1KWHA

Structure analysis algq2, a macromolecule(alginate)-binding periplasmic protein of sphingomonas sp. a1.
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKAKAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Protein binding
source organism Sphingomonas sp.
publication title Crystal structure of AlgQ2, a macromolecule (alginate)-binding protein of Sphingomonas sp. A1 at 2.0A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Macromolecule-Binding Periplasmic Protein
total genus 175
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1kwhA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1kwhA02
2GFEA 3FVOA 4RYAA 5H8HA 4KD5A 4LA9A 1Y9UA 3F11A 5CMBA 2ZYKA 1B1HA 2RC7A 2I6EA 2Z23A 2DWAA 2NUVA 2DWJA 3FVGA 4O3CA 1M5FA 3VXCA 4THIA 4H65A 4DE8A 4DCYA 4FATA 2I49A 1PB8A 3RPWA 5A5XA 2VD3A 1H44A 2Y7KA 1UQWA 3DLNA 3FV1A 4NF8A 2Q88A 2UVIA 4NWCA 5H8QB 4G2ZA 4PFYA 1S50A 4LUBA 1EZOA 1D4NA 1N76A 5F7VA 2P2AA 2I3WA 2P0SA 2F7CA 3RY3A 4RNSA 2XXHA 1SYHA 1AMFA 1URGA 2X7PA 3S9LC 1IEJA 4I9DA 2HZLA 2UVGA 5F1QA 3QK6A 3IORA 1SD3A 3K1MA 3SEWA 3C32A 2I0CA 4GOTA 4EDPA 1FTLA 1MQDA 1VE4A 1CE2A 3PPNA 3S9EA 1B0LA 1XC1A 2PBWA 5H8NA 2I4CA 3KSXA 2HFBA 4ZEDA 3TEPA 3L6GA 4IO7A 2HAUA 2O7IA 3QYTA 1DTGA 1MG1A 1LAHE 5B7DA 1MXWA 3C33A 4EXLA 2O84X 2UVHA 3CVGA 2W7YA 3JZJA 3H6VA 3FXRA 3EHTA 1R9QA 5H8SA 2DXRA 4XXUA 5ICTA 1KWHA 5IAIA 1QUJA 3FATA 2Z8FA 4KYSA 2HQ0A 2QMXA 1VR5A 1N7WA 5HPQA 3HHFA 2H25A 1B1XA 1SW1A 1NNTA 2Z8DA 2OWTA 3D4GA 2YJPA 3LSXA 3OD7A 1RKMA 1QKBA 3VLUA 1MXXA 1B32A 1MPCA 3TFLA 5L9OA 2OBGA 2V93A 1I6AA 3KN7A 1P1UA 4WKMA 1LAGE 4GQOA 1SVXB 3Q25A 1WODA 3E13X 4WXJA 1LFIA 1NNFA 4AB5A 4KYEA 2QMWA 3SESA 1TXFA 2Q89A 1NMUA 2XX9A 3DM0A 4GL8A 3T93B 4XIGQ 4G68B 5KZTA 1POTA 2F7BA 2ZYMA 5FHNA 4EQBA 4QSEA 3KFMA 5IKBA 3S9NC 3FJMA 3ODBA 3G3GA 1M5BA 4EQ7A 3VE1B 5EYFA 2XX7A 2DWIA 3KEIA 3PUXE 3EHSA 1URSA 2DE3A 4R2FA 2RINA 3OEKA 3TODA 3MP8A 3UIFA 4FORA 3OOAA 2QS2A 1QUIA 4H8IA 4IY6A 4ZE8A 2ALUA 3IB0A 2UXAA 1OIBA 1ELJA 3SEVA 2V3QA 4BDOA 4RY1A 2OLBA 3DP4A 4FE8A 1SI0A 4I8CA 4P11A 2THIA 2ANJA 3IK6B 1F9BA 3EHUA 3U8QA 4ZZAA 4F1UA 3LC8A 4QFNA 4ELOA 4OXVA 1MXVA 1RYXA 4TLMB 2QL3A 4PETA 2ONRA 4LP2B 3USDA 1J1NA 3N6UA 2GRVA 3U72A 1MPBA 4GXAA 4LZ8A 1PC3A 3FZVA 3GXAA 3A3CA 1UIVA 2PVUA 2DE4A 1M5EA 3EF7A 3KZGA 2RCBA 3LBSA 1T0KA 3O29A 5AA4B 4OVJA 4E0XA 2XXQA 3I5OA 1A8EA 4OQOA 3O6GA 4GL0A 4FIMA 3BKIB 5LOMA 1MQHA 4P0IA 4YU0A 4ESWA 4L17A 5TPAB 4POXA 1ZMGA 1FQCA 1PBQA 3KN3A 3TELA 5L9MA 4NF8B 1Q1KA 3S4UA 3VLVA 1MM7A 2Y7RA 3MVWA 5AA2B 1P1NA 4ISUA 1MXZA 1B3EA 4G4PA 4OESA 1GGGA 4LQ2A 4DZ1A 5BUUA 4KCCA 4WEDA 1LFGA 3W9VA 3IB2A 4G8MA 2Z22A 1NH8A 1IITA 3C9HA 4QFPA 1LCTA 2PT1A 3K01A 4YMBA 2V84A 1B51A 4IY5A 1FQAA 1B7UA 2AYSA 1B0HA 3SKPA 3SEXA 4M4GA 4IGTA 5DEXA 4G68A 4U4SA 5I2KB 4C0RA 4F1VA 3H6WA 2DVCA 2QSXA 3FV2A 3FJGA 3IOWA 5I56A 4NE4A 4R74A 2XXTA 1AH5A 4C1UA 1XT8A 1FQFA 2O1LA 1SI1A 1OQGA 5JEIA 3KOSA 3TTKA 2ZYNA 5JTYB 3K02A 4IO5A 4X9TA 3WAFA 4QFOA 5ELVA 4H8JA 4G8HA 4IO4A 3LR1A 4ZEKA 5K2YA 2Y7IA 2ZNSA 2RCAA 4YKJA 3TYHA 1B3FA 3LSFB 4RPNA 2O6AA 1N3XA 3LUYA 4X48A 1D9YA 2VP1A 1QULA 3CFXA 3A3UA 1DPEA 2DP8A 1IXHA 4F2OA 3IOVA 4YKPA 1JEVA 1FTKA 4DCXA 3K4UA 1GV8A 4DDDA 1WVJA 2UVJA 4R6YA 4BDNA 4OHNA 1R6ZA 4IO3A 3O28A 4FAJA 1MY2A 4IB2A 1NKXA 3H06B 3FUZA 4KYDA 4KI0E 4OFLA 1ZLQA 3KN8A 4QFKA 4M1VA 2M8CA 1H43A 4R73A 2G29A 3V89B 4RK2A 2PX1A 3TDJA 1FTOA 2F5XA 1DOTA 5AA4A 1A54A 3H4ZA 3TTMA 4F3SA 1P99A 1JVYA 1N0TA 2E0SA 3WAEA 3OO9A 4HCWA 1XVXA 1M5DA 3N94A 3Q29A 3H3GA 3C36A 3V83A 1UTHB 3MVXA 2HEUA 3R26A 5TPAA 1SW5A 3N6TA 1YTVA 1FQDA 2GH9A 2LAOA 2HXWA 4Z7EA 1XHYA 2XXVA 1D3KA 1LB8A 4Q0CA 3L6HA 2X26A 1XS5A 5AA2A 2OCUA 1JEUA 3EQ1A 3MP6A 1LCFA 2F34A 2E1SA 1PDAA 4GLIA 1RYOA 2I48A 3ECRA 4GF8A 3MAMA 2B3BA 3GZGA 2ESNA 1TFDA 4EF1A 3K6WA 1VFDA 1URDA 3HO7A 1UIUA 1B40A 3QIMA 4NF4B 2ZNTA 1O63A 1USYH 1LSTA 2H9BA 1DPPA 5CMCA 4TOZA 2R71A 5I2KA 5H8FA 2ZXTA 4FEDA 1SDXA 3MVYA 5L8DA 3TMGA 4Q30B 2IA4A 1PEBA 1BTJA 3I6VA 3FXQA 1FTJA 5JTYA 1I6BA 1B3GA 4PE5B 4LATA 1R9LA 4NEDA 5DVJA 1POY1 2XD2A 1B7HA 2I58A 1Z7NE 3LSWA 1JETA 3VVFA 4U22A 3KBRA 4OEVA 3RT8A 4HS7A 4G8NA 4XTCQ 4YKKA 1MQGA 2F35A 5FHOA 4XKRA 4P0GA 1N84A 4F22A 5AA3A 2F78A 3CG3A 1GR2A 3K0VA 1NNPA 1ZTYA 3FD3A 3KG2A 4ELRA 3E3KA 5DEXB 3VV5A 2V3TA 2Y7PA 1IIWA 2H99A 3PUYE 3CI8A 5I56B 2WKYA 3OSRA 4QF9A 4YKIA 1WDNA 4OETA 3TZAA 1Y4TA 3HN0A 3KOTA 5CBRA 1SYIA 2PT2A 2F8DA 2I4BA 1MDQA 1HSLA 1Y3PA 4U2RA 3G3IA 3FVKA 1Y3NA 4HTGA 3UN6A 5ICQA 4ZEBA 4MF3A 1UTHA 3ILTB 4PFWA 5KDTB 3RQTA 2REJA 2ABHA 3H6TA 3B6QA 2NVUB 2RC8A 4R9FA 2IEEA 4TQUQ 1SBPA 4LQ5A 3KJTA 1MY0A 3M3FA 1Y1MA 3VLWA 4KHZE 3CR9A 2Y84A 5AE4A 1TWYA 2DVZA 4OEUA 1O7TA 1EU8A 3HPIA 2B3FA 3PPQA 2AL4A 2F6PA 3HHGA 4RK9A 3PD9A 3V8XB 1N04A 2F6GA 4EQ9A 4NF4A 3B6TA 1B58A 4F2QA 2H98A 4I62A 2VGQA 4I1DA 2NWJA 3TCFA 1LBBA 1ZJLA 3PMWA 3C4MA 3VDFA 1UTBA 5B70A 2I3VA 4U1OA 1VSOA 5M2VA 1XVYA 2O1MA 3H7MA 5DTBA 1II5A 2FA7A 1S7YA 3CFLA 4GWOA 3SEUA 4XKNA 4XKQA 3TKDA 4EXKA 1Y3QA 1LAXA 3Q26A 1B5HA 5I58B 4RA1A 3T9HB 1B4HA 3IJXB 3TTNA 2RC9A 4X1DA 2ZYOA 3O6IA 3M3LA 4F3PA 4PFUA 1OQHA 3R7XA 4YB6A 2DXYA 2V25A 2ONSA 3CG1A 5CMMA 1BP5A 4ND9A 1US4A 1MH4A 4DXCA 2QJEA 3MZBA 3UGWA 3QAXA 3IOUA 1QJMA 2VD2A 4N13A 4Q5TA 3W9WA 4MLQA 2O68A 1B05A 1ATGA 3GLBA 3OSQA 3MBPA 3JV9A 5BWJA 3O97A 4O3AA 1Q35A 2FYIA 3T9VA 1OVBA 2O51A 3PPRA 2NOOA 2O69A 3P7IA 5FHMA 4E0WA 3Q27A 3C31A 3PUZE 2XHDA 4UA8A 3IJOB 5CI5A 5H8FB 3I3VA 3THIA 3FIRA 1FW0A 1XOCA 3ILUB 1B7ZA 4ZEFA 3O6HA 3RUMA 3U93A 2QRYA 4F29A 4F3BA 1A40A 4BDRA 1BKAA 3IB1A 4PQJA 3M8UA 1MQJA 1MXYA 4EF2A 5AA1A 4R72A 2XXWA 2CMOA 4OZ9A 2REGA 3OELA 1GTKA 5KDTA 2BJJX 4OWDA 4DIGA 5TU0A 1QW0A 3QSLA 4NWDA 4U23A 4R2BA 1OLAA 4JWOA 3EPEA 1SW4A 1ANFA 5CC2A 1B6HA 3K1PA 4LONB 5JK4A 1JVXA 1BLFA 3DP8A 4DXUA 3OMBA 4LVQA 3ZS6A 4ECFA 2I0BA 4G77A 4GFRA 2H5YA 1OMPA 3TUSA 4H6DA 2VHAA 3MZ9A 2XXXA 2H4IA 4OFOA 5TP9A 1MQIA 1B46A 4GVOA 4R6HA 3CIJA 4OMBA 4ZS9A 2Y7WA 4FECA 1LGBC 3MPLA 2ONKE 3HCQA 3HSTA 4GXSB 5I84A 1H76A 1LFHA 4NF6A 4F19A 4H67A 1A7LA 3M3KA 5I57B 4WEPA 1US5A 3FGSA 1IUDA 4NF5B 2RF1A 1YCJA 3CRBA 4POWA 4NTLA 2D21A 3D4CA 4H0WA 3S2VA 2DWHA 5ITOA 1B2HA 1LB9A 1SQYA 5CRYA 3VVEA 4JWXA 3ONMA 1IXCA 1JNFA 3LSLA 3VXBA 3TTRA 4IO2A 5I2NA 2ZMBA 2Q8JA 5I58A 2R6GE 4EUOA 5AA2D 3QUFA 4ZEIA 3T96B 2QPQA 1PB7A 1B4ZA 3K6UA 4LZ7A 3S9MC 3MJNA 1A8FA 1MY3A 4OERA 2NXOA 4HW8A 1MM6A 4RPOA 4LZ5A 1MRPA 4DXBA 4R9GA 1B9JA 4MLVA 1EZ9A 2XXRA 1N3WA 3UA8A 4JSOA 5HM4B 3SDFA 3TQLA 1B5IA 4O3BA 1MH3A 3PMXA 2UYEA 1YAEA 1QKAA 3K6XA 3BFTA 3JYRA 1FTMA 4KFQA 1AIVA 3H6UA 3FJ7A 4YICA 3K1NA 2GHBA 3N5LA 3E4RA 1UTBB 1L5TA 1A99A 3U92A 3KJ7A 3IO4A 4YB7A 1NH7A 5DVIA 3O2AA 1MY4A 1D9VA 4XKPA 3G3HA 3PUVE 2Z8EA 4QSCA 3RTFB 3CSBA 3B6WA 2XD3A 3MZ1A 4ZE9A 3OO6A 1LBCA 4OYVA 5DYHA 1B3HA 5FTHA 2R9JA 4F3GA 4YZZA 1Y20A 3MC2A 4OFJA 3MW0A 2ZNUA 2UYFA 4HCYA 3IX1A 1YPNA 1MPDA 3T66A 5CM6A 4KPTA 2CZLA 4ELPA 5I59A 3VVDA 4UACA 3CFZA 5HBCA 4YMAA 1PBPA 3KSJA 1B3LA 4JSDA 4N07A 2F36A 2A5TB 3G3KA 4GD5A 4F39A 2HZKA 3TCHA 4N6PA 2AL5A 1B5JA 3BBRA 3RGYA 1EH3A 5ITPA 3PV0E 2DYXA 2AIXA 5I57A 3QXMA 3EN3A 2OWSA 3RNNA 1H3DA 1DTZA 4Z0IA 3SEYA 3PMVA 4NF5A 3U1OA 2HAVA 4ZZEA 3OEMA 1CB6A 3ZSFA 1A55A 3OENA 1QUKA 3FASA 4QSDA 1R1NA 4QHQA 3W15C 4BDLA 3OXNA 3U94A 3UP9A 1QVSA 4YB5A 3MUQA 3B7DA 1HSJA 2DE2A 1P1OA 4JXIA 3OO7A 1B52A 2QS4A 1H45A 1IZ1A 1M5CA 4H5GA 1VFEA 1TT1A 3E9XA 3H03A 3K00A 3O9PA 3Q28A 3RLFE 3PU5A 1ZU0A 3TCGA 4OTEA 1ZBMA 2DQVA 3SERA 5J1DA 4AQ4A 1Y4CA 2X7QA 3N26A 3GBAA 3VFJA 5DT6A 5H8QA 4H5FA 5TP9B 1FCKA 4F18A 5K2XA 3FXUA 2XXPA 1JQFA 4BDQA 2OK2A 3PGFA 2D5WA 2V3UA 1IXGA 3TTLA 4ZDMA 1IXIA 1GVCA 1MDP1 4C1TA 3TQWA 3MVZA 3PPOA 4NF6B 3T22A 2QS3A 4MH5A 5EHSA 1IQ7A 2DS9A 4KQPA 1FQEA 1OVTA 5KCJB 2Q9TA 3RTWB 4R75A 1NFTA 1FQBA 3K6VA 3IR1A 5I2NB 1NL5A 3HV1A 4JB7A 2Q2CA 2F97A 5H8HB 3TAJA 4G68C 3C34A 3A09A 4JBZA 3K2DA 1LAFE 4FJPA 4GIZA 3R6UA 4ZECA 4H1XA 3DELB 4QRZA 4R6KA 5L9SA 2YLNA 3O66A 1DSNA 5A5XB 1P1WA 1O64A 1P1QA 4RJZA 2O7UA 4RXLA 1MXUA 3UORA 4YAHX 5CBSA 4PP0A 2KLFA 1DMBA 1MS7A 4OENA 2B65A 3PUWE 3RT6B 4U21A 4BDMA 5CMKA 3IAZA 1Z7ME 2A5TA 3T9XB 4X1BA 1ZIUA 1HSEA 4F31B 1JW1A 4U4XA 4QFLA 3RN8A 3V5AA 1ZKBA 2HCAA 4ELQA 4MBPA 1Y1ZA 4ESXA 1PB9A 5FTIA 3ZKLA 4ONYA 5H8NB 4JDFA 4NMYA 2DSFA 1S9TA 3SETA 3PD8A 4IO6A 3IOTA 1MY1A 3IO6A 4AB6A 5EHMA 2XXYA 4F1YA 2Q2AA 2VOZA 4BLAA 1N7XA 2QS1A 3MP1A 2OJTA 3OO8A 1OLCA 2F7AA 3KGCA 2OZZA 1EZPA 2D3IA 4DLDA 2XX8A 4JWYA 1AL3A 1I69A 2XXUA 1BIYA 5I59B 3PPPA 4GRKA 3QUJA 3G3FA 4IGRA 3GBBA 3TPAA 1JW5A 2FNCA 3G7WA 3T9UA 4U1ZA 1I6QA 3AXFA 3DP6A 1SW2A 1USYE 3C35A 3FVNA 2XXIA 4FEBA 4PFTA 1LLSA 4Q8RA 2DOJA 3BFUA 2P1SA 3UK4A 1TFAA 4KR5A 4KCDA 5ISUA 1JW4A 5KCJA 3G3JA 2A5SA 2GHAA 3IL1B 3MWBA 4TLLB 3MQ9A 2G93A 1AOVA 2PYYA 5DVFA 3ZKKA 2PMSA 4MFIA 3MPKA 2YPNA 4K3FA 2RKMA 3CSGA 1NNKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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