1M5EA

X-ray structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j) in complex with acpa at 1.46 a resolution
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for AMPA Receptor Activation and Ligand Selectivity: Crystal Structures of Five Agonist Complexes with the GluR2 Ligand-binding Core
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 87
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5eA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5eA01
4XTCQ 4C1UA 5H8NA 2H99A 1FQAA 1UTHA 1HSEA 3TKDA 4QSCA 4XIGQ 3HPIA 1XS5A 4R6YA 1EZ9A 3OEKA 5ITPA 3GBAA 3K2DA 2NOOA 3VVFA 4EQ9A 4F19A 3N26A 3G3KA 3JZJA 1LFHA 5I84A 2HEUA 4YU0A 4P0GA 1RKMA 2Q8JA 3A3UA 1PB8A 4HS7A 3K6UA 3RY3A 3OO8A 4MFIA 1II5A 4FEDA 3K01A 4YKPA 5DTBA 1VFDA 5FTIA 2NUVA 3TPAA 2CZLA 4RY1A 1XVXA 4ECFA 4ELOA 5J1DA 1B4ZA 4LA9A 3SEVA 5ICQA 5H8SA 3PPNA 4LZ5A 1NKXA 4ZZAA 1MM6A 2FNCA 2XX9A 3OELA 4RK9A 3GBBA 1H76A 3G3IA 4IY6A 4KCDA 4KHZE 1CB6A 4PE5B 4NF5B 1KWHA 3K4UA 3DP6A 1A8FA 3CFZA 4IGTA 1USYE 4EXKA 2DQVA 1M5CA 3C34A 1USYH 2DWAA 1RYXA 5AA4A 3GXAA 4F29A 3IOWA 1A99A 2P0SA 1N0TA 3O66A 1B5IA 1FQFA 2F5XA 1B52A 3SESA 4DXBA 1VR5A 4QFPA 3QIMA 3CSGA 2F6PA 1LBBA 3ONMA 4R2BA 1P1WA 2XXHA 3E4RA 3IB0A 1N3XA 2HAVA 5I2NA 3U72A 4GL0A 4WEDA 2V3UA 1N7XA 3BFTA 3RT6B 1B1HA 4NF4B 1SW2A 1SYHA 3CFXA 1NNTA 2F6GA 4MH5A 4GLIA 2XXXA 4BDRA 3IK6B 1DTGA 1MXWA 3KOTA 3ZS6A 1JVXA 3MVWA 1OQHA 4EUOA 4H6DA 2O84X 1EZOA 4RPNA 5L9MA 2PX1A 1Z7NE 4R6HA 3HO7A 4OETA 4PFTA 3D4CA 4BDLA 2V93A 1SW1A 3KSXA 5B70A 3F11A 1URGA 2DWJA 3C33A 1ZKBA 1FQBA 2H98A 2O1MA 4GIZA 4ONYA 2DSFA 3DELB 4QHQA 4ZS9A 4LP2B 5F1QA 2XD2A 1XOCA 2D21A 4Z7EA 3FIRA 4G68B 2H9BA 3I3VA 1MG1A 2ZNUA 1LAXA 3MUQA 3R7XA 2Y7RA 3EQ1A 5H8HA 2ONSA 2QS3A 4ZEDA 1BLFA 2R9JA 3B7DA 3C35A 1SDXA 4NE4A 4ELQA 2P2AA 3IO6A 2ESNA 4TQUQ 3KN3A 3VFJA 3TMGA 4HCYA 1N84A 4KFQA 2X26A 2DE4A 5CM6A 4KYDA 2O68A 3O9PA 3EN3A 4F18A 3G3FA 1MXZA 4U1ZA 4YKIA 5K2YA 5L8DA 5ISUA 2PYYA 1B0HA 2H5YA 1J1NA 1Y3NA 4NWCA 1LCTA 3ZKKA 2VP1A 3LBSA 3H3GA 2AYSA 4YKKA 1S7YA 4LUBA 4I8CA 4O3BA 1S9TA 2Q88A 5AA2B 4EF1A 2GRVA 1AIVA 3VXBA 2Q89A 4N6PA 4POWA 5JK4A 1DOTA 1O7TA 3K6VA 2NXOA 1NH8A 2ONRA 2HAUA 3FATA 4K3FA 3P7IA 2R71A 3SEYA 4DDDA 2AL4A 4PFYA 4BDMA 3MP6A 4NTLA 4OESA 2F7BA 1AMFA 2KLFA 3IAZA 1D4NA 4HTGA 5ELVA 2HCAA 1UIUA 2QPQA 4OQOA 3RQTA 4R74A 2QJEA 4PQJA 5AA3A 1QVSA 3TQWA 2Q2AA 3MZ9A 1Y3QA 3T93B 5K2XA 2IA4A 3OEMA 3SERA 3Q25A 2PT2A 5DEXA 3TZAA 3SDFA 3LC8A 1R9LA 4H5GA 1A54A 3R26A 3CG3A 3MJNA 3I5OA 1B46A 1B9JA 1WDNA 1IIWA 4EQ7A 3FD3A 3S9EA 5I56B 1M5FA 5KCJA 4IGRA 2I6EA 2OLBA 1B05A 5CMCA 1H43A 1AOVA 3H4ZA 1OVTA 3BFUA 4LVQA 4GF8A 3OO6A 3FVOA 5M2VA 3KEIA 3T9UA 2XXUA 1P1OA 1M5DA 4WXJA 1SVXB 2E0SA 1QJMA 1IEJA 1ZBMA 2THIA 4O3CA 3HHGA 3KSJA 1Y4CA 3IORA 3VLUA 1B2HA 2ZMBA 4YAHX 2X7PA 1LFIA 3FGSA 2V3TA 1B5HA 1UQWA 4I62A 3W9VA 5CRYA 5A5XB 5JTYA 2I48A 4EXLA 1MH3A 4OFOA 2DE2A 1H45A 3RPWA 3PD9A 1YPNA 5I59A 1ZU0A 3OO9A 2OWTA 4YKJA 5I58A 4OEUA 4R9FA 3CR9A 1A40A 3DLNA 1A55A 1B51A 3QSLA 3THIA 5I2KA 4IO7A 2DYXA 4L17A 3LSLA 3PPPA 4X1DA 2PMSA 4N07A 1FCKA 1MY1A 2FA7A 5FTHA 4R6KA 3PMWA 3PGFA 3ODBA 1NFTA 2UXAA 4WEPA 4QFNA 3VXCA 2F34A 2RCAA 4GXAA 1MXXA 5BUUA 1MQHA 4AQ4A 3TTRA 4LATA 2Y84A 2VD2A 1WODA 2XXPA 3QUJA 3TYHA 3RNNA 1AL3A 1FTKA 3IO4A 4UACA 4NF6B 2I0BA 3TCFA 4H8JA 2H25A 3TTLA 4U1OA 2QRYA 3C31A 4JXIA 1URDA 1IUDA 4F2OA 3PMVA 3SEXA 2OBGA 1FTMA 2XXRA 1VSOA 1ZTYA 3A09A 4E0XA 4BLAA 1WVJA 1D9VA 1SQYA 2O7IA 1Y1ZA 3T9HB 1A7LA 1DSNA 2RCBA 4KI0E 3TODA 1Y4TA 3W9WA 3U92A 4JSOA 2XXTA 3N6UA 3FXRA 1L5TA 1N04A 3IOVA 3S4UA 1AH5A 4FAJA 2RC9A 3PMXA 5EYFA 1R1NA 3TEPA 5AE4A 4HW8A 4R9GA 5TU0A 1VFEA 4ZEBA 3OOAA 1MPCA 1NNFA 3OO7A 5AA1A 1S50A 1VE4A 3FUZA 3W15C 1MDP1 3RGYA 4BDOA 2QMWA 1OIBA 3C4MA 5L9SA 1P1QA 3IJOB 5DVJA 5FHOA 2O1LA 4FIMA 2OK2A 2I4BA 3Q28A 5H8FA 2Z8FA 1I6AA 3LSWA 3EHSA 2DXRA 2REGA 4IY5A 3FXQA 2W7YA 4XKRA 4ISUA 3FVKA 1NNKA 1Y20A 3KG2A 1PDAA 3PD8A 4OMBA 3CI8A 3B6TA 5ICTA 2I4CA 4NF8A 1NMUA 2OZZA 1XHYA 1B7ZA 1Q35A 5CC2A 2Z8EA 2E1SA 3KOSA 1LFGA 1OLCA 5CMMA 2ZXTA 1HSLA 4F39A 3PPRA 1JW4A 4YZZA 2UYEA 3RTFB 4ZE9A 1QKBA 4GOTA 3TCHA 4X9TA 3U94A 5I2NB 1DTZA 3FASA 4U2RA 1YCJA 4HCWA 4JSDA 4QSDA 3VE1B 3TTKA 3H6VA 3KJTA 4ZEIA 3S9NC 3MVZA 4XKPA 4FE8A 5FHMA 1FQEA 2F97A 1B3FA 4OZ9A 4M4GA 1US5A 4YMAA 1QULA 1B3EA 3IB2A 3MZBA 4QSEA 3V83A 4G68A 1FW0A 4ELRA 4R75A 3K6WA 2BJJX 1R6ZA 2B3FA 3G3JA 2Z8DA 2B65A 3KBRA 1OVBA 1DPPA 4XXUA 1B32A 1ANFA 5CBRA 1NH7A 3T96B 1CE2A 1GVCA 3VVEA 4IO6A 3T22A 3KN7A 4NEDA 4F2QA 4OXVA 3MVYA 5I57A 3B6QA 5KDTB 1JETA 3RT8A 3EPEA 1OMPA 2Z23A 3MPKA 5DVFA 2V3QA 4F31B 1SYIA 4F1VA 2O7UA 2RC7A 4GVOA 2G29A 5HM4B 3BBRA 5L9OA 4C1TA 3N6TA 1TXFA 2B3BA 4NMYA 4RYAA 3S2VA 4GWOA 1JW1A 3OSQA 3O28A 2UVJA 4ZZEA 3H6WA 4XKQA 2O51A 3EHTA 1M5EA 4N13A 4IB2A 3Q27A 5FHNA 4ELPA 3IB1A 4THIA 1UIVA 2ABHA 1IZ1A 4QFOA 4GQOA 1Y9UA 3PUXE 3FV1A 3IOUA 1MXYA 3U8QA 5BWJA 1JQFA 4LQ5A 1MQGA 3ILUB 4YB7A 1QUIA 1D9YA 1QW0A 2V84A 5H8QA 4FJPA 3CG1A 4E0WA 5TP9A 2HFBA 3WAFA 4XKNA 3IX1A 3KJ7A 4KCCA 4Z0IA 3MVXA 2UVIA 1GR2A 2FYIA 1YTVA 1Y1MA 3HV1A 1ATGA 4RPOA 3RUMA 3VVDA 3PU5A 4OVJA 3FJMA 2GHAA 2VGQA 3MP1A 2QS2A 3H7MA 4LZ7A 3K1MA 4FORA 2ANJA 3O6HA 4KQPA 1B5JA 3G7WA 1R9QA 3MW0A 1EH3A 3OENA 3MBPA 4LONB 1LGBC 5B7DA 2GHBA 2Y7PA 2XX8A 4WKMA 4QF9A 1B58A 4AB6A 3C32A 3IR1A 4BDQA 1OQGA 1MY0A 2D3IA 2CMOA 2F78A 3VV5A 4G8HA 4FEBA 3U1OA 1GGGA 2NVUB 2WKYA 1SW5A 4G77A 4OHNA 5DEXB 3T9XB 2P1SA 5A5XA 3UK4A 1UTBB 3MP8A 1SD3A 1N3WA 4RA1A 3FJGA 2D5WA 1Z7ME 4R73A 4EF2A 2QS1A 4KYEA 3UORA 1EU8A 3CSBA 3K00A 3IOTA 4GFRA 1SI0A 3QYTA 3PUZE 2GH9A 2YLNA 5TPAB 1LAFE 3KZGA 1N76A 2V25A 3QK6A 3VDFA 1FTOA 3M3LA 2XXQA 1XVYA 4X48A 2XD3A 4H1XA 1LCFA 3S9LC 2O69A 5AA2D 4AB5A 2ONKE 3IL1B 2QSXA 2I58A 1IXIA 1TFAA 4PETA 1PBPA 1MDQA 3K0VA 5JTYB 1ELJA 4TLLB 2AIXA 3MWBA 4C0RA 4F1YA 4H0WA 4QFLA 5I59B 3SKPA 4YB6A 3PUWE 1I69A 4H67A 3FV2A 2DWIA 1I6BA 1SW4A 4OTEA 5I58B 4IO2A 1PEBA 1LLSA 4G8MA 2A5TB 2IEEA 4Q30B 1MY3A 4GD5A 1US4A 3TUSA 1URSA 5I2KB 4RXLA 3EF7A 2Y7IA 3JV9A 4I1DA 2QS4A 3FJ7A 5IAIA 2R6GE 4G4PA 5H8NB 1UTHB 3PV0E 4JDFA 4QFKA 1MH4A 4ZECA 4H65A 2I3WA 4I9DA 2UYFA 3ZSFA 4TLMB 1FTJA 1LAGE 4PP0A 2OJTA 4F3PA 1LAHE 4NF5A 2F8DA 5ITOA 3HN0A 2QL3A 1QUJA 4LQ2A 4R2FA 4ND9A 3AXFA 3CRBA 1B1XA 1POY1 3TFLA 4DLDA 3SEWA 1ZMGA 3LR1A 4DE8A 3D4GA 4DZ1A 3V5AA 3OSRA 3TTMA 2XX7A 4MF3A 2DP8A 3KGCA 3RLFE 3HSTA 3UGWA 2HZKA 1LB9A 3OMBA 4G2ZA 3KFMA 1MPBA 3G3HA 3LUYA 1GV8A 1O64A 3MC2A 5DT6A 3TELA 3B6WA 4EDPA 3QXMA 2F36A 3I6VA 3TQLA 1H3DA 2I49A 1H44A 5DVIA 2H4IA 2DVCA 2DXYA 4NF4A 4ZEKA 3IJXB 2O6AA 3L6GA 2RF1A 1BKAA 1BIYA 5AA4B 2REJA 4F1UA 3N5LA 4ESWA 2F7CA 3WAEA 1P1UA 2DOJA 4KYSA 1MY2A 4KD5A 4JBZA 2PVUA 5H8FB 1Y3PA 4DXCA 2ZNTA 5KZTA 3H6UA 2OWSA 2ZYMA 1A8EA 1ZIUA 4GXSB 4OYVA 1QUKA 3MZ1A 1TFDA 3KN8A 4ZE8A 4IO3A 3UIFA 1B3LA 3TTNA 2Z22A 2F35A 3USDA 1MQJA 4NF8B 4OFLA 3H03A 3FVNA 4GRKA 4F3BA 1MY4A 3LSXA 1T0KA 2RINA 2Q9TA 2NWJA 1MPDA 3CIJA 5CMKA 4OEVA 2XXIA 4MLVA 1FTLA 1MXVA 2VD3A 1LB8A 1P1NA 1JNFA 1Q1KA 3Q29A 1B6HA 3K1NA 4FATA 1DPEA 2XXVA 5EHMA 1B0LA 1JW5A 3FVGA 1NNPA 1OLAA 3GZGA 3VLWA 3E13X 3TCGA 3V8XB 3QUFA 3GLBA 5KDTA 1MRPA 3G3GA 5JEIA 3O97A 4ESXA 1QKAA 1RYOA 2PBWA 4DIGA 4KPTA 4DCXA 4G8NA 1PB9A 5CMBA 1ZLQA 2HXWA 3PUVE 3O29A 2DS9A 4NWDA 4FECA 3PPOA 4POXA 3E3KA 2LAOA 4DXUA 4H5FA 1MXUA 1IXHA 3PPQA 2YJPA 3HCQA 4ZDMA 1JEVA 4YMBA 1IXCA 3V89B 4YB5A 2XXWA 4JWYA 4U4XA 4DCYA 4ZEFA 3UP9A 3C36A 3M8UA 3O6GA 1POTA 4MLQA 3RN8A 3T9VA 1XC1A 5H8HB 5I57B 5AA2A 4EQBA 2I3VA 3S9MC 1JEUA 4QRZA 1IQ7A 1LBCA 3MQ9A 3SETA 1GTKA 4R72A 1SBPA 3DP8A 1SI1A 1PB7A 2UVHA 2A5SA 1I6QA 4TOZA 1PBQA 3U93A 4JWXA 2DWHA 5HPQA 2ZYKA 3LSFB 1P99A 3UN6A 3VLVA 2UVGA 2I0CA 3PUYE 3K6XA 4X1BA 1MM7A 5EHSA 1B40A 1LSTA 1IXGA 1M5BA 3RTWB 4F22A 3JYRA 4OENA 4O3AA 1EZPA 2XXYA 3OD7A 3HHFA 4RJZA 5F7VA 4IO4A 4JWOA 3ECRA 2OCUA 5H8QB 5I56A 4OERA 2GFEA 5TP9B 5IKBA 3H06B 2HQ0A 2YPNA 5DYHA 4LZ8A 1MS7A 1B4HA 3CVGA 3TDJA 1PC3A 4M1VA 1JVYA 1FQCA 4GL8A 2QMXA 4Q0CA 3TAJA 3MAMA 3R6UA 2VHAA 1F9BA 1UTBA 1XT8A 2Q2CA 1B7HA 4OWDA 4H8IA 2PT1A 3CFLA 2F7AA 2XHDA 4YICA 1MQIA 2DE3A 2G93A 2RKMA 3O2AA 3C9HA 3ILTB 3ZKLA 2M8CA 5HBCA 3OXNA 2VOZA 4KR5A 1MQDA 3H6TA 1DMBA 5TPAA 4U4SA 5CBSA 1BTJA 1FQDA 5KCJB 4PFWA 4OFJA 4Q8RA 2Y7WA 2RC8A 4U22A 1B3HA 2AL5A 3SEUA 3BKIB 3M3KA 2Y7KA 4JB7A 3QAXA 4U23A 4U21A 3T66A 4MBPA 3DM0A 3L6HA 1HSJA 3K02A 4G68C 4P0IA 3O6IA 1BP5A 2DVZA 2ZYNA 3EHUA 2X7QA 1N7WA 3N94A 2ZNSA 1TT1A 5CI5A 1TWYA 1ZJLA 4Q5TA 3M3FA 5LOMA 3MPLA 1B7UA 2ZYOA 1O63A 4UA8A 4RK2A 2ALUA 4RNSA 2A5TA 3UA8A 4PFUA 1IITA 3K1PA 3E9XA 3DP4A 3FZVA 3Q26A 4F3SA 2HZLA 4P11A 4BDNA 1YAEA 3A3CA 4NF6A 4IO5A 4F3GA 3FXUA 1B3GA 1D3KA 1NL5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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