1IUDA

Maltodextrin-binding protein insertion/deletion mutant with an inserted b-cell epitope from the pres2 region of hepatitis b virus
Total Genus 113

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
377
structure length
368
Chain Sequence
EGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPDPQDPRVRGLYKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (17-31)EMPTYS1 (6-10)S2 (34-38)TVIII1 (57-60)TI1 (12-15)S6 (105-111)O1 (15-17)AH12 (287-296)TIV1 (40-43)AH2 (43-52)AH3 (67-73)S15 (258-266)S3 (59-63)3H1 (64-66)S17 (328-329)AH15 (335-352)TIV2 (98-101)AH4 (83-87)AH5 (91-97)TVIII2 (87-90)S16 (301-302)AH13 (305-311)S4 (98-99)S5 (102-103)AH11 (272-283)TIV14 (299-302)S12 (242-245)S11 (222-227)S7 (114-118)TI2 (118-121)TIV11 (220-223)3H2 (129-131)S13 (249-250)AH9 (210-219)TIV6 (140-146)S8 (145-148)TIV7 (150-153)TI5 (205-208)AH7 (157-163)TIV8 (163-166)S14 (253-254)TIV12 (249-252)TVIII5 (182-185)S9 (167-172)TIV9 (172-175)AH8 (186-201)AH10 (232-237)3H4 (229-231)TI7 (311-314)TI6 (267-270)TIV13 (283-286)TVIII3 (122-125)S10 (175-182)AH14 (315-326)3H3 (154-156)AH16 (357-369)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hybrid protein
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structure of a recombinant form of the maltodextrin-binding protein carrying an inserted sequence of a B-cell epitope from the preS2 region of hepatitis B virus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN MALE-B133
total genus 113
structure length 368
sequence length 377
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iudA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iudA01
4ZZAA 1QKAA 4AB6A 4X48A 2YJPA 1GR2A 3MWBA 4KD5A 1JW4A 4HTGA 1MPDA 4R72A 1OVBA 2B65A 1ZTYA 4JWXA 1IUDA 4R6KA 4GXSB 3PPRA 4JDFA 5I57B 5FHNA 3VE1B 4PFTA 4EXKA 2Y7PA 1MY3A 3USDA 3CIJA 4IO2A 3MPKA 1MQDA 3TPAA 1QVSA 1WVJA 1Y20A 1US5A 1CE2A 3IX1A 1DOTA 3A09A 3O97A 2D3IA 1JEUA 3G3FA 5H8HB 3T93B 5CMBA 3PD8A 3PUXE 2F36A 1JNFA 1UTBB 2I6EA 1FQEA 3VLWA 3TFLA 1TFDA 1P99A 2I58A 2V3QA 3OEKA 3QUFA 4OFLA 4TLLB 5L9SA 5JTYB 4BDMA 3C34A 2IEEA 5I58A 3PUZE 4WEDA 2NOOA 4OFJA 2DWHA 4KFQA 3K1NA 4PFYA 4I9DA 1IXCA 3TUSA 3TCHA 4ZECA 1ANFA 1VE4A 4OZ9A 5I2NA 3GBAA 2H9BA 1IEJA 1JW1A 4LZ7A 3JV9A 2V3TA 3TDJA 2GRVA 3JYRA 3MZ1A 1N04A 1UTHA 2DOJA 3S9NC 2ZXTA 2XXVA 3TAJA 5ITPA 3H06B 4YB6A 2NVUB 4HCYA 3U94A 3LR1A 2A5SA 3TODA 3MQ9A 1B4ZA 1AMFA 1H44A 1QJMA 4F22A 3CFLA 4EF2A 1XOCA 1I6QA 4GL8A 3M3LA 3FD3A 4OEVA 3SEVA 3O6GA 2DSFA 3VVFA 4G8MA 4LQ5A 5EYFA 4FJPA 3BBRA 4BDLA 1JETA 2IA4A 3G7WA 4BDQA 5ICTA 2I0BA 3ODBA 3K6VA 3H03A 3LSWA 3KJ7A 4MFIA 2Y7WA 3RN8A 3GLBA 2E0SA 2ZNSA 5AA2D 5K2YA 1BP5A 2DP8A 5DVIA 1YCJA 1B05A 1FW0A 3C33A 4KI0E 1M5CA 1LSTA 5K2XA 4TOZA 3PD9A 1B1HA 2Z22A 4GVOA 1QKBA 5ISUA 4LP2B 3PMWA 1MY0A 1QUIA 4NF5A 1DPPA 2V3UA 4QF9A 4EF1A 4L17A 1B3GA 2ZYOA 3W15C 2B3FA 1B52A 2VP1A 3T9VA 3MP1A 1SBPA 4RXLA 1A8FA 2ZYMA 4YZZA 5H8FB 1S9TA 1QULA 2ANJA 1NNPA 2XX7A 3G3KA 1Q35A 1A8EA 1MXWA 4YMAA 2HZKA 3RY3A 3E4RA 5J1DA 4M4GA 3T9HB 3GXAA 3V8XB 1VFDA 2XD3A 1SI0A 1QUKA 4ELQA 2F7AA 3RTFB 2DE3A 4YKIA 4GF8A 3K4UA 4OXVA 2RF1A 3ZKLA 3TTRA 4YU0A 1ATGA 3ECRA 4NTLA 4IY5A 2I0CA 4U4SA 4DLDA 4IGTA 3IORA 3MAMA 2XXRA 3K00A 5FHMA 2DWIA 1B5JA 2XD2A 3HV1A 4JWYA 5DT6A 2XXQA 4Q5TA 4KR5A 5I84A 4ELRA 4THIA 2XXIA 3HHFA 4H8IA 4NF6A 3N94A 2AL4A 5KDTA 3HCQA 3ILTB 4NWCA 4ZEKA 3H4ZA 2PMSA 1PB7A 1ZJLA 2UVGA 1PBPA 3KN8A 4XXUA 4OEUA 4OHNA 1TWYA 3HO7A 3Q29A 3ZSFA 1PB9A 2NUVA 1NH8A 2GHBA 3KN3A 5DEXB 4ZE9A 4F29A 1MPBA 4R74A 4MBPA 1JVYA 3KOTA 3N6TA 4PP0A 1GVCA 3UORA 4U22A 2DS9A 3OSRA 1SW5A 4U1ZA 1EH3A 3G3IA 5I2KA 5I58B 3DM0A 4U1OA 1FQCA 1D4NA 3OELA 2DVCA 1M5EA 4LA9A 4ELPA 1URDA 1A55A 4F39A 4EQ7A 2QMXA 4KQPA 2I48A 5I56B 1B5IA 1YTVA 4IY6A 3S2VA 1MY1A 2REJA 1ZU0A 4OVJA 4TLMB 1N3XA 2P0SA 1IIWA 1A7LA 1ZBMA 3JZJA 3CFXA 3DLNA 2DVZA 3VV5A 1IQ7A 2O1LA 3FGSA 4GXAA 4DCYA 3GZGA 2O6AA 3G3HA 5ITOA 4PETA 2ZYKA 3OEMA 3KJTA 2G29A 3KGCA 4Q0CA 4EDPA 1B3FA 2Q8JA 3TZAA 1N7WA 3FV2A 1MXUA 1BIYA 1MRPA 4WEPA 3K02A 4U21A 1FQDA 1AIVA 2UYFA 1MY2A 4QFPA 3VXBA 3K1MA 3O66A 3M3FA 3LSFB 5ELVA 1NFTA 2ZNTA 4LZ8A 5TPAA 4ZEDA 4MLQA 1BTJA 1MG1A 4JBZA 1H45A 1R9QA 2XHDA 1B9JA 4POXA 4H1XA 1NNTA 3KOSA 4DXBA 3K1PA 3SEYA 4KYSA 4KYEA 2Z8EA 4Q30B 4RY1A 4XKRA 2P2AA 3OO6A 4LZ5A 1VFEA 1Y3NA 3PUWE 2QRYA 4N13A 3M3KA 2XXYA 3T22A 5TP9A 4ZDMA 1LLSA 3OOAA 2OK2A 1BLFA 1MXVA 4RYAA 3Q28A 3E9XA 4ZEFA 5M2VA 3UP9A 2QS3A 1JQFA 4P11A 1SW4A 1NMUA 3SERA 3V83A 2AL5A 2Z8DA 1AH5A 3H6TA 1AL3A 4U2RA 3B7DA 2ONRA 4RPNA 2F35A 3DP4A 5CRYA 4N6PA 4NF4A 2PVUA 4Q8RA 3CSBA 1MY4A 2H5YA 3TTNA 3TCGA 1KWHA 1B7HA 2RC7A 5CMMA 1B7ZA 4FECA 4GLIA 4F3BA 3PPOA 2B3BA 1URSA 4K3FA 4JXIA 1LCTA 3T9XB 4G77A 3FVGA 1Y4TA 4G8NA 4IB2A 1NNKA 1R9LA 3OO8A 4O3CA 3DP8A 3GBBA 4DXUA 4NF6B 1IITA 1DTZA 4F1YA 1WDNA 5KCJA 3IAZA 3RT6B 3THIA 4YB7A 3VLVA 3PU5A 3UN6A 4DDDA 3OSQA 1USYE 3O9PA 4LQ2A 4C1TA 4F1VA 3SETA 3OXNA 3LUYA 1M5BA 4OFOA 2H25A 1PB8A 2REGA 1JVXA 3TELA 1SDXA 3QIMA 5F7VA 1EZOA 3RGYA 3UGWA 1URGA 1S7YA 3SEXA 1EU8A 1PC3A 4YKKA 1A40A 1D3KA 2FYIA 3Q26A 4RK9A 5BUUA 4MH5A 4GRKA 4X1DA 2VD2A 3RTWB 1SI1A 1ELJA 1POY1 1Y3PA 1XHYA 4RA1A 4X9TA 4F2QA 1ZMGA 5I2KB 5IAIA 1D9VA 3WAEA 1XVXA 1Y1ZA 1FQAA 2Y7KA 1I69A 5HM4B 1OLAA 2OLBA 4QSCA 4C1UA 5B70A 2F34A 2ALUA 2O51A 3UK4A 1IXIA 1O64A 2ZYNA 2VGQA 3I5OA 5L9OA 3TTKA 4G68A 1XT8A 3N6UA 3WAFA 1SYIA 2R9JA 3V89B 3IB2A 3FV1A 2O7UA 3AXFA 1B40A 2QJEA 2OWSA 4HS7A 4DE8A 1P1QA 2O68A 3PPPA 2FNCA 2GFEA 2I49A 4R2BA 4P0GA 3U72A 4DZ1A 2Y7IA 2PBWA 1RYOA 4UACA 5AA4A 1HSLA 4GWOA 3VXCA 5DYHA 5HPQA 2HEUA 2QS1A 1GTKA 1DTGA 4R9FA 1GV8A 1ZIUA 4IO3A 3OD7A 4KCDA 5H8NA 3PV0E 3UA8A 2OJTA 1P1WA 3T96B 2E1SA 1Z7ME 2P1SA 5TPAB 2W7YA 2H4IA 5JEIA 3O29A 3I3VA 4H65A 4PQJA 1ZKBA 4RK2A 5CBRA 4LATA 3LSLA 2VHAA 4OERA 1F9BA 5I57A 5CBSA 3QK6A 4NF8B 2RCAA 5DVJA 1B7UA 2M8CA 3KN7A 4R73A 3S9EA 4QHQA 4FORA 2I3WA 3MP6A 4HCWA 1OQHA 3HN0A 1XC1A 1MDP1 4YAHX 4ESXA 3FATA 2QSXA 1SD3A 3IR1A 4I8CA 3U93A 5ICQA 2F6PA 3N5LA 3Q27A 5AA2A 1LBCA 3MUQA 2DXYA 3UIFA 4YKJA 3ZKKA 3SDFA 2AIXA 3T66A 4YMBA 5CM6A 1SW1A 3CSGA 2A5TA 4NF4B 2HAUA 2VOZA 2F7CA 2X7PA 1GGGA 1H76A 3EHUA 4QSDA 4FATA 3QSLA 2XX8A 5JTYA 4TQUQ 5A5XA 4F3SA 3IO4A 3QUJA 3IOWA 3LSXA 5DTBA 1P1UA 4ZEBA 4XKNA 3S4UA 4Z7EA 2D21A 3MVXA 3QXMA 2QS2A 4KPTA 4N07A 1BKAA 4OMBA 1JW5A 4U4XA 5EHMA 4QFLA 2DWAA 3PUVE 3IOTA 4GQOA 3RUMA 4P0IA 1B51A 4NE4A 1L5TA 5KCJB 3VFJA 2RKMA 2I3VA 2Q9TA 4GFRA 2X7QA 2GHAA 2Y7RA 3H3GA 3FXUA 1LCFA 1MXXA 2Y84A 3C36A 3QYTA 4BLAA 4ZE8A 3E13X 3ILUB 3O6IA 4F1UA 5I2NB 1OLCA 3FJ7A 4XTCQ 1CB6A 4F19A 3BKIB 3FJGA 5H8SA 5DVFA 1LFGA 4NMYA 3SEWA 4F2OA 3A3UA 2PYYA 1B6HA 3FJMA 4M1VA 1OIBA 3CFZA 1UTHB 1FQFA 1IZ1A 4ND9A 3MVWA 1MQHA 1FTLA 1UQWA 3RNNA 4JSOA 1MS7A 4EUOA 1UIUA 3FVKA 1OQGA 3K2DA 4IO5A 4PE5B 5JK4A 1B1XA 1EZPA 5TU0A 1S50A 1P1OA 1B3LA 4R6HA 3U92A 2R71A 1N76A 3KEIA 2O84X 1PBQA 3O2AA 2Q88A 2HCAA 2HAVA 3KFMA 5FTHA 3OMBA 4GL0A 1MDQA 3HSTA 1IXHA 2NXOA 5AE4A 1OVTA 4G68B 1R1NA 3T9UA 3FXQA 3S9MC 3U1OA 4XKQA 5F1QA 3H6UA 5CI5A 3SEUA 3K6UA 4I1DA 4DIGA 3Q25A 4FAJA 3BFTA 1POTA 4C0RA 3TYHA 2Q2CA 1II5A 1SYHA 1HSEA 3P7IA 1I6BA 2DYXA 3C32A 3FXRA 4KCCA 4QFKA 4EQ9A 5I59A 1Y9UA 2ZMBA 2PT2A 5H8FA 5AA4B 3MBPA 1ZLQA 3H7MA 1YAEA 4Z0IA 1MQJA 4HW8A 1MXYA 2F78A 4BDOA 1H43A 3TQLA 4QFNA 1P1NA 3VVDA 1LFIA 4NF5B 4BDRA 5H8NB 1XS5A 2RCBA 1LAHE 1MM7A 2DE4A 3FVNA 2DE2A 2XX9A 2YPNA 4KYDA 3FASA 3MPLA 2HFBA 1B0HA 1AOVA 1A54A 4UA8A 1B58A 3MVZA 1MPCA 5HBCA 3TKDA 3K0VA 2F8DA 3RT8A 4FEBA 1Z7NE 4AQ4A 4WXJA 1I6AA 1N3WA 2DWJA 3EF7A 2PX1A 3MC2A 2ABHA 1PDAA 5CMCA 3OENA 1NH7A 2CZLA 4POWA 2O7IA 3BFUA 4FE8A 2RC9A 4ECFA 4LVQA 1B5HA 5AA2B 2LAOA 1FQBA 1NKXA 4WKMA 5DEXA 2D5WA 1Q1KA 3DELB 3EQ1A 4F3PA 2I4BA 3D4CA 5KDTB 1LAGE 5AA1A 4G68C 2XXUA 2A5TB 3CI8A 4OYVA 1FTJA 4LONB 4FEDA 3L6GA 1MQGA 3W9VA 4O3BA 5B7DA 2Q2AA 2QL3A 5A5XB 1H3DA 1FTMA 2UYEA 2QS4A 2UVIA 2OCUA 3IJXB 1JEVA 3C31A 2HXWA 2UXAA 3HPIA 2XXWA 3EHSA 2RC8A 3KBRA 5I56A 1N7XA 4PFWA 4NEDA 4H8JA 1LAFE 5H8QA 1LFHA 1Y1MA 4F3GA 4ESWA 4EXLA 4JSDA 1SW2A 3ONMA 2QPQA 3I6VA 3OO9A 1USYH 3CR9A 4FIMA 3S9LC 4GOTA 4DXCA 1Y4CA 3V5AA 3MJNA 1MH4A 3CG1A 4E0XA 1T0KA 3CG3A 4MF3A 4H6DA 3B6QA 4ONYA 4MLVA 3MP8A 3KSJA 5KZTA 4AB5A 3OO7A 4BDNA 2OZZA 3G3JA 1O63A 1US4A 2UVJA 1FTOA 4G8HA 3KG2A 4G4PA 2THIA 4OESA 1RYXA 3EN3A 5FTIA 3R26A 2H98A 3N26A 4RJZA 2F7BA 5IKBA 1QW0A 4PFUA 2ESNA 2V25A 1NNFA 2O69A 3K6XA 1LB8A 3C9HA 1YPNA 3IJOB 4OTEA 3TCFA 4R2FA 4GIZA 3L6HA 3PMVA 4R75A 4R9GA 2VD3A 3K01A 4R6YA 1WODA 4KHZE 2RINA 3C35A 5BWJA 3O28A 4NWDA 5EHSA 4XKPA 5I59B 3VDFA 3TEPA 4RNSA 4EQBA 4G2ZA 2WKYA 4QSEA 5CMKA 4O3AA 4OENA 3IB1A 5TP9B 3KSXA 5L9MA 4LUBA 4IO6A 1M5FA 4IO7A 1FCKA 2F5XA 2HZLA 3FIRA 4XIGQ 3KZGA 3ZS6A 1RKMA 2O1MA 3TMGA 4QFOA 1B32A 1O7TA 3MZ9A 1TFAA 2CMOA 3IOUA 5H8HA 1LB9A 3O6HA 1UTBA 3CVGA 1LAXA 1UIVA 4YICA 3PUYE 4OWDA 5AA3A 1D9YA 1DMBA 3FUZA 4OQOA 5CC2A 2F97A 1LGBC 1MM6A 2ONKE 3QAXA 1B3EA 1R6ZA 3MW0A 3PPNA 2V84A 1A99A 5LOMA 3R7XA 2PT1A 3B6WA 2OBGA 2Z23A 2AYSA 2F6GA 4ZS9A 3SESA 1FTKA 1MH3A 4ELOA 1HSJA 3H6WA 3C4MA 3LBSA 3H6VA 1B3HA 4H67A 2R6GE 2X26A 4JB7A 3DP6A 4OETA 4IGRA 4JWOA 3RLFE 4X1BA 1Y3QA 1DSNA 3R6UA 5FHOA 3M8UA 3IK6B 5L8DA 2FA7A 2I4CA 2V93A 3MVYA 2XXTA 3PPQA 2YLNA 2DXRA 4H5FA 1DPEA 2HQ0A 2XXXA 4YB5A 2GH9A 4F31B 1SVXB 2H99A 1PEBA 3U8QA 2OWTA 1B46A 4H0WA 2Z8FA 5H8QB 4RPOA 1N0TA 3F11A 1TT1A 3EPEA 3IB0A 3TQWA 1QUJA 1VSOA 3TTMA 1VR5A 4QRZA 2DQVA 3RPWA 1B4HA 4GD5A 3IOVA 2QMWA 2BJJX 3A3CA 1OMPA 2Q89A 3FVOA 3EHTA 3G3GA 4IO4A 3SKPA 3W9WA 2KLFA 1MQIA 4I62A 3B6TA 4H5GA 1TXFA 1LBBA 3K6WA 1SQYA 1NL5A 4YKPA 4ZEIA 2ONSA 3VLUA 1EZ9A 2XXPA 3IL1B 3D4GA 3RQTA 3HHGA 1IXGA 2ZNUA 1B2HA 3VVEA 3TTLA 3CRBA 1N84A 3FZVA 3MZBA 2XXHA 3IO6A 4F18A 4DCXA 1XVYA 4E0WA 1B0LA 3LC8A 1M5DA 4ZZEA 2NWJA 4U23A 1MXZA 4ISUA 3E3KA 1J1NA 2G93A 4NF8A 3PMXA 2UVHA 3PGFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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