1KWHA

Structure analysis algq2, a macromolecule(alginate)-binding periplasmic protein of sphingomonas sp. a1.
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKAKAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of AlgQ2, a macromolecule (alginate)-binding protein of Sphingomonas sp. A1 at 2.0A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Macromolecule-Binding Periplasmic Protein
molecule tags Protein binding
source organism Sphingomonas sp.
total genus 175
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1kwhA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1kwhA02
1QKBA 3H7MA 3FVKA 4EXKA 2OZZA 2GHBA 1SYHA 1DSNA 3B6TA 2F97A 2DWAA 4MF3A 3B6QA 1A40A 4LONB 5EHSA 2H25A 1FQBA 1UTHB 3CFZA 4GXSB 4N6PA 1T0KA 4MLVA 4E0WA 3O97A 4RNSA 1MRPA 4F1VA 3OO8A 3O29A 5KCJA 5I59A 4ISUA 4GL8A 2F6GA 3QXMA 4KYSA 1DTGA 2H9BA 1MY2A 1AL3A 4MFIA 2RCAA 2VD3A 2YLNA 5M2VA 3D4CA 1LLSA 1QUIA 4IGTA 1BTJA 4LZ5A 3GXAA 1B1HA 5I2NB 2IA4A 2I0CA 3N5LA 4X9TA 4P11A 4GLIA 3FUZA 3I5OA 5JTYB 3PMXA 2O1LA 2ZYKA 3C32A 3PMWA 3VE1B 3O2AA 3VDFA 5I57B 4DDDA 2QS1A 1FQEA 4GOTA 1B4HA 1MXWA 1PB9A 4ELRA 2RC8A 2R71A 1GR2A 2F7AA 3L6HA 1NL5A 2QPQA 3SEVA 1ZTYA 5ITPA 3LUYA 3RTWB 1JEVA 4G68B 3K01A 1M5EA 1B40A 1NKXA 3KN3A 4NF8A 3WAFA 2LAOA 4WEPA 2XXXA 5I58A 3ONMA 3P7IA 3H03A 1AOVA 3U1OA 5K2XA 1LGBC 1JETA 3K4UA 4QFNA 2PYYA 3FVNA 1B7ZA 2RF1A 4I9DA 4BDMA 2I3WA 3K6WA 1A7LA 1UQWA 3TTLA 4PFYA 3M3LA 3FASA 4AQ4A 2OBGA 2DVZA 3GBBA 4F29A 3VLVA 2QMWA 4EQ7A 3PPQA 2NOOA 2RC7A 1WVJA 1ANFA 4ELPA 4ZEDA 3H6WA 2HZLA 1YCJA 3V8XB 4H8JA 1A99A 4ELOA 3MZ9A 3T9XB 3FV1A 4ZEKA 4BDRA 4I8CA 2DYXA 1J1NA 4KHZE 2Z22A 2O69A 3R26A 3T22A 2XX8A 1IEJA 2ANJA 1IXCA 1MH3A 1M5DA 1TWYA 4OHNA 4NF6B 4N13A 1POY1 1Y4TA 3K2DA 2GHAA 2QS2A 3SEYA 3PUXE 3PUWE 2DWJA 3A09A 5KZTA 2X7PA 1M5FA 3KN8A 4NF5B 5HBCA 1P1OA 2I6EA 2A5SA 3T93B 4ZE8A 3H3GA 2H98A 4DCYA 3DP6A 1D9VA 4XIGQ 3S9EA 5AA3A 4R9GA 5ELVA 2G29A 4U1OA 2F78A 3TQWA 1YPNA 2R6GE 5B70A 4DXCA 3ZKLA 2Z8EA 2THIA 5H8FA 1D4NA 3RNNA 1XC1A 2HZKA 1MH4A 3PD8A 2VP1A 1Y3QA 4DCXA 3LSFB 3TUSA 2REJA 4RPNA 4RPOA 3OXNA 1NFTA 4RK2A 1SYIA 1FQCA 1EZOA 3FXRA 2ALUA 3TEPA 3MZ1A 1FW0A 3VLWA 1URGA 3GZGA 3CRBA 4UA8A 3CR9A 5H8HB 1N7WA 1A55A 3HHFA 4P0GA 4JSOA 3SKPA 3MVZA 4QF9A 5BWJA 3TZAA 3KGCA 1OLAA 1B7UA 3TELA 1XHYA 3GBAA 3MQ9A 3QAXA 2P1SA 3USDA 4G68A 1O63A 5L9OA 1AIVA 1TXFA 4OYVA 1S9TA 4G68C 5H8QB 1B3LA 3IOTA 2GFEA 5FHNA 1I6BA 4GRKA 4HCWA 1B46A 3EN3A 2DE4A 1Q35A 4OESA 3ILTB 3G3FA 4AB5A 1RYXA 5TP9B 3BKIB 4OFOA 1ELJA 1P1UA 1JEUA 1OLCA 4EQ9A 1Y3PA 4R6YA 3IAZA 3U92A 3QK6A 4IO6A 1SI1A 2RC9A 2XXRA 2QSXA 3EHUA 1O64A 1OVTA 1MXYA 5KDTB 2FYIA 2YPNA 1WODA 4POWA 3KEIA 3MPLA 4KCDA 3CVGA 4H5GA 1DOTA 4H1XA 4K3FA 3RLFE 2GH9A 1LAGE 4YB6A 2H99A 4NF6A 5FTIA 3RY3A 4M4GA 2AYSA 1HSEA 1MY3A 3C31A 3VLUA 3ZKKA 3RGYA 5DEXB 3TFLA 4ZEIA 2QMXA 4MH5A 4M1VA 4NMYA 3SEUA 2FA7A 5DT6A 4OETA 3PPPA 3W15C 1IUDA 4JSDA 3QSLA 1LFHA 3HPIA 4L17A 1R1NA 4F22A 4LATA 3TPAA 4ONYA 3IB2A 2ABHA 4GD5A 4R75A 3TTRA 1NMUA 1N04A 3SEWA 4Z0IA 3GLBA 4FEBA 1GVCA 4DXUA 1PDAA 1ZU0A 4ZE9A 1N84A 3CIJA 4F18A 3OMBA 2XXIA 1FTLA 2NXOA 3PGFA 1FQAA 4YICA 3HN0A 4R2BA 1DMBA 3VFJA 5CMCA 1LSTA 3K6XA 3SETA 5I2KA 2CMOA 4OVJA 3CSGA 3PD9A 4KFQA 4ZS9A 3RN8A 3OOAA 3WAEA 4IO3A 3ODBA 5H8HA 4YB7A 2WKYA 4R72A 4GF8A 2XXHA 5DVJA 2Q2AA 3IOUA 3TKDA 2Z8DA 4YB5A 2Z8FA 3SESA 3G3IA 3LSXA 4FJPA 5FHOA 3FGSA 2NUVA 3MUQA 4H0WA 4IO4A 1GGGA 5ICQA 2D5WA 1B2HA 1TT1A 1SW2A 3N6UA 1L5TA 1IZ1A 5F1QA 1DPEA 2B3BA 3ZS6A 3IORA 2Y84A 1H45A 4R73A 1B3GA 3RT8A 4PE5B 3E9XA 3UA8A 4KPTA 1CE2A 1IXIA 5L9SA 4G77A 3U93A 3H6VA 3AXFA 3FVGA 4YKJA 3FXQA 1B0HA 3EPEA 5EHMA 4U2RA 5L8DA 3TTNA 3KOTA 1B05A 3TCGA 4IY5A 3PPNA 2Y7WA 1R6ZA 1BP5A 4OEVA 4C1UA 1PB7A 1MQDA 1MPBA 4LZ8A 3H4ZA 4X1DA 2PMSA 5KDTA 4KQPA 1LFGA 1VR5A 4TLLB 4BDQA 3SERA 2QS3A 3TYHA 4EF2A 3KSXA 1ZBMA 2HCAA 2AL4A 4H5FA 5H8NB 4G2ZA 1MG1A 4XKPA 2ONRA 4OEUA 5FTHA 3UORA 1JQFA 4DXBA 2Y7KA 1R9QA 4YMBA 3U72A 3PV0E 2BJJX 2ESNA 4X48A 1XVXA 4X1BA 4OFJA 1A54A 2Y7PA 5AA4B 3W9WA 5DTBA 2DWHA 1VFDA 2H5YA 1SW4A 1NNFA 5AA2B 4KI0E 3FZVA 4OQOA 2VOZA 4YAHX 4KD5A 4RA1A 4FE8A 3OD7A 3JV9A 4F3PA 1YAEA 5DVFA 2OJTA 3IR1A 3UK4A 2F35A 1DPPA 1B9JA 4PQJA 3K1NA 3B6WA 3O6IA 3R7XA 4IY6A 4IO7A 5I56B 4ELQA 5LOMA 4LVQA 4F31B 3OO7A 3UN6A 2Q8JA 2A5TB 4H6DA 4QFOA 1TFAA 1HSJA 3K6UA 5A5XB 5F7VA 3H6UA 4R2FA 2UVJA 3FATA 1N7XA 3BFUA 4QSDA 4POXA 1LCFA 1P1NA 3G3HA 2XXQA 4E0XA 3H6TA 5B7DA 1B1XA 2F8DA 3MVYA 4FECA 1BIYA 5J1DA 3VVFA 3U8QA 4QFLA 2R9JA 2DQVA 3LSLA 2QL3A 1FTMA 1PBQA 1UIUA 2HEUA 1UTBB 1UTHA 3MZBA 3FXUA 4FAJA 3KJTA 3MVXA 4GFRA 1Z7NE 2OCUA 4NF4B 3S4UA 3QYTA 3QUFA 3W9VA 4BLAA 2D3IA 5CI5A 1M5BA 3MBPA 4G8HA 2ONKE 5IKBA 4EXLA 3TMGA 2V84A 3UGWA 4FATA 2ZNSA 3DM0A 5CM6A 1H76A 2UVHA 3VVEA 1FTOA 1LAFE 1Y1MA 2XHDA 5I2NA 4RY1A 2IEEA 4IGRA 4GXAA 1EZ9A 5JTYA 1LBBA 2I4BA 5K2YA 1QULA 1B5JA 1JVYA 2Q2CA 2F7CA 1PC3A 4ZDMA 5I57A 3H06B 1IXHA 1MY4A 4O3CA 2DOJA 4Q8RA 3FVOA 4BDOA 3LSWA 3RPWA 5JK4A 5AA1A 4YMAA 2GRVA 5HPQA 5ICTA 4ND9A 2UVIA 2UYEA 4PFTA 2OLBA 2E0SA 5H8NA 1ZJLA 5EYFA 1MDQA 3DELB 3PUYE 3T9HB 3IK6B 1S50A 2B65A 3OEKA 4JWYA 3I3VA 2PBWA 1RYOA 3N26A 3FIRA 1B0LA 4QHQA 3KOSA 1SBPA 4GQOA 5AA4A 1BKAA 5I84A 4C1TA 3A3CA 4THIA 1N76A 3K1MA 4R74A 2OK2A 4EF1A 5AA2A 2VGQA 5KCJB 5I59B 1IXGA 1P99A 2XXWA 4QSEA 3ZSFA 2ONSA 1EZPA 4U22A 3PPOA 1CB6A 1II5A 1QJMA 1JW1A 3TDJA 1Y1ZA 3OSRA 4H8IA 2OWTA 2XXTA 3KFMA 3KJ7A 5CC2A 5I56A 4EDPA 4GVOA 4PETA 4F19A 3MWBA 3JZJA 2M8CA 3Q29A 4JWOA 2A5TA 1B58A 1ZLQA 3O6HA 2Y7RA 5A5XA 4BDLA 2AL5A 5AA2D 2HAUA 3IO4A 4JB7A 2ZNUA 3BBRA 4XKQA 4DLDA 2VHAA 1B4ZA 2P2AA 2DXYA 4Z7EA 3KBRA 1JW4A 3MAMA 2DWIA 3Q25A 3F11A 4HW8A 2F5XA 3M3FA 4NF5A 3EF7A 4Q0CA 2P0SA 2W7YA 4EQBA 2O7UA 2QRYA 1MM6A 2ZNTA 4XXUA 3C36A 4KYEA 3M3KA 2PT1A 4RXLA 5I58B 1UTBA 3VXCA 5AE4A 4F3SA 3N94A 3RTFB 3D4GA 3K02A 3IB0A 3IO6A 2I0BA 4NEDA 4NF4A 1M5CA 4I1DA 2NVUB 1Q1KA 3UP9A 3O28A 2DVCA 3K00A 5CMMA 3T66A 4TLMB 4O3AA 2O6AA 1ZIUA 2DXRA 2PT2A 1B32A 1H3DA 3HO7A 2XXVA 3M8UA 2Z23A 4RK9A 4IO5A 1R9LA 4HTGA 4LUBA 3G3GA 2HAVA 1KWHA 1MY0A 2UYFA 3C34A 3FJGA 4LP2B 4H65A 4BDNA 2VD2A 3CG3A 2RINA 2DS9A 5HM4B 1URSA 4R6HA 4F2OA 4G8NA 3CFLA 1OMPA 3S2VA 1LAXA 1SW5A 4F3BA 1IITA 3A3UA 3IB1A 2F36A 3R6UA 1B7HA 1FTJA 2Y7IA 3K6VA 1AMFA 1US5A 4DZ1A 3MJNA 4OMBA 2RKMA 3MC2A 3T9VA 3EQ1A 5H8QA 2DE2A 3HSTA 1MXXA 2ZYMA 4ZECA 3TQLA 3TODA 1DTZA 2I49A 1OQGA 3TCFA 1O7TA 5TP9A 2G93A 4GIZA 2H4IA 1D9YA 4I62A 1B5IA 2ZXTA 5H8FB 3C35A 1VFEA 4HCYA 2V3UA 3L6GA 2FNCA 1EH3A 3IJXB 3CG1A 1MM7A 1USYH 3MP6A 3MW0A 1XOCA 4MLQA 1NNKA 3TTMA 2Q89A 4XKNA 1SW1A 2O84X 4OENA 1Z7ME 1SD3A 4PP0A 5ISUA 2XXYA 4F1YA 3K0VA 3OO6A 3FJMA 2HQ0A 1A8EA 1BLFA 2O51A 1MQGA 1PEBA 1ZKBA 4U23A 3I6VA 4G4PA 2OWSA 1FCKA 5TU0A 3HCQA 4OZ9A 1VSOA 2X26A 2ZYNA 5DEXA 1RKMA 4XKRA 1S7YA 2QJEA 4LZ7A 5TPAB 3OENA 4ZZEA 3PU5A 5CMBA 4WEDA 3DP8A 1B3FA 3EHSA 5DVIA 5CRYA 4U1ZA 2NWJA 1IQ7A 1FQDA 4R9FA 4U21A 4ZEFA 3N6TA 1XS5A 1NH8A 4ESWA 3RUMA 1MXZA 4F39A 2I3VA 4LQ2A 1MQHA 2V3TA 4WKMA 1SI0A 3VVDA 1HSLA 3E13X 3MPKA 1XT8A 4TQUQ 2CZLA 4YU0A 1D3KA 2DP8A 1GTKA 4GWOA 4JXIA 1FTKA 2V93A 4ESXA 1LAHE 3S9NC 4U4SA 4YKPA 4ECFA 4KR5A 4NE4A 1QVSA 2HXWA 4R6KA 4FEDA 4NWDA 1SVXB 1N3WA 4MBPA 4F1UA 1P1QA 3KG2A 3FV2A 3LBSA 3TTKA 2PVUA 3VV5A 1WDNA 1EU8A 5L9MA 4UACA 3MVWA 4AB6A 2F6PA 1B3EA 2RCBA 1GV8A 2E1SA 1UIVA 1QKAA 1I69A 3HV1A 5DYHA 4OTEA 4LA9A 3ECRA 3V5AA 4P0IA 1MS7A 2UVGA 3FJ7A 3RT6B 3PPRA 1B52A 3G3KA 1I6QA 1SQYA 2F7BA 2V25A 1ATGA 1LB8A 1NH7A 4G8MA 2O7IA 1N0TA 2XD3A 4H67A 3G7WA 2XX7A 3O66A 4O3BA 1IIWA 3TCHA 3TAJA 3IOWA 4RJZA 1OIBA 1I6AA 3IOVA 1SDXA 4F3GA 1Y4CA 5FHMA 4Q5TA 3C9HA 1OQHA 2O1MA 1MY1A 4DIGA 3IL1B 4QRZA 2I48A 1H44A 1PB8A 3PUZE 1QUJA 4PFWA 1H43A 3PUVE 5I2KB 1B51A 3CI8A 1US4A 4IB2A 3IX1A 2I58A 1MQIA 3Q28A 5CMKA 2AIXA 1P1WA 3KZGA 1Y20A 4OFLA 3OO9A 2X7QA 1AH5A 2PX1A 2XD2A 4KCCA 2F34A 2QS4A 4QFPA 4ZZAA 2O68A 3KN7A 4FIMA 1B5HA 3FD3A 5BUUA 4U4XA 1Y9UA 4KYDA 3V89B 1QW0A 5TPAA 4PFUA 1OVBA 4YKIA 1A8FA 3OSQA 3S9MC 1MXUA 2Q88A 5JEIA 4IO2A 4C0RA 3RQTA 5H8SA 3C4MA 2XX9A 4NWCA 4QSCA 4OXVA 3DP4A 4QFKA 4OWDA 2HFBA 3V83A 3O6GA 5IAIA 1JNFA 1TFDA 4NTLA 3LR1A 4TOZA 3K1PA 3E3KA 3C33A 1B6HA 4JDFA 1PBPA 3QUJA 1B3HA 1MPCA 1LFIA 1MPDA 4HS7A 3MP8A 3G3JA 1JW5A 3SDFA 4Q30B 1QUKA 1LCTA 3THIA 4YKKA 5ITOA 3E4RA 1ZMGA 3T96B 4JBZA 2V3QA 1LBCA 3UIFA 4F2QA 3VXBA 4YZZA 1YTVA 3U94A 2UXAA 1JVXA 3IJOB 4NF8B 2REGA 1MQJA 2D21A 4XTCQ 1POTA 1XVYA 1Y3NA 4N07A 3OEMA 1LB9A 1NNPA 4OERA 3DLNA 1URDA 3EHTA 3OELA 4LQ5A 1N3XA 3HHGA 3MP1A 4DE8A 3JYRA 4JWXA 4RYAA 5CBRA 1VE4A 2Q9TA 1FQFA 1NNTA 2DSFA 4EUOA 3BFTA 2B3FA 3PMVA 3S9LC 3CFXA 3T9UA 2KLFA 2XXPA 3QIMA 1F9BA 2I4CA 3SEXA 1MDP1 3Q26A 3ILUB 3CSBA 4GL0A 2DE3A 2YJPA 3Q27A 2ZMBA 4ZEBA 1USYE 4WXJA 3B7DA 5CBSA 3KSJA 4FORA 2XXUA 2ZYOA 3O9PA 1MXVA 3LC8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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