1PBPA

Fine tuning of the specificity of the periplasmic phosphate transport receptor: site-directed mutagenesis, ligand binding, and crystallographic studies
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
321
structure length
321
Chain Sequence
EASLTGAGATFPAPVYAKWADTYQKETGNKVNYQGIGSSGGVKQIIANTVDFGASDAPLSDEKLAQEGLFQFPTVIGGVVLAVNIPGLKSGELVLDGKTLGDIYLGKIKKWDDEAIAKLNPGLKLPSQNIAVVRRADGSGDSFVFTSYLAKVNEEWKNNVGTGSTVKWPIGLGGKGNDGIAAFVQRLPGAIGYVEYAYAKQNNLAYTKLISADGKPVSPTEENFANAAKGADWSKTFAQDLTNQKGEDAWPITSTTFILIHKDQKKPEQGTEVLKFFDWAYKTGAKQANDLDYASLPDSVVEQVRAAWKTNIKDSSGKPLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fine tuning the specificity of the periplasmic phosphate transport receptor. Site-directed mutagenesis, ligand binding, and crystallographic studies.
pubmed rcsb
molecule keywords PHOSPHATE-BINDING PROTEIN
molecule tags Phosphate transport
source organism Escherichia coli
total genus 112
structure length 321
sequence length 321
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-07-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pbpA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pbpA02
4OYVA 2DVCA 2Y7KA 4IB2A 3LUYA 4BLAA 4XKQA 1NH8A 1BKAA 3FXUA 1Q1KA 3K4UA 3N5LA 3JYRA 4C0RA 3M8UA 3TDJA 4KYSA 2Q2AA 1MXXA 4H5GA 4MLQA 3FZVA 4O3BA 5EHMA 1B2HA 3B6WA 4KHZE 1SW2A 2OLBA 4AB5A 1HSEA 1VFEA 4DIGA 4DDDA 1I69A 5TP9B 4H65A 4OMBA 1QULA 4QF9A 4DCXA 1Y3NA 4DZ1A 2XXPA 2F7CA 1FQDA 4OFJA 1QUIA 4NF5B 1MS7A 4Q5TA 3DP6A 2G93A 3PUZE 3I6VA 3T93B 2QPQA 1MQGA 5CI5A 3K00A 5AA2D 4DCYA 1ZIUA 5A5XB 4XTCQ 3A3CA 1B7HA 3KZGA 2OWSA 3E4RA 4IO7A 1FTJA 1FQAA 1Y20A 4PETA 5AA2B 3K1PA 3P7IA 3S9NC 4LONB 2O7UA 3O29A 4N6PA 5I56B 1WODA 4DLDA 1D9YA 2VHAA 3EN3A 3FJMA 4OZ9A 3L6GA 1A40A 5AA4B 4F29A 2E1SA 1CE2A 4ELRA 2NVUB 4OWDA 3UK4A 1P99A 3ZKLA 3OEMA 1B4HA 4N13A 1FQBA 1PB9A 2UVJA 3FVOA 3MJNA 4MBPA 5ICQA 5CMCA 2V84A 2V93A 3IK6B 3E9XA 2ZNSA 1SI1A 2I3VA 3W9WA 3SERA 1DMBA 1B3HA 4ELOA 5I58A 1OQGA 4PFYA 3QAXA 4Z0IA 3LSFB 1B52A 4QRZA 1ANFA 1UIUA 3DP4A 1QUKA 3SKPA 3O97A 3W15C 3H6TA 3T9VA 4GL0A 2RINA 3TCGA 3TMGA 1NNFA 4XKNA 1B0LA 4LZ7A 2DS9A 1ZBMA 3KJTA 4EQ7A 3FGSA 4FECA 3U93A 4M4GA 4GWOA 1XHYA 1POY1 3WAEA 4YKJA 2OK2A 4YB7A 3O28A 3C32A 1LLSA 4U23A 5DVJA 2F7BA 3C31A 4X1BA 4OFLA 2DYXA 1PC3A 3K01A 1A55A 1KWHA 1II5A 4EUOA 5AA2A 2F36A 3TZAA 3FVGA 5JEIA 2AL4A 4NWDA 1B9JA 4K3FA 4I62A 5I56A 5BUUA 3VFJA 3VXBA 3V83A 2YPNA 2Z23A 5AA4A 2AIXA 4ZE8A 1A7LA 3BBRA 4FIMA 2Y7WA 3TFLA 5ITPA 2ZYNA 1IIWA 1PB7A 1UQWA 3EF7A 3QUFA 3UN6A 5EYFA 1I6AA 4JWOA 1GTKA 3BFTA 3MAMA 4R9GA 3IJOB 1NNTA 2OJTA 2VD3A 1DSNA 1NKXA 3RLFE 1EU8A 2Q2CA 5H8QB 1B1XA 1MG1A 1LGBC 3SEWA 4NF6A 3OEKA 3MVZA 2OWTA 3A3UA 4OETA 1VSOA 4TLLB 3RT8A 3RTFB 2Z8EA 4OESA 1QW0A 3SEVA 3KSJA 1OMPA 2QS4A 1SW5A 2XXRA 4KYDA 2XXXA 1B0HA 4LVQA 1LAXA 3OSQA 5M2VA 5F7VA 4GLIA 3R6UA 1B7ZA 1P1QA 3KGCA 3SEUA 4TQUQ 1SW4A 3V8XB 1M5BA 3KN3A 1H3DA 5DEXB 4BDLA 4H67A 5I59B 1UTBA 3GBAA 5CBSA 1LBBA 3IX1A 3DLNA 1WVJA 4YB6A 3KOSA 3OELA 4POWA 3K6XA 5LOMA 1JW5A 3T9UA 2QS3A 1N3XA 3CG3A 4YMAA 2I0BA 3O66A 1HSLA 5B7DA 3PUWE 1MDP1 4JDFA 4R73A 2D21A 3B7DA 3S2VA 4KD5A 5CC2A 3BFUA 3MVYA 3UIFA 1MH3A 2F5XA 3MBPA 2X26A 5DTBA 4R9FA 4H6DA 3C9HA 3DELB 1AL3A 2Q88A 4ZE9A 3FXRA 4GRKA 1LAGE 5H8QA 4ZDMA 1IXHA 4NMYA 4H0WA 1US5A 4Q0CA 2FYIA 4KQPA 1XVXA 1FQCA 3PU5A 5DYHA 1D3KA 4F22A 1Y3PA 3PMVA 1VFDA 1P1NA 2RF1A 4ZEBA 5KDTA 1OVTA 1DPEA 2W7YA 3FATA 1IZ1A 3TTNA 4LP2B 2XXUA 1YAEA 1EH3A 3QSLA 4JXIA 4LA9A 1TXFA 4HW8A 3QXMA 1MQDA 3PV0E 3S9MC 4KFQA 1EZOA 2H9BA 3M3FA 2PBWA 5DEXA 1USYE 2ABHA 1MPBA 1TFDA 3F11A 2NOOA 2XXIA 4PFUA 1LCTA 3M3KA 3TPAA 3D4CA 2F35A 1Z7NE 4OHNA 5H8HB 1LAFE 4YAHX 3IOTA 1JVXA 4U1OA 1DTGA 1MPCA 4EF2A 1YCJA 2O84X 5CRYA 5DT6A 1MQJA 4GIZA 4IO3A 1SYIA 3TUSA 3DP8A 2GRVA 3IL1B 3FIRA 2YJPA 5H8FA 2DQVA 2DE3A 2WKYA 1S9TA 4OFOA 4U2RA 3S4UA 1RYOA 2Q8JA 3LBSA 1MQIA 3MQ9A 5CM6A 1RYXA 2H98A 4F3BA 3VVEA 2F34A 1MY3A 3TCFA 2Y7IA 4QHQA 3IOUA 2ZXTA 3G3GA 5I58B 1B5JA 2H25A 1MY0A 3PPPA 4R2FA 5CMMA 3VE1B 2XXVA 4QFKA 3MP6A 3C33A 4WEPA 4U4XA 3QK6A 2ZYMA 4MH5A 2DE2A 4GL8A 1POTA 5ICTA 3OO6A 4OEUA 1R9QA 1QKAA 1FTKA 2HAUA 4OTEA 2HZLA 4RA1A 1QVSA 3FD3A 3RTWB 2O68A 5FTIA 4GOTA 1TFAA 1MXYA 3O6IA 3TTMA 4KYEA 1URDA 5AE4A 1LBCA 4DE8A 4LZ5A 3RGYA 5L9MA 4G2ZA 4AQ4A 1R6ZA 5H8HA 2A5TA 3A09A 4YKPA 3T66A 3OO7A 2I4BA 3O6GA 3OO9A 1LFHA 4F39A 1MXUA 4X48A 1VE4A 1FCKA 1N04A 3U8QA 3IOWA 3PMWA 4KI0E 2DWJA 2VP1A 3TQWA 1NNKA 4BDMA 1R9LA 4P11A 1LFIA 1MY2A 2G29A 3RT6B 2RC9A 3TYHA 4F1UA 5L8DA 4DXCA 3IAZA 3IOVA 1O7TA 4IY6A 1URSA 2ZMBA 3EPEA 2DWIA 3CFXA 3MWBA 5FTHA 3FV1A 4NF6B 2PVUA 3H6UA 4MFIA 3ODBA 1P1OA 4TLMB 4JSDA 1MM7A 3PUXE 5IAIA 2HQ0A 5KZTA 4X1DA 1O64A 1N3WA 3C4MA 2THIA 4ZEIA 2V3TA 3H4ZA 3IORA 1LB9A 4XIGQ 4HCYA 4OQOA 2R9JA 3LSXA 2DP8A 4OVJA 3EHSA 4C1TA 2M8CA 4Z7EA 1A8FA 3TKDA 4G8HA 4U21A 1Y3QA 4ZEKA 1Y1MA 4F3GA 4PE5B 4GVOA 1A54A 4F2OA 3W9VA 2OCUA 1SYHA 4POXA 4EXLA 3CRBA 2AL5A 2GH9A 1T0KA 3G3HA 3EQ1A 3U72A 1B32A 3EHUA 1JEUA 1RKMA 1BP5A 3Q26A 1UTBB 4JB7A 3TELA 1B3FA 3MC2A 4FE8A 3E13X 3VLWA 2DWHA 1NMUA 3K0VA 1PBQA 1JETA 1S7YA 4HCWA 4WEDA 5L9SA 4H8IA 4YB5A 5I2NA 1Y4TA 5H8SA 2V25A 2ESNA 1IXIA 3IO6A 3MVXA 2XHDA 1ZKBA 3HO7A 3T9HB 4H1XA 4JBZA 2V3QA 2DSFA 1BTJA 2ZNTA 4GQOA 4IGRA 1OLCA 3H03A 3KEIA 4FJPA 1A99A 2I4CA 2RCAA 5H8NB 1DPPA 2Y7RA 3GXAA 3B6QA 4NTLA 1PEBA 2Z8FA 1YPNA 4FAJA 4YKKA 3VXCA 5I57A 4MLVA 2E0SA 2PT2A 3PPNA 1IQ7A 2VD2A 4BDQA 1DTZA 3S9LC 1PB8A 4ZZAA 3KOTA 5IKBA 1NFTA 2UVGA 2KLFA 1US4A 5TU0A 1Q35A 3PGFA 5K2YA 3LC8A 5KDTB 5HPQA 2XXHA 4JWXA 2D3IA 4EQBA 1QUJA 4HTGA 4TOZA 3QUJA 3FVKA 3H6WA 3TTRA 1B51A 2NWJA 2I49A 4THIA 1OVBA 5BWJA 3PPQA 3VDFA 3CSBA 3C36A 1SVXB 1ZU0A 2O1MA 2XXWA 4JSOA 4Q30B 5TPAB 5JTYA 2I6EA 4RPNA 4IO6A 1SI0A 4RXLA 1N0TA 1DOTA 1ATGA 2O69A 5J1DA 2H4IA 1XC1A 1MDQA 4IO5A 1MXVA 3FVNA 2XX8A 4OERA 1N76A 4G68A 3RUMA 3OO8A 1B3LA 1M5EA 5H8FB 3PPRA 2QJEA 1SBPA 3SETA 2XXQA 2ZYKA 1FTMA 4NE4A 3JZJA 3K1MA 4LATA 2FA7A 3JV9A 5F1QA 3PUYE 1B1HA 1B5IA 5H8NA 4YMBA 3TQLA 3VLUA 4ZECA 1LSTA 4ONYA 4QFNA 2CZLA 3PUVE 1IITA 2FNCA 2IA4A 4UACA 3MUQA 4EDPA 3I5OA 3QIMA 5I2KA 4ESXA 4HS7A 3E3KA 2QS1A 1QJMA 3VV5A 2ONSA 4F31B 4AB6A 1QKBA 3M3LA 3CFLA 3IR1A 5ISUA 3CR9A 1ELJA 3FASA 4XKRA 4PQJA 3ECRA 3UGWA 1BIYA 4U4SA 3ZSFA 3FXQA 3TTKA 4NF8A 4LUBA 2O7IA 3IJXB 4FEBA 1AIVA 4F1VA 4E0WA 1IXCA 3RY3A 1B7UA 4YICA 3RNNA 3OXNA 3MPKA 5TPAA 1UIVA 3ONMA 1IEJA 1LCFA 2ANJA 3UP9A 2A5TB 2XD3A 4UA8A 2QSXA 2QS2A 2Z8DA 1MM6A 3HPIA 4IO2A 2B65A 4NF4A 1PDAA 4YU0A 3Q29A 2QMXA 1B05A 4WKMA 3U1OA 1GR2A 1AMFA 3OOAA 4ND9A 3Q28A 1FW0A 1ZJLA 1OIBA 2I3WA 4PFWA 4F2QA 3VLVA 2ZNUA 2ALUA 3R26A 3ZS6A 3IB0A 3G3KA 3N94A 2QMWA 4R72A 4EXKA 4YZZA 1Z7ME 1GGGA 2RKMA 1EZ9A 2P2AA 2UXAA 2DXYA 4GD5A 3IB2A 5CBRA 2OZZA 3HN0A 4EQ9A 1H44A 1B3EA 5HBCA 3CG1A 2NXOA 3L6HA 5AA3A 1CB6A 2UYFA 3T96B 4F19A 1NL5A 3Q25A 3SEXA 3CIJA 3UA8A 4NWCA 3Q27A 2ZYOA 1FQEA 1BLFA 1FTOA 4QSCA 3CSGA 2F6PA 4OEVA 2UVHA 3O6HA 1SD3A 3H06B 3TTLA 3LR1A 2R71A 3V89B 1LB8A 4ISUA 1AH5A 1PBPA 3I3VA 3U94A 5FHMA 1M5DA 2F6GA 3T22A 4WXJA 4KCDA 4ZS9A 1D4NA 1MXWA 2O51A 4KCCA 2DVZA 3HSTA 4U22A 4RY1A 5I2NB 4RK2A 1MY1A 2H99A 3MW0A 2I0CA 4GF8A 3KFMA 3MP8A 3BKIB 1B46A 2O1LA 5FHNA 3CFZA 3N6UA 1B58A 1XS5A 3MZ9A 2HAVA 4XKPA 4I8CA 3DM0A 3GBBA 3G3JA 4KPTA 4DXUA 5KCJB 5L9OA 4PP0A 3KG2A 1UTHA 4O3CA 1B5HA 5FHOA 5I57B 3MP1A 4YKIA 1SW1A 2HXWA 3SESA 2F8DA 2PYYA 4N07A 2QRYA 4C1UA 1Y4CA 3HHFA 4R6HA 1OLAA 3MPLA 4R74A 4RJZA 3CI8A 3MZ1A 1FQFA 1H43A 3PD9A 4RYAA 3D4GA 4MF3A 3H3GA 1SQYA 4NEDA 3KBRA 2RC8A 4G4PA 1LFGA 1MRPA 1XT8A 3ILTB 5TP9A 2F78A 4LZ8A 3V5AA 1H76A 2O6AA 3B6TA 1MPDA 4BDRA 3N6TA 4F1YA 5JTYB 5HM4B 4E0XA 1M5FA 1OQHA 4F3SA 4NF5A 3OMBA 4I9DA 3TAJA 5ITOA 3K1NA 3K6UA 3MVWA 1AOVA 5A5XA 3VVFA 1HSJA 1S50A 3UORA 4G68C 1EZPA 2Y7PA 5CMKA 4G8NA 3RQTA 2H5YA 4G68B 4F18A 1B4ZA 3KN8A 2X7QA 2UVIA 1N7XA 4IO4A 1IXGA 4XXUA 3HHGA 3KJ7A 1MY4A 3K6WA 2HFBA 1R1NA 4ESWA 2CMOA 3K02A 3KSXA 3C35A 4P0IA 5KCJA 2REJA 1N7WA 1TWYA 3AXFA 4M1VA 2ONKE 3RPWA 2Q89A 3OD7A 1Y9UA 1USYH 1ZTYA 4DXBA 4FATA 1MXZA 1NNPA 5I2KB 2NUVA 4JWYA 2DWAA 1O63A 1I6BA 2LAOA 4L17A 3G3FA 5AA1A 2F97A 5DVIA 2XXYA 2HEUA 4H5FA 4ZEFA 2B3FA 1J1NA 5DVFA 4LQ2A 2RCBA 2PMSA 3R7XA 3IO4A 1MQHA 4EF1A 3VVDA 1NH7A 4NF8B 2GFEA 1XOCA 2UYEA 1P1UA 3PPOA 2R6GE 2Q9TA 2HCAA 3GLBA 2XXTA 4R2BA 2YLNA 4H8JA 3RN8A 2P1SA 3HV1A 3G7WA 4O3AA 4G8MA 2PX1A 3O2AA 2P0SA 2DOJA 5I84A 3O9PA 1IUDA 3OSRA 4G77A 4QSDA 1VR5A 3TCHA 3S9EA 3OENA 2REGA 1L5TA 3PD8A 2F7AA 3FJ7A 4ZZEA 3FUZA 3SEYA 2QL3A 4NF4B 4BDNA 4OENA 4F3PA 3ZKKA 1P1WA 3T9XB 3IB1A 3N26A 1JNFA 4BDOA 2XX9A 1JEVA 3FJGA 4U1ZA 1FTLA 4GXSB 2BJJX 1XVYA 3HCQA 3KN7A 2I58A 2Z22A 4ELPA 1B6HA 5EHSA 4Q8RA 1F9BA 3LSWA 1JW1A 1GV8A 1Y1ZA 3WAFA 1YTVA 4ELQA 1D9VA 3SDFA 4RK9A 1GVCA 4LQ5A 2XD2A 4OXVA 4R6YA 1A8EA 4ECFA 2AYSA 4P0GA 2DE4A 4QFLA 5CMBA 3CVGA 4I1DA 2IEEA 4QFPA 4PFTA 1JW4A 2DXRA 3K2DA 4IY5A 4X9TA 4R6KA 5B70A 3QYTA 1ZMGA 3PMXA 1TT1A 1N84A 2B3BA 2I48A 1MH4A 4QSEA 4ZEDA 3G3IA 4FEDA 1LAHE 2A5SA 2XX7A 2PT1A 4RNSA 2VOZA 1JVYA 4IGTA 3C34A 2RC7A 3H6VA 1ZLQA 4GXAA 2D5WA 5I59A 4GFRA 1B40A 1SDXA 4FORA 3LSLA 4QFOA 4KR5A 2GHBA 3GZGA 2X7PA 3H7MA 2VGQA 3ILUB 3FV2A 1H45A 3K6VA 1I6QA 1URGA 2Y84A 3U92A 3EHTA 1JQFA 5ELVA 5K2XA 1WDNA 2V3UA 4RPOA 2GHAA 1M5CA 3TEPA 3THIA 5JK4A 2ONRA 3USDA 2OBGA 3TODA 2HZKA 3MZBA 1UTHB 1B3GA 4R75A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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