1LSTA

Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three-dimensional structures of the periplasmic lysine/arginine/ornithine-binding protein with and without a ligand.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
molecule tags Amino-acid binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 83
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lstA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1lstA02
3PPRA 1FQEA 3MP8A 3EF7A 4NMYA 5BWJA 3HHGA 2F8DA 1Y3NA 4DXBA 2M8CA 3PPNA 2B3BA 5TPAA 3VVEA 2I4BA 1B9JA 4OEUA 4TLLB 1B5HA 1I6QA 4GF8A 4UA8A 5A5XA 1SYHA 3CSGA 2B65A 3A3CA 5I57A 1EU8A 3K00A 2RC7A 2YLNA 3TZAA 2V3QA 2O69A 4O3CA 3K6XA 2Y7RA 2E1SA 4OYVA 5HM4B 4R2FA 5EYFA 3PPOA 2QMWA 2O6AA 3CIJA 2I0CA 4G2ZA 4FJPA 2OJTA 5FTIA 4O3AA 3OELA 1MH4A 3T22A 3FJMA 3SETA 3FIRA 3Q28A 2HAVA 2OK2A 1R6ZA 2F6GA 4KYEA 1FQCA 1B3GA 3Q25A 4N07A 1FQAA 3K4UA 4IGRA 4I62A 3VE1B 2IEEA 2GHBA 3T96B 3R7XA 3MVWA 4LZ5A 4X1DA 1SW1A 2I49A 2PT2A 2Q88A 5TU0A 4JB7A 1MXWA 3OEKA 3JZJA 4TOZA 1VR5A 3RTWB 3IOWA 3HSTA 3IX1A 2A5TB 4R75A 2HQ0A 3RN8A 3N6TA 2F7CA 4GIZA 4JXIA 3USDA 4GVOA 1ANFA 1IXHA 4I9DA 5ITOA 3TKDA 2O1LA 4QFKA 3SEUA 5H8FA 2ONKE 4EF2A 5JTYA 3O28A 3DP4A 1WODA 1Y1MA 2DE4A 1JEVA 3LR1A 3B6WA 1Y4TA 3WAEA 4IB2A 4Q0CA 3MJNA 1T0KA 3H6TA 3RNNA 4F31B 4DE8A 1B51A 3RPWA 4GRKA 1B7ZA 3FZVA 4KPTA 2NVUB 4G68B 3PPQA 3IOUA 2A5TA 4ZS9A 3TTMA 4OVJA 3MQ9A 3IR1A 3TQWA 4XKNA 3C36A 4BDMA 4U4XA 1RYOA 4F29A 3LC8A 4QFLA 2PBWA 1TFDA 2RCAA 3QYTA 2A5SA 5LOMA 1LCTA 5IKBA 1OQGA 1YPNA 2XXPA 1LAXA 4LA9A 1B1XA 1US5A 1SBPA 2LAOA 4H67A 2AYSA 5DVIA 2P1SA 2GHAA 4KQPA 3E4RA 1B52A 3M3LA 1JW5A 4HTGA 1IZ1A 4ZEBA 2H99A 4F39A 4Q8RA 4DLDA 3H6VA 3BFUA 1NH8A 4NWCA 4JDFA 1WDNA 4YU0A 1S7YA 4NF8A 1B32A 2O7UA 4RNSA 1LBCA 1JW1A 1P1OA 4HW8A 3SEYA 1F9BA 4EF1A 2O84X 4EQ9A 1DTGA 1SVXB 1LSTA 2V3TA 1O64A 3OEMA 1MXXA 2Y7IA 1N7XA 2I6EA 4YB5A 3B6TA 4POXA 1XOCA 2VP1A 1SW4A 2ALUA 4IO4A 4G8HA 4H0WA 3TUSA 3MP1A 1FCKA 3FJGA 5DYHA 1GVCA 3EHSA 3LSLA 3LSXA 4ZEFA 4XXUA 3MBPA 2DXYA 2OCUA 4OQOA 2DWHA 4ZEIA 3KG2A 1A40A 4H65A 5H8NB 3UP9A 3I3VA 4U2RA 4F18A 1I6BA 4BLAA 1ZMGA 1QKBA 2HCAA 4KHZE 3EPEA 4ELQA 3UK4A 1CE2A 1JETA 1UIVA 3H7MA 3IB2A 2GRVA 1UTHB 1A55A 1H44A 3L6HA 3K1NA 4P0GA 4BDNA 4KCCA 3ZS6A 4XKPA 4QFOA 4AB6A 3IJXB 3ILUB 1YCJA 4Q30B 4L17A 1PB7A 1O7TA 1MM6A 5H8HA 1VFEA 4I8CA 4G8NA 5H8QB 1D4NA 2OWSA 2DYXA 3CRBA 1LLSA 2XX9A 4H6DA 1QW0A 3VXCA 4LUBA 1B3FA 3T9VA 4F1VA 4YICA 2Z8DA 1NH7A 2WKYA 4R2BA 3TEPA 4NF5A 1MXVA 1UTBA 1EZPA 3QUJA 1URDA 4LP2B 1I69A 2XX7A 4YKIA 2XXRA 5BUUA 2X26A 1LAHE 3E9XA 1B5JA 3R26A 2HZLA 3TTLA 4F3SA 2X7PA 3FV1A 4YAHX 5CI5A 1SI1A 1HSEA 5AA1A 1B1HA 1B3LA 1B2HA 4I1DA 2XXWA 3CSBA 2E0SA 1AMFA 3UIFA 1M5BA 1ZIUA 1BP5A 3ONMA 3OO8A 4U22A 2XXVA 3JYRA 1H76A 1B6HA 1DSNA 3U72A 5ICQA 1NNTA 1SYIA 2XHDA 3K1PA 4OXVA 4ZEDA 1XC1A 2ABHA 5EHSA 1NMUA 3G3GA 4OESA 3H6WA 1A8EA 4ECFA 4XKQA 1R9LA 3HV1A 3L6GA 4FAJA 3DELB 1B0HA 3BBRA 3AXFA 4R9FA 3RT8A 4OHNA 2F7AA 4R9GA 1NFTA 1JNFA 3UN6A 1TWYA 2HFBA 3SESA 1II5A 2VGQA 3H4ZA 4BDOA 2XXYA 2Q9TA 5L9SA 1VFDA 2RC9A 5I59A 5EHMA 1IXCA 3FXQA 5B70A 5FTHA 1LFGA 4PFTA 2HEUA 4ELPA 4KFQA 3N26A 3IO4A 3CFXA 5IAIA 1VE4A 2XXXA 5DEXA 2DE3A 1Q1KA 2ZYMA 4OFLA 2F34A 1RYXA 4GL8A 1EZOA 2XXHA 4OETA 4XTCQ 3QSLA 1FQDA 1LB9A 1O63A 2REJA 5CRYA 1OMPA 4IO2A 4QSCA 5I2KB 4HCWA 3U92A 1POY1 3ECRA 3W9VA 2IA4A 3GZGA 1Y1ZA 3HCQA 1CB6A 3MP6A 4OFOA 5AA2D 1D9YA 1MY3A 1MY2A 5H8FB 1PBQA 5JTYB 1KWHA 2DOJA 4LZ7A 3FATA 4PE5B 3TELA 3KN7A 4HS7A 4R74A 5I84A 3K6WA 2FNCA 2NUVA 5CM6A 1QKAA 1IQ7A 1N84A 2I0BA 3A3UA 2R71A 1OLCA 1N3XA 2UVGA 3SKPA 4RY1A 2V84A 3FGSA 3BFTA 1B3HA 3QUFA 4BDRA 1SW2A 3MZBA 3TCHA 3GXAA 5CMMA 4R6KA 3V83A 3B7DA 2ZYOA 3VLVA 1MDQA 4PQJA 3CI8A 1M5DA 1USYE 2QJEA 3ODBA 4YKJA 5I2KA 1US4A 1MH3A 2UVIA 1DTZA 1BLFA 1MQHA 3RT6B 4QFNA 1LGBC 1MPBA 3DM0A 3VVFA 1PB9A 2NOOA 2X7QA 3D4CA 1XVXA 2Y7PA 3KEIA 2OBGA 1S50A 3TTNA 1S9TA 3U1OA 1B58A 2THIA 4JBZA 2QSXA 3TODA 4EXLA 4FE8A 2YJPA 4AQ4A 4KR5A 3FD3A 5B7DA 4MFIA 4GOTA 2BJJX 1OVBA 1A8FA 2F35A 1GR2A 3KN8A 4NF8B 4DZ1A 4IY5A 5H8SA 3SEWA 4GWOA 2D3IA 4DXCA 1MRPA 5L8DA 2UYFA 4PFUA 1PDAA 1MG1A 3T9UA 3LSWA 1P1UA 4P11A 4QFPA 3EN3A 5K2XA 2ANJA 4GQOA 3MAMA 3OSRA 4M1VA 3C33A 5FHNA 2HXWA 1R9QA 1M5CA 4F3GA 4R6HA 3K0VA 1XVYA 5AA2A 2VD3A 3ILTB 2DVZA 4X1BA 1FW0A 4GXSB 2VHAA 4HCYA 1B05A 1PBPA 2DVCA 3PUXE 5CBRA 2RF1A 4C1TA 3M8UA 1B4ZA 3OENA 4N6PA 4RK9A 3EHTA 1JEUA 4UACA 1P99A 1MQGA 3E13X 1TXFA 2O1MA 4F2QA 3CG3A 2FYIA 1N76A 5KDTB 1H45A 4PETA 5I56B 4IO5A 2HZKA 3C34A 1JQFA 3PV0E 4QSDA 5H8HB 2R9JA 3FXRA 3PUZE 4F22A 3QAXA 4GD5A 3JV9A 3MVYA 5FHMA 2CMOA 4G68C 4U1OA 4NF5B 4H1XA 1UTBB 3G7WA 2UXAA 2Q89A 3PUYE 4E0XA 4ESXA 3IAZA 1Y4CA 1M5EA 1USYH 3CVGA 3S9MC 3FXUA 1LAGE 2FA7A 3IB0A 3PUVE 4OTEA 3KJTA 3UGWA 1B46A 4OERA 3PMVA 2ZNTA 4U1ZA 3S9LC 1ZTYA 1Y20A 4U4SA 1GGGA 1JVYA 3ZKLA 4ZE9A 5KDTA 2QL3A 2G29A 2H4IA 4ZDMA 3FVKA 5I56A 2Z22A 4ONYA 2F6PA 1ZKBA 1SQYA 3OO6A 5TP9B 2VOZA 1NL5A 1BIYA 2NXOA 3K1MA 4XKRA 3HO7A 1YAEA 4FEDA 3OXNA 4DCYA 5ISUA 3OO9A 1Q35A 1SI0A 3QXMA 1XS5A 4IGTA 4KCDA 1ZBMA 2DE2A 3KOTA 4F1YA 3G3HA 1JVXA 3P7IA 3RQTA 3IOVA 1IEJA 1XHYA 4JWYA 4MBPA 2RC8A 3K02A 2OWTA 4E0WA 5JEIA 4EUOA 3RGYA 4H8IA 4YZZA 3TPAA 3O6HA 2DWAA 5K2YA 2QRYA 4DDDA 3IJOB 4Q5TA 5L9OA 1NKXA 2I48A 3PMWA 4FORA 3IOTA 2Z8FA 4RPOA 2B3FA 4LZ8A 3CR9A 1Z7NE 1UIUA 5TP9A 5I58A 1FTLA 5I59B 4X9TA 2Q2CA 3RY3A 1ATGA 3HPIA 3V5AA 1Y9UA 1BKAA 3GBBA 2H9BA 3C4MA 3C31A 2ZMBA 1D3KA 4F3BA 1SDXA 2O51A 3Q29A 2V3UA 5DEXB 3IL1B 2V93A 2F5XA 3KOSA 4G8MA 4QF9A 4NEDA 2UVJA 3TTRA 1DOTA 3FVOA 5DT6A 5L9MA 1SW5A 3VDFA 3CFZA 4YKKA 3M3FA 1JW4A 2DXRA 3O29A 4M4GA 4KD5A 1P1NA 2UVHA 3F11A 3V89B 1ELJA 4POWA 3S9EA 4MLVA 1RKMA 2OLBA 2P0SA 1URGA 3TAJA 4RYAA 4ZEKA 3E3KA 1EH3A 4PP0A 1LFIA 1FQBA 2D21A 1MXZA 4YKPA 4LATA 1B3EA 3CFLA 4OWDA 4C0RA 3VFJA 2REGA 1OVTA 3SDFA 2HAUA 3ZKKA 2I4CA 3RLFE 1XT8A 4EXKA 3GBAA 4KYDA 1GTKA 5I2NA 2H98A 3TTKA 3U8QA 4BDLA 1FTKA 1H3DA 1Z7ME 3OO7A 2H5YA 1MPDA 1NNPA 2AL5A 2PYYA 3G3JA 3W9WA 4DIGA 2Q8JA 5AA3A 5KZTA 1B7UA 4PFWA 1QUJA 4G4PA 2R6GE 3C35A 4IY6A 2PT1A 3TMGA 3FASA 2XD3A 4NE4A 1EZ9A 1URSA 2V25A 2XXQA 1QUKA 4RPNA 4ZECA 3OOAA 2XD2A 3QIMA 3MZ1A 1IXGA 2UYEA 1B40A 1GV8A 3I5OA 3LBSA 4YMBA 5KCJB 3SEXA 3TDJA 3H03A 3KJ7A 4Z7EA 5CC2A 5AE4A 1N7WA 3FUZA 4ND9A 1PB8A 4WEPA 1D9VA 3FV2A 2PMSA 3UA8A 3T9XB 1LFHA 4GL0A 3MUQA 3PU5A 3O2AA 3PMXA 4F1UA 3SERA 1N0TA 1MY4A 2DWJA 4C1UA 3DLNA 3S2VA 3O6IA 5CMKA 3B6QA 1DPEA 4IO6A 1NNFA 1ZLQA 1MXUA 4TLMB 1I6AA 4BDQA 2DP8A 1ZJLA 3EHUA 2W7YA 3KGCA 2G93A 1OLAA 1N3WA 3RUMA 2ONSA 4QSEA 4H5FA 3C32A 5ELVA 1PC3A 5KCJA 4FEBA 1MY0A 4ELOA 2P2AA 4KYSA 1YTVA 4LQ2A 1MQJA 1M5FA 3HHFA 4R73A 2I58A 3PD8A 1N04A 3N5LA 3THIA 3G3KA 1B0LA 1P1QA 4RA1A 5AA2B 1LBBA 3C9HA 3BKIB 4F19A 3R6UA 3K6UA 1FTOA 5AA4B 1IXIA 2ZNSA 5F1QA 2XXIA 3TCGA 3O9PA 3UORA 4RJZA 4EQBA 4ESWA 4NF4B 1LAFE 4OENA 3SEVA 1MQDA 2H25A 2I3WA 1MY1A 3KFMA 1R1NA 1UQWA 1HSJA 4TQUQ 1B5IA 3MVZA 3CG1A 4WEDA 1J1NA 3GLBA 2AL4A 3DP8A 3K6VA 4WKMA 2ZYNA 2NWJA 1TT1A 4XIGQ 2XXTA 3KSJA 3LSFB 3OD7A 4LONB 1H43A 4THIA 3S4UA 4O3BA 3PD9A 1A99A 2YPNA 4GXAA 2I3VA 2RCBA 1DMBA 4U23A 1A7LA 5DTBA 4P0IA 1MXYA 3PGFA 2GH9A 3HN0A 4ELRA 4YMAA 3TCFA 3TQLA 1DPPA 3KN3A 5AA4A 4DCXA 4FIMA 4F3PA 3KSXA 4NWDA 4QHQA 1QJMA 4NF4A 4G68A 4ZE8A 3KBRA 4NF6B 4LVQA 1MS7A 3VXBA 2F7BA 4N13A 2QS4A 3IO6A 3G3IA 3S9NC 2Q2AA 4GLIA 4EQ7A 2DSFA 1L5TA 4OZ9A 3H3GA 3M3KA 3T66A 1AOVA 1HSLA 4GFRA 1NNKA 2KLFA 3IORA 3I6VA 4QRZA 1MDP1 2ZNUA 3O97A 3T93B 1LB8A 3VLWA 3N94A 3DP6A 1TFAA 2DWIA 4YB6A 4OMBA 1AL3A 3EQ1A 4JWXA 1WVJA 4ZZAA 2QS3A 3T9HB 2O68A 4R72A 2DQVA 3A09A 3D4GA 4RXLA 2DS9A 1OQHA 2RINA 4NF6A 2QS1A 3TFLA 4ISUA 2QMXA 4MF3A 4K3FA 3IK6B 4PFYA 1QULA 5I58B 4FECA 1FTMA 3MC2A 4AB5A 4X48A 1IIWA 1PEBA 2D5WA 5ICTA 3FVNA 3W15C 2F36A 5HBCA 1POTA 3FVGA 4FATA 1MPCA 4ZZEA 4JWOA 2OZZA 5J1DA 3RTFB 3ZSFA 3MPKA 3PPPA 3VLUA 4IO7A 2ZYKA 3MZ9A 5H8NA 1FTJA 5CMBA 5HPQA 5JK4A 5ITPA 1QVSA 2PX1A 1IITA 3WAFA 2RKMA 4MLQA 1UTHA 4R6YA 3H6UA 1B4HA 2F97A 2XX8A 3MVXA 1AIVA 2Z23A 2VD2A 3VV5A 5H8QA 1ZU0A 3O66A 4U21A 1FQFA 3MW0A 2XXUA 1AH5A 4RK2A 3MWBA 2GFEA 4F2OA 3H06B 3IB1A 4G77A 3TYHA 1VSOA 4H8JA 5DVFA 5I2NB 3KZGA 2Y84A 1P1WA 1Y3QA 3K01A 3Q26A 2ONRA 2CZLA 4DXUA 3G3FA 1IUDA 5TPAB 5CBSA 1BTJA 2Z8EA 1OIBA 3QK6A 4JSDA 3U93A 5A5XB 3N6UA 1QUIA 2QPQA 5FHOA 3VVDA 4YB7A 3V8XB 4LQ5A 3Q27A 1SD3A 5CMCA 5I57B 3U94A 2ESNA 2F78A 3MPLA 1MQIA 1A54A 2O7IA 1LCFA 1B7HA 4H5GA 3PUWE 4KI0E 2QS2A 4WXJA 2AIXA 4OEVA 5F7VA 3OSQA 3OMBA 2PVUA 4Z0IA 3LUYA 2Y7WA 4NTLA 4EDPA 1Y3PA 3FJ7A 5DVJA 3O6GA 2Y7KA 3K2DA 2ZXTA 5M2VA 4IO3A 1MM7A 4MH5A 4JSOA 4OFJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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