1MDP1

Refined structures of two insertion(slash)deletion mutants probe function of the maltodextrin binding protein
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPDPGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Refined structures of two insertion/deletion mutants probe function of the maltodextrin binding protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN
molecule tags Sugar transport
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence 2
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mdp102
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mdp101
4GF8A 3ILUB 5DVFA 1SQYA 2DVCA 1USYE 3H03A 1P1OA 2Y84A 2OK2A 3K6UA 4R6HA 2VP1A 1LFHA 5LOMA 4YKJA 4I9DA 4RK2A 5CMMA 1FQDA 4OXVA 4AQ4A 3VXCA 3H6TA 4UA8A 3TPAA 4O3BA 5J1DA 3LSWA 1NL5A 2O1LA 2DP8A 5AA4A 2QS2A 3GXAA 2DS9A 3P7IA 4PE5B 2YJPA 4H5GA 3HSTA 2DE3A 1B7HA 4HTGA 4XKNA 1B2HA 3IB0A 2VOZA 1JW4A 3EPEA 3IO4A 1FTMA 3O9PA 3JZJA 2XXVA 3W9WA 4H6DA 1XC1A 5KDTB 2RINA 1D9VA 3G3IA 1Y1MA 3IOTA 3K0VA 2DSFA 2GHBA 3B7DA 5EHSA 1H76A 4YMBA 3FXRA 3K00A 3OXNA 3HHFA 3N6TA 3M8UA 2VHAA 3B6WA 1A99A 2OJTA 2A5TA 1FQCA 1M5DA 1ZU0A 2ZMBA 1AIVA 4ZEBA 4OEUA 2F35A 2D21A 1SDXA 3MVZA 2I6EA 4FJPA 3IOVA 1DOTA 2PMSA 3G3HA 4H5FA 1N04A 5FHOA 1RYOA 2UVJA 3MC2A 2OWSA 3K1NA 1IUDA 3OMBA 4BDOA 5IKBA 3D4CA 3CG1A 5TP9B 2UVIA 3TYHA 3C34A 5CBRA 4FORA 4PP0A 3MW0A 2PX1A 4FAJA 2Y7RA 2ABHA 5DVIA 2B3FA 1Y3QA 5TPAA 3V83A 1TT1A 3HPIA 5H8FB 1JW1A 4OEVA 5I56B 2HCAA 2Z8DA 3U94A 4ZEKA 2OCUA 3LSLA 3KEIA 3VLWA 5AA1A 3DP8A 4JBZA 2CMOA 1IXIA 1M5EA 3LR1A 2F97A 4G68C 1S7YA 2GFEA 4F2OA 2QJEA 2Y7KA 3VV5A 1I6BA 1NNKA 1MY3A 1NH7A 2F7CA 4R6YA 2E0SA 1LBCA 3IOUA 1GTKA 1JW5A 1TXFA 4QFNA 4YKIA 4U4XA 2ZYOA 3TELA 2XXIA 3MQ9A 4NWDA 5H8HB 4EQ9A 3LSXA 4POXA 4HCYA 4KR5A 2VGQA 3UORA 2V25A 3QXMA 3RTFB 4DXBA 3FUZA 1D9YA 1HSLA 3MUQA 4XKRA 4G8NA 1Y20A 4F1UA 4YB6A 1XVYA 1UTBA 3IX1A 4H65A 1SW5A 3OD7A 1PB9A 3M3KA 1UIUA 3SDFA 3T22A 5CRYA 4NF8A 3OENA 3T93B 4ELOA 1PBPA 4YAHX 3PUWE 2Q9TA 1VR5A 5HPQA 2VD3A 1YAEA 3G3JA 1YTVA 3PPNA 4OWDA 1N76A 3USDA 1N3WA 1R6ZA 1HSJA 4NE4A 2YLNA 1M5FA 2O51A 1SW4A 1B5JA 2HEUA 5L9MA 4LQ5A 3K01A 4N13A 1SBPA 3BFTA 4KCDA 3VVDA 1QW0A 4TLLB 3PPQA 1JEVA 4OYVA 1DTZA 4OFOA 1AH5A 3TAJA 5ISUA 4R9GA 2F7BA 1QKAA 1VE4A 4ELPA 4JB7A 4IO3A 2AIXA 3FATA 4XKPA 5AA4B 3O29A 3QAXA 4NWCA 4MF3A 1MPBA 1I6QA 3OO8A 3EHSA 2KLFA 1MXZA 4FEDA 3OEMA 2F6PA 3DLNA 2I48A 3SERA 2XXXA 1LSTA 1QVSA 1LFIA 1BLFA 1MXXA 4NF6A 3VXBA 3K1PA 3KJ7A 2P0SA 3TMGA 5DYHA 4Q5TA 2UXAA 4TOZA 3C9HA 1EU8A 4F39A 2QRYA 1B32A 4QF9A 4G8MA 2A5TB 3UP9A 4U2RA 3U92A 4LONB 3CR9A 3OO9A 4Z7EA 5I84A 1UTHA 2DE4A 1LLSA 3SKPA 3EHTA 3T9HB 1MPDA 2X26A 4DCXA 4F29A 4IO2A 5AA2D 5IAIA 5CBSA 3CSGA 4NTLA 2GHAA 1J1NA 3D4GA 5EHMA 4Q0CA 4F3SA 1ZJLA 3KSXA 1URGA 4G68A 1XVXA 2HAVA 3U93A 4R72A 4ONYA 2AL5A 2Y7IA 3MBPA 1ATGA 4O3AA 3OEKA 4KPTA 2HQ0A 1GR2A 2O6AA 2Z23A 4F1YA 1MQDA 3PPOA 3BKIB 1ELJA 3MPLA 1VSOA 3MZBA 1IXCA 3H3GA 3C4MA 3LBSA 1FTKA 2Y7WA 3B6TA 3FV1A 1BP5A 4RXLA 1MQHA 4KI0E 4XXUA 3TUSA 4ND9A 5ELVA 4K3FA 2R71A 3FVGA 3PMWA 4LATA 1Y4TA 4DXUA 3K1MA 3I3VA 3Q25A 4FIMA 3O66A 3G3KA 5KCJA 4EF2A 2DWJA 3MVWA 2XXUA 1PDAA 4PFTA 1CB6A 3DELB 1B1XA 5H8QA 1S9TA 3LSFB 3PUVE 3OOAA 1MQIA 2G29A 4GWOA 2O7IA 4R75A 2XXWA 5H8SA 4GLIA 3RPWA 3TCGA 4I8CA 1B7ZA 1MY2A 3HO7A 4BDMA 1XOCA 4UACA 1B7UA 4JSDA 1EZ9A 1MS7A 1DSNA 4BDQA 2F78A 2ESNA 3OO6A 4NF8B 4C0RA 2XD2A 4DXCA 2DOJA 1DPEA 4GL0A 1MXUA 4LP2B 4GD5A 4PFYA 2NVUB 1DMBA 2XXRA 4NEDA 4POWA 4OTEA 4H8JA 2F8DA 1OQGA 2OZZA 4EDPA 1IXGA 4G4PA 4IO7A 1QKBA 3CFZA 1MDQA 3EF7A 4MLVA 2QS4A 4C1UA 1SI0A 3KGCA 1Y1ZA 3SEVA 1XS5A 2F5XA 3W9VA 4QFLA 1N0TA 3FJGA 1B4HA 5ICTA 2RCAA 5DEXA 4OZ9A 1OVBA 1B4ZA 4NF4B 3KN3A 4XTCQ 2PBWA 3IK6B 3FD3A 4GVOA 4C1TA 1T0KA 3RLFE 4H0WA 1H44A 5EYFA 3I5OA 4U1ZA 1PBQA 1IEJA 1MXYA 4I62A 4G2ZA 3U1OA 4LUBA 4H67A 3BBRA 2I49A 1B0HA 3O2AA 2ZNTA 1FTOA 4F2QA 4KYDA 1MDP1 5JTYA 1R9QA 3K4UA 4X1DA 2ZNUA 5L9SA 3FVOA 4QSEA 4GXSB 3T9UA 1WDNA 3OSQA 2QS3A 2UYEA 1P99A 3FXUA 5BWJA 4IY6A 1XT8A 1UTHB 1B6HA 3PV0E 3GZGA 3SEUA 2F6GA 4P11A 2I58A 4IGRA 3W15C 1MPCA 5F1QA 5CI5A 4Z0IA 2F34A 2H5YA 4DDDA 3QIMA 3GBAA 4OFJA 1MXWA 1LGBC 3TDJA 4G68B 1B1HA 4P0IA 3TEPA 3HV1A 1B58A 2QMXA 4H8IA 3WAFA 4F31B 2QPQA 5I2NA 4N6PA 1MY1A 2HZLA 3FGSA 2ONSA 2AL4A 1ZKBA 1P1QA 2P1SA 1MRPA 2XXYA 3S9MC 1B40A 3SESA 1FTJA 1N7XA 4O3CA 2DXYA 4M4GA 1R9LA 4RY1A 1D4NA 4RK9A 2RC7A 3TTKA 3KOSA 1QUIA 5I2KA 4PFUA 1Q1KA 1ZTYA 3RQTA 1NKXA 4GFRA 3MZ1A 1YCJA 4YMAA 1B0LA 5KCJB 4IGTA 4OQOA 4RJZA 3FXQA 4I1DA 1A8FA 1JNFA 4IB2A 1OLAA 4TLMB 1Y3PA 5AE4A 4ZS9A 3UGWA 5H8QB 3N26A 3FASA 4BDRA 3ONMA 2ZYNA 3FJMA 5DVJA 2Q8JA 4F3PA 2PT1A 1FQBA 4LQ2A 1CE2A 4THIA 5L9OA 2HXWA 3C32A 3I6VA 5H8NA 3LC8A 2H99A 4YZZA 3SEYA 2ONKE 4HS7A 1LAFE 2XX8A 4ZE9A 1WODA 4ZZEA 2P2AA 3RT8A 2V3TA 3IL1B 2H25A 3M3LA 4OFLA 1Z7ME 4F19A 4G8HA 5DT6A 3SETA 1IIWA 2OBGA 2XXPA 1FQFA 4QFKA 4X9TA 1EH3A 4HW8A 3R26A 4EQBA 2FNCA 1ZMGA 3IAZA 4R2FA 1B46A 3FJ7A 1EZOA 2I3VA 5I57A 4LZ7A 4QSDA 3ZKLA 5CM6A 3FZVA 4OMBA 4OESA 4OERA 1DTGA 2ZYKA 2QS1A 1MXVA 4KYSA 2IA4A 1VFEA 3RTWB 3GBBA 3IB2A 4ZEDA 4U23A 3TKDA 3V5AA 1II5A 4N07A 2XXTA 3DP6A 3VE1B 3MVYA 1OIBA 3IJOB 4F18A 3S4UA 2V93A 2ZXTA 3PD9A 4LZ8A 2YPNA 3ZS6A 3PGFA 3QYTA 3MVXA 3KSJA 3KFMA 1LB8A 3LUYA 4MFIA 4PFWA 1B5IA 4IO5A 2H4IA 1FW0A 3VFJA 5HBCA 2V84A 2RKMA 2Q89A 4XIGQ 5DEXB 4GQOA 5DTBA 3K02A 3N5LA 1NNPA 4KHZE 5ITPA 3TQWA 3CFLA 3RN8A 3O6GA 3PPPA 2THIA 1TFDA 3CG3A 3U8QA 5I56A 4BDNA 1MM6A 2NUVA 2ANJA 1A40A 4U22A 2HFBA 4MBPA 4DIGA 2GRVA 1ZBMA 4YKKA 3KG2A 5B7DA 3TCFA 1B3HA 5TPAB 5B70A 2AYSA 4QFPA 3R7XA 3T9XB 1N84A 1NFTA 1Y9UA 3PUZE 1QULA 3HCQA 3S9LC 3TTNA 4ECFA 2ALUA 3IB1A 3JYRA 4F3BA 3RGYA 3UN6A 3UA8A 1JVYA 5JEIA 1QJMA 5I59A 3JV9A 4JSOA 4JWYA 3CFXA 3O28A 1PEBA 5HM4B 2O7UA 1LB9A 3ODBA 5A5XA 3A3CA 2H98A 2X7PA 3E9XA 4WXJA 3O97A 4EQ7A 1LAGE 2Z8EA 2UYFA 4GOTA 3AXFA 4WEDA 1R1NA 3G3GA 3MPKA 3PD8A 1WVJA 3QK6A 3C36A 3CVGA 1H43A 5K2YA 2I0CA 3Q26A 2UVHA 2XHDA 3E3KA 1B05A 1LAXA 3ZKKA 3PU5A 4YU0A 3MJNA 5BUUA 1UTBB 2XXQA 4EUOA 4ZZAA 4RPOA 3DM0A 4Q30B 1LCFA 4XKQA 2G93A 1LAHE 3IOWA 1LFGA 1FCKA 3ECRA 3PMXA 4U1OA 5CMKA 3TTLA 3KN7A 2VD2A 2Q2AA 2DWHA 1L5TA 1OMPA 4MLQA 4WEPA 4LVQA 4KYEA 2ONRA 1URSA 4R73A 3SEWA 2B65A 2NOOA 1JEUA 1AMFA 5H8NB 2PYYA 1Y3NA 3FVNA 3H06B 1A54A 2Q2CA 3H6VA 3K6VA 1USYH 4NF5A 2REJA 4YICA 5AA2A 2XX7A 4EF1A 1H3DA 1S50A 1SYHA 2ZNSA 3PMVA 3H4ZA 1DPPA 1Y4CA 2Z22A 1NMUA 1AL3A 1JQFA 1GGGA 3IORA 1SW1A 3E4RA 4L17A 5I57B 2IEEA 4IO4A 5F7VA 3V8XB 4X48A 4AB6A 2QSXA 2GH9A 2V3UA 3A09A 3KJTA 3O6HA 2D3IA 2DYXA 4R2BA 1LCTA 3L6HA 1LBBA 4JDFA 2LAOA 4NF6B 3KBRA 3OSRA 1ZLQA 1D3KA 4F3GA 4U21A 3THIA 3N94A 3G3FA 1MH4A 1A55A 1B51A 3O6IA 1BTJA 2F7AA 5CMCA 3ZSFA 4IO6A 4RPNA 2DXRA 5I58A 2DE2A 3CSBA 1VFDA 1QUKA 1URDA 3E13X 1O63A 3SEXA 4ZEFA 3RY3A 2QL3A 1I69A 2D5WA 1SI1A 1GVCA 3QUJA 2WKYA 4DCYA 4ISUA 1O7TA 3V89B 4PQJA 4LA9A 2RF1A 3BFUA 4P0GA 2O1MA 1I6AA 3EN3A 3Q29A 2PT2A 1N3XA 3A3UA 1BKAA 1M5CA 1B9JA 2OLBA 1GV8A 3IR1A 2DVZA 3MWBA 1PB8A 1P1WA 1B3FA 4LZ5A 5M2VA 1P1UA 4EXLA 2UVGA 4F22A 1XHYA 3U72A 5I59B 3EHUA 3L6GA 3KN8A 1US4A 3MZ9A 1NNFA 4G77A 4HCWA 3VVEA 5K2XA 1SVXB 1YPNA 3QUFA 2O69A 1B52A 1HSEA 2RC8A 4KCCA 5A5XB 3S9EA 3CI8A 1B3GA 3ILTB 3UK4A 2XD3A 2NWJA 1AOVA 4R9FA 4R6KA 1OLCA 3B6QA 3GLBA 4ELQA 3G7WA 4ZEIA 3CIJA 2FYIA 4RA1A 1RKMA 3QSLA 2CZLA 5KZTA 3S2VA 3KZGA 4QRZA 3T9VA 1EZPA 2Z8FA 4ZDMA 4DZ1A 4E0XA 3T96B 5ITOA 5FTIA 1FQAA 1QUJA 2HZKA 2E1SA 3H6UA 3TCHA 4YKPA 3MP8A 4MH5A 5KDTA 2DWAA 2DQVA 4ELRA 3IO6A 4JWOA 3FVKA 3S9NC 4FECA 4JXIA 3UIFA 2PVUA 1MG1A 1JETA 4TQUQ 3IJXB 4KFQA 3C35A 4FE8A 1BIYA 3H7MA 1IQ7A 3MP1A 1IXHA 3HHGA 3K6XA 1TFAA 3RUMA 4GL8A 4GRKA 3M3FA 1Z7NE 4PETA 2I3WA 2RC9A 4NF4A 4OHNA 1SW2A 2REGA 1POY1 2ZYMA 1OVTA 5ICQA 4FATA 1O64A 1PB7A 3HN0A 4ESXA 1IZ1A 2R9JA 3MAMA 4NF5B 5AA2B 1NNTA 4DLDA 4OETA 5TP9A 2XX9A 2Q88A 1NH8A 2X7QA 2Y7PA 2DWIA 4GIZA 3WAEA 3OELA 1MQJA 1MM7A 4RYAA 2A5SA 1MQGA 4M1VA 1TWYA 5AA3A 4IY5A 1B3LA 3VVFA 3T66A 4DE8A 5H8FA 3K6WA 5CMBA 3OO7A 2QMWA 5TU0A 2I0BA 4Q8RA 5CC2A 3TTRA 4QSCA 4QHQA 1UQWA 3Q28A 4AB5A 1B5HA 4RNSA 2OWTA 4YB5A 3PUXE 3TZAA 3Q27A 1RYXA 1PC3A 1FQEA 1MY0A 3N6UA 5JTYB 3TODA 4QFOA 3C33A 1OQHA 4E0WA 1UIVA 3CRBA 1B3EA 4ZE8A 1A8EA 2I4CA 4OENA 4NMYA 2H9BA 3RNNA 4OVJA 5L8DA 2FA7A 1ANFA 3FIRA 5FHMA 4U4SA 5I58B 1N7WA 1SD3A 3TQLA 4X1BA 2B3BA 3VDFA 4ZECA 3TFLA 3PUYE 3H6WA 5H8HA 4JWXA 1MY4A 3PPRA 2RCBA 2XXHA 5FTHA 3EQ1A 1KWHA 1SYIA 3FV2A 4H1XA 4F1VA 4WKMA 1H45A 4GXAA 3C31A 2R6GE 1POTA 2BJJX 1F9BA 4BDLA 5JK4A 2O68A 4YB7A 4R74A 5FHNA 1ZIUA 1A7LA 4FEBA 3RT6B 3F11A 2O84X 2V3QA 4BLAA 5I2NB 1FTLA 2NXOA 3VLUA 1US5A 3DP4A 3K2DA 2W7YA 3VLVA 3MP6A 4KQPA 4KD5A 3TTMA 1P1NA 2I4BA 1JVXA 2M8CA 1IITA 2F36A 1MH3A 2HAUA 3R6UA 1Q35A 1M5BA 4EXKA 4ESWA 5I2KB 3KOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GF8A 3ILUB 5DVFA 3BIHA 1SQYA 2DVCA 1USYE 2FVZA 4PFBA 3H03A 1P1OA 2Y84A 1NV2A 2OK2A 3K6UA 4R6HA 2VP1A 1LFHA 5LOMA 4YKJA 4I9DA 4RK2A 5CMMA 4G61A 5J16A 1FQDA 4OXVA 4AQ4A 3VXCA 3H6TA 4UA8A 3LUZA 5ET5A 3TPAA 4O3BA 5J1DA 3LSWA 1NL5A 2O1LA 2DP8A 5AA4A 2QS2A 3GXAA 2DS9A 1IMEA 3P7IA 4PE5B 2YJPA 4H5GA 3HSTA 1FTAA 2DE3A 1B7HA 4HTGA 4XKNA 1B2HA 3IB0A 2VOZA 1JW4A 3EPEA 3IO4A 1FTMA 3O9PA 3JZJA 2CEXA 1AWBA 2XXVA 3W9WA 4H6DA 1XC1A 5KDTB 2RINA 1D9VA 3G3IA 1Y1MA 3IOTA 3K0VA 2DSFA 2GHBA 3B7DA 5EHSA 3E78A 1H76A 4YMBA 3FXRA 3K00A 3OXNA 2OX3A 3HHFA 3N6TA 3M8UA 2VHAA 3B6WA 1A99A 2OJTA 2A5TA 1FQCA 1M5DA 1YXIA 1ZU0A 2ZMBA 1AIVA 4ZEBA 4OEUA 2F35A 2XXKA 2D21A 1SDXA 2WEFA 4N91A 3MVZA 2I6EA 4FJPA 3IOVA 1DOTA 2PMSA 3G3HA 4H5FA 1N04A 2ZZWA 5FHOA 4DI3D 1RYOA 2UVJA 3MC2A 2OWSA 5ET6A 3K1NA 1IUDA 3OMBA 4BDOA 5IKBA 4N6DA 3D4CA 3CG1A 5TP9B 2UVIA 3TYHA 1DK4A 3C34A 5CBRA 4FORA 4PP0A 3MW0A 2PX1A 2CZKA 4OVRA 4FAJA 2Y7RA 2ABHA 5DVIA 2B3FA 1Y3QA 5TPAA 3V83A 4N4UA 1TT1A 3HPIA 5H8FB 1JW1A 5I5PA 4PAFA 4OEVA 5I56B 1FBFA 2HCAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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