1GV8A

18 kda fragment of n-ii domain of duck ovotransferrin
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
159
structure length
159
Chain Sequence
SYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHRGDIEWEGIESGSVEQAVAKFFSASCVPGATTEQKLCRQCKGDAKTKCLRNAPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGTRQPVDSYKTCNWARVAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Mechanism of Iron Uptake by Transferrins: The X-Ray Structures of the 18 kDa Nii Domain Fragment of Duck Ovotransferrin and its Nitrilotriacetate Complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords OVOTRANSFERRIN
molecule tags Iron transport
total genus 45
structure length 159
sequence length 159
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-02-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1gv8A00
3VLWA 5TPAB 4PE5B 3QK6A 4E0XA 1LFHA 4MLQA 4KCDA 5I59A 2F78A 1EZOA 5FHNA 1I6QA 4C1UA 1B2HA 1PB7A 2O84X 3MVXA 4F1UA 3FJGA 3KZGA 1IZ1A 5M2VA 1PB8A 3USDA 2REJA 4NF8B 1BP5A 1D9YA 2H99A 1EU8A 4YICA 3T9XB 5L9SA 3VLUA 1EH3A 3TYHA 5HPQA 1A54A 4OEUA 2DQVA 1JVXA 4LZ7A 4R73A 4F18A 3K1MA 4YB7A 4YKIA 1POY1 2F7CA 5BWJA 5FTHA 1B6HA 3MUQA 3K6XA 3S9MC 5I59B 2CZLA 2DS9A 1N0TA 3PUVE 4M1VA 1L5TA 1MQGA 3R26A 2PX1A 2AIXA 4ISUA 2I4CA 3ILUB 1UIUA 3SESA 4F1YA 4PFYA 1N76A 1M5DA 3WAFA 4GFRA 3HHGA 2DWIA 4ELPA 4OYVA 3DLNA 2NVUB 4NWDA 1IXHA 5I58A 3M8UA 3IK6B 5L9OA 4KYDA 1M5BA 1Y9UA 2XX7A 4GVOA 2V3QA 2O68A 4QFPA 1MQHA 3D4CA 1ANFA 3TELA 4EUOA 4PFTA 4U22A 4JSOA 2V25A 3FJMA 3IR1A 3SKPA 2QPQA 4DZ1A 3PMWA 1YCJA 3FD3A 1MXVA 1MXXA 5H8FA 2ALUA 1MH3A 3CFLA 4PFUA 3SDFA 5I58B 1YTVA 3T96B 1LAGE 1N7WA 5HM4B 3QSLA 2XXYA 1QKBA 5AE4A 2DWJA 1DTZA 2UYFA 5AA2A 1HSEA 3LC8A 2IEEA 4HCYA 1AL3A 4KQPA 3E9XA 4KFQA 4Q5TA 4BLAA 5JTYA 3MZ1A 1OIBA 3SEUA 3TCGA 1MRPA 1VSOA 1PEBA 1AOVA 1QVSA 1H76A 1B3HA 2F35A 2Q2AA 2H5YA 5CC2A 3PV0E 5H8FB 4OTEA 4Z0IA 3O9PA 2ZNUA 1DSNA 5CMMA 3S9LC 2HXWA 1UQWA 1LCTA 1USYE 3PD8A 5AA2B 2QMXA 3CFZA 4POWA 4YB5A 1XOCA 4LZ8A 1T0KA 3VVEA 3V8XB 4OFOA 2P0SA 1A8FA 5JTYB 3O6GA 2X7PA 3OEKA 1B4HA 2VP1A 3MVZA 1URDA 3FVGA 5B7DA 4LZ5A 2Y7PA 2ESNA 3U93A 1SYHA 5DVFA 1BTJA 3K2DA 1MDQA 3D4GA 5I57A 2Z8EA 1FTLA 3FXQA 3H6WA 4U4SA 4XIGQ 1MH4A 4THIA 1ELJA 2VD2A 3KEIA 1B0LA 3QUFA 1A8EA 3C4MA 3IB0A 5AA1A 4YZZA 3F11A 3CIJA 2XHDA 4LA9A 3G3KA 1LBCA 3T22A 2Z23A 2WKYA 1Y3PA 4N07A 3RTWB 3VVDA 4JBZA 3S9EA 1DTGA 4OHNA 1QJMA 2AL5A 2X7QA 3HCQA 4G8NA 1URGA 4FIMA 4OWDA 5KDTA 1SD3A 3IB2A 3PGFA 3CG1A 5I57B 5K2YA 3QAXA 4UA8A 4FORA 4GXSB 3KN3A 4OQOA 4ZE8A 1PB9A 3UA8A 4F1VA 3H7MA 2HAUA 3EN3A 2M8CA 2RC8A 2XD2A 1H3DA 3ECRA 4H6DA 4ZEBA 1P1WA 4RPNA 1OLCA 2DWHA 1M5EA 3K1NA 3G3GA 4G68C 1CB6A 1LAHE 1MPCA 4FEDA 2Q8JA 4E0WA 4O3BA 4WEPA 3FJ7A 2RCBA 5KDTB 2B65A 4ECFA 1I6BA 1GTKA 2DWAA 3HPIA 1B40A 3FXRA 4ND9A 4YU0A 5F7VA 1US5A 3Q29A 1VE4A 2F7BA 1ZU0A 3BBRA 4AB5A 2DE4A 3HO7A 4KHZE 4WKMA 1M5CA 1FTJA 1XVXA 3QYTA 1TT1A 3T66A 3VFJA 3OO8A 4NF6A 2YLNA 2Y7WA 4GIZA 2HQ0A 3MZ9A 5L9MA 3H06B 3MBPA 2I4BA 3S2VA 4LUBA 3H3GA 1LSTA 3VXBA 3RT8A 1A40A 4NF4A 1II5A 3TTKA 2ZNTA 2FNCA 3TZAA 3N94A 4F31B 5DEXA 5JEIA 2NWJA 3RPWA 2YJPA 3KN8A 2V3UA 2O7IA 2HCAA 3L6HA 2XXHA 2B3FA 4ZEKA 3W9VA 2DE3A 5J1DA 1JVYA 3DELB 5A5XA 2G93A 1P1QA 2UVIA 2O69A 3TTMA 4NF6B 1JETA 2NOOA 2XXRA 4Q30B 1SQYA 4HW8A 3OSRA 4ELRA 1B46A 4OMBA 5CBSA 3B6QA 1Y4TA 1A99A 2ONSA 4PP0A 2X26A 4NF4B 2XD3A 1M5FA 1PC3A 2D5WA 5DEXB 3LBSA 2PBWA 1Z7ME 2RC9A 4DXBA 1ZKBA 3RUMA 3C32A 5A5XB 1OQGA 2DOJA 2DXYA 3TFLA 3FZVA 3C35A 2RKMA 1DPPA 2Q88A 4QSEA 4F2QA 2B3BA 3TUSA 3W15C 3E3KA 3V89B 1S50A 1B1XA 4G8HA 4JXIA 4TLMB 4X1BA 3L6GA 1MS7A 1GVCA 3T9VA 1TFAA 3FV2A 4YB6A 2W7YA 4JB7A 1BLFA 3IOWA 1ZTYA 4EQ7A 5TP9A 3R7XA 4GD5A 1Y3NA 3EQ1A 4MF3A 3OEMA 3PUZE 1N3XA 2Z22A 4EXLA 4RK9A 5ICTA 1EZ9A 4KR5A 1IQ7A 3M3KA 4GOTA 1LLSA 4P0GA 2QRYA 5CMCA 1B5HA 2Q9TA 1MY3A 4AB6A 1NH8A 3A3UA 1NH7A 4LQ2A 3G3IA 4OFJA 2ZYNA 3CSGA 1H45A 5ITOA 4R6KA 5TP9B 3I3VA 5DVIA 3TTNA 4QFKA 2Q89A 3CR9A 3K01A 3KGCA 5JK4A 3T9HB 5K2XA 1FQEA 3H03A 5FHMA 3TCFA 4IY5A 4U1OA 1ZIUA 2I49A 1R9LA 4RY1A 3ZKKA 4H8JA 4MBPA 3GXAA 4FE8A 3PPRA 2A5TA 3FVNA 3RN8A 1USYH 4NE4A 4O3CA 1GV8A 3N26A 4TLLB 5CM6A 4ZECA 4N13A 3IB1A 1Q35A 3RLFE 4GLIA 1NKXA 2Z8DA 4G8MA 3E13X 2F6GA 2RCAA 1A55A 4LONB 1MQDA 1FTOA 5AA3A 2YPNA 2F7AA 3Q25A 4YKJA 4UACA 3CG3A 1LFGA 4FAJA 1CE2A 1MY2A 2A5TB 3V83A 3GZGA 3PU5A 1S9TA 4LQ5A 1FQFA 1B7HA 3LUYA 1VFEA 2Q2CA 2F8DA 3OOAA 3TTRA 2UVGA 5ELVA 4KI0E 2OZZA 3K1PA 3PMXA 1TFDA 3C36A 3O97A 3MJNA 4OENA 1B58A 1IXGA 4OXVA 4C0RA 3TPAA 4IO5A 1O63A 4R6YA 4K3FA 2D21A 2O6AA 1RYOA 4DLDA 3B7DA 3I5OA 1P1NA 2QS2A 3RTFB 2VHAA 3A3CA 1B3GA 4JDFA 1YAEA 3EHUA 3FUZA 3IOVA 3O66A 4ZDMA 3S4UA 1PBQA 3SEWA 2H9BA 4QF9A 1P99A 2H98A 5I2NA 4ZE9A 4L17A 1B7UA 3G7WA 3PUXE 4BDLA 4H5GA 2NXOA 1Y1MA 4DDDA 1MY1A 3PPQA 2BJJX 2ZNSA 3S9NC 2ZYMA 1B0HA 2DVZA 4GQOA 1IUDA 2E1SA 3SEXA 3B6TA 1FQBA 4OERA 1XC1A 2P1SA 3PPOA 2DYXA 4N6PA 1RYXA 4EDPA 1Q1KA 5I2NB 3KBRA 2GHAA 2XXQA 1H44A 3MP1A 1HSLA 4R74A 4EQBA 2AYSA 4U2RA 4XTCQ 5EHSA 4OESA 4XXUA 3RNNA 5ICQA 1B05A 1R6ZA 2F5XA 3ILTB 2OWTA 1ZJLA 3IORA 5CMBA 1NNKA 4WEDA 2HZKA 3GBAA 3H6VA 2O7UA 1B32A 2Y7RA 4KD5A 3QUJA 1IITA 3KG2A 3FASA 4QSDA 5CI5A 4Q0CA 3TDJA 4NF5A 1P1UA 1NMUA 5H8HA 1JW4A 3VV5A 4U1ZA 2DE2A 2GFEA 4ZZEA 2XX8A 3H6UA 4GWOA 2QSXA 1B3FA 3EHTA 2VGQA 1SYIA 1LAXA 4RNSA 3C33A 1SW4A 2F36A 1AMFA 4RXLA 2I48A 1BIYA 1OQHA 4YMBA 1D3KA 1MY4A 4IGRA 2KLFA 3GBBA 2HEUA 3O29A 2F34A 3G3HA 3TQWA 3K00A 4NF5B 4GXAA 5H8HB 4I62A 2V93A 2XXXA 1R1NA 2DSFA 4F29A 1OLAA 4MFIA 3MW0A 2V84A 3BFTA 4FECA 2CMOA 2I58A 1TXFA 2G29A 3LSXA 1SW5A 3K0VA 1FQDA 1LGBC 3TQLA 4I1DA 1MXZA 3UN6A 3PPNA 3O28A 3MWBA 4YAHX 2H4IA 4GRKA 3MC2A 1MXUA 3OO6A 3MP6A 4JSDA 2Z8FA 3BKIB 4DCXA 2FA7A 3BFUA 3QXMA 5B70A 2GH9A 3TAJA 1I69A 5CBRA 3KN7A 4QSCA 5AA4A 1WDNA 2DVCA 4F3PA 4IO3A 4IY6A 3RY3A 3THIA 1OVBA 3IO6A 1SI0A 3PPPA 2Y7IA 4H0WA 4IB2A 1DPEA 3FVKA 4H65A 3CVGA 1SVXB 4PQJA 1D9VA 1JNFA 3ONMA 2XXUA 4LVQA 4X9TA 2OCUA 1IEJA 3TKDA 3U92A 4DE8A 2RC7A 2ZYKA 1LB8A 1N84A 1QUKA 4IO2A 5AA4B 4U23A 2FYIA 1URSA 5H8SA 1UTBA 4MH5A 3C34A 3CI8A 4X1DA 1N3WA 4R75A 2QL3A 2LAOA 4AQ4A 4R6HA 1NNTA 4U21A 1Y3QA 4H67A 4R9FA 3IOUA 4F3GA 1MY0A 4IO7A 4F3BA 4ESXA 2I0CA 2UVJA 3M3FA 3OO9A 1ZBMA 4OZ9A 2R71A 1PBPA 1UTBB 5DYHA 4ZEFA 2UYEA 5I84A 1PDAA 4HS7A 2O1MA 4F3SA 1B5JA 3MAMA 4IO6A 1QW0A 3KOTA 1FTKA 4XKRA 1LCFA 3CSBA 4TQUQ 1MPDA 2ABHA 2DXRA 4BDOA 3E4RA 4TOZA 3K4UA 3SERA 3H6TA 4ZEDA 4U4XA 5DTBA 1JQFA 2PYYA 3DP6A 3N6TA 1ZMGA 1B52A 1R9QA 2QJEA 5ITPA 1SDXA 3JYRA 3VDFA 4ELOA 4LATA 2VD3A 4XKNA 4OFLA 3OD7A 1IXCA 1JEVA 1JW1A 1B7ZA 2QS1A 3KJTA 2Y84A 1Z7NE 3CFXA 3C31A 3EHSA 4I8CA 3VE1B 1MG1A 4KYSA 3P7IA 1XVYA 4C1TA 4HTGA 1UIVA 3T9UA 3LSWA 3FV1A 3UIFA 4WXJA 5KZTA 3MVWA 3OENA 5IKBA 3HV1A 3FGSA 3RT6B 2RINA 3T93B 2XXTA 2P2AA 4QFOA 1NFTA 1OVTA 3FATA 3IOTA 3OXNA 3MPLA 1WODA 1POTA 4X48A 2I0BA 3V5AA 2OWSA 1EZPA 4EQ9A 3QIMA 3AXFA 3IJOB 5FTIA 4QHQA 4FATA 1B5IA 4BDQA 4PETA 4JWYA 3PUYE 4YKPA 4RA1A 1YPNA 2OJTA 3LSLA 1Y1ZA 4G2ZA 5DVJA 3U72A 3TTLA 4EXKA 2QMWA 1Y20A 3Q26A 1NL5A 4R9GA 2XXWA 4Z7EA 2IA4A 3EPEA 1QULA 4FJPA 2HFBA 1LBBA 1O7TA 3KSXA 4H5FA 4IO4A 2AL4A 2XXVA 5F1QA 2QS3A 3DM0A 2ZXTA 4YKKA 5IAIA 1TWYA 2OBGA 2F6PA 1SW1A 2PMSA 2Y7KA 2R9JA 4DXCA 3N6UA 3HHFA 1O64A 3KJ7A 3DP8A 5BUUA 4NWCA 1P1OA 2ZYOA 1AIVA 2I3WA 5KCJA 4HCWA 3RGYA 3FVOA 4F2OA 1N04A 4QRZA 1B1HA 3VVFA 1B51A 2UXAA 2UVHA 3W9WA 3U1OA 3H4ZA 3ZS6A 2OLBA 4H1XA 4DCYA 1FQCA 4JWOA 2PT1A 3U94A 1JW5A 5CMKA 3DP4A 3LSFB 5H8NA 1FQAA 4ONYA 2I6EA 2ANJA 1MQJA 3O6HA 3G3FA 1F9BA 3LR1A 1MXWA 4PFWA 3SEVA 5KCJB 4P0IA 4DIGA 2ONKE 5H8QA 4QFNA 5LOMA 4ELQA 3ZKLA 3MPKA 4JWXA 4O3AA 1LFIA 4YMAA 4ZZAA 1VFDA 2REGA 3JV9A 2QS4A 2NUVA 4GF8A 3KSJA 4F19A 1MM7A 3FIRA 1MDP1 2V3TA 5H8NB 1KWHA 1AH5A 5EYFA 2A5SA 4ZS9A 3KOSA 2GHBA 2HZLA 1MPBA 3CRBA 4OETA 4R72A 3IAZA 4DXUA 5TU0A 4POXA 3WAEA 4RYAA 4BDNA 3A09A 5H8QB 4F22A 4BDMA 1SI1A 3PUWE 3HN0A 2RF1A 1JEUA 4NMYA 2O51A 3MQ9A 3UP9A 3O2AA 1N7XA 1FW0A 2I3VA 3IX1A 3FXUA 1DMBA 2ONRA 2THIA 4GL8A 1US4A 1IXIA 3Q28A 5I2KA 4I9DA 4Q8RA 1SBPA 3PD9A 1S7YA 4H8IA 2E0SA 4EF2A 4KPTA 3MZBA 4ZEIA 3M3LA 3OSQA 2VOZA 1GGGA 3RQTA 4FEBA 4OEVA 1B3LA 3ODBA 2ZMBA 1GR2A 1ATGA 4EF1A 2GRVA 4R2FA 3TMGA 5L8DA 4NEDA 3U8QA 1QUJA 1SW2A 4M4GA 5I56A 4R2BA 3IL1B 1XHYA 3OELA 3UK4A 2XXPA 1LB9A 1I6AA 5I2KB 4P11A 1XS5A 5FHOA 1UTHA 4ESWA 1MXYA 4IGTA 1VR5A 4G4PA 3ZSFA 2O1LA 3PMVA 2H25A 3SETA 4RJZA 3UGWA 5CRYA 3UORA 1OMPA 3K6VA 5DT6A 4G68A 1B3EA 3O6IA 4LP2B 3JZJA 2HAVA 1NNPA 5I56B 2DP8A 4G77A 1H43A 2R6GE 1B9JA 3IO4A 3VXCA 1RKMA 1UTHB 4F39A 1ZLQA 3OO7A 1QKAA 3K6UA 3Q27A 3I6VA 2F97A 2PVUA 3MP8A 1MQIA 4GL0A 1XT8A 3TCHA 4NTLA 3G3JA 1Y4CA 1LAFE 5EHMA 4XKQA 3IJXB 3TODA 4RPOA 4G68B 3TEPA 3HSTA 1A7LA 1D4NA 1MM6A 4KCCA 2XX9A 3VLVA 3SEYA 1IIWA 1J1NA 2PT2A 1B4ZA 4QFLA 5ISUA 2OK2A 5TPAA 3EF7A 3KFMA 1FCKA 1NNFA 1BKAA 1WVJA 3GLBA 3B6WA 3K02A 4BDRA 1DOTA 5HBCA 2D3IA 3K6WA 5AA2D 4XKPA 2XXIA 3C9HA 3N5LA 3R6UA 3MVYA 1HSJA 4NF8A 1FTMA 4OVJA 1QUIA 4MLVA 4KYEA 4RK2A 3OMBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5HM4B 2F3DA 3QSLA 2XXYA 4H46A 1QKBA 5AE4A 4H45A 2DWJA 1DTZA 2UYFA 5AA2A 1HSEA 2Q8MA 3LC8A 2IEEA 4HCYA 4PCDA 1AL3A 4KQPA 3E9XA 1FBCA 4KFQA 4Q5TA 4BLAA 5JTYA 2XWIA 1FPJA 3MZ1A 2WBBA 4GBVA 1OIBA 3SEUA 3TCGA 1MRPA 1VSOA 1PEBA 1AOVA 1QVSA 1H76A 1B3HA 2F35A 2Q2AA 2H5YA 5CC2A 3PV0E 5H8FB 4OTEA 4Z0IA 3O9PA 2ZNUA 1DSNA 5CMMA 3S9LC 1CNQA 2OX3A 2HXWA 1UQWA 1LCTA 1USYE 3PD8A 5AA2B 1RDZA 2QMXA 3CFZA 4POWA 4YB5A 1NUWA 1XOCA 4X8RA 4LZ8A 1T0KA 3VVEA 3V8XB 4OFOA 2HHMA 2P0SA 1A8FA 5JTYB 3O6GA 2X7PA 3OEKA 1B4HA 2VP1A 3MVZA 1URDA 2DDKA 3FVGA 5B7DA 4LZ5A 2Y7PA 2ESNA 2XXKA 3U93A 1SYHA 5DVFA 1BTJA 3K2DA 1EYJA 1MDQA 3D4GA 5I57A 2Z8EA 4PTKA 4N6DA 1FTLA 3FXQA 3H6WA 4U4SA 4XIGQ 1MH4A 4THIA 1ELJA 2VD2A 3KEIA 1B0LA 3QUFA 1A8EA 3C4MA 3IB0A 5AA1A 5LTCA 4PDHA 4YZZA 3F11A 3CIJA 2XHDA 2ZZVA 4LA9A 3G3KA 1LBCA 3T22A 2Z23A 2WKYA 1Y3PA 4N07A 3RTWB 3VVDA 4JBZA 3S9EA 1DTGA 4OHNA 1QJMA 3KBZA 2AL5A 2X7QA 3HCQA 4G8NA 1URGA 4FIMA 4OWDA 5KDTA 1SD3A 3IB2A 3PGFA 3CG1A 5I57B 5K2YA 3QAXA 4UA8A 4FORA 4GXSB 3KN3A 4OQOA 4ZE8A 1PB9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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