1QJMA

Crystal structure of a complex of lactoferrin with a lanthanide ion (sm3+) at 3.4 angstrom resolution
Total Genus 211
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
211
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Lactoferrin-Metal Interactions: First Crystal Structure of a Complex of Lactoferrin with a Lanthanide Ion (Sm3+) at 3.4 Angstrom Resolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords LACTOFERRIN
molecule tags Lactoferrin
total genus 211
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qjmA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qjmA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qjmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qjmA03
5L9MA 3O6IA 4IO6A 2NWJA 1B3LA 1N3XA 1B2HA 1VSOA 3OSRA 4F3PA 1ZMGA 4KPTA 4EXKA 3HCQA 4IO7A 1YAEA 2R71A 3THIA 4R9GA 3QIMA 3FUZA 1YTVA 3MP1A 3MWBA 3CSBA 2GRVA 4RNSA 4R6KA 5I57B 4P0IA 4WXJA 5KCJB 4JB7A 1N84A 3O29A 4FAJA 3IO6A 3M8UA 3HPIA 1QJMA 5F7VA 4Q8RA 1II5A 4PFYA 3IB2A 4RA1A 1N3WA 1PBPA 3W9VA 3VV5A 2I6EA 5IAIA 3VVDA 1FTKA 4GIZA 3SESA 4KQPA 1VE4A 3KGCA 5AA2D 4O3AA 5FTIA 2V93A 1NMUA 2Z22A 3TTLA 4WEDA 4QSCA 1PDAA 3PD8A 4F29A 3QUJA 4Q5TA 1B3EA 3IR1A 4TOZA 2UVJA 4JWXA 5CI5A 3MP6A 1ZU0A 1T0KA 4KYDA 1NH8A 1FTLA 2RKMA 5FTHA 3R26A 2RCAA 2I48A 4HS7A 3IOWA 3G3JA 4TLLB 3K02A 3D4CA 4GD5A 4R6HA 3IX1A 1CE2A 1Z7NE 2REGA 4FE8A 3TTMA 1Z7ME 5FHMA 2DYXA 3LSLA 4OYVA 1ZIUA 1MH3A 2YJPA 2DS9A 4LQ5A 4LA9A 3TQWA 4IGRA 1B4ZA 5CM6A 3SEYA 3CI8A 2RC9A 3U92A 2XX8A 5KZTA 4WEPA 3IJOB 2V3TA 3MC2A 2O7IA 2ONKE 3MVWA 3EF7A 4ZECA 3RQTA 5FHOA 3EHSA 3K1MA 5I58A 4AB5A 4F3SA 1I6AA 3A09A 5L8DA 1B5IA 3OXNA 3N6TA 1S7YA 4XIGQ 5FHNA 1HSLA 3Q29A 3RGYA 1MPBA 1SW5A 4ZEKA 1M5EA 1LAHE 2LAOA 1EH3A 4YB5A 1H43A 3TAJA 1NFTA 3V89B 2D3IA 2DOJA 4YMAA 5F1QA 5I59A 1SW1A 2ZYNA 5I2KB 4M4GA 2RC7A 5AA3A 1H3DA 1URGA 2Z8DA 3UP9A 1VR5A 1B1HA 2QPQA 3G3HA 4OMBA 3FV2A 4QF9A 1IIWA 1AIVA 4EDPA 4YKJA 4KYSA 1MDQA 4PQJA 2KLFA 4THIA 3DLNA 3PMXA 4OHNA 2VGQA 3OELA 3C34A 4ZEIA 2NUVA 4IO2A 1POTA 4R72A 2A5TA 1A40A 1XHYA 2XXYA 3ILTB 1Y4CA 4POXA 3SERA 2F5XA 1LFIA 1LB9A 1LGBC 1OLAA 4Q0CA 4FIMA 4YB7A 5J1DA 3K01A 4HCYA 4NMYA 3R7XA 5JTYA 2PT1A 2XXQA 1MM6A 5CC2A 3OO8A 1UTBB 4G8NA 2ZYMA 1NH7A 5AA1A 3H6TA 2UVGA 3SEVA 3H06B 2H4IA 1IQ7A 4KFQA 4ND9A 3N5LA 3SEXA 4QFKA 3LC8A 4JDFA 3N26A 4MH5A 3SEWA 3DP6A 2H5YA 3FATA 3T93B 3C4MA 4ZS9A 4NE4A 4DXCA 3RTFB 5DTBA 3QAXA 2GFEA 2O84X 4G68C 2YLNA 3T22A 4C0RA 1LAGE 3LSWA 3U94A 1BLFA 3O6HA 5DYHA 1KWHA 3KOTA 5HPQA 4F1VA 2E0SA 4BDRA 4F39A 1Y1ZA 4GF8A 1EZPA 2XXRA 1USYE 3VDFA 3MAMA 5I84A 5DVJA 4EF1A 4U2RA 2THIA 1J1NA 3A3UA 1SW2A 5H8HA 4FATA 1F9BA 3S9EA 4BDLA 2H9BA 5M2VA 4WKMA 5H8FB 4QFPA 1LSTA 2XXXA 4BDOA 3V8XB 1Y3QA 1B51A 3B6WA 1MM7A 1UIVA 4YMBA 3CFLA 5BUUA 4BDNA 3GXAA 1IITA 4RJZA 3KSJA 3IORA 4OTEA 4QSEA 2B65A 4Z0IA 3MVXA 3UK4A 2VOZA 2ZMBA 1ZTYA 4U4XA 1JW5A 3FVGA 4GRKA 4G77A 4OEVA 4YICA 2XXHA 1GGGA 4F2QA 3FJGA 4OESA 4F3BA 1Y3NA 3OO7A 3MPLA 1UQWA 1RYXA 1NNKA 5ISUA 3UIFA 2F97A 4EQBA 2G93A 3VE1B 5L9SA 3E9XA 4H65A 3C32A 2DVZA 4NF4B 1XS5A 5HBCA 3IJXB 3K1PA 3G3GA 1MXVA 4ONYA 2DWJA 1XOCA 2DWAA 3QK6A 4L17A 4NF6B 1QVSA 2XXTA 1B3GA 3OSQA 3IO4A 1CB6A 1AH5A 4R75A 1PBQA 2HAVA 4X1BA 3L6GA 3CRBA 4GOTA 3U72A 3C36A 4O3BA 2QS3A 5I58B 1D9VA 5ICTA 3MQ9A 1B7HA 1MQGA 3OMBA 1FCKA 5JEIA 4P0GA 3TMGA 1PEBA 5JK4A 3C35A 3FD3A 4G4PA 1BP5A 3GBBA 2O7UA 2PT2A 3T9UA 2OCUA 3FGSA 2RINA 2DXRA 2XX7A 4RXLA 1MQDA 2ABHA 4OZ9A 3HN0A 3LSFB 3FXUA 1DSNA 1B5JA 4DZ1A 2HAUA 2ZNSA 3RT8A 5I59B 3QSLA 5AA4A 1UTHB 2G29A 4F31B 1HSJA 3EHTA 1H44A 3ZKLA 1GV8A 4BLAA 3H6VA 4OFJA 4GXSB 2DP8A 2UVIA 4QSDA 3W9WA 1NNTA 3MUQA 4NF8A 1I69A 3OO9A 4YKKA 4DCXA 3PPRA 3O97A 3TELA 2PVUA 3FJ7A 5L9OA 4OFOA 1UIUA 1L5TA 3ODBA 3KG2A 2H98A 2QMXA 1FTMA 2CZLA 4XTCQ 3PPQA 2RF1A 1SI1A 4LZ7A 3M3LA 4EXLA 1QUIA 3W15C 3RT6B 3FVOA 3B6TA 4LP2B 2A5TB 4KCDA 4LATA 5H8QB 4ZZAA 1SQYA 2Q2CA 4RYAA 5DEXA 1Q1KA 2CMOA 4I9DA 1NNFA 4GLIA 4FEDA 5JTYB 1H45A 5B70A 4IO4A 1GVCA 1IEJA 5TP9A 1YCJA 3O28A 4N6PA 5I56B 1MY0A 4E0WA 2VD3A 1LBCA 4ZZEA 4DIGA 1P1WA 3GLBA 1QUKA 4R9FA 4AQ4A 1NKXA 3PPOA 4G68A 1MPDA 2ZYKA 3ZS6A 4U23A 4U1ZA 1TT1A 5EHSA 3LR1A 1Y9UA 2O69A 5CMBA 4R73A 4OEUA 1Y1MA 3D4GA 1URDA 2QL3A 1O7TA 4GFRA 1MY2A 5KDTA 2OBGA 1WVJA 1AOVA 1XT8A 2Q9TA 3TCGA 3P7IA 3PUXE 4MFIA 1JEVA 1HSEA 2DE4A 3IOVA 1OVBA 4JSOA 3RUMA 3K6WA 2XXVA 1NL5A 3S9MC 3RN8A 2I49A 2FNCA 2H25A 2P2AA 2ZNTA 4C1UA 2IA4A 3HHFA 3H6UA 2D5WA 1MXYA 3MBPA 1POY1 3JV9A 4N13A 1N0TA 4PFUA 1QKBA 3MZ9A 4H67A 3CG1A 2XHDA 4JWOA 4U22A 3HO7A 1D9YA 1MQJA 3HSTA 2I3VA 2XX9A 1JW1A 2Y7PA 3KZGA 3FASA 4EQ7A 1OLCA 2GHBA 2PX1A 2XD3A 4FORA 3VVFA 5KCJA 1LB8A 2I0BA 2B3BA 2RC8A 1MRPA 3IB0A 5H8NA 4DLDA 4DE8A 3DP8A 3RPWA 3S9NC 3SETA 4OETA 2UYEA 1PB7A 4HCWA 4DDDA 1M5BA 2GH9A 3G3KA 1LFGA 1MY4A 3K6VA 3IOUA 4MF3A 3N94A 2F6PA 1JVXA 3LUYA 2Q8JA 3U1OA 3TODA 4OVJA 3E3KA 3KJ7A 2ZXTA 5HM4B 1AMFA 4XXUA 3PMVA 1B7ZA 1MDP1 4I1DA 1B46A 1SI0A 3E4RA 2Y7IA 2VD2A 4FECA 1SW4A 4YB6A 2VP1A 2W7YA 3C33A 4RK2A 4NF5B 2Y7KA 3USDA 1P1OA 4ZE9A 5AA2B 2DE2A 4E0XA 1DOTA 5TPAB 3S4UA 1N7WA 4LONB 5ITPA 5I2NB 2Q88A 2DSFA 2Q89A 3FXQA 1MQHA 2XXPA 3RLFE 3B7DA 1WODA 1SBPA 3IK6B 1MPCA 2X7PA 2QMWA 2HQ0A 5TU0A 4P11A 1Q35A 4F22A 1GTKA 1B52A 4K3FA 1MH4A 2P1SA 5BWJA 3ONMA 3JYRA 3PUWE 3FJMA 3GZGA 4IO5A 4U21A 3CFXA 3PUVE 4ZDMA 2ZNUA 3TEPA 3B6QA 3UA8A 1P1UA 1D4NA 2XXIA 2OLBA 1IXHA 4M1VA 1FQAA 1O64A 1XVXA 3S2VA 2PYYA 4GQOA 5CBRA 2DVCA 1N7XA 4NF8B 4MLVA 1FQBA 5ICQA 4OFLA 2Z8EA 1TFAA 1ELJA 3BKIB 3MW0A 4ELOA 4IO3A 4TLMB 4ESWA 1B6HA 2O51A 1PB9A 5I2KA 3KFMA 2DQVA 1IXCA 4IY6A 3N6UA 4H6DA 2QJEA 1US5A 2ESNA 3PUZE 3VLUA 3EQ1A 1BTJA 1A99A 5CMMA 3TCFA 3RY3A 2REJA 4FEBA 1SDXA 1JETA 1B0HA 3SDFA 3FV1A 3LBSA 3T9VA 4QHQA 4F3GA 4LVQA 2DXYA 1OIBA 5TP9B 1OQHA 1EZOA 1JVYA 1EZ9A 1Y4TA 3VFJA 2AL5A 3I5OA 3MZBA 4NTLA 2HEUA 3H6WA 2Y7WA 4PFWA 5EHMA 3V5AA 1JQFA 1ZBMA 4UACA 4H5GA 5IKBA 3HV1A 2OWTA 3O2AA 4G2ZA 4YKPA 3TFLA 3K6UA 2NOOA 1O63A 3VLVA 3QUFA 2AL4A 1UTBA 4KD5A 3IL1B 1S9TA 1M5DA 4U4SA 4IB2A 1BIYA 1Y3PA 3OO6A 4NWDA 4PE5B 2QS1A 1BKAA 2Q2AA 3A3CA 1OQGA 4OERA 3MVZA 1USYH 4GL8A 5DVFA 1MXUA 2M8CA 3K00A 2HZLA 2F35A 1FTOA 4XKNA 3V83A 2A5SA 1XVYA 3KN8A 3IAZA 3BBRA 3TKDA 2OZZA 1QKAA 5ELVA 4H1XA 2BJJX 1XC1A 4TQUQ 4GWOA 5CMCA 3VXBA 2D21A 4DCYA 1ZJLA 3DM0A 4ZEFA 3TYHA 3OEKA 3L6HA 3OEMA 3WAEA 2IEEA 2V25A 1FQCA 4DXBA 4GVOA 1R6ZA 3KEIA 3T9XB 3Q26A 2OJTA 4IY5A 4R2FA 1B3FA 2ONRA 1P99A 4XKRA 1DTZA 1M5CA 3F11A 3PPPA 4F18A 5H8FA 1FW0A 4ESXA 4QFOA 1IXGA 2ALUA 4F2OA 2Z8FA 3QXMA 2XD2A 2NVUB 3RNNA 4PFTA 2ZYOA 5H8NB 1I6BA 1MY1A 4LZ8A 3T96B 4PETA 3T9HB 4ZEDA 1SD3A 4U1OA 3IOTA 3TQLA 1PB8A 1IUDA 3KOSA 3VLWA 1QUJA 4I8CA 2V3QA 1MQIA 3I6VA 1MS7A 4OENA 4MLQA 4OXVA 3KN7A 3KBRA 3CR9A 1RKMA 3KN3A 1TFDA 4JXIA 3UN6A 2F6GA 3PGFA 1JNFA 4XKPA 4NF4A 2OWSA 1N76A 3PU5A 1A8FA 2O68A 3I3VA 1DPPA 1FQDA 5ITOA 3EN3A 1QULA 3OENA 2V3UA 3MJNA 3SEUA 3H03A 4KYEA 4NF6A 2B3FA 2F34A 4ELPA 2NXOA 1LLSA 1GR2A 2E1SA 4I62A 3ILUB 2UVHA 1FTJA 4KCCA 2I4BA 4QFNA 3G3FA 3EPEA 3Q27A 2GHAA 1NNPA 4YU0A 1YPNA 2QSXA 4RK9A 3TUSA 4H0WA 3RTWB 5CMKA 5H8HB 2DWHA 2QRYA 2V84A 1FQEA 4IGTA 1B32A 1DPEA 3LSXA 5A5XA 3IB1A 2F36A 4G8MA 4ECFA 3BFUA 2QS2A 3VVEA 1B4HA 2X7QA 1MY3A 2F7BA 1ZKBA 5DT6A 1R9QA 2WKYA 4KR5A 5K2XA 1N04A 3FXRA 3C9HA 3K0VA 3TTNA 1OMPA 4QRZA 1US4A 2HZKA 4MBPA 4GXAA 1A7LA 1UTHA 4YKIA 3ECRA 3FIRA 4RPNA 4NWCA 4LQ2A 2OK2A 4LZ5A 4R6YA 5I57A 1B5HA 1LFHA 4LUBA 2H99A 2RCBA 4G8HA 4OWDA 5DVIA 1P1QA 3TDJA 3K4UA 3H7MA 2Y84A 3CG3A 1B40A 3K2DA 4H5FA 2Y7RA 2O1MA 2F8DA 2I0CA 4H8JA 4ISUA 3R6UA 1P1NA 3TCHA 3KSXA 4Q30B 5EYFA 5H8QA 3HHGA 3TZAA 1I6QA 1B9JA 3PV0E 1LBBA 4NEDA 1JEUA 3QYTA 2DWIA 2I4CA 1A55A 2HFBA 3T66A 3FVKA 5H8SA 2AIXA 2I3WA 1B0LA 1IZ1A 1IXIA 5I56A 3G3IA 3TTRA 2HCAA 2AYSA 3DELB 4GL0A 3OOAA 4F1UA 4R2BA 3OD7A 4R74A 2FYIA 1LCTA 1PC3A 4DXUA 3TPAA 3PPNA 2QS4A 4QFLA 3MZ1A 1OVTA 4XKQA 3WAFA 4HTGA 1A8EA 1B7UA 1DTGA 4N07A 3CVGA 4PP0A 3M3KA 2X26A 3M3FA 4AB6A 4FJPA 4HW8A 2ANJA 2ONSA 4KI0E 2VHAA 3U8QA 4BDMA 1RYOA 4ELQA 5LOMA 4EQ9A 3FZVA 5AA4B 2F7CA 3H3GA 3SKPA 3O6GA 3GBAA 3H4ZA 1H76A 1MXWA 1SYHA 3C31A 4JSDA 4X1DA 1LCFA 3E13X 2F7AA 1SYIA 2UXAA 4OQOA 3VXCA 4ELRA 1VFEA 2R6GE 1ZLQA 1MXXA 2UYFA 4F19A 5K2YA 3FVNA 4KHZE 2YPNA 3PMWA 1TXFA 1TWYA 4UA8A 1VFDA 3U93A 5CBSA 5DEXB 3Q25A 3O66A 4ZEBA 3G7WA 3PUYE 4EUOA 3K6XA 5CRYA 3TTKA 3PD9A 1AL3A 3UGWA 1FQFA 4ZE8A 5AE4A 2P0SA 1S50A 3O9PA 1ANFA 1SVXB 4RPOA 4O3CA 3UORA 3BFTA 1B1XA 1DMBA 1LAXA 2PMSA 3EHUA 4G68B 5B7DA 1EU8A 3AXFA 2I58A 2R9JA 1D3KA 4X9TA 2O6AA 2Z23A 3MPKA 3ZSFA 3CIJA 3MVYA 1A54A 3CSGA 3K1NA 1R9LA 1QW0A 3CFZA 2DE3A 2XXUA 2XXWA 3Q28A 4RY1A 1B3HA 3KJTA 4BDQA 4EF2A 4JWYA 5KDTB 4F1YA 4YZZA 4NF5A 1URSA 1B58A 1B05A 2F78A 1Y20A 2O1LA 3ZKKA 5AA2A 4X48A 2FA7A 5TPAA 1MXZA 5I2NA 3S9LC 1R1NA 3MP8A 3DP4A 4POWA 4H8IA 2PBWA 1LAFE 1M5FA 4JBZA 1MG1A 3JZJA 4YAHX 4Z7EA 1WDNA 1ATGA 1JW4A 2HXWA 5A5XB 4C1TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5L9MA 3O6IA 4IO6A 2NWJA 1B3LA 4QXDA 1N3XA 1B2HA 1VSOA 3E79A 3OSRA 4F3PA 1ZMGA 2ZZVA 4KPTA 4PAKA 4EXKA 3HCQA 4IO7A 2Q8MA 1YAEA 2R71A 1DCUA 3THIA 4R9GA 3QIMA 3FUZA 1YTVA 2FBPA 3MP1A 4GX6A 3MWBA 1FTAA 3CSBA 2GRVA 4RNSA 4R6KA 5I57B 4P0IA 4WXJA 5KCJB 4JB7A 1N84A 3O29A 4FAJA 3IO6A 3M8UA 5DW8A 4MNPA 2WYPA 3HPIA 1QJMA 5F7VA 4Q8RA 4X04A 1II5A 4PFYA 3IB2A 4RA1A 1N3WA 1PBPA 3W9VA 3VV5A 2I6EA 5IAIA 3VVDA 1FTKA 4GIZA 3SESA 4KQPA 1VE4A 3KGCA 5AA2D 4O3AA 5FTIA 2V93A 1NMUA 2Z22A 2ZZXA 3TTLA 4WEDA 2VT5A 4QSCA 1PDAA 3PD8A 4F29A 3QUJA 4Q5TA 1B3EA 3IR1A 1NV6A 4TOZA 2VPNA 2UVJA 4JWXA 4XEQA 5CI5A 3MP6A 1ZU0A 1T0KA 1XI6A 4KYDA 1NH8A 1FTLA 4PDDA 4DI3D 2RKMA 5FTHA 3R26A 2RCAA 2I48A 4HS7A 3IOWA 3G3JA 4TLLB 3K02A 3D4CA 4GD5A 4R6HA 3IX1A 1CE2A 1Z7NE 2REGA 4FE8A 3TTMA 2QVVA 1Z7ME 5FHMA 2DYXA 3LSLA 4OYVA 1ZIUA 1MH3A 2YJPA 2DS9A 4LQ5A 4LA9A 3TQWA 4IGRA 1B4ZA 5CM6A 3SEYA 3CI8A 2RC9A 3U92A 2XX8A 5KZTA 1FBFA 4WEPA 3IJOB 2V3TA 1FSAA 3MC2A 2O7IA 2ONKE 4P1LA 3MVWA 2XXKA 3EF7A 4X8RA 4ZECA 3RQTA 5FHOA 3EHSA 3K1MA 5I58A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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