LSTA 3V89B 3VDFA 3C34A 3ECRA 2R71A 3Q27A 4AB5A 4F29A 1QW0A 4KQPA 2G29A 4AQ4A 2QRYA 3KGCA 4ECFA 2I48A 2DWJA 4F1YA 3IO6A 1FTMA 3H6VA 4JWOA 3FXUA 1WODA 4IGTA 4ZZAA 1MY3A 2Y7WA 4JSDA 1SD3A 4R74A 3B6WA 3C4MA 4FORA 2OK2A 1B1HA 3TTLA 4NF5A 2Q9TA 3OXNA 3C36A 4G2ZA 2PVUA 4ZEKA 1OLAA 1MDQA 2M8CA 4RXLA 4YKPA 1MQGA 3U94A 1LAGE 1DMBA 3BFUA 1GVCA 4OENA 1R9QA 2FA7A 3G3HA 3P7IA 1SQYA 2F8DA 3QSLA 3Q25A 5JTYB 2W7YA 1ZKBA 1VFEA 3DM0A 4N13A 5B7DA 1A8FA 1RYOA 2PYYA 1MM6A 3V83A 1YAEA 3FJMA 2UXAA 1N0TA 5CM6A 2F7BA 3RUMA 5H8HB 2H9BA 5I84A 5I56A 3TAJA 3IR1A 1MDP1 4LATA 1MQJA 3MP1A 4U1OA 2ZYOA 4OESA 2UVJA 3TQLA 1MG1A 4YB6A 5AA2B 2RCBA 3CSBA 3VE1B 4XTCQ 5M2VA 3TPAA 1D4NA 2QS2A 4JSOA 4YZZA 3N94A 4PQJA 2R9JA 2HAVA 4LONB 3H4ZA 3M3FA 2VP1A 4QSCA 4H8JA 3UORA 3FVKA 1VSOA 2DE3A 3O28A 2HCAA 4DZ1A 3VFJA 3VVEA 1I6QA 1Z7ME 2RC7A 3CVGA 2I4CA 5I58A 2QS3A 4N6PA 4YMAA 3MZ1A 2HQ0A 5FHOA 2XXUA 1SI1A 2XD2A 3O66A 4BLAA 1LB9A 4H5GA 3JZJA 1M5CA 4L17A 4PETA 2GHAA 5DEXA 4R9FA 5ICQA 2PX1A 4BDOA 2Y7PA 3FVOA 4R6KA 3G3IA 3VVFA 1B5JA 1VFDA 1PB7A 4NWDA 4F22A 3N26A 3EHTA 2H25A 1URGA 2PBWA 1S7YA 4GRKA 4G8HA 2I3WA 1M5FA 2ZNSA 3FV2A 4NF6A 3CFLA 3PPPA 1Y9UA 4OYVA 3T9VA 4F19A 3PUZE 4RPOA 2P0SA 3ILTB 3TZAA 2Z8EA 5F1QA 5DYHA 4QF9A 5L9MA 1FQAA 1XVYA 3H3GA 3T93B 2OJTA 1MPBA 4ZEFA 4EQ7A 1LLSA 4TQUQ 3T66A 1PEBA 3AXFA 1PDAA 3MVWA 2O7IA 3PD9A 3A3CA 3IK6B 3TKDA 4Z7EA 3KBRA 1IQ7A 2REGA 1B3GA 3G7WA 1UTHA 2OWSA 3G3KA 1B0LA 1DTZA 1PC3A 2XX7A 2QS4A 2OCUA 4OQOA 3U8QA 1D3KA 5HBCA 2P1SA 2YJPA 4GOTA 3DELB 3FXQA 4FEBA 3QIMA 2XXYA 5KZTA 1N76A 4H0WA 3PPNA 1NNTA 1Y4CA 3T22A 3CSGA 4EQBA 4FJPA 3THIA 3QAXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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