1PBQA

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with 5,7-dichlorokynurenic acid (dcka) at 1.90 angstroms resolution
Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
286
structure length
274
Chain Sequence
RLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQEC

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (6-10)S7 (104-106)EMPTYTVIa1 (13-16)TIV1 (14-17)TIV2 (45-60)S2 (18-21)O2 (28-62)TI1 (23-26)TI2 (33-36)S3 (42-45)AH9 (260-274)S13 (238-255)S4 (61-64)AH1 (66-78)S6 (95-97)AH2 (108-115)TVIII2 (116-119)TI3 (87-90)S5 (82-86)TIV3 (97-100)TIV4 (98-101)TI6 (235-238)S8 (120-127)TI7 (255-258)AH3 (129-133)S12 (220-224)S9 (135-137)AH6 (192-200)S10 (142-151)AH8 (225-234)TIV5 (140-143)TII1 (151-154)TI4 (158-161)AH4 (162-165)TI5 (168-171)TII2 (176-179)TVIII3 (169-172)S11 (173-174)AH7 (206-215)TVIII4 (216-219)O4 (236-290)AH5 (180-187)3H1 (189-191)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Mechanisms of activation, inhibition and specificity: crystal structures of the NMDA receptor NR1 ligand-binding core
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-methyl-D-aspartate Receptor Subunit 1
total genus 73
structure length 274
sequence length 286
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-05-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pbqA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pbqA02
4YICA 4F31B 3C36A 3MJNA 1A54A 4TOZA 5JEIA 3RQTA 4DXBA 3N26A 3IB2A 4O3CA 1MQDA 3B6TA 1WODA 4R6YA 3VVFA 2XXHA 1POY1 2I3WA 1B46A 2H98A 4NF4B 4RA1A 4PE5B 1XHYA 2GHBA 3IK6B 1POTA 2RF1A 3QIMA 2VHAA 3KN7A 3RLFE 1O63A 4F22A 1MPDA 5TP9B 4EQ9A 1EZ9A 3MP1A 1H44A 4DCXA 3KN3A 4X9TA 1Z7NE 2ZXTA 4RK2A 4DXUA 3UGWA 3SKPA 3SEYA 3RT6B 1VFEA 3VVDA 3U1OA 1MG1A 3SEUA 4H5FA 3S2VA 4DCYA 2DOJA 4IO6A 5I2NB 3ECRA 4NF8B 3G3KA 2I3VA 3H6WA 5AA3A 2I48A 1AIVA 2Q89A 4ELQA 4KYEA 1M5FA 4THIA 1QUIA 5CMCA 2Y84A 3K4UA 4AQ4A 4M1VA 1FW0A 2UYEA 2O1LA 1MM6A 1MM7A 4ZS9A 4GWOA 2AIXA 4NF5B 5H8FB 3FJ7A 1TXFA 1M5EA 4NF4A 1MQHA 4H65A 2GHAA 4G8MA 3AXFA 4U4XA 4EUOA 4YB6A 4OFJA 2ONSA 1TFAA 3KG2A 5TP9A 3TFLA 2A5TB 4ZEDA 2M8CA 2Z8DA 1AL3A 4LQ2A 4GVOA 4BDOA 3CFLA 1OQHA 3U92A 4Z7EA 1URGA 2DVCA 3UORA 1OQGA 5DVIA 3ODBA 1NMUA 3IB0A 1DMBA 4G68B 5BUUA 1J1NA 3O97A 4G4PA 1B51A 4QFKA 1Q35A 3OO7A 5I2NA 1HSEA 3QK6A 4U2RA 1P99A 3L6GA 3SDFA 3IR1A 3KOSA 1IIWA 2Y7PA 4FEDA 1FTKA 5DT6A 3FUZA 1EZPA 3K1PA 2RINA 4LP2B 1VFDA 5HPQA 4GL8A 3TQWA 2OK2A 1B32A 3HHFA 5I84A 1D4NA 1SQYA 1MXUA 2VOZA 1N84A 5EYFA 4H5GA 4KYSA 3K6VA 2XXWA 4NF5A 1P1QA 5H8FA 3TAJA 3R6UA 4OYVA 1BIYA 2ZNSA 1N0TA 4LQ5A 1RKMA 2ABHA 3KBRA 2KLFA 2OCUA 4EF2A 3VVEA 5TPAB 3ILUB 1S50A 4WEDA 2XXQA 3VXCA 3TEPA 1ZU0A 4UA8A 2A5TA 2UVJA 1B0HA 1SYIA 2X7PA 1B0LA 4ESXA 2DWJA 2O68A 2Q2AA 3KZGA 1LSTA 2IEEA 1Y3NA 1P1WA 4G68A 3HO7A 1MXZA 2H25A 1ATGA 3PPOA 2ZYNA 4QFNA 2F7BA 3OXNA 2DXRA 5ICQA 3CG3A 2RC7A 2F7CA 2PT1A 2OWSA 4Q0CA 2ZYKA 3TMGA 3U93A 2I58A 3G7WA 1B1HA 1SI1A 1DOTA 2F8DA 2DWHA 4QFOA 3VLWA 4F1YA 2I0CA 2XHDA 4N07A 1GV8A 4HTGA 4F29A 2RC9A 2O84X 4K3FA 4L17A 4LVQA 3EN3A 3WAFA 1IXCA 2UXAA 5TPAA 1SBPA 2H9BA 4WKMA 1LFHA 1LLSA 3OO6A 1MY4A 2ONKE 4I62A 4IO2A 3I5OA 5I57A 3CG1A 4PFYA 4DZ1A 2XX8A 3OSRA 5H8SA 1JNFA 2VD2A 1SYHA 4HW8A 1I6AA 2D3IA 3G3FA 1MXXA 3MPLA 2P2AA 3RPWA 3C33A 1NNPA 1JETA 4ZEIA 3K00A 2ZNUA 4ZZEA 3LSFB 1NH8A 4ZE9A 1ZJLA 2ZYMA 3IOTA 3U72A 1XC1A 4RK9A 1VSOA 1MQIA 4R2BA 3PD9A 1YTVA 3LBSA 2PMSA 5H8HB 2NXOA 3HPIA 5CMMA 2F6GA 5J1DA 1JQFA 3OD7A 4RNSA 5B7DA 2HAUA 5I59A 1GTKA 4KQPA 1T0KA 2XXPA 4E0XA 2RCBA 3RY3A 4ISUA 1LBBA 3H03A 3TTRA 3MVXA 1M5BA 1MRPA 4FAJA 2QS2A 4KR5A 4BDMA 2V3UA 2QPQA 3UN6A 4HCWA 4R9GA 1D9YA 4OENA 4OQOA 3M8UA 2VGQA 5IKBA 3TQLA 1FTMA 3PV0E 1CE2A 4LA9A 1MH4A 1I6BA 3W9VA 3ZSFA 3PMXA 3JV9A 4OXVA 3HV1A 4POXA 3PUXE 4IY6A 4BDRA 3IL1B 4UACA 3K1NA 4KCDA 5CRYA 5ELVA 2GH9A 5JTYA 1B52A 5H8HA 3MVWA 3THIA 4QFPA 2QJEA 5F1QA 2I4CA 5DEXA 4POWA 4FECA 3O29A 1Q1KA 2F7AA 3PUWE 3FATA 2RCAA 4Q30B 4R74A 4PQJA 1B3GA 1Y1MA 4H8IA 1FTLA 1N3WA 3FV1A 3TTLA 4KPTA 2ANJA 4N6PA 4QSDA 3OSQA 4MBPA 3CSBA 1B5HA 4F1UA 3IO6A 1NH7A 2DWIA 3TPAA 5CMBA 2Y7IA 5H8NA 4ND9A 2B65A 2UVHA 4E0WA 2AL5A 1SW2A 3OENA 3EHUA 1UTBB 3PU5A 5EHMA 4YB5A 5AA4B 2CZLA 3LSLA 1SW1A 2NUVA 1II5A 2Y7WA 3V8XB 2R71A 4GLIA 1TT1A 1SI0A 4O3AA 2HAVA 4KHZE 2V3TA 2PBWA 5CI5A 3VE1B 1VE4A 3EF7A 3H4ZA 3TUSA 4F1VA 3S9MC 5DVFA 1F9BA 3DELB 1EU8A 3V89B 3LC8A 3PGFA 1US4A 1L5TA 1JVYA 3UK4A 3CI8A 2VD3A 3QAXA 4R72A 3KN8A 4YKKA 3TKDA 3K6WA 1JW5A 1XVXA 1LB8A 2W7YA 4FJPA 1B4HA 2RKMA 4AB6A 5FHNA 1B58A 4YZZA 2I4BA 3PD8A 2O1MA 4LZ5A 1UTHB 2V93A 3UP9A 3C34A 2ZNTA 4F3BA 2X7QA 5K2XA 2QS4A 2I0BA 1GR2A 3Q27A 2HXWA 5KDTB 4NE4A 1HSLA 2F34A 3FIRA 3R26A 2PVUA 1AOVA 5L9MA 5K2YA 2AL4A 2RC8A 4JWOA 4OHNA 1A8EA 3KSXA 4H67A 2PT2A 2O7UA 2DE4A 3UIFA 3IJOB 2NWJA 2XXRA 5ICTA 3MPKA 1FQBA 3E4RA 5FTHA 4TQUQ 3OO8A 2CMOA 4NF8A 2E1SA 2OBGA 5L8DA 4R73A 1CB6A 3MW0A 1B3LA 2THIA 3FVGA 1XOCA 4YKJA 3IJXB 3D4GA 4I9DA 4Z0IA 1PDAA 2Z23A 1B6HA 1P1NA 2FYIA 1A40A 3FXRA 4H1XA 3MZ1A 3K2DA 4C1UA 1XT8A 2O69A 3A3UA 4HCYA 4FEBA 5H8QB 3T9VA 3RTFB 1Y3PA 3KFMA 4JDFA 3BBRA 3PPNA 4OEVA 4IO7A 3GZGA 2XX9A 1DSNA 2UVGA 1IXGA 2QS3A 1MDP1 3OEKA 3U8QA 1A8FA 5JK4A 3JYRA 1Z7ME 2R6GE 3B6QA 4NEDA 3TCGA 1QUKA 3O28A 2D5WA 1QW0A 3TELA 1D9VA 5I2KB 2A5SA 4IGTA 3QSLA 3G3JA 4IY5A 3MBPA 4YMAA 1FQCA 1QJMA 3K6UA 4LUBA 3I3VA 3A09A 3KJTA 3OO9A 2ALUA 4XXUA 2QMWA 3ZKKA 2O51A 4FE8A 2X26A 1R1NA 4NF6B 1P1UA 1JEUA 3DLNA 5I56B 1WVJA 4XTCQ 1LB9A 2QRYA 4G68C 1N04A 1Y3QA 1H43A 4LZ7A 4ZEBA 2XXVA 3CR9A 5ITPA 2Q9TA 1GVCA 4Q8RA 1ZKBA 4EQ7A 1B9JA 4JB7A 1SD3A 4EQBA 2YJPA 4G8HA 2O7IA 5DVJA 2XXIA 3Q29A 2HFBA 4YB7A 1ZIUA 1B3EA 2H5YA 4R75A 2BJJX 3ZS6A 3TDJA 3E3KA 1IUDA 1B4ZA 4F2OA 3HN0A 1LAGE 1R6ZA 3PPQA 1URDA 4OZ9A 4RY1A 5I2KA 3SEVA 1NNKA 4MFIA 4EF1A 3T22A 3P7IA 1LFIA 1PEBA 4PP0A 1EZOA 4JBZA 2E0SA 5FHMA 3SEXA 5TU0A 3H6VA 2QSXA 4EDPA 2DXYA 2Q8JA 3TTKA 1MS7A 1B3HA 4YAHX 3FGSA 1FQFA 3FJGA 4NF6A 4C0RA 1AH5A 4U22A 3RGYA 1QKAA 4MLVA 5I56A 3N6UA 3FVNA 2Q88A 2R9JA 5AE4A 3V83A 4XKRA 3IB1A 1ZBMA 4QFLA 1OMPA 4HS7A 2DYXA 4OEUA 3G3GA 1O64A 4O3BA 5CMKA 1O7TA 4H0WA 1QVSA 4FATA 3BKIB 5FHOA 1B7HA 4ZDMA 3RTWB 1ELJA 1NL5A 2XX7A 1WDNA 4X1DA 4MH5A 1ANFA 3TTMA 2PX1A 3BFTA 4DIGA 4F3GA 1DPPA 4OFOA 1N7XA 2Q2CA 1LAFE 4G8NA 1TFDA 3EPEA 1ZTYA 1IITA 2P1SA 3M3KA 5FTIA 2V84A 4N13A 5A5XB 5I58B 1NNFA 2DSFA 3E9XA 3EQ1A 3GLBA 1B1XA 1JVXA 1Y4TA 4H6DA 3MUQA 1LAHE 3MVZA 2O6AA 2ZMBA 1YCJA 4DE8A 4FORA 5ITOA 2P0SA 4GD5A 3C35A 3MAMA 4R6KA 2OZZA 1OVBA 3M3FA 2OJTA 4ECFA 4ZZAA 1FQAA 4QRZA 1M5CA 5EHSA 3H7MA 1HSJA 4R9FA 3FZVA 4FIMA 4NWDA 1MH3A 4F3PA 4IO5A 4RPOA 3W9WA 3Q26A 1OLCA 1BKAA 4OMBA 1IEJA 3PPPA 4GXSB 4JSDA 1RYOA 3T9XB 3K6XA 3K1MA 4Q5TA 3QXMA 4ZEKA 5B70A 1JW4A 3O6HA 3G3IA 2GRVA 3VLVA 4ZECA 4BLAA 3PUYE 4PFTA 4EXLA 1MPBA 4PFUA 3KOTA 1PBQA 3CIJA 3K0VA 1D3KA 2FNCA 3C9HA 4QSCA 5I58A 1US5A 1H45A 1QULA 4KI0E 4NMYA 4ELRA 4P11A 3IX1A 3LUYA 3VV5A 1SDXA 3TTNA 3VXBA 4JSOA 1RYXA 3MVYA 1KWHA 3LSXA 3OEMA 5F7VA 1B7UA 2F5XA 2OLBA 2HEUA 3RN8A 4YU0A 4LZ8A 3GBBA 3SEWA 3B6WA 2D21A 3FXQA 3TODA 4G2ZA 1LFGA 3JZJA 1N3XA 3KJ7A 4IB2A 3MQ9A 2PYYA 1B7ZA 3T9HB 1MXYA 4PFWA 2GFEA 3MZ9A 5LOMA 3V5AA 3OMBA 2XD3A 3T96B 2DQVA 2Y7RA 3TCFA 4P0GA 3RUMA 1JW1A 4ONYA 4IO3A 4U1OA 4X48A 3W15C 3CFZA 3S9LC 3BFUA 3IOVA 5KZTA 3TCHA 5CC2A 1N76A 1PBPA 4M4GA 3SERA 1MXWA 2HQ0A 2F6PA 4ELOA 4OFLA 2XXUA 1LCFA 3ILTB 4YMBA 3CFXA 4WEPA 1OVTA 3GBAA 2XXXA 3IAZA 3SESA 1MQGA 3HHGA 3TYHA 3PUVE 4QF9A 1UTBA 2I49A 1DPEA 1B05A 4WXJA 5AA4A 5CBRA 5L9OA 1XVYA 3QUFA 4BDQA 2XD2A 4R2FA 2UYFA 3CSGA 1IQ7A 1IXHA 4XIGQ 1H3DA 3DP8A 1MDQA 3LR1A 3MC2A 4F3SA 1LGBC 4U1ZA 4GL0A 4R6HA 2Z8FA 3U94A 3FASA 2UVIA 4RYAA 3OOAA 3R7XA 3EHSA 1UQWA 3C31A 2ZYOA 4I8CA 3MZBA 1FTOA 1B2HA 2NOOA 2G93A 2DE2A 4F2QA 3VLUA 3H3GA 1BTJA 4C1TA 3IO4A 5HBCA 3O9PA 5AA1A 1FQEA 4KCCA 1PB8A 1MY0A 2ONRA 1B5IA 5AA2B 3MWBA 1UTHA 4TLMB 2QS1A 2F97A 4ZEFA 2DVZA 3DP4A 4OERA 1R9LA 1ZLQA 1N7WA 4IO4A 4F18A 3PPRA 3RT8A 4JWXA 5KDTA 4MLQA 3A3CA 4RJZA 3PMVA 1S9TA 3GXAA 2DE3A 1BLFA 2DP8A 4I1DA 3FXUA 2Z8EA 4GIZA 4NTLA 1I6QA 5KCJB 1A99A 4GF8A 3HCQA 4U23A 3PUZE 1SW5A 1NFTA 2QL3A 2H99A 1SW4A 3MP6A 4KFQA 1LAXA 4ELPA 4U4SA 2LAOA 1QKBA 3D4CA 4MF3A 5I57B 3CRBA 4DDDA 4QSEA 1A55A 1IXIA 2FA7A 2NVUB 4GQOA 4F39A 4P0IA 3C32A 2VP1A 2XXTA 3QYTA 1FCKA 4GOTA 4AB5A 4GRKA 1UIVA 2B3BA 5AA2A 3N94A 2DS9A 3VDFA 3ZKLA 2B3FA 3F11A 1PB7A 2Y7KA 4BDLA 2F35A 4JWYA 3E13X 3IORA 4QHQA 5H8QA 5DYHA 3SETA 1DTZA 4DLDA 1MY3A 1B5JA 4F19A 5M2VA 1USYE 1OLAA 2AYSA 3T9UA 4XKQA 2REGA 1Y4CA 3H06B 5KCJA 1PC3A 1Y20A 3N6TA 5I59B 4KD5A 4XKPA 1B40A 1AMFA 1P1OA 1VR5A 3O6IA 4EXKA 3EHTA 3UA8A 4YKPA 4OTEA 3K01A 4PETA 1EH3A 3QUJA 1MXVA 5DTBA 3DM0A 3Q28A 5CM6A 3O6GA 2XXYA 1ZMGA 1YPNA 1MY2A 3PMWA 1XS5A 1R9QA 3MP8A 4NWCA 3RNNA 4YKIA 1QUJA 3DP6A 1GGGA 2REJA 3ONMA 3O66A 1BP5A 4GXAA 4DXCA 1H76A 3KEIA 1OIBA 4TLLB 3C4MA 3I6VA 3HSTA 1URSA 2H4IA 1FTJA 3N5LA 3WAEA 4ESWA 4XKNA 1FQDA 4RPNA 1Y9UA 4IGRA 4OESA 1PB9A 3VFJA 1DTGA 1LCTA 1IZ1A 1TWYA 2ESNA 5JTYB 3K02A 1S7YA 3T66A 1MQJA 3LSWA 1Y1ZA 4GFRA 3H6UA 4U21A 5DEXB 3S9NC 4KYDA 5HM4B 1UIUA 1MY1A 3CVGA 1M5DA 2F36A 3FJMA 1B3FA 2HZKA 4OETA 1YAEA 3FV2A 2HZLA 3S9EA 2Z22A 4OVJA 4G77A 3S4UA 3Q25A 3H6TA 3M3LA 2DWAA 2IA4A 5H8NB 5ISUA 3TZAA 5CBSA 2YLNA 1USYH 3KGCA 4LATA 3B7DA 3USDA 4LONB 1I69A 4X1BA 1MPCA 5IAIA 3O2AA 1A7LA 1NKXA 3IOUA 4BDNA 2QMXA 2V25A 1LBCA 2I6EA 5AA2D 3FVKA 2V3QA 3FD3A 3G3HA 2WKYA 3T93B 4ZE8A 5L9SA 1NNTA 3L6HA 3OELA 4JXIA 2F78A 4OWDA 2G29A 1JEVA 3KSJA 1SVXB 4H8JA 2YPNA 3IOWA 2HCAA 5BWJA 2OWTA 3FVOA 4RXLA 5A5XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FBFA 4YICA 4F31B 3C36A 3MJNA 1XI6A 1A54A 4TOZA 5JEIA 3RQTA 4DXBA 3N26A 3IB2A 3NOHA 4O3CA 1MQDA 3B6TA 1WODA 4R6YA 1DK4A 3VVFA 4GWXA 5EYGA 1RDYA 2XXHA 5T3JA 1POY1 2I3WA 1B46A 2H98A 4NF4B 4RA1A 4PE5B 1XHYA 2GHBA 3IK6B 1POTA 2RF1A 3QIMA 2VHAA 3KN7A 1FBDA 3RLFE 1O63A 1NUZA 4F22A 1MPDA 5TP9B 4EQ9A 1EZ9A 3MP1A 1H44A 4DCXA 3KN3A 4X9TA 1Z7NE 2ZXTA 4RK2A 4DXUA 3UGWA 3SKPA 3SEYA 3RT6B 4MIJA 1VFEA 3VVDA 3U1OA 1MG1A 3SEUA 4H5FA 3S2VA 4DCYA 4OA4A 2DOJA 4IO6A 5I2NB 4PBHA 3ECRA 4NF8B 3G3KA 1K9YA 1EYJA 2I3VA 3H6WA 2HHMA 5AA3A 2I48A 1AIVA 2Q89A 4ELQA 4KYEA 4AS4A 1M5FA 4THIA 1QUIA 5CMCA 2FIXA 2Y84A 3K4UA 4AQ4A 4M1VA 1FW0A 2UYEA 2O1LA 1MM6A 1MM7A 4ZS9A 4GWOA 2AIXA 4NF5B 5H8FB 3FJ7A 1TXFA 1M5EA 4NF4A 2FBPA 1MQHA 4H65A 2GHAA 4G8MA 3AXFA 4U4XA 4EUOA 4YB6A 4OFJA 2ONSA 1TFAA 3KG2A 5TP9A 4MNCA 3TFLA 2A5TB 4ZEDA 2M8CA 2Z8DA 1AL3A 4LQ2A 4GVOA 4OVSA 4BDOA 3CFLA 1OQHA 3U92A 4Z7EA 1URGA 2QVRA 2DVCA 3UORA 1OQGA 4P1EA 5DVIA 3ODBA 1NMUA 3IB0A 1DMBA 4G68B 5BUUA 1J1NA 3O97A 4G4PA 1B51A 4QFKA 3B50A 1Q35A 3OO7A 5I2NA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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