1OVBA

The mechanism of iron uptake by transferrins: the structure of an 18kd nii-domain fragment at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
159
structure length
159
Chain Sequence
SYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGSVEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNAPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The mechanism of iron uptake by transferrins: the structure of an 18 kDa NII-domain fragment from duck ovotransferrin at 2.3 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OVOTRANSFERRIN
molecule tags Iron transport protein
source organism Anas sp.
total genus 39
structure length 159
sequence length 159
ec nomenclature
pdb deposition date 1992-10-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ovbA00
3QYTA 3UP9A 2DQVA 1UTHA 4QFLA 3TEPA 1MPBA 3CSGA 3H6VA 3N6TA 2HAUA 2F34A 1MQGA 1WVJA 5DVFA 4JSDA 1B0LA 4DXUA 1NL5A 4AB5A 3O6HA 2REGA 4PFYA 4DCXA 1UIVA 4U23A 1B05A 4MLQA 3RT8A 1SI0A 1GTKA 2ZYMA 2Q9TA 1UIUA 1GR2A 1JW1A 3H6UA 1MG1A 3C36A 3UK4A 1MH3A 3KN8A 2DE2A 1GVCA 1B51A 3L6HA 3M3LA 5H8HA 2P0SA 5AA1A 1LGBC 3O97A 4FAJA 2D5WA 3S9MC 4P0GA 5A5XB 2IEEA 4IO2A 3PU5A 4QFPA 4RK9A 3I5OA 2VOZA 4JWXA 3G3HA 2X7QA 3OSQA 3IO4A 2H4IA 3DLNA 4NF5B 3VVFA 4WEPA 4FJPA 3SETA 1DOTA 1LAHE 1MPDA 3HCQA 3KOTA 5BUUA 5J1DA 3RTFB 5KZTA 5FTIA 1P1UA 5I56B 4IY5A 4GL8A 1FTOA 4IB2A 1NNKA 4POXA 3IORA 2ZNSA 4N13A 1M5FA 3RQTA 4XKRA 1O7TA 3V83A 4Q8RA 4QSDA 2XHDA 1BTJA 4HS7A 2H5YA 4DZ1A 2I4BA 4OYVA 1FTMA 1JVXA 3MVWA 3IB2A 5DVJA 1YCJA 3ECRA 2DS9A 3BFTA 3EHSA 3PUVE 1TWYA 3FD3A 4OENA 1DSNA 4LATA 2VP1A 1MDP1 1Y1ZA 1H76A 4F3PA 3SDFA 1Q1KA 4PFUA 1IZ1A 4QSEA 4ECFA 4MLVA 4G8NA 1Z7ME 1Q35A 3RPWA 5JTYB 1NH8A 4U22A 4BDQA 3OO7A 4R6KA 5ICTA 2E0SA 1USYE 4P0IA 3RGYA 3N6UA 1MY1A 1P1QA 4OEUA 3IJXB 4N07A 3Q28A 1FW0A 4R75A 1XT8A 4IO7A 1Y1MA 1Y3PA 4R2FA 1R9QA 4RJZA 1QUJA 3R26A 2Y7IA 5I57B 1YTVA 1MY4A 2Q89A 3FATA 4XKNA 2F36A 2YJPA 4ONYA 1FQAA 5AA2D 3S9EA 2Q88A 4G68B 1XOCA 1DMBA 4PFTA 3RN8A 5TPAB 3O66A 4R9FA 3MQ9A 1IIWA 4OQOA 3GXAA 5DYHA 1LAFE 1B58A 1IXGA 1MXWA 1PBQA 2A5SA 1MXVA 3TDJA 1ATGA 2BJJX 2PMSA 4R72A 3C32A 4X1DA 1Y3QA 3K02A 3CG1A 4GOTA 4Z0IA 1B5IA 3C34A 4H1XA 1MQIA 1SDXA 2DWAA 1MM6A 4F29A 2XXUA 2F6GA 4F1VA 4BDLA 3FIRA 5B7DA 4LUBA 5FHOA 1MY3A 3Q27A 2P2AA 2XXQA 4G8HA 3FVOA 3OOAA 3EHUA 1N3XA 3LSLA 1SI1A 5H8FA 2QS1A 1H3DA 2HQ0A 3TTLA 3GZGA 1TFAA 4FEDA 4FEBA 4JXIA 4ELRA 1SW5A 1SD3A 4GFRA 3RT6B 5H8NA 4LVQA 4C0RA 2I6EA 3FV1A 1US5A 1Y9UA 3OD7A 3CI8A 4H65A 1LAGE 5CMCA 4X1BA 1IEJA 4ZECA 1N0TA 2PVUA 3FVKA 4OFJA 2O1LA 4QFKA 4ZS9A 4LZ8A 1HSJA 4MF3A 4U4SA 3ZSFA 5JK4A 2XXPA 4F22A 4UACA 4FORA 2OWSA 1AOVA 2OZZA 4U1OA 4G77A 3ZKKA 4FECA 3TFLA 4RXLA 5I2NB 3VLVA 3JV9A 3KJ7A 3R6UA 3SEXA 2Y84A 1R1NA 4WEDA 2O7UA 1ZLQA 4IO6A 3O29A 2Y7WA 2I49A 3IJOB 3E13X 4RA1A 3H03A 2R71A 3HN0A 4QHQA 2Q2CA 5I58A 2QMWA 1ZMGA 4NWCA 3GBAA 1MXXA 3QXMA 4ZZAA 1MH4A 1D4NA 3U92A 3IOWA 4GIZA 4H5FA 4G4PA 1ELJA 1D3KA 1B40A 1EZOA 4QSCA 2FNCA 1N76A 5AA2A 3T22A 5LOMA 3MJNA 1Y3NA 2V25A 4IY6A 2DE4A 4IO5A 2ABHA 5L9MA 4OXVA 2O6AA 1B5JA 4GXSB 5HBCA 1URGA 3CRBA 5L9OA 3QK6A 1BLFA 3MW0A 1CB6A 5DEXA 2I3VA 3G7WA 1QKAA 1KWHA 4OVJA 1FTJA 1LCFA 2F97A 3T66A 1MPCA 4RNSA 1SYHA 4LZ7A 1B4HA 2ZNTA 3TPAA 1FQCA 2HZLA 4L17A 1JETA 3CFXA 1O63A 4YU0A 4IO4A 3L6GA 3SESA 2QJEA 3B6WA 4TOZA 4YB7A 3FV2A 3FGSA 2F7CA 3KEIA 3SEWA 5KDTB 2HXWA 3T9UA 4U2RA 4XKPA 1NNPA 3LUYA 2YLNA 3I6VA 3RY3A 2RCBA 1F9BA 3I3VA 5CM6A 2I4CA 2VHAA 4LZ5A 3DP4A 3HHFA 4EQ9A 1UTHB 1H43A 5CRYA 2UYEA 1DTGA 4QFNA 3T9HB 1JEVA 2QRYA 5K2XA 3WAEA 2V3QA 3K6VA 3VLUA 1OVTA 4FIMA 1IUDA 3PV0E 2RC8A 1MY0A 2XXIA 3IB1A 3FUZA 4AQ4A 1SQYA 1TT1A 4EF1A 2QL3A 3S9NC 3Q29A 4F3GA 4NF4A 5F1QA 4EXKA 2Z23A 3O6GA 4ELPA 1R6ZA 1I6AA 3VVDA 1SW1A 2DVCA 3VXCA 4R9GA 1IXCA 4MH5A 4O3CA 3KBRA 1A8FA 1TXFA 2V3UA 3UIFA 2DWHA 2PT1A 3P7IA 4PP0A 1LFIA 3KSXA 2HAVA 1SVXB 1EU8A 1USYH 4X9TA 3A09A 1LAXA 4ZEIA 4DDDA 2UXAA 2ZNUA 1OMPA 3B7DA 1H45A 4NF6B 2F7BA 4MBPA 4R73A 4FE8A 3V89B 3KSJA 2OJTA 2PBWA 4ZE8A 5H8QA 2I48A 4XKQA 1DTZA 5ITOA 5AA3A 5A5XA 3MZ9A 5ELVA 3H7MA 4F3SA 4HTGA 1YAEA 5ICQA 1A7LA 3IAZA 2F7AA 3FXQA 3HV1A 4NF5A 1FCKA 4OWDA 2XX8A 4BLAA 3G3JA 2H9BA 4M4GA 4H67A 2F35A 4DXCA 3RUMA 3TKDA 2AIXA 2F5XA 5TU0A 3SEUA 4U21A 1ZTYA 1JEUA 1AH5A 4N6PA 3VE1B 1ZBMA 1JNFA 4GQOA 4RY1A 4YICA 4G2ZA 5CI5A 2NWJA 4KHZE 3CIJA 4F18A 3U72A 1FTKA 2DWJA 1D9VA 1PEBA 2QPQA 4G8MA 3MUQA 3HPIA 4KR5A 5I59B 1A8EA 4LQ2A 1JVYA 2HFBA 1GV8A 1B32A 5KCJA 3ONMA 5FTHA 3RNNA 3UORA 3WAFA 3PUYE 2UYFA 3B6TA 4R6YA 5L8DA 2ZYOA 3W9WA 3C31A 2H99A 3KGCA 1B52A 4OFOA 1II5A 3FVGA 1M5BA 1B7UA 3OEMA 3DM0A 5I2KA 5FHNA 5H8SA 3SEYA 4E0WA 3A3CA 1ANFA 1R9LA 4LP2B 4JDFA 1B3GA 1PBPA 4I62A 4KI0E 2RKMA 1VFEA 2Q8JA 2OLBA 1QKBA 4THIA 1MXZA 3PUXE 1JQFA 4I8CA 2XXYA 3C9HA 3IL1B 1GGGA 1P1NA 3KZGA 3EF7A 3E9XA 3MP1A 4G68A 1VR5A 4K3FA 1O64A 3KN3A 2GHBA 3HSTA 2VGQA 1S9TA 4ESWA 4PE5B 1FQEA 4YKIA 4I9DA 3PGFA 1URSA 2QSXA 4BDRA 1N04A 2NOOA 3TQLA 3RLFE 4XTCQ 5CMKA 3PPOA 5H8FB 3PMVA 2M8CA 3KJTA 4GXAA 2OK2A 2PT2A 5IKBA 1MXUA 2HZKA 3VDFA 2Q2AA 3FVNA 4NTLA 4FATA 2F6PA 2D3IA 3IK6B 1MQHA 3E3KA 4YB6A 4NWDA 4Z7EA 4Q5TA 3T96B 4IGRA 3OXNA 1QVSA 3TQWA 5TP9A 3OEKA 2UVHA 4EDPA 3MWBA 5AA4A 3ILTB 1RKMA 3PUZE 2G29A 4DIGA 2ONRA 3FJ7A 2H98A 4HCYA 1EZPA 5ISUA 4UA8A 3TYHA 4DXBA 2AYSA 3PUWE 2I3WA 3PMWA 1ZKBA 4YMBA 4H8IA 1BIYA 2DOJA 4POWA 2W7YA 4JSOA 2XXHA 4KYDA 2RINA 2A5TA 1QUKA 3CFZA 2DP8A 1IQ7A 1A40A 4ELQA 5ITPA 1I69A 3K1PA 3FXRA 3TCGA 3OELA 3THIA 1PB8A 1OLAA 5EYFA 1FTLA 2RC9A 3MVZA 3ILUB 4GVOA 3ODBA 1VFDA 1RYOA 3PPNA 4ESXA 1ZIUA 5CMMA 1LSTA 3PD9A 4Q30B 1XVYA 2HEUA 4NF8A 5AA2B 5JEIA 3K6XA 3RTWB 2DXRA 3LSXA 3TAJA 1B6HA 3Q26A 3K2DA 2G93A 3G3GA 4ZE9A 3KOSA 2GHAA 1FQFA 5DT6A 5DEXB 1TFDA 1PDAA 3IOTA 4F2QA 1LBCA 5B70A 1UTBB 2OCUA 2FYIA 3TODA 1MDQA 3MZ1A 4R6HA 4EQ7A 1M5EA 1MRPA 2O7IA 3EHTA 3TZAA 3JZJA 1BKAA 4QFOA 1NNTA 3VVEA 3VLWA 4F39A 1XVXA 3MP6A 1AIVA 4NE4A 4U1ZA 2B3FA 1N7WA 2PYYA 1IXIA 1PC3A 4KPTA 2CMOA 2XX9A 1IXHA 3EN3A 3V8XB 2Z8EA 5DTBA 4ND9A 1N3WA 2DE3A 1SW2A 5F7VA 2X26A 2H25A 4OERA 1A54A 3CSBA 4R2BA 3M3KA 2NUVA 1B1HA 4JWYA 1AMFA 5HM4B 4WKMA 1VE4A 2LAOA 4U4XA 2GH9A 5KDTA 1L5TA 1B5HA 1LFGA 1B3EA 4ZEFA 3TMGA 1I6BA 4KD5A 4F1YA 1EZ9A 3PPRA 2B65A 4YKKA 4JBZA 2QMXA 4NF4B 4RPNA 3K4UA 3C33A 4GF8A 3CR9A 3C35A 3LR1A 4ISUA 4MFIA 1MXYA 3OMBA 3MC2A 4F31B 3SKPA 1URDA 1P1OA 2I58A 3K0VA 2ONKE 2O51A 1EH3A 5H8HB 4ELOA 3U1OA 3V5AA 3H4ZA 3H3GA 4PETA 3UGWA 1ZJLA 1MS7A 4OETA 4P11A 1HSLA 1DPPA 3ZKLA 4H0WA 4ZEDA 5AE4A 5L9SA 3SERA 1NFTA 5H8QB 2THIA 1SW4A 2WKYA 1LLSA 3PMXA 3K6WA 3D4GA 3QAXA 2OBGA 3QUFA 4NF6A 3H6TA 4KQPA 1QUIA 2UVIA 3ZS6A 2Y7KA 1QJMA 2Z8FA 3FJMA 3M8UA 5CC2A 4GRKA 1RYXA 3MVYA 3TELA 1T0KA 1H44A 1US4A 4RYAA 5I56A 4QRZA 3K6UA 2DSFA 3W9VA 1MM7A 1PB7A 3FZVA 4BDMA 4XIGQ 3HHGA 2I0CA 1B3HA 4AB6A 3QSLA 4ZZEA 5DVIA 2D21A 2ZYNA 4M1VA 1OVBA 2B3BA 5CBRA 1A99A 1NKXA 4F3BA 2ALUA 1P1WA 3OSRA 3MP8A 2QS4A 3PPPA 2REJA 5K2YA 5CMBA 2Z8DA 3E4RA 4OMBA 3OENA 2CZLA 2DXYA 3BFUA 4TQUQ 2E1SA 1B2HA 2HCAA 4NMYA 2O84X 3LSWA 5KCJB 3U93A 4H6DA 3K01A 2ZYKA 3PD8A 3IOUA 4JWOA 4O3AA 5FHMA 4E0XA 5M2VA 1LBBA 4XXUA 3U8QA 1PB9A 3O9PA 5I59A 2ANJA 1B7ZA 3W15C 4LA9A 1NMUA 4EXLA 5I2KB 2ESNA 3K1MA 4YMAA 2ZMBA 3G3IA 1HSEA 5JTYA 1Y4CA 3IB0A 2GFEA 1MQDA 2RF1A 3EPEA 1OIBA 1LB8A 3TTNA 4DE8A 2V3TA 3MVXA 4OEVA 2UVGA 4OHNA 3G3FA 4C1TA 2KLFA 4NEDA 4GD5A 5CBSA 4O3BA 1NH7A 2IA4A 3AXFA 2XD2A 1J1NA 5IAIA 4OESA 3CG3A 4YAHX 1M5DA 5I57A 2F8DA 3Q25A 3N26A 3K00A 3IOVA 4G68C 1S50A 2ONSA 3OO6A 1FQBA 4QF9A 3TCFA 3MZBA 1LFHA 3GBBA 1DPEA 3GLBA 1B7HA 1UQWA 4GLIA 3KN7A 4EUOA 1QW0A 3U94A 4OFLA 1XHYA 3FJGA 3KFMA 3MPKA 4YB5A 5TPAA 3LBSA 1B3FA 2YPNA 1JW4A 4KCCA 2XX7A 1B9JA 2AL5A 1N7XA 4TLLB 4YKPA 4YKJA 2DWIA 4IO3A 4BDOA 1OQHA 4WXJA 1ZU0A 1JW5A 4ZEBA 1Z7NE 2XD3A 4DCYA 2RCAA 1P99A 3QUJA 3TTMA 4YZZA 3F11A 2XXTA 4BDNA 4R74A 2GRVA 3S2VA 3T93B 1OQGA 1BP5A 5H8NB 3N94A 2XXXA 2XXWA 1OLCA 2VD2A 1LCTA 1N84A 2ZXTA 4GL0A 4JB7A 3O6IA 2AL4A 1WODA 1MY2A 5EHMA 3N5LA 4HW8A 3K1NA 4ZEKA 4GWOA 1AL3A 1B0HA 5TP9B 4KCDA 3TCHA 1A55A 4X48A 5AA4B 4Q0CA 1VSOA 4OZ9A 2VD3A 3EQ1A 1SYIA 2R9JA 3VV5A 4KYSA 3IO6A 1B3LA 2UVJA 1QULA 2O69A 4EF2A 2XXRA 4LQ5A 3QIMA 3FXUA 3PPQA 3DELB 2OWTA 3T9XB 2F78A 3OO8A 4DLDA 1MQJA 2V84A 3H6WA 2P1SA 4RK2A 3A3UA 5EHSA 2O1MA 3LSFB 3TTKA 1POY1 1WDNA 1IITA 2A5TB 1YPNA 2O68A 5HPQA 5I84A 5I58B 5I2NA 3IX1A 3T9VA 3VXBA 4TLMB 2DYXA 4HCWA 3IR1A 3C4MA 3UA8A 4F19A 2NVUB 1FQDA 1SBPA 3VFJA 3BKIB 4NF8B 1B46A 2Y7RA 1XC1A 2R6GE 5BWJA 4EQBA 3S9LC 4H5GA 3UN6A 1I6QA 2QS2A 3LC8A 3HO7A 3B6QA 3MPLA 3USDA 2QS3A 3H06B 3JYRA 1NNFA 1B1XA 4KYEA 3R7XA 4IGTA 1B4ZA 2V93A 2Y7PA 2X7PA 3TTRA 3BBRA 3M3FA 1Y20A 2Z22A 3MAMA 4RPOA 1UTBA 3FASA 3MBPA 1Y4TA 3DP6A 4PFWA 3S4UA 1LB9A 3O28A 4F1UA 3TUSA 2DVZA 4C1UA 1S7YA 4ZDMA 1CE2A 3KG2A 1XS5A 2RC7A 4I1DA 3D4CA 1POTA 2PX1A 3O2AA 3CFLA 3G3KA 1M5CA 3OO9A 3CVGA 4KFQA 2NXOA 4OTEA 3SEVA 3DP8A 4LONB 4H8JA 4F2OA 2XXVA 2I0BA 4PQJA 2FA7A 1D9YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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