1MQDA

X-ray structure of the glur2 ligand-binding core (s1s2j) in complex with (s)-des-me-ampa at 1.46 a resolution. crystallization in the presence of lithium sulfate.
Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (3-7)TVIII2 (78-81)AH2 (71-77)TI2 (53-56)TIV1 (11-14)TVIa1 (10-13)EMPTYAH7 (171-181)S2 (15-16)S3 (29-30)3H1 (20-22)3H2 (26-28)S6 (68-70)AH3 (91-95)S5 (59-61)S14 (215-222)S7 (82-83)O1 (85-87)S8 (88-89)AH5 (139-146)S12 (185-190)S9 (97-106)TII2 (222-225)AH9 (227-241)S10 (108-113)TII1 (113-116)TVIa2 (200-203)O3 (203-258)O2 (116-118)TI'1 (181-184)TVIII3 (128-131)S11 (131-133)AH6 (150-161)TIV4 (135-138)TIV5 (162-165)AH8 (191-198)S13 (205-208)AH10 (243-253)AH1 (32-44)TI1 (17-20)TIV2 (62-65)TI3 (63-66)TI4 (253-256)S4 (48-52)AH4 (121-126)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
publication title GluR2 ligand-binding core complexes: Importance of the isoxazolol moiety and 5-substituent for the binding mode of AMPA-type agonists.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor subunit 2
total genus 84
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-09-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mqdA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1mqdA01
4KR5A 5FTIA 3Q27A 1HSJA 2WKYA 1B32A 2X7PA 3K1MA 2XXWA 4KYEA 1ZKBA 1IZ1A 3H6WA 4R6KA 3FIRA 2UVHA 4E0XA 1RKMA 1R6ZA 4OFJA 3VDFA 2V84A 2Y7KA 5I2KA 4ZE9A 1H44A 5JTYA 1Y3PA 1Y1MA 1B5HA 2F35A 2VHAA 4EXKA 1NNTA 2W7YA 1B3LA 3LUYA 3TQLA 5ICQA 5B7DA 3FATA 3G3GA 4H8IA 5KCJB 2X7QA 3VVDA 3O29A 3MVXA 3THIA 3GLBA 1LCFA 1B7UA 3QSLA 1B3GA 3I3VA 2NOOA 4DXCA 2UVIA 5H8NA 3TUSA 3H4ZA 4F1VA 3TQWA 2XXTA 3U94A 4LZ8A 1TFAA 4WEPA 3TCHA 2FA7A 3A09A 2O69A 3MZ1A 4BDRA 5FHMA 1D3KA 3PMXA 2G29A 3PV0E 4ZS9A 1AL3A 5CRYA 1Y20A 4IO6A 3T93B 1S9TA 1LBCA 1YTVA 3VVFA 3KOTA 1H43A 2OBGA 2O84X 4Z7EA 4KCDA 2DS9A 2OWTA 3D4GA 4NF6B 4XKNA 1DSNA 1B3FA 3IORA 3TTRA 1BLFA 4RPNA 1JNFA 3EHTA 5TPAA 4DXUA 2DYXA 2HFBA 4XIGQ 2VGQA 1LB9A 1XOCA 1VR5A 1N84A 3SEUA 3C36A 3UA8A 1FQBA 3UORA 2PVUA 3Q26A 3RN8A 2A5SA 3ILTB 3RNNA 4X1DA 4F39A 1PC3A 2H4IA 1FQFA 4O3CA 3ILUB 4EQ9A 4DE8A 4ESWA 3MPKA 3KJTA 4OFLA 4GWOA 4GIZA 4KFQA 3H06B 3O6GA 3T9HB 1B5IA 1SDXA 3H03A 1MH3A 4ECFA 1AMFA 3K6UA 2XXIA 3FUZA 4XXUA 3HPIA 3IO6A 1H76A 3KBRA 2M8CA 4FEBA 4YICA 1ZBMA 4KD5A 3ZSFA 2F36A 3FVGA 4IB2A 3LR1A 2D5WA 4IO7A 3PPRA 1IUDA 1B51A 4OZ9A 2Q9TA 3R7XA 4OWDA 3CR9A 4FECA 4M1VA 1TWYA 2E1SA 4R2BA 1S50A 3KSXA 3SKPA 1LFHA 2H99A 1TXFA 3GXAA 2XXRA 4ZEIA 4YZZA 2F7BA 5HM4B 3MC2A 5AA4B 4Z0IA 3TCFA 2F5XA 1FTJA 2HAUA 2Y7WA 1A55A 1P99A 4H1XA 5TU0A 2GHBA 2I4CA 1MM6A 2Z8EA 2Z8FA 4DCXA 2I58A 4OHNA 4FE8A 1LCTA 1Q35A 3FXQA 4G8MA 4EQBA 3OO6A 4OYVA 1UIVA 4MLVA 3CG3A 4F1YA 3OO7A 3IL1B 3SEWA 3OXNA 5EYFA 1B58A 3S9EA 5F1QA 2Q2AA 3MVZA 4G68C 2E0SA 2Q89A 4R75A 2DWAA 3SERA 3OO9A 4NMYA 1B3HA 3H6VA 3Q28A 4H8JA 2GHAA 4WKMA 2ONRA 3TAJA 1FW0A 1UTHA 3PPPA 3F11A 1RYXA 2KLFA 2OCUA 3K6VA 4IO5A 4IO2A 1POTA 3G3IA 3K2DA 4O3AA 4R74A 3RLFE 4NE4A 4ZEKA 2P0SA 4EUOA 1QW0A 4NF8B 3TELA 3T22A 2OZZA 4FJPA 3A3CA 3I6VA 3L6HA 1Q1KA 3UP9A 2PBWA 4PP0A 4RK9A 3M3FA 3VFJA 4E0WA 5I56A 4QFKA 1MQJA 5CMBA 2GH9A 1N04A 4WXJA 4KCCA 5CC2A 1J1NA 4NWCA 3TTMA 1I69A 2XXHA 2DSFA 2ONKE 5I57B 2RKMA 3B7DA 2XD2A 3OELA 2RCAA 1ZLQA 5FHNA 1Y4CA 3E4RA 5I2NA 5AA2A 3PMVA 1GTKA 1B40A 5K2XA 3UN6A 3KFMA 1US4A 5DYHA 5ITPA 3QUJA 3O28A 3V89B 3JV9A 2O1LA 3GZGA 3VLVA 3N26A 4KYSA 4PFYA 3PU5A 3HHGA 3SETA 4XKQA 1MXUA 3ZS6A 2I6EA 1MY1A 3RT6B 3M3LA 2V3UA 1XT8A 1JVYA 4BLAA 3C33A 4RK2A 1T0KA 1ELJA 3FZVA 1YAEA 3SESA 4LQ2A 5H8FB 5IKBA 1MDQA 3MWBA 2GFEA 2Q2CA 4YB7A 4YAHX 2B65A 1IIWA 3OENA 3HHFA 5H8QA 5H8SA 4YB6A 3C9HA 3RPWA 3KN8A 3DELB 1LAFE 4Q5TA 1B3EA 4I1DA 3U72A 3U1OA 1Y9UA 3KN3A 4QFOA 2I48A 2I4BA 3MZBA 1OVTA 3Q25A 3KOSA 4OQOA 3S9NC 2A5TA 3PPOA 3UK4A 4KHZE 2QSXA 4BDOA 3G3KA 2I3WA 3N6TA 3QAXA 2PMSA 2QL3A 4PFTA 4ELQA 5JEIA 2XXQA 2X26A 3PD8A 3UGWA 4ZECA 3LC8A 1PDAA 1R9LA 2D21A 5H8HA 5HBCA 1PB7A 4AB6A 5TP9B 3IK6B 1EU8A 2HQ0A 4ISUA 4I62A 1B1HA 3O66A 5I59B 4R73A 3CG1A 3TTNA 2O51A 2QRYA 3EQ1A 4OVJA 3T96B 2F78A 1MPDA 4GL8A 2RF1A 2O6AA 4F3GA 4GRKA 4DLDA 1JEUA 2ZYKA 4U1ZA 1NH7A 4HTGA 3SEVA 1XC1A 3L6GA 4QFPA 4JWXA 3PPQA 4KQPA 3MPLA 2H98A 5CMCA 3H7MA 4LONB 3HN0A 1O64A 3H3GA 4NF4A 4R6HA 3FJMA 1ZJLA 1PB9A 4G68A 3HV1A 4TOZA 3U93A 4RJZA 3W9VA 1NNPA 4ONYA 3C31A 2P2AA 3B6TA 1MQHA 4YKJA 2LAOA 2F6PA 5ITOA 2Z22A 5ICTA 4O3BA 2R9JA 4EF2A 1I6BA 1B6HA 2RCBA 1DOTA 3O97A 2ZXTA 1B7ZA 1M5DA 4QHQA 1ZIUA 4ESXA 4OMBA 5HPQA 1IITA 1R1NA 2QMWA 2QS3A 4H65A 1DPPA 4C1TA 1ZTYA 1SW5A 4F3BA 4U22A 1QKAA 2XD3A 4XTCQ 4ZZAA 5L9SA 3C34A 1I6QA 5AA2D 2RC9A 4KYDA 5ELVA 4MBPA 3CVGA 2Q8JA 4C1UA 3KSJA 4G8HA 1MQIA 5DVJA 2OLBA 4X9TA 4P0IA 1LSTA 3N94A 1MY4A 4M4GA 2V93A 3TTKA 3JZJA 3FASA 4H5FA 3VVEA 3K6WA 3O2AA 1FQDA 2QMXA 3IR1A 4U4SA 1OQHA 2OJTA 3T9XB 2XX8A 4GD5A 1FTOA 2DP8A 3FJ7A 2VP1A 4PE5B 1PBQA 1UTBB 2GRVA 1JW1A 1M5EA 3Q29A 2ONSA 4U1OA 2DQVA 3IB1A 2DE4A 3CSBA 2ZNSA 1QVSA 4R6YA 1NL5A 3K0VA 5DTBA 4RNSA 4QFNA 1A8EA 1LBBA 3FD3A 5KCJA 3OMBA 4RYAA 1B0HA 4BDQA 1JVXA 1N7XA 3CFLA 2Y84A 2CMOA 2F6GA 4ELOA 2IA4A 4H67A 2IEEA 1BIYA 1IXGA 1B2HA 1OVBA 1XHYA 1URDA 2RINA 4ZEFA 5DVIA 1M5FA 1IXIA 1SQYA 4YKKA 1DTZA 3G7WA 3S9MC 4JSDA 4K3FA 4TQUQ 4NF5B 3RQTA 3V83A 3RT8A 2HAVA 3OEMA 1SW2A 5L9OA 3TDJA 3K02A 3OOAA 4U23A 3CFXA 1M5CA 4RA1A 3SEYA 1RYOA 1AOVA 2AL5A 5CBRA 4OESA 1R9QA 1N3WA 1VFEA 1SW4A 3TYHA 3BKIB 4LQ5A 4NF6A 1MG1A 1SYIA 4LATA 4F2OA 4JWYA 4I9DA 1LAXA 4IY6A 1Y4TA 1MXWA 5AA1A 3C32A 1QUJA 3OEKA 4IO4A 4YKIA 1SW1A 1EH3A 3K01A 4AQ4A 3V5AA 3RTWB 3ZKKA 3K1NA 2YPNA 2ZYOA 3BBRA 1H3DA 4GLIA 2DXYA 3K4UA 1XVXA 3GBAA 2ESNA 3R6UA 3G3FA 3D4CA 4NEDA 2O7IA 5LOMA 3DP6A 3CI8A 2XHDA 3E3KA 1OLAA 4H5GA 5KDTB 1MS7A 1MXYA 4OENA 4UA8A 4NTLA 1WDNA 3MW0A 1B9JA 3EHSA 4OXVA 2R6GE 1LAGE 1MXXA 2YLNA 1N76A 4IO3A 4LA9A 5DT6A 1MRPA 4F22A 2AL4A 4GOTA 3QYTA 3O6IA 2XXVA 1QKBA 3FVKA 1B52A 3PPNA 1Y1ZA 1NFTA 1CB6A 3VLWA 1Z7NE 2O68A 4H6DA 1MH4A 3PUVE 2XX7A 3EF7A 2ZYMA 3RUMA 1D9VA 5I2KB 5L9MA 1QJMA 1O63A 2V3QA 4G8NA 2V25A 5JTYB 3MP8A 4OEVA 1LGBC 5K2YA 5IAIA 1JW5A 5AA4A 1PEBA 3CSGA 4YU0A 1TT1A 4N07A 1Y3QA 3IB2A 2O7UA 1MXZA 3I5OA 1H45A 2OK2A 2VD2A 2DWJA 3TPAA 1EZPA 4EXLA 1B4ZA 1QUIA 4LZ5A 4TLMB 2QPQA 1BP5A 4ZZEA 3TTLA 4HW8A 4QSEA 5H8NB 2DWHA 3H6UA 1KWHA 4GXAA 1FTLA 2V3TA 2Y7PA 4F3SA 2NWJA 2REJA 1IXCA 1LFGA 1MY2A 4H0WA 2NVUB 2CZLA 1BKAA 2XXYA 1A99A 4TLLB 3IOTA 5J1DA 3B6QA 1Y3NA 4JBZA 3JYRA 2ABHA 2I49A 3HCQA 2QS2A 2PT1A 4LP2B 3TEPA 4OETA 4DCYA 3IB0A 1NMUA 3GBBA 4IGRA 4BDLA 4AB5A 1SYHA 3H6TA 3FGSA 4N6PA 1FQCA 3OO8A 1MXVA 4NF8A 1USYH 5TPAB 1UQWA 4QSDA 5CMMA 1EZ9A 3WAFA 3TODA 2I3VA 5KDTA 3RTFB 1N7WA 4F2QA 1SBPA 4DZ1A 2UXAA 3K1PA 4DXBA 4ELRA 1HSLA 1B4HA 1TFDA 1N3XA 3O6HA 2G93A 2NXOA 4PFUA 5CM6A 2Z23A 1AIVA 2UVJA 4IY5A 1GGGA 1YCJA 2XXPA 5I57A 3KGCA 5CI5A 1JW4A 3DLNA 1D9YA 1ATGA 1VE4A 4ZDMA 3PGFA 4OEUA 3IX1A 4YKPA 4N13A 2F8DA 3B6WA 4YB5A 4RPOA 1LFIA 1B46A 3PUWE 3T9VA 2Y7RA 4P11A 3IOUA 4QSCA 1BTJA 3PMWA 2R71A 1MQGA 1ZMGA 5KZTA 1OLCA 1IEJA 3MVYA 3S9LC 1MDP1 2ZMBA 1MY3A 3S2VA 5FTHA 2ZYNA 3MVWA 4WEDA 4EDPA 4F31B 4JWOA 3HSTA 3CFZA 5A5XB 4DIGA 4THIA 3EN3A 5EHSA 3UIFA 2HCAA 1CE2A 5H8FA 2Y7IA 4HS7A 2D3IA 3LSFB 4GXSB 3OSRA 5M2VA 4G77A 3TMGA 5CMKA 1OIBA 3O9PA 4QF9A 5DVFA 3K00A 1LB8A 3PUYE 1JQFA 2H25A 3CIJA 2HEUA 4KI0E 1MM7A 4L17A 3V8XB 4F3PA 3DP4A 4U21A 2DVZA 1PBPA 4KPTA 3C4MA 3R26A 3MUQA 5L8DA 1NNKA 1OMPA 1US5A 3LSWA 4XKPA 2QS4A 4FORA 1XVYA 3QIMA 1MY0A 1B05A 2QJEA 4G4PA 1SVXB 1USYE 1FQEA 4MLQA 4FAJA 3KN7A 4JDFA 1UTHB 1XS5A 1O7TA 1SD3A 2F7AA 4LZ7A 3TZAA 5TP9A 2AIXA 2ALUA 3IOWA 5I59A 1AH5A 2XX9A 4PETA 4XKRA 4R2FA 1URGA 4POXA 3CRBA 4QFLA 1HSEA 2OWSA 4F29A 3RGYA 2F7CA 2Z8DA 1A40A 4FIMA 2F34A 2VD3A 1LLSA 3IOVA 3KJ7A 4HCYA 3FVOA 2F97A 3LSLA 3RY3A 4YMBA 4LUBA 3N6UA 5I56B 4GL0A 5AA3A 2ANJA 2I0CA 1B7HA 3P7IA 1B5JA 1FCKA 1IXHA 2THIA 1M5BA 4ZE8A 2HZKA 3FXRA 2P1SA 3C35A 3MQ9A 2RC8A 3LSXA 1DMBA 1MPBA 4IGTA 1GVCA 1ZU0A 2AYSA 3VV5A 3U92A 1WVJA 5I2NB 2H5YA 5AA2B 1A7LA 1NH8A 1YPNA 5DEXB 4GVOA 1A8FA 4UACA 3MJNA 5A5XA 2I0BA 3KG2A 4QRZA 5I58B 4RXLA 3T9UA 1II5A 2UYEA 3E13X 4I8CA 2DE2A 3ECRA 4ZEDA 2H9BA 4F1UA 2B3BA 3MP6A 2PX1A 2VOZA 3MZ9A 4OTEA 3TFLA 1P1UA 1D4NA 3SDFA 2O1MA 3MP1A 3OSQA 3PUZE 4Q0CA 4R9FA 4NWDA 3QK6A 3DM0A 2UYFA 3QUFA 2NUVA 3SEXA 1DPEA 3WAEA 5H8QB 3USDA 3T66A 2UVGA 4U2RA 1SI0A 5BWJA 5AE4A 2RC7A 4MH5A 4P0GA 4FEDA 3PD9A 3M3KA 1B1XA 1EZOA 1POY1 1VFDA 4LVQA 4R9GA 3KZGA 3IJOB 1JETA 2XXXA 2HZLA 1MQDA 3U8QA 2A5TB 1UTBA 3IJXB 3ODBA 3W15C 4R72A 1NKXA 1N0TA 1IQ7A 4EF1A 4DDDA 4BDMA 5FHOA 3S4UA 1VSOA 1OQGA 3E9XA 5H8HB 1P1OA 4JXIA 4X1BA 4F18A 1I6AA 5EHMA 3VLUA 3FJGA 2ZNUA 3N5LA 3TCGA 4JSOA 2YJPA 3M8UA 3PUXE 1F9BA 1QULA 3K6XA 3IAZA 4ZEBA 1B0LA 1GR2A 1P1WA 5JK4A 2B3FA 2FYIA 4Q8RA 1PB8A 1JEVA 3FXUA 3A3UA 1FTMA 5DEXA 1SI1A 4F19A 1P1QA 4PFWA 3MBPA 4NF5A 4ND9A 1FTKA 2PT2A 1URSA 3KEIA 4Q30B 4GF8A 5I58A 2DWIA 2DVCA 3LBSA 4HCWA 4NF4B 3EPEA 2QS1A 2REGA 1DTGA 1LAHE 1S7YA 3OD7A 4GQOA 2DOJA 4G68B 4MFIA 2XXUA 3MAMA 3G3HA 3FV1A 1FQAA 2DE3A 1GV8A 3ONMA 1NNFA 3G3JA 4GFRA 2ZNTA 3TKDA 4RY1A 2BJJX 2DXRA 4G2ZA 5B70A 2PYYA 5I84A 4C0RA 4BDNA 4EQ7A 4OERA 3VXCA 2Q88A 5CBSA 3BFUA 4MF3A 3W9WA 1MPCA 4PQJA 3ZKLA 2FNCA 2HXWA 1Z7ME 1WODA 5BUUA 3DP8A 3FVNA 3QXMA 5F7VA 1L5TA 3FV2A 3AXFA 1A54A 1QUKA 3EHUA 3IO4A 3HO7A 4POWA 4U4XA 4OFOA 3BFTA 1P1NA 4X48A 3VE1B 1ANFA 1UIUA 3VXBA 4JB7A 4ELPA 4YMAA 4FATA 5ISUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KR5A 5FTIA 3Q27A 4P8BA 1HSJA 2WKYA 1B32A 2X7PA 3K1MA 2XXWA 4KYEA 1ZKBA 1IZ1A 1RDZA 3H6WA 4R6KA 3FIRA 2UVHA 4E0XA 1RKMA 1G0IA 2BJIA 1R6ZA 4OFJA 3VDFA 1JP4A 2V84A 2Y7KA 5I2KA 4ZE9A 1H44A 5JTYA 3IFCA 1Y3PA 1Y1MA 2OX3A 1B5HA 2F35A 2VHAA 4EXKA 1KZ8A 1NNTA 4OVRA 1NUYA 2W7YA 1B3LA 3LUYA 4PF6A 1FPEA 3TQLA 5ICQA 5B7DA 3FATA 5EYGA 3G3GA 4H8IA 5KCJB 2X7QA 3VVDA 3O29A 3MVXA 3THIA 3GLBA 5ET8A 1LCFA 4MMPA 1B7UA 3QSLA 1B3GA 3I3VA 2NOOA 4DXCA 2UVIA 5H8NA 4GBWA 3TUSA 3H4ZA 4O7IA 4F1VA 3TQWA 5LTCA 2XXTA 3U94A 4LN5A 4LZ8A 1TFAA 4WEPA 3TCHA 2FA7A 3A09A 1LBWA 2O69A 3MZ1A 4MNCA 4BDRA 5FHMA 1D3KA 2PCRA 3PMXA 2G29A 3PV0E 4ZS9A 1AL3A 5CRYA 1Y20A 4IO6A 1FBDA 3T93B 1S9TA 1LBCA 1YTVA 3VVFA 3KOTA 4PCDA 1H43A 2OBGA 2O84X 4Z7EA 4KCDA 2DS9A 2OWTA 3D4GA 4NF6B 4XKNA 1DSNA 1B3FA 3IORA 3TTRA 1BLFA 4RPNA 1JNFA 3EHTA 5TPAA 4DXUA 2DYXA 2HFBA 4XIGQ 2VGQA 1LB9A 1XOCA 1VR5A 1N84A 3SEUA 3C36A 3UA8A 1FQBA 3UORA 3T0JA 2PVUA 3Q26A 3RN8A 2A5SA 3ILTB 4I3YA 3RNNA 4PFBA 4X1DA 1YXIA 4F39A 1PC3A 2H4IA 1IMEA 1FQFA 4O3CA 3ILUB 4EQ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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