1OQGA

Crystal structure of the d63e mutant of the n-lobe human transferrin
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLEAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and functional consequences of binding site mutations in transferrin: crystal structures of the Asp63Glu and Arg124Ala mutants of the N-lobe of human transferrin
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serotransferrin
molecule tags Transport protein
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1oqgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1oqgA02
3G3IA 4XKRA 4NEDA 1EZ9A 1GTKA 3FXUA 3THIA 2RINA 3M3LA 2XXVA 2V3QA 4QFNA 3TAJA 5H8FB 3T9VA 2PBWA 1JVXA 2ZYMA 4HCYA 1ZJLA 4TOZA 3EPEA 3CFXA 1USYH 2V84A 2FNCA 2CZLA 3PU5A 3MVWA 3CSBA 4O3AA 4GXSB 2A5SA 4ZEDA 2UYFA 3VLVA 1BKAA 3K6VA 3CRBA 1JEVA 3QIMA 2HXWA 4AQ4A 1A55A 5ITPA 4U4XA 1SW2A 4YU0A 2ABHA 1PDAA 4KPTA 2PYYA 4WXJA 3SDFA 2B65A 2Z8FA 5H8HA 1NH8A 3SERA 1B5JA 2GHBA 1MPCA 4FE8A 3ONMA 2Z22A 4IY5A 1B05A 4AB6A 4MF3A 5CMMA 5AE4A 1B40A 4R6HA 1BTJA 1Z7ME 4GOTA 4KYEA 4PFUA 2XX8A 4H67A 1XS5A 4OWDA 3W9VA 1SW5A 3W15C 5EHSA 1M5FA 3RY3A 4OVJA 3PGFA 3TTLA 3VVFA 3LBSA 2Q8JA 2XX7A 5DVIA 3H6UA 1QJMA 2QPQA 1VFDA 3FJ7A 4MFIA 4ZZEA 3MPKA 1B3FA 4H6DA 1LFIA 1AL3A 1MDP1 3MVYA 1TFDA 3MBPA 4G8HA 5CMCA 3M8UA 3UN6A 2ALUA 3K02A 4G68B 4F29A 1JW5A 1Q1KA 3PUWE 3JV9A 4ELOA 3S9LC 5ITOA 1L5TA 4G8MA 1UTHB 1LSTA 2H9BA 4ZDMA 4NF6A 5B70A 3SETA 2F7BA 4F3SA 4WKMA 1MY3A 4NWDA 3TEPA 1IIWA 3IR1A 3C36A 4MLVA 4R75A 3MC2A 3CG1A 3M3FA 3TFLA 2Y7PA 3HN0A 1H44A 4RY1A 3IOUA 1QKBA 3RGYA 2O69A 4IGRA 4GFRA 3UIFA 3VXCA 4OZ9A 1RYOA 3MJNA 3I3VA 3LSLA 3U93A 1D9VA 4FECA 1B0HA 2X7PA 5L9OA 2P0SA 1YTVA 5J1DA 3H6VA 4LZ5A 3TYHA 1POY1 5AA2A 1XHYA 2V93A 3S9NC 2NXOA 2RC7A 1ATGA 1XT8A 1O64A 5KDTB 3L6GA 3E13X 4JWXA 3EHUA 3KN3A 5DYHA 3KGCA 5HPQA 4Q0CA 3TODA 3IO4A 1SQYA 3R26A 3OD7A 4H8JA 2I58A 3RQTA 4F3BA 3PUVE 4BDLA 2DE2A 2NUVA 3A3UA 3SEUA 4BDOA 4AB5A 5ELVA 4ZE9A 4F39A 1I6AA 5I58A 4FIMA 5H8NA 3VE1B 2ZXTA 5K2XA 4GD5A 1OLAA 1A8FA 4U1OA 5JTYB 1B3LA 2NWJA 2DE4A 4PETA 3QUFA 1AIVA 4NTLA 4O3CA 4UA8A 3CFLA 1UTBB 1R9LA 4MLQA 4YKKA 4NF4A 4U23A 1N0TA 3FVNA 2H25A 4OERA 3RLFE 3MAMA 3MZ9A 1GGGA 3TTKA 1B46A 4IY6A 4HCWA 5CRYA 3KSJA 5TU0A 3E4RA 1H45A 1LB9A 4F1UA 3TTRA 1GVCA 2RF1A 1VE4A 2WKYA 4P0GA 1NKXA 3FV2A 4P11A 5EHMA 1JNFA 2F7CA 4R6KA 1P1UA 3F11A 2F5XA 1B6HA 3KG2A 4WEPA 2DWHA 2F34A 2NVUB 3B6TA 1PBPA 3KOTA 4KQPA 2QS2A 4GQOA 5DEXB 4DIGA 4R74A 4H65A 1A99A 2F6PA 4X48A 4C1TA 3BBRA 4YKJA 1T0KA 4RPNA 3BFTA 3E3KA 4BDMA 4BLAA 5JEIA 4N07A 5A5XB 4DXCA 4EXLA 3T9UA 1B5IA 2DWIA 2XXQA 1LAXA 1SYHA 4NF5A 1SI0A 3MW0A 2X7QA 4U22A 2GH9A 5TPAA 2FA7A 3G7WA 4F2QA 1OQHA 3TMGA 3BKIB 1UIVA 2D21A 4OETA 4QFKA 3FD3A 1QVSA 2OJTA 1B3HA 4F1YA 3PD8A 1ZBMA 5I2KA 4RJZA 1ZIUA 3TCHA 1TXFA 4NF8B 2M8CA 3N94A 2THIA 3RT6B 1LGBC 3S9MC 3OO9A 3ODBA 2V3UA 3CVGA 1URDA 4Q30B 4KYDA 4XTCQ 5ICQA 2VGQA 3HO7A 4YZZA 5I56B 2OZZA 3TZAA 1A54A 4F18A 5I59B 5I57B 3P7IA 1N84A 3K6UA 1S9TA 5CI5A 1M5EA 1SVXB 1MY1A 4JXIA 3ZS6A 5BUUA 3UORA 1N7WA 1M5CA 3LSXA 1I69A 1LFGA 3IJXB 3GBBA 2VD2A 4GXAA 3IK6B 3EF7A 3WAEA 1US5A 4G77A 1MM7A 3O9PA 2DS9A 3K4UA 2X26A 2O7UA 3CIJA 4JSOA 4LATA 1D3KA 2XX9A 1M5BA 3OOAA 4RA1A 1WVJA 2HZKA 4PQJA 3T96B 4PFWA 2RCAA 4JWOA 1MPDA 2HEUA 2ZNSA 1LBCA 3BFUA 4LUBA 5CBRA 2UXAA 1CB6A 3QK6A 1CE2A 1GV8A 4Q8RA 3R7XA 4U4SA 5H8QB 1B4ZA 4FORA 5H8HB 5IAIA 5IKBA 1MM6A 4GVOA 4OFJA 4MH5A 4QSCA 1DSNA 3RUMA 2I0BA 1B1HA 1MXVA 2F7AA 2HFBA 1LBBA 2GHAA 4OXVA 5L8DA 1WODA 3SESA 1MG1A 2DOJA 1MY4A 3EQ1A 4EUOA 1Q35A 3VVDA 3DM0A 3RN8A 4ZZAA 4JSDA 3T9HB 2D5WA 1DPPA 4I9DA 4QF9A 4FATA 4QFOA 3QXMA 3O6IA 1QUJA 3IO6A 1TT1A 3SEVA 1P1OA 3C32A 1ANFA 5CBSA 2Y7WA 5L9SA 1N7XA 2DVCA 2QJEA 3G3JA 3HHGA 3KEIA 2I3WA 2DXRA 3B6WA 4ZEFA 3K1PA 3KZGA 3T66A 1MPBA 1MQIA 1B51A 1R6ZA 3H6TA 4L17A 3IAZA 4OQOA 1NNFA 3MP8A 3GXAA 4PP0A 1Y9UA 1N76A 4PFYA 1FW0A 4EQ7A 3RT8A 3IJOB 2REGA 1QUKA 2F36A 1B7UA 4XKNA 3LC8A 2NOOA 4N13A 4F3GA 1QULA 5EYFA 1JW1A 3QAXA 4ESXA 1USYE 3W9WA 4NF6B 3LSFB 4PE5B 4F31B 4TLLB 4EF2A 4G2ZA 2HCAA 4IO6A 3C31A 4ZS9A 1MXZA 4BDQA 5FHMA 1UIUA 4QRZA 2QL3A 3QSLA 3OO7A 1NL5A 3SEYA 3H7MA 4JBZA 3FIRA 3D4CA 2A5TB 2QMWA 1JETA 1ZTYA 2ONRA 1Y1ZA 4LQ5A 3KSXA 3IL1B 2I0CA 2VP1A 2I49A 2HAUA 1N3WA 2R6GE 5CMBA 3A09A 1URGA 3C35A 2B3FA 4F3PA 5DTBA 5ISUA 2V3TA 5AA2D 1VFEA 1ZLQA 1Y3QA 3HHFA 2DWAA 1DTGA 1RKMA 1Y3NA 2G29A 3MP1A 1FQEA 1QUIA 2R71A 2IA4A 3ILTB 2O84X 3IOWA 3FGSA 1IXGA 2QS1A 5M2VA 3RTFB 4I1DA 4DXUA 4JB7A 3OO6A 3FASA 3V5AA 3MZBA 3O2AA 3OEKA 4RK9A 3UK4A 4LVQA 1Y4CA 3TTNA 4H1XA 4OFLA 4NE4A 3VDFA 3I6VA 1P1QA 3FXQA 3K1MA 4KCCA 2LAOA 1LLSA 1LFHA 5I58B 1RYXA 2XXWA 5H8NB 3FZVA 2VD3A 2XXXA 3FVKA 3KN7A 4YKPA 4YMAA 5I84A 3OELA 2QSXA 3C33A 1IITA 4IO5A 1NH7A 3PPOA 4NF4B 1AOVA 2PVUA 1H43A 3ECRA 1M5DA 4F2OA 4EQ9A 5I2NB 3Q26A 2ZYNA 5L9MA 1TWYA 3MPLA 5TP9A 1MS7A 3T93B 4ZECA 4JDFA 2RC9A 4DXBA 3TELA 3VVEA 2RC8A 4XKPA 2GFEA 2P2AA 1FQDA 3FVGA 2F97A 3PPNA 3Q25A 3R6UA 2F35A 1B1XA 4DCXA 1XC1A 2Y7KA 3UA8A 3EN3A 1PB8A 1OVBA 4FJPA 1IXIA 5DT6A 2CMOA 5LOMA 5DVFA 1EU8A 4ECFA 4Z7EA 3IB1A 2R9JA 4LONB 3RNNA 1B9JA 1ELJA 3KFMA 1H3DA 1FQAA 1XVYA 1FTLA 2E1SA 2HQ0A 1EZPA 3IB2A 4NF5B 1J1NA 3T22A 1FTOA 4POWA 4KR5A 5TPAB 3OXNA 1ZMGA 1HSLA 3V83A 1AH5A 3HV1A 3CSGA 3KJTA 4GWOA 4R9FA 3LSWA 4R2BA 3DLNA 5F7VA 4G8NA 3FUZA 3ZKKA 4O3BA 5I2KB 1MRPA 2DVZA 4H5FA 1BLFA 1TFAA 3A3CA 4OMBA 1A8EA 4RYAA 2OWTA 4I8CA 4YB6A 4LA9A 2PMSA 3PD9A 4U1ZA 2UVJA 3PV0E 3QUJA 4OEUA 1HSEA 3ILUB 4IB2A 4IO2A 1XOCA 1FQFA 1LCFA 1Y20A 1P1NA 4F22A 3Q29A 4DCYA 2YPNA 3O28A 1HSJA 5H8SA 4Q5TA 4ONYA 4EXKA 1PB9A 5KCJB 2O68A 4G68C 4R72A 3UGWA 2H98A 1BIYA 5AA4A 2Q89A 4GRKA 1MH3A 4THIA 1URSA 2QRYA 3G3GA 4YICA 3IORA 3N6TA 2O1MA 1OQGA 3PUXE 4R2FA 5CM6A 3SEWA 2I4BA 4XKQA 3PUYE 5CMKA 4IO7A 3EHSA 1YCJA 3FV1A 3PPQA 5JK4A 1OMPA 3TDJA 3DP4A 3QYTA 1IUDA 3KOSA 3LUYA 1LAGE 3O6HA 3K0VA 4I62A 1B5HA 3KBRA 5AA1A 4C1UA 3TKDA 1R1NA 3MVZA 3E9XA 2Z8EA 1JVYA 2RKMA 1IEJA 4DE8A 1ZKBA 4FEDA 3I5OA 4Z0IA 1OLCA 4PFTA 3TCGA 2O6AA 2DE3A 1MQJA 4HTGA 2O1LA 3RTWB 2OLBA 2Y7IA 2REJA 3CFZA 2OCUA 1FTKA 3CI8A 1KWHA 1B58A 4HS7A 5FHOA 1OIBA 1DPEA 5DVJA 4LP2B 2Y84A 5B7DA 4GL8A 1R9QA 3O97A 4IGTA 2XXHA 4LZ7A 2ZNTA 2BJJX 2ANJA 2YLNA 4R6YA 3PPPA 2OWSA 3VXBA 4GF8A 1O7TA 2ZNUA 4OTEA 1B4HA 3PPRA 3USDA 2AL5A 1MXXA 1VSOA 2I3VA 5H8FA 1S50A 1YPNA 1IZ1A 2XD2A 1SD3A 1POTA 4YKIA 3CR9A 5F1QA 5H8QA 3H06B 1MXUA 4K3FA 4DDDA 2DXYA 4FAJA 4QFPA 1YAEA 2UVHA 3TQLA 1Y1MA 4DLDA 1N3XA 4UACA 3GLBA 1N04A 1I6QA 2ONKE 4RXLA 4GLIA 3KN8A 4R9GA 3O29A 1FQBA 1SI1A 3K6WA 1IXCA 4KFQA 3VLUA 4ELRA 1DMBA 2GRVA 1H76A 4ZEBA 3TPAA 2O51A 4QSDA 5CC2A 1B32A 1B2HA 4QSEA 2F6GA 2QS3A 2Q88A 1US4A 2UVIA 1VR5A 1JEUA 2OK2A 4ESWA 3IX1A 4F19A 4RNSA 2UVGA 2I48A 2Z23A 2H4IA 3C9HA 3MP6A 4OESA 3OENA 5KZTA 3WAFA 4H8IA 5HM4B 3PMXA 4TQUQ 2I4CA 4E0XA 2VOZA 4N6PA 3MUQA 2W7YA 3IOTA 2HZLA 3VLWA 3GZGA 4IO3A 5HBCA 3GBAA 5AA2B 2XXRA 4BDNA 4C0RA 3N26A 1P99A 4G68A 3H6WA 4X1BA 3U94A 1NNKA 1QKAA 2UYEA 3O6GA 3DELB 2IEEA 4U2RA 1UTHA 2A5TA 3OSRA 4LQ2A 1AMFA 1MY2A 2XD3A 1SW4A 1SYIA 4KYSA 1LCTA 1MQGA 2ZMBA 2Q9TA 4NWCA 1A40A 3FJMA 4LZ8A 1JW4A 4KI0E 3HPIA 1JQFA 1II5A 5ICTA 4H5GA 2ONSA 3AXFA 4ND9A 2OBGA 1MXYA 1NMUA 3M3KA 4ZEKA 3Q27A 2VHAA 1BP5A 2XXYA 1P1WA 3FXRA 4JWYA 5TP9B 3K1NA 4U21A 2DSFA 2ZYOA 3OO8A 4M4GA 3HSTA 2Z8DA 1B0LA 1EH3A 4YMBA 4F1VA 3B7DA 4OFOA 3U8QA 1NNPA 4FEBA 2Y7RA 1FTMA 3RPWA 1A7LA 2DYXA 4OEVA 4H0WA 3U92A 5KDTA 2AL4A 3OSQA 4RK2A 1MDQA 4ISUA 1I6BA 2PX1A 3N5LA 1B3EA 3K00A 4HW8A 3U1OA 3TTMA 1MQDA 2E0SA 3MWBA 4XIGQ 3H4ZA 4BDRA 3G3HA 2PT2A 1B3GA 1FCKA 2YJPA 4XXUA 3HCQA 4RPOA 1IXHA 2I6EA 3G3KA 2HAVA 5AA3A 2XHDA 3KJ7A 2QMXA 5I2NA 2PT1A 3S2VA 3MZ1A 4X9TA 3TUSA 1NFTA 4WEDA 1B7ZA 1IQ7A 3S4UA 1GR2A 5JTYA 4QHQA 1PBQA 1LAHE 4X1DA 4OHNA 4OYVA 2H99A 2V25A 2FYIA 2D3IA 2AIXA 4GL0A 3SKPA 3O66A 1UTBA 3MVXA 4QFLA 5BWJA 3SEXA 1OVTA 3T9XB 4IO4A 3TCFA 3L6HA 2ZYKA 1LAFE 5FTHA 3FVOA 4OENA 3Q28A 3VFJA 3TQWA 1B52A 1MY0A 4R73A 3OEMA 1DTZA 2DP8A 4YB5A 2Q2AA 4ELQA 2G93A 2P1SA 4ELPA 4M1VA 1SDXA 5FTIA 3C34A 2DQVA 1FTJA 1DOTA 2RCBA 2ESNA 2AYSA 3CG3A 4DZ1A 4POXA 5FHNA 3B6QA 5AA4B 1Y3PA 3EHTA 3H03A 5DEXA 1UQWA 1XVXA 4KHZE 4NMYA 1F9BA 2KLFA 3ZSFA 1B7HA 3DP8A 1FQCA 1ZU0A 2XXPA 1MQHA 3K6XA 3K01A 5A5XA 4KD5A 1PB7A 2DWJA 1Y4TA 3V89B 3G3FA 2F78A 4YB7A 2O7IA 4G4PA 4TLMB 3FATA 3N6UA 1NNTA 1D9YA 4GIZA 3C4MA 4KCDA 1LB8A 1D4NA 2H5YA 5K2YA 3V8XB 2B3BA 3D4GA 3JZJA 1MXWA 1Z7NE 4EF1A 1WDNA 4EQBA 2XXIA 3PMVA 3K2DA 3S9EA 1O63A 2Q2CA 4P0IA 4NF8A 3JYRA 3IB0A 4MBPA 4ZE8A 3LR1A 1QW0A 4YAHX 4EDPA 4E0WA 5KCJA 2XXTA 4ZEIA 3U72A 5I56A 1SW1A 3DP6A 2F8DA 3FJGA 5I59A 5I57A 3H3GA 2QS4A 1PC3A 3OMBA 1EZOA 2XXUA 3PMWA 3MQ9A 1SBPA 1S7YA 3IOVA 3ZKLA 3PUZE 3VV5A 1PEBA 3UP9A 1MH4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G3IA 4XKRA 4NEDA 4P9KA 1EZ9A 1GTKA 4HE0A 3FXUA 3THIA 2RINA 1EYJA 3M3LA 2XXVA 2V3QA 4QFNA 3TAJA 5H8FB 3T9VA 2PBWA 1JVXA 2ZYMA 4HCYA 1ZJLA 1RDXA 4TOZA 3EPEA 1Q9DA 3CFXA 1USYH 2V84A 4PF6A 2FNCA 2CZLA 1NV6A 3PU5A 3MVWA 3CSBA 4O3AA 4GXSB 2A5SA 4ZEDA 2UYFA 3VLVA 3E79A 1BKAA 3K6VA 2HHMA 1XI6A 3CRBA 1JEVA 3QIMA 1FJ6A 2HXWA 4AQ4A 1A55A 5ITPA 2L5VA 4U4XA 1SW2A 4YU0A 2ABHA 1PDAA 4KPTA 2PYYA 4WXJA 1AWBA 3SDFA 2B65A 2Z8FA 5H8HA 1NH8A 3SERA 1YXIA 1B5JA 2GHBA 1MPCA 4IR8A 4FE8A 3ONMA 2Z22A 4IY5A 1B05A 4AB6A 4MF3A 5CMMA 5AE4A 1B40A 4R6HA 1BTJA 1Z7ME 4GOTA 4KYEA 4PFUA 2XX8A 4H67A 1XS5A 4OWDA 3W9VA 1SW5A 2PCRA 3W15C 1NUYA 5EHSA 1M5FA 4N81A 2WYKA 3RY3A 4OVJA 3PGFA 3NOHA 3TTLA 4PDHA 3VVFA 3LBSA 2Q8JA 4JVCA 4NQ8A 2CEXA 1LBVA 2XX7A 4N8GA 5DVIA 3H6UA 1FBFA 1QJMA 4MMPA 4AS4A 2QPQA 1VFDA 3FJ7A 4MFIA 2ZZWA 4ZZEA 3MPKA 1B3FA 4H6DA 1LFIA 1AL3A 1MDP1 3MVYA 1TFDA 3MBPA 4G8HA 5CMCA 4PF8A 1FPKA 3M8UA 3UN6A 2ALUA 3K02A 4G68B 4F29A 1JW5A 1Q1KA 3PUWE 3JV9A 4ELOA 3S9LC 5ITOA 1L5TA 4G8MA 1UTHB 1LSTA 2H9BA 2ZZVA 4ZDMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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