1LAFE

Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
molecule tags Amino acid transport
source organism Salmonella typhimurium
total genus 83
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE02
2QS2A 3CFLA 1IIWA 2PT2A 4ZZAA 3FUZA 1ZIUA 4OETA 5FHMA 4RXLA 2GRVA 1SVXB 1IXCA 2NOOA 4PFUA 3KSXA 1DMBA 2CMOA 4IO5A 3HO7A 4IO3A 3BFTA 1F9BA 1N84A 3JYRA 3IOUA 2Q2AA 2XX9A 3IJXB 2D5WA 4BDNA 1D4NA 3IOVA 3GBBA 3T66A 3QXMA 2FNCA 2B3FA 2DWJA 4JXIA 4LUBA 4Z0IA 3T9VA 3TCGA 3N6UA 5K2YA 4X9TA 3TEPA 5H8NA 3SEXA 3CSBA 5I2NB 1FCKA 2ANJA 4EDPA 1ATGA 1PBQA 3Q28A 1HSEA 1LCFA 3U92A 5I57B 1HSJA 1B3EA 3W9WA 1Y1MA 4DXCA 2F35A 5B70A 2DWHA 4PQJA 1ANFA 4NF4A 1MXUA 4OWDA 1T0KA 4U23A 3T9HB 4U1OA 2NXOA 3OO9A 1OIBA 2VOZA 1ELJA 4YKKA 3LUYA 1ZU0A 4YB6A 4QFOA 4RPOA 3HPIA 2UVHA 2VD2A 1B40A 2Z23A 3QUFA 1GTKA 1MPDA 4OTEA 1NKXA 4FAJA 4YU0A 3S9EA 3C33A 1XS5A 1B46A 5LOMA 3PGFA 1LAXA 3C31A 4G2ZA 5ELVA 1B5IA 3CSGA 4F3GA 2RINA 1IEJA 2O69A 3T22A 1B7HA 2UVGA 3OEMA 1GR2A 1LB8A 5HPQA 3FVKA 4OERA 3PPPA 1N0TA 4L17A 3FJ7A 3B6TA 4QFPA 4P11A 3G3JA 3FXRA 4U21A 3OO8A 3FZVA 4F3SA 5TU0A 2OZZA 1M5EA 3ILUB 3CG3A 2REJA 3ZSFA 4RYAA 4KI0E 4BDLA 5TP9A 4G8MA 5AA2A 4EQ7A 2THIA 4KHZE 3ODBA 3IO4A 1XOCA 3S9LC 1SQYA 2DXYA 2VP1A 4RK2A 3D4GA 3N6TA 1AMFA 4FEBA 4ZDMA 5I56B 4RNSA 3K02A 2HQ0A 2RF1A 4YB7A 3SDFA 4NWDA 3TCHA 4RY1A 5F7VA 5F1QA 3ZKLA 1VFEA 4GQOA 1JVXA 3SEVA 2Z8DA 2ALUA 3O29A 3V83A 3V5AA 4ZE8A 3H6UA 2YJPA 3LR1A 1N7XA 3QIMA 1B3LA 3MQ9A 1MDQA 1NNFA 3MP8A 2XXIA 4M1VA 4EF2A 1JVYA 1MQDA 3MPKA 5AA4B 4ZS9A 3TELA 5CMCA 4R73A 3FJMA 5I58A 3VXCA 4MH5A 1VE4A 4NF5B 3RT8A 4FIMA 4E0WA 4IO2A 2XXVA 3U1OA 1MM7A 3G3GA 2XX7A 1VR5A 1UTHB 1A54A 1PC3A 2Y7RA 4FORA 2P2AA 3H7MA 3KJTA 1SYIA 1QW0A 3TQLA 4R75A 4IB2A 4ZECA 4TQUQ 1POY1 4GF8A 1N7WA 4R6HA 2HAUA 3HCQA 3KOSA 3BKIB 4R9GA 3KSJA 1QUJA 4NTLA 1NNPA 2O1MA 4DXBA 5IKBA 3QK6A 1IXHA 4FE8A 5EHMA 1LFHA 3UIFA 3G3IA 2DE3A 3PMWA 1H45A 3MP6A 4BDOA 1IXGA 1S7YA 1MY2A 3EHSA 3PUXE 3HV1A 4Q8RA 3PUWE 3KN8A 2XXRA 3IORA 4YMAA 2UVIA 4FATA 2RCBA 3H03A 2XXUA 3VLVA 4NF8B 4MFIA 3IL1B 4NEDA 1ZBMA 1BTJA 1VFDA 3O2AA 3MUQA 1FQDA 3PPQA 1UIVA 3HN0A 3PPRA 4OFOA 3PD8A 4AQ4A 5TP9B 1NMUA 3VVDA 3CVGA 4JSOA 1B3GA 2VGQA 2HAVA 3W9VA 1Y9UA 1TT1A 2QRYA 2QS1A 2XXPA 4XIGQ 3TAJA 2ONKE 3C4MA 5H8QA 5I2KB 5A5XB 4BLAA 2B65A 1M5FA 3FVGA 3PUZE 3TYHA 3SEYA 4WXJA 1TFDA 4H65A 4FEDA 4LQ2A 5JEIA 1NL5A 4KYDA 1GGGA 3U93A 3KJ7A 1FTOA 5DTBA 5H8HA 3RGYA 1I69A 1QUIA 4IGTA 1NNKA 3SEUA 3TZAA 5H8FA 3C36A 3TDJA 4JSDA 1NFTA 1O63A 1QUKA 1USYH 4KR5A 4O3CA 4QHQA 2VD3A 3OD7A 1AH5A 2RC8A 4FECA 2Y7PA 4TOZA 3E4RA 4QFNA 3FV1A 2DYXA 1N04A 2Z22A 3PPOA 2G93A 4JWOA 5JTYA 3QSLA 2RKMA 3RTFB 4ND9A 3CFZA 1P1QA 4F39A 5CBRA 2A5TB 1WVJA 1ZLQA 3UGWA 1MQGA 2Y84A 3MPLA 4LQ5A 1Z7NE 1N3WA 5BWJA 4LATA 1LAGE 5FHNA 3V8XB 4IO7A 3G3HA 3FXQA 4JDFA 3TODA 3EQ1A 4DE8A 1JW5A 4NWCA 5HM4B 1SD3A 1JETA 3I3VA 3FVNA 4H8IA 1DPEA 3OXNA 4NF6A 4KCCA 1D9YA 4MBPA 5DEXB 4YB5A 1MPCA 4ZZEA 4TLLB 3ZS6A 1O64A 4G68B 2XXXA 3T93B 1LLSA 2R9JA 4XXUA 3OENA 4GIZA 3K6UA 3M3FA 1ZTYA 1JEVA 2D3IA 3K4UA 2O7IA 4MLVA 2KLFA 1JEUA 4LA9A 1GVCA 3ILTB 4F29A 1B05A 4ELPA 4IGRA 2OLBA 2XD2A 1UTBB 2ONRA 3E9XA 4U2RA 4YKPA 3PUVE 3VV5A 3MVZA 4LZ5A 1FTLA 5DT6A 4JWXA 2X7QA 1QKAA 3MVWA 3G3KA 1FQEA 4ESWA 3IB2A 5KDTA 1PB9A 1OQHA 2HZLA 2G29A 3FIRA 4Q0CA 1BIYA 2ZYKA 2PX1A 5HBCA 3OELA 3FASA 4R2BA 4MF3A 2O68A 2GH9A 4OHNA 4F31B 2HZKA 4P0GA 4PFWA 5FHOA 3O97A 4F22A 4Z7EA 3RY3A 2OK2A 4LONB 3IB1A 4O3BA 5M2VA 2UVJA 2ZNTA 2XHDA 3N5LA 2GFEA 4KYSA 3WAFA 3EHTA 5KCJA 1Y3QA 3KZGA 1NH7A 3THIA 3U8QA 1P1WA 2NUVA 4I62A 1I6QA 3DP4A 3KG2A 1IZ1A 3PMVA 4ECFA 3SESA 3T9XB 1MH3A 1B0HA 3K1MA 1MS7A 2FA7A 5FTHA 2I6EA 2I0BA 1M5CA 5AE4A 1MQHA 3C32A 2HCAA 3DELB 1JNFA 2I4BA 2QL3A 5I59A 4ONYA 5TPAA 3PD9A 3O6IA 4JB7A 4GOTA 1MY3A 4UA8A 1MQJA 3HSTA 1WDNA 3TTLA 1ZMGA 4R72A 1DSNA 2XXTA 3EHUA 3TFLA 3K0VA 1SW2A 3I5OA 5CMBA 3C9HA 1OLCA 5ICQA 2OWTA 4F2OA 1LAFE 5CBSA 2R6GE 4OEUA 1SW1A 3LSXA 1D3KA 3G7WA 1XT8A 4U4SA 2PBWA 5L8DA 1DPPA 3SETA 3KN3A 3G3FA 4RPNA 1MH4A 3EF7A 4WEPA 3RLFE 3SERA 3L6GA 2Y7IA 1PEBA 3RNNA 1Z7ME 1P99A 1H76A 1B7UA 5H8NB 1QVSA 3TCFA 1QJMA 4DCYA 4PP0A 3OO7A 3H06B 4N07A 3M3KA 3KGCA 1BLFA 4OMBA 4MLQA 1II5A 2F6PA 5DVIA 4Q5TA 1LAHE 2V3UA 3FATA 1S50A 4LZ8A 4YKJA 1A99A 4R2FA 3H6WA 2AIXA 4YKIA 3FXUA 4NF4B 3QYTA 1A40A 3K01A 2F8DA 4ISUA 2PYYA 3Q29A 1Y4TA 2XXHA 3MJNA 2I3VA 4F19A 3M8UA 1EZOA 4U22A 4JWYA 2IEEA 5L9MA 2RC9A 4DDDA 1S9TA 3B6QA 3JV9A 1N76A 1BP5A 4BDMA 1FQBA 2ESNA 4ZEKA 3GBAA 4EXLA 1SI1A 2GHBA 4AB6A 4G4PA 4RA1A 3ZKKA 4POXA 2LAOA 2A5SA 4BDQA 2H99A 1US4A 4GVOA 1XVYA 5BUUA 4H5GA 1KWHA 4H0WA 4ZEDA 3S9MC 1LCTA 2ZYNA 3KBRA 2DVCA 1NNTA 2QMWA 3O6HA 3Q25A 2F6GA 5J1DA 3FV2A 3K6XA 1B3HA 1B51A 2E0SA 2DE2A 4KD5A 2WKYA 1Q1KA 3CIJA 1SDXA 3MAMA 1JW4A 3Q26A 2Z8EA 4E0XA 4O3AA 3S4UA 1FTJA 4GWOA 4K3FA 5AA1A 1OVBA 3MW0A 3LSLA 1B5JA 1FTKA 1LFGA 4HS7A 2XXQA 2ZNSA 1WODA 4QF9A 5I2NA 3VLUA 2R71A 4N13A 4IY6A 4H8JA 1EZ9A 3M3LA 3IOTA 3Q27A 5AA2B 1URGA 1YAEA 5I57A 3TTNA 1LGBC 1USYE 1ZJLA 4I9DA 4G68C 3BBRA 2PVUA 4OENA 2Q2CA 1MG1A 2HXWA 1D9VA 1M5DA 4QSEA 1Q35A 2DQVA 4F1UA 3N94A 2HEUA 4XTCQ 3W15C 1B6HA 3DLNA 4F18A 4BDRA 1MQIA 2YPNA 1ZKBA 3PPNA 3JZJA 3D4CA 3GZGA 3PUYE 1B2HA 1YTVA 4OVJA 1XC1A 5K2XA 1B52A 4N6PA 5I58B 1IXIA 3CR9A 2Q89A 3R6UA 1M5BA 1SI0A 1O7TA 2XXWA 4YZZA 1P1NA 2XD3A 3H4ZA 5B7DA 3UORA 3AXFA 3VXBA 2DWAA 1RYOA 2F5XA 4U4XA 2OBGA 1I6BA 2VHAA 5DVJA 2H5YA 4HCWA 3IB0A 3OO6A 3L6HA 1MY0A 3U72A 3IJOB 2O51A 4QSDA 2ZYOA 1B4ZA 1JQFA 2D21A 3ONMA 1N3XA 3B7DA 1GV8A 4H5FA 4R74A 4LP2B 1IITA 3HHGA 4UACA 2F78A 1B4HA 4X48A 4XKRA 1Y3PA 3TTKA 4LVQA 2DP8A 4F2QA 4I8CA 1DOTA 2E1SA 3TQWA 2IA4A 4RK9A 1CB6A 1H44A 3K6WA 1B9JA 2XXYA 2H25A 3IK6B 4I1DA 4OESA 3KFMA 4P0IA 4PFTA 1FQFA 4IO6A 2I3WA 3HHFA 2V3QA 3LSFB 2Q8JA 4XKQA 3RPWA 4C0RA 2F7AA 4ZEFA 3CG1A 3PMXA 3LSWA 5I56A 3OMBA 4KCDA 2F97A 4OYVA 1R9LA 3T9UA 3FGSA 3QUJA 1OMPA 4GL0A 2YLNA 4GXAA 2B3BA 2OCUA 2QS3A 3A09A 2UXAA 3H6TA 1RKMA 2I0CA 5ISUA 2Y7WA 5AA4A 1MY1A 3C35A 3DP8A 4NF5A 4KPTA 2F34A 2F36A 2I4CA 4C1UA 4AB5A 2I48A 3MP1A 3UP9A 2OJTA 2AL5A 5ITPA 4ELRA 3LBSA 3GXAA 1UTHA 4OZ9A 5H8QB 1B32A 2ZXTA 3MVYA 3MZ1A 5AA3A 2O6AA 2RCAA 3VE1B 3VLWA 2CZLA 1R1NA 1UIUA 2I58A 1YCJA 2PT1A 5H8HB 3O9PA 4LZ7A 5AA2D 1A7LA 5CM6A 4GRKA 1I6AA 3QAXA 1PB7A 1TFAA 1A55A 5H8FB 3S9NC 4G77A 3OSQA 3E3KA 1VSOA 3TKDA 4F1VA 3RT6B 3CRBA 3OSRA 1DTGA 3O66A 4X1DA 1L5TA 3UN6A 3VVEA 4POWA 5DVFA 5JTYB 1OVTA 4EUOA 1AIVA 1XHYA 2V25A 2V93A 5JK4A 4KYEA 3TTMA 3SEWA 1DTZA 1B1HA 4QFKA 4M4GA 2ZNUA 4XKNA 1P1OA 4H1XA 3E13X 5CC2A 3USDA 5ICTA 4NF8A 3DM0A 3DP6A 3MBPA 4GXSB 3H3GA 4XKPA 3U94A 4YMBA 1MY4A 1FW0A 1EU8A 4NF6B 4H67A 1UQWA 4ZEIA 1FTMA 3ECRA 3IOWA 1SYHA 3RN8A 3K6VA 2UYEA 2DS9A 3WAEA 3MC2A 4EXKA 2PMSA 4OXVA 2P0SA 1AOVA 1FQCA 3LC8A 2DE4A 2H9BA 3K00A 3OEKA 4HCYA 5I2KA 3KN7A 3FVOA 5A5XA 4OFLA 4QRZA 3IR1A 5H8SA 3VFJA 4FJPA 4YAHX 4C1TA 4R9FA 3A3CA 1IQ7A 4EF1A 3O6GA 4EQBA 5EYFA 2DOJA 4ZEBA 4GLIA 1MXXA 1HSLA 1JW1A 5ITOA 1A8FA 4R6KA 2F7CA 4DXUA 2X26A 3FD3A 4OFJA 3KOTA 3UA8A 3T96B 2Z8FA 2O1LA 2QS4A 2XX8A 5KDTB 2QSXA 2FYIA 2Q9TA 2NVUB 4PETA 1H43A 1MXWA 1LBBA 2Y7KA 5EHSA 2RC7A 4TLMB 4Q30B 1SW4A 4THIA 4ELOA 3IAZA 2UYFA 2O84X 3MVXA 2A5TA 2ZYMA 1SBPA 3RTWB 4PE5B 4R6YA 4JBZA 2I49A 3EN3A 5IAIA 4RJZA 3CFXA 1FQAA 1J1NA 2X7PA 4IY5A 5CMKA 2DWIA 4DIGA 5KCJB 1MDP1 1B3FA 1LFIA 5FTIA 4KQPA 1TWYA 1PBPA 5DEXA 4GD5A 1H3DA 3V89B 1R6ZA 5L9SA 1A8EA 5CRYA 1US5A 4QFLA 3FJGA 4QSCA 4U1ZA 4G68A 2QPQA 3OOAA 4HW8A 1RYXA 3R7XA 1XVXA 1P1UA 3PU5A 3F11A 3TMGA 4F3BA 2DXRA 3BFUA 4ELQA 1IUDA 3RUMA 1B7ZA 1MXYA 2M8CA 5I59B 3IX1A 1PDAA 5KZTA 5TPAB 1Y3NA 1QKBA 3O28A 1UTBA 1B0LA 5I84A 3EPEA 2H98A 2NWJA 2F7BA 5DYHA 3R26A 4NE4A 1B5HA 4WKMA 1NH8A 3S2VA 4NMYA 2QMXA 4EQ9A 3TUSA 4G8NA 3K1NA 1LBCA 2QJEA 4YICA 1SW5A 4DLDA 2H4IA 3KEIA 1R9QA 1MXVA 2V84A 4F3PA 5L9OA 4OQOA 1MM6A 1B1XA 4PFYA 2AYSA 1B58A 3A3UA 3H6VA 4OEVA 4DCXA 3PV0E 2REGA 4F1YA 4ESXA 3CI8A 1POTA 1CE2A 4KFQA 2V3TA 5CMMA 1URSA 1Y4CA 2W7YA 3GLBA 1LSTA 4DZ1A 2ABHA 3P7IA 5CI5A 1MXZA 1AL3A 4H6DA 3MZBA 1URDA 4ZE9A 3VDFA 1Y1ZA 2OWSA 2P1SA 2HFBA 3N26A 1OQGA 3MZ9A 3RQTA 4G8HA 3K1PA 1BKAA 1MRPA 1OLAA 4X1BA 1QULA 3TPAA 3I6VA 1EH3A 1Y20A 1PB8A 3C34A 2ZMBA 2DSFA 4GFRA 1YPNA 3UK4A 2Q88A 3K2DA 4HTGA 4WEDA 3VVFA 2AL4A 4GL8A 4IO4A 1EZPA 3TTRA 2ONSA 1TXFA 3B6WA 3SKPA 1MPBA 2GHAA 1LB9A 2DVZA 3MWBA 2O7UA 2BJJX 3IO6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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