1M5CA

X-ray structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j) in complex with br-hibo at 1.65 a resolution
Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH2 (74-80)S1 (6-10)TI2 (56-59)EMPTYS3 (32-33)TVIa1 (13-16)S11 (188-193)3H2 (28-31)TI1 (20-23)TIV1 (14-17)S2 (18-19)3H1 (23-25)AH1 (35-47)S4 (51-55)TI3 (66-69)S5 (62-64)TIV2 (65-68)S6 (71-73)S13 (218-225)TVIII2 (81-84)S7 (85-86)O1 (88-90)TIV4 (138-141)O3 (206-261)AH3 (94-98)S8 (100-109)AH9 (230-244)AH8 (194-201)S12 (208-211)S9 (111-116)TI'1 (184-187)AH7 (174-184)TII1 (116-119)O2 (119-121)AH4 (124-129)TVIII3 (131-134)S10 (134-136)AH5 (142-149)AH6 (153-164)TIV5 (165-168)TVIa2 (203-206)AH10 (246-256)TI4 (256-259)TII2 (225-228)Updating...
connected with : NaN
publication title Structural Basis for AMPA Receptor Activation and Ligand Selectivity: Crystal Structures of Five Agonist Complexes with the GluR2 Ligand-binding Core
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 84
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5cA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5cA01
4GVOA 3IB2A 2OWSA 3LSXA 2DS9A 2F5XA 2V3QA 4NTLA 2VHAA 4NF8B 4BDMA 2A5TB 1P1UA 5TU0A 3RLFE 1FQBA 3SEVA 3CFZA 2HCAA 1FTJA 4RPOA 4YMBA 1Q35A 5H8SA 2VD2A 3FGSA 2Y7KA 4I8CA 3KZGA 5TP9A 5FHMA 2RC9A 4KYEA 2NXOA 1FQEA 2GHBA 1JW1A 4XXUA 2ONSA 4QSEA 2X26A 3ZKLA 3IO4A 1SYIA 1N04A 1UIUA 1H3DA 2HZKA 5JTYA 5H8FB 5HBCA 3PPNA 1QULA 1M5FA 1A8EA 4Z7EA 2V25A 2FYIA 2V93A 1QJMA 3E3KA 2DYXA 2GRVA 2NOOA 3CSGA 5ISUA 3U1OA 3DP8A 5ELVA 4E0XA 5H8NA 4E0WA 3S4UA 5B70A 3TQWA 3IL1B 3OSRA 4RXLA 1N7WA 4ZZAA 1SDXA 2ZNSA 1ZJLA 4YB5A 1NNKA 3K02A 1URGA 3W15C 3VLUA 4YZZA 5M2VA 1LAXA 3TPAA 3B7DA 3RY3A 1ATGA 3ZSFA 2IA4A 3HCQA 3FXUA 1LCFA 5IAIA 4GXSB 4Q5TA 3MQ9A 4JB7A 1WVJA 5IKBA 1A99A 3KGCA 2QJEA 1FQAA 1P1OA 1XVXA 2D21A 1Y4TA 3RNNA 5L9SA 3IJOB 1B5IA 1F9BA 3K1MA 4EF1A 3EN3A 4ELQA 4FE8A 4BLAA 3PUVE 3QUFA 3HO7A 5H8QB 4P11A 5I57B 4LQ5A 2AYSA 4U22A 4UACA 2DQVA 5TPAA 1OVBA 3C34A 1MQGA 3MVYA 2PT1A 3M3LA 4U4SA 3G3HA 5AA4A 1ELJA 1MM7A 2XXRA 4KQPA 3Q27A 1ZMGA 3TKDA 4WKMA 3U93A 4R75A 3T9UA 4F3PA 2DSFA 1IXHA 1PEBA 3FASA 5DEXB 1S7YA 2R6GE 3UGWA 2X7QA 1IIWA 1A7LA 3DELB 2Y7PA 3K0VA 2E1SA 3H3GA 1TFDA 4PFYA 3FATA 5ICTA 3VFJA 3S9LC 3TUSA 4ELPA 4F3BA 1B46A 3EHTA 4DXBA 1B0HA 4PFTA 2QS1A 3MVWA 4DLDA 1LFIA 4MLQA 2D3IA 5H8HB 4GRKA 1MXWA 3HPIA 4WXJA 4G8HA 5L9MA 4OEUA 1AOVA 5EYFA 5B7DA 3KN7A 1QUIA 4F2QA 1R9QA 3VV5A 5EHMA 2Z8FA 3WAFA 4OZ9A 4QRZA 4EF2A 4F19A 1NKXA 2GH9A 3TCHA 3K1NA 5FTIA 3D4GA 1Y4CA 2DVCA 3MW0A 4YKJA 4ELOA 4NF6B 1B32A 2B3FA 4R6HA 1GGGA 3TTLA 5KCJA 3G7WA 4R2BA 3LBSA 5KDTA 1XC1A 3H6TA 5ICQA 5I56A 1AIVA 1T0KA 5JK4A 1XHYA 4R74A 3EF7A 2DXYA 3QAXA 5AA2A 2I49A 4OFJA 1Z7NE 1JEVA 2RC8A 4G68B 4IGTA 4DE8A 1N3WA 2FNCA 4H0WA 3OO9A 1ZLQA 3FJGA 1UTBA 2O84X 2QL3A 1PB8A 1B3FA 3BFTA 1IUDA 3UP9A 3BFUA 4PFWA 2Z22A 2DWIA 3I5OA 2V3TA 3T9HB 3DM0A 1ZTYA 3PD9A 1SI0A 4GWOA 3O2AA 3V89B 2O7IA 3U92A 5CMKA 3N26A 2QMXA 3OO7A 3MP1A 1WDNA 2Q2CA 4ND9A 1S50A 1ZU0A 3THIA 3KJTA 1SYHA 3CSBA 2F35A 4U23A 3K6VA 1SBPA 4G8MA 4IO6A 2D5WA 3TMGA 2I4BA 1I69A 4QF9A 3LSLA 1B52A 3PMVA 1NNTA 3RPWA 4IGRA 4MH5A 1VFEA 2O68A 3RQTA 1SW4A 3FVGA 3FD3A 1J1NA 1DSNA 4KYSA 4POXA 3DLNA 4OMBA 5ITOA 1DMBA 1IXGA 4GF8A 2HZLA 1FQFA 3ONMA 1FTMA 4GL0A 3CIJA 1URSA 1BKAA 2ONRA 4WEDA 4ECFA 1MH3A 1MQIA 2F8DA 1OIBA 2REGA 2DXRA 2XXYA 1M5CA 2F78A 4NF5B 3PPPA 4HCWA 1A55A 3QUJA 4QSCA 1B9JA 1POY1 2XXQA 4F39A 3OMBA 5LOMA 3EPEA 5DYHA 4LZ8A 3JV9A 4RNSA 4O3AA 3K4UA 5DVIA 1PBQA 3FV2A 5L9OA 3M3KA 5AA3A 1OQHA 5CI5A 4OEVA 4M1VA 3EQ1A 3UA8A 2AL5A 3TTRA 2Y7RA 3C31A 2YJPA 1QKBA 3KSJA 1OQGA 4XIGQ 1USYH 2O69A 4YMAA 4YKPA 1RYXA 1P1WA 2OCUA 3SEYA 1UQWA 3SDFA 3G3KA 3N6TA 3MP6A 4IO4A 4KFQA 4X48A 4LVQA 4R72A 4H5GA 1URDA 1MM6A 1LB9A 4F3GA 2DE2A 1MY4A 1SVXB 5HM4B 3T96B 4F29A 3S9NC 4BDLA 4U2RA 2DWHA 2HAUA 1B7HA 1Y3QA 1N3XA 1QW0A 1JVYA 1FQCA 2ALUA 1L5TA 1MXZA 3AXFA 2F36A 4H6DA 4PP0A 2HQ0A 3MVZA 4LUBA 4EXLA 1LFGA 1D4NA 1AL3A 2XXVA 4RJZA 3MWBA 1UTHA 2RCAA 5I58A 1OLCA 1YPNA 5F1QA 2PVUA 1NH7A 1VSOA 2ZYNA 1EZOA 3MP8A 5I2KA 3QYTA 4Q0CA 3QSLA 5CMBA 4KI0E 5H8QA 1TT1A 1MRPA 5I57A 4FEDA 3PPQA 4G77A 4I62A 2ONKE 3VLWA 3KN8A 4X9TA 2VGQA 3OENA 4YAHX 3ZKKA 4IO3A 4DDDA 1R9LA 1FTLA 2RC7A 1O7TA 2I6EA 1A8FA 1B4HA 4C1TA 4G2ZA 1IXIA 3C36A 1QVSA 1XOCA 1TFAA 4G8NA 3IK6B 1MY0A 1N76A 3HHFA 5I84A 1B5JA 1A40A 1EH3A 3HV1A 3I6VA 3VXBA 4LA9A 1H43A 3C35A 4EDPA 2XX7A 2Z23A 4R2FA 3E4RA 5CC2A 2XXIA 3K6UA 2ZXTA 2O1LA 5DVFA 4H65A 2XXTA 5TP9B 3SKPA 1NFTA 1JW4A 1TWYA 3MZ9A 3QXMA 3MZBA 5CBSA 3N94A 3E13X 3FJ7A 3O6HA 4MBPA 1CE2A 4HW8A 4PETA 4LQ2A 3GLBA 2F7AA 2PX1A 1M5DA 3JYRA 4NF6A 3VVEA 4JDFA 2V3UA 5JTYB 1MDP1 2Z8EA 2CMOA 3V5AA 3OEKA 4ZEBA 1MPCA 4F22A 3Q28A 1MG1A 3OO6A 1LGBC 2Q2AA 5CM6A 2YLNA 5H8NB 2A5SA 2I3VA 1Y3PA 5FHNA 3UIFA 5I59B 1JEUA 1Q1KA 3FVNA 3USDA 1QUKA 3P7IA 2OK2A 3N6UA 3QIMA 1B58A 3W9VA 5ITPA 3TEPA 4DIGA 1B2HA 4OERA 3IB0A 4P0IA 4GFRA 2DOJA 3HN0A 4IY5A 4OTEA 1MS7A 4MF3A 2DWAA 4OESA 3PPRA 3PMXA 1FTKA 1LAHE 2RKMA 4F1UA 1B0LA 3VDFA 2ZYKA 4YKIA 4L17A 2G29A 4LZ5A 3UORA 1VFDA 1B5HA 2GFEA 2H25A 1IQ7A 1JVXA 3LC8A 2Q8JA 4R9FA 2H9BA 1PC3A 4QFNA 4EQBA 1US4A 3C33A 3T66A 3LR1A 1RYOA 5TPAB 5HPQA 4OYVA 3UN6A 3FV1A 4I9DA 1IITA 3FVOA 4HCYA 2ABHA 1Y20A 3MBPA 4X1BA 1IXCA 3T93B 1M5EA 4ZEDA 3OD7A 2CZLA 1LAFE 3FJMA 3IO6A 4QFPA 3TTNA 4NF4B 3QK6A 2BJJX 4XKQA 4ZEKA 2VOZA 1QKAA 1RKMA 5I2NA 3IOTA 2XX8A 4F3SA 1P1NA 4GLIA 1YCJA 3U8QA 2NUVA 3SERA 3CG1A 3O29A 3K6WA 3C9HA 4MLVA 1SI1A 3DP4A 3IOWA 3PUZE 3CG3A 4FECA 1D9VA 3K00A 1Y1MA 2H99A 1JQFA 5FTHA 1NNPA 2XX9A 3RT8A 3ZS6A 4IB2A 4O3CA 3PPOA 1B05A 1R6ZA 1MH4A 1OMPA 4G4PA 3TTKA 4N6PA 5EHSA 2AL4A 3H7MA 4GXAA 3E9XA 3GBBA 5A5XA 2H5YA 2AIXA 1OLAA 1SW1A 3L6GA 3TELA 4PE5B 5DT6A 5KCJB 4EUOA 4O3BA 5KDTB 5I56B 2NVUB 2UVGA 3TCFA 4R9GA 1NNFA 2I4CA 4NF8A 2OWTA 2XXUA 2A5TA 3N5LA 1HSLA 3OOAA 4ELRA 1YAEA 3IAZA 2F34A 4QSDA 3TCGA 3S9EA 3GBAA 4F2OA 1UTBB 4F18A 2QSXA 3T22A 1Y1ZA 2F6GA 4GOTA 2O7UA 1B7UA 1BIYA 3K6XA 4ESWA 5AA1A 2P2AA 4TQUQ 4OFLA 1JNFA 4ZZEA 3RGYA 1AH5A 4FATA 4C0RA 4DXCA 4U21A 4Q8RA 1H45A 1TXFA 4XKNA 1SW5A 1NMUA 4OWDA 1LCTA 2PYYA 4WEPA 4IY6A 3R6UA 4LATA 2QS3A 1P1QA 1VR5A 5H8FA 1M5BA 3VVFA 2PT2A 2G93A 4DCXA 2I48A 4RYAA 3R26A 4MFIA 3MZ1A 5K2YA 3CVGA 1HSEA 2R9JA 3LSWA 1AMFA 2XD3A 1MQHA 1O63A 4JXIA 3MC2A 4ZECA 1DPPA 3FVKA 4YB6A 1H76A 3G3FA 4H1XA 3IJXB 1Z7ME 3V8XB 3C4MA 5AE4A 4HS7A 2I0CA 3IX1A 4FIMA 3LSFB 2RINA 4EQ9A 4R6YA 5BWJA 3SEUA 1MQJA 3RTWB 2Q89A 1PB9A 5CBRA 1EZ9A 3CI8A 3IB1A 3WAEA 1QUJA 4KYDA 3M8UA 4QFOA 1D9YA 4NWCA 1SQYA 1WODA 3H4ZA 3PMWA 3KJ7A 3KG2A 4OHNA 2QS4A 4M4GA 1ANFA 3O97A 3SESA 4R73A 1B7ZA 4KHZE 4N07A 4I1DA 2ZYMA 4RPNA 2UYFA 1N84A 1I6AA 1H44A 1FCKA 1IEJA 2P1SA 1LSTA 3GXAA 1D3KA 4PQJA 4AB6A 1O64A 2XXPA 3TTMA 4XKPA 3G3GA 5CMCA 3TYHA 4FJPA 1A54A 3A3UA 4U4XA 3KFMA 4UA8A 2QS2A 1ZKBA 2YPNA 1MXYA 1US5A 4DXUA 3H06B 4BDNA 5J1DA 3A09A 2LAOA 1DPEA 4EQ7A 4JWXA 2Y84A 4ZS9A 1DTGA 2F97A 5DEXA 1MPBA 2OBGA 3KSXA 4IO7A 2WKYA 3FZVA 3OSQA 5I59A 4RY1A 1FTOA 1SW2A 1OVTA 4U1ZA 3D4CA 4JWYA 3I3VA 2XXHA 3SEXA 1LLSA 5F7VA 3CFLA 4KR5A 1XVYA 5H8HA 1VE4A 3Q26A 1P99A 3U94A 3CRBA 4DZ1A 3F11A 2F7BA 2UVHA 1PDAA 1XT8A 4BDOA 3VE1B 4NMYA 3KN3A 1MQDA 2X7PA 1FQDA 2Y7IA 3Q29A 1LBBA 1UTHB 2V84A 3ODBA 5I58B 3O28A 2XXXA 2ZMBA 4ZEIA 4TLLB 2UVJA 3MPKA 2KLFA 4FEBA 3FIRA 1GTKA 3OELA 5I2KB 5DVJA 2O6AA 1CB6A 3R7XA 3K01A 2DP8A 3MUQA 3IOVA 1MXXA 3ILUB 4GIZA 2UYEA 2OZZA 4QHQA 4TOZA 3TAJA 3CR9A 4FAJA 3PV0E 3TZAA 2VP1A 3IORA 4G68A 2Q88A 4F1VA 1EZPA 3MJNA 5L8DA 4H8IA 2ZYOA 1MXUA 2IEEA 3KBRA 2F6PA 4NF4A 3GZGA 2Q9TA 2B65A 4ESXA 4Q30B 1MY1A 1B6HA 4RA1A 1LBCA 4XTCQ 1MDQA 3B6WA 2F7CA 4ONYA 1B4ZA 4GD5A 3KOSA 1MY3A 4RK9A 1PBPA 3RUMA 3PGFA 4KPTA 3PU5A 3VXCA 2PBWA 3MAMA 1UIVA 3L6HA 2HXWA 2E0SA 2H98A 3PUXE 2O51A 2THIA 3B6QA 3FXRA 4OENA 4KCDA 4R6KA 3IR1A 2ANJA 3O6GA 2OLBA 4N13A 4LP2B 2XHDA 2I58A 5JEIA 1XS5A 2DE4A 3EHSA 4AB5A 4YB7A 4JBZA 4U1OA 4QFLA 3FXQA 4DCYA 3FUZA 1B3GA 4PFUA 4THIA 1LB8A 4OQOA 4X1DA 4ZDMA 3RN8A 3ECRA 5CRYA 1JW5A 3S9MC 5AA4B 3ILTB 3H6WA 4K3FA 1EU8A 3OEMA 1DTZA 4EXKA 2HEUA 4XKRA 4ZE8A 4GL8A 4NE4A 4H67A 2QMWA 3HHGA 3OO8A 1NL5A 4OETA 1BP5A 3O6IA 4YU0A 2W7YA 4P0GA 4KCCA 4NWDA 3TFLA 3O66A 2QRYA 2OJTA 1I6QA 2XD2A 4RK2A 4JSOA 3OXNA 2HAVA 4NF5A 2M8CA 5BUUA 4OVJA 4OXVA 3K1PA 1I6BA 4JSDA 1HSJA 4LZ7A 4AQ4A 4GQOA 3G3IA 3H6UA 5CMMA 4C1UA 2RCBA 3SETA 4LONB 2FA7A 4QFKA 3VLVA 1FW0A 4Z0IA 2P0SA 3H03A 2H4IA 3PUWE 2DVZA 3Q25A 4IO5A 1R1NA 4BDRA 3RT6B 2I0BA 4OFOA 5KZTA 2O1MA 4BDQA 3JZJA 3LUYA 3U72A 3V83A 2HFBA 5FHOA 4TLMB 3VVDA 2Z8DA 1BLFA 1B1HA 4ZEFA 3PUYE 2ESNA 4H5FA 1MY2A 1B51A 2UVIA 5DTBA 3S2VA 3DP6A 3T9XB 5AA2B 1USYE 1GVCA 1GV8A 3A3CA 1B40A 3MVXA 1JETA 1LAGE 2Y7WA 2ZNTA 3UK4A 3CFXA 3TQLA 1N0TA 3EHUA 1KWHA 3PD8A 2XXWA 4YKKA 1GR2A 4JWOA 3K2DA 4HTGA 1PB7A 3RTFB 2NWJA 1B3LA 1B3HA 4POWA 3O9PA 5I2NB 4ISUA 4G68C 3IOUA 1DOTA 1POTA 3MPLA 4ZE9A 1MXVA 3HSTA 1N7XA 3B6TA 3BKIB 3H6VA 3KEIA 4F31B 1BTJA 1SD3A 4NEDA 4IO2A 2R71A 2QPQA 3T9VA 2I3WA 1B3EA 3W9WA 1IZ1A 3TODA 1LFHA 1NH8A 3M3FA 2ZNUA 1Y9UA 2UXAA 2PMSA 3TDJA 2B3BA 4KD5A 2GHAA 4H8JA 2DWJA 2VD3A 2REJA 5AA2D 1Y3NA 3SEWA 1B1XA 1ZBMA 2RF1A 1S9TA 4F1YA 2DE3A 5K2XA 3KOTA 3C32A 5A5XB 4YICA 1ZIUA 3BBRA 1YTVA 1II5A 3G3JA 1MPDA 4FORA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GVOA 3IB2A 5A5LA 2OWSA 3LSXA 2DS9A 2F5XA 2V3QA 4NTLA 2VHAA 4NF8B 4BDMA 2A5TB 1P1UA 5TU0A 3RLFE 1FQBA 3SEVA 3CFZA 2HCAA 1FTJA 4RPOA 4YMBA 1Q35A 5H8SA 2VD2A 3FGSA 2Y7KA 4I8CA 3KZGA 3GYYA 5TP9A 4MMPA 2XWOA 5IZ3A 2XXKA 5FHMA 2RC9A 4KYEA 2NXOA 1FQEA 2GHBA 4GBVA 1JW1A 4XXUA 2ONSA 4QSEA 2X26A 3ZKLA 3IO4A 1SYIA 2WBDA 1N04A 1UIUA 3E78A 2QFLA 1H3DA 2HZKA 4NQ8A 5JTYA 5H8FB 5HBCA 3PPNA 1QULA 2CZHA 1M5FA 4PAKA 1A8EA 4NF0A 4Z7EA 2V25A 2FYIA 2V93A 1QJMA 3E3KA 2DYXA 2GRVA 2NOOA 3CSGA 5ISUA 3U1OA 3DP8A 5ELVA 4E0XA 5H8NA 1NV3A 4E0WA 3S4UA 2V4CA 5B70A 5EQ8A 3TQWA 3IL1B 3OSRA 4RXLA 1N7WA 4ZZAA 4GX3A 1SDXA 2FIXA 5EQ9A 2ZNSA 4GWUA 1ZJLA 4YB5A 1NNKA 3K02A 4N8GA 1URGA 3W15C 3VLUA 2QVRA 4YZZA 5M2VA 1LAXA 3TPAA 2CEYA 3B7DA 3RY3A 1ATGA 3ZSFA 2BJIA 2IA4A 3HCQA 3FXUA 1LCFA 4X8RA 5IAIA 4GXSB 4Q5TA 3MQ9A 4QXDA 4N6DA 4JB7A 1WVJA 5IKBA 1A99A 3KGCA 1LBXA 2QJEA 1FQAA 1P1OA 1XVXA 2D21A 1Y4TA 3RNNA 5ESYA 4H45A 1CNQA 5L9SA 3IJOB 1B5IA 1F9BA 3K1MA 4EF1A 3EN3A 4ELQA 4FE8A 4BLAA 3PUVE 3QUFA 4NX1A 3HO7A 4PFIA 5H8QB 4P11A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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