1JVYA

Maltodextrin-binding protein variant d207c/a301gs/p316c with beta-mercaptoethanol mixed disulfides
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
369
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNATDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGGSVALKSYEEELAKDRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystine: Fibrous Biomolecular Material from Protein Crystals Cross-linked in a Specific Geometry
pubmed doi rcsb
molecule keywords maltodextrin-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 123
structure length 369
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jvyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jvyA01
4Q0CA 3TAJA 3LBSA 1HSJA 3TTNA 1FW0A 3EHUA 3PU5A 3RY3A 3RTWB 5TP9A 4FIMA 4U1OA 3LUYA 4ELRA 4R9FA 4PE5B 5I57B 4LP2B 3CFXA 4QFKA 3CSGA 2VGQA 4IO2A 4OERA 4QRZA 3G3GA 4OZ9A 3SKPA 3USDA 4F19A 1EH3A 2GH9A 5I57A 1A99A 1VFEA 3OO8A 2LAOA 2DE3A 3MP6A 4YU0A 1N04A 2HFBA 2DVZA 4IGRA 2NXOA 2QJEA 1AH5A 1S7YA 2O51A 2V3QA 1JW5A 1M5BA 3KN8A 4Q5TA 3R7XA 2E0SA 3QSLA 3C9HA 4LA9A 2FYIA 3P7IA 3GZGA 2Y7PA 4NF4B 1D9VA 1Z7NE 2DYXA 4ZZAA 3ZKKA 1M5EA 2ONSA 2VD2A 4QSEA 3RNNA 3U92A 2I0CA 1N7XA 2AL4A 3IORA 4DCXA 3RTFB 1R9LA 3FVGA 4R74A 3OOAA 4ESXA 2X7QA 4YKPA 4ZECA 3EHTA 4OENA 4QFPA 3FD3A 1HSEA 4OEUA 1JW1A 3KEIA 3PV0E 3DLNA 1ZKBA 1J1NA 1US5A 1PBPA 3I6VA 3PGFA 4HTGA 4F1YA 5AA4B 4EF2A 1H76A 1UQWA 3Q28A 1B7ZA 5L8DA 2ZYOA 1L5TA 1IZ1A 3AXFA 2H99A 5FHOA 2DP8A 1PBQA 3IOVA 3FXUA 5AA4A 1NH7A 4EQ9A 3L6GA 4I9DA 1JVXA 2XXPA 1CB6A 1B3HA 1P1NA 1P1UA 2UVGA 3SEXA 5L9MA 1YCJA 1EU8A 5CBRA 2QS3A 1VE4A 4RPOA 4TQUQ 4GLIA 2VHAA 2X26A 1AMFA 4BDLA 2DWJA 3Q29A 2HCAA 3K1MA 1UTBB 2RCBA 2Q2AA 4RA1A 1SW2A 4LZ8A 3CG1A 1FQFA 2ONKE 3K6UA 2R71A 3T93B 1BIYA 4O3AA 1UTBA 4G77A 3H6UA 4GWOA 3GBBA 4NF5B 3CI8A 5I84A 3CSBA 4KI0E 3HCQA 1XT8A 1NNKA 3KN7A 3V89B 1TT1A 2Y7KA 5H8NB 3G3FA 3I3VA 3PMVA 4ELPA 3RT8A 4LQ5A 3FVOA 2QRYA 3K01A 3F11A 4YZZA 1WDNA 3EQ1A 4I62A 1MDQA 1IXGA 3MVXA 3DP8A 4U4XA 1CE2A 2OK2A 2QSXA 3VLWA 4P11A 3KOSA 4GL8A 1PB8A 3PPNA 3IK6B 4XKPA 2OWSA 2V3TA 3A3UA 1SYHA 3C4MA 3S9LC 1M5DA 3B6TA 1B9JA 3OO7A 5H8QB 4PP0A 2Q8JA 4DE8A 1SW1A 2PX1A 3IX1A 3LSWA 1OLCA 3M8UA 1FCKA 1N3XA 3KJ7A 4Q30B 4GFRA 4BDNA 5H8QA 1A7LA 3FGSA 1A40A 2O6AA 4DCYA 3QUJA 3TTLA 3Q25A 1ZTYA 4PFWA 1MY4A 1WVJA 1B4ZA 4THIA 1GR2A 4OEVA 5FTHA 1VSOA 4UACA 3CFZA 2Z8DA 3C31A 3R26A 3W15C 4I1DA 3O29A 1XHYA 3QIMA 4KCCA 3G3JA 1P1OA 3TCHA 1Y1ZA 3K6WA 1QULA 4F1VA 4KD5A 1MPCA 5ICQA 5L9OA 3C33A 1USYE 1EZ9A 3D4CA 4AB5A 4YKIA 2G93A 4E0XA 4IO5A 1Q35A 2ZYNA 1LCTA 2R6GE 4NF6B 1N3WA 2H25A 4ISUA 1DTGA 4H67A 4AQ4A 1GTKA 1BLFA 4ZDMA 4FORA 3TELA 3HHFA 1O64A 3LC8A 1PDAA 1LAXA 4WXJA 2PBWA 1OQGA 3IJXB 2DS9A 3TCFA 3H6WA 1R1NA 2UVJA 3V83A 2DE4A 1MS7A 3MW0A 3K6VA 1H3DA 1Y4CA 3KG2A 3GXAA 3OO9A 4GL0A 3OO6A 3BFTA 4I8CA 3C36A 4M4GA 1BKAA 3UGWA 1B6HA 3IB2A 3EPEA 4XTCQ 1AL3A 4OXVA 2XX7A 1N84A 3CG3A 3FXQA 4OVJA 1UTHB 1FQAA 1POY1 3W9WA 2Y84A 5B7DA 2QS1A 1P1QA 4KR5A 3MPKA 4EF1A 4KYDA 1QKAA 2I48A 3S9NC 3G3KA 5EYFA 3RLFE 3IOUA 1SW4A 1NMUA 1B0LA 4GF8A 5FHNA 1AOVA 5HBCA 5K2XA 4FEDA 3C32A 5K2YA 3FJGA 5DEXB 5J1DA 4F29A 1FQEA 3IO4A 4G68A 4NWDA 3N5LA 3K00A 3PPPA 5I56B 4HCWA 4YB6A 2GHAA 5BWJA 3KZGA 3M3LA 4O3CA 4G8NA 2I3WA 2NVUB 1ZJLA 4Q8RA 3T22A 4YMBA 2I49A 3SEUA 4R6HA 4ND9A 5I56A 2H98A 3HO7A 4BDMA 4LZ5A 5IKBA 2Z23A 2AIXA 3TCGA 3PD8A 1Q1KA 1MPBA 4RK9A 4H65A 2PT2A 2B3BA 1RYOA 4NEDA 2GFEA 3H6VA 3OELA 5ISUA 1MXZA 4F3SA 4F3GA 1SI1A 2F7AA 3MVWA 3BBRA 1FTMA 4R9GA 1PC3A 3M3FA 4WKMA 1ZIUA 4JB7A 4N6PA 3H6TA 3UP9A 2Y7IA 5I2KB 1Y4TA 2P0SA 1D9YA 5JK4A 2XXYA 3IO6A 1Y9UA 4LATA 1FTOA 3ZS6A 1IXCA 1IXHA 3HSTA 5I2KA 3VVFA 1KWHA 3WAFA 3T66A 4GRKA 1NNPA 4U23A 4ELQA 4OESA 5TU0A 2ZYMA 3KSXA 3VXBA 3FUZA 3Q27A 3K1NA 1LBBA 1MY0A 2XXIA 2RCAA 4DIGA 4H5FA 2V3UA 5F1QA 2XXXA 1R9QA 1YPNA 4O3BA 3SEYA 1DPEA 2RC9A 1ELJA 4JWYA 2Q9TA 4OETA 1ANFA 2QMWA 5AA3A 2IEEA 4LQ2A 2O1MA 1JW4A 1P99A 5CMMA 3TFLA 4LONB 3N6TA 1OMPA 1D3KA 2OJTA 4XKRA 3TQLA 3DELB 1A8FA 1I6BA 1IEJA 4DXCA 3PUZE 1MPDA 1BP5A 1HSLA 1JEVA 1MY3A 2O69A 3RT6B 5FHMA 2AL5A 4YKJA 2UVIA 1MM7A 2CZLA 3DP6A 3A3CA 3FVKA 4F18A 4RY1A 5I2NB 1DOTA 4ZEFA 3KGCA 4U4SA 2RKMA 4RK2A 1POTA 4R73A 2I3VA 5I2NA 1I6AA 2H5YA 4QSCA 2W7YA 5KCJB 3LSLA 1B7UA 4QHQA 4POWA 3FXRA 1MXXA 4H6DA 3OSRA 5AA2D 1DTZA 4GXAA 4IY6A 3HV1A 4PQJA 3KFMA 5KCJA 2QS4A 2Y7WA 3ECRA 4MBPA 1SYIA 1A8EA 3UA8A 4OYVA 3OEMA 1B3EA 5I59B 4JDFA 5DVJA 3KBRA 3PD9A 1LAFE 1URSA 4F2QA 2KLFA 3H03A 4RXLA 2X7PA 1QKBA 1LLSA 2CMOA 5I59A 1MRPA 1PEBA 2I4BA 4MLVA 3FJ7A 3U93A 3FASA 1FTLA 1H45A 4MLQA 3OEKA 1N7WA 1XC1A 1ZBMA 4DLDA 4P0IA 1MXYA 2OBGA 2F36A 1I69A 1LFGA 2GHBA 3MUQA 3MP8A 1QJMA 3H06B 2ZNSA 3O28A 2XD2A 4ZEBA 5CRYA 3IR1A 3PMWA 1O63A 3U1OA 5TPAA 2HQ0A 3RPWA 2DWAA 4DXBA 2AYSA 2PYYA 2Z8FA 3TKDA 4IO6A 4PFYA 3A09A 3VVDA 3MJNA 4U1ZA 3IB0A 3Q26A 4KYEA 1B4HA 4IO3A 1MM6A 4OFOA 5BUUA 4X1DA 3VLUA 3SEVA 3RUMA 4IY5A 5FTIA 5JTYA 4MF3A 4LUBA 3TTMA 2BJJX 3PPOA 4F3PA 1H43A 4RJZA 3PUXE 3TDJA 4MH5A 2V93A 3HN0A 5ICTA 5EHMA 2XXVA 1OVTA 2NUVA 1NNTA 3MBPA 2I0BA 3O6HA 1B3FA 4GVOA 2RINA 1QUJA 3THIA 3CFLA 1DSNA 1TXFA 1FTKA 3VLVA 1MXVA 2F34A 3JZJA 2HZKA 2H9BA 4XIGQ 1Y1MA 2QPQA 4TLMB 4ECFA 4M1VA 1B5HA 3UIFA 4KFQA 4GXSB 2Z8EA 1SBPA 2XX9A 3V5AA 4PFTA 2REJA 4NTLA 3QYTA 1S9TA 1Z7ME 4F1UA 3B6WA 3K6XA 1JETA 4R6YA 1FQDA 2PMSA 2NWJA 1JQFA 4KCDA 3VVEA 1URGA 2OLBA 1YTVA 2V25A 3H3GA 3TZAA 5AA2A 5H8FA 2O84X 4JBZA 1B5IA 1UIUA 2ESNA 3PUWE 2F5XA 3TTRA 2WKYA 1FQCA 4XKQA 1SI0A 3MQ9A 2F35A 3OSQA 1IQ7A 4EUOA 3O6GA 4KYSA 1RKMA 3PMXA 4G8MA 3PUYE 1NH8A 2ZNTA 3PUVE 2Q89A 3SESA 4G68B 5B70A 2VP1A 4R2BA 4C1TA 4UA8A 3T9XB 4IGTA 3K4UA 4XKNA 2XXTA 4ONYA 2XD3A 3KJTA 3B7DA 4OFLA 4KPTA 3IB1A 4IO4A 3EF7A 3PPQA 1IXIA 5IAIA 2IA4A 1ZLQA 3KSJA 4ELOA 3SDFA 4DDDA 3MZ1A 1USYH 3S9EA 2ALUA 5CMBA 3U8QA 2Q2CA 4P0GA 3JV9A 3VDFA 4EQBA 4GIZA 3ILUB 3U94A 1LFHA 3MZ9A 2DXRA 4X1BA 1QVSA 3WAEA 1NFTA 2B3FA 2QL3A 2RF1A 2DOJA 2OCUA 2HXWA 1SVXB 4ZEDA 4MFIA 4OMBA 3O66A 2RC8A 2UVHA 4NF8A 1SDXA 1MH3A 1VFDA 3S9MC 1JNFA 5I58B 3CVGA 1DMBA 3RGYA 4EDPA 2RC7A 2YLNA 1MG1A 4RYAA 2F7BA 3T9HB 1MH4A 3E4RA 4QFOA 3TUSA 4YKKA 3O97A 5I58A 3QUFA 1P1WA 1OQHA 3TEPA 4ZE8A 3SEWA 4DZ1A 1VR5A 1FTJA 4R6KA 2YJPA 3G7WA 2THIA 3T9VA 4F22A 1Y3PA 4GQOA 3IL1B 2DXYA 4IO7A 4WEDA 4H1XA 4C1UA 3TPAA 1NL5A 3HPIA 4HS7A 1B7HA 1LB8A 4XXUA 4EQ7A 1MQIA 4POXA 2REGA 4QFNA 4YAHX 1MQGA 3RQTA 4YMAA 5CMKA 1MQJA 1B2HA 3OXNA 4X9TA 5ITPA 4GOTA 4ZEKA 3T96B 4PETA 1XVYA 3VXCA 1B58A 1XVXA 3QXMA 1M5CA 5DTBA 5EHSA 4F31B 1ZU0A 4IB2A 3N26A 2ZYKA 3IAZA 4G4PA 1UIVA 2XXRA 1MXUA 5CMCA 4N07A 4ZS9A 2F6GA 1TWYA 5DYHA 4LZ7A 5CC2A 4NF4A 3M3KA 1XS5A 5DVFA 4EXKA 2M8CA 1A55A 3G3IA 4OTEA 1LSTA 5H8SA 3TODA 4G68C 2D21A 4HW8A 2DQVA 4JXIA 4KHZE 3TMGA 5M2VA 4ZEIA 1M5FA 2XXUA 3MPLA 1MQHA 2DSFA 3CR9A 3RN8A 3GBAA 1F9BA 5L9SA 1GGGA 2QS2A 3MVYA 4U2RA 4QF9A 1LB9A 1TFAA 2F78A 1I6QA 1N0TA 1IUDA 1B51A 4NE4A 4YICA 1RYXA 3O6IA 3O9PA 1MDP1 3GLBA 2FA7A 3MWBA 4H8JA 4QFLA 2A5TB 4BDRA 5AE4A 4BDQA 4DXUA 3BFUA 3TYHA 3K1PA 2VOZA 3UN6A 4R72A 2A5TA 4JSDA 1NKXA 4RPNA 1SD3A 4G2ZA 2OWTA 2ONRA 2XXHA 4TLLB 5DT6A 1MY1A 4FEBA 1B05A 3OMBA 4AB6A 2Y7RA 5KDTB 3TTKA 2O7UA 3MAMA 4R75A 1A54A 2YPNA 2DWHA 1ZMGA 4X48A 5KDTA 4LVQA 3R6UA 4NF5A 2E1SA 4R2FA 3EHSA 4WEPA 5ITOA 5TPAB 4TOZA 3FVNA 1B1XA 3O2AA 5H8NA 3V8XB 1B3LA 3IOWA 3LSXA 1DPPA 5KZTA 3H7MA 1PB7A 1OIBA 4C0RA 2D5WA 1YAEA 2F7CA 3BKIB 3ODBA 4H8IA 2G29A 4EXLA 2PVUA 4OWDA 1B40A 3SERA 1B3GA 3N94A 1GV8A 5A5XB 1XOCA 1B1HA 4OHNA 3SETA 3ZSFA 1B32A 3DM0A 5JTYB 1TFDA 5CM6A 3K02A 1MXWA 5HPQA 5A5XA 2XX8A 3S4UA 1IITA 1QUIA 1B52A 2NOOA 2HAUA 3I5OA 1JVYA 4N13A 5F7VA 1LAHE 4NWCA 1IIWA 2ABHA 3QAXA 4HCYA 1EZPA 1ATGA 4G8HA 4FAJA 3CIJA 2D3IA 3FV2A 3ONMA 2H4IA 2UYEA 3IJOB 1WODA 3FV1A 4ZE9A 2XXQA 1SW5A 2DE2A 2ZXTA 3OD7A 4QSDA 2XHDA 3FIRA 3UORA 2Z22A 4JWXA 2I4CA 4FJPA 4ESWA 1T0KA 3JYRA 1R6ZA 1LFIA 3TQWA 2OZZA 2QMXA 5HM4B 1PB9A 3HHGA 1D4NA 2O1LA 3E13X 4F39A 3MP1A 1LBCA 1MY2A 3G3HA 3FZVA 4FECA 1O7TA 2VD3A 2ANJA 3ILTB 4L17A 5DVIA 5JEIA 1GVCA 3PPRA 1US4A 3LSFB 3KOTA 3C35A 4FE8A 3S2VA 4JWOA 4OFJA 2F8DA 2V84A 4KQPA 4RNSA 4K3FA 1FQBA 2UXAA 4NF6A 3DP4A 2A5SA 4OQOA 1II5A 3D4GA 3FATA 5AA2B 5H8FB 4NMYA 3U72A 3MC2A 1BTJA 3K2DA 2HZLA 2F97A 1Y20A 1B46A 5ELVA 5H8HB 3N6UA 1LGBC 4GD5A 3IOTA 3FJMA 2O7IA 4U21A 5AA1A 4PFUA 2GRVA 5CBSA 1Y3QA 1B0HA 4YB7A 5H8HA 3OENA 2Q88A 1EZOA 5CI5A 1QUKA 4ZZEA 3W9VA 3T9UA 3UK4A 1Y3NA 2XXWA 4F3BA 3H4ZA 3ZKLA 1S50A 3KN3A 4Z0IA 1UTHA 2DWIA 3LR1A 4YB5A 2P2AA 2UYFA 2ZMBA 3VV5A 4BDOA 2I58A 2HAVA 2I6EA 2B65A 2F6PA 4F2OA 1LAGE 1OVBA 5LOMA 2P1SA 2HEUA 3B6QA 3E3KA 2ZNUA 4E0WA 1LCFA 2PT1A 1JEUA 2O68A 3MVZA 4BLAA 5DEXA 4H5GA 4Z7EA 4H0WA 1URDA 3MZBA 3EN3A 3VFJA 1H44A 1OLAA 3E9XA 4NF8B 2FNCA 4FATA 1SQYA 4U22A 1B5JA 1AIVA 3CRBA 4JSOA 1NNFA 2DVCA 3QK6A 3L6HA 2R9JA 3C34A 1N76A 3K0VA 3VE1B 1MQDA 1QW0A 5TP9B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Q0CA 3TAJA 3LBSA 1HSJA 3TTNA 1FW0A 5T3JA 3EHUA 1K9ZA 3PU5A 3RY3A 3RTWB 5TP9A 3LV0A 4FIMA 5ESYA 1LEVA 4U1OA 3LUYA 2HHMA 4ELRA 2CZKA 4R9FA 4PE5B 5I57B 4LP2B 3CFXA 4QFKA 3CSGA 2VGQA 4IO2A 2XWKA 4OERA 4QRZA 3G3GA 4OZ9A 3SKPA 3USDA 4F19A 1EH3A 2GH9A 5I57A 1A99A 1VFEA 3OO8A 2LAOA 2DE3A 3MP6A 4YU0A 1N04A 2HFBA 2DVZA 4IGRA 2NXOA 2QJEA 1AH5A 1S7YA 2O51A 2FIEA 4MAGA 2V3QA 1JW5A 1M5BA 2OWZA 3KN8A 4Q5TA 2E0SA 3R7XA 3QSLA 3C9HA 1IMCA 4LA9A 4MIJA 2FYIA 3P7IA 1INPA 3GZGA 2Y7PA 4NF4B 1D9VA 1Z7NE 2DYXA 4ZZAA 3ZKKA 1M5EA 4P9KA 3IFCA 1K9YA 2ONSA 2VD2A 4QSEA 3RNNA 3U92A 2I0CA 1N7XA 2AL4A 3IORA 4DCXA 3RTFB 1R9LA 3FVGA 4R74A 3OOAA 4ESXA 2X7QA 4YKPA 4AS5A 1FBEA 4ZECA 3EHTA 4OENA 4QFPA 3FD3A 1XI6A 2B4LA 1HSEA 4OEUA 1JW1A 3KEIA 3PV0E 3DLNA 1ZKBA 1J1NA 1US5A 1PBPA 3I6VA 1AWBA 3PGFA 2F3DA 4HTGA 4F1YA 5AA4B 4EF2A 3ROJA 1H76A 1UQWA 3Q28A 1B7ZA 5L8DA 2ZYOA 1L5TA 1NV7A 1IZ1A 3AXFA 2H99A 2ZZWA 5FHOA 2DP8A 1PBQA 3IOVA 3FXUA 5AA4A 1NH7A 4NHBA 4EQ9A 1NUYA 3L6GA 4I9DA 1JVXA 2XXPA 1FPFA 1CB6A 1B3HA 1P1NA 1P1UA 2UVGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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