1M5EA

X-ray structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j) in complex with acpa at 1.46 a resolution
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for AMPA Receptor Activation and Ligand Selectivity: Crystal Structures of Five Agonist Complexes with the GluR2 Ligand-binding Core
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 87
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5eA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5eA01
2V3TA 4F31B 2Y7WA 4IO5A 4WEPA 3CR9A 3PUVE 4JB7A 3PUYE 4R73A 2CMOA 4F3PA 3DM0A 4RA1A 2V3QA 5DVFA 3MVWA 3Q27A 1M5BA 1OLCA 1UTHA 2QL3A 1B4HA 4OFJA 1P99A 4U22A 1SYHA 3C36A 1JEUA 5CI5A 3PU5A 4MH5A 3HSTA 3K1PA 4U21A 3IB2A 2A5TB 3DP4A 2O51A 4NWDA 5CMMA 1US4A 5KDTA 3H06B 3D4CA 3MW0A 2I4BA 5AA4A 3TQWA 3WAFA 1B3EA 5ITOA 5I59B 1URSA 3O6HA 5JTYB 4EQ7A 3PD9A 3FVNA 2F6PA 3H03A 1QUIA 3K01A 1MY4A 5LOMA 3MVXA 3K6VA 2I49A 1SW1A 4NF5A 4HW8A 3TYHA 5KCJB 3ZKLA 2YJPA 5I56B 1SQYA 3B6TA 3MJNA 2FA7A 3O6GA 2VD2A 4F1UA 3SETA 2Z8EA 4X48A 1D3KA 4H5FA 4U23A 1B7ZA 1MXYA 1MQHA 1WODA 3PMVA 1IQ7A 4R6HA 3IB0A 2E0SA 3UIFA 3OOAA 1URDA 3HPIA 1FTKA 4OVJA 2HEUA 3MUQA 5FHNA 3OD7A 2HAVA 1A99A 3UP9A 2X26A 3V89B 3N94A 3E3KA 5CBSA 5JK4A 3ONMA 3PGFA 1MXZA 2IA4A 4P11A 3G3JA 2RCAA 3W9VA 2GHAA 3T66A 1B1HA 2LAOA 1GGGA 4F2QA 4G8MA 4KQPA 4LP2B 3OMBA 2DE3A 4YKJA 5I2KA 1B46A 2F78A 3IORA 2DXRA 4P0IA 3MZ9A 4OHNA 4OXVA 1YPNA 3FJGA 4QSEA 5F1QA 5EHSA 4POXA 3VXCA 3THIA 5ITPA 1LB9A 5I57B 3KN7A 4K3FA 2F5XA 2D3IA 1ZKBA 1MG1A 4QFPA 5DTBA 3IOWA 4PFYA 3FJMA 4JSOA 2FNCA 1ZBMA 1FW0A 4JXIA 1DTZA 4LZ7A 2ALUA 2PX1A 5TU0A 4OEVA 2ZNUA 1B32A 3R6UA 2M8CA 3CFXA 1JQFA 3SDFA 2I0CA 2ZYNA 3MWBA 2P2AA 3MPLA 1PBPA 4I9DA 2XHDA 4L17A 4NF6B 4F1YA 4ESXA 3S9NC 2XXIA 3MP1A 4POWA 4ZEBA 4ELRA 3TELA 3Q26A 4LUBA 1EZPA 3PUZE 1LFGA 1Q35A 3N6UA 1P1UA 1GR2A 2GH9A 1B6HA 4PETA 1HSEA 3CRBA 2UVJA 3S9MC 4JSDA 1B58A 2DQVA 1HSJA 2F7BA 3I6VA 4KD5A 3FZVA 5TPAA 3FUZA 2OLBA 1N76A 3IOTA 1DPPA 3K0VA 2ONSA 2VHAA 1P1QA 4IO3A 2OJTA 1BKAA 2V84A 4F22A 3HV1A 2DWHA 4LQ2A 3R7XA 1P1NA 1TFDA 3TUSA 4ZEKA 3MPKA 5ICTA 4XIGQ 2D5WA 2ANJA 3G3KA 3VXBA 1MDQA 4N6PA 2AYSA 3VLVA 1FCKA 3IB1A 1UTBA 2UYFA 2XXTA 1N7XA 2HZLA 3GLBA 3CSBA 2ZXTA 1IXGA 5L9OA 2OK2A 3M3KA 1O7TA 1MPBA 1VSOA 2VGQA 1B51A 4OMBA 2O69A 4R2FA 4IB2A 1EZOA 5DEXB 3TTLA 3U8QA 1OQGA 2Q89A 3O28A 3SESA 5KDTB 2XD2A 4LONB 5HBCA 5IAIA 2X7PA 3OENA 4MLQA 4OENA 2Y7KA 3OO8A 3O29A 5M2VA 1LGBC 3A3CA 5EYFA 2NVUB 3KEIA 4DZ1A 2OZZA 3LUYA 1HSLA 4H65A 4QFOA 3H7MA 4I1DA 3C34A 4I62A 3PMWA 3TDJA 2Z22A 4FIMA 2RC9A 4TQUQ 4XXUA 4NF8B 1VE4A 2D21A 3VLUA 4EXKA 2VP1A 4QF9A 4MF3A 1PDAA 4BDLA 3OELA 1L5TA 2V25A 4RYAA 4XKRA 3IJXB 4RPOA 2R71A 4NE4A 4Q30B 1N04A 4YB7A 1MM6A 4EF2A 5AA3A 4LZ8A 4NF4B 4YB6A 3S4UA 3LR1A 4ZEDA 3T9XB 1M5DA 1Y1ZA 3V8XB 4UA8A 4OEUA 3K1MA 4YKIA 3B7DA 5K2XA 3IK6B 3OO7A 3IR1A 2XX7A 1TXFA 1M5EA 2E1SA 2PBWA 1N7WA 1MRPA 3H6TA 3W15C 1B5JA 5CC2A 2RCBA 3B6QA 1QULA 1CE2A 3MVZA 1JEVA 2HXWA 4PFTA 5ICQA 4NTLA 2P0SA 4G8NA 3UORA 1FQEA 1FTJA 5DVJA 4R9GA 4YKKA 4H5GA 2O68A 3ILUB 2HAUA 3K00A 3H3GA 3FXQA 1DSNA 3IJOB 3VDFA 1QKAA 2H25A 4QFKA 3KN8A 2KLFA 4Q8RA 4BDRA 3UK4A 3RT6B 2DSFA 2X7QA 1POY1 2O6AA 2QRYA 5I58A 2UVIA 5CMKA 3TKDA 1GTKA 4ELPA 1DTGA 1MXWA 1LB8A 1A55A 3MZ1A 2PVUA 2QS3A 4EUOA 1FTMA 1YTVA 4G4PA 4AB5A 4XKQA 3RQTA 2QMXA 2QJEA 1ANFA 1H43A 4X1BA 2OCUA 3E4RA 3A09A 3ZSFA 2RC7A 1J1NA 2B3FA 5IKBA 4UACA 1SYIA 4FJPA 2VD3A 1B3LA 1PB9A 3U92A 5H8SA 4OYVA 3U93A 4OERA 4H8JA 3SKPA 1US5A 3OXNA 4XKPA 4GVOA 5TPAB 4ESWA 2HZKA 2QMWA 3PPOA 4XTCQ 2THIA 2DXYA 3QXMA 4E0XA 1IXCA 4F3GA 1OIBA 5CMCA 4DLDA 4ZZEA 3PPNA 3K02A 2Q2CA 4PP0A 3VFJA 1QVSA 3RNNA 1IXIA 2O1LA 3KSXA 2XXYA 3S9LC 4X9TA 2F35A 1A54A 3KGCA 2R6GE 1NNKA 2O7UA 4Q5TA 1SI0A 4JWOA 4KR5A 4WXJA 2F8DA 3GBBA 3H4ZA 1UTBB 1MY1A 4GD5A 1A7LA 4C0RA 2PT2A 3PPRA 2GFEA 4DXBA 4R75A 4Z7EA 1KWHA 1WDNA 3SERA 3RLFE 5FHMA 3H6UA 3QYTA 1RYOA 2I6EA 3HHGA 4ZZAA 4OFOA 3O2AA 2XXHA 1F9BA 3MP8A 2DVCA 4N13A 1WVJA 4IGRA 4C1TA 5DYHA 2Q9TA 3VVFA 3TTNA 3PUWE 2FYIA 1JW1A 1MXXA 2HCAA 3IOUA 1MY3A 1JW4A 1EZ9A 2XXVA 3KFMA 3USDA 4IY6A 2O7IA 1MS7A 4DCYA 3LSFB 2P1SA 3QAXA 3G3IA 4R6KA 3IO6A 1GV8A 3C33A 3CG1A 1QW0A 4ZEIA 3G3HA 2ZNTA 3U94A 3S2VA 4OWDA 2ZMBA 4EQBA 4LQ5A 5CBRA 2NWJA 1O64A 3B6WA 2XXPA 2QPQA 5FTHA 2DE2A 4O3BA 1MXVA 1M5CA 2NUVA 3O6IA 3O9PA 2XXXA 4YU0A 1B5HA 1B9JA 5FTIA 3SEWA 2DWAA 3TFLA 5L8DA 1N3XA 3KOSA 3MAMA 3DELB 1BIYA 2PMSA 1LAFE 3KZGA 3VV5A 3FV1A 4H1XA 3QUFA 5A5XA 2ZYKA 5HM4B 3SEXA 4F39A 3C32A 3TTMA 4G2ZA 2RINA 3K6XA 2Q8JA 3RN8A 1NH8A 3IO4A 3U1OA 3UN6A 4G68C 1BTJA 1MY2A 3F11A 3VLWA 1B40A 1R6ZA 4KFQA 4YKPA 1VR5A 1RYXA 4GWOA 1ZU0A 4NEDA 2F7CA 2A5TA 1CB6A 2QS4A 5AA1A 1XVYA 4JDFA 5BUUA 2F6GA 3DP6A 4PFWA 3WAEA 4U2RA 3G3GA 1XOCA 1AL3A 2OWTA 3BKIB 3MP6A 4IGTA 4R9FA 3V5AA 3FD3A 2H98A 1DMBA 4MBPA 3G3FA 2PYYA 4EXLA 5I58B 4HCYA 4THIA 1UTHB 3T9VA 3LSWA 3ZS6A 1Z7ME 1RKMA 4U1OA 5FHOA 3K6WA 1MQIA 1A40A 1Y3QA 4QRZA 3FVOA 3KJTA 1S50A 4ZDMA 4FECA 4FE8A 2AL4A 1PB8A 2R9JA 4LZ5A 1R9QA 3LSXA 3TMGA 4GFRA 2I3WA 5AA4B 3KBRA 4O3AA 1FTOA 4RNSA 4DCXA 2DWJA 5AE4A 5TP9A 1XVXA 3PPPA 2V3UA 1PB7A 3OSRA 2YLNA 1LCTA 3OEKA 2NXOA 1NMUA 4BDOA 1MH3A 4R72A 4TLLB 4NF5B 4RY1A 3TTRA 2H9BA 2REJA 4OETA 4ZE8A 1MH4A 2ABHA 3I5OA 1Y9UA 3TZAA 4C1UA 1TT1A 2Q2AA 3TPAA 2W7YA 2Y7PA 4GXSB 4ZEFA 3FATA 4P0GA 3H6VA 2GHBA 1ZTYA 3GXAA 1B0HA 4PE5B 5L9MA 3M3LA 3D4GA 3IAZA 3FJ7A 3SEUA 1N3WA 4F19A 1PEBA 1MQDA 1O63A 3EPEA 1ZMGA 4BLAA 1UIUA 1JVXA 1MQJA 2DWIA 3TODA 1JVYA 4ONYA 1PBQA 1POTA 3EN3A 2I0BA 1S9TA 3VVEA 3SEVA 4ELOA 4GF8A 1I69A 2V93A 5AA2D 1FQAA 1MPCA 3ILTB 3QIMA 1IITA 2B65A 5I2KB 4G68A 1DOTA 1QUKA 4NF6A 2VOZA 1B52A 3QSLA 4AB6A 3EHSA 4DXCA 2OBGA 3AXFA 3W9WA 3HN0A 1BP5A 2IEEA 1URGA 2WKYA 1LBCA 4KPTA 1YAEA 1LSTA 3OEMA 1FQCA 3RGYA 2H4IA 4KCDA 4KYDA 5H8QA 4NWCA 1AMFA 3RTWB 1YCJA 3RUMA 4GL0A 2ONKE 2H5YA 3TCHA 2QSXA 1NH7A 3UGWA 1FQBA 3OO9A 1SW4A 1H44A 3TCFA 1LAHE 2AIXA 4MFIA 2ZNSA 1QJMA 3T9UA 3RTFB 4LA9A 2XD3A 3GBAA 3TEPA 3R26A 5A5XB 4O3CA 3CIJA 2RKMA 2ZYMA 3HHFA 5H8HA 5H8FA 4NMYA 4F18A 1NKXA 4DDDA 4F3BA 3S9EA 3L6HA 3RPWA 1SD3A 2DE4A 5DVIA 1S7YA 5I2NA 5DEXA 4RXLA 4ISUA 3VVDA 4EDPA 1R1NA 5F7VA 1OMPA 1NL5A 3JV9A 4GIZA 4OESA 3BFUA 1QKBA 3BFTA 3FVKA 1P1OA 1H3DA 4DE8A 3KOTA 3M3FA 4ZECA 2ESNA 1MY0A 2I58A 1II5A 1SI1A 4GXAA 4NF8A 3KN3A 4G8HA 2DOJA 3BBRA 1H76A 3FV2A 3RT8A 3PD8A 3DLNA 2Z8FA 3K2DA 1B2HA 4ECFA 1B7UA 4AQ4A 1LCFA 1GVCA 1T0KA 4H0WA 1B5IA 2XX9A 4WEDA 2CZLA 3GZGA 4FEBA 1TFAA 4U4SA 4I8CA 2O1MA 1OQHA 4NF4A 3I3VA 4QFLA 4F2OA 3FXUA 3K6UA 3N6TA 1XHYA 3M8UA 5TP9B 3EF7A 4ND9A 3CG3A 2B3BA 3PPQA 1IXHA 1ELJA 1XC1A 3MZBA 1NNPA 4KCCA 1LAGE 1SDXA 1OVTA 5J1DA 3TCGA 2HQ0A 3E13X 3QK6A 2NOOA 4IY5A 3KSJA 2ONRA 3Q25A 5H8NA 3JZJA 5ELVA 1Q1KA 5AA2A 2UXAA 3MQ9A 4GQOA 3PMXA 3P7IA 4KHZE 2HFBA 1Y3NA 4H6DA 3ODBA 4EF1A 4PQJA 4RJZA 4GOTA 5BWJA 3EQ1A 1BLFA 3LBSA 2DS9A 1N0TA 4HTGA 3O66A 1D4NA 4YZZA 4HS7A 1UQWA 1TWYA 1Y3PA 3C4MA 1LFHA 3T96B 4FORA 3H6WA 1SBPA 5I84A 4F1VA 4BDNA 1Z7NE 1UIVA 4OQOA 1FTLA 3ECRA 4XKNA 2F97A 4YMAA 2XXQA 4OTEA 1MM7A 3T22A 2Z23A 5L9SA 5KZTA 3T9HB 3O97A 4OFLA 4M1VA 4JBZA 1I6BA 2UYEA 3V83A 1AH5A 5CMBA 4Q0CA 3T93B 2G29A 3ZKKA 3KG2A 4G68B 2ZYOA 5ISUA 2F7AA 4IO4A 1VFDA 1OLAA 4ZS9A 3KJ7A 5K2YA 3CFLA 2RC8A 4KYEA 3CSGA 3SEYA 3UA8A 2A5SA 1D9VA 1NNTA 4RK9A 2G93A 2OWSA 4PFUA 4IO6A 1JNFA 4LVQA 1LBBA 1A8EA 5H8QB 4FEDA 3C31A 4FAJA 2O84X 2XX8A 3C9HA 4F3SA 1FQFA 5I59A 5JTYA 1Y20A 2QS1A 1XT8A 4Z0IA 3MC2A 1B1XA 1MQGA 5CM6A 4M4GA 2Y84A 3TTKA 3N26A 2XXWA 1USYH 3RY3A 2UVGA 3CVGA 1EH3A 2F34A 3IOVA 1B0LA 3DP8A 5KCJA 5I56A 3EHUA 1B7HA 1EU8A 3OSQA 1VFEA 1ATGA 3TQLA 5HPQA 2H99A 3N5LA 1ZIUA 4GL8A 3FIRA 2Y7RA 5H8HB 5H8FB 1LLSA 1OVBA 3LSLA 3A3UA 2UVHA 3IX1A 4JWXA 1SVXB 2GRVA 4G77A 1B3HA 1N84A 1AOVA 1SW5A 5B7DA 1I6AA 4FATA 2RF1A 2PT1A 3C35A 5I2NB 1A8FA 1LAXA 3K1NA 1SW2A 1DPEA 4R74A 3OO6A 3MVYA 4YB5A 1B3FA 3JYRA 4YICA 4YMBA 4QHQA 3FXRA 3L6GA 5DT6A 1Y1MA 2I48A 4X1DA 5B70A 4H8IA 4BDMA 3G7WA 2XXRA 4EQ9A 3EHTA 1NFTA 1MDP1 2Y7IA 5I57A 4LATA 3HO7A 1Y4TA 3QUJA 4TLMB 1USYE 3HCQA 3FVGA 3VE1B 1NNFA 3PUXE 1ZJLA 5EHMA 4QFNA 4R2BA 1Y4CA 1R9LA 4MLVA 3K4UA 4U4XA 4QSDA 1I6QA 3CI8A 4IO2A 4BDQA 1LFIA 3LC8A 3CFZA 4R6YA 2YPNA 4OZ9A 1B05A 2DYXA 3Q29A 4RK2A 4DXUA 4GRKA 3TAJA 1IEJA 1PC3A 1XS5A 1H45A 3FASA 1QUJA 3U72A 4F29A 4WKMA 1AIVA 2I4CA 4GLIA 2Q88A 4TOZA 4KYSA 1MPDA 1MXUA 4U1ZA 5H8NB 5CRYA 2XXUA 5AA2B 2REGA 3MBPA 4RPNA 1B4ZA 1B3GA 2I3VA 1JW5A 1P1WA 2Z8DA 4DIGA 3Q28A 1IUDA 4E0WA 2QS2A 4ELQA 1IZ1A 1D9YA 4QSCA 1JETA 2DVZA 4ZE9A 4N07A 1IIWA 2BJJX 4JWYA 4HCWA 2F36A 1ZLQA 4KI0E 2DP8A 3PV0E 4IO7A 3E9XA 1FQDA 3IL1B 4H67A 4YAHX 5JEIA 1M5FA 2AL5A 3FGSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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