1LAFE

Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
molecule tags Amino acid transport
source organism Salmonella typhimurium
total genus 83
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE02
5H8HB 2FYIA 3O97A 2HEUA 2RF1A 1R9QA 3IJOB 4P0IA 4ZEFA 4G8NA 5KCJA 2I4CA 3MQ9A 4WEDA 4F1VA 2XX8A 4H8IA 5H8FB 2LAOA 2ZMBA 3MZ1A 2OLBA 3RN8A 1JW4A 2Y7WA 2R9JA 2V3UA 1NNTA 3RUMA 2Y7KA 4EUOA 1MPDA 1PB7A 3OOAA 2QJEA 4YB7A 3VVDA 4FEDA 1MY1A 4QHQA 4H6DA 2QPQA 4WEPA 4XIGQ 1BIYA 4O3AA 5I56A 1H45A 2XXXA 2ONRA 4MH5A 4BDOA 1UTBB 2AL5A 3OEKA 2ESNA 1VR5A 1FTKA 4MBPA 2O68A 2R71A 2OZZA 2CZLA 4FIMA 2W7YA 1B40A 1MXZA 1ZJLA 3G7WA 3H06B 3C35A 1QJMA 1NKXA 3TODA 3UP9A 1AMFA 2NWJA 2V3QA 5CI5A 1O63A 4JSDA 4F39A 4RXLA 1M5DA 4GL8A 1VSOA 1N04A 1AH5A 3PMWA 4MF3A 3FD3A 4IB2A 2Z22A 2ZYOA 3PD9A 1QKBA 2UYEA 3QUFA 4OZ9A 2H4IA 5K2XA 3RT8A 1EZOA 1QKAA 2Q88A 3MVXA 5EHMA 4F1UA 2HZLA 1Q35A 1B5HA 3OO8A 1FQDA 4OEVA 3U1OA 2QMXA 3G3GA 3SESA 3TCGA 1HSLA 4P11A 4GL0A 3KG2A 2UXAA 1IZ1A 2QRYA 4U22A 2Y7IA 1MQDA 3USDA 4QFOA 3ILUB 2XHDA 2VD2A 3RY3A 4FE8A 4QFLA 4Q30B 1SW2A 3BFUA 4FEBA 3S9EA 4HCWA 4BDQA 1ZBMA 3C9HA 3EHUA 2HAVA 4KFQA 1LFIA 4RNSA 2YPNA 3K6XA 5M2VA 3PD8A 3DELB 2H5YA 3H6UA 2P2AA 4F29A 3SEUA 5TU0A 2DYXA 1MY2A 1MXVA 5CMMA 3ZKKA 3DP6A 3MP8A 5DVFA 3V8XB 1N84A 3EN3A 3TYHA 1USYE 3LUYA 4NF5A 2O7UA 1LAFE 3MWBA 1BLFA 4X1BA 3CI8A 4P0GA 4FJPA 4DLDA 4ZEBA 3KSXA 4M4GA 1JQFA 4YMAA 5I59B 5H8HA 1R6ZA 1CE2A 3HCQA 2DVZA 2Z8EA 2VGQA 4JWYA 2GHBA 5BWJA 3C32A 1FTMA 5L9OA 3IR1A 4LQ5A 5L9MA 2XXQA 4ELOA 1WODA 2O1LA 3VVFA 1LFHA 1USYH 4FECA 2Y7RA 3OSQA 3TQWA 5H8FA 3C36A 1AOVA 5ITPA 2OWTA 2KLFA 1IITA 5CMCA 2I0BA 2I0CA 4OXVA 4HS7A 3EPEA 4Q5TA 4LZ8A 3SKPA 3U72A 3H03A 3FGSA 3TTMA 2XXIA 3PMVA 3A3CA 2REJA 3GBBA 1GGGA 3MUQA 3TAJA 1M5EA 4KYSA 1I69A 1MPBA 4EQ9A 3GZGA 4E0XA 5DEXB 3IB0A 4RK9A 1UTBA 4TOZA 5IKBA 3VDFA 3T9XB 3FVKA 2PYYA 5AE4A 3OO6A 4KYEA 2D5WA 1ZU0A 3PUWE 2DP8A 2F6PA 1B51A 1SW4A 4XKQA 2ZNTA 2XXWA 3EF7A 2BJJX 2P1SA 2V93A 5F1QA 3KSJA 4H67A 4ISUA 1B05A 3VE1B 1D9VA 3VXCA 1SBPA 5DT6A 4QSDA 5CBSA 4H8JA 4IGRA 1N7XA 2B3FA 5KDTA 1PB9A 4ECFA 3O2AA 4XKRA 3GLBA 5I58B 1ZLQA 1D4NA 1Z7NE 3SERA 4NE4A 1GR2A 2X7QA 1B32A 3L6HA 3N94A 3UORA 3FVGA 5CRYA 5ICQA 1SYIA 2VP1A 3RGYA 3K01A 3M3KA 1FQCA 4R75A 1LAHE 4ZECA 1GVCA 2UVGA 4R9GA 2DXRA 4BDRA 3IORA 4UA8A 2RC7A 1B3EA 4QFPA 1P1UA 1A8FA 3U8QA 3M3FA 3TUSA 4JB7A 1B5IA 1UTHB 4GQOA 3QIMA 3HN0A 4KCDA 3K2DA 2F34A 1YPNA 3OXNA 1ATGA 5CMBA 3Q27A 4O3CA 3O9PA 3PPNA 3PPPA 5FTIA 4OFJA 4DCYA 4YMBA 3C31A 2VHAA 3MVWA 4ELRA 1SVXB 2DS9A 4GIZA 2O51A 3H3GA 1VFEA 1EH3A 1LCTA 1MDQA 4RY1A 2Z8FA 2X26A 3KOSA 1LFGA 3FJMA 3IJXB 1MY0A 3IL1B 3G3KA 3B7DA 2Q2CA 4R74A 2RC8A 3UGWA 2I48A 2O84X 3S9LC 5I59A 1A40A 2XXHA 4OFOA 1LAGE 1AL3A 2F5XA 1NFTA 4HTGA 1P1OA 1QUJA 4ZEIA 3W9WA 4PFYA 1POTA 3C4MA 3RLFE 2P0SA 3IX1A 3E13X 3RT6B 3E3KA 3AXFA 4AQ4A 4Z0IA 3N6UA 3TPAA 4LONB 2H99A 3R26A 4Z7EA 1JW1A 2QS1A 4RPOA 1OQGA 2I3VA 3FXUA 1US5A 1XOCA 3RQTA 1GV8A 3SEWA 4IO3A 5DEXA 4X1DA 3FJGA 3SEVA 4FAJA 1VFDA 3OMBA 4RA1A 1B0HA 1M5BA 4ZDMA 1EU8A 1QULA 2QS4A 1S7YA 4QFKA 4YKIA 3T9VA 3DLNA 2OK2A 1YCJA 4AB5A 3V5AA 3H4ZA 4LA9A 1JNFA 5B7DA 4X9TA 5DTBA 2XXTA 3H6TA 1NH7A 2F7CA 1FW0A 3LC8A 4KHZE 2RC9A 4H65A 4X48A 3BFTA 2DWAA 1GTKA 4GXSB 5AA4B 3RNNA 4F19A 3KJ7A 2QS3A 1FTLA 3PU5A 3K0VA 4LZ7A 4N07A 1B4HA 4K3FA 2PT1A 3TKDA 4IO4A 1Q1KA 4PFUA 4KI0E 5I58A 2OBGA 4XXUA 2ALUA 3FV1A 1R9LA 3LSWA 2UYFA 3O6IA 3KN8A 5KZTA 3TZAA 4JWXA 1IIWA 4KQPA 1ZIUA 4IGTA 3VLWA 3S9MC 2ZYMA 3O66A 2AYSA 2NVUB 3FUZA 3RTFB 1FTJA 2ZNUA 4KCCA 4QF9A 1Y3QA 5KDTB 4F3PA 4F31B 3BBRA 3K4UA 4F2QA 3FJ7A 1IQ7A 1UTHA 4DZ1A 1II5A 5TPAB 2GRVA 3IOTA 5I2NB 4M1VA 4YKJA 4ONYA 4ZE9A 1A99A 1IEJA 4OQOA 4ND9A 4XKPA 4NTLA 4PQJA 3T9HB 2I49A 1DSNA 4G4PA 3FIRA 3S9NC 3MW0A 3CVGA 2H9BA 4R2FA 3EQ1A 4EXLA 3VFJA 2R6GE 2AIXA 4OENA 1MXYA 3MBPA 3LSXA 1DMBA 4U1OA 4KR5A 4NF8B 3L6GA 2Q8JA 4F3BA 4IO7A 3ZSFA 2HQ0A 3KEIA 5H8QB 3JZJA 1XVYA 1I6QA 2PX1A 4PP0A 2UVIA 4RK2A 2OWSA 4R6KA 1OLCA 4ZE8A 3FXQA 3I6VA 1M5CA 3D4GA 2RCBA 1Y4TA 2XXVA 5AA2B 3SEXA 3KZGA 1MXXA 2DOJA 3OD7A 2DE3A 3CFLA 3PUYE 2IA4A 4U4XA 3O6GA 1DPEA 4JXIA 5B70A 2V25A 4KYDA 3JV9A 4GD5A 2YJPA 1ZMGA 3IB1A 1TFAA 3HPIA 2Z8DA 1TFDA 1I6BA 4LATA 4BDLA 1N3XA 1P99A 2F78A 3M8UA 2B65A 4LVQA 5CM6A 2V84A 1S9TA 4GFRA 4PE5B 2ABHA 4MLVA 3TCFA 4YB5A 3GXAA 4LQ2A 1B6HA 2HXWA 4BDMA 2F7AA 1PBPA 3QSLA 1I6AA 1B52A 4QSCA 1S50A 1MQHA 2AL4A 4IO6A 3CIJA 2ZNSA 1H44A 3H6WA 4F3GA 3C33A 4Q0CA 3OEMA 2Z23A 3LSLA 4OERA 3WAEA 2PVUA 2IEEA 1BTJA 3EHTA 1L5TA 1P1NA 1WDNA 3UK4A 3ZKLA 5AA4A 5L8DA 1TT1A 1O64A 3O6HA 4EXKA 2I6EA 2F97A 1N0TA 3IOUA 2H25A 1N76A 1B1XA 4XKNA 1EZPA 1Y20A 3O29A 1T0KA 1LSTA 1B4ZA 1OVBA 1US4A 1A54A 2DXYA 1A55A 2NOOA 1SW5A 5ELVA 1B58A 3T22A 4H1XA 5CBRA 4NF4B 3G3HA 1PEBA 4G68C 1MS7A 3IB2A 4I62A 5FTHA 4FATA 2G93A 1FTOA 3FATA 2B3BA 4YZZA 4GLIA 4F2OA 5TPAA 3K6WA 4BLAA 5LOMA 5I2NA 1M5FA 1PB8A 1OMPA 4HW8A 4I9DA 3N6TA 3QAXA 5AA1A 3MP6A 5IAIA 3UIFA 3FVNA 2CMOA 3MPKA 3TMGA 1LAXA 3CFXA 5FHMA 2ONKE 4OMBA 4H0WA 4R6HA 3OO7A 1SYHA 1XC1A 1URGA 5F7VA 1Y1MA 1YTVA 1PC3A 4NWCA 1VE4A 1Y3NA 5JK4A 4PETA 3B6WA 4RPNA 4DCXA 3IK6B 3IOWA 3W15C 4I1DA 3MPLA 2ONSA 4NF8A 3KN3A 4R9FA 4OETA 1JEVA 5H8QA 4YICA 1LLSA 2DVCA 3PUXE 4G77A 4U2RA 3T96B 5AA2D 3QK6A 1LB9A 4DIGA 1P1QA 5AA2A 4WKMA 4YAHX 1FQEA 3KOTA 1TWYA 4OYVA 1XS5A 1AIVA 2PMSA 1B46A 2HZKA 4QFNA 1MXUA 1MH3A 1SI0A 1RYOA 1B7HA 3U92A 1PDAA 3PPQA 3K6UA 4U1ZA 4ZS9A 2D21A 1SQYA 1HSEA 4TLLB 1QVSA 2XXYA 4XTCQ 2Q9TA 3C34A 4O3BA 2UVJA 1IXGA 3QXMA 2ANJA 3Q26A 3TTRA 1POY1 3TDJA 1BKAA 2F35A 4N6PA 3H6VA 4NWDA 1Z7ME 2F36A 1UIUA 1Y4CA 5JTYB 5AA3A 4GWOA 3TEPA 1UIVA 4IY5A 2GFEA 5H8SA 1O7TA 5FHNA 3PUVE 3PPRA 3U93A 2DSFA 4GVOA 3DP4A 4EDPA 3Q28A 4G68A 5A5XB 4THIA 3W9VA 2DWHA 1MPCA 4IO5A 4E0WA 5CMKA 2GH9A 3K00A 4OFLA 1IXHA 3JYRA 3UA8A 3O28A 3CSBA 1MY4A 5HBCA 5DYHA 3KGCA 2HFBA 4I8CA 4OVJA 1B5JA 3TTLA 3M3LA 3P7IA 5BUUA 4NF4A 4R73A 4UACA 5I2KB 2I3WA 3B6QA 4NMYA 5TP9A 1IUDA 4JWOA 3TTKA 2RKMA 3MVYA 3LSFB 4U21A 5K2YA 2QS2A 4JBZA 1EZ9A 2VOZA 1Y9UA 4R6YA 5FHOA 4C1TA 4DXBA 4F22A 4U23A 4OEUA 2NUVA 1B0LA 3SDFA 2Q89A 4LZ5A 2NXOA 3G3JA 1FCKA 1NMUA 1J1NA 4HCYA 1URSA 3KFMA 3UN6A 1XVXA 4OESA 2I58A 2M8CA 3HHFA 4G2ZA 2DE2A 5I57B 3A3UA 5I84A 4C0RA 4ESWA 3R7XA 1N7WA 4NF6B 1ZTYA 1LGBC 2HAUA 1UQWA 4PFWA 1MQGA 3N5LA 3QYTA 1NH8A 3KBRA 1FQFA 3R6UA 2XX9A 3MZBA 3A09A 3S4UA 2I4BA 4AB6A 1OQHA 1MH4A 2O6AA 4JSOA 4ZZAA 1Y3PA 4R2BA 3G3FA 1SW1A 1JVYA 2XXUA 3OELA 1B7ZA 1FQBA 4C1UA 1LBBA 4RJZA 1URDA 2O69A 3H7MA 1DTZA 2XXPA 1SD3A 1NL5A 3K6VA 2ZYNA 4PFTA 1XT8A 1LB8A 1SDXA 2X7PA 3WAFA 3IAZA 2Q2AA 3K1MA 3ONMA 3T66A 1A7LA 5HM4B 3PPOA 3TELA 3U94A 4H5FA 3T9UA 4OTEA 4TQUQ 4U4SA 3T93B 4KD5A 5ICTA 5EHSA 1ANFA 3SEYA 3V83A 3HSTA 1DOTA 1JVXA 4G8MA 4MLQA 4FORA 1H43A 3DP8A 3BKIB 3B6TA 5JTYA 2QL3A 2A5TA 3I5OA 5L9SA 3VLUA 1B3FA 2XXRA 4NEDA 4ELQA 1B3GA 4JDFA 4G8HA 3KJTA 2Y7PA 2A5SA 1H3DA 1IXCA 2F6GA 1ELJA 1MM7A 1OLAA 2VD3A 3RPWA 4POXA 3VV5A 3IO4A 1B3LA 5CC2A 3SETA 1LBCA 3OENA 5A5XA 4QRZA 1JETA 1LCFA 3ZS6A 5JEIA 3FZVA 2DWIA 2HCAA 3F11A 2DQVA 1CB6A 1OIBA 3CSGA 1A8EA 4YKKA 5H8NB 4ZEKA 2THIA 4L17A 3CG3A 5I2KA 4GXAA 5ITOA 3THIA 2ZYKA 3OO9A 4G68B 4EQ7A 1NNPA 2XX7A 3PGFA 1SI1A 4IO2A 1Y1ZA 4ZZEA 5KCJB 1B7UA 2F7BA 5HPQA 2REGA 3HO7A 3LBSA 2XD3A 2OJTA 2G29A 2FNCA 5I57A 1OVTA 3GBAA 2RCAA 1QUIA 4RYAA 4TLMB 1XHYA 4NF6A 1B2HA 1MQJA 3QUJA 5EYFA 1HSJA 1KWHA 5TP9B 1DPPA 2GHAA 3CFZA 3DM0A 5DVJA 5I56B 4YB6A 3EHSA 1B3HA 1MY3A 2DWJA 1D9YA 1ZKBA 4ELPA 4POWA 3E4RA 2PT2A 3ILTB 3FXRA 1RYXA 3TQLA 4GOTA 4KPTA 1B9JA 4QSEA 3PV0E 4ESXA 1MM6A 3V89B 3K1NA 4LUBA 1N3WA 2F8DA 3I3VA 1YAEA 4MFIA 3HHGA 3N26A 1MQIA 4EF2A 3D4CA 2UVHA 3MP1A 1IXIA 4GRKA 3CG1A 4IY6A 5J1DA 3K1PA 4R72A 2RINA 3FV2A 1QW0A 2QSXA 3IO6A 1H76A 2PBWA 3MVZA 3CR9A 3FVOA 3HV1A 1BP5A 3TTNA 2XD2A 1JW5A 3Q29A 3LR1A 4DDDA 3ODBA 1D3KA 2Y84A 3MAMA 3PMXA 4N13A 4GF8A 4F1YA 2QMWA 4ZEDA 4YKPA 4DXUA 5ISUA 3CRBA 3OSRA 3FASA 3VVEA 1P1WA 4F3SA 4BDNA 1MRPA 3K02A 4EQBA 1B1HA 3KN7A 5DVIA 2FA7A 1QUKA 2WKYA 4F18A 1RKMA 3PUZE 3G3IA 1MG1A 3S2VA 1TXFA 1MXWA 3IOVA 1R1NA 1MDP1 4WXJA 2V3TA 3VXBA 2DE4A 4OHNA 2O1MA 2A5TB 2E0SA 4DXCA 4YU0A 4NF5B 4DE8A 2OCUA 1PBQA 1DTGA 2O7IA 2H98A 1WVJA 5H8NA 1NNFA 3MZ9A 3VLVA 2E1SA 3TCHA 4EF1A 1NNKA 4OWDA 1JEUA 1F9BA 4H5GA 3RTWB 2ZXTA 3E9XA 2YLNA 4Q8RA 3Q25A 3ECRA 3MC2A 4LP2B 2D3IA 3TFLA 3MJNA 1FQAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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