1JQFA

Human transferrin n-lobe mutant h249q
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSQTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ligand variation in the transferrin family: the crystal structure of the H249Q mutant of the human transferrin N-lobe as a model for iron binding in insect transferrins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords TRANSFERRIN
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jqfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jqfA02
1MG1A 1GGGA 4JDFA 3MZBA 2XX8A 1UIVA 3EHTA 4H8JA 3S9EA 1IIWA 3VLVA 1LFIA 5CM6A 3B6TA 4U4SA 2REGA 2ALUA 1URDA 2CMOA 3G7WA 4GL8A 4KYEA 3G3JA 1QKBA 5EYFA 4H8IA 4IO7A 2ZNTA 1DMBA 2Q88A 2Q89A 1Y1MA 4F1YA 1USYE 2Z8DA 1B3EA 1EZ9A 3OSRA 1LLSA 2GHBA 3ZS6A 4U1OA 4F3PA 3MP1A 1MPCA 3U93A 4THIA 3U94A 4H67A 3K1NA 4NTLA 1DTZA 1B7ZA 4R2BA 3EHUA 4FEDA 1JEVA 3TCGA 3N6TA 2QS3A 3LC8A 4R75A 5CMMA 3DLNA 1LBCA 3TTMA 3VXCA 3UGWA 2O69A 2V93A 1A8FA 4KHZE 3QUJA 3MAMA 4YKKA 2XXVA 1B3FA 4UACA 4GIZA 5EHMA 3VLWA 1OQHA 1P99A 3EHSA 3TELA 1IQ7A 3DP6A 4QFPA 3RTWB 5ITPA 1I6BA 3G3HA 4JWOA 3MC2A 1NMUA 3T9XB 3FZVA 4ELPA 2DXYA 2F36A 2I4CA 3CG3A 3K4UA 2NXOA 5AA2D 2O7IA 4KI0E 4BDNA 2RC7A 1ZJLA 3H03A 1MXZA 3SEWA 4G68A 3IORA 4ZEKA 1R6ZA 3O28A 3T93B 3E4RA 1D3KA 4LA9A 4Z7EA 2OBGA 1P1OA 3UN6A 3IX1A 4POWA 1O7TA 4AB5A 4ELQA 5H8QA 1H76A 3MVZA 4YU0A 4O3AA 2QS2A 4ZE9A 3M3KA 4Q0CA 3IAZA 3I6VA 4TOZA 1DPEA 2QSXA 4R6YA 2RCAA 1R9QA 4H1XA 3SEVA 4G68B 3I3VA 3BFUA 1D9VA 4QF9A 5I84A 2Z22A 3V83A 3KZGA 3CG1A 4DIGA 5H8QB 4NEDA 2O1MA 4NE4A 3TQLA 3VDFA 4BDQA 1LB9A 4H5GA 3KEIA 5TPAA 3RY3A 1I6AA 1PB8A 3L6GA 4C1UA 3FV1A 3P7IA 3KOTA 3PUVE 5K2XA 1YCJA 5JEIA 1UTBA 4WKMA 1JVYA 3OO9A 3L6HA 3B6WA 4I62A 1MDQA 2AL4A 4WXJA 4XIGQ 3QK6A 2HAUA 2P0SA 1YPNA 5FHMA 4ECFA 4GLIA 4EXLA 4KR5A 4G2ZA 3S2VA 1WDNA 1GTKA 5I2NB 1CE2A 3G3KA 4MFIA 5LOMA 1MQIA 4HTGA 3B6QA 1UTBB 3U8QA 2Y7PA 2KLFA 5CRYA 4G8MA 4I1DA 4MLQA 1B5HA 1ZKBA 1FTOA 3N94A 2XD3A 1SBPA 2NWJA 3C9HA 4QFKA 5B7DA 2DWAA 1VSOA 2O7UA 2IEEA 2XXRA 5H8SA 4X9TA 4FAJA 4EF1A 4O3BA 1MQGA 1B7HA 3PMXA 3SEYA 3QYTA 4ND9A 4ZS9A 1D4NA 1XVXA 4EQ7A 2XD2A 1SW2A 3C32A 2HAVA 3MBPA 1MXXA 1B51A 1JETA 1NH8A 3A09A 3FGSA 4Q8RA 2ZNSA 3K2DA 2PYYA 3QAXA 3LBSA 3VXBA 1Q1KA 4WEPA 1B4HA 4HCYA 3KFMA 1BLFA 1XHYA 1OLAA 3R26A 5AA4A 3U92A 1JVXA 3RTFB 2Y7WA 4DXCA 4IY6A 3HHFA 4F2QA 2DS9A 3IOWA 2XX9A 3FJGA 3CFXA 2DE4A 3PD9A 2I6EA 4HW8A 1D9YA 2VOZA 2F35A 2HQ0A 1US4A 1B32A 1PBQA 3T96B 3OENA 2R6GE 2F6PA 3FASA 3TKDA 3MWBA 1MXUA 1FTLA 4YKIA 4F1UA 2DVCA 2XXYA 1USYH 4ELRA 4ELOA 4NF8A 5AA4B 2B3BA 3BBRA 3ZKKA 5DVJA 5J1DA 2UVHA 4OTEA 3K01A 1RYOA 3S9LC 2H98A 2NVUB 1FQAA 2ESNA 4RJZA 3RN8A 3IL1B 3E3KA 4E0WA 2ABHA 3HO7A 4X1BA 4ZEFA 3HPIA 2VD3A 4BDRA 1OQGA 1N7XA 1FQBA 3TDJA 4OESA 4RPOA 5F7VA 4R9GA 2CZLA 4DXBA 3TQWA 5CMKA 4NF8B 4LUBA 4F18A 3FXRA 1Z7ME 2ONSA 1Y3PA 3OD7A 1JW1A 2FYIA 2QS1A 4GXAA 4LP2B 3A3CA 1MM6A 3K02A 3IK6B 1P1WA 4LZ7A 3C34A 1Q35A 3T9HB 4OEUA 3K1MA 3TMGA 1PDAA 2DVZA 2XXUA 2Q2CA 2O84X 2V3UA 3TEPA 1FCKA 2ZYMA 4FATA 3Q27A 2YLNA 4GL0A 3UA8A 1NNKA 3MP6A 4H6DA 5CMCA 4QFOA 2UVJA 3JYRA 4IGRA 2PMSA 3IOTA 4EQ9A 4QHQA 1L5TA 5IKBA 4LZ5A 4ZEBA 3CIJA 1MXVA 4KCCA 1MH4A 1N76A 4U1ZA 3GBAA 4OZ9A 1B52A 4H0WA 1OIBA 1AL3A 4PFWA 2F34A 4NWCA 2F78A 3IB0A 3VVFA 2V84A 1Y3NA 2Q2AA 1LB8A 3QUFA 3U72A 3PPRA 3OEMA 2F7CA 3KSJA 1B0HA 4X48A 4G68C 3LSXA 4FJPA 3MP8A 3PPPA 4IO2A 3UIFA 5ELVA 3V89B 4TLMB 4NF4A 2UXAA 3H6VA 4DXUA 3PGFA 2F5XA 1JQFA 3MVXA 1CB6A 2OWTA 1S50A 4FECA 4I9DA 1MH3A 1MY0A 4ZZAA 3THIA 3K00A 1Y3QA 3KGCA 5I56A 1VR5A 4FORA 1LCTA 3UP9A 4F3SA 1XC1A 3H6TA 4RPNA 4IO5A 4OETA 4ZDMA 2DE2A 2RC9A 2OZZA 1NNFA 1F9BA 1M5FA 4R6HA 3VE1B 5I59A 4R6KA 4QFNA 4NF4B 5FTHA 4F2OA 3FJMA 3RT6B 1SW5A 1AOVA 1ZTYA 1B3LA 3MW0A 1ZMGA 1LAHE 2I4BA 1BKAA 3V5AA 3W9VA 5I56B 3MZ1A 3W15C 4LQ2A 2Y7KA 1TXFA 4EUOA 1FQCA 3BFTA 1AH5A 4GD5A 3TTRA 1JW4A 3OO6A 1M5EA 3PUXE 4TLLB 3GZGA 2DP8A 3ECRA 2PVUA 1PC3A 2LAOA 2RINA 4OFOA 1KWHA 1IXIA 3JZJA 4LATA 3JV9A 4GF8A 4C1TA 3QSLA 3DP4A 3FXUA 5F1QA 2AIXA 3KSXA 1MM7A 2X7QA 3SDFA 3IB1A 3TPAA 3T22A 4PFTA 4PFUA 1SI1A 3K6VA 4PE5B 2RF1A 1P1NA 2R9JA 3FUZA 3FVNA 1DPPA 3M3FA 3PD8A 3PU5A 1ZU0A 2XXQA 2O1LA 3CSBA 2Q8JA 1YAEA 1N0TA 2O6AA 1IITA 5DTBA 1LAFE 4RK9A 2XXXA 2UVGA 4KYSA 5I58A 4PQJA 4OXVA 5I2KA 4RK2A 4QFLA 4Q5TA 3RQTA 1Y20A 4NF6A 3USDA 1SQYA 4NF5A 3PPQA 4N13A 3H6UA 2H25A 3VLUA 4OFJA 4YAHX 4DCYA 2D5WA 2HXWA 4IO3A 1AIVA 3O9PA 3TYHA 4BLAA 5KDTA 2F97A 4U4XA 4PETA 1SDXA 3H06B 4JXIA 1JW5A 4JWYA 3DM0A 4F3BA 1S7YA 3CFLA 3MPKA 2PX1A 3V8XB 3W9WA 1I69A 2RKMA 3OMBA 1B1HA 5CBSA 2FNCA 2XXWA 2UYFA 4NF6B 1QUKA 1MY2A 5BWJA 4R9FA 4NF5B 4POXA 4RNSA 4GFRA 4N07A 4F3GA 1N3WA 4KYDA 5KDTB 1Z7NE 5K2YA 3IR1A 4G4PA 4TQUQ 4FEBA 1MPBA 4IO4A 2F6GA 2XXPA 4YKPA 4F22A 1FW0A 5TPAB 3CFZA 3KOSA 4Z0IA 4H5FA 2G93A 2ONRA 1XVYA 4GVOA 5TP9A 2THIA 1M5BA 3OO8A 1OVTA 4OFLA 5AE4A 4BDMA 4ZE8A 4KCDA 3LSFB 3TCHA 1TFAA 2YJPA 1TFDA 3GBBA 4F39A 2D21A 4OERA 3QIMA 1LAGE 4KPTA 1B5JA 5B70A 5TU0A 4F31B 2V3TA 5AA2A 3TFLA 1B7UA 4EXKA 1ANFA 4OQOA 4XKQA 4C0RA 3LR1A 3EF7A 1IXHA 2HEUA 5I57A 5A5XA 5M2VA 2GFEA 2HZLA 4AB6A 4GXSB 2Z8FA 4P11A 3U1OA 2DSFA 4XKNA 1PEBA 3Q25A 3ODBA 5FHOA 4MF3A 4JBZA 3TTNA 1AMFA 3O6GA 1A7LA 3DELB 2ZYKA 2Y7RA 4QSEA 1B58A 2VGQA 1N3XA 3SETA 1MY1A 1VFEA 2P2AA 1DTGA 3SEXA 3T66A 5I57B 5CC2A 4KD5A 4ESWA 1RYXA 5DVFA 5EHSA 1A55A 3C4MA 3O97A 3HHGA 3MJNA 2I3VA 3PMWA 3OO7A 2YPNA 2DQVA 2WKYA 2OWSA 2AYSA 2HZKA 1B40A 2W7YA 4L17A 1MPDA 4FE8A 1ZIUA 2NUVA 1FQEA 3MQ9A 3S9NC 3TZAA 4P0IA 1SI0A 3IOVA 3OOAA 3ZKLA 4IGTA 1US5A 4OENA 1UTHA 3B7DA 4GRKA 3N26A 1B2HA 3WAFA 3ONMA 3SKPA 4G8HA 3SEUA 1H45A 2DOJA 1H44A 3VVEA 3N6UA 4M4GA 3O6IA 2A5SA 4DLDA 3H6WA 4YB7A 3HSTA 2XXHA 3T9UA 1HSJA 1EZOA 1NNTA 3CSGA 3LSWA 4P0GA 4DDDA 3H7MA 3RGYA 2Y7IA 3TODA 3CVGA 4RXLA 4ZEIA 1B4ZA 3Q26A 3D4GA 3S4UA 2F8DA 4HS7A 2DWIA 2XXIA 1QUIA 1YTVA 2VD2A 3KJTA 3GLBA 3I5OA 5JK4A 3PV0E 1GR2A 5ITOA 1XOCA 3G3GA 4FIMA 4G77A 4YICA 4DCXA 3M3LA 4IY5A 2DE3A 1BTJA 4PP0A 2NOOA 4ISUA 3AXFA 1MXWA 3MVYA 2DXRA 2ZXTA 4MH5A 3KG2A 1BIYA 2ONKE 1BP5A 2P1SA 2VP1A 2QMWA 1LSTA 4GWOA 3BKIB 1UIUA 3ZSFA 1Y9UA 1IXCA 3R7XA 3IJXB 1O63A 2BJJX 3QXMA 2IA4A 4UA8A 1P1UA 1B1XA 3K1PA 3UK4A 1A54A 3HCQA 3IJOB 3FJ7A 1MQJA 3FIRA 3TUSA 3UORA 1MS7A 3VV5A 3RT8A 4MBPA 2XX7A 3C31A 1URSA 3D4CA 4XTCQ 4EF2A 5ICQA 5H8NA 3EPEA 4IB2A 4R72A 1MDP1 3OSQA 2I0CA 1EH3A 2H9BA 1FQDA 2F7AA 1QJMA 3PPOA 4YKJA 3TTKA 2Q9TA 1PB9A 4KFQA 1B0LA 1A8EA 2ZNUA 2RC8A 5FHNA 1POTA 2O68A 2HCAA 1FQFA 3OELA 3S9MC 3HN0A 1MQDA 3K6UA 4YB5A 1B3HA 4F19A 1RKMA 5H8NB 4OMBA 3G3IA 1MY3A 1LFHA 3DP8A 3RNNA 2I3WA 4RY1A 1XS5A 2ANJA 1LCFA 2FA7A 2I0BA 3IO6A 4LZ8A 1SW4A 1R1NA 4GQOA 5I59B 4OVJA 4LONB 1DOTA 1NFTA 1OVBA 5L9MA 1ATGA 5JTYA 1Y4TA 1URGA 5DVIA 3O6HA 4I8CA 1SW1A 3M8UA 2E1SA 4DE8A 1B3GA 2OJTA 3C35A 2RCBA 5AA1A 4U21A 4QSDA 4YZZA 1ELJA 3ILUB 4WEDA 5KCJA 4YMBA 4IO6A 1H3DA 4JSDA 5JTYB 3IO4A 4F29A 2H4IA 3EN3A 4N6PA 4ONYA 1NL5A 3OEKA 1SD3A 3VVDA 3K0VA 1EZPA 1JNFA 4OEVA 1SYHA 3PPNA 3FXQA 1ZBMA 1DSNA 1II5A 2DYXA 1A99A 2M8CA 5HBCA 3H3GA 5HM4B 3FVKA 2E0SA 2X26A 4E0XA 3N5LA 5FTIA 2O51A 1B9JA 3LSLA 5KCJB 2GH9A 3WAEA 5DT6A 4OWDA 1LBBA 5CBRA 1N84A 1WVJA 1QW0A 3O2AA 2DWHA 4BDOA 1HSLA 1B46A 1I6QA 5ICTA 2I58A 5I58B 3FVOA 2Z8EA 5I2KB 2AL5A 4PFYA 3E9XA 4YMAA 5HPQA 1IZ1A 1O64A 1NNPA 4QSCA 3CRBA 2VHAA 3MZ9A 4G8NA 3LUYA 1LAXA 4U22A 1PBPA 4U23A 1OLCA 1Y4CA 5I2NA 3H4ZA 4DZ1A 1WODA 4HCWA 5CMBA 1MQHA 1N04A 1NH7A 2D3IA 1GVCA 3FVGA 3KBRA 1MY4A 3F11A 4QRZA 3SESA 4XXUA 2R71A 3O29A 2B3FA 3GXAA 3RUMA 4LVQA 4JB7A 2Z23A 1XT8A 1MRPA 2GHAA 2B65A 4YB6A 1B05A 4X1DA 4OHNA 2ZYOA 2GRVA 3Q28A 5BUUA 3MVWA 4MLVA 1IXGA 2V25A 1R9LA 2XHDA 2ZMBA 4F1VA 2QJEA 3PUYE 1VFDA 3MPLA 4Q30B 1SYIA 5TP9B 3CR9A 2QMXA 1LFGA 1POY1 4M1VA 3RPWA 4AQ4A 5H8HA 1UQWA 1S9TA 3FD3A 3HV1A 4RA1A 2Y84A 1GV8A 2QL3A 4R74A 3KN7A 2I49A 2OK2A 2PT1A 2F7BA 3O66A 1QKAA 3R6UA 1J1NA 2OLBA 1FTMA 5AA2B 2QRYA 2V3QA 5ISUA 3CI8A 2PT2A 5L9SA 4K3FA 2HFBA 5H8HB 4JSOA 2QS4A 1T0KA 2OCUA 1P1QA 3K6XA 4R2FA 1M5CA 3A3UA 2REJA 2H5YA 5A5XB 2H99A 1QVSA 5H8FA 1FTJA 4R73A 2UVIA 1EU8A 3PMVA 4ZEDA 3VFJA 3FV2A 3TTLA 1M5DA 3OXNA 5IAIA 4OYVA 3G3FA 5L8DA 2A5TA 5L9OA 1TT1A 3PUZE 5AA3A 1Y1ZA 4XKRA 4KQPA 4EDPA 4O3CA 5H8FB 1N7WA 1IEJA 1QULA 4RYAA 3TCFA 1VE4A 3KN8A 4ZZEA 1ZLQA 1NKXA 3ILTB 2A5TB 3RLFE 4ESXA 4LQ5A 1IUDA 3K6WA 1MXYA 4H65A 2UYEA 5DEXA 1B5IA 1UTHB 3TAJA 3EQ1A 2QPQA 4NMYA 1HSEA 2PBWA 3KN3A 4U2RA 5KZTA 1QUJA 1TWYA 1A40A 3IOUA 1SVXB 3C33A 1LGBC 2G29A 3Q29A 4ZECA 4EQBA 2DWJA 3SERA 2I48A 3T9VA 2X7PA 3FATA 5DYHA 4GOTA 3E13X 3IB2A 4JWXA 1B6HA 1H43A 3PUWE 5CI5A 2ZYNA 1JEUA 1OMPA 4BDLA 3C36A 1FTKA 3KJ7A 5DEXB 1PB7A 4NWDA 4XKPA 3MUQA 2XXTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MG1A 4N8GA 1GGGA 4JDFA 3MZBA 2XX8A 2V4CA 1UIVA 3EHTA 4H8JA 1NUWA 3S9EA 1IIWA 3VLVA 4MNCA 1NV3A 1LFIA 5CM6A 3B6TA 4U4SA 2REGA 4P56A 2ALUA 1URDA 4OA4A 2CMOA 3G7WA 3A29A 4GL8A 4KYEA 3G3JA 1QKBA 5EYFA 4H8IA 4IO7A 2ZNTA 1DMBA 4GX3A 1IMEA 2Q88A 2Q89A 4MNIA 5DW8A 1Y1MA 4F1YA 1NV1A 1USYE 2Z8DA 1B3EA 1CNQA 1EZ9A 3OSRA 1LLSA 2GHBA 3ZS6A 4U1OA 4F3PA 3MP1A 1MPCA 3U93A 4THIA 3U94A 4H67A 3K1NA 4NTLA 1DTZA 1B7ZA 4R2BA 3EHUA 1RDYA 4FEDA 1JEVA 3TCGA 3N6TA 2KQZA 4NAPA 2QS3A 1YZ0A 3LC8A 4R75A 5CMMA 3DLNA 1LBCA 3TTMA 3VXCA 3UGWA 2O69A 2V93A 1A8FA 1DBZA 4KHZE 1NV4A 3QUJA 3MAMA 4YKKA 2XXVA 5IZ1A 1B3FA 4UACA 4GIZA 5EHMA 3VLWA 1OQHA 1FSAA 1P99A 3EHSA 3TELA 1IQ7A 3DP6A 4QFPA 1G0HA 3RTWB 5ITPA 2WX9A 1I6BA 3G3HA 4JWOA 3MC2A 4MCOA 1NMUA 2OX3A 3T9XB 4DI4B 2ZZXA 4HXVA 1IMCA 3FZVA 1INPA 4ELPA 2DXYA 2F36A 2I4CA 3CG3A 3K4UA 4FBPA 2NXOA 5AA2D 2O7IA 4KI0E 4BDNA 2RC7A 1ZJLA 3H03A 1MXZA 3IFAA 3SEWA 4G68A 3IORA 4ZEKA 1R6ZA 3O28A 3T93B 3E4RA 1D3KA 4LA9A 4Z7EA 2OBGA 4GWXA 1P1OA 3UN6A 5FBPA 3IX1A 4POWA 1O7TA 2HPGA 4AB5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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