1LLSA

Crystal structure of unliganded maltose binding protein with xenon
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title DETECTION AND CHARACTERIZATION OF XENON-BINDING SITES IN PROTEINS BY 129XE NMR SPECTROSCOPY
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
molecule tags Sugar binding protein
source organism Escherichia coli
total genus 130
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1llsA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1llsA01
2VHAA 3CFZA 4G77A 3KG2A 4OWDA 2G29A 3DP8A 2B65A 3RN8A 2Y7PA 1JVYA 3IB0A 3CI8A 3RQTA 4KHZE 3EPEA 3T9XB 1DPPA 2F6GA 2XXUA 3VXCA 3B6WA 1MXYA 1LAHE 1B7ZA 5L9MA 4JSDA 1VSOA 1MQDA 4QF9A 3K1PA 1BLFA 2NOOA 4YMBA 3FASA 5ITOA 2OZZA 4R6YA 3IORA 4HCYA 4O3AA 3FXRA 3TEPA 3I6VA 4G8HA 3LSFB 3K0VA 4DZ1A 1OLCA 2ABHA 1UTHB 1B51A 3KZGA 4F29A 4QFNA 5DEXB 4FIMA 3FJ7A 5TPAA 3FV2A 2Z8FA 1EU8A 3CSGA 4YKPA 2ESNA 3W9VA 3LSWA 1QUIA 4GRKA 4F39A 1VE4A 3PGFA 1D3KA 1GVCA 4QFPA 5I58A 1JQFA 4ZZEA 4PETA 1I6QA 3IOUA 2F7BA 3C4MA 3FV1A 4ESXA 1SW1A 3U1OA 2A5SA 2RC9A 4KYDA 1IEJA 5I2NB 2OBGA 3ONMA 3R7XA 1QUJA 3E13X 4JWOA 4AB6A 3KN3A 4F1YA 3QAXA 1LAXA 5DYHA 1BP5A 3OENA 1A99A 3KBRA 5L9OA 1B9JA 1QKAA 1S50A 4OYVA 3IJOB 5K2YA 5JTYA 2GHAA 3TQLA 4TLMB 3EN3A 1A54A 4ONYA 3BFUA 5H8NA 3A3CA 3WAFA 5AA1A 3U94A 4UA8A 2UYFA 3MVXA 1PDAA 3N94A 4H1XA 1ZMGA 4ZDMA 1JEVA 2O1MA 4MH5A 3N26A 4U4XA 3L6GA 3MZ1A 2V3TA 1YPNA 2HEUA 4RK2A 2DWHA 4RPOA 4JWXA 4OENA 2ZYKA 1USYH 1LBBA 4U4SA 4AQ4A 4NF8B 3T96B 1QW0A 4LZ5A 4OETA 4FEBA 4POXA 4KD5A 1R9QA 2DXYA 5KCJA 4H6DA 1URGA 5H8SA 1AH5A 1QJMA 3SEVA 5CC2A 4IGTA 3LSXA 1ZIUA 2A5TA 2I4BA 2Y7WA 3TYHA 3G7WA 1A40A 2NXOA 2UVJA 1RYOA 4EF1A 4TQUQ 3SEXA 4KI0E 3FVKA 3TZAA 1Y9UA 2R71A 1YAEA 3TTKA 2PX1A 4EQ7A 2V3QA 3RTFB 1Z7ME 2GH9A 4LUBA 4F2OA 3FXQA 4OESA 5I57A 4K3FA 3I3VA 1XC1A 3OSQA 3G3KA 3C33A 2OK2A 3QXMA 1BKAA 2Q2AA 4I9DA 5CBSA 2NWJA 3H6UA 4EQ9A 3PMWA 4R6HA 3TTLA 4UACA 5LOMA 4OTEA 2OCUA 1B2HA 1MY4A 1FQCA 2QRYA 4GL0A 4GF8A 1LCFA 1MG1A 1LB8A 3O28A 3LUYA 4F31B 1FQDA 1MM7A 2O1LA 3U92A 3H06B 2O6AA 4NF5A 2Z8DA 4WEDA 4EUOA 1Z7NE 4IY6A 2F35A 1XVYA 2QL3A 1MQJA 4R9FA 2DE4A 1IQ7A 1GR2A 3KGCA 3SEWA 4QHQA 4NF6A 1KWHA 3SKPA 3HPIA 4ZE9A 3R26A 4R2BA 2I4CA 3OELA 4YKIA 5K2XA 2XX8A 4EQBA 5KDTA 2O7IA 1H45A 1ZBMA 2F97A 4YB5A 3MP8A 1PB7A 1UTBB 4GIZA 1OVTA 1SW4A 4RY1A 2Q8JA 4KCCA 3MJNA 4PFYA 2IA4A 5IKBA 3T9VA 1TXFA 1IXIA 5I59B 1MQIA 1AL3A 4OEUA 5ICTA 2HCAA 4C1TA 3OSRA 1FQBA 1SQYA 1B05A 3T9HB 4G2ZA 5B70A 3FIRA 3E9XA 1D9YA 2B3BA 1EZOA 5BWJA 1HSJA 3USDA 4F2QA 4ELPA 4OZ9A 4EF2A 5AE4A 4YMAA 3G3IA 1OMPA 3IOVA 1M5CA 2V93A 4ZECA 2UYEA 4FAJA 3IOTA 1WVJA 4HTGA 1XVXA 3MP6A 4ISUA 4WXJA 2LAOA 1MXVA 1P1NA 2Q88A 2I6EA 3UA8A 3H6TA 3IJXB 2ZYMA 1Y1ZA 3K01A 5HPQA 3W9WA 2HFBA 1M5BA 3MBPA 3TCGA 4F3PA 2DWAA 5TP9A 5B7DA 1A8EA 1HSEA 5JK4A 4L17A 1URSA 1MY1A 2F36A 1M5DA 5IAIA 2GHBA 2D5WA 1OLAA 1ZLQA 3HHGA 4LQ5A 3K6VA 3S9NC 1ATGA 3T93B 3IK6B 3ILTB 5L9SA 2FYIA 3JZJA 4O3BA 5J1DA 4Q5TA 3IL1B 5DVJA 2XXXA 3ZSFA 1TFDA 3U8QA 4FJPA 3L6HA 1B4ZA 4MLVA 5H8HB 1MXXA 1JNFA 3VE1B 3R6UA 2NVUB 1N7WA 5H8FA 2PYYA 1Y3NA 5L8DA 3CIJA 4DE8A 2DE2A 3N6TA 1O63A 4QFLA 1VFDA 5BUUA 1NH7A 4U21A 1B0LA 5I56A 4NF4A 5M2VA 2DVCA 5H8QB 4U1OA 4WEPA 3TDJA 4ZE8A 4H8IA 3OMBA 3TCHA 3VLWA 5HBCA 3UGWA 4O3CA 4KQPA 4IGRA 3CFXA 3MWBA 1MY0A 4YZZA 1ZTYA 3GZGA 4XKQA 3FVNA 3QUJA 5CRYA 2B3FA 3K4UA 4YU0A 2QMXA 1LSTA 3P7IA 2V3UA 2I3VA 4G8MA 5I84A 4H65A 1FQFA 4IO7A 2VD2A 4GXAA 1MH4A 1IITA 2RC8A 3O2AA 4BLAA 2F6PA 5FHOA 1EZ9A 1Q35A 4X1BA 3IX1A 4EDPA 5F7VA 4EXKA 4GL8A 5AA2D 2H9BA 3G3JA 3MC2A 3FVOA 4OQOA 4OFJA 2CMOA 3QSLA 3SEUA 2PT1A 3HN0A 3KSXA 3VDFA 1JW1A 1MS7A 1UTHA 5TPAB 4TLLB 3IB2A 1D9VA 2FA7A 3CVGA 3QIMA 1VR5A 5FHMA 2ZYOA 2Z8EA 2H4IA 2UVHA 3AXFA 3H7MA 2VP1A 2D21A 1I6BA 1H76A 1Y3PA 4ESWA 2ZYNA 3PMXA 4NWCA 4P0GA 2H98A 3LR1A 1LAGE 3MPLA 5CI5A 2IEEA 3TMGA 2YLNA 4XTCQ 1SDXA 1JEUA 3N6UA 4PE5B 4C1UA 4RYAA 4OFLA 3RUMA 1JW4A 5H8NB 4XIGQ 4YB7A 2ANJA 4NE4A 2GRVA 1MM6A 4R73A 2XXWA 4DXUA 1BTJA 1RKMA 1N76A 1P1QA 4G68B 3H6VA 2DVZA 4LZ7A 1DPEA 4FECA 2I3WA 1LFIA 4I8CA 1DOTA 4XKPA 2AL5A 1NNTA 1SW5A 1N04A 1FTMA 2QS4A 4U23A 2REJA 4GVOA 1B3FA 4NF8A 3EHSA 3C35A 3PD9A 2VGQA 3C34A 3ECRA 1SI0A 3FJGA 3S9MC 2OLBA 3GLBA 3UIFA 3WAEA 3MW0A 1JW5A 4G8NA 2XXRA 2A5TB 1HSLA 1QUKA 2PT2A 3B6QA 3TODA 2HQ0A 3RPWA 5AA4B 1RYXA 1SBPA 3S9EA 4H5GA 3IOWA 4EXLA 4Z7EA 1NNPA 3TQWA 4N13A 4X1DA 4E0XA 1GV8A 3UK4A 3W15C 1B5HA 1H44A 2I58A 3RGYA 1N7XA 2F7AA 2ZNUA 4KYEA 4U22A 5AA2A 4DCXA 1A8FA 4X9TA 1PBPA 2Q9TA 4PFUA 1P1UA 3H3GA 3JYRA 4PQJA 3K6WA 3OOAA 2Y7KA 1QKBA 4ZEFA 1MPDA 4R9GA 3G3FA 3K1MA 4H5FA 4DDDA 3VVFA 2F34A 4F3BA 3T22A 5CMKA 1ZU0A 2QS1A 1B3HA 3FZVA 4LVQA 4BDRA 1UIVA 3ZKKA 2DP8A 4F1UA 4DIGA 3DP6A 3FUZA 4LATA 4NF6B 4ZEIA 1YCJA 1VFEA 5ISUA 1IUDA 3M3KA 1B7UA 4IO6A 4PP0A 1Y3QA 3BKIB 4PFTA 2RCBA 4F18A 2E1SA 3VLVA 2KLFA 2VOZA 4Z0IA 1D4NA 3O29A 4I62A 5A5XB 1DTGA 1UTBA 2CZLA 3TTRA 3PMVA 1LCTA 4F22A 5I59A 4MLQA 4DCYA 4NWDA 4I1DA 2P2AA 3O66A 1TWYA 2QS3A 2HAVA 2GFEA 1B58A 3H6WA 3PV0E 2QJEA 1Y4TA 3O6HA 2O84X 4KR5A 3JV9A 3OEKA 1M5EA 4BDOA 1OVBA 4LP2B 4YKJA 4GQOA 3GBBA 3MZBA 3PU5A 1L5TA 1NFTA 3CRBA 3VVEA 1R6ZA 1AMFA 1SYHA 5DTBA 3TAJA 2RF1A 4FEDA 1I6AA 2Q89A 3M3FA 3ODBA 1B7HA 3SESA 2HXWA 1SW2A 3HCQA 4RJZA 4OVJA 3LBSA 3K2DA 4XKRA 1LBCA 3F11A 4RXLA 3RNNA 2H5YA 3HHFA 3CG3A 4QRZA 1II5A 2M8CA 2R9JA 3MP1A 1NH8A 2F8DA 1FTLA 3FVGA 5TP9B 4FE8A 3OO6A 3MAMA 2AL4A 4R75A 1MRPA 1T0KA 1MDQA 2O69A 4YB6A 1Y1MA 3IR1A 3OO8A 2DWIA 2ONKE 3G3HA 3DLNA 1OQHA 2I0CA 2RINA 1B0HA 4QSEA 3MZ9A 1MPCA 4TOZA 3VXBA 5I2KB 1XS5A 3Q29A 3EHTA 4YICA 1B4HA 1NNFA 3KEIA 1CB6A 1DSNA 1YTVA 3T9UA 3D4CA 4WKMA 1WODA 3CSBA 4IB2A 2NUVA 5H8HA 3C36A 1H3DA 5F1QA 1TT1A 4ZEKA 4ZS9A 3OO9A 3E3KA 3MVZA 5AA3A 4GOTA 5I56B 2DYXA 1JVXA 2I49A 1LLSA 4HS7A 2X7PA 5DT6A 1EH3A 4R6KA 3MPKA 4YKKA 5H8QA 3VLUA 1B52A 4ECFA 4NTLA 2DQVA 4RPNA 3MVWA 2DWJA 5EHSA 2I48A 3KSJA 2BJJX 3B6TA 1AOVA 3TUSA 5EYFA 2E0SA 1NMUA 2F78A 1O64A 3Q25A 4KYSA 3H03A 3Q28A 4FATA 4XXUA 4OEVA 3KJTA 3OD7A 4R74A 2F7CA 5CMBA 1B3LA 1MPBA 1J1NA 3RT6B 1LB9A 5FTHA 5JEIA 2XXHA 3V8XB 2HZLA 2ONSA 4OMBA 2OJTA 3KN7A 3IO6A 3TTNA 4C0RA 1NNKA 5DEXA 1XT8A 3TELA 1MY3A 3SETA 3U72A 3PUZE 3VV5A 5ELVA 1B1HA 2H99A 5I58B 3TCFA 1US5A 2DSFA 2UVIA 3O6IA 4N6PA 3O6GA 4F3SA 1MH3A 2QMWA 5TU0A 4H8JA 1MQHA 1H43A 2R6GE 5I2NA 4QSCA 1MQGA 4OERA 2QSXA 3FATA 2Y7IA 3CR9A 4Q30B 3K00A 3M3LA 4BDLA 1R9LA 1FTKA 2AYSA 2O51A 1NL5A 4DLDA 3GBAA 3V89B 5JTYB 4F19A 1S9TA 3RY3A 4MFIA 1MXWA 4JSOA 1UIUA 1IZ1A 1A55A 2XXYA 4ND9A 4HW8A 3SEYA 2XXTA 4THIA 3PUVE 3GXAA 1URDA 4NEDA 5FTIA 3UORA 4RNSA 3FGSA 1FQEA 1MDP1 1B5JA 1USYE 4IY5A 4LA9A 4AB5A 1OIBA 1LAFE 3HV1A 1PBQA 4GFRA 4ELOA 1PB8A 4G68A 3UP9A 1MXUA 3EF7A 3Q26A 2WKYA 2DOJA 1BIYA 2P1SA 2ZXTA 4XKNA 3PUWE 1ANFA 3IO4A 1GTKA 3PUYE 3DELB 5DVFA 5CBRA 2D3IA 2Z22A 5KZTA 5KCJB 3SDFA 4RK9A 3FXUA 1B32A 1IXGA 4YAHX 3I5OA 4ZEDA 2XXVA 1FCKA 4KPTA 2AIXA 2YJPA 1N3WA 1N84A 1IXHA 1LFGA 3ZS6A 4U1ZA 1I69A 3IB1A 1SD3A 4QSDA 4LONB 1FW0A 2XXQA 4E0WA 3KOTA 1NKXA 2V25A 4F1VA 3OO7A 3A3UA 4POWA 5DVIA 3VVDA 5I57B 4Q8RA 2O7UA 5AA4A 4GWOA 3G3GA 3VFJA 2Y7RA 3PUXE 3PPNA 3Q27A 3ILUB 4BDMA 3FD3A 4FORA 3BFTA 3KJ7A 1POTA 5CMMA 3C9HA 2FNCA 2ZNSA 2ALUA 4IO4A 1N3XA 4JBZA 3O9PA 1IXCA 4ZZAA 1B5IA 4BDNA 5AA2B 3THIA 1POY1 4KFQA 4BDQA 4H0WA 3K6UA 3OEMA 4H67A 2OWSA 3V5AA 2XX9A 3A09A 2PVUA 3SERA 2XXIA 4JDFA 3TTMA 4NF5B 2QPQA 1FQAA 3E4RA 2P0SA 4Q0CA 3EHUA 3TFLA 4DXCA 2REGA 3BBRA 3KOSA 4R2FA 1A7LA 3LSLA 1JETA 3KN8A 5ICQA 1FTJA 1B6HA 2PBWA 3IAZA 4ZEBA 1QVSA 3TPAA 4MBPA 2DS9A 3D4GA 1R1NA 3PPRA 3RTWB 3H4ZA 5KDTB 4P0IA 1S7YA 3RT8A 1TFAA 3S4UA 4QFKA 4PFWA 1ELJA 3UN6A 3DM0A 1DTZA 1UQWA 2YPNA 1PC3A 3CFLA 2QS2A 4OFOA 3OXNA 1F9BA 2RC7A 3K1NA 2HAUA 3K6XA 3DP4A 1B3GA 5A5XA 1SYIA 4U2RA 1OQGA 2DE3A 4IO2A 3MQ9A 1PB9A 3LC8A 4RA1A 3RLFE 2OWTA 2X7QA 1Q1KA 1MY2A 1N0TA 1QULA 3N5LA 3U93A 4OHNA 2G93A 2O68A 3PPQA 1CE2A 2RCAA 3S2VA 1B1XA 1US4A 4IO3A 1DMBA 5CMCA 1LGBC 4R72A 2XD3A 3QUFA 3EQ1A 2HZKA 4IO5A 4G68C 1B40A 3FJMA 3T66A 3KFMA 4G4PA 3V83A 1Y20A 4GLIA 4MF3A 3B7DA 1SVXB 2H25A 4N07A 3PPOA 1ZKBA 2Q2CA 4M4GA 4OXVA 3HO7A 3C32A 1WDNA 2XHDA 2W7YA 5CM6A 3PPPA 3PD8A 2X26A 1Y4CA 3K02A 4HCWA 5EHMA 3QYTA 3ZKLA 2VD3A 1ZJLA 2UVGA 2I0BA 1FTOA 4LZ8A 1O7TA 2V84A 1B3EA 1PEBA 2F5XA 1B46A 4X48A 4M1VA 4GXSB 4DXBA 2XD2A 1LFHA 1GGGA 4ELRA 5ITPA 4P11A 5FHNA 2XX7A 3MVYA 3M8UA 5I2KA 3HSTA 4GD5A 2Z23A 2ZMBA 5H8FB 1AIVA 1P99A 3QK6A 1SI1A 2UXAA 1M5FA 4JWYA 1P1OA 1XHYA 2RKMA 4JXIA 1IIWA 1EZPA 4JB7A 3C31A 3CG1A 4LQ2A 4NMYA 2THIA 3TKDA 4NF4B 3S9LC 3O97A 4F3GA 1P1WA 5HM4B 1XOCA 2Y84A 2PMSA 1MXZA 4KCDA 4QFOA 4ELQA 2DXRA 2ZNTA 2XXPA 2ONRA 3MUQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VHAA 1LBXA 2XXKA 3CFZA 4G77A 1LEVA 3KG2A 4OWDA 2HHMA 2G29A 3DP8A 2B65A 3RN8A 2Y7PA 1JVYA 3IB0A 3CI8A 3RQTA 4KHZE 3EPEA 3T9XB 1DPPA 1XI6A 4NX1A 2F6GA 2XXUA 3VXCA 3B6WA 1MXYA 1LAHE 1YZ0A 1B7ZA 5L9MA 4JSDA 1VSOA 1MQDA 4QF9A 3K1PA 1BLFA 2NOOA 4YMBA 3FASA 1FJ9A 5ITOA 2OZZA 4R6YA 3IORA 4HCYA 4O3AA 3FXRA 3TEPA 3I6VA 1FSAA 4G8HA 3LSFB 3K0VA 4GBVA 1LBVA 4DZ1A 3PTYA 1OLCA 2ABHA 1UTHB 1B51A 3KZGA 4F29A 4QFNA 4GX3A 5DEXB 2KR0A 4FIMA 3FJ7A 5TPAA 3FV2A 2Z8FA 1EU8A 2WX9A 3CSGA 4YKPA 2PFYA 2ESNA 3W9VA 3LSWA 1QUIA 4GRKA 4F39A 4PAKA 1VE4A 3PGFA 1D3KA 1GVCA 4QFPA 5I58A 1JQFA 4ZZEA 4PETA 1I6QA 1NV7A 3IOUA 2F7BA 3C4MA 3FV1A 4ESXA 1SW1A 5FBPA 3U1OA 2A5SA 2RC9A 4KYDA 1IEJA 5I2NB 2OBGA 3ONMA 3R7XA 1QUJA 3E13X 4JWOA 4AB6A 1FPLA 3KN3A 4F1YA 3KC0A 2L5VA 4GX4A 3QAXA 1LAXA 5DYHA 1BP5A 3OENA 3QMFA 1A99A 3KBRA 5L9OA 1B9JA 1QKAA 1S50A 4OYVA 1K9ZA 3T1BA 3IJOB 5K2YA 5JTYA 2GHAA 4PAFA 4TLMB 4XF5A 3EN3A 3TQLA 1A54A 4ONYA 3BFUA 4PBHA 1NUYA 5H8NA 3A3CA 3WAFA 5AA1A 3U94A 4UA8A 2UYFA 5LTCA 3MVXA 1PDAA 3N94A 4H1XA 1ZMGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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