1NNT | Genus

Total Genus 97

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	97
sequence length	328
structure length	328
Chain Sequence	SVIRWCTISSPEEKKCNNLRDLTQQERISLTCVQKATYLDCIKAIANNEADAISLDGGQAFEAGLAPYKLKPIAAEVYEHTEGSTTSYYAVAVVKKGTEFTVNDLQGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLLHRGAIEWEGIESGSVEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDPKTKCARNAPYSGYSGAFHCLKDGKGDVAFVKHTTVNENAPDQKDEYELLCLDGSRQPVDNYKTCNWARVAAHAVVARDDNKVEDIWSFLSKAQSDFGVDTKSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPSLMDSQLYLGFEYYSAIQSMR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__320931663522869__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__320931663522869__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1NNT/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__320931663522869__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"320931663522869","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1NNT/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__320931663522869__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Iron transport protein
source organism	Gallus gallus
publication title	Structural evidence for a pH-sensitive dilysine trigger in the hen ovotransferrin N-lobe: implications for transferrin iron release. pubmed doi rcsb
molecule keywords	OVOTRANSFERRIN
total genus	97
structure length	328
sequence length	328
ec nomenclature
pdb deposition date	1993-09-15

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	1nntA01
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	1nntA02

3K2DA 4ELOA 2QS3A 4PQJA 1UIVA 3IR1A 1I6AA 3DP8A 1QKAA 4H8IA 4RK9A 3S9MC 3UK4A 1A40A 3RLFE 3CRBA 1OQGA 5I58B 2DWIA 4LONB 1LBCA 4R6HA 4P11A 3CFXA 5FHNA 4OYVA 2IA4A 4BDOA 3UP9A 3TKDA 3VLWA 4FAJA 4QFLA 3OENA 1P1UA 4KD5A 3RY3A 4EQ7A 4JXIA 3E4RA 3PU5A 4KI0E 3D4GA 4QSEA 2ZYKA 5HBCA 2PYYA 1LGBC 3K4UA 3G3KA 4XKNA 3MW0A 4DDDA 3FATA 3I5OA 1TFDA 2I4BA 4O3CA 2XXTA 3IOTA 4OZ9A 3N94A 3TEPA 3V83A 4F3SA 2REGA 4GXAA 1SW5A 1NH7A 4TOZA 3Q28A 3VXCA 2DE2A 4UA8A 5CMMA 1I6BA 3PPOA 2O69A 1LFGA 5B70A 1ZMGA 2VP1A 1WVJA 5FTIA 2HZLA 1B05A 4G8MA 3SEVA 2F36A 1F9BA 5AA4A 1MQHA 4JSOA 3R7XA 3VVFA 1SI1A 3KN3A 5DYHA 2F8DA 2Q2AA 5B7DA 3QSLA 4OEVA 2QRYA 3SESA 3H6VA 3K6WA 3MVXA 4QHQA 1CE2A 5DVFA 3KN7A 3VE1B 3OSRA 4BDLA 2DVZA 5JEIA 1FTKA 4XXUA 3MZ1A 4YKIA 3U1OA 5L9OA 4F3BA 3ODBA 4UACA 4YMBA 5JTYB 2XD3A 1J1NA 2M8CA 3O66A 1SVXB 3FVKA 3KSJA 1Y20A 4U4SA 2YJPA 5I56A 3SERA 3P7IA 2DE4A 3PUVE 1MY0A 2HAVA 1ZJLA 1LAFE 3FXUA 4QF9A 3G3HA 1OLAA 3UGWA 3QXMA 2H9BA 4RPNA 1LAHE 4PETA 2Y7RA 4LZ8A 4H65A 4EXLA 2H4IA 3T9HB 2RF1A 4OTEA 3O6HA 1AH5A 1US4A 5L9SA 2NXOA 2UXAA 1DOTA 1D9YA 3U93A 1PEBA 4N07A 2DWAA 2G29A 5I56B 4DE8A 2OK2A 1ZKBA 4YICA 1D9VA 2XXXA 1MPBA 4FORA 3K1MA 3TTRA 1DTZA 4XTCQ 4EQBA 1OVTA 3FJMA 3IO6A 3RT6B 3C31A 2ZNSA 4THIA 4ELRA 3JV9A 1HSJA 4C1UA 4GL0A 3CFZA 4QSCA 2OZZA 4ZECA 1B51A 3U72A 4LZ5A 4POXA 4N13A 4KQPA 2P2AA 5K2XA 5ELVA 3O9PA 3GBAA 3MVYA 3MP1A 4ESWA 3M8UA 1MQDA 2YPNA 3DELB 4NF8B 4G8HA 4GD5A 2QPQA 2THIA 3LSXA 3H03A 4U4XA 2Y7IA 3LSWA 4ND9A 3C35A 1A99A 3OELA 1FTMA 3ZKKA 1NFTA 2I0CA 4JSDA 5ICQA 5A5XB 1B9JA 2ONRA 2AL5A 2D21A 5FTHA 2A5TA 4MLQA 3FV1A 4KPTA 4AB5A 1Z7NE 4XKPA 1SDXA 2ZYOA 4I62A 1QULA 4YZZA 1NMUA 3N6TA 1QVSA 5CRYA 3LUYA 1A8FA 2V3TA 2QS4A 2H99A 2W7YA 1USYH 1B3GA 1Y9UA 3GZGA 2GHAA 2V3QA 1JW5A 3C32A 3RN8A 2A5SA 3CG1A 3W15C 5HPQA 4G2ZA 4EF2A 4H6DA 1SW2A 3I3VA 1Y4CA 3K6XA 1LFHA 4GFRA 2ESNA 5M2VA 1LB8A 5KDTA 2B3BA 1M5FA 3V8XB 3H6WA 1MQIA 1ANFA 1POTA 1EH3A 2V25A 1DPEA 4U1ZA 3FVNA 4R2FA 4YKJA 4E0WA 4EF1A 2FYIA 1B5JA 3A3UA 2RCAA 2PMSA 4FEDA 4L17A 1WODA 5CC2A 4U23A 3H7MA 2RC7A 1Y1MA 1IITA 3USDA 3FJGA 3FXQA 3U92A 3CIJA 3SEYA 4BDQA 1P99A 1M5CA 1PB8A 1JW4A 1URGA 2B65A 1II5A 4GOTA 4C1TA 3I6VA 4F19A 4F18A 5I59B 1IXCA 4H67A 2F6PA 5H8FA 3FGSA 3M3FA 4LP2B 2XXWA 1M5EA 1FTOA 1GV8A 2UVJA 2VD2A 1MY4A 1QW0A 3TTMA 4H5GA 4ZS9A 2XXQA 4JWXA 4YB5A 4GXSB 3H4ZA 3FJ7A 3O97A 4ZE8A 1MH4A 2F35A 4MH5A 1O64A 1QUKA 2R71A 4HS7A 1P1QA 3MP6A 2UYFA 5KCJB 1IXGA 3B6QA 2Q88A 5I2NB 2Q8JA 2I4CA 4MLVA 1MH3A 2AYSA 5H8FB 1FQBA 2GRVA 3G3GA 1UTHB 1SD3A 4BDMA 4EUOA 3TDJA 4R2BA 3ZKLA 1MDP1 2XXVA 3RQTA 2E0SA 3MP8A 3CFLA 1PB9A 1FW0A 2XXHA 4OQOA 2O68A 2D3IA 2XHDA 3PGFA 3C4MA 4BDNA 3A09A 4G68B 1MXUA 5CMKA 1JEVA 4ECFA 4QFKA 5ISUA 2NVUB 4F2OA 4OWDA 3B7DA 4F1UA 1UIUA 5JK4A 3FVOA 2H98A 5ITOA 2VHAA 3T9UA 3UN6A 4O3AA 3MZBA 1P1WA 3S9LC 1MRPA 5DVJA 3T96B 5LOMA 3TODA 3HHGA 3KOTA 2RCBA 1OVBA 3RNNA 1MPDA 4NF4B 2DE3A 2Z8FA 3EQ1A 3HO7A 1MG1A 5JTYA 3K00A 1NNKA 4M4GA 2RC8A 3K02A 4Q0CA 1QJMA 3K01A 4U22A 4DLDA 3OO8A 4YU0A 4R74A 2CMOA 3O29A 1T0KA 4P0IA 2Y7KA 3G7WA 4F2QA 3LR1A 1JVXA 1B7ZA 1BKAA 1MY3A 3OEKA 4ONYA 4ZEDA 3TPAA 2O84X 4NWCA 3TTLA 1B1XA 5HM4B 1N84A 1H44A 4YKKA 3TELA 1R1NA 2DXYA 2XXIA 1D4NA 2Q9TA 3PMXA 5AE4A 2V93A 4FATA 3OO7A 3OXNA 4NEDA 3TQWA 2UVGA 1D3KA 4AQ4A 3F11A 1O7TA 1VFEA 4ZZAA 2R6GE 4R72A 2DQVA 2O1MA 4KFQA 4OVJA 1PBQA 3K6UA 1XVYA 1URDA 5H8NA 4N6PA 5CM6A 2RINA 1N7WA 2QS2A 3PV0E 3V5AA 3CR9A 1SI0A 1NL5A 5BUUA 4OXVA 4R9FA 3TTNA 2FA7A 4I1DA 2V3UA 3VDFA 3EHSA 3PUXE 2X7QA 3EPEA 4OFJA 1B0LA 3H3GA 3PUWE 2XXRA 5DTBA 3U94A 2XX7A 5TP9B 2NUVA 3Q25A 4IB2A 3UA8A 2PVUA 3RPWA 4EXKA 5I84A 3GLBA 2ZMBA 2G93A 1ELJA 5CI5A 4RNSA 2I48A 4YB6A 3KN8A 4DXCA 2HFBA 2OCUA 3PD9A 3SEXA 2ZYMA 2OBGA 5H8NB 1N7XA 2QL3A 2Q2CA 4QFOA 3FASA 3LC8A 3GXAA 2DS9A 2ALUA 3L6HA 4NF8A 1FQDA 3BKIB 4DXUA 1R9QA 1NNTA 4OMBA 4ZE9A 1ZLQA 1FQCA 4QFNA 1SYIA 1R9LA 3DLNA 4F1YA 4X1DA 3LSLA 3ILUB 2D5WA 2I3VA 4OETA 4XKQA 1B3HA 3BBRA 2Y7PA 2LAOA 5CBSA 1YAEA 3KSXA 5A5XA 4XKRA 1I6QA 4OEUA 1BTJA 1MY2A 2OLBA 4XIGQ 2VGQA 3FVGA 1JETA 3ILTB 4IO3A 4F29A 2E1SA 1OQHA 1B7UA 1QKBA 3T9XB 1NNFA 1TFAA 4G4PA 3O28A 3Q26A 5EHSA 4GWOA 1IZ1A 3IOVA 3VFJA 4IO6A 4DCYA 4YAHX 3H6UA 4OERA 3UORA 1B4ZA 4WEPA 5H8QB 1IIWA 1ATGA 2ONSA 4U1OA 1MQJA 1JW1A 3RUMA 4RPOA 3KEIA 2HXWA 5K2YA 3EF7A 1JVYA 5I2KA 3EN3A 2CZLA 2YLNA 3Q29A 3BFUA 2Y7WA 5TPAB 4FEBA 1MXVA 3OEMA 3RTWB 4LQ2A 3N5LA 1YTVA 4ELPA 4LQ5A 4IO7A 3CI8A 3DM0A 2R9JA 3OMBA 3E3KA 4GRKA 4IGTA 2UVHA 4G8NA 2ZXTA 3OO6A 3N6UA 1PBPA 3FUZA 3HCQA 1LAGE 1B58A 4OFOA 3IORA 3DP4A 3PUZE 2UYEA 4QSDA 3O2AA 1GR2A 1N04A 1OMPA 3E9XA 2O1LA 1HSEA 1DMBA 1XS5A 1N0TA 1KWHA 4BLAA 5I2KB 4LZ7A 3W9VA 5I59A 3R6UA 3QUFA 1B32A 1NH8A 3OD7A 1DPPA 3K0VA 5DEXB 4TQUQ 1USYE 2F7AA 1B4HA 4X9TA 1M5BA 3MC2A 2QMXA 4P0GA 1FQAA 3QAXA 1PC3A 3C36A 4QRZA 1CB6A 4LATA 4IY6A 1IUDA 3MWBA 1RYXA 3T22A 3DP6A 5I57B 4F39A 4H1XA 1ZTYA 3SEWA 4MF3A 3G3FA 4DZ1A 3PPNA 1RKMA 5KCJA 4LUBA 5I2NA 4KYEA 4NWDA 1YPNA 3RT8A 4ESXA 1SBPA 1UTHA 3QYTA 1IQ7A 5L8DA 3IB2A 4YMAA 3EHUA 5KZTA 2DSFA 4R6YA 2ANJA 1EZPA 4PFUA 3FZVA 5FHMA 2F78A 3TCHA 2BJJX 3TMGA 3T93B 3LSFB 5CMBA 1H76A 1FTLA 3SKPA 1DTGA 1N3WA 4G68A 2REJA 3VVEA 2DYXA 1ZU0A 1IXHA 2AIXA 4I8CA 2NOOA 5FHOA 3ZSFA 4X48A 3O6GA 4Z7EA 2XX9A 4HW8A 3C9HA 3CSBA 1JNFA 2XXPA 3KG2A 4U2RA 4NF5A 1VE4A 4OENA 3VXBA 3WAFA 4FIMA 1WDNA 1OIBA 3ONMA 4IO5A 4NF6B 4OESA 3HSTA 3C34A 3G3IA 2HEUA 1GTKA 3HPIA 3K1NA 4NF4A 3JZJA 4F3PA 3MPKA 1SQYA 3MQ9A 3PUYE 5H8HB 3VVDA 1P1OA 1FCKA 3OOAA 1MY1A 4JB7A 2ABHA 3N26A 3TZAA 4TLMB 1FTJA 1TWYA 3WAEA 4KCCA 4O3BA 1MXZA 4F31B 2HZKA 1AIVA 4NF5B 3VLVA 4GVOA 1OLCA 3C33A 1XHYA 1IXIA 5EHMA 2F97A 4R9GA 1DSNA 1Z7ME 3SEUA 1B6HA 4GIZA 1I69A 4HCWA 1HSLA 3S9NC 4DXBA 2X26A 2KLFA 3TYHA 4POWA 4G68C 4Z0IA 1N3XA 1FQFA 1AMFA 1B1HA 4R75A 4YB7A 1MM6A 1PDAA 3MVZA 4ZEIA 5AA3A 2O7IA 2ZNTA 3IL1B 1MDQA 2V84A 3U8QA 1POY1 1QUJA 4U21A 3PMWA 2O6AA 1ZIUA 5ICTA 3TQLA 1MXWA 1BIYA 3KBRA 4OFLA 5TU0A 2Y84A 1LSTA 2DWHA 4PFWA 1LCFA 3IOUA 2X7PA 1A7LA 4GQOA 1UTBA 1LFIA 4KCDA 3MZ9A 1S7YA 5F7VA 2OJTA 3FD3A 1SW4A 2HAUA 3RTFB 3RGYA 4H0WA 3PPPA 3D4CA 4RJZA 4GLIA 4JBZA 5DT6A 1A8EA 5TP9A 4PFYA 5DVIA 1B5IA 2I6EA 3GBBA 1S50A 2FNCA 3TCGA 5L9MA 4X1BA 2I58A 1B46A 1BP5A 3B6TA 4GF8A 2Q89A 1H3DA 1A54A 4RK2A 1M5DA 1XC1A 2I0BA 3IX1A 1O63A 3IO4A 5AA4B 2PX1A 2ZYNA 2B3FA 3E13X 4RA1A 4FJPA 1UTBB 1LBBA 2GH9A 4K3FA 2RC9A 1Y1ZA 2ONKE 2F34A 4DCXA 4EQ9A 3SETA 2OWTA 3KOSA 1MQGA 1UQWA 2PT1A 3B6WA 2Z8DA 4F1VA 4H5FA 4RXLA 3QIMA 2F7CA 4KHZE 3IK6B 4ZEFA 1QUIA 3IJOB 3FV2A 3MAMA 3CVGA 4HTGA 1JEUA 5AA2A 3QK6A 3FIRA 1B7HA 1VSOA 3BFTA 4WXJA 3CSGA 1NNPA 3W9WA 3MPLA 3K6VA 1B40A 1VFDA 1GVCA 3FXRA 4PE5B 1MS7A 4ISUA 5EYFA 5H8QA 3T9VA 1B5HA 3MVWA 2WKYA 1LCTA 1MXYA 4JWYA 1Y3PA 4FECA 2F6GA 4F22A 3PPQA 1Y3QA 3KGCA 3G3JA 2ZNUA 1B2HA 2PBWA 5TPAA 4KYSA 4I9DA 2UVIA 2F7BA 5AA2B 1B3LA 3S9EA 5ITPA 1PB7A 1SYHA 3QUJA 4OHNA 1P1NA 3KJ7A 3SDFA 1SW1A 2DVCA 3TUSA 3CG3A 2XXYA 1XT8A 1BLFA 2AL4A 1LB9A 1AOVA 4ZEBA 3HHFA 2O7UA 2NWJA 4ZZEA 3IB0A 1Y3NA 2QS1A 4QFPA 1MXXA 2DOJA 2XD2A 3IAZA 2IEEA 4JWOA 2HCAA 3IOWA 3PD8A 1AL3A 3Q27A 3S4UA 1NKXA 4F3GA 3OSQA 3M3KA 4R73A 4NMYA 3IJXB 3LBSA 4H8JA 4ELQA 4LA9A 5DEXA 4MFIA 2H5YA 2P1SA 1EU8A 5IAIA 1URSA 4KYDA 3R26A 5J1DA 4FE8A 2QSXA 1L5TA 4EDPA 3EHTA 4ZDMA 2VOZA 5I57A 3TTKA 4RY1A 1B3EA 3MJNA 3JYRA 1Q35A 1GGGA 3K1PA 1Q1KA 3MUQA 2I49A 3MBPA 2Z8EA 4JDFA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3K2D A;  4ELO A;  2QS3 A;  4PQJ A;  1UIV A;  3IR1 A;  1I6A A;  3DP8 A;  1QKA A;  4H8I A;  4RK9 A;  3S9M C;  3UK4 A;  1A40 A;  3RLF E;  3CRB A;  1OQG A;  5I58 B;  2DWI A;  4LON B;  1LBC A;  4R6H A;  4P11 A;  3CFX A;  5FHN A;  4OYV A;  2IA4 A;  4BDO A;  3UP9 A;  3TKD A;  3VLW A;  4FAJ A;  4QFL A;  3OEN A;  1P1U A;  4KD5 A;  3RY3 A;  4EQ7 A;  4JXI A;  3E4R A;  3PU5 A;  4KI0 E;  3D4G A;  4QSE A;  2ZYK A;  5HBC A;  2PYY A;  1LGB C;  3K4U A;  3G3K A;  4XKN A;  3MW0 A;  4DDD A;  3FAT A;  3I5O A;  1TFD A;  2I4B A;  4O3C A;  2XXT A;  3IOT A;  4OZ9 A;  3N94 A;  3TEP A;  3V83 A;  4F3S A;  2REG A;  4GXA A;  1SW5 A;  1NH7 A;  4TOZ A;  3Q28 A;  3VXC A;  2DE2 A;  4UA8 A;  5CMM A;  1I6B A;  3PPO A;  2O69 A;  1LFG A;  5B70 A;  1ZMG A;  2VP1 A;  1WVJ A;  5FTI A;  2HZL A;  1B05 A;  4G8M A;  3SEV A;  2F36 A;  1F9B A;  5AA4 A;  1MQH A;  4JSO A;  3R7X A;  3VVF A;  1SI1 A;  3KN3 A;  5DYH A;  2F8D A;  2Q2A A;  5B7D A;  3QSL A;  4OEV A;  2QRY A;  3SES A;  3H6V A;  3K6W A;  3MVX A;  4QHQ A;  1CE2 A;  5DVF A;  3KN7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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