1LAFE

Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
molecule tags Amino acid transport
source organism Salmonella typhimurium
total genus 83
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lafE02
4EXKA 1MPBA 2A5TB 3MVYA 1MQJA 4O3CA 3QSLA 5K2YA 1QKBA 1LBBA 4QSDA 1P1QA 5H8FB 3IO6A 1SD3A 5H8HB 5L9OA 3EPEA 4WEPA 1EU8A 4YKKA 1OMPA 4TLMB 3H6WA 4ZEBA 2B3BA 2QL3A 3PPPA 3EHTA 3FIRA 4KD5A 1JVXA 2V84A 5CMBA 4ZZAA 1MY0A 5F1QA 5LOMA 2ESNA 3LSWA 4KR5A 2I3VA 4KPTA 1MDP1 3VXCA 1H44A 4KFQA 3G3KA 4H5GA 5AA4B 3N5LA 3KN7A 4UACA 3FUZA 1ANFA 3KN3A 2QS1A 3P7IA 2H25A 4OEVA 1I6AA 5FHNA 2VOZA 1SW5A 3MVXA 3BFTA 3IOWA 3IB0A 4FJPA 4TLLB 4ELRA 2YLNA 1ZBMA 1MH3A 3G3FA 3MZBA 1QJMA 4ZS9A 4OETA 2O7UA 4F22A 1LFGA 4PP0A 5ITOA 5CRYA 4H65A 4PQJA 4RPOA 3W9WA 3W9VA 1FW0A 1B3GA 3U94A 2UVHA 4DXCA 4NF6A 3FASA 1LBCA 3N94A 1YTVA 5L9MA 1B2HA 2UVJA 4ESXA 4GL0A 2I48A 3I6VA 5HBCA 4GL8A 1MXUA 4N6PA 3SEXA 3KOSA 3TTKA 1B51A 4JBZA 3LBSA 3FD3A 3Q27A 5ICTA 4X9TA 1AH5A 4Q0CA 4FE8A 1NH7A 2Z23A 1MY2A 4FAJA 2UXAA 4F2OA 3K1NA 1IEJA 4GIZA 3EHUA 3H6UA 3V8XB 3IJXB 2QJEA 2V3TA 3N6UA 5TP9B 1B52A 5I57A 2QSXA 1PEBA 2A5SA 5I59B 3MVZA 1B58A 2RINA 4PFWA 5H8NA 1MDQA 2DP8A 3S9EA 2Y7IA 1MY1A 4O3AA 4GXAA 3OEMA 3T9HB 4GFRA 1VR5A 4GD5A 5L8DA 2HZKA 4BDQA 5FTHA 3RLFE 3TDJA 4MF3A 2ALUA 3MZ9A 2HXWA 4WEDA 2GFEA 4JWOA 4EDPA 1N3XA 3PMXA 1MQIA 2O51A 2X7QA 4ELQA 3HHFA 4RK2A 3T9XB 5TPAA 3ODBA 2VGQA 4H0WA 2R9JA 1PB7A 1D4NA 1B3FA 5DTBA 1PBQA 1I69A 1I6BA 4JWYA 4N13A 3SDFA 4NF8A 1B40A 1CE2A 2G29A 3T9VA 3FV1A 1RKMA 2DS9A 3TTMA 3FVGA 2O6AA 2D5WA 4RYAA 1DTZA 3GBAA 1N7WA 3WAEA 5K2XA 3FGSA 3KGCA 3LSFB 5I2KA 3OEKA 3T22A 3TELA 3PMVA 2HFBA 3T66A 3H3GA 5CI5A 4PFTA 4HS7A 1RYOA 5I2NB 1R6ZA 4Q5TA 1US4A 1OVTA 1M5DA 4G77A 3O66A 2QS4A 1B5IA 5I56A 2V3UA 4XIGQ 1JQFA 4C1TA 3FATA 3OOAA 2O1MA 4OMBA 1MXWA 3A09A 4O3BA 4ZE9A 4JB7A 1MPCA 3KN8A 2DYXA 3M3FA 4KI0E 4OQOA 3CG3A 2NXOA 4ZEKA 5CMMA 2ZYMA 4YAHX 1HSLA 3ZSFA 2P2AA 3DELB 1Q35A 1B3LA 3MP6A 1B9JA 4RPNA 1GV8A 1T0KA 5EHSA 2RC8A 4EXLA 2NWJA 4NMYA 3OO8A 3SETA 4Q8RA 2O69A 3K02A 3MWBA 3PPNA 2Q89A 5H8FA 3L6GA 4OWDA 4ESWA 4P0IA 1WDNA 2DWJA 5EHMA 1JEVA 5FTIA 3K1MA 1QUKA 4IO7A 4IO4A 3KEIA 3U8QA 3QAXA 1MG1A 4H6DA 3IJOB 3SESA 5H8NB 2I4CA 3KG2A 5DVIA 4X1DA 4XKPA 2XXQA 3H7MA 1H43A 1FTMA 1QW0A 3RTWB 3RGYA 2HAVA 2CMOA 2D21A 3RQTA 4HCYA 3PPQA 2XXVA 1VFDA 2AYSA 2QMWA 4U1OA 4IY6A 1SW4A 3FXUA 1MRPA 4NWCA 2IEEA 2F35A 4R2BA 5TPAB 4DE8A 3TYHA 1B5HA 1MS7A 1PB8A 1PDAA 3MP8A 2IA4A 3MBPA 3MP1A 3S2VA 2H98A 1QKAA 4ZDMA 3KZGA 3K6UA 4IGTA 3PUXE 3RN8A 1B32A 3IOVA 1UTHA 3FZVA 4AQ4A 4KYSA 2ABHA 4R6KA 5M2VA 1WVJA 1DSNA 1MH4A 4BDOA 1EZ9A 3FVKA 5CBRA 3MC2A 3T96B 5I2KB 2GHAA 1B0LA 4AB5A 1LCTA 1NL5A 1A7LA 4U23A 4E0WA 1MM7A 1LFIA 2THIA 3BKIB 1MM6A 3U92A 3C35A 4YKPA 3K00A 4YB7A 2DE3A 1PBPA 2Q8JA 1NNFA 4OVJA 3ZKKA 1IXCA 2FA7A 4MLQA 3K6WA 2ANJA 1I6QA 3T9UA 1NNTA 2XD3A 5ELVA 4ISUA 3ZKLA 3OENA 2XD2A 3H06B 4I8CA 2ZYKA 2XXUA 3M3LA 3EF7A 1POTA 4OENA 3VXBA 3IO4A 4I62A 4H67A 5TP9A 3TQLA 4XXUA 5DEXA 2HCAA 5I59A 3TPAA 4ELPA 2XXHA 3OSRA 1JW5A 1URSA 5B7DA 1LGBC 1Y3NA 4LVQA 1JW4A 3D4CA 1FQCA 3S4UA 2UYEA 1IUDA 4OERA 3C4MA 1EZPA 3U72A 5CM6A 1LFHA 1OLAA 4DLDA 2D3IA 1XS5A 2F5XA 3EN3A 2AL4A 4C1UA 1B0HA 4F3PA 2VP1A 2REJA 2NOOA 2DXYA 3O28A 3M8UA 4R6YA 5FHMA 1NMUA 1ZLQA 1UTBB 1UIUA 3ONMA 2ONSA 1Y4CA 1B4ZA 1SBPA 1M5EA 2UYFA 3TCHA 3C33A 2M8CA 4EQBA 3FJGA 4NF5B 3H03A 2NVUB 1FCKA 1TWYA 1LAXA 2CZLA 2F97A 2OCUA 2W7YA 2H9BA 3ILTB 3OXNA 4YU0A 1F9BA 5I2NA 3F11A 3VLUA 4LQ5A 1NFTA 4R73A 5JTYB 2Y7KA 4JSDA 4G2ZA 5CC2A 1UTHB 4Z0IA 3PUZE 3S9NC 3VVEA 2XXWA 4F3GA 4G68C 4ONYA 4YB6A 3UK4A 4LATA 1B1HA 1D9YA 5H8SA 3MUQA 2ZXTA 3W15C 2GRVA 3IR1A 3L6HA 4RK9A 2QS3A 1DPEA 3C32A 4DIGA 3TMGA 1EH3A 1Y1MA 3CI8A 4R9FA 3DP8A 1B7ZA 4QFLA 2PX1A 3IX1A 3HHGA 4YKJA 3TTNA 3OD7A 3E9XA 1FQDA 5DEXB 3RT6B 1OQGA 1FQAA 3K01A 4DCYA 2UVIA 3DM0A 1Y3PA 2DXRA 3H4ZA 4FIMA 4QFKA 2RF1A 1FTKA 4OTEA 3TZAA 1MQHA 1MPDA 4U21A 3KSXA 2O1LA 4C0RA 3GXAA 5DVJA 3OELA 3WAFA 4BDMA 1UIVA 4R2FA 1WODA 3G3JA 1IXGA 4F29A 3MW0A 1UQWA 1IZ1A 1VSOA 3RPWA 5TU0A 1JW1A 2RC7A 4GF8A 4IO5A 1URDA 1ZTYA 1GGGA 3RTFB 2F34A 3HSTA 3V89B 4E0XA 3FXQA 2I3WA 3FVOA 1P1OA 3Q29A 1LLSA 3PUWE 4H8JA 4ECFA 3HN0A 3DP4A 2DE4A 4MLVA 1MY3A 4IB2A 1SVXB 4H8IA 1MXVA 2YJPA 4LONB 3BBRA 1Z7ME 1B7UA 2DQVA 1OLCA 2XHDA 4Z7EA 4MH5A 1ZMGA 3IB1A 1CB6A 4FEBA 1L5TA 3CG1A 3ILUB 2LAOA 1B46A 5IAIA 4H1XA 2GH9A 4Q30B 2KLFA 1A55A 4L17A 4TQUQ 1DMBA 4LUBA 4U1ZA 2E1SA 4FATA 1JVYA 1MXYA 2ZYNA 4HCWA 3CIJA 1BIYA 1AL3A 1OVBA 1YCJA 2F36A 3OO7A 3BFUA 3GLBA 4EQ9A 3Q25A 3HV1A 4BLAA 1B05A 4TOZA 2Y7RA 3C34A 1US5A 2QRYA 3V83A 4RA1A 1POY1 4UA8A 3UIFA 4MFIA 3HCQA 1LB9A 1M5CA 3PUVE 4QFPA 5DT6A 1LAHE 4I1DA 1TFAA 2HZLA 3OO9A 4EF1A 3O6GA 5AA2A 1SW1A 5KCJA 2F6PA 1H76A 5I58B 1NH8A 3TAJA 3B6WA 1FQEA 4AB6A 5CBSA 2VD2A 4G4PA 1BKAA 4QRZA 2ZMBA 2Q2AA 4WXJA 4ZECA 2DE2A 3R26A 1BTJA 4ZE8A 3K6XA 4DXUA 1UTBA 4XKRA 1P1UA 1ATGA 1MQDA 4ZEFA 4F3SA 2DVZA 3SEVA 2PT2A 5CMKA 3SKPA 1R9LA 4LZ8A 4BDRA 1M5BA 3G3IA 3VE1B 3PGFA 1B5JA 1YPNA 4K3FA 5L9SA 2I0CA 2Y84A 5ICQA 1IITA 1TXFA 3IB2A 2Z8FA 4KHZE 2I6EA 4RJZA 4U22A 3OSQA 4NF5A 2QMXA 2B65A 4KQPA 1Y3QA 1Y4TA 4JWXA 4NF4B 4YMBA 4OYVA 5H8QB 2P1SA 4EUOA 2REGA 5IKBA 5FHOA 2QPQA 3CVGA 3MPLA 2F78A 3E3KA 2I0BA 4JXIA 3PPOA 3DLNA 5JTYA 1O64A 4R6HA 1MY4A 4KCCA 3VVDA 2HAUA 4ZEIA 1KWHA 2V25A 3PV0E 1Q1KA 2R71A 3U93A 2F7AA 3IOTA 3LR1A 2ONRA 2PVUA 1B4HA 4ELOA 1ZIUA 2OZZA 3RT8A 2RCAA 4XKQA 3QIMA 4QFOA 3TCFA 5B70A 3LUYA 3QXMA 3QUJA 4U4XA 1VE4A 4G8NA 4H5FA 3D4GA 3RUMA 3CFXA 3N26A 4P11A 4I9DA 1P1NA 3H6VA 4OEUA 2NUVA 3FJMA 1H45A 3K0VA 4RXLA 3I5OA 1SYIA 3O29A 3KSJA 3K4UA 1A8FA 1JETA 3KBRA 1XC1A 1IXHA 4NEDA 2PBWA 1D9VA 4RNSA 1XT8A 2ONKE 1XHYA 5A5XA 1DPPA 3EHSA 3CR9A 2X26A 2XX9A 3TEPA 2GHBA 2Z8EA 2E0SA 2DWAA 4DZ1A 4F1UA 2H99A 4YZZA 1N76A 1IIWA 4GRKA 4PE5B 1MQGA 3C36A 3O6HA 1LCFA 4RY1A 1MXXA 1HSJA 4YICA 1BP5A 4U4SA 5CMCA 1H3DA 2H4IA 3VLWA 5AA2B 1A40A 5KCJB 2DWHA 2VD3A 4U2RA 1B6HA 3CFLA 3G3HA 4G68A 4PFYA 1IQ7A 3PD8A 1O63A 1TT1A 3B7DA 1GVCA 1S9TA 3QK6A 4GVOA 3K1PA 1BLFA 5BWJA 3E13X 4PETA 5AA1A 4LA9A 5JEIA 4G8HA 3PU5A 3Q28A 4JSOA 1HSEA 1USYH 1N7XA 1N0TA 1R1NA 1QUJA 3TCGA 4R74A 1J1NA 1SW2A 4N07A 2AIXA 4IO2A 3FXRA 3A3CA 3VFJA 3K6VA 3UP9A 3VLVA 1QULA 4OHNA 4DDDA 1A54A 2O7IA 4R72A 1ELJA 5DYHA 2F8DA 2BJJX 3SEWA 2WKYA 3RY3A 5EYFA 3MZ1A 4X48A 1XOCA 4KCDA 4HTGA 1IXIA 3Q26A 1AOVA 4FORA 3PUYE 3CSBA 3B6TA 4OZ9A 4DXBA 2O68A 3RNNA 4NTLA 3JZJA 2XXIA 3UORA 2V3QA 5I84A 3HPIA 1LB8A 2XXTA 5JK4A 2P0SA 3M3KA 3KJTA 4KYDA 4FECA 4GQOA 3IORA 3DP6A 4F1YA 4XKNA 1NNPA 1DOTA 3IL1B 1AIVA 1B3EA 3LSLA 2YPNA 5A5XB 2OBGA 1XVYA 3PPRA 3I3VA 2I49A 3VDFA 5I58A 2O84X 4IO3A 4M4GA 3KOTA 1O7TA 1M5FA 2Z22A 1ZU0A 1Y20A 1JEUA 1B7HA 3QYTA 4M1VA 5KDTB 1EZOA 2ZNSA 1USYE 5J1DA 2HEUA 3ECRA 4ND9A 1LSTA 1S50A 3TODA 2Q88A 3ZS6A 2QS2A 4OESA 1FQBA 2RKMA 4DCXA 4F1VA 1S7YA 2R6GE 1TFDA 4LZ7A 3C9HA 1A8EA 4PFUA 2OLBA 3U1OA 3OO6A 3LC8A 3SERA 2V93A 4G68B 2Y7WA 1YAEA 3CSGA 2AL5A 4LZ5A 3S9LC 3THIA 1OQHA 4F18A 3SEUA 4NF4A 1JNFA 5H8QA 3MVWA 1VFEA 4F3BA 2XXYA 4FEDA 2H5YA 2FYIA 1DTGA 4WKMA 4POXA 3OMBA 1QUIA 1N84A 3EQ1A 4MBPA 1FTOA 4BDLA 1II5A 1LAGE 1FQFA 2Y7PA 3MPKA 2XX7A 3N6TA 4F19A 5AA2D 3HO7A 4OFOA 4NWDA 4ZEDA 4EF2A 4QHQA 5AE4A 3FV2A 5AA3A 3FJ7A 1Y9UA 4KYEA 3IK6B 2XXXA 4QFNA 3AXFA 3IOUA 4EQ7A 3T93B 4OFJA 4NE4A 3B6QA 4YMAA 3SEYA 1SDXA 2ZYOA 4THIA 3JYRA 5HPQA 4P0GA 1N04A 2DSFA 1P1WA 3O6IA 1B1XA 3A3UA 2PMSA 3E4RA 1SYHA 1FTJA 4NF6B 3PMWA 3GZGA 4XTCQ 3USDA 2B3FA 4X1BA 2F7BA 4BDNA 2F6GA 4YB5A 3CFZA 5BUUA 2A5TA 4R75A 2PT1A 3MJNA 1Z7NE 5ISUA 2XXPA 3CRBA 4POWA 3TTRA 1OIBA 3O9PA 2ZNUA 1ZJLA 2DWIA 3TKDA 3O2AA 5H8HA 4OFLA 4F39A 1LAFE 3LSXA 4QSCA 4G8MA 2VHAA 2RCBA 4F31B 1Y1ZA 1SI1A 2OK2A 5I57B 1FTLA 4GWOA 3JV9A 1AMFA 2PYYA 3TUSA 1URGA 4GOTA 2F7CA 1NKXA 4YKIA 1GR2A 4IGRA 3K2DA 2Q9TA 4LQ2A 2G93A 2HQ0A 2OWSA 4JDFA 2XX8A 3TTLA 1B3HA 1PB9A 2Q2CA 3R7XA 4IO6A 3VVFA 5AA4A 3O97A 1PC3A 1QVSA 2DOJA 4GXSB 3UN6A 3MAMA 3G3GA 2UVGA 1D3KA 3S9MC 4NF8B 2DVCA 1A99A 4GLIA 1R9QA 1MXZA 3IAZA 4QF9A 5F7VA 2I58A 1ZKBA 3KFMA 5HM4B 2X7PA 1P99A 3VV5A 2OJTA 5ITPA 1SQYA 5KZTA 4ZZEA 3H6TA 4R9GA 4F2QA 1SI0A 2FNCA 3C31A 2RC9A 3G7WA 2ZNTA 2XXRA 1RYXA 5I56B 1GTKA 3UA8A 3TFLA 2I4BA 3FVNA 4OXVA 3QUFA 4QSEA 1NNKA 1N3WA 4IY5A 3PD9A 2OWTA 1XVXA 5KDTA 3KJ7A 4HW8A 3TQWA 5DVFA 3MQ9A 3R6UA 4LP2B 2Z8DA 3UGWA 3V5AA 3GBBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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