1R9QA

Structure analysis of prox in complex with proline betaine
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
ADLPGKGITVNPVQSTITEETFQTLLVSRALEKLGYTVNKPSEVDYNVGYTSLASGDATFTAVNWTPLHDNMYEAAGGDKKFYREGVFVNGAAQGYLIDKKTADQYKITNIAQLKDPKIAKLFDTNGDGKADLTGCNPGWGCEGAINHQLAAYELTNTVTHNQGNYAAMMADTISRYKEGKPVFYYTWTPYWVSNELKPGKDVVWLQVPFSALPGDKNADTKLPNGANYGFPVSTMHIVANKAWAEKNPAAAKLFAIMQLPVADINAQNAIMHDGKASEGDIQGHVDGWIKAHQQQFDGWVNEALAAQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cation-pi Interactions as Determinants for Binding of the Compatible Solutes Glycine Betaine and Proline Betaine by the Periplasmic Ligand-binding Protein ProX from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycine betaine-binding periplasmic protein
molecule tags Protein binding
source organism Escherichia coli
total genus 112
structure length 309
sequence length 309
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r9qA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 1r9qA02
1R9LA 2DWJA 1QJMA 5H8QA 4OENA 4FEDA 2XXUA 2XX9A 4FAJA 4NF4B 2H25A 2DS9A 5FHOA 3VXCA 3OO6A 1N3XA 1B5IA 3KOTA 5KCJB 4QHQA 3ECRA 3VDFA 1MDP1 3O2AA 1MY0A 3HPIA 1LB8A 1ANFA 1QUJA 2QS4A 3RT8A 3G3HA 4ISUA 5M2VA 5AA2B 3I3VA 3G3IA 4KYEA 5CMKA 5I2NB 3H3GA 4YU0A 2PT2A 1B3HA 4NWCA 3E4RA 4F3GA 4GXSB 5I84A 3LC8A 3SEXA 2GH9A 5A5XA 3HSTA 1AOVA 2KLFA 4YB7A 4DIGA 4F2QA 5I2KB 2PX1A 4MBPA 3M3FA 3B6WA 4R6HA 5FHMA 3L6HA 1PB7A 3QUFA 4ZEFA 2DE2A 3OOAA 1FW0A 3O9PA 4DCYA 2F78A 3PPOA 1B6HA 3PU5A 3SETA 3M3LA 3FATA 4LZ7A 3CSGA 4HCYA 2A5TB 3EF7A 3VFJA 2F7CA 2UVIA 5BWJA 2AL4A 4GOTA 4OTEA 1Y9UA 2M8CA 5CBRA 3IOWA 2RF1A 1UTBB 2AL5A 2QMWA 4C1TA 3OD7A 4EXLA 3PUYE 2YJPA 4M4GA 3H4ZA 5HPQA 1UIVA 4LATA 1M5BA 1P1WA 1A99A 3Q26A 4YKJA 3FVNA 1SI0A 3UA8A 2ANJA 4G4PA 1PBPA 3TFLA 5H8NA 5KZTA 1B1HA 3OO7A 1IXGA 3EQ1A 3A3CA 4QSEA 5JTYA 3TAJA 1MQJA 1NKXA 3FIRA 5B70A 1MG1A 3K1NA 3PMVA 4N6PA 1H43A 3T9XB 1NFTA 1JW1A 2R6GE 4X1DA 3IOVA 3LBSA 5ELVA 4OHNA 4WXJA 2Q2CA 4MLVA 3MP8A 2O7UA 2ZYMA 5EHMA 4BDMA 4EQ9A 1IXHA 1I6AA 2RKMA 2XX8A 1GR2A 3PUZE 5CBSA 2HZKA 2UXAA 5EYFA 2NUVA 2Z22A 1BTJA 2Q89A 1B0LA 1BLFA 2VOZA 3RTWB 3VVEA 3KEIA 3KSXA 4UACA 1A55A 2DYXA 3OMBA 3Q28A 4F3PA 4JSDA 3FD3A 3PUWE 2Y7RA 3MW0A 2O84X 3MQ9A 2VHAA 1LAHE 2XXXA 2RCBA 4R9FA 5H8QB 3S9MC 3LSLA 1URSA 3JYRA 5AA3A 3TPAA 4HW8A 3H6TA 1DSNA 3ZKKA 3IL1B 2NXOA 3VV5A 4OYVA 3PUVE 3PMWA 4OVJA 4IGRA 3KN3A 4RA1A 5TU0A 2O51A 1Y4CA 3KG2A 1LCTA 3MZBA 3K0VA 4G2ZA 4XKNA 3KZGA 3UN6A 1NL5A 4JBZA 1JW5A 2UVGA 1RKMA 2E0SA 1ZLQA 3I5OA 5I58B 4R73A 3TKDA 1KWHA 4RJZA 2XXWA 4ELRA 4IY6A 2RCAA 4U22A 1VSOA 3R6UA 3SESA 4X1BA 1M5EA 2Y84A 4OFLA 3C35A 3T9HB 1MQIA 3CSBA 1P99A 1TFAA 1MY4A 4QFLA 3PPQA 5DEXA 4F39A 3CI8A 4KFQA 4ELQA 4KPTA 1Z7NE 4G77A 4QRZA 4YAHX 2V3TA 3PPNA 2HAUA 1YAEA 4NF8B 2IA4A 2QS3A 4IGTA 2DWAA 4OETA 2Z8EA 3ZS6A 3HN0A 3G3GA 2I4CA 1WDNA 2I48A 3V5AA 3ILTB 3K6UA 4GFRA 4DCXA 3GBAA 3TTKA 2G29A 1QULA 3K4UA 3ODBA 3VLVA 1PB8A 2VD2A 2W7YA 1D9YA 1Y3PA 2HCAA 2E1SA 2DXRA 4IO3A 1A54A 4MLQA 4ZEIA 1LGBC 3S9EA 1SYHA 4OQOA 4PP0A 3RLFE 1IUDA 4G8HA 4H5FA 5F1QA 3DM0A 5H8NB 4LQ2A 1B3LA 3QUJA 3ZKLA 3LR1A 4JWXA 2O1LA 3SERA 4R6KA 3T96B 4XIGQ 5JTYB 4G8NA 3WAFA 1ZKBA 1T0KA 1SYIA 5CC2A 3H6VA 3Q27A 3LSFB 1MQGA 4RK9A 5KDTB 2REGA 4LP2B 1MH3A 3MVXA 3E9XA 1SVXB 3GLBA 2XXRA 4FORA 4R72A 3TTNA 1FTLA 2OWTA 4R74A 1LBBA 4FATA 2DWHA 1M5CA 5H8FB 3TTLA 4GWOA 4KQPA 2PBWA 3GXAA 3MP1A 3UIFA 4GLIA 4I1DA 1L5TA 3C32A 2DWIA 4U4SA 1B1XA 2PVUA 4ELPA 1MXXA 3B6QA 2F7BA 1Y20A 4WEPA 4ELOA 4POXA 1XVXA 2I58A 4G68A 3MVWA 3THIA 2OLBA 4ND9A 5L8DA 4XXUA 4F1VA 1ELJA 2ESNA 3QAXA 2V84A 3K00A 3C4MA 3FJ7A 3LSXA 4P0IA 1IITA 1SW2A 3OEMA 2XXVA 4IY5A 1S50A 3TZAA 4IO6A 4H1XA 1SBPA 3JV9A 3CRBA 3HV1A 4YB6A 3KBRA 2F6PA 1H76A 1VFEA 3K2DA 5DVJA 1FQEA 1US4A 1TT1A 4U1ZA 3A09A 1A8EA 5F7VA 5TP9A 3SEVA 5DEXB 2ZNUA 3PGFA 1WVJA 1OLAA 3QYTA 5CMBA 4DLDA 3KN7A 4GF8A 3CVGA 2R9JA 4FE8A 4NEDA 4RXLA 2QS2A 5FHNA 2Q2AA 3MJNA 4KHZE 5HBCA 3C9HA 2OCUA 1Y3NA 2DQVA 4BDNA 4JSOA 1O64A 4KYDA 1UIUA 3PPRA 2YPNA 4F18A 4LONB 5I59A 1MQDA 2HXWA 3T9VA 1JNFA 3V8XB 3SKPA 3BFUA 3DLNA 1PDAA 1OIBA 1I6QA 4HTGA 3K6WA 5BUUA 4HS7A 1OMPA 2THIA 4P11A 1MM6A 4Q5TA 5H8SA 1B9JA 4X48A 3OSRA 1IEJA 4ZZAA 1H44A 2XHDA 3H7MA 3T66A 5CI5A 1LB9A 2GRVA 3UGWA 3SEYA 4PQJA 2ZYKA 1YTVA 1Z7ME 4MFIA 1PC3A 1VR5A 3TODA 1OLCA 3U92A 1EU8A 1B46A 1FQDA 1R1NA 3IAZA 2QRYA 3USDA 2Y7KA 3RT6B 3GBBA 1BIYA 5L9OA 4KCDA 2F8DA 1II5A 2B3FA 4YMAA 1CB6A 1ZMGA 1MXUA 5LOMA 3AXFA 4H8JA 4U21A 1VFDA 4L17A 3EPEA 3CG1A 1D9VA 4PFTA 4ESXA 4KYSA 1DPEA 4QFKA 4NF5A 2REJA 2H5YA 4I9DA 3DP6A 3IJXB 3QK6A 1JW4A 2QJEA 1ATGA 1FTJA 2UYFA 1A7LA 1H3DA 3S9LC 5ISUA 1DMBA 3K1MA 1ZU0A 2PYYA 4G68C 1FTMA 1IXIA 4F19A 4F1YA 2I0CA 4JXIA 1USYH 4IO5A 1SW4A 3GZGA 4U1OA 2I0BA 3ONMA 4TLLB 2I3WA 1SDXA 3K02A 2XXPA 4JWOA 1B40A 1B7HA 2QS1A 3D4GA 1ZJLA 3E3KA 3PD8A 3OENA 2PT1A 3PPPA 4QSCA 1NNFA 3F11A 1SQYA 2DSFA 3TYHA 4HCWA 2DOJA 1A8FA 1DTZA 5H8HA 5TP9B 4OERA 3RUMA 3TTMA 3OO8A 2OBGA 3FJGA 4ZECA 1SD3A 3VLUA 3W15C 1MY2A 3PUXE 1GVCA 5L9MA 4U4XA 5I56A 3IB2A 2GHAA 3C36A 2Y7PA 3IR1A 4EDPA 1OVTA 4DDDA 2V3UA 2FYIA 4JDFA 4DE8A 3IORA 1N0TA 1B58A 4F1UA 3KSJA 4OFJA 5A5XB 4KD5A 4ZE9A 5I59B 2DVCA 2QMXA 1J1NA 1LAGE 5CM6A 3TCHA 4H8IA 2H4IA 2XXHA 3MUQA 3OEKA 4NF6A 3LSWA 2XX7A 1JQFA 3V89B 4QFOA 4KCCA 3C34A 4OZ9A 3N5LA 3RN8A 2OK2A 3S9NC 1PEBA 3LUYA 1SI1A 2LAOA 1XS5A 2QPQA 4F31B 4TLMB 3Q25A 2QSXA 4XKPA 4NF4A 1TFDA 2UYEA 4AQ4A 3TCFA 1CE2A 5KCJA 4GVOA 3MBPA 2P1SA 2XD2A 4R75A 4LZ8A 3N94A 2NOOA 3C31A 4IB2A 3MPLA 1OQHA 3IO6A 1Q1KA 2RC9A 2RINA 3N26A 4ZS9A 5AA2A 2IEEA 3O28A 3U8QA 3G3KA 3M8UA 3QXMA 5I2NA 3O6HA 3OSQA 3IB1A 4R9GA 5I57A 3S2VA 4FJPA 3ILUB 3KJTA 4K3FA 3VVFA 2XD3A 1DTGA 2ALUA 3O6GA 3KGCA 5I2KA 1N7WA 2ZNSA 4XTCQ 3MWBA 3RNNA 2I3VA 3T93B 5J1DA 1LFGA 2ONKE 4H6DA 1Y1MA 4OXVA 4DXCA 2F34A 3JZJA 4RY1A 2ZNTA 5JEIA 4MF3A 1MPDA 3FGSA 4UA8A 1WODA 3PV0E 1PB9A 2DE3A 1JVXA 1US5A 2F7AA 2P2AA 4ECFA 5CMCA 4ZEDA 3H6WA 1MS7A 4JWYA 1B0HA 2PMSA 1XVYA 4BDLA 1N04A 3U94A 4AB5A 1URDA 3A3UA 5ICTA 1DOTA 3MZ1A 1O7TA 1Y4TA 2P0SA 2Q88A 4YKKA 4F2OA 4AB6A 4EQBA 1HSLA 1M5FA 3SEUA 2XXQA 3U1OA 2D3IA 1IIWA 5JK4A 3W9WA 4RYAA 3IB0A 1MM7A 1MQHA 4O3BA 2H99A 3IO4A 1XHYA 4G8MA 4OESA 4PE5B 3FXQA 1N7XA 1UTHA 4IO2A 2AYSA 2RC8A 3K1PA 3R26A 5I56B 4QFNA 4YZZA 1HSJA 2OWSA 4C0RA 4Q30B 4ZE8A 3T22A 5IAIA 3TEPA 4FEBA 4PFUA 2DXYA 1QW0A 3O97A 4ESWA 2H98A 2CZLA 1UQWA 4WEDA 5DVIA 1POY1 4MH5A 3TUSA 4YKIA 1NNKA 2DP8A 1QKAA 2F36A 2XXTA 4RNSA 3EHSA 1Y3QA 4F22A 4E0XA 3EHTA 4O3CA 3SEWA 1NNPA 4X9TA 1NNTA 4EQ7A 1USYE 1Y1ZA 4N07A 1B4ZA 1Q35A 2FA7A 4YICA 3KOSA 1QKBA 1IQ7A 3CFZA 4YMBA 2HQ0A 3K6XA 4WKMA 4FECA 1URGA 3FXUA 3TELA 4NTLA 2YLNA 1B3GA 2UVHA 3H06B 3MAMA 4POWA 1MY3A 1EH3A 2CMOA 2WKYA 4PFYA 3UK4A 3CG3A 3U72A 2V93A 4I8CA 4JB7A 1IZ1A 4NWDA 4O3AA 2HEUA 4Z7EA 3B6TA 1XT8A 5IKBA 3S4UA 2B3BA 3FVOA 5TPAA 3P7IA 4THIA 3C33A 3IK6B 4I62A 5I58A 3MC2A 3PD9A 3HHGA 3K01A 3N6UA 3RTFB 5I57B 1NH7A 1BP5A 5DTBA 1TWYA 2Y7WA 1SW1A 3HCQA 1LSTA 4DXUA 4H65A 1NMUA 1MXVA 5DVFA 1ZTYA 3FUZA 3IJOB 2FNCA 3EHUA 3ZSFA 1SW5A 1PBQA 2O69A 3CIJA 3KN8A 1AIVA 4NF8A 1EZPA 1GGGA 1B5JA 2VD3A 3RPWA 5AE4A 1MPBA 1FCKA 1B7UA 5AA2D 1TXFA 2NWJA 3L6GA 5AA1A 5AA4A 3BFTA 2ZYNA 2DVZA 3IX1A 1MDQA 5FTIA 2D5WA 1QUIA 3I6VA 4F3SA 3VXBA 1YPNA 1MXWA 2O68A 3CR9A 4G68B 3TDJA 1FQFA 1D4NA 4RPNA 4F29A 2F35A 3H03A 4ONYA 4IO7A 3TTRA 3FXRA 1FQCA 1S9TA 1LAFE 2GFEA 1QUKA 4FIMA 2I49A 1LCFA 2D21A 1UTHB 2R71A 3Q29A 1QVSA 1N3WA 2QL3A 2O7IA 2Z8FA 5CRYA 4KR5A 3E13X 5KDTA 1JEVA 1LBCA 3EN3A 3D4CA 3BBRA 1XC1A 4RPOA 5B7DA 1EZ9A 2VP1A 4PETA 2F5XA 4U23A 5H8FA 1MY1A 2Z8DA 4GQOA 4GD5A 1AL3A 1LLSA 3T9UA 2VGQA 5DYHA 4H67A 4BLAA 3OXNA 4NE4A 2Q9TA 3RQTA 1B2HA 4ZEKA 4R2BA 1FQAA 3O6IA 3FJMA 2G93A 1S7YA 4P0GA 2ABHA 1AH5A 5ITPA 5ITOA 3K6VA 3CFXA 1VE4A 2GHBA 4Q0CA 1B51A 1FQBA 4GIZA 4RK2A 3O29A 3R7XA 2B65A 3MPKA 4GRKA 4Z0IA 1BKAA 1R6ZA 4OMBA 3PMXA 3KJ7A 1ZIUA 4ZZEA 4H5GA 3FV2A 3IOUA 4F3BA 5TPAB 3TMGA 4BDQA 1FTOA 3TQLA 3G3FA 2X7QA 3FASA 3G7WA 1IXCA 2UVJA 3RGYA 1P1NA 4R6YA 3MVZA 3TCGA 2X26A 1N84A 5ICQA 1B52A 2BJJX 4PFWA 3UORA 4C1UA 1M5DA 1GV8A 2ONSA 3W9VA 1FTKA 4LA9A 2Y7IA 4DZ1A 2XXIA 4E0WA 4OWDA 2Z23A 1P1OA 3OO9A 2X7PA 2NVUB 3UP9A 3V83A 1JVYA 1RYOA 2HZLA 1HSEA 4R2FA 3G3JA 4EUOA 1B5HA 3DELB 1RYXA 1YCJA 2HAVA 3QSLA 3WAEA 4XKQA 4M1VA 5AA4B 3U93A 1OQGA 4ZEBA 2V3QA 1N76A 2I4BA 2V25A 2ZYOA 1EZOA 4OFOA 2OZZA 4BDOA 4U2RA 4DXBA 1ZBMA 1MPCA 1H45A 2OJTA 3BKIB 5L9SA 3IOTA 4NF5B 1MRPA 1R9QA 4QF9A 1LFIA 3N6TA 4LZ5A 1JETA 4GXAA 3HHFA 1B05A 2A5TA 2Q8JA 2AIXA 3RY3A 1POTA 4LUBA 4LVQA 1I6BA 1JEUA 1UTBA 2I6EA 4NMYA 4N13A 1GTKA 2HFBA 3FZVA 3O66A 4GL0A 3H6UA 4XKRA 4EF1A 3TQWA 1B4HA 1AMFA 3HO7A 1B32A 3DP8A 1XOCA 2DE4A 5CMMA 2A5SA 5H8HB 4OEVA 2O6AA 1D3KA 1MH4A 3DP4A 3B7DA 4QFPA 3VLWA 5EHSA 2ZMBA 1B7ZA 4GL8A 5K2YA 3QIMA 1LAXA 4EXKA 1LFHA 4Q8RA 1I69A 4KI0E 3MVYA 1O63A 1NH8A 1OVBA 3FV1A 1A40A 2ZXTA 3VE1B 2F6GA 4ZDMA 3M3KA 4IO4A 2O1MA 3FVGA 1MXZA 1B3FA 1MXYA 1DPPA 3KFMA 2XXYA 1B3EA 4YKPA 5K2XA 5HM4B 4LQ5A 3CFLA 2ONRA 4OEUA 4YB5A 3MZ9A 3FVKA 4EF2A 3SDFA 4QSDA 2H9BA 1P1QA 1F9BA 5DT6A 2F97A 4NF6B 2RC7A 4BDRA 3MP6A 1P1UA 4TOZA 4H0WA 3OELA 5FTHA 3VVDA 4TQUQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NV4A 1R9LA 2DWJA 1QJMA 5H8QA 4OENA 4FEDA 2XXUA 2XX9A 4FAJA 4NF4B 2H25A 2DS9A 5FHOA 3VXCA 3HFUA 3OO6A 1N3XA 1B5IA 3KOTA 5KCJB 4QHQA 3ECRA 3VDFA 1MDP1 3O2AA 5ESYA 1MY0A 3HPIA 1LB8A 1ANFA 1QUJA 2QS4A 3RT8A 4OVPA 3G3HA 4N8GA 4ISUA 5M2VA 5AA2B 2XXKA 3I3VA 3G3IA 4KYEA 2XWIA 5CMKA 5I2NB 3EKIA 1NV2A 3H3GA 4YU0A 2PT2A 1B3HA 4NWCA 3E4RA 4F3GA 4PCDA 4GXSB 5I84A 3LC8A 3SEXA 2GH9A 5A5LA 5A5XA 3HSTA 1AOVA 2XA5A 2KLFA 4YB7A 4DIGA 4F2QA 5I2KB 1CNQA 2PX1A 4MBPA 3M3FA 4QBAA 4PBQA 3B6WA 4R6HA 5FHMA 2GQ1A 3L6HA 1PB7A 3QUFA 4ZEFA 2DE2A 3OOAA 1FW0A 3O9PA 4DCYA 2F78A 3PPOA 2Y5LA 1B6HA 3PU5A 3SETA 4PAFA 3M3LA 3FATA 3FXBA 4LZ7A 3CSGA 4HCYA 2A5TB 2OWZA 3BIGA 2FIXA 3EF7A 3VFJA 2F7CA 2UVIA 5BWJA 4N15A 4PBHA 2AL4A 4GWUA 4GOTA 4OTEA 1Y9UA 2M8CA 5CBRA 3IOWA 2RF1A 1UTBB 2AL5A 2QMWA 4C1TA 3OD7A 4EXLA 3PUYE 2YJPA 4M4GA 3H4ZA 5HPQA 1UIVA 4N91A 1XI6A 1YYZA 4LATA 1FPIA 1M5BA 4P1LA 1P1WA 1A99A 3Q26A 4I40A 2HHMA 3FVNA 4YKJA 1SI0A 3UA8A 2ANJA 4G4PA 1PBPA 3TFLA 5H8NA 5KZTA 1B1HA 3OO7A 1FBHA 1IXGA 3EQ1A 3A3CA 1FPKA 4QSEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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