1M5FA

X-ray structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j-y702f) in complex with acpa at 1.95 a resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for AMPA Receptor Activation and Ligand Selectivity: Crystal Structures of Five Agonist Complexes with the GluR2 Ligand-binding Core
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 85
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5fA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5fA01
4IGTA 5H8FA 3RUMA 5ICQA 4POXA 2NOOA 4HTGA 1FTMA 2ANJA 2UVIA 4FEBA 4OTEA 1SVXB 3M8UA 1N0TA 1JEVA 4QF9A 3H6VA 2F8DA 4F1UA 1HSJA 3CFLA 3PMXA 2ZYOA 5H8NA 2A5TA 4TLLB 4BDLA 4E0WA 2DE2A 5JTYB 1PEBA 2QL3A 2R9JA 3HCQA 3H6WA 2QS4A 1OIBA 3C36A 5I2KA 5I59B 4MF3A 2ZNUA 3T9XB 3Q26A 3EN3A 3IK6B 2DWJA 3F11A 1YTVA 1DMBA 3DP8A 1MXZA 3UORA 4R6HA 3R6UA 2NVUB 3O66A 4ZEBA 2F7CA 4DZ1A 4BDQA 5ITOA 3LBSA 4P0IA 2GFEA 4QSEA 3O2AA 4EF2A 3CSGA 4JWXA 1OVTA 3UK4A 3OMBA 3KSJA 4JDFA 4O3CA 1EH3A 1QUJA 5ITPA 1AH5A 3RNNA 4R9GA 4XXUA 4F29A 2NWJA 3IX1A 3CFZA 4JBZA 3MZ9A 5AA4B 1D9YA 3PUWE 5H8NB 1DTGA 3EHSA 3TELA 1JW4A 4YKIA 4NE4A 4Q30B 3G3FA 3TQLA 2H4IA 5I2KB 1FQFA 3VV5A 2VHAA 3G3KA 4OMBA 2H99A 3QAXA 5FTIA 2AL4A 1FQEA 1MXUA 5KCJA 4Q0CA 1MH3A 5DEXA 4F39A 2DE3A 3MJNA 3C34A 4BDMA 3ZSFA 1NFTA 3GZGA 1M5DA 5TU0A 4F3GA 4OFOA 1R6ZA 3TTLA 1P1QA 3PPNA 2QS2A 2DXYA 3C33A 1IXHA 3RTFB 3S2VA 4G77A 1PDAA 2OK2A 5DVJA 4GQOA 3H6TA 3QXMA 2IEEA 2M8CA 4H65A 1CE2A 3KGCA 1CB6A 2HCAA 3FZVA 1BTJA 3U72A 1UTBA 5I56B 4OHNA 1Y3PA 4GWOA 4LP2B 1A8EA 4K3FA 2Y84A 3PPPA 3CRBA 1MM7A 4I1DA 3D4GA 3KJ7A 1Z7ME 1MXVA 3OOAA 1OMPA 2I4BA 3FJGA 3KSXA 4RXLA 5ELVA 3FXQA 2DXRA 4G68C 1LBBA 2QMWA 4G8HA 3QYTA 4GXSB 3TTMA 3SEWA 1AOVA 4GIZA 4XKPA 4QFPA 5IAIA 2Y7PA 5KCJB 2XX9A 5DEXB 3SDFA 4QSDA 1F9BA 3Q29A 4F31B 1JQFA 2OCUA 5CBRA 1Y4TA 3PUZE 5AA1A 4QFLA 4IO2A 3V83A 4H6DA 4N13A 1MH4A 5EYFA 1NKXA 2P0SA 4U21A 2XD2A 4YMAA 4R6YA 3G3IA 4IO6A 3PUXE 2O84X 2QS3A 4DCYA 3B6TA 5TPAA 4KFQA 3LSWA 4QRZA 2HZKA 4U4XA 2H5YA 3TQWA 3B6WA 2O7UA 1DOTA 1POTA 5H8SA 1UTBB 2PX1A 1II5A 4NF5A 1B5HA 1LB9A 1SDXA 3I5OA 4JSOA 2XX7A 4GLIA 1A54A 3A3CA 2XHDA 1SBPA 3EQ1A 3FUZA 1VSOA 3HHGA 2RCBA 4BDRA 3QK6A 2PT1A 1XVYA 4MH5A 3T96B 3GLBA 1TXFA 3IORA 1P1OA 3DELB 4X48A 1B46A 4YMBA 3O9PA 4YB6A 2Z23A 4DXBA 1MQGA 1MY4A 4YB7A 3U92A 4NEDA 1O7TA 4U4SA 3FVNA 3DLNA 3OELA 4YKPA 4OEUA 4Z7EA 3TTNA 1MQHA 2XXHA 3SEUA 4H67A 4DXCA 2DS9A 2ZYKA 4TOZA 2Q88A 3MWBA 4WEDA 4LZ5A 3K6WA 4LONB 2DWAA 3W9VA 3R26A 1SD3A 4R6KA 2OWSA 3DP6A 3O6IA 4OETA 4EQ7A 1N04A 4WEPA 4QFOA 3CG3A 2GHBA 2O1MA 1QUIA 5BWJA 3VVDA 3S4UA 3ONMA 3KOSA 4ZE9A 1LAGE 3O97A 3KN3A 2O51A 2HAUA 3B6QA 3M3FA 1JNFA 2DP8A 4BDOA 1B1HA 1MPBA 3FATA 2DQVA 2VGQA 1P1UA 1B4HA 2QSXA 2UVJA 3H6UA 3CG1A 3AXFA 3RN8A 4IB2A 4G4PA 3S9EA 1URDA 4DXUA 3TCGA 2X7PA 1GV8A 1PB8A 5JTYA 1MY3A 1Q35A 3KBRA 1H43A 3OEKA 3LUYA 1QJMA 4NF8B 1PC3A 4YB5A 1SW5A 5I59A 1MQDA 2Z8DA 1USYE 4G2ZA 4OVJA 3E3KA 4H5GA 1M5BA 1ELJA 4Z0IA 3K6UA 1SI0A 1URSA 1QW0A 2ONKE 3PPQA 3PMVA 3E9XA 3LC8A 3KZGA 2Y7WA 1Q1KA 4XKNA 3GBAA 4R9FA 3RTWB 2F7BA 3HO7A 2DWHA 4XTCQ 3VXCA 3HSTA 2R71A 5DT6A 1N84A 4O3BA 1B58A 1HSLA 5B70A 2F6GA 2NXOA 4POWA 2UVGA 1EZPA 2O6AA 2I49A 4F3PA 4YZZA 1AIVA 2B65A 3UA8A 2V93A 3TCHA 4GXAA 4G8MA 1DSNA 3IOWA 3FGSA 1OLAA 2HQ0A 1H44A 5AA4A 4L17A 2PBWA 2H98A 3MC2A 1B4ZA 1B1XA 3BBRA 4U23A 1M5EA 4FORA 2O69A 4F3BA 1EZ9A 1MS7A 3N6UA 4HS7A 3DM0A 1Y1MA 1MY0A 4WKMA 1LAXA 3VFJA 2VD3A 4LQ5A 3G3HA 2A5SA 1LFGA 2REGA 1B9JA 1B5JA 3DP4A 3CI8A 4N07A 2I58A 3WAFA 4ND9A 4IO4A 4OFLA 4TQUQ 3K02A 4EXLA 1UIUA 4OERA 3O6HA 5F1QA 1QKBA 3QIMA 4QFNA 1ZU0A 3SETA 3IOUA 1MXXA 2DYXA 1S50A 1US4A 2DSFA 1MXWA 1IXCA 3OXNA 3RLFE 3IJXB 1ATGA 1IITA 4XKRA 2YJPA 4ZEIA 3H06B 4M1VA 3LSXA 3SEYA 2XXWA 5I56A 1JVXA 1MDQA 1D3KA 3EPEA 2E1SA 4GL8A 4I9DA 1B3EA 3K00A 3VVEA 4F1VA 2XXTA 4KCDA 4RNSA 3T66A 4OXVA 4PFUA 3IAZA 5KDTA 2QMXA 2VD2A 3G7WA 2UYEA 3C9HA 3B7DA 2V84A 3SEXA 1LBCA 3IB0A 1IQ7A 2Q9TA 3OO7A 4H8JA 4IO3A 3K0VA 1OQHA 3A09A 5A5XA 3KJTA 2F78A 1JVYA 1QULA 4GL0A 2I0BA 2F35A 3RQTA 3KOTA 3FV2A 2FNCA 3C31A 2I6EA 4UA8A 3HPIA 3VLWA 1WVJA 1XOCA 1VFEA 5FHOA 2B3FA 1S9TA 4FIMA 2ZYMA 5HM4B 2X7QA 2F5XA 3SERA 1Y20A 3W15C 2ZNSA 4E0XA 2RF1A 2H25A 1JW1A 3JYRA 4NF6B 3VVFA 3P7IA 4KPTA 4KYDA 4UACA 1FQAA 3OD7A 1ZMGA 3K1MA 5DYHA 3VLUA 1WDNA 2O7IA 4U1ZA 2YPNA 1EZOA 5KDTB 5HPQA 1O64A 5DVIA 3O28A 4X1BA 2XD3A 1ZJLA 1O63A 1XHYA 4IY6A 3UGWA 3V89B 2UYFA 3RPWA 4YKKA 3TZAA 3FASA 5JEIA 3L6GA 3H3GA 1R1NA 1B51A 5A5XB 2CMOA 2XXRA 1A7LA 4KR5A 4EXKA 2Q89A 2ZMBA 1LAFE 4NWDA 1I6QA 3SEVA 3ZS6A 1LFIA 1MM6A 1NH7A 1FW0A 3PPRA 1LGBC 3OO6A 3THIA 2DVZA 1FQBA 1I69A 1PBPA 1SQYA 2V3UA 1PB7A 3TTRA 3ILTB 2ESNA 5CMBA 5I2NA 4GOTA 1I6BA 1Y4CA 3ILUB 4U2RA 5FHNA 2V25A 1NL5A 2F6PA 1B6HA 1NMUA 3TTKA 1QKAA 1UQWA 1A40A 3ECRA 2DOJA 2RCAA 3IOVA 5H8QA 4GD5A 5CMMA 3E4RA 1XS5A 3PGFA 1LAHE 5L8DA 2Q8JA 3WAEA 3U1OA 4OYVA 1R9LA 4ELOA 4MBPA 1N76A 2GH9A 5K2YA 4KHZE 2Y7RA 3N5LA 2KLFA 2I0CA 1FTOA 2HZLA 3OSRA 4YKJA 3MZ1A 3RY3A 3VE1B 3TFLA 4ECFA 2F97A 3MP1A 4XKQA 4EQ9A 5I58A 3MVZA 1SW4A 1B32A 3OO8A 2W7YA 2PVUA 4NF8A 2V3QA 3T9UA 3U93A 1B0LA 4YU0A 1SI1A 2F34A 2XXPA 3VXBA 4Q8RA 2CZLA 1FTKA 3K2DA 5CC2A 4ZDMA 2H9BA 2O68A 4G68A 1ZBMA 4F2OA 3I3VA 2OLBA 1WODA 1MRPA 3TYHA 1NNKA 1Y1ZA 4RYAA 3K01A 1YCJA 3IOTA 4LZ7A 4JB7A 5I2NB 5FHMA 3PMWA 5AA2D 3QUFA 1B0HA 1BKAA 3N6TA 4KCCA 4ELQA 2HEUA 3K4UA 4F1YA 5BUUA 4R74A 5H8QB 5ICTA 3QSLA 2I4CA 1N7WA 4N6PA 3E13X 5CBSA 4IO7A 5J1DA 1Y3QA 3MBPA 1BLFA 3K1PA 3Q27A 5K2XA 4BDNA 5HBCA 5FTHA 1Y3NA 2QJEA 3MQ9A 3H4ZA 1XVXA 1VE4A 2WKYA 1NH8A 1USYH 3CFXA 1JEUA 5I58B 4ESXA 2RC8A 3GXAA 1P99A 2YLNA 4NWCA 4QHQA 4OFJA 1FTJA 3L6HA 5JK4A 2VOZA 3C35A 4OENA 3MZBA 3N94A 1D9VA 4AB6A 4F2QA 4G68B 4LVQA 4EDPA 4AB5A 1AL3A 1QVSA 3VLVA 5I84A 1LLSA 3O6GA 1LCFA 1B3LA 4JSDA 4HCWA 4FE8A 2XXVA 4U22A 5AE4A 1MPDA 1TWYA 4KQPA 4HCYA 1B05A 4RK2A 3CSBA 1LSTA 1FQDA 3EHUA 1SYHA 2ZNTA 4FEDA 4BLAA 1MQJA 4LATA 1ZLQA 3BKIB 3PD9A 4XIGQ 3OEMA 2Z8EA 1JETA 1VR5A 2UVHA 1QUKA 4HW8A 3FJMA 1LB8A 4NMYA 4R75A 4AQ4A 1RKMA 1FQCA 4RK9A 4ISUA 3TDJA 1B7HA 2FA7A 4I8CA 3TAJA 1OVBA 3O29A 5CI5A 2HXWA 4LUBA 4ZECA 1GTKA 4JXIA 3C32A 3KN8A 2AL5A 3TODA 1J1NA 1MDP1 4NF4B 1URGA 1SYIA 5L9SA 3MW0A 4EF1A 2HAVA 3RT8A 1MY2A 4KI0E 3MPLA 4PETA 4IY5A 3LR1A 3PPOA 2I48A 1EU8A 4DE8A 2ONRA 3IO4A 4GFRA 2OBGA 1GGGA 4H0WA 4U1OA 4F18A 4ELPA 3SKPA 2E0SA 3Q28A 4ZEKA 5DTBA 3TUSA 1NNPA 5F7VA 3HV1A 3MP6A 1OQGA 4IO5A 4MLVA 4PFYA 4DDDA 1B52A 5H8FB 5H8HA 1IEJA 2Y7IA 2XXXA 4LZ8A 3U94A 4R2BA 2GRVA 3CIJA 1B40A 1ZTYA 1GR2A 4NF6A 5M2VA 4IGRA 3G3GA 1MPCA 3LSLA 1H45A 4MLQA 3ZKLA 4YAHX 3T93B 2D5WA 2NUVA 2ALUA 4QSCA 2FYIA 1N3WA 4ONYA 4WXJA 4C1UA 3LSFB 1D4NA 2A5TB 1TFAA 1MXYA 4R72A 2THIA 2REJA 3D4CA 4PFWA 3S9LC 3C4MA 2OZZA 3M3KA 1M5CA 1VFDA 5IKBA 3W9WA 2G93A 1N7XA 4GF8A 2PYYA 1UTHA 1I6AA 1TT1A 5CRYA 4RPNA 4PP0A 5L9OA 1KWHA 3SESA 1FTLA 1HSEA 4KYSA 5AA3A 2GHAA 2I3WA 2Y7KA 3G3JA 2PMSA 3HN0A 1GVCA 2V3TA 3BFUA 2F7AA 3KFMA 5KZTA 2XXYA 3OENA 4DLDA 2O1LA 5H8HB 1DPEA 1IXIA 2B3BA 2QRYA 3RT6B 4RPOA 4X9TA 3UIFA 1PBQA 3IB1A 2G29A 4GVOA 1IIWA 3EF7A 3K6XA 4OESA 3FVKA 1JW5A 1AMFA 2DWIA 2I3VA 1H3DA 3T22A 2RC9A 1B5IA 3CR9A 3PUYE 3MPKA 4P11A 2UXAA 1BIYA 2P1SA 2BJJX 5TP9A 5ISUA 2Z8FA 1B2HA 3A3UA 4LQ2A 1B3FA 1UTHB 3KG2A 3CVGA 1DTZA 4OEVA 4F19A 4F22A 3PU5A 1OLCA 4ESWA 4JWOA 2Z22A 1P1NA 1PB9A 2DE4A 1DPPA 4PFTA 1A99A 3K1NA 1NNTA 4DCXA 4FAJA 2LAOA 4RY1A 3MAMA 2QS1A 3TCFA 2Q2CA 1LFHA 2D21A 3S9NC 5AA2A 1B7UA 5CMCA 5CMKA 3N26A 3FIRA 1XT8A 3H03A 1R9QA 2Q2AA 3ZKKA 3M3LA 2P2AA 2DVCA 4ZE8A 3OO9A 3QUJA 4FATA 3IO6A 2RKMA 3IR1A 1SW1A 1MG1A 3V8XB 2XXQA 4O3AA 1Z7NE 3TKDA 3JZJA 2IA4A 1Y9UA 5TP9B 3FJ7A 2D3IA 3S9MC 5L9MA 1IUDA 4C1TA 3T9HB 4R73A 5LOMA 4LA9A 4H8IA 2ZYNA 3FXRA 4ZS9A 4P0GA 2QPQA 1B3HA 4C0RA 2X26A 3KN7A 3PV0E 2OWTA 4G8NA 2ZXTA 3IL1B 3HHFA 4JWYA 3I6VA 1LCTA 3MUQA 4MFIA 5I57A 1RYOA 3RGYA 3FVGA 4GRKA 3MVWA 3OSQA 2ABHA 3JV9A 3MP8A 2F36A 1B7ZA 1B3GA 3T9VA 4F3SA 3TEPA 4EUOA 1XC1A 2RINA 3VDFA 1T0KA 4PE5B 4OQOA 4ZZEA 4FECA 5AA2B 2VP1A 1A8FA 4RA1A 1YAEA 1YPNA 5CM6A 2OJTA 1MY1A 5TPAB 1L5TA 2ONSA 1SW2A 3U8QA 3Q25A 3KEIA 4X1DA 3FD3A 4NF5B 3BFTA 1RYXA 1M5FA 4ELRA 3PD8A 4KYEA 4TLMB 1P1WA 4OZ9A 2RC7A 5EHMA 3IJOB 4THIA 3R7XA 4M4GA 4I62A 1H76A 1IXGA 2XX8A 1ZKBA 1A55A 4ZEDA 3MVYA 1TFDA 3GBBA 2R6GE 4RJZA 4H5FA 1ZIUA 1UIVA 3IB2A 1ANFA 2HFBA 3K6VA 1S7YA 1MQIA 4FJPA 3H7MA 2AIXA 3TPAA 3V5AA 4NF4A 3USDA 3FV1A 4DIGA 4OWDA 4R2FA 3EHTA 4EQBA 5I57B 4ZZAA 2XXIA 1IZ1A 1US5A 4PQJA 3FVOA 3UN6A 5EHSA 3FXUA 4Q5TA 2PT2A 4NTLA 4QFKA 3PUVE 2XXUA 3TMGA 5B7DA 3MVXA 1NNFA 4H1XA 1BP5A 4ZEFA 4KD5A 1FCKA 2AYSA 3ODBA 3UP9A 1N3XA 5DVFA 1POY1 4YICA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IGTA 5H8FA 3LUZA 3RUMA 5ICQA 2DDKA 4POXA 1YZ0A 2NOOA 4UABA 4HTGA 1FTMA 3CHGA 4PDDA 4PF6A 5LDZA 2ANJA 2UVIA 4FEBA 4OTEA 1SVXB 3M8UA 1N0TA 1JEVA 4QF9A 3H6VA 2F8DA 4F1UA 1HSJA 4G61A 3CFLA 3PMXA 2ZYOA 5H8NA 2A5TA 4TLLB 4BDLA 4E0WA 2DE2A 5JTYB 1PEBA 2Q8MA 2VPOA 2QL3A 2R9JA 3HCQA 3H6WA 2QS4A 1OIBA 5FBPA 3C36A 5I2KA 5I59B 4N81A 4MF3A 2ZNUA 2F3BA 2ZZWA 1NI9A 3T9XB 3Q26A 3EN3A 3IK6B 2DWJA 4P47A 3F11A 1YTVA 4MJOA 1DMBA 3DP8A 3HFUA 4GWWA 1MXZA 3UORA 3KC0A 4R6HA 3R6UA 2NVUB 3O66A 4ZEBA 2F7CA 4DZ1A 4BDQA 5ITOA 3LBSA 4P0IA 4GWXA 2GFEA 3O2AA 4EF2A 4PBHA 1RDYA 5I7IA 3CSGA 4HE1A 4JWXA 1OVTA 3UK4A 3OMBA 2XWKA 3KSJA 4NN3A 4JDFA 4O3CA 2R8TA 1EH3A 1QUJA 5ITPA 1AH5A 3RNNA 4R9GA 4XXUA 4F29A 2NWJA 3IX1A 3CFZA 4JBZA 3MZ9A 5AA4B 1D9YA 2PFZA 5EQ9A 3PUWE 5H8NB 1DTGA 3EHSA 3TELA 1JW4A 4YKIA 4NE4A 4Q30B 3G3FA 3TQLA 2H4IA 5I2KB 1FQFA 3VV5A 2VHAA 3G3KA 4OMBA 2H99A 2QFLA 3QAXA 5FTIA 4OVSA 1FPJA 2AL4A 1FQEA 1MXUA 5KCJA 4Q0CA 1MH3A 5DEXA 2B4LA 4F39A 2DE3A 3MJNA 3C34A 4BDMA 3ZSFA 1NFTA 3GZGA 1M5DA 5TU0A 4PBQA 1LBXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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