1PB7A

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with glycine at 1.35 angstroms resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
289
structure length
281
Chain Sequence
TRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Mechanisms of activation, inhibition and specificity: crystal structures of the NMDA receptor NR1 ligand-binding core
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-methyl-D-aspartate Receptor Subunit 1
total genus 78
structure length 281
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-05-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb7A02
1Y3PA 1DTZA 1LAGE 1R1NA 3FVOA 3PU5A 3TFLA 1NNTA 5CRYA 4EQ7A 3C34A 4HCWA 2Y84A 4OQOA 5JEIA 1DMBA 4YKKA 2CZLA 3N94A 3OO8A 1MM7A 3M3FA 3VXBA 3C31A 3B6QA 2DE3A 4R9GA 2E0SA 1S9TA 4R2BA 1B51A 4GQOA 3K2DA 4YU0A 4H8JA 5JTYB 1IQ7A 4POXA 4IO2A 3CRBA 1B7UA 1QVSA 1CB6A 3USDA 1LBBA 2Y7RA 2ZNTA 5CI5A 1LFGA 4R6YA 3ONMA 5BUUA 5H8HB 2I4CA 4AB6A 1P1QA 3WAFA 1MPBA 1B2HA 1S7YA 4F3SA 3RUMA 3G3KA 4RK2A 4OHNA 1LAXA 2O7IA 4OMBA 5B7DA 4OXVA 1NL5A 1SD3A 2VGQA 3N6TA 2QPQA 4PE5B 1VSOA 3EHUA 3T22A 3SEVA 4LQ2A 4POWA 3TUSA 1IITA 1ANFA 1N0TA 1BIYA 1PBPA 1I69A 1BKAA 2G93A 4OETA 5KZTA 3RPWA 4I9DA 1LCTA 4F31B 4TLLB 3FV1A 4FEBA 4RY1A 4EF2A 4QF9A 3IAZA 1FCKA 2B65A 3IO6A 3N5LA 2UVIA 3OELA 3FUZA 4OFJA 1H45A 2QMWA 3IK6B 3IOUA 4C0RA 1DTGA 1ZIUA 3KEIA 5B70A 2F5XA 1UTBA 1P1OA 3QAXA 1B9JA 2XD2A 2GHAA 1IXHA 2DS9A 4ZDMA 4C1UA 4XKRA 3LSWA 3K1MA 4YMAA 4JDFA 4ZEFA 1MDP1 2QS2A 3PV0E 5H8NA 1L5TA 3O29A 1P99A 3O66A 3C33A 2Z8DA 4MBPA 3H6TA 1IXIA 3KBRA 2Q88A 5HBCA 3O6GA 4G77A 3EHSA 3KN8A 1M5EA 4EUOA 2ZMBA 3DP6A 2I4BA 3UORA 4RXLA 4OESA 2Q2CA 3FVNA 2DWIA 3IOVA 5A5XA 3MAMA 3FXRA 3TTLA 4EF1A 1LCFA 1SYIA 1DPPA 1RYOA 2G29A 2QMXA 1MY0A 2XXVA 1DPEA 3TMGA 1TT1A 5KCJB 2GFEA 1OMPA 1OIBA 3TODA 1A54A 3IJXB 2PVUA 4TQUQ 1MXVA 2ZYKA 3C35A 2O84X 5JK4A 2DE2A 3W9VA 1IZ1A 5I2KB 5AA2B 5TPAB 4NF6B 1MQJA 4OFLA 1PBQA 3WAEA 1ZKBA 3QYTA 4HCYA 3MZ9A 3K6WA 3OO6A 1AL3A 1FTJA 4F1UA 2X26A 2O7UA 4EXLA 4F19A 5BWJA 4OEVA 4QFNA 4NEDA 4DCXA 4ESXA 3IB0A 4FE8A 2PYYA 3Q25A 3G3FA 4ZE8A 4GL8A 4XTCQ 2A5TA 2DXRA 2Y7WA 5DEXA 2ZYMA 3W15C 1OVTA 1MXUA 2UYFA 3DP8A 1R9QA 3DLNA 4JSDA 3U8QA 3KOTA 1MQGA 4Z7EA 3IX1A 4PFYA 4ZECA 4FJPA 1LFHA 1Y9UA 4NTLA 3CFXA 5H8FA 3KGCA 4O3AA 3V89B 1QUIA 1GR2A 4LONB 3QXMA 3TQWA 4KI0E 3C9HA 1NNFA 4ZZAA 4M4GA 1QKAA 3MW0A 4YMBA 4R73A 4O3CA 3G3IA 5TP9B 4DIGA 4YICA 2R9JA 1LBCA 1QUJA 2ABHA 4G8MA 1WVJA 4H65A 1JVYA 1OQHA 4R75A 1NH8A 4BDNA 1B5IA 3OSQA 3PUVE 5KDTB 4QSEA 1FQAA 2Y7PA 2I58A 3OO7A 1D9YA 4IGRA 1GTKA 3Q27A 1P1WA 2M8CA 5H8QB 2VP1A 3PUYE 1HSLA 2H98A 1I6QA 1PB8A 2OWSA 1JQFA 3BFUA 3EF7A 4GF8A 4X1BA 5DYHA 4G68A 2QS3A 4X1DA 2V3QA 1H44A 3QUJA 4GXAA 2Z8EA 2YJPA 3KZGA 3W9WA 1P1UA 2XXYA 1LB9A 3FJGA 5CMCA 1QUKA 3OSRA 5I59B 3EHTA 3Q28A 3SESA 3JV9A 1B32A 5EHSA 4N07A 4OZ9A 4DE8A 2XXWA 4WEPA 3TKDA 2YPNA 4EQ9A 3CFZA 4OTEA 3T9UA 1UTHA 1Y3NA 4QRZA 2A5SA 1WDNA 3IB2A 3LSFB 1MY4A 4IY5A 2PT2A 3QK6A 1IUDA 3PMXA 1URGA 3FXQA 1LB8A 4RPNA 3HCQA 2I6EA 3C36A 5CBRA 4DCYA 4I8CA 2O6AA 2W7YA 3RGYA 5L9MA 3SEXA 3TCFA 4QFKA 4IGTA 4JSOA 1MXWA 2HEUA 2I3VA 3OEMA 2HQ0A 1SW5A 3IB1A 1FQBA 1TWYA 3MWBA 4GXSB 4OYVA 4KHZE 1B1XA 2ONKE 3ECRA 1B40A 4E0XA 5AA4A 3T9HB 4FAJA 4LZ7A 3LSXA 3T9XB 1B05A 2F7AA 2F35A 4LVQA 2XD3A 5DVJA 3O9PA 1H3DA 1M5DA 4U23A 3I6VA 3ILUB 3LSLA 2XXUA 1MQIA 3UA8A 3ZKKA 4QFPA 3HHFA 3R7XA 3V5AA 3FV2A 4KPTA 1XVYA 5M2VA 3T93B 2XHDA 2XXQA 4KD5A 1NMUA 1JW1A 4ELRA 3CSBA 4JBZA 1OLAA 3UGWA 4G2ZA 3MBPA 3PPQA 2XX8A 3FXUA 4EQBA 5HM4B 1SYHA 1A8EA 1YPNA 3M8UA 2UYEA 3VXCA 3UP9A 3TELA 1AH5A 2H4IA 4PETA 4I1DA 2I0BA 3GBBA 2DYXA 2XXRA 2FYIA 3OMBA 3TZAA 3U92A 4BDMA 4F3BA 4MF3A 4Q30B 3FJMA 1XVXA 2UVJA 3MQ9A 3H06B 2HAVA 3EQ1A 1MQHA 3I3VA 4F1YA 5I57A 5AA1A 4IO5A 3TCHA 1LGBC 3A3CA 1DOTA 2XXIA 3N6UA 2RCBA 1R9LA 1VR5A 4LUBA 2AYSA 1GVCA 4X9TA 4ESWA 4E0WA 3PPOA 3IL1B 1PC3A 1LFIA 1OQGA 4KFQA 3HSTA 4Q0CA 4G8NA 5H8NB 5I2NA 4F3PA 3IJOB 4H67A 3RTFB 1B1HA 4YB7A 2NOOA 3KJTA 1NNKA 4RA1A 2F36A 1SW4A 2P2AA 4PFUA 5K2YA 2QS1A 3B6WA 3KN7A 3MZ1A 5H8SA 1WODA 3MVWA 3MPKA 2PX1A 5K2XA 4IO3A 3QSLA 5A5XB 4ZZEA 1FW0A 1B3HA 3K6UA 4LZ5A 3R26A 4KQPA 3OD7A 4KR5A 2F7BA 3E4RA 4JWOA 1QJMA 4F3GA 3SERA 4U4XA 3D4CA 3KG2A 3TDJA 3ZS6A 4GOTA 2DWJA 4JB7A 4DDDA 4GD5A 1LSTA 4OENA 3TCGA 3CVGA 1YTVA 2HZKA 1Q1KA 4ELPA 5L8DA 3TTRA 1QULA 2UVGA 2DWHA 1ZLQA 2FA7A 2R6GE 3H6UA 3FVKA 4EXKA 2DQVA 2DXYA 1SBPA 1MPCA 3GXAA 1ZTYA 4P11A 3S9EA 1M5CA 4THIA 3S9NC 4JWXA 4F18A 1B5JA 3VE1B 4OVJA 1A99A 1GGGA 4DZ1A 4GRKA 1XT8A 4HTGA 1R6ZA 4BDQA 4UA8A 4ND9A 1BP5A 1SI0A 1XC1A 2A5TB 2GHBA 4ZE9A 1A55A 2I3WA 5DEXB 3PUXE 3O6HA 4NF5A 3TTKA 3OXNA 4PP0A 3MJNA 4GWOA 1Q35A 3K4UA 3T96B 3DM0A 3GLBA 3KSJA 4R6HA 1CE2A 1FTOA 3MC2A 5H8FB 4GIZA 2O51A 4F29A 3VLVA 5LOMA 2QS4A 4YKIA 5DVIA 3Q29A 1LLSA 2V3UA 4GL0A 3CIJA 3EN3A 3K6VA 2NXOA 3PPPA 4XKNA 3TEPA 4NF6A 2Q2AA 3U72A 1B7HA 4WXJA 4OEUA 5DVFA 2UXAA 1O63A 2GRVA 2V25A 2DE4A 3V8XB 1LAFE 2NWJA 2I0CA 2QL3A 1XHYA 4LZ8A 2RINA 3AXFA 2THIA 3RTWB 3IORA 3LUYA 1QW0A 4ZEIA 3T9VA 2O69A 2CMOA 1UIVA 3PMWA 3PMVA 4U1ZA 3IR1A 1YCJA 2GH9A 4KCCA 5F1QA 1B6HA 3DP4A 5EHMA 1YAEA 1N3XA 1MXZA 1Y1MA 2RC7A 4H0WA 1IXGA 2OCUA 4G68B 1O64A 4ZEDA 4ELQA 4F2OA 3JZJA 5AE4A 2ZNUA 1EZPA 4X48A 4R74A 3A09A 4ISUA 2WKYA 4KYDA 4P0IA 1I6BA 3F11A 4OERA 1Z7NE 4P0GA 2X7QA 1EH3A 1MXYA 4WKMA 4F22A 1DSNA 2ONSA 3S2VA 1UTHB 3KJ7A 2REGA 4H6DA 4Q5TA 3BBRA 2Z23A 4XKQA 5CBSA 1SI1A 3OENA 1MDQA 1MM6A 2ZXTA 3K02A 2OZZA 4DXBA 4U4SA 2PBWA 3H4ZA 5J1DA 1ZU0A 5ELVA 5I58A 4LA9A 3CFLA 4NF4A 4OWDA 1FQCA 2F8DA 3MP1A 4R6KA 2AIXA 3KFMA 3UN6A 5AA4B 2V3TA 4U22A 2F6PA 1D9VA 1FTKA 3H7MA 1EZ9A 2E1SA 4LP2B 3O97A 4YZZA 2Q89A 1MQDA 3CSGA 3EPEA 1FQDA 3K0VA 4BDOA 2ZYOA 1EZOA 4GVOA 1B5HA 4BDLA 2XXHA 2XXTA 3FIRA 5I59A 4PFTA 4N6PA 4NWDA 4FORA 3CI8A 1JVXA 3VLUA 4KYSA 4PQJA 1I6AA 2RKMA 2HZLA 4F1VA 1EU8A 2YLNA 3IOWA 2XX9A 4ONYA 2UVHA 1ZMGA 1A8FA 3HO7A 3TQLA 2X7PA 1IEJA 2OK2A 3CG1A 1MXXA 3PUWE 1B3LA 2V84A 3UK4A 2QRYA 4Q8RA 1RKMA 2QSXA 4U21A 3TTMA 3C32A 4DXUA 4JWYA 3DELB 1OLCA 4QSDA 1F9BA 3KN3A 4NF8A 3VVFA 2F6GA 2PMSA 4YB6A 3RT8A 3U1OA 2HCAA 2F34A 2F97A 4YKPA 3H3GA 5I56A 1LAHE 2Y7KA 1NKXA 1ZJLA 1B0HA 4EDPA 4U2RA 3G3HA 2Z8FA 4MH5A 1SW1A 1SDXA 3M3LA 3FJ7A 3E13X 1TFAA 5I57B 3E3KA 2VOZA 1TFDA 3IOTA 4BDRA 1PDAA 4R9FA 4ECFA 3D4GA 2DVCA 1JW5A 5ITPA 3B6TA 3G3GA 4U1OA 1FQEA 2HXWA 4FEDA 3ODBA 4N13A 5ITOA 1H43A 3G3JA 4K3FA 2R71A 2FNCA 3CG3A 3FD3A 3SDFA 1HSJA 1N7XA 3RQTA 3U94A 2O68A 1GV8A 4WEDA 3H03A 4QHQA 1MY2A 2XX7A 4RYAA 5CC2A 3PPNA 1US4A 2OJTA 5IAIA 5I2NB 3V83A 1NNPA 3S4UA 1US5A 5JTYA 4XIGQ 4ZEKA 1PB9A 3CR9A 1JW4A 4DXCA 2F78A 3L6GA 1UTBB 5L9SA 4RNSA 5CMBA 3ZKLA 2D3IA 3RNNA 3GBAA 2VD2A 1Y3QA 5H8HA 4FECA 3MPLA 1MRPA 5CM6A 4YKJA 4UACA 4H8IA 1MH4A 1Y1ZA 4KYEA 4YB5A 1ELJA 3T66A 1VFEA 1RYXA 4F39A 2DSFA 1VE4A 4L17A 5FTHA 3MP6A 3VVEA 1SQYA 3TAJA 4G4PA 4G8HA 1MS7A 2QJEA 3K00A 2AL5A 5FHNA 3KSXA 4O3BA 3JYRA 1FTMA 4G68C 1XS5A 3PGFA 3B7DA 1AOVA 3E9XA 2VD3A 3LBSA 1USYE 5CMKA 2ZYNA 3H6WA 4HW8A 4JXIA 3RLFE 2B3FA 4H5FA 4TOZA 4NMYA 3TTNA 3PUZE 4R72A 4RJZA 3M3KA 2B3BA 5ISUA 3HHGA 2Z22A 2I48A 1POTA 2Q8JA 2AL4A 1Y20A 4MLVA 1Y4TA 3H6VA 3N26A 5AA3A 2VHAA 3U93A 1N76A 4NF5B 1PB7A 2XXPA 2DOJA 1B4ZA 3SKPA 4FIMA 2RF1A 2NUVA 3C4MA 4ELOA 1B0LA 1UQWA 3A3UA 1BLFA 3SETA 2HAUA 1D4NA 3SEUA 4NWCA 3S9LC 1B3GA 5IKBA 3MP8A 4I62A 4QFLA 4TLMB 3I5OA 4IO4A 2I49A 3TPAA 1FQFA 1B46A 1VFDA 2H25A 1B4HA 1A7LA 3MVXA 1B58A 3IO4A 5KCJA 3MVYA 3UIFA 4F2QA 5L9OA 1ZBMA 3FZVA 3VDFA 1B3EA 3K1PA 1NFTA 2H9BA 1ATGA 1UIUA 2IEEA 1N3WA 1N04A 3PD9A 3LR1A 2DWAA 3ILTB 3O28A 4IO7A 3S9MC 5I2KA 5AA2A 5TPAA 1JEVA 1MG1A 5CMMA 2F7CA 3PPRA 1B52A 4RPOA 3VFJA 3SEWA 3MZBA 1OVBA 3RY3A 1QKBA 2IA4A 4M1VA 3MUQA 3O2AA 4BLAA 1N7WA 1SVXB 2DVZA 2RC9A 1PEBA 3SEYA 4DLDA 3FVGA 1AMFA 1XOCA 4XXUA 5DT6A 1POY1 1USYH 4LQ5A 1D3KA 2BJJX 4RK9A 5ICQA 1FTLA 4MFIA 3QUFA 2ANJA 3VVDA 1A40A 2P0SA 2XXXA 4QFOA 2ESNA 1KWHA 4PFWA 3RN8A 2RCAA 1J1NA 2NVUB 1JETA 3VLWA 4IO6A 1JEUA 3RT6B 5FTIA 2H99A 1IXCA 1M5BA 4QSCA 1TXFA 2OBGA 3QIMA 2RC8A 1O7TA 5TP9A 5EYFA 1JNFA 1Y4CA 5I58B 1NH7A 2D21A 3OEKA 3K6XA 1S50A 4NF4B 1HSEA 5F7VA 2O1MA 4H1XA 5FHOA 3O6IA 1P1NA 2HFBA 3L6HA 2ONRA 5KDTA 2P1SA 5DTBA 1URSA 4NE4A 2Y7IA 4GFRA 4R2FA 1N84A 3MVZA 1IIWA 4OFOA 3HPIA 4IB2A 2V93A 3BKIB 5H8QA 4GLIA 2ZNSA 4MLQA 3FASA 1T0KA 3BFTA 5TU0A 1B7ZA 2OWTA 3LC8A 3PD8A 2OLBA 3P7IA 3K1NA 3FATA 2DP8A 1MY3A 3OOAA 1SW2A 1Z7ME 1URDA 1B3FA 3HN0A 4KCDA 5ICTA 2D5WA 3FGSA 2PT1A 5I84A 3Q26A 4ZEBA 2H5YA 3G7WA 1II5A 3OO9A 5FHMA 5AA2D 4YAHX 4C1TA 2REJA 4NF8B 3HV1A 1BTJA 3KOSA 4IY6A 1MY1A 4Z0IA 3TYHA 3THIA 1H76A 4ZS9A 2Q9TA 1MH3A 5HPQA 1MPDA 4XKPA 5I56B 4H5GA 3R6UA 1AIVA 2O1LA 3GZGA 2ALUA 3K01A 2LAOA 3VV5A 4AQ4A 3ZSFA 4LATA 4AB5A 4FATA 4HS7A 1M5FA 2KLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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