1R9QA

Structure analysis of prox in complex with proline betaine
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
ADLPGKGITVNPVQSTITEETFQTLLVSRALEKLGYTVNKPSEVDYNVGYTSLASGDATFTAVNWTPLHDNMYEAAGGDKKFYREGVFVNGAAQGYLIDKKTADQYKITNIAQLKDPKIAKLFDTNGDGKADLTGCNPGWGCEGAINHQLAAYELTNTVTHNQGNYAAMMADTISRYKEGKPVFYYTWTPYWVSNELKPGKDVVWLQVPFSALPGDKNADTKLPNGANYGFPVSTMHIVANKAWAEKNPAAAKLFAIMQLPVADINAQNAIMHDGKASEGDIQGHVDGWIKAHQQQFDGWVNEALAAQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cation-pi Interactions as Determinants for Binding of the Compatible Solutes Glycine Betaine and Proline Betaine by the Periplasmic Ligand-binding Protein ProX from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycine betaine-binding periplasmic protein
molecule tags Protein binding
source organism Escherichia coli
total genus 112
structure length 309
sequence length 309
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r9qA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 1r9qA02
4DXCA 5CMMA 4Z0IA 3MW0A 1RYXA 2Y7KA 4JWXA 4NWCA 3K00A 5H8QA 2QMWA 2G93A 4H0WA 4XKPA 1I69A 4F2QA 1FQFA 4R9GA 1T0KA 1D9YA 1P99A 3SERA 4OQOA 3MVXA 2DXYA 2QS2A 1RKMA 5EHSA 2OWSA 1DPPA 5AE4A 5TPAB 1VE4A 1HSEA 1OVTA 3MP1A 2DSFA 3G3JA 1N04A 2G29A 3K02A 4R72A 3QYTA 5DYHA 4OZ9A 3PMWA 2XX8A 1O7TA 3BFUA 2DS9A 2IA4A 2F5XA 5B70A 3S9NC 3C32A 5CMBA 5JK4A 1SD3A 3PMVA 1A54A 3RN8A 1HSJA 5FTHA 2VD2A 1SVXB 2Z8EA 4NF6B 5L9SA 4ESWA 2P2AA 3TODA 5A5XA 1SI1A 5H8FA 4ELRA 3B6WA 1LB8A 1QUKA 3H6TA 3BFTA 4P0GA 1POTA 3CR9A 4F3SA 1PBQA 1N0TA 5F7VA 1B7HA 4HTGA 2A5TA 4IO4A 2O68A 1QJMA 2V3QA 1JNFA 1MXZA 1B51A 4FECA 4YKIA 3IK6B 4Q0CA 2F36A 3MWBA 2DWIA 4ZEKA 3S9EA 4ELQA 1H44A 1Y3NA 1N3XA 2UVIA 2OLBA 2F78A 2OWTA 3PPRA 4XXUA 1P1WA 4R2FA 4F3PA 4RNSA 1A7LA 5KDTA 3PGFA 4NF4B 3DP8A 2XXHA 4FATA 1GV8A 4GRKA 2THIA 3ONMA 4X1DA 1B3LA 1B6HA 3O6IA 1F9BA 1QULA 3C4MA 5AA2D 3PD9A 3KN3A 3W9VA 2GFEA 4ECFA 3K01A 3IB2A 1NNTA 3H6UA 2AIXA 2RC9A 3B7DA 1UTBB 5CRYA 1YPNA 1IXCA 2H5YA 1B1XA 3FASA 4PFTA 2O69A 4IB2A 3FXUA 2RINA 3LR1A 2CZLA 1ZKBA 4H5GA 3HHFA 4ZDMA 4QFPA 4RXLA 2XXUA 3LSLA 2AYSA 4LATA 4QSEA 4LQ2A 4U4SA 1D4NA 1BTJA 3CI8A 5ITOA 3USDA 3TKDA 2QS1A 2I0BA 4NEDA 1SYHA 3TQLA 4UA8A 1A8EA 3MPLA 1OQGA 5TPAA 3FJ7A 5TU0A 3RT8A 1LSTA 1LFHA 2HEUA 1PEBA 3GXAA 3D4CA 3V5AA 4IO2A 3PUXE 2ESNA 4YB6A 2QS4A 5I58B 2HFBA 4BDOA 3TFLA 5HM4B 1QVSA 3G3HA 4L17A 2XXYA 1MDP1 3FVGA 1PDAA 4NF6A 4PFYA 1USYH 1O63A 4OTEA 3W15C 1I6QA 4DXBA 1OVBA 2REJA 4YKKA 4F31B 3KJ7A 1PB7A 2V84A 3VLVA 2O51A 3O28A 1MM6A 4WEDA 3RGYA 4F3BA 4ZEFA 1IXHA 4NWDA 1VFDA 4H1XA 3CVGA 1ZIUA 1US4A 4M4GA 4F1YA 4OFJA 1NKXA 1ELJA 3QK6A 1IIWA 2GRVA 2D21A 3PUYE 1LBCA 1JQFA 5ITPA 3T22A 3DLNA 4R2BA 4DXUA 4HW8A 3EPEA 4H65A 5JEIA 3CSGA 3SEVA 3VLUA 2DWHA 2PX1A 1FQEA 4UACA 4XKNA 3OD7A 3VVFA 2ZNTA 3LC8A 5AA3A 3IJXB 3T96B 3LBSA 2ZYMA 2Q88A 4WEPA 1WODA 4THIA 3CFLA 4NF4A 3ODBA 1N76A 2RC8A 3I3VA 1TFDA 3RQTA 3U92A 5AA1A 2O1MA 1MPCA 1CE2A 3U1OA 1EZOA 2GH9A 4I1DA 4KR5A 2PYYA 4GFRA 3L6GA 2OCUA 3SDFA 1Y1MA 3SKPA 3E4RA 3PV0E 3LSXA 3EHSA 4O3BA 2ZNSA 1UTBA 5ISUA 4G68C 3M3FA 4GD5A 3AXFA 5CBRA 4MF3A 3T9HB 4Q8RA 4FIMA 3KOTA 1EU8A 1VSOA 3N6UA 2UYEA 4QFKA 4HCWA 4U21A 3I5OA 3OMBA 3GLBA 4R6HA 1A99A 4EQ9A 3TDJA 3S4UA 1Y4CA 3QSLA 4P0IA 3IO4A 4U4XA 4ELPA 2O84X 3E3KA 3GBBA 4X48A 3MZBA 3K6UA 2XD2A 2O6AA 2I49A 3FXQA 2V3TA 2DYXA 4PP0A 5F1QA 5KZTA 3KZGA 2PMSA 3B6TA 3WAFA 1QKBA 2HCAA 1FTMA 3CRBA 3ILUB 1N84A 1GVCA 2UVHA 2Y7IA 2Y7RA 4R6YA 3PPPA 3TPAA 4KYSA 3TMGA 4JXIA 1P1OA 5I58A 2XXWA 4F39A 4F3GA 3C35A 4YMBA 4F1UA 2A5SA 1UQWA 2Q2AA 1B5IA 3M8UA 3OEMA 3U72A 4IY6A 1ZLQA 2F34A 1MH4A 3O66A 4WKMA 2UYFA 2I3WA 1B5JA 3HO7A 2DWJA 4LONB 2CMOA 4ONYA 4YMAA 1XS5A 4OHNA 3PMXA 3HV1A 1M5BA 4KYDA 1PC3A 5L9MA 3Q29A 4FJPA 2Z22A 3UA8A 3TQWA 4IGRA 4HCYA 4H67A 3I6VA 3IOUA 4GXAA 1H3DA 5KCJB 1N7WA 1GTKA 2UXAA 1PB9A 4U1ZA 1MH3A 4ZE8A 1B5HA 3O97A 2BJJX 3MJNA 1UIVA 1Y3QA 3TYHA 1XC1A 1ZJLA 1S50A 1D9VA 1TFAA 1RYOA 4OENA 2O1LA 1XOCA 5H8HB 4OMBA 1NH8A 4RA1A 1VR5A 4KYEA 1M5DA 1JW5A 4I9DA 3DP6A 1MY4A 4GXSB 1L5TA 4EF2A 3DP4A 2ABHA 3R7XA 4GIZA 4YZZA 2ZXTA 3TCHA 2XX7A 3W9WA 1LBBA 3Q27A 3G3KA 3VE1B 3GZGA 2FNCA 4NF8B 1B32A 2ONKE 2XXQA 4RPNA 4OEUA 3OSRA 1I6AA 1MXXA 1P1UA 3CG3A 2P1SA 1LGBC 4K3FA 5I2NB 3FIRA 3KG2A 3MBPA 3RNNA 1MPBA 5ICTA 1SW1A 3FUZA 4Z7EA 2AL4A 3MC2A 1FTLA 1IQ7A 4G8MA 4I8CA 4FORA 5DEXB 1MQHA 1HSLA 4KCCA 4H5FA 3P7IA 2VHAA 4Q30B 4LA9A 2HZKA 4G68B 2DXRA 4X1BA 4OFLA 1SW2A 3RUMA 3DM0A 2Z8FA 1LAGE 3LUYA 3Q28A 2XXVA 1ZTYA 2E1SA 1FW0A 2HXWA 2W7YA 3MP6A 3FVOA 3TTRA 4LZ5A 1P1QA 1MY0A 2O7IA 3BKIB 1M5EA 5I57B 4I62A 1Y4TA 2Q2CA 3ZS6A 3RTFB 4ZZAA 4KHZE 2RC7A 5EYFA 2F6GA 2F8DA 3K6XA 3FV2A 3TZAA 3TTLA 5IAIA 2R6GE 3KOSA 1QUJA 2I6EA 1B3FA 2WKYA 1H76A 4GOTA 4C1UA 3SEXA 3UK4A 1JVXA 3PPOA 4O3AA 2R9JA 1QW0A 4HS7A 2XHDA 3L6HA 2H99A 3FD3A 2F97A 4U1OA 5ELVA 1AL3A 2H25A 1DTGA 1B3HA 1MPDA 1OQHA 1LCFA 5KCJA 4RY1A 1NH7A 2VOZA 4WXJA 3CIJA 3VXCA 2VGQA 3UN6A 5HPQA 2I0CA 4YAHX 1YTVA 3V8XB 3Q26A 5FTIA 4DCYA 4N6PA 2HZLA 2LAOA 3MPKA 4MLQA 3IOTA 1ZMGA 3QXMA 3EN3A 1MG1A 3OOAA 1XHYA 4PFWA 2V93A 2QJEA 2O7UA 3H6WA 3MZ1A 1AIVA 4QFLA 5H8HA 4KQPA 1NNFA 3IORA 5LOMA 5IKBA 3K0VA 4LP2B 1FCKA 4BLAA 1DOTA 1P1NA 5I84A 1LAHE 4BDMA 4IGTA 1LCTA 5TP9B 2VP1A 1NL5A 4MH5A 4JSOA 4X9TA 4BDLA 3JZJA 4NF8A 2OBGA 3TTMA 1YAEA 4PFUA 4LVQA 3PUVE 1LAFE 1BKAA 1Y1ZA 3B6QA 4ZEBA 1B7UA 3M3LA 4ZECA 3BBRA 2DOJA 2PVUA 4ZS9A 4O3CA 5I2NA 5K2YA 2Z23A 1SBPA 1MQJA 2IEEA 1FQAA 4C0RA 1UTHB 3IR1A 1IXIA 4ND9A 1ATGA 5L8DA 5DEXA 3TEPA 3MP8A 3K1NA 1QKAA 2UVGA 1MS7A 1N7XA 4G68A 3SESA 1S9TA 1OMPA 3THIA 1WDNA 1GGGA 1J1NA 2FA7A 1IUDA 3K6VA 5I59B 1FQBA 2HQ0A 2Z8DA 4BDNA 3VLWA 1B3GA 1FTJA 4GL8A 2ZYKA 3IB0A 4G4PA 5EHMA 2PT2A 3HHGA 4RPOA 5I56B 3C34A 1BIYA 2YJPA 4KI0E 3QUFA 2DP8A 1H45A 3RY3A 3EHTA 1MXYA 5I57A 3FGSA 3MQ9A 2Y7WA 1OLAA 4F2OA 1B9JA 3S9MC 3TTKA 5HBCA 4F22A 3UGWA 3U94A 1FTKA 3FATA 2NXOA 3IAZA 4QFOA 2Q9TA 2ZNUA 4QRZA 4TLMB 4BDQA 1NNKA 1PB8A 4F18A 1FTOA 3V89B 1TXFA 3A3CA 5FHMA 3N5LA 4YU0A 1B1HA 3KN7A 4FEDA 2RF1A 2RCBA 2B3FA 4GVOA 4LQ5A 3A3UA 4OYVA 3FVNA 2XXRA 3T66A 4EF1A 4PE5B 2QRYA 3MUQA 5FHOA 3OEKA 3TCFA 4IO3A 1SQYA 2ONSA 4NF5B 1JW1A 4XIGQ 1PBPA 1KWHA 3KFMA 1NMUA 1URDA 5BUUA 4ZEIA 4AB5A 4ELOA 4G8NA 3MAMA 4F29A 4KFQA 1ZU0A 3N26A 2H9BA 4H8JA 3O6GA 3HPIA 3PPQA 1OLCA 3O29A 4ZE9A 1LLSA 3FZVA 3FVKA 4OESA 3S2VA 2B3BA 2F7BA 1JEUA 5DVJA 1FQDA 1Z7ME 2X7QA 4JWOA 1SDXA 3C36A 3CSBA 1D3KA 5H8NB 2NOOA 2I3VA 5TP9A 3QUJA 3JYRA 1DSNA 4YICA 5M2VA 1AOVA 4F19A 4IY5A 4OEVA 1US5A 3C33A 3VXBA 4QF9A 3FXRA 3N94A 4YB5A 2UVJA 1B58A 1MXUA 2QPQA 2RKMA 2QS3A 1IEJA 3O6HA 2AL5A 1URGA 1B0HA 3U8QA 4GQOA 4R74A 3VVDA 1SI0A 2ALUA 2F7AA 1EZPA 3UIFA 1UTHA 2ZYOA 3EQ1A 3ZSFA 4DLDA 1USYE 2ANJA 3U93A 2X26A 3HCQA 3G3IA 4ESXA 2X7PA 1AH5A 3IL1B 1WVJA 2GHAA 3TAJA 2D3IA 4F1VA 1IZ1A 5I59A 1IXGA 1TWYA 3KSXA 1I6BA 2VD3A 3IX1A 5FHNA 4R75A 4OVJA 2NWJA 3IOVA 5I56A 2PBWA 5AA2B 3ZKKA 1MM7A 2XXPA 2PT1A 3KEIA 3OENA 3G7WA 2GHBA 2YLNA 4DIGA 2Q89A 4RK9A 4EXLA 3IOWA 2XD3A 1MY3A 4KD5A 1DMBA 2NUVA 4U23A 3CG1A 1NNPA 3MVYA 4POXA 5BWJA 3PU5A 5AA4B 3Q25A 3T9UA 2I48A 5CI5A 1A8FA 1XVXA 4E0WA 2V25A 4QSDA 3ILTB 1B4HA 4JSDA 4TLLB 3IJOB 3QAXA 2OZZA 4PQJA 4YKPA 4EDPA 3KSJA 2DE4A 2HAUA 1A55A 1R1NA 1N3WA 3QIMA 4ZZEA 3K1MA 3FJMA 2E0SA 2YPNA 4MLVA 4NF5A 1Z7NE 3MZ9A 3K2DA 2DE3A 3EF7A 1R9LA 3PPNA 4IO6A 5K2XA 4C1TA 3K4UA 3OO8A 3E13X 1ZBMA 1Y20A 1FQCA 2I4BA 4M1VA 3OELA 2F7CA 3CFZA 1R9QA 3N6TA 3O2AA 1Y3PA 3A09A 1TT1A 3ECRA 3OSQA 4QHQA 2DVZA 4YKJA 2OK2A 4IO7A 2R71A 3H06B 3SEWA 3R6UA 3H3GA 1EZ9A 3E9XA 4LZ7A 2Q8JA 5H8NA 5CM6A 2XXTA 3C31A 1MQGA 5CBSA 1JVYA 2QL3A 4BDRA 3KN8A 3WAEA 3RTWB 3M3KA 3OO7A 3SEYA 3JV9A 4N07A 1B05A 3TTNA 3UORA 3K6WA 1Y9UA 2Y84A 3R26A 3H7MA 1JEVA 4JDFA 4G77A 4G8HA 4EXKA 2DQVA 4G2ZA 4U2RA 1B7ZA 2DE2A 3OO9A 3H4ZA 3PD8A 5JTYB 1IITA 1H43A 1MXWA 3IO6A 2HAVA 4OETA 1MY1A 1BP5A 4GF8A 3KBRA 3T9XB 3TELA 4EQBA 1B40A 3F11A 4ZEDA 3PUZE 3G3FA 3HSTA 3TCGA 3ZKLA 1EH3A 1POY1 1MXVA 2DVCA 3SEUA 2QMXA 3IB1A 4POWA 2DWAA 1MRPA 4FEBA 2H98A 4E0XA 2F6PA 4R9FA 5DVIA 3DELB 3EHUA 5AA2A 3T93B 4FAJA 1YCJA 5I2KB 4R73A 2ZMBA 4GL0A 1B4ZA 1AMFA 1SW4A 1LAXA 1SW5A 4XKRA 4GLIA 1NFTA 2D5WA 4TQUQ 5CMKA 3VVEA 5H8QB 1B3EA 4KCDA 2B65A 4XKQA 4JBZA 4RK2A 2QSXA 4AB6A 4DZ1A 4GWOA 5DT6A 2V3UA 1JW4A 4QFNA 3KGCA 4ISUA 4OFOA 5AA4A 3GBAA 4AQ4A 4U22A 2ONRA 1M5FA 1B46A 4JB7A 4MFIA 4EQ7A 5J1DA 3UP9A 4RYAA 1Q1KA 1S7YA 1JETA 3S9LC 3V83A 4JWYA 4H6DA 1B2HA 1UIUA 4NTLA 4XTCQ 4OERA 2XXIA 1SYIA 2F35A 4LUBA 1A40A 1CB6A 2I58A 5L9OA 4OWDA 4N13A 1M5CA 2REGA 5DVFA 4DCXA 3CFXA 4DE8A 2XX9A 3HN0A 4IO5A 3VV5A 1B0LA 5H8FB 5A5XB 4KPTA 4PETA 1VFEA 5DTBA 2M8CA 1BLFA 3VFJA 1O64A 3O9PA 3VDFA 4YB7A 1MY2A 3LSWA 3G3GA 1GR2A 4MBPA 1MQDA 2A5TB 1II5A 3C9HA 1DPEA 3TUSA 2P0SA 1MDQA 3LSFB 5B7DA 2NVUB 5CC2A 1R6ZA 2Y7PA 2I4CA 3MVWA 2ZYNA 1XVYA 3MVZA 1DTZA 1LB9A 4TOZA 1LFIA 2KLFA 2RCAA 3RLFE 4QSCA 1B52A 1XT8A 2XXXA 4H8IA 5JTYA 5KDTB 4EUOA 1MQIA 3RT6B 3RPWA 3FV1A 5ICQA 1LFGA 2H4IA 4RJZA 3OO6A 1QUIA 1ANFA 4Q5TA 3OXNA 3PUWE 3H03A 4R6KA 4LZ8A 1URSA 3SETA 4OXVA 4NMYA 2OJTA 3FJGA 4P11A 3KJTA 1OIBA 4DDDA 2FYIA 4FE8A 3D4GA 5CMCA 3H6VA 3K1PA 1Q35A 5I2KA 3T9VA 5H8SA 4NE4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DXCA 5CMMA 4Z0IA 3MW0A 1RYXA 2Y7KA 4JWXA 4NWCA 3K00A 5H8QA 1DCUA 2QMWA 2G93A 1NV7A 4H0WA 4XKPA 1I69A 4F2QA 1FQFA 5DW8A 4I3EA 4R9GA 1T0KA 1D9YA 1P99A 3SERA 4OQOA 3MVXA 2DXYA 4HE0A 2QS2A 3T0JA 1RKMA 5EHSA 1FBEA 2OWSA 1DPPA 5AE4A 5ET5A 5TPAB 1VE4A 1HSEA 1OVTA 3MP1A 2DSFA 3G3JA 1N04A 2G29A 3K02A 4R72A 4O94A 1IMFA 3QYTA 5DYHA 4OZ9A 3PMWA 2XX8A 1O7TA 3BFUA 3GYYA 2DS9A 2IA4A 2F5XA 5B70A 3S9NC 3C32A 5CMBA 5JK4A 1SD3A 3PMVA 1A54A 1FSAA 3RN8A 1HSJA 5FTHA 2VD2A 1SVXB 1FJ9A 2Z8EA 4NF6B 5L9SA 4ESWA 2P2AA 3TODA 5A5XA 1SI1A 5H8FA 4ELRA 3B6WA 4MIJA 1LB8A 1LBXA 1QUKA 3H6TA 3BFTA 4P0GA 1POTA 3CR9A 4F3SA 5J16A 2CZIA 1PBQA 1N0TA 5F7VA 1LEVA 1B7HA 4HTGA 2A5TA 4IO4A 2O68A 1QJMA 4N8GA 2V3QA 1JNFA 1MXZA 1B51A 4FECA 4YKIA 3IK6B 4Q0CA 2F36A 3MWBA 2DWIA 4ZEKA 3S9EA 4ELQA 1H44A 1Y3NA 1N3XA 2UVIA 2OLBA 2F78A 2OWTA 3PPRA 4XXUA 1P1WA 2PCRA 4R2FA 1YZ0A 1JP4A 4PTKA 4F3PA 4RNSA 1A7LA 5KDTA 3PGFA 4NF4B 3DP8A 2XXHA 2R8TA 4FATA 4N15A 1GV8A 4GRKA 3FXBA 1KA0A 2OX3A 1NV3A 2THIA 3ONMA 4G61A 1B3LA 4X1DA 1B6HA 3O6IA 2KQZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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