1R9LA

Structure analysis of prox in complex with glycine betaine
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
ADLPGKGITVNPVQSTITEETFQTLLVSRALEKLGYTVNKPSEVDYNVGYTSLASGDATFTAVNWTPLHDNMYEAAGGDKKFYREGVFVNGAAQGYLIDKKTADQYKITNIAQLKDPKIAKLFDTNGDGKADLTGCNPGWGCEGAINHQLAAYELTNTVTHNQGNYAAMMADTISRYKEGKPVFYYTWTPYWVSNELKPGKDVVWLQVPFSALPGDKNADTKLPNGANYGFPVSTMHIVANKAWAEKNPAAAKLFAIMQLPVADINAQNAIMHDGKASEGDIQGHVDGWIKAHQQQFDGWVNEALAAQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cation-pi Interactions as Determinants for Binding of the Compatible Solutes Glycine Betaine and Proline Betaine by the Periplasmic Ligand-binding Protein ProX from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycine betaine-binding periplasmic protein
molecule tags Protein binding
source organism Escherichia coli
total genus 114
structure length 309
sequence length 309
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r9lA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 1r9lA02
1IXGA 4ELOA 2D3IA 4FEBA 4DZ1A 3N94A 1SBPA 2ONKE 1SQYA 1XOCA 1Q1KA 4GXSB 5KDTB 4QFNA 3IJOB 2Y7RA 3RTFB 4OQOA 2Q2AA 3SKPA 3TZAA 3QIMA 3MJNA 1URDA 2I3WA 5KZTA 2NOOA 1A7LA 1Y20A 1XVYA 2IA4A 1S7YA 4NF6A 1UIUA 4ECFA 2QSXA 1B4ZA 1J1NA 3T9HB 4RPNA 1QKAA 1A40A 3I6VA 1LBBA 2XX8A 3PMWA 2W7YA 3G7WA 2O51A 3C4MA 4FORA 1MXYA 3KN7A 4FEDA 5CMBA 3H7MA 1MY2A 1HSJA 3KSXA 4M1VA 3THIA 1KWHA 5CBSA 1MH3A 3UORA 4F29A 4ND9A 4OVJA 4N6PA 5H8HB 4QSCA 1B3EA 2PVUA 2A5TA 4F3GA 4MF3A 2HZKA 4EDPA 2HEUA 3KEIA 5H8QB 1WVJA 2UXAA 4BDNA 4DLDA 4IGRA 4X1BA 3OO7A 3VDFA 1H43A 4OYVA 3E9XA 2OWSA 4PFUA 1IIWA 3Q25A 1USYE 5FHNA 1AOVA 4QSEA 3OSQA 4OEUA 3Q29A 2A5SA 2Z22A 3EN3A 5KDTA 1D3KA 4F18A 1LSTA 2UVJA 4F39A 1TT1A 3IL1B 1RYOA 4KHZE 3KGCA 4DIGA 3K6UA 4Q8RA 4ZEIA 2QMXA 3VLUA 1ELJA 2ONRA 1LCTA 5DVJA 3OENA 1A55A 3HO7A 2M8CA 4XIGQ 2I0BA 4TLMB 1NNFA 2ANJA 1DMBA 2I58A 4OFLA 2YLNA 3IOTA 1GR2A 3CSBA 5I58B 1P1QA 3C36A 1B52A 4RA1A 3K1NA 2ESNA 2V25A 2VD3A 4N07A 3MZBA 2FNCA 2RC8A 3TDJA 1FW0A 4F22A 4PETA 3K6VA 1UTBB 5H8HA 5EHSA 3WAFA 3FVGA 3T9XB 3QYTA 3GZGA 4IB2A 1AL3A 3TQLA 1VFEA 5H8QA 1IXIA 2ZNSA 4F19A 2DWHA 1M5EA 1LFHA 3QK6A 3SEWA 2XD3A 3OO8A 1URGA 5DEXB 5ITPA 1P1OA 4FIMA 2O84X 1MPDA 3OO9A 4OETA 1OQHA 3FXUA 3TKDA 3ZSFA 1JEVA 2I3VA 4OMBA 4H5FA 4ZEDA 3O28A 2I0CA 3TTRA 3USDA 1MXVA 3PUVE 4G8HA 2I6EA 4DXBA 1Z7ME 3B6QA 1DOTA 5FHOA 3HHFA 1M5BA 5TP9B 2F97A 2RC9A 1B46A 4LONB 2PT1A 3DM0A 3ILTB 2QL3A 4U1OA 4LQ2A 2UYEA 4HCWA 1N7XA 3VXBA 5I58A 2DSFA 2E0SA 1DTGA 3IAZA 4KYSA 4KYDA 3TCFA 2QS4A 4ZEKA 3N26A 3A3CA 4F3SA 1SW5A 4QF9A 1LAGE 1MY1A 1UTBA 3V5AA 3PD8A 3T9VA 3DP4A 2QS1A 4NF5B 4Q0CA 1Z7NE 1B7UA 1ZTYA 3S9EA 4LATA 3IOUA 4ZDMA 3HCQA 1PBQA 1QULA 2O7IA 4KCDA 3H3GA 2V3QA 3U93A 2XX7A 2AIXA 5DEXA 1SVXB 3O6IA 3FJGA 3UP9A 3MC2A 1FQDA 2D5WA 2F8DA 2DE3A 3VFJA 4R9GA 3VE1B 5B7DA 4R75A 2VP1A 4BDMA 1A54A 2Q88A 5DTBA 5H8FB 4K3FA 1I69A 2QS3A 3LSFB 4GD5A 1II5A 1SI0A 3H6TA 2VD2A 4YKJA 4NE4A 1LCFA 2ZNUA 5TP9A 3IB2A 4AB5A 4XKPA 2WKYA 4YB5A 3VLWA 1URSA 1N04A 1SYHA 4LUBA 4R9FA 2XXTA 3ZS6A 1SD3A 3K2DA 3S2VA 5AA2B 2RF1A 2G93A 4RK2A 3MPKA 3TODA 2H5YA 4E0XA 4EF2A 1UQWA 4WEDA 1PB8A 1DTZA 3TAJA 3W9WA 2XXWA 5H8SA 3A3UA 1LGBC 3MVYA 1RYXA 2F7BA 4H1XA 3ILUB 2QPQA 2GH9A 1VE4A 3EF7A 4YKPA 5JEIA 3TTLA 3VV5A 1IITA 2Q9TA 2Y7WA 3K6XA 3RLFE 2QS2A 5JTYB 3H6UA 1B32A 1Y4TA 4R6KA 4F2QA 1OIBA 4YMAA 1WDNA 1CB6A 1BKAA 2I48A 1YCJA 3C33A 3T66A 1B58A 1FQFA 4XKQA 3KN8A 3W15C 5H8FA 3IO4A 2G29A 1OVBA 3EPEA 4H8IA 4H0WA 4IO5A 4F1YA 4IY5A 1OQGA 2O7UA 4ESXA 5BUUA 3DP8A 3PUWE 4KD5A 3FVOA 2F7CA 1JW4A 2OJTA 2DWIA 3C32A 4R74A 3IJXB 4I9DA 5FHMA 4IGTA 3N5LA 4QSDA 4GL8A 1MQGA 2ZYOA 2F36A 1B3LA 3TYHA 3ECRA 1SI1A 5AA2A 5CMKA 5HM4B 1MXUA 5IKBA 1EZPA 1AIVA 1EU8A 4Q5TA 3TTKA 1QJMA 3MP6A 1ZU0A 2PT2A 3SEUA 1LAFE 3T9UA 2O1LA 1USYH 1OVTA 2HAUA 3Q27A 2Y7IA 1B1XA 2DVCA 3O6HA 1LB9A 2Z8EA 1MQDA 1N84A 1PBPA 5JTYA 3SEYA 2OCUA 4ZS9A 2UVIA 3U8QA 4LZ5A 5I59A 4NF8B 3O6GA 4KCCA 3MPLA 1N3XA 1RKMA 3PPRA 3C31A 3E3KA 1O7TA 3B6WA 1GV8A 3T96B 2DE4A 2REGA 4PFWA 2FA7A 4U23A 5CM6A 2OWTA 2RKMA 5AE4A 4DXUA 1SW2A 2Y7PA 2RC7A 4G68C 1IXHA 2I4BA 2P1SA 3FGSA 4MFIA 1R9QA 3MZ9A 3FJ7A 5L9SA 1R9LA 1R6ZA 3R26A 1FQAA 1H44A 3QUFA 4JB7A 3QSLA 1LFGA 1SW4A 4MH5A 3KN3A 1MY4A 3PMVA 1I6AA 4GOTA 2F6PA 2X7QA 3E4RA 4WEPA 2GFEA 3CFZA 2XD2A 2DQVA 4OWDA 5IAIA 1M5DA 3RPWA 4O3CA 4RYAA 5CI5A 3OXNA 4XKRA 1QKBA 4JWYA 4TOZA 4FECA 4P11A 4X9TA 5I57B 3KOTA 1Y4CA 3FJMA 3FZVA 4NF8A 1JVXA 3LSWA 2AYSA 3OOAA 4RY1A 5F7VA 4NMYA 4ZEFA 4U1ZA 4NTLA 3TPAA 2R9JA 3R7XA 2ZNTA 1MPBA 3MUQA 1L5TA 1B3GA 3M3FA 4YAHX 1CE2A 4R6YA 1LAXA 1B2HA 4JWXA 5JK4A 1NH8A 1NH7A 3FXRA 1XS5A 4HW8A 2HQ0A 3MVWA 5ICQA 2Y7KA 3FASA 4U2RA 4F2OA 5KCJB 4WKMA 4I8CA 1FQEA 1MQIA 2IEEA 4NF4A 5ITOA 2NVUB 3KJTA 3IOWA 1DSNA 4EXKA 1YPNA 4G77A 3PUXE 3RNNA 1TFDA 4AQ4A 5I57A 3MP8A 4DCYA 3TELA 5ICTA 2XXUA 5AA3A 2P2AA 1XHYA 1JETA 3PV0E 1B05A 5F1QA 3IK6B 3B6TA 1IZ1A 4NWDA 4P0GA 3TCHA 3FATA 3LSLA 4Z0IA 3SERA 4YKKA 4R2FA 3FVKA 2I49A 4QFLA 3N6TA 1LB8A 3L6GA 1WODA 2DWAA 1YAEA 2THIA 3LSXA 4ELQA 3I5OA 4GXAA 1IEJA 1SW1A 3O97A 4RPOA 5I2NB 1XT8A 3CI8A 4OERA 1MPCA 5KCJA 4GL0A 5DVIA 3CSGA 4PQJA 2HCAA 3PPQA 2XXXA 2OBGA 3RT6B 4OZ9A 4ZZAA 4GIZA 4HTGA 4R2BA 3MP1A 3U72A 4HCYA 1N0TA 4O3AA 1IXCA 4OEVA 3V83A 2Q89A 5BWJA 4ZEBA 5DYHA 2XXRA 3LC8A 4PP0A 4EUOA 2HZLA 1Y3NA 3RGYA 4F1VA 2YPNA 2X7PA 1NNTA 3IR1A 1B5HA 4ELPA 3CFLA 4GVOA 1LAHE 3O29A 4X1DA 3PUYE 1M5FA 3DLNA 1DPEA 3HN0A 3KBRA 1S9TA 4LZ8A 3OO6A 2NXOA 3R6UA 3FV2A 2H25A 3UK4A 3E13X 3VLVA 1MXZA 4C1TA 1H3DA 1TFAA 1MH4A 3CRBA 5A5XA 4ELRA 2H99A 3QUJA 1P1NA 1MRPA 3O9PA 1B5JA 4C1UA 5I2NA 3RT8A 5TU0A 3D4CA 1TXFA 3TTMA 2Z8FA 2O69A 1A8EA 3KOSA 4OESA 3VXCA 1M5CA 3LBSA 5L9OA 3K01A 3GBBA 5H8NB 4UA8A 1D9YA 3SEXA 3MWBA 2F78A 1B51A 2CZLA 4C0RA 1FCKA 4R6HA 2Y84A 2B3FA 1R1NA 3PPOA 4M4GA 3N6UA 2O6AA 3BFTA 5I59B 3C34A 1A99A 2QJEA 1OLCA 5L9MA 5M2VA 2ABHA 4ZE9A 3CR9A 2E1SA 3IORA 1O63A 4NWCA 3K4UA 3K0VA 2HAVA 1FTKA 3IO6A 4JBZA 2DP8A 1I6QA 2RINA 3DELB 1AMFA 2DYXA 1JW5A 4U22A 4ISUA 5K2XA 2RCBA 2F34A 1BTJA 3KSJA 2LAOA 4QFKA 3UA8A 1MDP1 1JQFA 4LQ5A 1AH5A 2YJPA 3SDFA 1VR5A 3TCGA 4E0WA 1P1UA 2UVGA 1P99A 3FIRA 2DXRA 4IY6A 2XXQA 4FAJA 1D9VA 2X26A 1XC1A 4MLVA 4N13A 5AA4B 3MBPA 1Q35A 3QXMA 4U4XA 5AA1A 1Y1MA 2XXVA 5H8NA 2DXYA 2AL5A 1MM6A 4Q30B 1SDXA 2Z8DA 1FTOA 3W9VA 2Q8JA 3G3KA 5TPAB 3BKIB 3HSTA 1ATGA 3CG3A 2CMOA 3T93B 4ONYA 4RNSA 2XXPA 2XXIA 1NMUA 5CC2A 3H6VA 1D4NA 1B6HA 1A8FA 2P0SA 1N76A 4H65A 2ZYKA 2F35A 3V89B 3S9LC 3FV1A 3WAEA 4AB6A 5DVFA 1GGGA 2GHBA 5AA2D 1ZIUA 3DP6A 3OMBA 1MQJA 5HPQA 4QRZA 1H76A 3LUYA 2PBWA 4BLAA 5EHMA 5CMMA 3H6WA 3U94A 3MW0A 5I56B 4EXLA 4EQ7A 3C35A 3KJ7A 3K00A 1IQ7A 1OMPA 4G2ZA 3TEPA 5LOMA 4H5GA 4DE8A 4PFYA 2V93A 2V84A 1PEBA 1N3WA 3CVGA 2O1MA 4XXUA 3MVXA 5AA4A 3OELA 4IO7A 1H45A 4LP2B 3K6WA 4PE5B 1GTKA 4XKNA 2D21A 2XHDA 4NF4B 3IX1A 1POY1 1YTVA 2RCAA 1XVXA 4YZZA 4O3BA 4UACA 1Y3QA 5TPAA 3PPPA 3TMGA 2Z23A 4GLIA 2KLFA 2F6GA 4OFOA 5K2YA 4OXVA 1B7ZA 4ZECA 3V8XB 1VFDA 5FTIA 1B1HA 3ZKKA 4GFRA 3AXFA 4IO6A 3SETA 4JSOA 3VVDA 4I1DA 1O64A 4EQBA 1PB9A 3LR1A 4MLQA 4G8MA 4OHNA 4HS7A 1FQCA 4BDQA 1B3FA 1US5A 2GHAA 4FE8A 3EHSA 3SESA 2FYIA 1ZMGA 2ZMBA 5I2KB 3PMXA 1EH3A 2B3BA 5I56A 1TWYA 4F1UA 1SYIA 3KG2A 4XTCQ 1B40A 3L6HA 1FTJA 1PC3A 2V3TA 3JYRA 3MAMA 3GBAA 4GWOA 2OLBA 1I6BA 3MVZA 4G8NA 4POWA 3FXQA 3G3FA 1B4HA 4G68B 5L8DA 4KFQA 3GLBA 4F3PA 3FUZA 1MXWA 1MM7A 1PB7A 2OK2A 2ONSA 1JNFA 2REJA 1BLFA 2BJJX 3ODBA 4KPTA 3G3GA 2O68A 4R72A 1QUKA 2UVHA 4BDOA 1ZBMA 1QUIA 4U4SA 3UN6A 3RQTA 4LA9A 1ZJLA 3A09A 4FJPA 1ZKBA 3IB0A 4R73A 4F31B 4GF8A 1FTLA 5I2KA 3Q28A 3F11A 3HPIA 1JW1A 1BIYA 2R6GE 3U92A 1EZOA 3UIFA 2DVZA 1MG1A 5I84A 3PU5A 5A5XB 1US4A 1B7HA 2AL4A 4LZ7A 2PMSA 2DS9A 2NWJA 3CG1A 3ZKLA 5EYFA 3JV9A 3KFMA 4G68A 1S50A 4BDRA 2VHAA 2HFBA 2H98A 4U21A 3RN8A 3K1PA 2DOJA 1MY3A 3Q26A 4IO3A 2QMWA 4Z7EA 4YU0A 2NUVA 2HXWA 4ESWA 2OZZA 4TQUQ 3S4UA 4IO4A 4YB6A 1GVCA 2ZXTA 1Y9UA 3OEKA 2F5XA 5J1DA 4X48A 2PX1A 3FD3A 3G3HA 1ANFA 1MXXA 3BFUA 3G3JA 4GRKA 4QFPA 3FVNA 4IO2A 4YKIA 4DXCA 3MQ9A 4QHQA 3S9NC 1B3HA 3S9MC 2Q2CA 3SEVA 5CRYA 4RK9A 3IB1A 4KI0E 4H67A 3EQ1A 3H03A 1HSEA 2ZYNA 4KYEA 3TFLA 4YMBA 1DPPA 4YICA 3RUMA 3RY3A 2H4IA 1OLAA 4THIA 3B7DA 1P1WA 1LBCA 4L17A 4YB7A 3M3KA 4OENA 1B0LA 4KQPA 3GXAA 4DDDA 5FTHA 3VVEA 2ALUA 2UYFA 3U1OA 1UIVA 2PYYA 4MBPA 2DE2A 3C9HA 1QUJA 4KR5A 3JZJA 2H9BA 3EHTA 4F3BA 3M8UA 4H6DA 3TTNA 4JWOA 1EZ9A 3T22A 3UGWA 3D4GA 3G3IA 4LVQA 1JEUA 5B70A 3M3LA 3O66A 2XXYA 4RJZA 1BP5A 4NF5A 5CBRA 4H8JA 4G4PA 3K1MA 4OTEA 1B5IA 3HHGA 1JVYA 4EF1A 1NFTA 3ONMA 5CMCA 1UTHB 3VVFA 1LFIA 3PUZE 4NEDA 1NNKA 2V3UA 2F7AA 3TQWA 4ZZEA 4PFTA 3PD9A 2XX9A 1IUDA 3P7IA 1HSLA 4RXLA 2I4CA 3KZGA 4GQOA 3BBRA 2XXHA 3K02A 1B0HA 3PPNA 2R71A 1ZLQA 3OD7A 3EHUA 1PDAA 2GRVA 1F9BA 4NF6B 2VOZA 3O2AA 3OSRA 4TLLB 4I62A 2VGQA 4POXA 4BDLA 1FQBA 5ELVA 4OFJA 3I3VA 4JDFA 2B65A 3QAXA 1NNPA 5DT6A 4JSDA 1VSOA 1QVSA 3MZ1A 4WXJA 1QW0A 3OEMA 4FATA 4DCXA 2DWJA 4P0IA 1B9JA 1NL5A 3CFXA 3PGFA 3H06B 5ISUA 3IOVA 1Y3PA 5HBCA 4ZE8A 4EQ9A 1MDQA 2A5TB 1Y1ZA 3H4ZA 2ZYMA 3TUSA 1MY0A 1FTMA 3RTWB 1NKXA 1MQHA 1N7WA 1POTA 2QRYA 1T0KA 3HV1A 1MS7A 4QFOA 3CIJA 4JXIA 1UTHA 1LLSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IXGA 4ELOA 2D3IA 4FEBA 4NF0A 4DZ1A 3N94A 1SBPA 2ONKE 1QGXA 1SQYA 1XOCA 1Q1KA 4GXSB 5KDTB 4QFNA 3IJOB 2Y7RA 3RTFB 4OQOA 2Q2AA 3SKPA 3TZAA 3QIMA 1IMFA 3MJNA 1URDA 2I3WA 5KZTA 2NOOA 1A7LA 1Y20A 1BK4A 1XVYA 1NV6A 2IA4A 1S7YA 4NF6A 1UIUA 5I7IA 4ECFA 2QSXA 1B4ZA 1J1NA 3T9HB 4RPNA 1QKAA 1A40A 3I6VA 1LBBA 2XX8A 3PMWA 2W7YA 3G7WA 2O51A 3C4MA 4FORA 1MXYA 3KN7A 4FEDA 5CMBA 3H7MA 1MY2A 1K9YA 1HSJA 3KSXA 4M1VA 3THIA 1KWHA 5CBSA 2GQ1A 3D1RA 1MH3A 3UORA 4F29A 4ND9A 4OVJA 4N6PA 5H8HB 4QSCA 1B3EA 2OX3A 2PVUA 2A5TA 4F3GA 4MF3A 2HZKA 4EDPA 2HEUA 3KEIA 5H8QB 1WVJA 2UXAA 4BDNA 4DLDA 4IGRA 4X1BA 3OO7A 3VDFA 1H43A 4OYVA 3E9XA 2OWSA 4PFUA 1IIWA 3Q25A 1USYE 2WYPA 5FHNA 1AOVA 4QSEA 3OSQA 5A5LA 4OEUA 4OVQA 3Q29A 2A5SA 2Z22A 3EN3A 5KDTA 1D3KA 4PTKA 4F18A 1LSTA 2UVJA 4F39A 1TT1A 3IL1B 1RYOA 4KHZE 3KGCA 4DIGA 4P56A 3K6UA 4Q8RA 4ZEIA 2QMXA 3VLUA 1XI6A 1ELJA 1FBFA 2KQZA 2ONRA 1LCTA 4P1EA 5DVJA 3OENA 1A55A 3HO7A 2M8CA 4XIGQ 2I0BA 2P3VA 2WX9A 4TLMB 3IFAA 1NNFA 2ANJA 1DMBA 2I58A 4OFLA 2YLNA 3IOTA 1DK4A 1GR2A 3CSBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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