1JW1A

Crystallization and structure determination of goat lactoferrin at 4.0 resolution: a new form of packing in lactoferrins with a high solvent content in crystals
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKNVRWCAISLPEWSKCYQWQRRMRKLGAPSITCVRRTSVLECIRAIAGKNADAVTLDDGMVFEAGRDPYKLRPVAAEIYGTEKSPQTHYYAVAVVKKGSNFKLDQLQGQKSCHMGLGRSAGWNIPVGILRPPLSWTESAEPLQGAVARFFSASCVPCVDGKAYPNLCQLCKGVGENKCACSSQEPYFGYSGAFKCLQDGAGDVAFVKETTVFENLPEKADRDQYELLCLNNTRAPVDAFKECHLAQVPSHAVVARSVDGKENLIWELLRKAQEKFGKNKSQRFQLFGSPEGRRDLLFKDSALGFLRIPSKVDSALYLGSRYLTALKNLRETAEEVKARCTRVVWCAVGPEEQSKCQQWSEQSGQNVTCATASTTDDCIALVLKGEADALSLDGGYIYTAGKCGLVPVMAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIANQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSSLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESSADWAKNLNREDFRLLCLDGTTKPVTEAQSCYLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEKYLGTEYVTAIANLKKCSTSPLLEACAFLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallization and structure determonation of goat lactoferrin at 4.0A resolution: A new form of packing in lactoferrins with a high solvent content in crystals
pubmed rcsb
molecule keywords LACTOFERRIN
molecule tags Metal binding protein
total genus 99
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw1A03
3OO7A 4ZZEA 2OJTA 4BDLA 5H8QA 3UN6A 2HZLA 2CMOA 5KCJA 2P2AA 2A5SA 2ONKE 4RXLA 1LGBC 1FCKA 1MQJA 3LR1A 5AA2A 2RCAA 3S9LC 1FQEA 3DP6A 3V83A 2Y7WA 4RYAA 2V3UA 2O6AA 3O9PA 3ZKLA 3DP8A 3MPLA 4NF5A 1PB9A 3LSXA 4OENA 1SVXB 2O1MA 5KZTA 4GXAA 3TQWA 2O7UA 5CBRA 1FTMA 1IEJA 4NF8B 2DXYA 1N7WA 2RINA 1TXFA 3ECRA 2ZNUA 1XVXA 2VP1A 4FIMA 4L17A 4FORA 1MXZA 1Y4TA 1Y20A 4N07A 2AIXA 3N5LA 4OEUA 3U94A 3UORA 3PPNA 3B6WA 1DMBA 1IXHA 4OHNA 1MY1A 1OVBA 1ZJLA 2VD2A 4Q8RA 1QW0A 4XKNA 2VHAA 3N6TA 2I0CA 2RF1A 3D4CA 1I6BA 3PPOA 1MPCA 2Q2CA 5I59A 1LAGE 2DE2A 1MY2A 4XKPA 2O69A 4GD5A 4I8CA 4ZEBA 4IO2A 3FJMA 4RK9A 1IZ1A 1B46A 3MWBA 1B0LA 1BLFA 4HW8A 3TYHA 4U21A 3K6VA 4R9FA 3FATA 5I84A 4PE5B 3IOUA 5DVJA 4NF4A 4M4GA 3G3JA 4LQ5A 2F7AA 3T9HB 3C34A 3GLBA 4JB7A 3RQTA 2IA4A 2ZYKA 3OO9A 3IO6A 1SW4A 4G8MA 3A3UA 3MP6A 2NOOA 4NEDA 1LSTA 4F3SA 4KYSA 3TELA 4U1OA 3PUYE 1OVTA 4JDFA 1F9BA 3U1OA 2F7BA 4IO4A 4U23A 1UQWA 3PU5A 3CR9A 1MQDA 1A99A 1MG1A 3HSTA 3FVNA 4ELRA 3OEKA 1AOVA 2REJA 4FEBA 4Q5TA 2A5TB 1H45A 1MY4A 3S9NC 3K1NA 1MXYA 1MPBA 4KYEA 3V89B 4EUOA 1A8EA 1URGA 2P0SA 3Q28A 2O84X 4YB5A 1MXWA 2BJJX 5AA1A 3U8QA 3PGFA 1JW1A 5K2YA 1O7TA 1Q35A 1B4HA 3SERA 1GVCA 1MQIA 3A09A 3O2AA 1SYIA 3IJOB 1GGGA 5DEXA 3VV5A 1S50A 4OESA 4YB7A 5A5XB 1POTA 1MH4A 1QJMA 1LAFE 2QMWA 2I58A 4ELOA 4QSEA 1ZKBA 1I69A 4EXLA 1NFTA 3TQLA 3EHSA 3N94A 1GR2A 4ZE8A 2Z8FA 4HS7A 4ZE9A 3N26A 5H8QB 1MXVA 3RT8A 4Z0IA 4AB5A 1D4NA 4C1TA 3G3HA 2D5WA 5KCJB 4O3BA 2AYSA 1ELJA 3S9EA 1AH5A 1QUKA 2DWAA 3CSGA 5AA2B 4E0WA 3OOAA 1BTJA 2XXHA 1GTKA 4F3GA 1ATGA 1UIUA 4IY5A 3C33A 4NF5B 4OYVA 3RGYA 4EF1A 4DXCA 3FV2A 1HSJA 2UYEA 2H98A 2UVJA 3FVKA 4YICA 2PVUA 1HSLA 2UVHA 1B7HA 4IB2A 3C35A 3E13X 2OWTA 1M5EA 3H6WA 4NMYA 1JW5A 4R2FA 2Y7KA 1A7LA 2PX1A 2F78A 3KGCA 3KG2A 2UXAA 5J1DA 3DELB 3MVWA 4PFUA 5ITOA 1A55A 2ESNA 1Y1MA 4MLVA 3UP9A 1B3FA 3O6HA 4DDDA 1SD3A 1B5IA 3TKDA 4PFYA 3FUZA 4F18A 3BFUA 4RPOA 1II5A 3E4RA 1ZMGA 4F2OA 3FD3A 5CC2A 4UACA 3K00A 5I59B 1HSEA 1P99A 4XKRA 1RYXA 2QS1A 1PBQA 2YLNA 2D21A 4QHQA 1NKXA 3MZBA 4BDRA 1DSNA 4IO3A 3ZS6A 1MY3A 1VFEA 3OD7A 2FNCA 3T9XB 3RT6B 4G8HA 2R9JA 1RKMA 2HQ0A 5LOMA 3CI8A 3CRBA 1S7YA 2O68A 3VLUA 2OLBA 4NWDA 4R6KA 5L9MA 1BIYA 1N3XA 1CE2A 2I49A 2ALUA 2DE3A 4NF4B 4OXVA 2F35A 4QFPA 1S9TA 4QSCA 3SDFA 1XVYA 1B3HA 3KFMA 3S9MC 1MXXA 1JNFA 2AL4A 3LSWA 4C0RA 5BUUA 2I6EA 1D9VA 4Q0CA 4LZ5A 4YKJA 4DZ1A 1B05A 4KCDA 1B6HA 3MVZA 4OWDA 1PDAA 2VD3A 3IAZA 4NTLA 1M5FA 2O7IA 1LAHE 4AB6A 1NNPA 1B0HA 5TPAA 5JEIA 4GLIA 4YU0A 4XTCQ 3TTLA 4BLAA 4GOTA 1B7UA 4GF8A 3FXQA 3O29A 4JWXA 4X1BA 3JV9A 1JEVA 2QRYA 2XXUA 2F6PA 2VGQA 3TFLA 5TU0A 3H03A 4F19A 1I6QA 5CI5A 4O3CA 1SW5A 1IXCA 4ZEFA 2H9BA 3GZGA 4FATA 1OQHA 4FECA 3IB2A 4R6HA 3FVOA 3KOSA 1SYHA 3UA8A 2GHAA 4R74A 3C4MA 4KD5A 3QK6A 5CMKA 4ZEIA 2X7PA 4IGRA 5H8SA 1P1WA 1PEBA 5DEXB 4R72A 4U2RA 1RYOA 2PYYA 1QUIA 1H76A 3PPPA 5I57A 3ILUB 1B3GA 5DT6A 1USYE 1MH3A 3TDJA 1VR5A 1B4ZA 2NWJA 1OLAA 4OFJA 1L5TA 2OCUA 2I3VA 2Q8JA 2F7CA 3ZKKA 4ND9A 3ONMA 4KQPA 1JW4A 2X26A 3BFTA 3FIRA 1JVYA 4E0XA 4JXIA 3IOVA 4YKPA 2HZKA 3FXUA 2O51A 1JEUA 2XXXA 4ONYA 2GHBA 2F97A 2RC8A 2RKMA 4H5FA 1Y3QA 5ELVA 1JQFA 4RA1A 5BWJA 1UTBA 2O1LA 2NXOA 4YZZA 1VE4A 1KWHA 2H4IA 1LFHA 1FTOA 3C36A 2THIA 3OXNA 4NF6A 1EZ9A 2H5YA 1ZIUA 4GVOA 3SEWA 4U4SA 1FQBA 1MRPA 1EU8A 3OMBA 1B51A 4YMBA 4KPTA 3VDFA 5F1QA 2REGA 3V8XB 3TMGA 1US5A 1MQHA 3USDA 3TUSA 2HXWA 3E9XA 3HN0A 2H99A 5B70A 1LBCA 5CM6A 4U1ZA 2DOJA 2NUVA 4NWCA 5CBSA 2DP8A 1FQFA 3SEXA 4KR5A 4EXKA 3T66A 3HCQA 3TEPA 4BDOA 3G3KA 4G77A 1QULA 4F1YA 3TPAA 2XXPA 2F8DA 1A54A 3K6UA 3MVYA 4FAJA 3CFZA 1B5JA 2XXVA 1B1HA 3K1MA 2HAUA 2DQVA 4OERA 1MY0A 2ZMBA 4NE4A 2DS9A 1O64A 1OLCA 2ZYMA 3PUZE 2DWIA 2H25A 2YPNA 3B6TA 1FTLA 1O63A 3PPRA 4F1UA 2V25A 1XOCA 1B40A 4H8IA 1EZPA 4M1VA 3KEIA 3IR1A 4H67A 1UTHA 1VSOA 3MPKA 4TLLB 2ONSA 2OWSA 3CG1A 3B6QA 3K0VA 1IXGA 3P7IA 1B3LA 4F22A 2QL3A 1LAXA 2PT1A 5I58A 3RTFB 5TPAB 1I6AA 1YCJA 2E1SA 1DTGA 1MS7A 1TWYA 5H8FA 5AA4A 1H3DA 2P1SA 1DPPA 2Y7RA 5AA3A 5I2KA 4WEDA 2E0SA 4H8JA 1Y3NA 1ZLQA 5F7VA 4H5GA 3KSJA 1B9JA 2WKYA 3A3CA 1IQ7A 2DYXA 4ECFA 1H43A 3CG3A 3IB1A 3IJXB 4MBPA 1P1QA 1P1OA 3TTKA 3PUXE 1QKAA 3IB0A 3THIA 4R9GA 3MC2A 4MH5A 3O6GA 3MW0A 4R6YA 1Y9UA 5ICTA 3C32A 5B7DA 3RTWB 3CSBA 2XD2A 3EF7A 5H8HA 4GXSB 1POY1 4GFRA 4YKIA 1P1NA 1FQCA 4XIGQ 4ISUA 1N76A 5I57B 3LSLA 4KCCA 2NVUB 4QSDA 2ZYOA 1WVJA 4F31B 2DXRA 1SI0A 1MQGA 4PETA 3M3FA 4POWA 3V5AA 2W7YA 1MDP1 1NL5A 1Z7ME 3W15C 3Q26A 5EHMA 4ESXA 4U22A 2Y7IA 4Z7EA 1PB7A 5JTYA 4X1DA 4XKQA 2XD3A 1YAEA 4DXBA 2RC9A 3VLVA 2G29A 1Q1KA 3FGSA 2QS4A 3I3VA 1TT1A 4GWOA 3KZGA 1UTBB 1OQGA 2RC7A 3VFJA 1FTJA 3OSQA 1LCFA 1B1XA 4LZ8A 1YTVA 1NNTA 4GQOA 3HHFA 4NF6B 2XHDA 2F34A 3M8UA 1EZOA 4YKKA 1B3EA 3TZAA 1XC1A 3RNNA 4JWYA 3OO8A 2ANJA 1M5DA 3CFXA 2F5XA 3IORA 3LBSA 3H7MA 4WKMA 3I6VA 4G68A 2R6GE 4OVJA 4ELQA 4GL0A 1LB8A 3K6WA 4N6PA 2D3IA 5L8DA 3KN3A 2RCBA 2UYFA 1IITA 4H65A 2XXTA 4JSDA 5HM4B 3GXAA 3MUQA 5ICQA 2Q2AA 4F29A 5ISUA 1URDA 5TP9A 4F2QA 4QFLA 4QFOA 3VXCA 3UIFA 4HCWA 4OEVA 1LBBA 4FEDA 4GL8A 3QSLA 1PB8A 1URSA 5FHMA 1USYH 4GIZA 4WXJA 4BDNA 3PMVA 4G8NA 3R6UA 2Q88A 4F3BA 3MP1A 3QIMA 3O6IA 3RY3A 1OIBA 1P1UA 2PBWA 2ZNSA 3R7XA 2F36A 4OFLA 3TAJA 4MF3A 3FASA 5M2VA 4UA8A 1ZTYA 2B3FA 3Q25A 1UTHB 3TODA 4P0IA 1B5HA 3GBAA 3SEYA 4EQ7A 1NNFA 3G3GA 3O97A 4FE8A 1D9YA 5EHSA 3RPWA 4ZEKA 1PC3A 3B7DA 2OK2A 3FVGA 2PMSA 3VVDA 4I9DA 2DE4A 1FQAA 5I58B 2F6GA 4G68C 3PUVE 1TFDA 4BDQA 4N13A 3HV1A 1QKBA 4ZZAA 2Z23A 5H8FB 5AA4B 3EPEA 2M8CA 1VFDA 4RK2A 3SESA 5I2KB 4H1XA 1N84A 2Q89A 2B65A 4TQUQ 4ESWA 5IAIA 3VVEA 3JYRA 2Y84A 4PFTA 1OMPA 4QFKA 3T9VA 3H6UA 1JETA 5K2XA 1B58A 1XHYA 5KDTA 4KI0E 2V3QA 5H8NA 2X7QA 5IKBA 2R71A 3GBBA 1N0TA 3FZVA 2YJPA 5CRYA 5CMCA 1B2HA 1NNKA 5H8HB 2GRVA 1XS5A 4H0WA 1B7ZA 3PMXA 2ZYNA 4F1VA 1D3KA 1AIVA 3QYTA 5FTIA 3MZ1A 1NH8A 3KN8A 2KLFA 5DYHA 3K2DA 1CB6A 1LLSA 5L9SA 3IOTA 1R9LA 1LCTA 2I4BA 3L6GA 3HO7A 1N7XA 1MM6A 2Z8DA 1EH3A 1NMUA 5HPQA 1R6ZA 3CFLA 4LATA 2UVGA 4EDPA 3ODBA 3ZSFA 2I3WA 2AL5A 3IO4A 1J1NA 3MQ9A 2V84A 3MBPA 3PD9A 3RUMA 4X9TA 5JTYB 1MPDA 3SKPA 4JSOA 4GRKA 3MAMA 3S4UA 1TFAA 3LSFB 3T9UA 3TCHA 3KBRA 3L6HA 1Y3PA 4IO7A 3O66A 3R26A 3OSRA 3N6UA 1IUDA 3CIJA 4G2ZA 2ONRA 4RPNA 3H06B 4OFOA 3OO6A 2QSXA 3SEVA 3UGWA 2FA7A 5AE4A 2IEEA 2QS3A 3KJ7A 3DP4A 3DM0A 2DWJA 3IX1A 5I56A 3PD8A 2V3TA 2PT2A 3H6VA 2XX8A 3QUJA 2LAOA 4DCXA 4LVQA 4G68B 3EQ1A 3VLWA 2QPQA 4X48A 5I2NA 2XXWA 3BKIB 3MZ9A 3TTRA 4ZEDA 3KJTA 4OTEA 5ITPA 1IIWA 2QMXA 3TTNA 4LP2B 1US4A 2ZNTA 2I48A 1DOTA 4FJPA 3PMWA 5FHNA 4PFWA 3H4ZA 2XXIA 1FTKA 3D4GA 3M3KA 3Q27A 1LFIA 3T93B 4ZS9A 4I1DA 3IL1B 4R75A 5TP9B 4LQ2A 3MJNA 4R2BA 4RY1A 1ZU0A 1MM7A 3LUYA 4OETA 2ABHA 2FYIA 4BDMA 4O3AA 4LONB 3H3GA 4YMAA 4TOZA 5L9OA 4I62A 2QJEA 3EHUA 3TCGA 3VVFA 4JWOA 3FV1A 4YAHX 3M3LA 2XXRA 3FXRA 2QS2A 4ZDMA 1SW1A 2DWHA 2XXYA 4NF8A 5EYFA 2HFBA 2Z22A 2XX9A 3CVGA 1BP5A 3RN8A 3C31A 4DE8A 1PBPA 5FHOA 2GFEA 1LB9A 3EHTA 3IOWA 4HTGA 3G3FA 3T96B 3K01A 3K02A 4JBZA 4IO5A 1AMFA 3VXBA 3U72A 3QAXA 3AXFA 2G93A 2OZZA 4K3FA 1WDNA 2V93A 3OENA 3W9WA 1ZBMA 1GV8A 3LC8A 3K4UA 1Y1ZA 4LZ7A 5HBCA 1NH7A 3UK4A 1JVXA 2UVIA 3DLNA 3G7WA 2Q9TA 3W9VA 3ILTB 2Z8EA 1N04A 3MP8A 1SBPA 3SETA 4IO6A 4P11A 4U4XA 4ELPA 4KFQA 4QF9A 3PPQA 1AL3A 3VE1B 4DCYA 2I0BA 2I4CA 3HPIA 3EN3A 1FW0A 3K1PA 3SEUA 5KDTB 4Q30B 2Y7PA 3KN7A 3Q29A 3HHGA 3G3IA 3WAEA 5H8NB 3U92A 4POXA 5DVFA 5AA2D 1SDXA 4OZ9A 3KOTA 4MLQA 3QXMA 1R9QA 4OMBA 3FJGA 4IGTA 1DTZA 3OELA 4YB6A 2OBGA 2DVCA 4G4PA 2HAVA 3PUWE 4H6DA 5FTHA 3TCFA 1SQYA 1BKAA 1LFGA 3H6TA 5DTBA 2GH9A 3K6XA 1T0KA 1MDQA 3RLFE 1M5BA 1SW2A 4R73A 4PP0A 1YPNA 2B3BA 2DSFA 4RJZA 1XT8A 1ANFA 2HCAA 4LUBA 4C1UA 1R1NA 2CZLA 1SI1A 2A5TA 3O28A 4LA9A 4QRZA 2VOZA 4KHZE 2XX7A 4IY6A 4PQJA 5DVIA 1QUJA 3F11A 3MVXA 4EQBA 3E3KA 3T22A 3S2VA 3OEMA 1WODA 4XXUA 4DIGA 5CMMA 1A40A 1UIVA 1M5CA 2ZXTA 1DPEA 3PV0E 4WEPA 5I56B 4QFNA 4AQ4A 3IK6B 4TLMB 4F39A 1Y4CA 3QUFA 1A8FA 5CMBA 3TTMA 4P0GA 4THIA 4EF2A 4EQ9A 4F3PA 1Z7NE 1FQDA 5A5XA 1MXUA 1B52A 3JZJA 5I2NB 4DXUA 1H44A 4MFIA 4HCYA 3C9HA 2DVZA 4KYDA 3U93A 2XXQA 1IXIA 3FJ7A 3KSXA 1N3WA 4DLDA 4ZECA 4RNSA 1QVSA 3I5OA 1B32A 5JK4A 3WAFA 2HEUA 4OQOA 3BBRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OO7A 4ZZEA 2OJTA 4BDLA 5H8QA 3UN6A 2HZLA 2CMOA 5KCJA 2P2AA 2A5SA 1FRPA 2ONKE 1FPKA 4RXLA 1LGBC 5T3JA 1FCKA 1MQJA 4NGUA 3LR1A 1LBXA 5AA2A 2RCAA 3S9LC 1FQEA 1LBWA 3DP6A 3V83A 2Y7WA 4RYAA 2V3UA 2O6AA 2HHMA 3O9PA 1RDYA 3ZKLA 3DP8A 3MPLA 4NF5A 1PB9A 3LSXA 4OENA 1SVXB 2O1MA 1XI6A 1G0IA 5KZTA 4GXAA 3TQWA 2O7UA 4GWWA 2F3DA 5CBRA 1FTMA 1IEJA 4NF8B 2DXYA 1G0HA 1N7WA 5I5PA 2RINA 1NUZA 1TXFA 3ECRA 2ZNUA 1XVXA 4PC9A 2VP1A 4FIMA 4L17A 4FORA 1MXZA 1Y4TA 1Y20A 4N07A 2AIXA 1FJ9A 3N5LA 1KA0A 4OEUA 3U94A 3UORA 3PPNA 3B6WA 1DMBA 1IXHA 4OHNA 1MY1A 1OVBA 1ZJLA 1FPEA 2L5VA 2VD2A 4Q8RA 1QW0A 4XKNA 2VHAA 3N6TA 2I0CA 4OVQA 2RF1A 3D4CA 1I6BA 3PPOA 1MPCA 2Q2CA 5I59A 1LAGE 2DE2A 1MY2A 4XKPA 2O69A 4GD5A 3NOHA 4I8CA 4ZEBA 1CNQA 4IO2A 3FJMA 4RK9A 1IZ1A 1B46A 3ISPA 3IFCA 3MWBA 1B0LA 1BLFA 4HW8A 4N8GA 3TYHA 4U21A 3K6VA 4R9FA 2CZIA 3FATA 5I84A 4PE5B 3IOUA 5DVJA 5J16A 1FBGA 4NF4A 4M4GA 4NX1A 3G3JA 4LQ5A 2F7AA 3T9HB 5LTCA 3C34A 3GLBA 4JB7A 3RQTA 2IA4A 2ZYKA 3OO9A 3IO6A 1SW4A 4G8MA 3A3UA 3MP6A 2NOOA 4NEDA 1LSTA 4X04A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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