1POTA

Spermidine/putrescine-binding protein complexed with spermidine (monomer form)
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
322
structure length
322
Chain Sequence
NNTLYFYNWTEYVPPGLLEQFTKETGIKVIYSTYESNETMYAKLKTYKDGAYDLVVPSTYYVDKMRKEGMIQKIDKSKLTNFSNLDPDMLNKPFDPNNDYSIPYIWGATAIGVNGDAVDPKSVTSWADLWKPEYKGSLLLTDDAREVFQMALRKLGYSGNTTDPKEIEAAYNELKKLMPNVAAFNSDNPANPYMEGEVNLGMIWNGSAFVARQAGTPIDVVWPKEGGIFWMDSLAIPANAKNKEGALKLINFLLRPDVAKQVAETIGYPTPNLAARKLLSPEVANDKTLYPDAETIKNGEWQNDVGAASSIYEEYYQKLKAG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The 1.8-A X-ray structure of the Escherichia coli PotD protein complexed with spermidine and the mechanism of polyamine binding.
pubmed rcsb
molecule keywords SPERMIDINE/PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
molecule tags Binding protein
total genus 106
structure length 322
sequence length 322
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1potA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1potA02
4H0WA 2HFBA 1MQIA 1B4ZA 1TT1A 2BJJX 4M1VA 4ZE9A 3Q25A 3OXNA 1B5HA 2F6GA 4IGTA 4PFYA 4FEDA 4Z0IA 4F3GA 3G3IA 3ILUB 4OESA 2QSXA 1MY4A 4IGRA 1USYE 3T9VA 4O3AA 3BFUA 2F7CA 3FUZA 2I0CA 4NEDA 4U2RA 1Y4CA 3CG1A 2O51A 2PYYA 3H4ZA 1MY2A 5I2KB 2XXQA 3BFTA 2I6EA 3WAFA 4JWXA 2NXOA 4C1TA 2NUVA 3S4UA 3SEXA 4KD5A 3P7IA 3PPQA 3R6UA 4BDLA 1B32A 3IAZA 4RY1A 2REGA 2Y7KA 1SW5A 4JBZA 1IXGA 1XOCA 5H8NB 4EXLA 4FIMA 3OO8A 4GXSB 4EXKA 4ZECA 3TUSA 2Y84A 4DIGA 2DVCA 1DPEA 3VXBA 3IOWA 5H8NA 1MY1A 1OVBA 3KN3A 3MAMA 1MXYA 4EQ9A 3SDFA 2PT1A 3RY3A 2ONRA 2P1SA 4QSEA 4YAHX 1IXHA 2FYIA 2V84A 5JK4A 1S7YA 3VE1B 5F1QA 4YKJA 3PUYE 4G68A 3K0VA 1P1UA 3UIFA 4IO2A 5JTYA 3MP8A 2V3UA 4AQ4A 1B40A 2DQVA 2HAUA 1PB9A 3KGCA 1B52A 2G93A 3FVNA 4FORA 4EF1A 3C35A 4LZ5A 1WDNA 1POY1 4LQ5A 4FATA 3UK4A 3K6XA 3MP6A 1OLCA 4F39A 3ZSFA 2RC9A 3K1MA 4R74A 1URDA 2Q2AA 3RGYA 4IO4A 4OENA 1YAEA 3TZAA 4Q5TA 2X7QA 2O7IA 3KJTA 2ONSA 1SYHA 3MJNA 4RK2A 1QVSA 2HAVA 5CBRA 3TELA 4WEPA 3V8XB 3KSXA 3U1OA 1OMPA 2O84X 1NNTA 4U22A 3KZGA 2B3BA 5CRYA 1QW0A 4PFUA 4GLIA 4RNSA 3ZKLA 4ZEFA 1NMUA 1ZLQA 4OETA 4WXJA 3PUXE 2XXWA 1A99A 1FQAA 4P0IA 2O7UA 2I0BA 4NWCA 1SD3A 4F2OA 2DWAA 3M8UA 4ZEDA 2NWJA 2IEEA 5DT6A 3IK6B 3N26A 1MG1A 1H44A 2Y7IA 1H76A 1MQDA 1EH3A 1LSTA 3KFMA 2H99A 2THIA 2PMSA 1B5JA 1EU8A 1FQBA 4FJPA 3OMBA 2Q2CA 4YKPA 4DXCA 3VV5A 2ESNA 3PV0E 4XIGQ 2GHAA 3DELB 2ZYMA 4IB2A 4HCYA 4OXVA 3V89B 2HQ0A 1WODA 4GRKA 3PPRA 4LP2B 2Q88A 4NE4A 1DOTA 1LCFA 1MM7A 5L9OA 3V83A 5H8HA 3TTKA 3VVDA 2OK2A 4RK9A 5KZTA 2D5WA 1FTMA 4TLLB 2HEUA 1GGGA 1O63A 1ZU0A 3VDFA 4QF9A 3O29A 4MH5A 1H3DA 1PDAA 1XVYA 5ELVA 2I3WA 3KJ7A 1TWYA 4QFLA 4TOZA 3PD8A 2OWTA 2ZNUA 5TU0A 3PMXA 1GVCA 5FHNA 5AA1A 3TCFA 3UGWA 4H5GA 5I2NA 3ILTB 1LCTA 4LUBA 1OLAA 4OYVA 1LAGE 1LB8A 3T66A 5AA4B 2Z22A 4XXUA 1CB6A 1DSNA 4U1ZA 3S9LC 3ECRA 4DZ1A 3K6WA 1GTKA 2YPNA 3I5OA 1XVXA 1UIVA 4U21A 1R1NA 3TQWA 5I57A 1IXCA 4PFTA 1H45A 1MXUA 1XS5A 4GFRA 4QFNA 3PPOA 2QS4A 4DCXA 2UXAA 4NF6A 2ZMBA 5AA2A 1MY0A 2ZNSA 4Z7EA 4U4XA 3VLUA 2IA4A 2ZYOA 2RCAA 5HM4B 3E13X 1ATGA 2DVZA 2WKYA 3FGSA 3RPWA 4OFJA 4R9FA 4H1XA 3L6HA 2RCBA 3FJ7A 3G3GA 4QFKA 3MQ9A 1VFEA 2D3IA 4K3FA 1N84A 2A5TA 1DPPA 2UVGA 3KBRA 5I58B 1BLFA 2HCAA 2DWIA 4PP0A 1A55A 4IO3A 4YMBA 5BUUA 2YJPA 3O2AA 4KFQA 2Z23A 3E4RA 3C4MA 4RA1A 1SW2A 1B5IA 1S9TA 2Q89A 2RINA 4MFIA 4DDDA 3DM0A 1FCKA 4OEUA 5DYHA 4F31B 3MZ9A 4JSDA 4HW8A 4ND9A 3A3UA 3CFZA 3GXAA 4QSDA 3OD7A 4XKRA 2XX8A 4H6DA 4EF2A 1B51A 5L9SA 1P1NA 3I6VA 4DLDA 5CMCA 2KLFA 5CMMA 2H4IA 3MVYA 3VVFA 3OENA 4HS7A 1UTBB 1ANFA 1D3KA 1N3XA 5H8FA 3EF7A 1NKXA 5TPAA 5B7DA 2F6PA 1B3GA 2X26A 2XX9A 5DVIA 2A5SA 5H8QA 4G2ZA 4ISUA 1AMFA 3EPEA 3M3KA 3IJOB 2F7AA 1FTKA 3FXRA 4GQOA 1Y1MA 2DS9A 4GL0A 3UA8A 3O6IA 4Q8RA 3O28A 1IIWA 2GRVA 2VHAA 3I3VA 3CR9A 2XXYA 1RYOA 2HXWA 1B9JA 1P1WA 4ZS9A 3T9XB 2UYFA 2PVUA 4NF5A 2G29A 4WKMA 3H03A 1FQEA 1JW1A 3N5LA 4FEBA 1GV8A 3MC2A 4R73A 3TQLA 5HBCA 2V93A 3EHSA 2V3TA 1AL3A 1DTGA 1I6BA 2OWSA 1IEJA 3JYRA 2X7PA 1EZ9A 4FAJA 4E0XA 3C36A 2XXUA 5FTIA 4LZ7A 5IAIA 4JWOA 2R6GE 2GFEA 3OSRA 1FTOA 4GL8A 2XXPA 2VD2A 4I9DA 4G68B 1SI0A 4OFLA 1B0HA 5ISUA 2GHBA 3SESA 2QS2A 5JTYB 3HSTA 1Y9UA 2F7BA 1ZBMA 1B3EA 1P99A 3N6TA 4ONYA 2NOOA 1QKBA 4OVJA 3EN3A 5BWJA 1VFDA 3TPAA 3H6VA 2AIXA 1NNKA 4R6KA 1Z7NE 1WVJA 3GBBA 3ZKKA 4NF4A 2OLBA 4Q0CA 1USYH 1ZJLA 2CMOA 1B7ZA 4G8HA 4G4PA 2YLNA 4IO7A 4H5FA 1MS7A 4KHZE 3SEUA 4H8IA 3MP1A 2XXTA 3FXQA 3ZS6A 1LB9A 4OEVA 1FQDA 1QUIA 2DWJA 1SW1A 3CSGA 3MVXA 3MVZA 4ZZAA 5ITOA 3K6UA 4POWA 4R6YA 1MPBA 1EZOA 3B6QA 5FHOA 1A8EA 3O97A 5CMKA 1YTVA 1NNPA 3FIRA 3L6GA 4BDQA 3TMGA 4LVQA 1A8FA 1Z7ME 3TTLA 4I1DA 3ONMA 4EQ7A 3OELA 4DXBA 3RT8A 5K2YA 3LSWA 1SW4A 4ESWA 4P0GA 4E0WA 5KDTB 4OTEA 1NFTA 4X9TA 1XHYA 1B3HA 3OSQA 3IJXB 2VP1A 2F5XA 2F97A 4ESXA 1MXZA 4H67A 3FJMA 4DE8A 2AL5A 3Q26A 3UN6A 2I4BA 3T9HB 5KDTA 3LC8A 3FATA 3T9UA 3CI8A 3U72A 4F2QA 2H9BA 1SI1A 5I56A 3RQTA 4LA9A 2XXXA 3ODBA 4YZZA 4G8NA 3LSLA 1Y3PA 3FD3A 4XKQA 3HHGA 3LBSA 4RYAA 3OO7A 4DXUA 1OIBA 3HCQA 1JW5A 5AA3A 3T22A 2UVJA 4YMAA 3DP4A 1XT8A 3CFXA 1MY3A 4BDMA 2PT2A 2W7YA 4EDPA 4KYSA 2XXRA 2Z8EA 4H65A 1B58A 1F9BA 2I4CA 1MQHA 4POXA 5H8HB 4N07A 2D21A 4DCYA 1B1HA 1QUJA 4JXIA 3CSBA 2R71A 4JDFA 4KYDA 3Q28A 4YKIA 4BLAA 4IY6A 3C34A 3G3JA 5DEXA 4GF8A 1SQYA 4ELQA 1MPCA 3N94A 5ICTA 5I84A 4X1BA 1O7TA 4GIZA 2E1SA 3QUJA 1YCJA 2QMXA 2XXIA 5F7VA 2UYEA 4X1DA 3TTNA 1LBCA 4EUOA 5I2NB 2QS3A 4XKNA 3H6UA 5AA2D 1I6QA 3IL1B 4THIA 3GZGA 3LSFB 4R75A 3G3HA 4F29A 3PPNA 1VSOA 2OZZA 4ELRA 4GD5A 3KG2A 3QYTA 1Y3NA 1IITA 2I48A 3DLNA 4RPNA 3AXFA 2RF1A 1UQWA 1FQCA 4RXLA 2Z8FA 3RNNA 2DE4A 1QKAA 4QHQA 5I57B 1R9LA 2F34A 4AB6A 2UVHA 3RN8A 2UVIA 4YKKA 3SEVA 4OWDA 4F3PA 3KOTA 2GH9A 4P11A 1MM6A 2CZLA 3Q27A 1LAFE 4NF6B 2ANJA 1JVXA 5AA2B 4KI0E 5DVFA 1FTJA 3W15C 3U8QA 1URGA 1R6ZA 1JQFA 1PB8A 4BDRA 4I8CA 1B3LA 2DE3A 3RUMA 1US5A 4IY5A 3PMWA 1A40A 3MWBA 3G7WA 1QJMA 2A5TB 4F1VA 1SVXB 4YB5A 4C1UA 3MUQA 1M5FA 3PUWE 1NH8A 1GR2A 3IB0A 5I59A 4OQOA 4JSOA 1ZKBA 1LAHE 4OFOA 3TKDA 2O1MA 1MXXA 4YU0A 1PBPA 5EYFA 3K6VA 3KSJA 4FECA 3JZJA 2F36A 1UIUA 1JEUA 3KN8A 4U23A 3D4GA 3TAJA 2DP8A 3CG3A 3S9NC 3S2VA 2H5YA 1HSEA 1B6HA 1UTHB 1MQJA 5TP9A 2VD3A 1JEVA 3RT6B 1HSJA 5K2XA 5L9MA 4OERA 1FW0A 2OCUA 5H8FB 2DE2A 2REJA 4ZE8A 3QAXA 5TPAB 4NF8A 1UTHA 4PETA 4F18A 5A5XA 4ZDMA 3QIMA 3IB2A 1OQHA 1P1QA 2B65A 3PMVA 2LAOA 1MH3A 5H8QB 3WAEA 1MQGA 1HSLA 1OVTA 3F11A 3DP6A 1LFGA 3K4UA 2QL3A 4ELOA 3B7DA 3Q29A 3TFLA 5J1DA 3O66A 2DYXA 4C0RA 3SEWA 1JVYA 3FASA 1DMBA 3VLWA 4GOTA 2OBGA 4R2BA 3KEIA 1Y20A 3EHTA 5FTHA 2V25A 4LONB 3IR1A 2P2AA 4NF5B 5JEIA 3IOUA 3OEMA 4R6HA 2RC7A 3K02A 4LATA 3MVWA 4ECFA 4TQUQ 2Y7RA 5LOMA 1J1NA 3N6UA 2ZYKA 4NWDA 4R9GA 1IQ7A 4X48A 1EZPA 2PBWA 3PUVE 3KOSA 1AIVA 3FVOA 3VLVA 3B6TA 2NVUB 2DXRA 5FHMA 1L5TA 1B2HA 1B1XA 3PPPA 5CI5A 4IO5A 3LR1A 5CC2A 1I6AA 3MZ1A 1MDP1 3FVGA 2B3FA 3IORA 2DSFA 3HHFA 2I49A 1T0KA 5I2KA 5DVJA 5EHSA 2XXHA 3UORA 2XX7A 3K1NA 5ICQA 4KCCA 4QSCA 4YB6A 3U94A 3G3KA 2ZXTA 4ZEBA 3QXMA 3E9XA 3PD9A 4NF4B 5CBSA 1N3WA 5H8SA 4KPTA 3MW0A 4BDNA 3SKPA 3PUZE 3G3FA 3TTRA 4QFOA 1B4HA 3RTWB 4PE5B 1MDQA 5KCJB 3SETA 4OZ9A 4GXAA 1POTA 1PB7A 1M5DA 4IO6A 1TFAA 4HTGA 2O1LA 5M2VA 3TTMA 1D4NA 1SYIA 1Q1KA 3EHUA 4TLMB 1LFHA 4M4GA 2ONKE 3FV1A 1BP5A 5KCJA 3IO6A 3K00A 3FVKA 4ZEIA 4RPOA 2RKMA 5CM6A 4RJZA 4G8MA 4UA8A 4JWYA 4MLQA 1ELJA 3OOAA 2QJEA 2E0SA 1D9YA 2XD2A 1N7XA 4Q30B 3CIJA 4OHNA 1I69A 1PEBA 1URSA 3PGFA 1LBBA 2Z8DA 3MPKA 1Q35A 4GVOA 2ZYNA 4KCDA 3IB1A 4YB7A 2PX1A 3HO7A 4I62A 3MBPA 2F8DA 5I56B 3O6GA 3S9MC 4ZEKA 2RC8A 1RYXA 4MBPA 1MXVA 1H43A 1MH4A 3T93B 3QK6A 1BTJA 4GWOA 1N7WA 4XKPA 5B70A 3S9EA 1PC3A 3OEKA 4QFPA 1RKMA 3QUFA 2Q9TA 5IKBA 1DTZA 1TXFA 3UP9A 3JV9A 3K01A 3W9VA 1MRPA 3FZVA 1KWHA 3EQ1A 4L17A 3THIA 5L8DA 3TCHA 4R72A 2Q8JA 4ELPA 3C33A 3H6TA 3IOVA 2FA7A 2XD3A 1US4A 4LZ8A 1B7HA 4MLVA 5AE4A 1LGBC 1XC1A 5DEXB 4LQ2A 1JETA 3DP8A 3FV2A 4PFWA 3W9WA 4F19A 2I58A 3E3KA 1IXIA 1D9VA 2O69A 5ITPA 4NTLA 2VGQA 5DTBA 4F3SA 3HPIA 3R7XA 2QRYA 3U92A 2I3VA 2FNCA 3H06B 1VR5A 2P0SA 3LUYA 4G77A 1ZTYA 3FJGA 2QPQA 1AOVA 1CE2A 4KQPA 4R2FA 2AL4A 3HV1A 1II5A 3A3CA 1Y3QA 3MZBA 3U93A 1MPDA 1Y4TA 2HZLA 1B0LA 1SDXA 4UACA 3LSXA 3OO9A 2XHDA 3GBAA 3IOTA 3H6WA 4F1YA 1NL5A 3CRBA 3K2DA 4N6PA 2ABHA 2XXVA 3SEYA 1M5EA 2HZKA 3H3GA 2F78A 3C31A 3RLFE 3BBRA 2ZNTA 1S50A 4OMBA 1A54A 3KN7A 4ZZEA 4F1UA 1Y1ZA 4JB7A 4G68C 1PBQA 2AYSA 3SERA 1B3FA 1QULA 2DOJA 3TCGA 1N04A 2H98A 1R9QA 3O6HA 1OQGA 3VVEA 3V5AA 1QUKA 5I59B 3VFJA 3H7MA 3TODA 1AH5A 3OO6A 4H8JA 1N76A 5AA4A 2O68A 1P1OA 3K1PA 5EHMA 3A09A 4PQJA 2M8CA 1B46A 2QMWA 3T96B 2ALUA 4F3BA 3MPLA 3CFLA 1N0TA 2DXYA 5HPQA 1ZMGA 2Y7WA 1O64A 3B6WA 3RTFB 1LFIA 4F22A 3TYHA 3TEPA 2F35A 4U1OA 5TP9B 4KR5A 3M3LA 1JNFA 4MF3A 1B7UA 2V3QA 1LAXA 1JW4A 2O6AA 3C32A 1NH7A 3FXUA 3O9PA 3R26A 4NF8B 2VOZA 3HN0A 1TFDA 4KYEA 5A5XB 4AB5A 1BKAA 3PU5A 3C9HA 1ZIUA 2OJTA 3TDJA 5I58A 4QRZA 2R9JA 3QSLA 4EQBA 3BKIB 4HCWA 4O3CA 2QS1A 1IZ1A 1NNFA 3IX1A 4O3BA 4U4SA 4NMYA 3CVGA 4N13A 3VXCA 1LLSA 2DWHA 4BDOA 1B05A 1M5BA 3GLBA 3M3FA 3USDA 1SBPA 1BIYA 5CMBA 1MXWA 1VE4A 1YPNA 3D4CA 4WEDA 1A7LA 1IUDA 2Y7PA 4YICA 4FE8A 1M5CA 3IO4A 2H25A 1FTLA 1FQFA 4XTCQ 1UTBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0WA 2HFBA 1MQIA 1B4ZA 1TT1A 2BJJX 4M1VA 4ZE9A 3Q25A 1FTAA 3OXNA 1B5HA 2F6GA 4IGTA 4PFYA 4FEDA 4Z0IA 4F3GA 3G3IA 2CZIA 3ILUB 4OESA 2QSXA 1MY4A 4IGRA 1USYE 4JVCA 3T9VA 2F3DA 4O3AA 4NG7A 3BFUA 2F7CA 2QVUA 3FUZA 2I0CA 4NEDA 4U2RA 1Y4CA 1G0HA 3CG1A 1FPIA 2GQ1A 2PCRA 2O51A 2PYYA 3H4ZA 1MY2A 5I2KB 2XXQA 3BFTA 2I6EA 3WAFA 4JWXA 2NXOA 4C1TA 2NUVA 2Q74A 3S4UA 3SEXA 4KD5A 3P7IA 3PPQA 3R6UA 5F24A 4GWZA 4BDLA 1B32A 3IAZA 2ZZVA 4RY1A 2REGA 2Y7KA 1SW5A 4JBZA 1XI6A 1IXGA 1XOCA 5H8NB 4EXLA 4FIMA 3OO8A 1FBPA 4GXSB 2QVRA 2WYPA 4EXKA 4ZECA 3TUSA 2Y84A 4DIGA 2DVCA 3LUZA 4P8BA 1DPEA 4N91A 3VXBA 3IOWA 5LTCA 4AS4A 5H8NA 1MY1A 1OVBA 3KN3A 1FBDA 5EYHA 3MAMA 1MXYA 3SDFA 4EQ9A 2PT1A 1FSAA 3RY3A 2ONRA 2P1SA 4OVRA 4QSEA 4YAHX 4GX4A 1IXHA 2FYIA 2V84A 5JK4A 1S7YA 5ET5A 3VE1B 5F1QA 4YKJA 3PUYE 4G68A 3K0VA 1P1UA 3UIFA 4IO2A 5JTYA 3MP8A 2V3UA 3BIGA 4AQ4A 1B40A 2DQVA 2HAUA 1PB9A 3KGCA 1B52A 2G93A 3FVNA 4FORA 4EF1A 4GBVA 3C35A 4LZ5A 4MHFA 1WDNA 1POY1 4LQ5A 4FATA 1K9ZA 3UK4A 3K6XA 3MP6A 1OLCA 4F39A 4N15A 3ZSFA 2RC9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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