1LAHE

Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
molecule tags Amino acid transport
source organism Salmonella typhimurium
total genus 83
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lahE01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lahE02
2Y7RA 1IUDA 2V3QA 5AA1A 3RPWA 4YKIA 5BWJA 4OFOA 1DTGA 1LCFA 1AOVA 3MBPA 3QXMA 1FTKA 4H5FA 4WKMA 4U1OA 1MG1A 3FASA 4KYDA 3DELB 1R1NA 2Y7IA 4JDFA 3OEMA 3OEKA 4O3BA 3MVZA 4BDNA 4FAJA 3JYRA 4H5GA 2DE2A 1B6HA 1NNPA 4OFLA 3OO7A 3H6VA 1IEJA 3O9PA 3DP6A 2F78A 2D21A 4KQPA 1MM7A 1QW0A 3MP6A 1LLSA 4G4PA 1GVCA 1SBPA 1Q1KA 3EPEA 5J1DA 1GV8A 2ZYMA 4F3PA 3FZVA 3O6HA 4R72A 4QF9A 4XKRA 1Y9UA 4U22A 2YPNA 3PUXE 1JEVA 3MWBA 1NNKA 2ZNSA 2RINA 1ZJLA 2UVHA 4IGRA 5M2VA 4OESA 4NF6A 3IB2A 4E0XA 2ZYNA 2OWTA 3K1PA 1A7LA 1MH3A 4G68C 2XX7A 3B6QA 3IOWA 1CE2A 5CMBA 3B7DA 4FE8A 1JW5A 3UORA 3KN8A 2REJA 1YTVA 3M3FA 4IY6A 4LONB 4JBZA 2WKYA 3ZS6A 2YJPA 3WAEA 1XHYA 4LQ5A 4F19A 1MDP1 4E0WA 4NF8A 1LBBA 1ZTYA 5AA3A 4R6YA 2ZYKA 4JSDA 5H8NA 3G3KA 3KEIA 1B0LA 3CRBA 1UIVA 1A54A 4OETA 2XXPA 4U4SA 4GXAA 1B40A 4H6DA 4MH5A 4ELQA 1UQWA 3TZAA 4NWCA 3TMGA 2XXHA 3GBBA 3Q28A 2DP8A 5ICQA 4LZ7A 4R2FA 5I58B 3T66A 4NF4A 3PMVA 5KDTB 2I49A 5I84A 4O3CA 3TPAA 5TPAB 4ZEIA 2ZYOA 4QFPA 4BDQA 1VE4A 3GBAA 1UTBB 5ISUA 2DWJA 3K1MA 1POTA 4XKPA 1M5CA 3PMWA 5KZTA 3V8XB 5EYFA 4OENA 4OQOA 2I4CA 5KCJA 2F7CA 4PFYA 1R9LA 3IO4A 2M8CA 3FVOA 3N94A 5TP9B 4YKPA 1M5DA 1LGBC 4ZEBA 2OBGA 4XIGQ 1URSA 3SEUA 3KOSA 3OELA 4OEVA 2CMOA 3UA8A 4YB6A 2Y7KA 2O84X 4YB7A 4G2ZA 3P7IA 3IX1A 4C1UA 2QMXA 2PT1A 1FQBA 4ND9A 5CBRA 3MW0A 4JSOA 1I69A 2LAOA 4IY5A 4DXUA 1USYE 2QS4A 1GGGA 2P2AA 1FTOA 1N84A 3CFZA 4EQ9A 4EXKA 4Z0IA 1URDA 1PBPA 3G3IA 4F3BA 2B65A 1AL3A 5EHMA 3DP8A 1ZLQA 1B3EA 2X26A 1JW1A 3HV1A 3OXNA 4HCWA 3TQWA 2XX9A 4YMBA 5I2NA 3CFLA 4KR5A 3RLFE 5JK4A 4ZEDA 3K6VA 5I59A 1TWYA 5HBCA 4UA8A 5JEIA 3FUZA 1B0HA 4DXBA 1B7UA 1PBQA 1R9QA 4GOTA 2XXIA 3RT6B 4LZ8A 1OMPA 3QAXA 1MRPA 2O1MA 3CSGA 2DE3A 1SW2A 4XXUA 2Y7WA 4X1DA 5FHOA 1S9TA 4ZZAA 4F3SA 1H3DA 5CC2A 3KGCA 1JETA 4IO3A 2I6EA 1A8FA 1HSEA 4G68B 3LBSA 1J1NA 3EN3A 4PFTA 2XXQA 3OSRA 5L9MA 3LR1A 1Y3QA 4F2OA 2DXYA 1BTJA 1MY3A 3RNNA 4QFNA 3H6UA 3FJGA 3H06B 5JTYA 5AA2D 2V3TA 3SESA 4GD5A 2KLFA 3VLUA 3DLNA 1MQJA 4M4GA 1PDAA 2CZLA 1TFAA 3KOTA 1UTHB 4RK2A 3K2DA 1IQ7A 2NOOA 2XXYA 3TUSA 5DEXA 3H6TA 2GRVA 2HXWA 3IL1B 3N6UA 2IEEA 3MVXA 3MPKA 2O69A 3B6WA 5FHMA 4FATA 2FNCA 3MVYA 1Y3NA 3K01A 4Q8RA 4MF3A 4U23A 5CRYA 3KZGA 4TLLB 1QJMA 3O28A 3HPIA 3S9NC 1B46A 1ZKBA 5TU0A 4GWOA 4Q30B 1D9YA 1B3LA 4BDOA 1LFGA 1Y1ZA 5AA2A 4U21A 3TCGA 1US5A 2UYEA 1PB8A 1B5IA 2ZXTA 3SEWA 4GLIA 1VFEA 2AL4A 1MS7A 4GFRA 2UXAA 4U1ZA 1MQHA 3TEPA 3O2AA 3V5AA 3JZJA 3SERA 1N76A 2ZNTA 2PYYA 4C1TA 1IZ1A 3EQ1A 4ZECA 3W9VA 4JWYA 1JVYA 4ZS9A 3KSJA 4G8NA 2O6AA 4PE5B 3H7MA 3KFMA 3K6XA 3ILUB 3TDJA 4P0IA 5DVJA 1B7HA 2XXRA 4OERA 4R6HA 3VVDA 4GIZA 1PEBA 4WXJA 5HPQA 1SI0A 2Z8EA 2AL5A 1TFDA 3QIMA 1B58A 1Z7ME 2HZLA 3E3KA 3FJMA 2Q89A 1IXCA 4YU0A 3RTFB 1YAEA 1B5HA 3RT8A 1MPBA 3QUFA 1BP5A 1Y20A 4QFKA 2B3BA 1SQYA 1HSJA 3KBRA 1M5FA 2XD2A 4OFJA 4YICA 5I56B 4O3AA 2X7PA 5CBSA 4R2BA 2F7BA 1OLCA 3U94A 4DCYA 4WEDA 1N04A 5IAIA 1B52A 2XXWA 3FATA 3H6WA 3PD9A 1SVXB 3K6UA 1M5EA 1M5BA 2OCUA 1Q35A 4THIA 3O97A 1NFTA 4X48A 4C0RA 4H8IA 3C33A 2BJJX 4AB5A 3SDFA 1POY1 1VFDA 1MPDA 2A5TA 1P1OA 4F31B 4POWA 4YMAA 1H76A 3LSXA 4IO4A 4ZE8A 2Y84A 4KPTA 1AH5A 2HAUA 4FORA 1MXVA 5L9SA 3OOAA 5B70A 1WVJA 4G8MA 3TFLA 4YKJA 1MQGA 4BDRA 1SW4A 1I6BA 3K6WA 3RY3A 1SYHA 4MLVA 2F35A 4YZZA 4QSCA 2XX8A 3O6GA 1LFIA 1AMFA 3T93B 3GLBA 3KN3A 4TQUQ 4H65A 3LSFB 2UYFA 4F22A 3K02A 3C36A 4OYVA 3QUJA 1IITA 3U1OA 3FVGA 1MXYA 1FW0A 2E1SA 1XVYA 1T0KA 4GRKA 1L5TA 1MXZA 1JNFA 3T9VA 3PPQA 3ODBA 3S4UA 3PGFA 4LVQA 3L6HA 4DLDA 4ZZEA 4LUBA 1P1UA 4KCCA 2ZMBA 2DYXA 3IOTA 2OJTA 4KYSA 5A5XB 5AE4A 4KD5A 1MY2A 1LFHA 1I6QA 3H4ZA 3L6GA 3H03A 3U92A 4PQJA 5H8FB 3TTMA 2DSFA 3CI8A 1FTJA 3TQLA 3MVWA 1NH7A 5I58A 5ICTA 4I62A 5KDTA 1TT1A 3V89B 2DQVA 1QULA 5TPAA 3PU5A 1UTBA 2Z23A 3JV9A 3UIFA 4RPNA 2PVUA 5F7VA 4KYEA 2A5SA 1OQHA 5FHNA 1ZBMA 3C35A 3PD8A 1JW4A 2GFEA 1D3KA 3HN0A 3IB0A 4TOZA 3TKDA 3SKPA 4NWDA 3A3UA 4G77A 4HW8A 3EHSA 1N3WA 2W7YA 1VSOA 4KHZE 1OIBA 3C32A 2QSXA 4GVOA 3MZ1A 4MFIA 3M8UA 2QMWA 4ONYA 1FQEA 4ELOA 1SW1A 3ZKKA 3ECRA 4OXVA 4FJPA 1LAHE 4IO5A 5BUUA 1A40A 3E4RA 2H9BA 5I2KB 3G3HA 5CM6A 3BFTA 3Q25A 4LATA 2F6GA 2NVUB 1P1QA 1FQDA 3GXAA 4F3GA 3I3VA 4YAHX 2AIXA 2PT2A 1YCJA 3A3CA 2O51A 4I1DA 2OLBA 1XT8A 1JQFA 4BLAA 5FTHA 1OVTA 2RCBA 5ELVA 4RA1A 1B5JA 1LSTA 2QS2A 4DIGA 3G7WA 1URGA 5H8QB 4N13A 4N6PA 3IORA 2UVGA 1GR2A 4LQ2A 3N6TA 5I57B 2OK2A 5H8HB 3MC2A 3ZKLA 1ATGA 2XD3A 3M3LA 3F11A 4DDDA 4BDMA 1BKAA 1QUKA 2QRYA 4U4XA 4G68A 2GHAA 4BDLA 4F1VA 2ONSA 4H8JA 4GL8A 4RYAA 1EZOA 4P11A 1N7WA 4I8CA 4EQBA 3RN8A 3C9HA 3UK4A 4NF5B 3IOVA 4OVJA 3OO6A 1DTZA 2NXOA 5JTYB 3K0VA 3OSQA 4EF2A 3D4CA 3TTKA 3U8QA 4Q5TA 1A99A 1LB9A 2RC8A 3VV5A 3VVFA 5B7DA 1MY0A 1UTHA 2HZKA 1FTLA 2I58A 1EH3A 2D3IA 1B4ZA 4QSDA 3VXBA 2ONKE 2O7IA 2I0CA 3Q26A 3ZSFA 4FECA 1GTKA 1FQAA 4KFQA 1B3FA 3IR1A 3GZGA 3E13X 3IJXB 1IXHA 1USYH 3G3FA 3UGWA 2QPQA 3TCFA 1O64A 3TODA 1CB6A 3FJ7A 1MDQA 1B1HA 3WAFA 2XXTA 1EU8A 3PMXA 2Q2CA 3ONMA 3T22A 3MP1A 1D9VA 2Y7PA 4XTCQ 1DOTA 1QUIA 4X9TA 1ANFA 1B3GA 3PPNA 1Y3PA 1P1WA 3ILTB 3MZ9A 3S2VA 2VGQA 2RC7A 3SEYA 4ESWA 5FTIA 2VHAA 3A09A 1RYXA 4F18A 3PPOA 1SW5A 1MM6A 2FYIA 3O29A 3PV0E 3CVGA 1IIWA 1LB8A 2P1SA 5AA4B 3FXRA 3SETA 3RQTA 5L9OA 2DWHA 3K1NA 2G93A 3HO7A 2NUVA 1DPEA 1MPCA 3KJ7A 2V84A 2ALUA 1Y4CA 2V3UA 4TLMB 1B7ZA 4HTGA 3HHFA 3AXFA 4GXSB 4NTLA 1LBCA 4KI0E 3W9WA 3VE1B 4EXLA 1XS5A 1MXUA 1S7YA 4EUOA 2I4BA 1II5A 1DMBA 4IGTA 4R74A 5I56A 2UVIA 2G29A 2NWJA 2XXXA 4MBPA 3O66A 3IJOB 3QYTA 1B1XA 4GL0A 4NEDA 3BFUA 4KCDA 3FV2A 3HSTA 4DZ1A 2F5XA 2DS9A 2H5YA 4YB5A 2A5TB 4DXCA 3FGSA 4Z7EA 1TXFA 1P1NA 4RPOA 1MQDA 2ZNUA 3THIA 2IA4A 4PETA 5DYHA 3VLWA 3E9XA 4DE8A 1ZMGA 1US4A 4R6KA 4JXIA 1P99A 3UN6A 3S9LC 3IK6B 5DVFA 3W15C 4ESXA 4RJZA 2HCAA 4H67A 5LOMA 1MH4A 2Z8FA 1SYIA 5ITPA 1QVSA 4P0GA 4NF6B 3N5LA 4M1VA 3MUQA 3G3JA 1EZ9A 3QK6A 3R6UA 1IXIA 4YKKA 2XXUA 5ITOA 3R26A 4R73A 5CMMA 3LC8A 1MXWA 3MZBA 3U72A 3S9MC 4F29A 1Y1MA 3PUYE 3PPRA 3C31A 2DVCA 4ECFA 2Q9TA 2ABHA 1YPNA 1FTMA 4LA9A 2DVZA 4R9FA 4NF8B 4ZEKA 2D5WA 3FVNA 4IO6A 5H8NB 3MJNA 2VD2A 2E0SA 3KN7A 1NMUA 2RF1A 3VFJA 4IO2A 1OVBA 4U2RA 2F8DA 3KSXA 3PUZE 3VDFA 2AYSA 3Q29A 2RCAA 1LAXA 5A5XA 1DPPA 4N07A 4OEUA 3KJTA 1SD3A 3S9EA 1N0TA 2R9JA 5H8FA 5DT6A 2H4IA 5CI5A 4NF4B 3LSLA 4OWDA 3HCQA 1RYOA 3OO9A 5K2YA 1BLFA 3LUYA 4ZEFA 1UIUA 2HEUA 2HFBA 2P0SA 3I5OA 3OENA 1B4HA 1WDNA 4L17A 3SEXA 1OQGA 5IKBA 3BKIB 2VD3A 1RKMA 1S50A 4H1XA 2I3VA 3CFXA 1KWHA 1QKBA 5KCJB 3RUMA 1ELJA 2RC9A 5TP9A 4PP0A 1DSNA 4IB2A 1WODA 4F2QA 1B32A 2ESNA 2F6PA 2OWSA 1QUJA 3FXQA 3T9UA 2XXVA 4FIMA 2F34A 5CMKA 1O63A 1MY1A 1A8EA 2QS1A 2PMSA 3QSLA 3TYHA 4EQ7A 3C34A 4GQOA 4IO7A 3FD3A 3K4UA 3EF7A 4NMYA 2R6GE 4POXA 4HS7A 3FXUA 4RK9A 1PC3A 1H43A 3RGYA 3PUVE 2V93A 4RNSA 3PPPA 4ELPA 3RTWB 1H45A 5I2KA 4LP2B 3UP9A 1FCKA 3TAJA 2F97A 4K3FA 1B51A 4H0WA 4DCXA 3MAMA 1NKXA 4F1UA 2HAVA 5I2NB 2OZZA 2H98A 2XHDA 5I59B 2ANJA 3Q27A 3CR9A 4QHQA 2DE4A 3C4MA 1PB7A 2I3WA 3TCHA 3IAZA 4PFWA 3VVEA 4Q0CA 5CMCA 5HM4B 1N3XA 3FVKA 2QL3A 2GHBA 1JVXA 1JEUA 1O7TA 4R9GA 2O7UA 3HHGA 1N7XA 3T9HB 2H99A 2O1LA 4QFOA 5H8QA 3R7XA 2QJEA 1PB9A 3USDA 4X1BA 2H25A 3V83A 2Q2AA 3CIJA 4EF1A 2ONRA 1NNTA 4AQ4A 5I57A 1BIYA 4UACA 3PUWE 5H8HA 4OTEA 1SI1A 4EDPA 4WEPA 3SEVA 3FV1A 3N26A 2HQ0A 3BBRA 3VLVA 4ZDMA 2THIA 3IOUA 2DOJA 3K00A 1QKAA 1NH8A 2B3FA 1LCTA 3FIRA 2PBWA 3EHUA 1NL5A 3MQ9A 4JWOA 3M3KA 3VXCA 4NF5A 2GH9A 2I0BA 2VP1A 4FEDA 1B2HA 1Y4TA 1XVXA 4GF8A 1VR5A 2Q88A 4ISUA 1IXGA 4OHNA 5K2XA 2REGA 3CSBA 4XKQA 2Z8DA 2PX1A 5F1QA 3MPLA 1ZU0A 4QFLA 5DEXB 3MP8A 3T9XB 4AB6A 5L8DA 1FQCA 1NNFA 3TELA 1B05A 5H8SA 3OO8A 4JB7A 1I6AA 3U93A 4F39A 3DM0A 4I9DA 4R75A 1R6ZA 2UVJA 4OZ9A 1SDXA 2F36A 3O6IA 4RXLA 2X7QA 1FQFA 4PFUA 2DXRA 1B9JA 2YLNA 3I6VA 1LAGE 5AA2B 1EZPA 2V25A 1MQIA 1LAFE 2RKMA 2Z22A 3OD7A 3H3GA 4ZE9A 2DWIA 1ZIUA 3OMBA 2FA7A 3LSWA 3IO6A 3DP4A 1D4NA 4ELRA 2R71A 3G3GA 5DTBA 1A55A 4MLQA 5DVIA 3KG2A 3B6TA 3TTNA 1Z7NE 1MXXA 1HSLA 2F7AA 4JWXA 4RY1A 4F1YA 2Q8JA 2VOZA 1H44A 1XOCA 3CG3A 4OMBA 5EHSA 4QRZA 3CG1A 1AIVA 3TTRA 2I48A 2DWAA 1XC1A 1F9BA 4G8HA 2O68A 5AA4A 1MY4A 4QSEA 4LZ5A 3D4GA 3EHTA 3TTLA 2QS3A 4NE4A 1OLAA 3IB1A 3T96B 4FEBA 4XKNA 1B3HA 4HCYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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