1PB8A

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with d-serine at 1.45 angstroms resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
289
structure length
282
Chain Sequence
TRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINTERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Mechanisms of activation, inhibition and specificity: crystal structures of the NMDA receptor NR1 ligand-binding core
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-methyl-D-aspartate Receptor Subunit 1
total genus 78
structure length 282
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-05-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb8A02
1DPEA 4RK2A 4THIA 2LAOA 3QIMA 2B3FA 1XOCA 4I1DA 1YTVA 1B1XA 1NNKA 1MPDA 2R9JA 3G3KA 3S2VA 3CG3A 4R75A 4PETA 3MZBA 1RYXA 5FTHA 3TMGA 1N76A 3OSRA 3MP8A 1PBPA 1SI1A 1US5A 5AA2B 2QS1A 1MPBA 2ABHA 3KN8A 4BDLA 4DXCA 3T22A 4GQOA 3SEUA 5CMKA 1JVXA 5H8SA 4NMYA 3R26A 5KCJB 2F78A 2F35A 2O7UA 3JV9A 3ZKKA 4IGRA 5A5XA 2QS2A 3SEXA 1FTJA 2ZYNA 4PFUA 3IO6A 3ZS6A 3T66A 1TFDA 4DE8A 2CMOA 2OZZA 2UYFA 3S9NC 3T9VA 1AMFA 3KSJA 1ATGA 3WAEA 4H65A 1ZKBA 3RGYA 3VV5A 1MQIA 3PPNA 1H76A 2HCAA 3V83A 4DXBA 2YLNA 1NNTA 1BIYA 1NNPA 3QUJA 2PYYA 2OWSA 1IITA 2V3TA 2Y84A 4NF8A 5AA1A 4G68B 3VE1B 3T9HB 5I2NB 1IEJA 1OQGA 3DELB 3MC2A 2O51A 3QK6A 2O69A 4OMBA 3G3HA 3FVNA 4RNSA 3RT6B 3S9EA 1FQEA 2I0BA 3MWBA 4ZDMA 1IXHA 3CIJA 1JQFA 4X48A 2GH9A 2YJPA 3O9PA 4EXLA 4UACA 4YAHX 1F9BA 3B6WA 3IOUA 3A3CA 3UORA 4BDRA 5TPAB 3KFMA 3Q28A 2RKMA 4DDDA 3R6UA 4LP2B 1B46A 4OEUA 4R9GA 1IXIA 5AA3A 3IJXB 1JNFA 1D4NA 2XHDA 3RLFE 3U1OA 1HSEA 4EDPA 1I6AA 2ALUA 4U4XA 3L6HA 1P1WA 1O63A 4O3AA 1QUJA 3CFXA 2PT2A 3MVZA 2FYIA 3O6GA 5FHOA 3IOTA 4GWOA 2I3VA 2QS3A 2DVZA 3SERA 4F22A 3TODA 2DS9A 4GXAA 3OMBA 4OTEA 1Y20A 3OELA 1PDAA 1QW0A 1GVCA 2OLBA 3MAMA 1POTA 1B5HA 1B52A 4M1VA 3SEVA 2QMWA 1MH4A 4ZEBA 3TCGA 4KCCA 1XHYA 4ZS9A 3KSXA 3USDA 2F8DA 3H6UA 1A55A 1MXYA 3K6WA 3GXAA 1AOVA 3KJTA 2HEUA 2Q88A 3FVGA 3SEYA 4R6HA 2XD2A 3FXQA 1OMPA 1N04A 1OLCA 1LSTA 1EU8A 1MXXA 3RNNA 3C32A 5A5XB 4RK9A 1NKXA 4KYEA 1DMBA 3PD8A 4R72A 3BFTA 4M4GA 3C4MA 1GV8A 5IKBA 4NWCA 2XXWA 4OZ9A 1B9JA 2I6EA 4WEPA 3W15C 3LR1A 3Q29A 4LZ8A 3EF7A 4Q0CA 5BUUA 4BLAA 4FIMA 4P0IA 4XKPA 1TT1A 3TTMA 2HAVA 2D3IA 5EHMA 3PUZE 3ILUB 3TAJA 2FNCA 1N84A 3H4ZA 2RC7A 3VXBA 1IXCA 4ZZEA 1QKAA 2XXQA 1UTHB 3LUYA 5ITOA 4G68C 4IY5A 4JB7A 5I2KA 4QFLA 2Q2CA 4N13A 4KQPA 1SDXA 1B4HA 4BDMA 4PFWA 1RKMA 3G3IA 4C1UA 3IB2A 4QHQA 1ANFA 1FQAA 3V89B 4IGTA 4XIGQ 4EXKA 1OVBA 2QSXA 4YB6A 2FA7A 2A5SA 4F29A 2RF1A 4DCXA 1UTBB 1QUIA 5I59A 5DVJA 3E3KA 1BLFA 1UIVA 3IO4A 3HV1A 1BTJA 1EZPA 5KDTA 4H1XA 1I6QA 1OQHA 3DP8A 3FJ7A 3LSLA 4QFOA 3EQ1A 5I58A 1R9QA 3BFUA 1XC1A 3E13X 2H9BA 4GL0A 4HTGA 2ZXTA 3TTRA 4LZ5A 4BDNA 3FIRA 4XKRA 1B5JA 1SVXB 3FJMA 3MJNA 2Q9TA 4RXLA 3KG2A 2I49A 2DYXA 5DEXA 2F5XA 4C1TA 1B0HA 3TEPA 2REGA 2RINA 1NH8A 3HN0A 4QFPA 5ICQA 2F7CA 5ITPA 4RPOA 4BDQA 2A5TB 3ODBA 3V5AA 2GFEA 3C33A 4ISUA 5H8QA 3MVXA 2RC9A 4I9DA 3GBBA 2Z8EA 4ELRA 4G2ZA 1USYE 4F3GA 3IR1A 2DE4A 3D4GA 4MLQA 3OO8A 2XXYA 4LUBA 1B3LA 4ELPA 4YU0A 5H8NB 4RYAA 4IB2A 3QAXA 3FV1A 1EZ9A 5EHSA 3D4CA 1OVTA 3LSXA 1NFTA 2F6PA 1B7HA 3LBSA 3A3UA 4QRZA 3I5OA 1LAHE 3KGCA 3GBAA 1A99A 3QUFA 5I84A 1LCTA 1S7YA 2VD3A 1URDA 1MPCA 4U1OA 3T96B 4Q8RA 3T93B 2XXHA 4FECA 3FD3A 4OYVA 5CRYA 2RCBA 4H5FA 3OOAA 1LFGA 3HHFA 4IO4A 4ZEKA 4IO5A 1MY1A 3AXFA 4H6DA 1FW0A 3GZGA 1MRPA 1SYIA 1Z7ME 3EHTA 4FJPA 1SW1A 4NF4A 1NL5A 4JWXA 1B6HA 1QKBA 5JTYA 3Q25A 2O1LA 5CBSA 3VDFA 4EUOA 2W7YA 2F6GA 3TTKA 2F36A 3SESA 4ESWA 5HM4B 2VHAA 3KZGA 3PGFA 1JEVA 3EN3A 5F7VA 3VLWA 1MQJA 3BKIB 1MY4A 3M3FA 5F1QA 3MP6A 4F19A 1LB8A 2UVGA 1PC3A 2XX9A 1M5CA 1ZTYA 3KEIA 2QJEA 2DXYA 4UA8A 1MH3A 4L17A 1NNFA 2E1SA 2QMXA 3OENA 4JSOA 4IO6A 2PVUA 2Y7KA 2GRVA 4ZZAA 4DLDA 5CBRA 2G29A 4G8HA 4JDFA 1MQHA 4H8JA 4ZEIA 4G4PA 1ZLQA 1D9VA 1KWHA 5FTIA 3HHGA 3HCQA 4ND9A 2HXWA 3FGSA 1PB7A 3JYRA 5DTBA 4OENA 3VLVA 4OESA 4DIGA 1N7XA 4I62A 2ZNUA 1MY0A 5B70A 3PU5A 4WXJA 4R74A 4MFIA 1B3HA 2H98A 4DXUA 3VFJA 1MM6A 4KHZE 3I3VA 2P2AA 1LB9A 3FVKA 4TQUQ 5AA4A 1M5EA 1DTGA 2AL4A 2ONKE 4GL8A 3TUSA 2IA4A 3K1NA 3N26A 3OSQA 4YKIA 5TP9A 3C31A 3IK6B 4YKJA 1MDP1 3SKPA 3C36A 5DT6A 3C35A 1GR2A 2ZYKA 2X7PA 1EZOA 4EQ7A 1ZIUA 4KYDA 3DM0A 1A54A 3ECRA 3K1PA 2VP1A 4PFYA 4XTCQ 3T9UA 1ZU0A 4G8MA 2NWJA 2UVHA 1B05A 1TXFA 3TKDA 3OO9A 1MS7A 3DP6A 3MUQA 2XXTA 5DVIA 4PP0A 2B3BA 3H03A 4OEVA 3PPRA 3WAFA 4N07A 1LAXA 4E0WA 1ZMGA 1SD3A 2P1SA 1EH3A 1Q35A 4Z0IA 3JZJA 3K00A 4NF5A 4NWDA 1CE2A 1JW4A 5CC2A 1FTOA 2QL3A 3OO7A 1JW1A 1DPPA 3M3KA 4NTLA 2OWTA 3VVEA 1Z7NE 1PBQA 4LZ7A 2ONRA 2GHBA 4ZEFA 2REJA 4U22A 3O6HA 4N6PA 4R6KA 2UXAA 4NF6A 2UYEA 1SW2A 3B7DA 3M3LA 5H8FA 3HO7A 5B7DA 1MDQA 2DWIA 5K2XA 1RYOA 4Q5TA 1LLSA 4DCYA 1B7ZA 1VFDA 3O6IA 4POXA 1B5IA 4F3PA 1DTZA 2XD3A 1N3WA 1FTMA 5IAIA 3OXNA 1NMUA 3FXRA 2DOJA 3ILTB 3KOSA 3M8UA 4OXVA 2O68A 3VVDA 1Y4TA 3W9WA 3CRBA 1B4ZA 4F3BA 3TQWA 4F2OA 1HSJA 4NE4A 3MP1A 2D21A 3DP4A 1DOTA 4TOZA 2DWAA 1BKAA 5I56A 3S9MC 1XS5A 1PEBA 4NF8B 4ONYA 1YCJA 1LAFE 1N7WA 5H8HA 1SW5A 4ZECA 3MVWA 1H3DA 1A8FA 2XXRA 1Y4CA 2DE3A 4RY1A 1JETA 2O84X 4POWA 3G7WA 1B3GA 3IB1A 1A40A 2BJJX 3C34A 1Y1ZA 4IO2A 1MQGA 4MF3A 5KZTA 4OWDA 2QRYA 1H43A 4KCDA 4IO3A 1VE4A 1JVYA 5EYFA 3U93A 3LSFB 4G77A 3G3GA 4GRKA 3RQTA 2DWHA 5DVFA 2XXXA 5AA2A 2DP8A 4GFRA 3KN3A 1P1QA 2Z23A 2PBWA 2DXRA 4F3SA 4LATA 2OJTA 3F11A 4JWYA 4GVOA 4X1DA 3MPKA 3IX1A 3U72A 3OO6A 3FVOA 1LFHA 5KCJA 4GLIA 3FATA 1IIWA 2HZKA 4OQOA 3UK4A 3PUVE 1WVJA 5CMCA 4YKKA 1I69A 3FJGA 5LOMA 3VLUA 4RPNA 2ZYOA 3OEKA 1GGGA 5AA2D 2B65A 5L8DA 2F7BA 1PB8A 4OFJA 2UVJA 3N6TA 3O29A 4AQ4A 4AB5A 4IO7A 1AH5A 1Y3QA 4LQ2A 3RTFB 4NF6B 5H8FB 4KR5A 3G3FA 2ESNA 4QSCA 4Q30B 1LAGE 4G68A 3TPAA 4OFLA 1P1UA 2Z8FA 2F7AA 1YPNA 5I2NA 1B32A 1LBCA 4GD5A 1B40A 3O97A 3MBPA 3CSBA 3PMVA 4H67A 5JK4A 3TQLA 3U92A 4QFNA 2V25A 3K6XA 2CZLA 1B3EA 3LC8A 4JXIA 4Z7EA 1Q1KA 1HSLA 2ZNSA 4HW8A 3U8QA 1B1HA 3K6VA 2I4CA 2IEEA 3EHSA 1VFEA 3K1MA 2ZNTA 3PMXA 1Y3PA 4F31B 3PV0E 4XKNA 1QULA 2DVCA 4QSDA 1URGA 5TPAA 3CFZA 2ANJA 3RT8A 3FV2A 5HBCA 1D3KA 1US4A 3SEWA 5ICTA 5BWJA 3E9XA 2F34A 3FASA 5M2VA 4R2FA 3SETA 3E4RA 5I2KB 1Y1MA 3KN7A 1SBPA 2NVUB 1MY3A 3CR9A 3Q27A 2HAUA 4IY6A 3IORA 5AE4A 4C0RA 3K01A 2ZYMA 2PMSA 2DQVA 5L9MA 3PUYE 3FUZA 3FZVA 4HCYA 1R1NA 1J1NA 5I59B 3H6VA 1H44A 3CI8A 4EF2A 5DYHA 1FQFA 2OBGA 4LVQA 3PMWA 5KDTB 1MXVA 1MXZA 2R6GE 2ZMBA 2H25A 3TTNA 5I58B 4X1BA 1M5DA 1N0TA 1P1OA 1TWYA 5K2YA 3LSWA 2DWJA 1R9LA 3G3JA 2NOOA 3IJOB 5DEXB 1QJMA 3PUXE 3H6WA 1LCFA 3GLBA 3KBRA 1L5TA 3P7IA 2I4BA 1H45A 3EPEA 1UIUA 3THIA 3H06B 1POY1 1S50A 5H8QB 4X9TA 4RA1A 4XXUA 1T0KA 2HQ0A 2Y7IA 2M8CA 4P11A 2WKYA 2DSFA 4OERA 4H5GA 4U4SA 1OIBA 1XT8A 4LQ5A 5I57A 1UTHA 4YZZA 4ELOA 2V3UA 2UVIA 1SYHA 3B6TA 3TYHA 2ONSA 1CB6A 4QSEA 1M5FA 1FTKA 3BBRA 1LBBA 2I48A 2XXUA 3TCFA 4KI0E 4DZ1A 1B0LA 2VD2A 4OETA 2D5WA 4R9FA 1VR5A 1UQWA 1GTKA 4R6YA 2R71A 2Z8DA 2V3QA 1I6BA 3DLNA 4U2RA 2KLFA 4ECFA 1MY2A 4FE8A 2H99A 2Q8JA 2THIA 1UTBA 4ESXA 4EQ9A 2OK2A 3N94A 4HS7A 1Y3NA 3CFLA 4F1VA 2XX7A 2V84A 3O66A 1XVYA 4I8CA 1PB9A 2AYSA 3W9VA 3RTWB 2I3WA 4EQBA 1N3XA 3QSLA 4F39A 4F18A 3H3GA 4NF4B 3RUMA 3H6TA 2Y7RA 5JTYB 3K2DA 4PFTA 2HFBA 3IB0A 1XVXA 4FATA 4ZEDA 4E0XA 2Y7PA 4YKPA 1IUDA 2A5TA 3UN6A 4EF1A 4LA9A 1O7TA 3C9HA 1B7UA 2XX8A 3UA8A 2V93A 2YPNA 4GF8A 2XXIA 4KYSA 1D9YA 4O3BA 3MVYA 1ELJA 3RPWA 1SW4A 1M5BA 3S9LC 1P1NA 1MG1A 5ELVA 4YICA 5ISUA 2Z22A 4U23A 2DE2A 1JEUA 3U94A 1FQBA 3TDJA 5H8NA 3S4UA 3O28A 1B58A 4F2QA 2I58A 5HPQA 5TU0A 4F1UA 1WODA 3N5LA 4MH5A 4TLMB 4FORA 2O6AA 2XXVA 2I0CA 4F1YA 2VGQA 4K3FA 3UP9A 3MQ9A 1MM7A 4JWOA 3MZ1A 3T9XB 4ELQA 3A09A 3ZKLA 3KOTA 4AB6A 3QXMA 3IAZA 5I57B 5CI5A 4JSDA 3CVGA 1S9TA 3IOWA 4ZE8A 5L9OA 1MXUA 3TELA 3CG1A 1LFIA 2RC8A 5AA4B 1QVSA 4WEDA 5J1DA 4XKQA 4QF9A 5TP9B 4YMAA 4R73A 3TCHA 3TTLA 3H7MA 2G93A 1O64A 1II5A 3IOVA 4RJZA 1URSA 2E0SA 1Y9UA 2QS4A 4ZE9A 2OCUA 4TLLB 4WKMA 1FQCA 3TFLA 1SQYA 3EHUA 4P0GA 1LGBC 4PQJA 1IZ1A 1B2HA 4BDOA 4MBPA 4NEDA 1ZBMA 3ZSFA 1B3FA 3SDFA 3V8XB 3IL1B 2P0SA 4JBZA 3RY3A 1P99A 4MLVA 1MQDA 4G8NA 3PPQA 2RCAA 4GIZA 4U21A 3FXUA 4KFQA 2QPQA 1AL3A 4NF5B 5FHMA 2HZLA 2Q89A 1MXWA 5CM6A 2VOZA 3MW0A 4YB5A 4YMBA 3B6QA 3VVFA 4KD5A 3Q26A 4FEDA 4U1ZA 1WDNA 3HSTA 5CMBA 1IXGA 3KJ7A 2O1MA 1R6ZA 1YAEA 2NUVA 1JW5A 1QUKA 1USYH 3CSGA 2X7QA 4LONB 1BP5A 4O3CA 1A7LA 1AIVA 4OVJA 2PT1A 3PUWE 2GHAA 3I6VA 3MZ9A 1SI0A 3TZAA 1DSNA 3UGWA 4HCWA 2NXOA 3VXCA 3R7XA 3L6GA 1FCKA 1B51A 3QYTA 3ONMA 3OEMA 2H5YA 4FEBA 5FHNA 3PPOA 3HPIA 4H0WA 1FTLA 4OFOA 4OHNA 1OLAA 3OD7A 5CMMA 3K0VA 3PD9A 1VSOA 3RN8A 5JEIA 5L9SA 2O7IA 3UIFA 1NH7A 3K4UA 4GXSB 4GOTA 5I56B 1TFAA 2AL5A 3O2AA 2H4IA 2Q2AA 3MPLA 2PX1A 5H8HB 1FQDA 3K02A 3N6UA 2AIXA 4R2BA 2F97A 1ZJLA 2X26A 3K6UA 4FAJA 2XXPA 2Y7WA 4H8IA 4PE5B 4KPTA 3PPPA 1IQ7A 1A8EA 4QFKA 4YB7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V4CA 1DPEA 4RK2A 4THIA 1FJ6A 2LAOA 3QIMA 2B3FA 1XOCA 2XWIA 4LN5A 4I1DA 1YTVA 1B1XA 1NNKA 1MPDA 2R9JA 3G3KA 3S2VA 3CG3A 4KXPA 4R75A 4PETA 3MZBA 1RYXA 5FTHA 3TMGA 1N76A 3OSRA 3MP8A 1PBPA 1SI1A 1US5A 5AA2B 3QMFA 2L5VA 2QS1A 1MPBA 2ABHA 3KN8A 4BDLA 4DXCA 3T22A 4GQOA 3SEUA 1FPEA 5CMKA 1JVXA 4MMPA 2QFLA 5H8SA 2CZIA 4XFEA 3FBPA 4NMYA 3R26A 1CNQA 5KCJB 2F78A 1NI9A 2F35A 2O7UA 3JV9A 4H45A 1K9YA 3ZKKA 4IGRA 5A5XA 2QS2A 3SEXA 1FTJA 2ZYNA 4PFUA 3IO6A 3ZS6A 3T66A 5I3SA 1TFDA 4DE8A 2CMOA 2OZZA 2UYFA 3S9NC 4MHFA 3T9VA 1AMFA 2KQZA 3KSJA 1ATGA 3WAEA 4H65A 1ZKBA 3RGYA 3VV5A 1MQIA 4MNIA 3PPNA 1H76A 4UABA 2HCAA 5IZ1A 4DXBA 3V83A 2YLNA 1NNTA 1BIYA 4PAFA 1NNPA 3QUJA 2PYYA 2OWSA 1IITA 2V3TA 2Y84A 4NF8A 5AA1A 4G68B 4GWSA 3VE1B 3T9HB 5I2NB 1IEJA 1OQGA 3DELB 3MC2A 2O51A 3QK6A 2O69A 4OMBA 3G3HA 3FVNA 4RNSA 3RT6B 3S9EA 1FQEA 2I0BA 4PAKA 3MWBA 4ZDMA 1IXHA 3CIJA 1IMBA 1JQFA 4X48A 2GH9A 2YJPA 2JJKA 1FPBA 3O9PA 4EXLA 4UACA 4YAHX 1F9BA 3B6WA 3IOUA 2KR0A 4MX6A 3A3CA 3UORA 4BDRA 5TPAB 1G0HA 4PBHA 4I3YA 3KFMA 3Q28A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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