1N76A

Crystal structure of human seminal lactoferrin at 3.4 a resolution
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
690
structure length
690
Chain Sequence
RRRSVQWCTVSQPEATKCFQWQRNMRRVRGPPVSCIKRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVVKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCVPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFEDLSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKFGKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLRKSEEEVAARRARVVWCAVGEQELRKCNQWSGLSEGSVTCSSASTTEDCIALVLKGEADAMSLDGGYVYTAGKCGLVPVLAENYKSQQSSDPDPNCVDRPVEGYLAVAVVRRSDTSLTWNSVKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLLFNQTGSCKFDEYFSQSCAPGSDPRSNLCALCIGDEQGENKCVPNSNERYYGYTGAFRCLAENAGDVAFVKDVTVLQNTDGNNNDAWAKDLKLADFALLCLDGKRKPVTEARSCHLAMAPNHAVVSRMDKVERLKQVLLHQQAKFGRNGSDCPDKFCLFQSETKNLLFNDNTECLARLHGKTTYEKYLGPQYVAGITNLKKCSTSPLLEACEFLRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of human seminal lactoferrin at 3.4A resolution
pubmed rcsb
molecule keywords LACTOFERRIN
molecule tags Antimicrobial protein
total genus 193
structure length 690
sequence length 690
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1n76A03
4U4SA 3RY3A 1JEVA 3G3IA 5AA1A 3S9NC 4IGTA 3A3CA 1YTVA 1MXWA 4QSEA 3LSFB 1B51A 1FTOA 1NNPA 3U8QA 1QJMA 3MP1A 5I58B 3MZBA 1N3XA 2A5SA 4JWYA 3PUVE 3VLVA 4TLLB 3VVDA 4ZZEA 1Y4TA 3HCQA 3TELA 3N94A 1B0LA 1NL5A 3TKDA 2I58A 4YMBA 1XS5A 3KJ7A 2VP1A 3RN8A 2I49A 4FEDA 1QULA 4G8MA 1MXZA 1MY0A 1UIUA 1M5DA 3UP9A 1NKXA 4C1TA 2Q88A 4QHQA 3S9EA 4ELRA 5DEXB 1SW4A 1EU8A 1MPDA 3N26A 1WVJA 3VVEA 3TPAA 1FQDA 1MQIA 2XXHA 1B05A 2P1SA 2XX9A 1PBPA 3PMVA 1II5A 3C35A 2F7AA 3W9WA 4FJPA 3O6IA 1ANFA 4N07A 1XC1A 3FV2A 3AXFA 2OJTA 1PB7A 4NF6B 1ZIUA 3OEKA 4MFIA 2QPQA 1L5TA 2B3FA 1VSOA 3FXUA 3HN0A 4R74A 3BFUA 3G7WA 1A55A 4X9TA 5IKBA 3KSXA 3K00A 2M8CA 5JTYA 4U23A 2R71A 2ESNA 4QFPA 4P11A 4R2BA 2NWJA 3PPRA 1AH5A 5H8FB 4UACA 2XXYA 2RC8A 3A3UA 3VE1B 2QJEA 2D5WA 5HM4B 2Q2CA 3H7MA 3ZS6A 3TDJA 3K6WA 4YKPA 4OYVA 2ONRA 2W7YA 1GTKA 1Y3QA 2O84X 3VV5A 4Q30B 4M1VA 3G3JA 2ALUA 4KYSA 5CM6A 2Z22A 4ZEIA 4OERA 1MXUA 4YMAA 3RTFB 4ELPA 4LQ2A 4ZE8A 3PMWA 3MVZA 3JZJA 1HSEA 3PMXA 3SEVA 5AA3A 3UN6A 5L9OA 3EF7A 2O69A 1SW5A 4H8JA 1RYOA 1SW2A 3C31A 2FA7A 1Y9UA 3CVGA 3L6GA 2ZYNA 4H5FA 4G4PA 2LAOA 3RLFE 4HW8A 4QSCA 1VFDA 4IGRA 5EYFA 4POXA 4U21A 5I59B 2DXRA 1S50A 2PX1A 5H8QA 2H99A 2X26A 4BDRA 3HPIA 1AIVA 3S4UA 3SESA 3ODBA 3TAJA 3CIJA 1QUIA 3EN3A 4ZEKA 3PPQA 4QFNA 3IOTA 4ECFA 3PD8A 4F19A 4Z7EA 3PUYE 1MS7A 2NUVA 4ZEFA 3KOSA 1MM7A 5K2YA 4ISUA 2QRYA 1FQCA 1PBQA 2O1LA 2R9JA 4KHZE 3RGYA 1FTMA 3W15C 1NNKA 2DWJA 2PYYA 3EHTA 4G68C 3PU5A 3CFXA 3E9XA 3LSXA 4RJZA 4R75A 4HCYA 4EQ7A 4Q0CA 2UYFA 3E3KA 3GLBA 1TFAA 4G68A 4H5GA 2P0SA 3KOTA 5L9SA 4FE8A 2OCUA 4GRKA 3C32A 5FTHA 3THIA 5EHMA 1ZU0A 5DTBA 5BUUA 2V3TA 3DP4A 4ESWA 1IXHA 5LOMA 1D9YA 1DTZA 3M3FA 5I56B 2XXWA 4F3PA 3MZ1A 4EQ9A 1MQHA 2HZKA 2VD3A 3N5LA 1XVXA 3U72A 3MPLA 1B7ZA 1PDAA 4F39A 1PB9A 3OO8A 5F1QA 2F6GA 4PETA 4DZ1A 2Y7IA 4WXJA 3ZKKA 3QXMA 2PVUA 5HBCA 2GFEA 1LB8A 3H03A 3GXAA 4C1UA 1I6BA 3FUZA 2Y7KA 5L9MA 2HAUA 2ZMBA 2F78A 3G3HA 4R6KA 3FJGA 4JSOA 4XKRA 3GZGA 1YAEA 4OESA 5F7VA 1B58A 4RYAA 3TQLA 4RPNA 4NF4A 4JBZA 1EZ9A 4F3BA 5H8NB 3VVFA 2HCAA 1FCKA 1N84A 4OENA 1JVYA 4I1DA 1SVXB 4G8HA 4I9DA 3MQ9A 4NF8A 2VGQA 2RF1A 2DS9A 4IO4A 2Z8DA 1P1UA 4XKPA 3LSLA 4H1XA 3IAZA 3IX1A 1MY4A 3LSWA 1B5JA 1H3DA 4ZS9A 3RQTA 4N13A 1URGA 5B70A 3T9XB 5K2XA 1P1QA 4JDFA 2ZYOA 2XD3A 4C0RA 4R2FA 2F35A 3K1MA 1LCTA 4DXUA 2DWIA 2I0BA 4OWDA 4FEBA 1B7HA 1RYXA 1LGBC 2GHAA 3DP6A 2WKYA 4NMYA 4R73A 4QFLA 2E0SA 1SBPA 3Q27A 3SEUA 3N6TA 4OMBA 1UTBA 4MF3A 2AIXA 2RC9A 5AA4A 3FJ7A 2YJPA 3FASA 2O51A 3H06B 1Q35A 3OSRA 4KI0E 1H44A 2KLFA 2UVGA 3SDFA 2A5TB 5ICTA 1J1NA 5DYHA 3VLWA 4OEVA 3IL1B 2ZXTA 4XKNA 3V89B 1MM6A 4NF5A 4XXUA 3G3KA 4BLAA 3VLUA 4YICA 4AB5A 2IEEA 3PPNA 3RT6B 2VOZA 3PUZE 1OLCA 5ELVA 4TLMB 3UORA 3OO6A 3Q26A 1USYE 5FHMA 4OETA 3BBRA 3M3LA 3KGCA 3CG1A 1SW1A 2X7PA 4LVQA 1PEBA 4Q5TA 2YLNA 3G3GA 3C9HA 2UVJA 3T96B 1QKAA 3BKIB 3KZGA 1ZBMA 5CMCA 4PQJA 2F8DA 2E1SA 1B46A 4FAJA 5AA2A 1Y1ZA 3OEMA 5I58A 2DVCA 3KN8A 4MLQA 1SQYA 3IJOB 4XTCQ 2I4BA 2H98A 1B3EA 3MPKA 4U1ZA 4U1OA 5DVFA 2QMXA 4F2OA 1R6ZA 3OOAA 4U22A 3TCGA 3I5OA 2XXVA 1ELJA 3F11A 4QRZA 1OQHA 3TCHA 4H67A 4PP0A 2NXOA 3MBPA 4GD5A 2AYSA 1S7YA 4AQ4A 2CZLA 2QS2A 2G93A 2DXYA 3FV1A 1P99A 3TTMA 5CMMA 3MC2A 1B1XA 3KSJA 1DSNA 3R6UA 1XOCA 1RKMA 5DEXA 5CBSA 1IXGA 1UQWA 3ZKLA 1IXIA 3KEIA 4GFRA 1NH7A 4GL0A 4RK2A 4YKKA 3IORA 4GQOA 3T9HB 3C33A 4OVJA 1B0HA 3PPOA 4NF6A 3QK6A 1B5IA 1USYH 2REGA 4ZEDA 4EDPA 3JV9A 3OO7A 4ONYA 1LAGE 1B2HA 5KDTA 3O9PA 1OVTA 5TU0A 1B40A 1NNTA 3TYHA 1VR5A 1HSLA 2DWHA 4R6YA 3MW0A 4R72A 3TFLA 4EF1A 2O7IA 4AB6A 1MY2A 5JK4A 4QF9A 5H8FA 2B65A 4GXAA 4R9FA 2QMWA 2Y7WA 4G8NA 4DCXA 4YKJA 3TQWA 4YB6A 1JW1A 4X1BA 4NWDA 2QL3A 3CFZA 3MP6A 4NWCA 3GBAA 4BDOA 2O6AA 4KCCA 1Y1MA 4RXLA 1YPNA 3VDFA 3O2AA 3RNNA 3OELA 4DIGA 1LB9A 3MVXA 4H0WA 4RNSA 2XXXA 1QUJA 1M5FA 4F2QA 4LZ8A 2PMSA 1SD3A 4BDQA 2DP8A 1BIYA 1ZMGA 3TTLA 1QKBA 3MWBA 1ZTYA 1JW4A 2HZLA 2ANJA 5AE4A 3EQ1A 3VFJA 2CMOA 2H25A 2HFBA 4I62A 4YZZA 1B3GA 2F7CA 2DVZA 3V8XB 3FD3A 3OXNA 1Y3PA 2QSXA 1LBCA 1LAFE 5I59A 4LA9A 2ONKE 1LSTA 1MRPA 3L6HA 4U2RA 2OWSA 1B4ZA 3KFMA 5JEIA 1R9QA 3RTWB 3U92A 2V93A 4F1VA 5H8HA 5KCJA 3O6GA 4JWOA 1P1OA 1UTHA 2H4IA 4RY1A 2F5XA 3U1OA 2ZNUA 4IY6A 1IQ7A 3MUQA 3SEWA 4P0GA 2F34A 4BDMA 2GRVA 4OHNA 3FGSA 3UK4A 5DVJA 1YCJA 2XXPA 1EZOA 4HTGA 3DELB 4DXBA 1FTKA 1D3KA 1PB8A 1Q1KA 4YU0A 2D3IA 3OMBA 4FATA 4WEPA 1H76A 3TUSA 1P1NA 5DVIA 3O97A 4LZ7A 5J1DA 5A5XB 2QS1A 4Q8RA 2NVUB 4LUBA 3I6VA 4YB7A 1O7TA 2BJJX 1F9BA 4X48A 2RC7A 1Y20A 2F97A 2XX8A 1A99A 5CBRA 1B5HA 4GIZA 3DP8A 4NTLA 4UA8A 4ELOA 1B3FA 1O63A 1TFDA 3FVKA 3BFTA 3SERA 1N7XA 4NE4A 2OZZA 1DMBA 4HS7A 2X7QA 1H45A 4ESXA 3FZVA 2DWAA 5TPAB 2O68A 3S9MC 3CI8A 4KD5A 1T0KA 1SYHA 1JETA 3K6XA 3DLNA 1MDP1 3PV0E 4BDNA 3SETA 3C4MA 1TXFA 1ZJLA 4KFQA 4IB2A 3FVNA 2FYIA 3QSLA 3O6HA 5I84A 3IOUA 1ATGA 1BLFA 4R9GA 2UXAA 2D21A 4ELQA 1FQEA 4JSDA 4GF8A 3JYRA 2HAVA 4U4XA 4GL8A 5I57B 3MP8A 2OWTA 4OEUA 3QUJA 1I6QA 3Q28A 2Q2AA 3O29A 5I2KB 1DPEA 1QVSA 3UIFA 4OFOA 3CG3A 2XD2A 3ECRA 1VFEA 3Q29A 1R1NA 4EUOA 4ZEBA 3SEYA 3H6VA 1NH8A 3TTNA 2FNCA 1US4A 4HCWA 5CC2A 1N7WA 5HPQA 3K2DA 2OLBA 4LZ5A 1JEUA 3EHUA 4K3FA 3HHGA 1ZKBA 2QS3A 2I3WA 1A40A 3TTKA 5ISUA 5TP9B 4OFJA 3U94A 1EZPA 3IJXB 1AOVA 1A8EA 1UTBB 5I2NB 1POY1 4O3BA 2GH9A 3H6WA 2RINA 2ZYKA 3MVWA 5FHOA 1OQGA 4F31B 5DT6A 4F1UA 4H8IA 4OXVA 1D9VA 2B3BA 3M3KA 3QUFA 5BWJA 1LAHE 4IO3A 3TEPA 3PUXE 2I3VA 2XXRA 4POWA 3RUMA 3FATA 1SI1A 4FORA 3MAMA 2Z23A 3MZ9A 4FECA 3QIMA 4DLDA 2A5TA 2DYXA 2O1MA 3IB2A 1S9TA 4PFWA 4X1DA 1KWHA 1CE2A 1LFIA 1M5EA 3K1PA 2ZNTA 3H6TA 4KR5A 4KPTA 2F36A 3IB0A 4F18A 3FVGA 2QS4A 1A7LA 2XXUA 2VD2A 3LR1A 4JB7A 5AA2B 4IO2A 3O28A 3D4CA 4KYDA 2Z8FA 4XKQA 4PFTA 4XIGQ 3ONMA 3R26A 1EH3A 2UYEA 4QFKA 3K0VA 2HQ0A 4PFYA 1FW0A 3PPPA 4LATA 4MH5A 1Z7ME 4LONB 1FQFA 3R7XA 4LP2B 1JQFA 1P1WA 3C36A 1PC3A 1OLAA 3TTRA 3IOVA 1AL3A 4H6DA 4DXCA 3KBRA 3IO4A 4EQBA 3PUWE 3TZAA 1A8FA 2XXTA 3O66A 1JW5A 3RPWA 4GXSB 1N76A 4OQOA 4F3SA 3K01A 2VHAA 1HSJA 1MY3A 2O7UA 4ZE9A 1MQDA 4F29A 2PT1A 2Y7PA 5ITPA 3V5AA 5JTYB 5ICQA 1IZ1A 2DE3A 2Q9TA 5H8SA 4F22A 2I48A 1POTA 3EHSA 2V25A 3E13X 1H43A 1B3LA 2DOJA 4THIA 2OK2A 3G3FA 3CFLA 4LQ5A 4PFUA 2RCAA 5KDTB 2DE4A 3TODA 1Y3NA 1IXCA 5L8DA 1N0TA 3IB1A 3CR9A 3S9LC 1UIVA 4EXKA 3RT8A 1M5BA 1AMFA 1ZLQA 3UGWA 3FVOA 3EPEA 1SDXA 3OSQA 4ZZAA 1IUDA 2PBWA 3KG2A 1DPPA 3D4GA 5IAIA 2ONSA 3CSBA 3K6VA 3T9VA 2Y84A 3QAXA 4OFLA 4OZ9A 4DDDA 1NFTA 1MH4A 1R9LA 3OO9A 1WODA 4TOZA 3DM0A 1N04A 1LFGA 1MY1A 3ILTB 1LBBA 4Z0IA 4KQPA 2F6PA 3MJNA 3MVYA 3V83A 1M5CA 2RCBA 2RKMA 2XHDA 5KZTA 3IOWA 3A09A 4G2ZA 3K1NA 3T93B 3PGFA 4L17A 1O64A 3B6WA 4TQUQ 4IO5A 1MDQA 3IR1A 3IO6A 3I3VA 2I6EA 1OMPA 4YKIA 5ITOA 3USDA 1B3HA 3FJMA 5CMKA 5H8QB 3KJTA 1IITA 4WKMA 1MG1A 4EF2A 1I6AA 4GOTA 2I0CA 2Z8EA 3HO7A 4DCYA 3T66A 2XXIA 2AL5A 5H8HB 1MXXA 1VE4A 5KCJB 1TT1A 2V3QA 2UVIA 2OBGA 4QFOA 1MPCA 3K6UA 1UTHB 2AL4A 2THIA 5CI5A 1OIBA 2R6GE 4GVOA 3U93A 3SKPA 2UVHA 3QYTA 2Y7RA 4O3AA 3TMGA 1LLSA 2H9BA 1DOTA 3FXQA 1GVCA 2ZYMA 1A54A 1B52A 4EXLA 4RK9A 4MBPA 2V84A 1FTLA 3K4UA 3E4RA 3FIRA 3HHFA 3H3GA 2HEUA 1QUKA 4RPOA 2YPNA 1WDNA 5M2VA 1B32A 1N3WA 3H6UA 4F3GA 5CRYA 4ZDMA 4QSDA 2PT2A 2F7BA 3LC8A 3WAFA 4G68B 4ND9A 2ZNSA 4I8CA 4IY5A 5AA2D 3B6TA 3P7IA 3VXBA 3KN7A 4WEDA 4H65A 4OTEA 1IEJA 3B6QA 1JVXA 1FTJA 1FQBA 3H4ZA 1XHYA 2G29A 3CRBA 1MH3A 5A5XA 3T22A 1GV8A 1TWYA 1BKAA 5FTIA 1MXYA 2DQVA 4PE5B 3ILUB 1I69A 4GLIA 1B1HA 3K02A 2GHBA 1LCFA 2Q89A 1QW0A 5I56A 2H5YA 1GR2A 1B9JA 3Q25A 3M8UA 2DE2A 1CB6A 4N6PA 2HXWA 2ABHA 3S2VA 4JXIA 4FIMA 1NMUA 1IIWA 4P0IA 4RA1A 4NF4B 2NOOA 4YB5A 1MPBA 4IO7A 2DSFA 5CMBA 1GGGA 1MQGA 5TPAA 1XT8A 3KN3A 4GWOA 1B6HA 1BP5A 3TCFA 2XXQA 3OD7A 1D4NA 4KCDA 1MXVA 2P2AA 4BDLA 1DTGA 1URSA 1US5A 3T9UA 1LFHA 1JNFA 3IK6B 1B4HA 5FHNA 3OENA 5H8NA 3WAEA 4NF8B 1Z7NE 2V3UA 3SEXA 5I57A 1NNFA 1OVBA 2XX7A 4O3CA 4IO6A 4KYEA 3C34A 1B7UA 1SYIA 5I2KA 4F1YA 3W9VA 3HSTA 3N6UA 1FQAA 3CSGA 4E0WA 1XVYA 4DE8A 4R6HA 2Q8JA 3LBSA 3FXRA 1MQJA 1Y4CA 1BTJA 4JWXA 5AA4B 3PD9A 3GBBA 5TP9A 3VXCA 1LAXA 4YAHX 3HV1A 4G77A 4M4GA 3B7DA 5B7DA 5I2NA 4ZECA 4MLVA 4NF5B 5EHSA 3UA8A 1SI0A 2IA4A 3ZSFA 2I4CA 4E0XA 1URDA 4NEDA 2REJA 3LUYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4U4SA 3RY3A 1JEVA 3G3IA 5AA1A 1LBYA 3S9NC 4IGTA 3A3CA 1YTVA 1MXWA 4QSEA 3LSFB 1B51A 1FTOA 1NNPA 3U8QA 1QJMA 3MP1A 5I58B 1FBFA 3MZBA 1BK4A 4QBAA 1N3XA 1FBPA 2A5SA 4GWZA 4JWYA 3PUVE 3VLVA 4TLLB 1QGXA 4ZZEA 3VVDA 1Y4TA 3HCQA 3TELA 2XWKA 3N94A 1B0LA 1NL5A 4OANA 3TKDA 2I58A 4YMBA 1XS5A 5IZ3B 3KJ7A 2VP1A 3RN8A 2I49A 5EYHA 4FEDA 1FPLA 1QULA 4G8MA 1MXZA 1MY0A 1UIUA 1M5DA 3UP9A 3LV0A 1NKXA 4C1TA 2Q88A 4QHQA 3U65A 3S9EA 4N6DA 4ELRA 3MSTA 5DEXB 1SW4A 1EU8A 1MPDA 3N26A 1WVJA 3VVEA 3TPAA 1FQDA 1MQIA 2XXHA 1B05A 2P1SA 2XX9A 1PBPA 3PMVA 1II5A 2KQZA 3C35A 2F7AA 2WBBA 3W9WA 4FJPA 3O6IA 1ANFA 4N07A 1XC1A 3FV2A 3AXFA 2OJTA 1IMCA 1PB7A 1NUXA 4NF6B 1ZIUA 4P3LA 3OEKA 4MFIA 2QPQA 1L5TA 2B3FA 1VSOA 3FXUA 3HN0A 4R74A 3BFUA 3G7WA 1A55A 4X9TA 5IKBA 3KSXA 3K00A 2M8CA 5JTYA 4U23A 2R71A 5DW8A 2ESNA 4QFPA 1FBEA 4P11A 4PDDA 4R2BA 2NWJA 5IM2A 3PPRA 1AH5A 5H8FB 4UACA 2XXYA 2RC8A 3A3UA 3VE1B 2QJEA 2D5WA 5HM4B 2Q2CA 3H7MA 3ZS6A 3TDJA 3K6WA 4YKPA 4OYVA 2ONRA 2W7YA 4P9KA 1GTKA 1Y3QA 2O84X 3VV5A 4Q30B 4M1VA 4PCDA 2CZIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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