1IIWA

Glur0 ligand binding core: closed-cleft ligand-free structure
Total Genus 69

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
226
structure length
221
Chain Sequence
GSAMALKVGVVGNPPFVFYGAFTGISLDVWRAVAESQKWNSEYVRQNSISAGITAVAEGELDILIGPISVTPERAAIEGITFTQPYFSSGIGLLIPGTATPLFRSVGDLKNKEVAVVRDTTAVDWANFYQADVRETNNLTAAITLLQKKQVEAVMFDRPALIYYTRQNPNLNLEVTEIRVSLEPYGFVLKENSPLQKTINVEMLNLLYSRVIAEFTERWLG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (6-10)TVIII2 (64-67)S2 (46-50)EMPTYTVIa1 (13-16)TIV1 (14-17)TIV2 (19-27)TVIII1 (15-18)S4 (85-87)AH2 (54-63)S10 (186-195)S3 (68-74)AH3 (77-81)TII1 (82-85)AH7 (200-214)S9 (178-180)S5 (92-101)TI1 (101-104)3H1 (105-107)3H2 (111-113)AH5 (144-153)TII2 (114-117)S6 (118-122)AH4 (126-134)TII3 (122-125)S7 (137-141)S8 (158-162)3H3 (174-176)AH6 (163-172)AH8 (216-225)TII4 (195-198)AH1 (30-42)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Membrane protein
source organism Synechocystis sp. pcc 6803 substr. kazusa
publication title Mechanisms for ligand binding to GluR0 ion channels: crystal structures of the glutamate and serine complexes and a closed apo state.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Slr1257 protein
total genus 69
structure length 221
sequence length 226
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iiwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iiwA02
1P1UA 1H44A 3IOVA 4LZ5A 4MLVA 4I1DA 3WAFA 4GIZA 1US5A 3LSXA 4XKQA 4U22A 4NWCA 1B1HA 2P2AA 1T0KA 3FJMA 3IAZA 4G77A 5I58B 1MXXA 3O6IA 3PPPA 5DVFA 1B58A 1HSJA 2HZLA 2DP8A 2UVGA 3CIJA 3Q27A 3OOAA 1H45A 3CSBA 3MP8A 3D4GA 5AA2A 2ONSA 3H6TA 1N76A 1PC3A 4PFUA 4OVJA 4ELQA 1MDP1 4NF4A 3KSXA 4YKKA 1AOVA 3A09A 3T93B 2ZYNA 1LBBA 3N6TA 3MAMA 1FTKA 3UORA 4EQ7A 1PB9A 3MVXA 3OSQA 1F9BA 3DELB 3OSRA 5I2KA 2ZYOA 3P7IA 1LSTA 3RLFE 1B0HA 3ECRA 4R9FA 4ZECA 4ZEDA 4YZZA 3VLUA 1JEVA 2XX8A 2E0SA 3ONMA 1B40A 4G68C 3U72A 1XT8A 1P1WA 4IB2A 1BP5A 4XIGQ 3FGSA 2DVZA 3RGYA 3Q28A 3VDFA 4ZE9A 4R2FA 4EQ9A 4GRKA 4LUBA 2O68A 4IY6A 1B32A 3PMWA 4LVQA 1ZU0A 3TCGA 1DPPA 2IEEA 3K6UA 4X1BA 1JVXA 3KN7A 2PYYA 4RK2A 3HHFA 3TQLA 3OO8A 1JVYA 3VXBA 3G3GA 1PBPA 2V3UA 5FTIA 2AL4A 5I2NA 1MM7A 4FJPA 3T9HB 5ICTA 4I9DA 2Z22A 5DYHA 3PV0E 3T66A 4L17A 5F7VA 1OQGA 1R6ZA 4NEDA 4WEDA 4IO5A 2PX1A 3O9PA 1Y4CA 4DIGA 5JEIA 1R9LA 2DS9A 2RINA 3UN6A 4PFWA 4JXIA 1RYOA 5DEXA 5EHMA 4QFOA 3LBSA 2RCAA 4Q0CA 1AMFA 1O63A 3OEKA 1H76A 3G3FA 4R6YA 3MP6A 4KPTA 4OEVA 2DE4A 4AB5A 5I57B 3OO7A 3MPKA 1NH7A 2GHBA 5H8FB 1PB7A 4GL8A 4LATA 3RNNA 1NKXA 2FYIA 1QJMA 2ANJA 2FNCA 3OO6A 1B52A 3BFTA 3D4CA 3QUFA 4R9GA 1N04A 4FECA 2ZMBA 3K02A 4OHNA 5L9MA 3K1NA 3SERA 4ZE8A 5I58A 5I56B 4H8IA 2PT1A 4JSOA 4JWXA 1QKBA 3UA8A 3RTWB 1N84A 2DSFA 2FA7A 3QXMA 4R74A 2DVCA 2OWSA 2Y7RA 1IITA 1D3KA 3S2VA 3HSTA 1QULA 2VP1A 4M1VA 4JBZA 2XXRA 3RQTA 1MRPA 5CBRA 2XD3A 2Q9TA 1B5JA 2QSXA 4BDRA 2I0CA 4R73A 3GBBA 4OMBA 4QFNA 4ECFA 1NFTA 3PGFA 4YKJA 3FV1A 2DYXA 3K6XA 1PBQA 4RNSA 2Q8JA 3KBRA 2QL3A 3MUQA 4NE4A 2XXVA 4KYDA 4F39A 3H06B 3PD8A 4RPOA 1MQJA 2RF1A 4DZ1A 3MJNA 1I6BA 1YPNA 1Y3QA 2H99A 1LAHE 2F97A 4EQBA 3MZBA 3M8UA 4NTLA 4LONB 4NF5B 1URGA 4FATA 4OFOA 4IO3A 2V93A 3RY3A 4QSEA 3EN3A 3MBPA 1SW1A 1MY1A 3IO6A 3E9XA 5ITPA 4PE5B 3T22A 2F36A 2AL5A 3IOUA 4NF8B 2REGA 4EF2A 3AXFA 4BLAA 3A3CA 4IO6A 3CFLA 3K1PA 4TLMB 4ISUA 1SI0A 4ZEFA 4BDOA 1USYH 4GFRA 5ITOA 2ZNTA 3KZGA 1FTLA 4THIA 2DWJA 2VGQA 4TOZA 1B2HA 2RCBA 1UTHB 4KD5A 1OQHA 4R2BA 3SEXA 1AL3A 4O3BA 1Y9UA 5I59A 2HXWA 5DVJA 4G4PA 2Y7PA 1DMBA 4KYSA 1Q1KA 2BJJX 3C31A 4ZZAA 2H9BA 4G8MA 2ABHA 3PPRA 1FQCA 2KLFA 2HFBA 2O6AA 3TZAA 4K3FA 1Y1ZA 3N26A 1QUIA 3IJOB 1MQHA 3ZKLA 2H4IA 1WVJA 1M5EA 4F18A 3KGCA 2RC9A 3N6UA 4FORA 1Z7ME 2O84X 1MDQA 2UVIA 3TMGA 2QS3A 1XS5A 4Z7EA 5B70A 3N5LA 3BKIB 3EQ1A 5I57A 3LUYA 3DP6A 1GGGA 3H7MA 1P1QA 1PEBA 4JWYA 1NNKA 4XXUA 4OESA 5JTYA 5FTHA 3SESA 1B3LA 4OYVA 3S9NC 1LAXA 3F11A 2XXIA 1D9VA 4GF8A 3Q25A 1N0TA 1MXYA 2XXPA 3QAXA 3TODA 3LR1A 3S9MC 1LFGA 1P99A 1B6HA 1CE2A 4MBPA 1S9TA 3MVZA 5I56A 3CG1A 3EPEA 5CMKA 2Z8FA 4UACA 1A55A 3TUSA 4E0WA 1IZ1A 2XXHA 1LB8A 1OMPA 4O3AA 1M5CA 4JWOA 4OETA 1LB9A 2XD2A 1ZMGA 1N3WA 4DDDA 2ZNUA 3TEPA 5IAIA 2F35A 3TTMA 2HQ0A 4F3SA 4X1DA 3TDJA 3IK6B 2UVJA 3V8XB 1XVYA 2Z8EA 2IA4A 3R6UA 4ZZEA 3VVDA 3BFUA 1IUDA 3MVYA 2F7BA 1DSNA 5A5XA 4F29A 2A5TB 1XVXA 2OCUA 4IO7A 2F34A 3QSLA 4OXVA 4OZ9A 4H67A 2F7AA 4F1YA 3U8QA 5DTBA 2XXWA 2DE3A 3FASA 4PFYA 3EHTA 1ZIUA 3HCQA 1IIWA 5KDTB 3B6TA 1XHYA 1ZBMA 5HPQA 4IY5A 1EZPA 3LC8A 5H8QB 1OVBA 2I0BA 2O7IA 3Q26A 3GLBA 3RT6B 3T9XB 4G68B 3TFLA 5L9SA 2Y7WA 4QF9A 3K01A 4GWOA 1JW1A 4TQUQ 4F22A 2QS4A 1EZ9A 2DXRA 4PQJA 2Y84A 4XTCQ 3HPIA 3O66A 5K2YA 1MG1A 1ZKBA 1JEUA 4RK9A 4WEPA 4EDPA 1NH8A 2V25A 3FJGA 1Y3NA 5TP9B 3TELA 3DM0A 1B3FA 4OFJA 4IO2A 2GHAA 3OEMA 2UVHA 5AA4B 5H8SA 3ILTB 2PVUA 3PPNA 2O69A 1QUJA 4ELOA 4MFIA 1UTHA 2QS1A 3PPQA 4YAHX 4ND9A 1PB8A 4HS7A 3VLWA 4IGRA 2VD3A 2Z23A 2VD2A 1I6AA 5AA3A 1N7WA 1AIVA 1MM6A 3E4RA 5L8DA 2VHAA 1M5DA 4QHQA 3IX1A 2GH9A 1YAEA 1FQDA 2PMSA 1JETA 2I3VA 3U93A 4X48A 3W9VA 3S9LC 3G3KA 2R9JA 2RC8A 2OWTA 5KCJB 1B9JA 3K00A 2Y7IA 3VE1B 3C34A 1B05A 3O29A 3U94A 1NNPA 3DP8A 3FZVA 1SYIA 3WAEA 1XC1A 2H98A 4F31B 4XKRA 3TKDA 3SETA 4JB7A 4H65A 3OD7A 2F7CA 2THIA 4PP0A 4OERA 1JNFA 3IORA 3W9WA 2YPNA 4KHZE 2W7YA 5IKBA 1MXVA 3SEWA 3QK6A 3C36A 1NNTA 5CMCA 1D4NA 5H8HB 4QSDA 1B5HA 1A54A 3FXRA 1FTJA 3IB1A 2I58A 3ZS6A 3DLNA 1S50A 1DPEA 4ELRA 3VXCA 3UP9A 1Z7NE 4GLIA 3LSWA 2DE2A 1MY2A 3CR9A 4OTEA 1A8EA 1FTMA 1MPCA 4FAJA 4GXSB 3M3LA 5L9OA 5CMBA 1VFEA 3HO7A 2XXYA 3H6UA 4G2ZA 4U1ZA 4EF1A 1LAFE 4N07A 4DXUA 4MF3A 3IOWA 5KDTA 4ZEKA 3G3IA 4LZ7A 1LFHA 3FIRA 1AH5A 4KI0E 1US4A 3ZSFA 1LBCA 1A7LA 1R9QA 2RKMA 4C1UA 3K1MA 4U23A 4HCWA 3H6VA 4RYAA 3TTKA 2F5XA 2ONRA 3MZ9A 4H1XA 1I69A 3K6VA 4ZDMA 3T96B 1JW5A 4R6HA 1JQFA 3GBAA 3FATA 5AA2B 2AYSA 5TU0A 1B0LA 2PBWA 4AB6A 1TT1A 3MW0A 1N7XA 5BUUA 5AE4A 2CZLA 4F3GA 4NF4B 5CI5A 5AA4A 3CRBA 2GRVA 2XX7A 1A40A 4F2OA 1MPBA 4RXLA 4WKMA 4KCDA 1SI1A 3E13X 2B3FA 4DXCA 1II5A 4F19A 5I2KB 4N6PA 1BIYA 2OK2A 1USYE 2A5SA 3RUMA 4GQOA 1SW2A 3HHGA 1KWHA 3OMBA 3O6GA 3VVFA 4XKNA 1MH3A 3C4MA 1FQEA 3EHUA 3PUWE 1OIBA 3TAJA 3CI8A 2E1SA 1LCFA 1N3XA 3H3GA 1MXWA 4GL0A 3A3UA 5FHNA 4RJZA 3KN3A 3OENA 3THIA 2XHDA 2UXAA 2NOOA 2XX9A 1QKAA 1ZLQA 3KG2A 4YMAA 3MPLA 1B46A 4I8CA 3M3FA 5KCJA 2Z8DA 1B4HA 3HV1A 3R26A 3GZGA 1O7TA 2QS2A 1TWYA 3PU5A 1YTVA 3UGWA 2Q2AA 2XXXA 5DVIA 2F6PA 2ALUA 4ONYA 3TTLA 1FQFA 2ZNSA 3B7DA 3C35A 4LQ2A 3I6VA 3EHSA 1URDA 2Q2CA 1BKAA 3IL1B 3KFMA 3B6QA 3JYRA 4LP2B 2X7QA 4KFQA 5H8NB 1NMUA 4TLLB 1Q35A 1LLSA 5B7DA 4DE8A 4I62A 5I2NB 3CFZA 5H8FA 3Q29A 3OELA 2G93A 1Y20A 1FTOA 3ZKKA 5H8HA 4ESXA 1MXZA 4POXA 4NF6B 4F3BA 4MLQA 1DTZA 2YJPA 2QJEA 1IXCA 1OLAA 4LQ5A 1BTJA 1IXHA 5ISUA 4RA1A 4QFLA 4PETA 2OZZA 1TFDA 3FUZA 2HAVA 3B6WA 3QIMA 1SW5A 4DXBA 3SKPA 3RTFB 4ESWA 3VFJA 3O97A 1B3HA 1URSA 3T9UA 1UIVA 2H25A 4FEDA 4U4SA 4DCYA 1WODA 4NMYA 5DT6A 4RY1A 4YMBA 4OFLA 4OENA 4FEBA 3R7XA 4KQPA 2G29A 4EUOA 1IEJA 1A99A 3MZ1A 1POTA 1VSOA 3VVEA 3TCHA 3K4UA 4ELPA 2QPQA 3FV2A 3ODBA 2O7UA 3FVNA 5TPAB 1DOTA 2ONKE 3G3JA 1MH4A 1QUKA 2I48A 3QYTA 4H5GA 5K2XA 3H6WA 1IXGA 3PUXE 1LCTA 3K0VA 5CC2A 4H0WA 2ZYKA 1RKMA 5CMMA 2XXTA 1M5BA 4NF5A 3K2DA 1YCJA 1GR2A 4ZEBA 3EF7A 1L5TA 2VOZA 2RC7A 3VLVA 1SW4A 3KJTA 3L6HA 4F2QA 2OLBA 1B7HA 2I3WA 2DWIA 5KZTA 2HCAA 3MWBA 4NF8A 4ZS9A 4F3PA 4EXLA 3SEYA 2NUVA 3S9EA 1J1NA 4P0IA 4BDLA 4E0XA 4M4GA 3FVGA 4HCYA 5LOMA 1B51A 4YU0A 5FHMA 4BDNA 1ELJA 3V89B 1JW4A 3PUYE 4P11A 1NL5A 1POY1 4XKPA 4Q5TA 2D5WA 2I49A 3KOSA 3N94A 4C1TA 1DTGA 2OJTA 2Q89A 3PPOA 1B3GA 3KN8A 3TPAA 3SEVA 4JDFA 1LAGE 3IR1A 4G8HA 3FXUA 2ZYMA 2I4CA 4QSCA 3PUZE 1ATGA 4DLDA 1SD3A 2HAUA 5J1DA 5M2VA 3IB0A 1SQYA 2XXQA 4WXJA 3QUJA 2V3TA 3PMXA 4IGTA 3SEUA 3TCFA 5CM6A 1H3DA 2QRYA 1QW0A 4OWDA 4N13A 1PDAA 3W15C 5H8NA 3O2AA 4QFPA 3IO4A 1MXUA 5HM4B 4U21A 1H43A 1TXFA 2O1MA 1UIUA 1P1OA 3L6GA 1Y1MA 5I59B 2DWHA 1MQIA 3LSFB 3OXNA 1EU8A 3TYHA 4X9TA 4NF6A 1M5FA 3KOTA 4BDMA 1B1XA 1R1NA 4U2RA 4IO4A 3PD9A 4O3CA 4EXKA 2I4BA 1SYHA 3KEIA 1OVTA 1IXIA 2UYEA 1A8FA 1RYXA 4GVOA 4Q8RA 4LA9A 1EH3A 4AQ4A 2LAOA 4R75A 3T9VA 1SBPA 3TQWA 1FQBA 3TTNA 1ZJLA 4PFTA 2Y7KA 2DXYA 2F6GA 1MY0A 5JTYB 1TFAA 3KJ7A 3U1OA 2NVUB 1VR5A 1UTBB 4H5FA 2GFEA 4KYEA 1MY3A 3FVKA 4JSDA 5CBSA 3U92A 4QRZA 4ZEIA 2I6EA 2A5TA 1B5IA 1FCKA 3MP1A 5TPAA 5EYFA 3UIFA 1GTKA 3PMVA 3MVWA 4C0RA 1IQ7A 2AIXA 1SDXA 2HEUA 1ZTYA 3V83A 3C32A 4Z0IA 3I5OA 2O51A 1QVSA 5EHSA 3USDA 3K6WA 4UA8A 1MQGA 2X7PA 5H8QA 2NXOA 4YKPA 2P1SA 2R6GE 4YKIA 2HZKA 4G68A 4R6KA 5JK4A 1B4ZA 4FIMA 4F1VA 5ELVA 3FVOA 4KR5A 2PT2A 1MY4A 1B3EA 4RPNA 1P1NA 3GXAA 3IB2A 5A5XB 1XOCA 1S7YA 5TP9A 4R72A 2WKYA 1MPDA 4GXAA 4HW8A 1EZOA 3RPWA 4BDQA 3CSGA 3MC2A 1ANFA 2R71A 2UYFA 5I84A 3M3KA 4GD5A 3E3KA 1VE4A 3PUVE 3ILUB 3RN8A 2XXUA 3BBRA 4YICA 3O28A 3MQ9A 1SVXB 4FE8A 1LGBC 1VFDA 1O64A 4F1UA 4YB6A 1OLCA 1LFIA 4YB5A 2YLNA 3OO9A 1BLFA 3C9HA 4YB7A 2M8CA 4OEUA 1FQAA 2V3QA 2D21A 3C33A 2REJA 2V84A 4HTGA 3S4UA 1Y3PA 3KSJA 3TTRA 2B3BA 4P0GA 3RT8A 5BWJA 5AA2D 1CB6A 4H8JA 3SDFA 3JV9A 3FD3A 3DP4A 3FXQA 2QMWA 3G3HA 5FHOA 4GOTA 1UQWA 1GV8A 3H4ZA 4QFKA 2P0SA 1MQDA 2D3IA 3CG3A 2B65A 3CFXA 4U4XA 2CMOA 1HSEA 1Y4TA 2F78A 2NWJA 4KCCA 3CVGA 1HSLA 3V5AA 2DQVA 1NNFA 3G7WA 2DWAA 2X26A 3O6HA 1D9YA 1GVCA 4MH5A 3I3VA 5AA1A 2ZXTA 1I6QA 2O1LA 2ESNA 5F1QA 2QMXA 3UK4A 3LSLA 1UTBA 3FJ7A 3VV5A 5ICQA 4LZ8A 5DEXB 1MS7A 4POWA 1WDNA 3H03A 4Q30B 2DOJA 2Q88A 5HBCA 1B7ZA 3HN0A 1FW0A 1B7UA 4G8NA 3JZJA 4H6DA 3IJXB 2F8DA 4DCXA 3IOTA 2OBGA 4OQOA 5CRYA 2H5YA 4U1OA 4NWDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P1UA 1FBFA 1H44A 4JVIA 3IOVA 4LZ5A 4MLVA 4I1DA 3WAFA 4GIZA 1KZ8A 1US5A 3LSXA 4XKQA 4U22A 4NWCA 1B1HA 2P2AA 1T0KA 3FJMA 3IAZA 4G77A 5I58B 1MXXA 3O6IA 3PPPA 5DVFA 1B58A 1HSJA 2HZLA 2DP8A 2UVGA 3CIJA 1EYJA 3Q27A 3OOAA 1H45A 1NV1A 3CSBA 5LTCA 3MP8A 3D4GA 5AA2A 2ONSA 3H6TA 2XWIA 1N76A 1PC3A 4PFUA 1NV2A 2XWOA 4O7IA 4OVJA 4ELQA 1K9YA 1MDP1 4NF4A 2QVVA 3KSXA 1FBHA 4YKKA 1AOVA 3A09A 3T93B 2ZYNA 1LBBA 3N6TA 3MAMA 1FTKA 3UORA 4EQ7A 1PB9A 3MVXA 3OSQA 1F9BA 3DELB 3OSRA 5I2KA 2ZYOA 3P7IA 1LSTA 4H46A 4MX6A 5LDZA 1KA0A 3RLFE 1B0HA 3ECRA 4R9FA 4ZECA 4OVSA 4QBAA 4ZEDA 1CNQA 4YZZA 3VLUA 1JEVA 2XX8A 2E0SA 3ONMA 1B40A 2XXKA 4G68C 3U72A 1XT8A 2PFYA 1P1WA 4IB2A 1BP5A 4PBHA 4XIGQ 3FGSA 2DVZA 2V4CA 3RGYA 3Q28A 3VDFA 4ZE9A 4R2FA 4EQ9A 4GRKA 4LUBA 2O68A 4I3YA 4IY6A 4NX1A 1B32A 2KQZA 3PMWA 4LVQA 1ZU0A 3TCGA 1DPPA 2IEEA 3K6UA 4X1BA 1JVXA 4PAFA 3KN7A 2PYYA 4RK2A 3HHFA 3TQLA 3OO8A 1JVYA 3VXBA 3G3GA 1PBPA 2V3UA 5FTIA 2AL4A 5I2NA 4MNPA 1MM7A 4FJPA 3T9HB 5ICTA 4I9DA 2Z22A 5DYHA 3PV0E 4NG7A 3T66A 3KBZA 4L17A 4NAPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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