1POY1

Spermidine/putrescine-binding protein complexed with spermidine (dimer form)
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
NNTLYFYNWTEYVPPGLLEQFTKETGIKVIYSTYESNETMYAKLKTYKDGAYDLVVPSTYYVDKMRKEGMIQKIDKSKLTNFSNLDPDMLNKPFDPNNDYSIPYIWGATAIGVNGDAVDPKSVTSWADLWKPEYKGSLLLTDDAREVFQMALRKLGYSGNTTDPKEIEAAYNELKKLMPNVAAFNSDNPANPYMEGEVNLGMIWNGSAFVARQAGTPIDVVWPKEGGIFWMDSLAIPANAKNKEGALKLINFLLRPDVAKQVAETIGYPTPNLAARKLLSPEVANDKTLYPDAETIKNGEWQNDVGAASSIYEEYYQKLKAGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of PotD, the primary receptor of the polyamine transport system in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SPERMIDINE/PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
molecule tags Transport protein
total genus 98
structure length 323
sequence length 323
chains with identical sequence 2, 3, 4
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1poy101
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1poy102
4AB5A 3BFTA 4TQUQ 3VVDA 3LC8A 2P2AA 4YAHX 3EHTA 4F1UA 1P1WA 1WODA 3PMVA 3FVKA 3IJXB 3OELA 4DZ1A 3PPOA 4OESA 4OZ9A 3LUYA 1N3XA 3EQ1A 3K6UA 4BDQA 1BIYA 1GTKA 4ZEFA 1BKAA 3PPQA 2X7PA 3S9MC 4IY5A 3G3HA 2XXVA 3FJ7A 2OWSA 4E0WA 1QUJA 4FECA 5FHOA 3OO7A 3FD3A 3R7XA 4IGTA 2VGQA 3QIMA 4Z0IA 2QMXA 4O3CA 2XXPA 2ABHA 1B5IA 3HN0A 2AYSA 5FHMA 4KQPA 4LUBA 3OMBA 4NWCA 1Q1KA 2XX8A 1URDA 3K6XA 1RYXA 3UORA 3C36A 4LZ5A 1MPCA 1JW5A 2F97A 1B51A 2XXTA 4AQ4A 2NUVA 4ZEBA 3KSJA 1Y3PA 1QW0A 3FV1A 3PU5A 2H5YA 4GL8A 4P0GA 2CZLA 4FEBA 5CBSA 4QFOA 5EHMA 5TU0A 1EH3A 1MQIA 1ELJA 4NF5A 5CI5A 4H8IA 5JK4A 2UVJA 3H7MA 1R6ZA 2RF1A 4JWYA 2M8CA 1NNFA 3H06B 2XXQA 3IOWA 1A7LA 3C32A 4EF2A 3H6TA 5DVJA 2O7IA 5I59B 1H43A 1MXUA 2DWAA 1LSTA 1XOCA 2RCBA 1RKMA 3O9PA 1JNFA 5I2KB 2DSFA 3RUMA 4IY6A 3Q27A 2BJJX 2Z22A 2B65A 1EZPA 3KN7A 4F3PA 4XKRA 2I0CA 4JWOA 4RXLA 4EXKA 1ATGA 4R6HA 5FTHA 2ZXTA 4WXJA 3LSXA 1Y9UA 3N5LA 1Y1ZA 2FA7A 5I56B 3MPLA 3QK6A 3RGYA 3B6TA 1QKAA 3ZKLA 3MQ9A 4H5FA 3C35A 4QF9A 3L6GA 4HCWA 3C34A 3M3FA 4GIZA 4GLIA 3PUXE 5JEIA 3GLBA 1MH4A 2ZYKA 4NMYA 1SBPA 4ZEIA 4ONYA 2UYEA 3KJ7A 4KD5A 3VE1B 3CG1A 3G3GA 3KEIA 4LATA 4H65A 1IXCA 5CMBA 3THIA 4AB6A 2PYYA 4U1OA 2HAUA 4F19A 1MM7A 2KLFA 3LSFB 3T96B 4BLAA 4C0RA 3K6WA 2XX7A 4Q5TA 1B6HA 5CMMA 4ESWA 1N3WA 2V3UA 4KYSA 1N7WA 3IORA 2ZNTA 3ODBA 4EQBA 4YMAA 3DP4A 2G29A 3KN3A 4ELRA 1A99A 4OEVA 3CSGA 4TLMB 1MXWA 4FIMA 3SEUA 4FAJA 5AA2A 4JWXA 5TP9A 3PPPA 4N6PA 4M1VA 4R74A 3TEPA 2ZMBA 4F2QA 1A8EA 3CG3A 3PPRA 2QRYA 1MY2A 1LFIA 1SYIA 1UIUA 4MLVA 3K0VA 4OWDA 3M3KA 3TKDA 1JW4A 3Q25A 5K2YA 2QS1A 2R9JA 2F36A 3CSBA 4R9GA 3U93A 1Q35A 1YAEA 3S9EA 2OLBA 4OFJA 4OERA 1P99A 1ZIUA 1NNPA 3MWBA 3G3IA 1FTMA 2PT1A 1MXZA 1NNTA 1DTGA 3VLUA 1P1QA 2Q89A 1B7UA 5L9MA 3FJGA 2I0BA 3G3KA 2AL5A 3SEXA 5DEXB 3DM0A 3K02A 1D9YA 3MZBA 3R26A 1XT8A 3FIRA 3TZAA 1EZ9A 1SD3A 3SEYA 2AIXA 3TPAA 4ZZEA 1S50A 4OFLA 2O6AA 4P11A 1MDP1 1VSOA 3MP8A 2Q2CA 1LB9A 3O2AA 2O68A 3TUSA 1B5JA 2ZNSA 3K01A 3K6VA 2THIA 1OLAA 2F8DA 3IX1A 4RPNA 2F78A 2I3VA 1SW1A 3T9XB 1MQHA 2RC7A 4LVQA 3LSWA 1I6QA 4GRKA 3OD7A 1A55A 1NKXA 2YPNA 3MZ9A 4XIGQ 1XVYA 1TT1A 1UQWA 2XXIA 3PMWA 2QPQA 4QSDA 3U1OA 4OFOA 4WEDA 2QL3A 4RA1A 4UACA 4PP0A 3E3KA 3SETA 1P1OA 2NWJA 2OBGA 2F35A 2XXXA 3TAJA 1B52A 1FQEA 4R9FA 3Q28A 4PE5B 1PB8A 3FV2A 1MPBA 5I57A 3JZJA 1AH5A 2O84X 1SW5A 4MF3A 4X1BA 4F29A 2ZYOA 3IO4A 5I59A 4QFKA 1AL3A 4DCYA 3OO8A 3RQTA 4GFRA 2DWJA 4U4SA 4GD5A 4RYAA 4F1VA 5I2KA 2F6PA 1BLFA 2Y7RA 2FNCA 5TP9B 1TFDA 2XXHA 4EF1A 3I5OA 3MVXA 2NOOA 1R1NA 1XC1A 1A54A 3FVOA 2F7CA 4IO7A 3TELA 4OQOA 3O66A 3W9VA 3CR9A 2ZYMA 3IOUA 3IAZA 1N7XA 5BWJA 1VFEA 5I56A 2G93A 1DPPA 3IR1A 3F11A 4U4XA 4KPTA 2F5XA 3SDFA 3MVYA 1P1NA 4R2BA 1J1NA 1FQAA 3G3JA 1MQGA 4ZEKA 1IEJA 2Z23A 1QVSA 2ANJA 5CM6A 4MBPA 3DP6A 1FQFA 3VXCA 1N0TA 1IXGA 2NXOA 3KFMA 4F39A 3O97A 5ELVA 1F9BA 1ZU0A 4EUOA 2XHDA 5H8NA 2UYFA 1MY1A 1SQYA 4G68B 1SDXA 1M5FA 1YTVA 2O69A 3TTKA 1POTA 3H6VA 2DVZA 1UIVA 3TFLA 5H8SA 3IO6A 3TODA 1XHYA 3IB0A 1HSEA 1TWYA 4NF8B 4U22A 3MJNA 2GH9A 5DT6A 1MS7A 4Q30B 5H8FB 1IXHA 3OO6A 1II5A 3KOTA 1GVCA 5AE4A 5M2VA 4G2ZA 3K4UA 5HM4B 3KSXA 2DWIA 3VLWA 4MFIA 2XX9A 3RY3A 5AA4B 4RJZA 3E4RA 2H99A 3H6UA 4I8CA 3ONMA 4OMBA 2XXUA 3IOTA 5I57B 4F3SA 4KCCA 2F7AA 4PQJA 1R9QA 4NF6A 3DLNA 2Z8DA 1B32A 3UP9A 5CC2A 2OZZA 3U92A 4ELPA 1CB6A 1MDQA 2OCUA 3FUZA 2RINA 4O3AA 4QSCA 1QUIA 2DP8A 1H44A 2HAVA 2XXYA 5EYFA 1B46A 2VP1A 1Y4CA 1ANFA 4I9DA 1BP5A 4YMBA 4WEPA 5HPQA 3MP6A 2I58A 3CVGA 4IO6A 4X1DA 5ITPA 3ZKKA 4H6DA 2O7UA 4LP2B 1N84A 1Y3QA 1LCTA 3RTWB 5DEXA 1DTZA 2LAOA 2CMOA 1OMPA 2Q8JA 5CBRA 4DXCA 3ZSFA 4L17A 3PMXA 2V84A 4Q0CA 1TFAA 1JVYA 5DTBA 2A5SA 3LBSA 5L8DA 1S9TA 2DE2A 1NH7A 2Q88A 3UIFA 3QYTA 1MY0A 3MC2A 3MUQA 4Z7EA 4EDPA 1UTBB 1JVXA 1MXXA 1R9LA 3D4GA 1FTJA 3MZ1A 2HFBA 5F1QA 2VD2A 1M5BA 3PGFA 3N6TA 3OO9A 4GVOA 4EQ7A 3N6UA 3VXBA 1SI1A 5B7DA 5H8NB 4FJPA 3ECRA 1Z7NE 1ZKBA 2RCAA 1LAFE 2PVUA 1FTOA 3KOSA 4RY1A 3MVZA 3TTNA 2GFEA 2GRVA 1MXYA 3USDA 3GXAA 3TQWA 5KZTA 4FE8A 2QS4A 1IZ1A 2ONRA 4YZZA 3VV5A 3SEVA 1MG1A 1LAHE 1MXVA 5AA1A 4LQ5A 1JQFA 2H4IA 4HS7A 4R73A 1WVJA 3JYRA 1QUKA 2UXAA 2DQVA 2VD3A 4PETA 4WKMA 2I4CA 2Y7IA 2GHBA 2OWTA 1OIBA 1B7ZA 3MW0A 2V3QA 5JTYB 4ZZAA 4NF6B 4XKQA 2XXWA 1US4A 2V25A 3IB1A 3PUYE 4HCYA 2PT2A 3M3LA 2D21A 4LA9A 1KWHA 4YB5A 3A3UA 3K00A 4G68C 3VDFA 4YKPA 3U72A 1H45A 1I6AA 3HHFA 2DS9A 3EF7A 5I84A 3QUFA 2E1SA 4LQ2A 2Z8EA 4JBZA 4HW8A 3EHUA 3TYHA 2RC9A 4TOZA 1LLSA 4DDDA 4YB6A 1FW0A 3N26A 3T22A 4HTGA 4GXSB 3OOAA 3HCQA 1CE2A 2IEEA 3B6WA 2WKYA 4OYVA 3B6QA 4XKPA 1SW4A 1B3HA 3QUJA 4POXA 4PFWA 1LB8A 4QFLA 1JW1A 3PV0E 5HBCA 5CMKA 4ZS9A 4G68A 4EQ9A 2O1MA 1GV8A 1B3GA 3VFJA 4P0IA 5J1DA 3AXFA 5ICQA 4R6YA 4R2FA 3CRBA 2O51A 2DXYA 4NF8A 2A5TB 4ESXA 4UA8A 2HZKA 4IO3A 2Q2AA 5FHNA 4KR5A 1URGA 1ZJLA 1B1XA 4RPOA 2R71A 3T66A 3T9UA 5H8FA 1M5CA 1FCKA 2HCAA 3SERA 4R72A 2YJPA 2Q9TA 3C9HA 5K2XA 1HSLA 3SKPA 5LOMA 3CFZA 3K1NA 3IB2A 4GL0A 3FXUA 5AA4A 3CFLA 4FEDA 1B3EA 3IJOB 4PFUA 2Y7KA 2I3WA 1B2HA 1LBCA 4U1ZA 2QJEA 1T0KA 3OENA 3SESA 4PFYA 1HSJA 1D4NA 5KDTB 2DYXA 1NH8A 1PB7A 3RN8A 1US5A 2HZLA 3FZVA 1OQGA 4JB7A 2R6GE 3OXNA 4H1XA 5FTIA 3TCHA 4ZEDA 3DELB 3HHGA 3QSLA 4X9TA 1FTLA 1DOTA 4BDLA 2UVGA 3ILTB 4F1YA 2ESNA 2VOZA 1IIWA 1ZBMA 1Y4TA 1ZTYA 3H4ZA 3Q26A 3MP1A 2DOJA 1D9VA 4JXIA 1MY3A 2F7BA 3R6UA 4YKKA 1ZLQA 2F34A 1LAGE 4BDNA 1D3KA 1OQHA 3U8QA 3GZGA 1DPEA 1YPNA 2I48A 1USYE 1UTBA 1Y3NA 3FASA 4ZECA 3S4UA 4M4GA 1B05A 2HQ0A 3K2DA 5ITOA 4NWDA 2DVCA 3CFXA 3VVFA 3H3GA 4F3GA 3RT6B 2OK2A 1OVTA 3RTFB 1DMBA 1QULA 1PBQA 5I58B 3FGSA 3M8UA 3KN8A 3A3CA 4ZDMA 5I2NB 3H6WA 2B3BA 2D3IA 3TTMA 4N07A 3EN3A 1IITA 4FORA 1FTKA 1B3FA 1B4ZA 1FQCA 2HEUA 4U21A 3KGCA 4F3BA 2QMWA 3Q29A 3UGWA 1EZOA 1LAXA 1I6BA 4DLDA 1MPDA 4I62A 3OEMA 3H03A 4JSDA 1UTHB 5EHSA 3T9HB 1LFHA 1MQJA 1MY4A 3V5AA 5BUUA 4OVJA 1M5EA 2H25A 1H76A 3UA8A 4RNSA 4XXUA 1OLCA 5A5XB 3TMGA 4F31B 4ECFA 3N94A 5JTYA 3G7WA 4IO4A 2X26A 5ISUA 1N04A 1FQDA 4F2OA 1N76A 1B9JA 1MH3A 3L6HA 3S2VA 4RK2A 4MLQA 1NFTA 4YU0A 3UK4A 3BKIB 4Q8RA 1YCJA 4YB7A 1O7TA 2RC8A 3VLVA 4E0XA 1OVBA 5IAIA 4N13A 4G4PA 2DXRA 4BDOA 4G77A 4IO2A 1JEVA 3O29A 2NVUB 1NL5A 1Z7ME 5TPAB 3K1PA 2XD2A 1IXIA 1PC3A 3PD9A 2V93A 3HPIA 5H8QB 4GOTA 2O1LA 1PDAA 3FXRA 3IOVA 3LSLA 3JV9A 4OETA 5KCJB 1GGGA 3QAXA 2Z8FA 3LR1A 4IB2A 4NF4B 2UVIA 3GBBA 4GQOA 1GR2A 3O6IA 1URSA 4QRZA 1AMFA 4QFNA 1NMUA 4C1TA 4I1DA 2H9BA 3U94A 4DXBA 1PB9A 3T9VA 2A5TA 1TXFA 4IGRA 3RLFE 4H67A 4JSOA 3O6HA 5H8HA 2REJA 4ISUA 5CMCA 2Y7WA 1IUDA 1POY1 3TDJA 3FJMA 3I6VA 1AIVA 3MPKA 4EXLA 3C33A 4C1UA 1VR5A 4QFPA 1PBPA 3FXQA 4GF8A 4FATA 3S9LC 3PUZE 1B3LA 3G3FA 4PFTA 3A09A 4H0WA 1VE4A 3MAMA 4G8NA 2I4BA 2HXWA 2W7YA 2DWHA 3PUVE 3RPWA 5KDTA 4NEDA 4THIA 2PX1A 3HV1A 2H98A 3DP8A 3KJTA 3MBPA 1MQDA 4F18A 1JEUA 4BDRA 3TCFA 2ZNUA 1RYOA 2PMSA 2PBWA 3FATA 5B70A 2P1SA 1LBBA 1NNKA 2DE3A 4OHNA 5DVIA 4OEUA 4DXUA 3PPNA 4NF5B 3KG2A 4BDMA 1VFDA 5IKBA 3W9WA 4X48A 2GHAA 4G8HA 1DSNA 4IO5A 4K3FA 2VHAA 1B4HA 1LCFA 3RNNA 1SYHA 1B7HA 2QSXA 3QXMA 1XS5A 3SEWA 3K1MA 1O63A 4DCXA 5DYHA 4ELOA 1O64A 4G8MA 2XXRA 4JDFA 3CI8A 1QJMA 2QS2A 3ZS6A 3BFUA 4R6KA 4KYEA 3HSTA 2AL4A 4ZE9A 3HO7A 4OTEA 3I3VA 5I58A 1B0LA 3TQLA 1SI0A 4TLLB 3MVWA 3WAFA 5I2NA 4KFQA 4U23A 1LGBC 3WAEA 1ZMGA 3IK6B 3B7DA 3C4MA 4NTLA 3OSRA 4YKIA 2UVHA 3E9XA 2B3FA 2X7QA 1A40A 3PUWE 2ALUA 3TTLA 1WDNA 5H8HB 4LONB 3BBRA 4KCDA 2QS3A 3RT8A 1B5HA 1SVXB 4YKJA 1B1HA 2ONSA 3CIJA 4ZE8A 1UTHA 2YLNA 3GBAA 2E0SA 2RKMA 3O6GA 5DVFA 4KYDA 4POWA 1IQ7A 3KZGA 1M5DA 1JETA 3EPEA 4XKNA 1H3DA 3KBRA 2IA4A 2XD3A 3T93B 1XVXA 1QKBA 5A5XA 1SW2A 3EHSA 1BTJA 4MH5A 5L9OA 4QHQA 1A8FA 2D5WA 3OSQA 3S9NC 1LFGA 4KHZE 1PEBA 1P1UA 4ELQA 1Y20A 4U2RA 4R75A 4DIGA 4XTCQ 5AA3A 3FVGA 1I69A 3V8XB 4OENA 1L5TA 3V89B 1MM6A 1FQBA 2I6EA 5AA2D 4F22A 1EU8A 1B0HA 5F7VA 5ICTA 2F6GA 4NE4A 3FVNA 3ILUB 4H5GA 3TTRA 1B40A 1Y1MA 4GWOA 3UN6A 2Y7PA 1USYH 3P7IA 5CRYA 3C31A 4O3BA 1MRPA 1S7YA 4YICA 2ZYNA 5AA2B 5TPAA 3O28A 5L9SA 3IL1B 3PD8A 4OXVA 4H8JA 3W15C 2FYIA 5H8QA 2OJTA 3TCGA 2V3TA 2DE4A 2P0SA 4LZ7A 1B58A 1AOVA 3D4CA 3V83A 4GXAA 5KCJA 3VVEA 2I49A 2REGA 2ONKE 4NF4A 4KI0E 4ND9A 2Y84A 4RK9A 3E13X 4LZ8A 3OEKA 4QSEA 4DE8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D1RA 4AB5A 3BFTA 4TQUQ 3VVDA 3LC8A 1BK4A 2P2AA 4YAHX 3EHTA 4F1UA 1P1WA 1WODA 3PMVA 3FVKA 3IJXB 3OELA 4DZ1A 3PPOA 4OESA 4OZ9A 3LUYA 1N3XA 3EQ1A 3K6UA 4BDQA 1BIYA 3IFCA 1GTKA 4ZEFA 1BKAA 3PPQA 2X7PA 4UABA 3S9MC 4IY5A 3G3HA 2XXVA 3FJ7A 2OWSA 4E0WA 1QUJA 4FECA 5FHOA 4GX4A 3OO7A 3FD3A 3R7XA 1RDZA 4IGTA 2HXRA 2VGQA 3QIMA 4Z0IA 4N6KA 2QMXA 4O3CA 2XXPA 2ABHA 1B5IA 3HN0A 2AYSA 5FHMA 4KQPA 4LUBA 3OMBA 4NWCA 2ZZVA 1Q1KA 4PAFA 2XX8A 1URDA 3K6XA 1RYXA 3UORA 2OX3A 3C36A 4LZ5A 1MPCA 1JW5A 2F97A 1B51A 2XXTA 5FBPA 4NX1A 4AQ4A 2NUVA 2QFLA 3KSJA 4ZEBA 1Y3PA 1G0HA 1QW0A 3FV1A 3PU5A 2ZZWA 3CHGA 2H5YA 2FIXA 3RYDA 4GL8A 4P0GA 4PGPA 2CZLA 4FEBA 5CBSA 4QFOA 5EHMA 5TU0A 1EH3A 1MQIA 1ELJA 4PFIA 4NF5A 5CI5A 4H8IA 5JK4A 2UVJA 3GYYA 3H7MA 1R6ZA 2RF1A 4JWYA 2M8CA 1NNFA 5ET5A 3H06B 2XXQA 3IOWA 1FTAA 2WYPA 1A7LA 3C32A 2CEYA 4EF2A 3H6TA 5DVJA 2O7IA 5I59B 1H43A 1MXUA 2DWAA 2JJKA 1LSTA 1XOCA 2V4CA 5ESYA 2RCBA 1RKMA 3O9PA 1JNFA 5I2KB 2DSFA 3RUMA 4IY6A 3Q27A 2BJJX 2Z22A 2B65A 1EZPA 3KN7A 4F3PA 4XKRA 2PCRA 2I0CA 4JWOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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