1LSTA

Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three-dimensional structures of the periplasmic lysine/arginine/ornithine-binding protein with and without a ligand.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
molecule tags Amino-acid binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 83
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lstA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lstA02
2RC7A 1B7UA 1UTBB 4ZZEA 4OETA 1EZ9A 4H65A 3E3KA 4JWXA 4H8IA 2Z23A 1MH3A 5IKBA 1B05A 2G93A 4RJZA 1B51A 3QXMA 2DE4A 4F3GA 2G29A 4EQBA 1M5DA 3GXAA 5A5XB 4OFJA 4EUOA 4OENA 4YU0A 4I8CA 4LZ7A 3I6VA 1VR5A 4OEVA 3MJNA 3RPWA 1IZ1A 2HZLA 1B6HA 2V3UA 1HSLA 5ITOA 2I4CA 3FZVA 4I62A 3FD3A 1CB6A 1S50A 2F36A 4KYDA 4N07A 1IXCA 4NF4B 5IAIA 1Y3NA 3O6GA 2REGA 2F7BA 2UVGA 2RCAA 5DVFA 4I9DA 3TYHA 1KWHA 4XXUA 3PD8A 3KOSA 2V84A 1Z7NE 4OYVA 1Y20A 4M4GA 4Z7EA 4EXLA 1NNPA 4OVJA 3GBAA 4IO4A 1I6AA 1XT8A 3EHSA 1LAHE 4KFQA 1MXYA 1PC3A 4LA9A 2Q2CA 4NE4A 3U72A 3MZBA 1BLFA 3CFLA 1II5A 4YB7A 1OMPA 4NEDA 3MWBA 1MY2A 3ONMA 5LOMA 1ZIUA 2CMOA 5EYFA 5M2VA 3QUJA 4LONB 1ATGA 1D9VA 3M3KA 4IGRA 1SDXA 4KR5A 1B32A 2O1MA 2A5SA 1LAGE 3IJXB 1HSJA 1ZLQA 4POXA 4H0WA 1RYXA 1B4HA 1Y3QA 1JW1A 1AMFA 4YKPA 3RT8A 4BDOA 1D3KA 4IB2A 4XIGQ 3FJ7A 3N26A 1NFTA 4NTLA 2H98A 1P1NA 1MM6A 3H7MA 3Q29A 5CBSA 1WVJA 5K2YA 2NVUB 3PUVE 4U1ZA 4NWCA 2OK2A 3MP6A 3SEYA 5B7DA 2Y84A 5EHMA 1URSA 4POWA 3RT6B 1XC1A 3CR9A 1GGGA 2H25A 3RGYA 3M8UA 2VHAA 4XKNA 4HCYA 4DXUA 1YCJA 2XXXA 4YKKA 5ICQA 3OOAA 1USYH 2DXYA 5CC2A 1SI1A 4MFIA 4QFOA 1BIYA 4BDNA 4IO2A 1XOCA 3CRBA 4Q0CA 2I48A 3OO7A 1LFIA 4QSDA 3RNNA 3LSXA 1LLSA 1OIBA 2DSFA 1FTJA 4ZS9A 1B2HA 1WODA 3IO6A 2F78A 4XTCQ 5J1DA 4R6KA 3W15C 1RKMA 3HHGA 3CI8A 3N5LA 2HAUA 1JNFA 1MXWA 3VLWA 1MS7A 4ZEDA 1ZTYA 4JB7A 4RY1A 1US4A 4YZZA 1I6QA 5DEXB 5I59B 4ELPA 4OXVA 3TCHA 1POY1 3H3GA 3TMGA 3HPIA 1B9JA 3H6UA 3OEMA 3DP4A 4P0GA 2ESNA 2Q89A 4TQUQ 1IEJA 2GHBA 1MPBA 3ZKLA 1Y9UA 3T93B 3RQTA 2DXRA 1NNKA 5I2KB 3TTKA 3PUYE 1DTGA 5H8HA 4WXJA 3DELB 4ISUA 2I0CA 3C36A 1DPEA 3KN7A 2F7CA 3UK4A 4TOZA 4C1TA 2UXAA 4LZ8A 2RC9A 4NF8A 2PYYA 1QULA 4ZZAA 3O6IA 3JYRA 2XHDA 1LB8A 4R9FA 2AIXA 4PQJA 2DOJA 3H03A 2O1LA 3C31A 1H3DA 1Z7ME 1MY4A 3PMVA 2B65A 4OHNA 3T9XB 2ZYKA 3H6TA 1MXXA 3FXRA 4RYAA 4ZE8A 1O63A 1JEVA 2I0BA 2QRYA 1NKXA 2Z8EA 1USYE 4R72A 4DE8A 2I3VA 4ONYA 1SW5A 1GVCA 1A55A 2XXIA 3KSJA 4YKJA 3TELA 1J1NA 3TZAA 1EU8A 1B52A 4ESXA 3FJMA 3K0VA 4NMYA 3LR1A 4IY5A 1Y1ZA 1VFDA 3N6TA 5HBCA 2Z8DA 4FECA 3V5AA 3K01A 3KG2A 2HZKA 4GL0A 1FQEA 1IIWA 3ZSFA 4OEUA 3IX1A 1FCKA 4X9TA 3Q28A 3C9HA 2M8CA 3T9VA 3G3KA 1MQIA 1AIVA 3DP6A 4EF1A 5AE4A 1NH8A 4IO5A 3T66A 1P99A 2GH9A 4OTEA 2WKYA 3H06B 1BP5A 1ZU0A 3BFUA 3FVOA 2FA7A 3O6HA 4GXAA 1SYHA 2D3IA 4F3SA 5H8NB 4OESA 1LAFE 2X7PA 2UVJA 5BUUA 4RXLA 3U93A 4GFRA 3OELA 5JTYB 1VFEA 3O29A 3TQLA 2QS1A 3TAJA 1MY3A 3LSWA 2DE2A 2PX1A 5TPAA 1MPDA 5L9OA 3THIA 1SW4A 4WEPA 2O7IA 1NMUA 3V83A 2A5TA 3EQ1A 2PVUA 3W9VA 1PB7A 2Y7KA 3FIRA 2PT1A 3IOVA 5H8QB 4F29A 3D4GA 3MZ1A 2QS3A 4RNSA 3A09A 4F2QA 4H67A 3KGCA 4ZDMA 1OQGA 2IEEA 1UTHA 3MVYA 1JEUA 4I1DA 3O66A 3VV5A 1B5JA 1N76A 3TTMA 2O84X 3BFTA 1LFHA 4FEDA 5AA4B 3SKPA 2OWSA 1MM7A 3B6WA 4KCCA 4F19A 2UYEA 3VVDA 1PDAA 2OBGA 3IOTA 1LB9A 2VP1A 2V93A 5DVJA 3VE1B 1UQWA 2QMXA 3QYTA 1SBPA 1DTZA 4RPOA 1FTKA 1XVXA 3K1PA 5KZTA 4ZE9A 2D21A 2V3TA 4Q5TA 4KI0E 4MH5A 1A40A 2VD2A 3CIJA 3VXBA 4OWDA 3EF7A 2H4IA 3HO7A 3G3IA 3RTWB 5JEIA 2HCAA 3MQ9A 1IITA 2I49A 3KFMA 3FXUA 1URDA 3TUSA 3UP9A 4IO6A 1FW0A 1SI0A 2XXRA 3Q26A 1GTKA 5DYHA 1T0KA 2XX7A 3K1NA 2O68A 5DT6A 4FATA 4PFWA 4G68A 5CM6A 2RKMA 3C34A 5L8DA 1QW0A 4KQPA 2NOOA 2F7AA 3GZGA 4KCDA 1UTHB 2PMSA 1TFAA 3PPOA 5F7VA 3B6QA 1R9LA 1MY1A 3M3FA 1CE2A 3HN0A 1SW1A 2UVIA 1B3LA 2UYFA 2VGQA 4R74A 4U23A 4YB5A 2VD3A 2RC8A 5H8FA 4R2FA 1JVYA 1SYIA 3MC2A 5I58A 4F3BA 1R6ZA 4LATA 2DWIA 3G7WA 3R6UA 1TXFA 3H4ZA 5ISUA 4F18A 1IXGA 5TP9A 3PPPA 3RY3A 4HCWA 4ECFA 1AH5A 1ELJA 1QVSA 2OWTA 2YLNA 2LAOA 5HM4B 1MH4A 2F97A 4G8HA 1GV8A 1HSEA 4KYEA 2QS2A 1PBPA 1DOTA 1WDNA 3QUFA 4G2ZA 3RUMA 2QPQA 1M5CA 2R71A 3WAFA 4G68B 3ZS6A 4IGTA 4H8JA 4BLAA 4LUBA 2OLBA 4YB6A 2XXWA 2ZYNA 3MZ9A 3O28A 3LUYA 4DCXA 1TT1A 1D9YA 4EF2A 1DPPA 3S9MC 1N7XA 3IB1A 3E13X 3O97A 3SEUA 4QHQA 3QIMA 3PUZE 5CI5A 3MVXA 4G77A 4UA8A 1FTLA 4DLDA 2F35A 3IOWA 4L17A 2Y7RA 3TTNA 2P0SA 2NUVA 1SD3A 5H8FB 1PEBA 4BDQA 4QF9A 1R9QA 4JWOA 1A8FA 1FTMA 3F11A 1A8EA 4QRZA 5KCJA 1MRPA 4DDDA 1Y4CA 2VOZA 1L5TA 3K6VA 1P1UA 3ILUB 2PT2A 1P1WA 1JVXA 4NF5A 3SESA 4YAHX 1LSTA 1M5EA 3OO9A 5I2NA 4RA1A 5KDTA 3T22A 2UVHA 3USDA 2CZLA 3UGWA 4KD5A 3K6WA 2XXPA 1NNFA 2XD3A 3UA8A 3G3GA 4DZ1A 3RN8A 3TQWA 4QFNA 3BBRA 3KN3A 1Y1MA 2ABHA 4FORA 3KOTA 4HTGA 2HXWA 1MQDA 3K00A 4KYSA 1LGBC 1SW2A 4G68C 1A54A 1YTVA 4MF3A 1URGA 1IXIA 3OSQA 3FATA 3A3UA 1MXZA 3ZKKA 2RF1A 4OMBA 5CRYA 2XXYA 4H6DA 2DP8A 4YMBA 4JSOA 5I56A 3UIFA 2DS9A 2H9BA 4FEBA 2QL3A 1OLCA 4N6PA 4U4XA 1OQHA 1MQJA 3IO4A 2Y7WA 1NNTA 1QUIA 3C4MA 4U4SA 4F22A 4R73A 4LVQA 3PMWA 4ELRA 3K2DA 3H6WA 1PB8A 4Z0IA 3FXQA 4GRKA 1BTJA 2DQVA 2OCUA 1FQCA 4R9GA 1B1XA 4RK2A 3OD7A 2F5XA 3ECRA 3R7XA 1LCTA 2XX9A 4YMAA 5I2NB 1A99A 5I84A 3KJ7A 2DVZA 1B3HA 5AA1A 4AB5A 1LBCA 2DYXA 4GL8A 4BDRA 2Y7IA 3SEVA 2B3FA 3PD9A 1VSOA 4BDLA 5H8HB 1US5A 5L9MA 1UTBA 4F2OA 2Q2AA 4P11A 2Q8JA 4ZEKA 1YPNA 4ESWA 5ICTA 3OENA 5DTBA 2Q88A 1O64A 3VVFA 4F1VA 4PE5B 1NH7A 3HV1A 3FVNA 3R26A 5A5XA 4NF8B 1LFGA 2F6GA 1FQAA 1ZBMA 4F1YA 3HSTA 3MPLA 3C33A 5CMMA 4QFLA 4NF6A 5DVIA 2RCBA 3FJGA 3Q25A 2XXTA 4LQ2A 2Q9TA 3K6XA 3U94A 4ND9A 3FGSA 3RLFE 2O69A 2XXUA 2F6PA 3IOUA 1Y3PA 4O3BA 4NF4A 5CMCA 1P1OA 4EQ9A 4AB6A 4R6HA 3IORA 3I3VA 1B1HA 1F9BA 3IAZA 3N6UA 3TKDA 3K1MA 3FV2A 1ZKBA 5K2XA 2DWJA 2YPNA 3K4UA 4IY6A 1B58A 3MUQA 2I6EA 3IB2A 2GFEA 5JK4A 2BJJX 4PFUA 5I57A 3QAXA 4GIZA 2XD2A 4OQOA 1GR2A 2ZNTA 2R9JA 3T9HB 2ONRA 3MW0A 3TCFA 1O7TA 3IJOB 1IQ7A 3L6GA 2Z22A 3IR1A 3B7DA 4P0IA 3MVZA 4E0WA 1OLAA 2ZMBA 4G8NA 4GWOA 4EXKA 3MBPA 3GBBA 3PUXE 1N7WA 4MLQA 3G3HA 1H45A 4FIMA 1I69A 2FNCA 1S9TA 4X1DA 3OEKA 2XXVA 3UN6A 5AA3A 3CVGA 1H76A 4H1XA 1MXVA 4K3FA 3FUZA 3P7IA 2YJPA 3PUWE 1TWYA 2QMWA 4GF8A 1FQBA 3S9LC 2I3WA 3S9EA 2ZNSA 4PFYA 4KPTA 3S2VA 1QUKA 1UIVA 1IUDA 2RINA 1FQFA 2ZXTA 1B3GA 2V3QA 5FHNA 2ALUA 4X1BA 1H44A 2ONKE 4GVOA 4NF6B 1Q1KA 4OERA 1N0TA 1DMBA 2I4BA 1B7HA 3FASA 2DE3A 1P1QA 2XXHA 4C1UA 1XS5A 3Q27A 3FVKA 1H43A 4PP0A 4U2RA 2IA4A 5TPAB 4DXBA 2V25A 1N3XA 1XHYA 3RTFB 3FV1A 4NWDA 1QUJA 1B3FA 2A5TB 2AL5A 3ODBA 2R6GE 1JETA 2PBWA 1MXUA 3DLNA 3PPQA 3TTLA 4FJPA 3HHFA 3OMBA 3EHUA 5CMKA 5I57B 3U8QA 3O2AA 2NWJA 5TU0A 3T96B 4QFKA 2GRVA 1M5FA 3MP1A 4FE8A 3TEPA 2KLFA 3TCGA 3PMXA 4IO7A 3A3CA 2E0SA 2OJTA 4LP2B 1Y4TA 2H99A 4ZEIA 1ZJLA 3PGFA 4JBZA 4BDMA 4DXCA 3VLUA 2OZZA 1JW5A 1B5HA 4R75A 3U1OA 3K6UA 3KBRA 3DM0A 3VFJA 2HEUA 2AL4A 3CSGA 4F1UA 4ZEBA 1AL3A 3I5OA 4YKIA 4EQ7A 1QKBA 1Q35A 3TDJA 2W7YA 3V8XB 1EZOA 2I58A 1JW4A 5DEXA 5I59A 2O51A 1B40A 5EHSA 1BKAA 1OVBA 3VXCA 2HFBA 3BKIB 3LBSA 1JQFA 4OFLA 3PU5A 2F8DA 4MBPA 5FHOA 2QSXA 4XKQA 4R6YA 2P2AA 5I2KA 2DWAA 1B7ZA 1B46A 3M3LA 3KJTA 4YICA 1SQYA 3KSXA 3IK6B 3CG1A 3PPNA 1N04A 1MQHA 2X7QA 3AXFA 4F39A 3G3FA 3T9UA 3KN8A 4M1VA 4U1OA 3FVGA 1IXHA 1I6BA 5AA2D 5CMBA 2DWHA 2E1SA 2FYIA 5ELVA 3E9XA 1ZMGA 3QSLA 2THIA 4OZ9A 3SERA 4F3PA 4G8MA 5FHMA 3VLVA 1XVYA 4GQOA 3JV9A 3KEIA 4G4PA 2F34A 3GLBA 4PFTA 5I58B 1MDQA 4R2BA 3SEXA 3E4RA 2AYSA 1D4NA 2QS4A 4JWYA 1MY0A 3KZGA 3VVEA 4LZ5A 2D5WA 1M5BA 3QK6A 5TP9B 4X48A 1B0HA 3JZJA 1LBBA 1N3WA 1B4ZA 1MPCA 3K02A 1S7YA 3G3JA 4FAJA 1FQDA 5L9SA 3LC8A 2NXOA 3UORA 4GLIA 4GOTA 4AQ4A 3SDFA 5CBRA 4ZEFA 4XKRA 4WEDA 3EPEA 4H5GA 4UACA 4F31B 2X26A 1FTOA 2ZYOA 3WAEA 3EN3A 4MLVA 3OO8A 2O7UA 4RK9A 3O9PA 4O3AA 1OVTA 3N94A 3DP8A 4JSDA 4N13A 5H8NA 5F1QA 3TTRA 2Z8FA 1VE4A 1POTA 4DCYA 3OO6A 4C0RA 3SETA 4EDPA 4QSCA 5JTYA 3L6HA 4RPNA 3MVWA 3V89B 1A7LA 2H5YA 2QJEA 2P1SA 3TODA 1EZPA 3MPKA 3CFZA 4ELQA 3D4CA 3ILTB 1MDP1 4OFOA 4XKPA 5KCJB 4Q30B 3LSLA 3C35A 4ZECA 4WKMA 5H8QA 4QSEA 4NF5B 4TLMB 2Y7PA 5AA2A 5KDTB 2DVCA 2ZNUA 3W9WA 5B70A 1N84A 1B5IA 3H6VA 4GXSB 4DIGA 3IL1B 4Q8RA 2HQ0A 1ANFA 2ZYMA 3U92A 5AA4A 3IB0A 3SEWA 1RYOA 1SVXB 3PV0E 4U22A 1QJMA 4U21A 3CFXA 3EHTA 5H8SA 3MAMA 4GD5A 1UIUA 1TFDA 2B3BA 3C32A 2REJA 3S9NC 3TPAA 3VDFA 4LQ5A 1LCFA 1LAXA 4H5FA 1PB9A 4QFPA 3S4UA 3OXNA 5BWJA 5I56B 4O3CA 5FTIA 4JXIA 3CSBA 4E0XA 1QKAA 1YAEA 5HPQA 4IO3A 4HS7A 3OSRA 1MQGA 3CG3A 3HCQA 4HW8A 2O6AA 1DSNA 3LSFB 4PETA 2ANJA 4JDFA 4KHZE 1PBQA 1R1NA 2GHAA 4TLLB 2XXQA 4THIA 3PPRA 5FTHA 2XX8A 1AOVA 3B6TA 1MG1A 3TFLA 5AA2B 3MP8A 4ELOA 1B3EA 1NL5A 1B0LA 2HAVA 1EH3A 5ITPA 2ONSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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