1SDXA

Crystal structure of the zinc saturated c-terminal half of bovine lactoferrin at 2.0 a resolution reveals two additional zinc binding sites
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the zinc-saturated C-terminal lobe of bovine lactoferrin at 2.0 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Transport protein
total genus 113
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA02
1PBQA 4TOZA 3A3UA 3IB1A 3U94A 2XXIA 1FQEA 4FEDA 3FGSA 5DEXB 1SI0A 3VLUA 2Z8EA 3PPQA 4C1TA 1NH7A 2QS2A 4OETA 4MLQA 1MPDA 5DVFA 2F36A 4YKJA 1B58A 3N6TA 4R75A 3G3HA 2Q2AA 1CB6A 4ZEDA 1A7LA 3LUYA 3KEIA 3K1MA 1OQGA 3MJNA 3ONMA 2LAOA 1URDA 4H8IA 2HZKA 1ZKBA 1JVYA 2Y7WA 2Z8DA 3PD8A 4JXIA 1A99A 1B3HA 3MVWA 4OTEA 2ANJA 4NMYA 4FATA 3M3LA 4H5FA 5I2KA 1B3FA 1II5A 2XXUA 4EQ9A 2V93A 4THIA 2O7IA 5CMKA 1B3EA 3KSJA 3FVOA 3IB0A 4I1DA 2BJJX 4I9DA 4DCYA 3OO9A 4IO5A 1MXUA 4RYAA 4NF5B 3UN6A 3TMGA 1WVJA 4IO3A 3PUZE 4HCYA 1M5CA 1ZIUA 3O66A 3GLBA 1DSNA 1N3WA 3OD7A 5ISUA 3PGFA 4G77A 3K0VA 1LFHA 4F3SA 4F39A 1IXIA 1B40A 3RLFE 4KD5A 4YKKA 2E0SA 4UACA 4U2RA 2WKYA 4L17A 3RPWA 2YJPA 4FORA 2D5WA 1UIVA 4YKPA 4KQPA 4OEUA 3KOSA 5AA3A 3PUYE 2UYFA 4U23A 3Q29A 2GHAA 2I3WA 2XXTA 3ILUB 4BDMA 1LB9A 2DP8A 1N0TA 2CMOA 3W9WA 4FAJA 2OJTA 1LBBA 5I57A 2NVUB 2PT2A 1YAEA 2DOJA 2GFEA 1EZ9A 1YTVA 4ECFA 2ABHA 2NUVA 5CI5A 1SW2A 4RPOA 4NF4A 2YLNA 5JTYB 1LBCA 1AOVA 4KFQA 2G93A 3IO6A 4OQOA 5K2XA 3LC8A 3Q26A 1UTHA 4JWXA 3SERA 4Q0CA 4U4XA 2DWHA 5ITPA 2RF1A 3S4UA 5AA4B 4ZZEA 4H65A 4ZEIA 4G2ZA 4POXA 3IOVA 4KYDA 2RC9A 4NF8B 1MH3A 5ITOA 4F22A 2ZNSA 3CFZA 1OIBA 1J1NA 4EUOA 2RCBA 4DXUA 2XX9A 5AA2A 1SYIA 3FXRA 1I6BA 5KDTB 3H06B 1IZ1A 4H67A 4GL8A 4P0IA 2QS1A 3QIMA 4P0GA 1LCTA 3E3KA 4GF8A 4O3AA 3EQ1A 2XHDA 2Y84A 1XC1A 4X1BA 2RCAA 3O28A 3LSWA 3QXMA 2NXOA 4R2BA 1POY1 1MY4A 3VDFA 4E0WA 1JVXA 1D3KA 1ZTYA 1YCJA 3TTRA 4R6HA 1SQYA 2V3QA 3V5AA 1B5HA 3UORA 2V25A 3V8XB 3THIA 3V83A 2O6AA 4DIGA 5I58B 2V3UA 2ALUA 3G3FA 3S9LC 1R9QA 4F1UA 4HTGA 4PFTA 4FJPA 4RPNA 3O6GA 3R7XA 3OSRA 2HZLA 4O3BA 4OXVA 3T9UA 3HO7A 1OVTA 3OENA 3RTWB 3RY3A 1TFAA 4XKQA 3HPIA 1JW1A 1B32A 2Q2CA 5KCJA 5CMBA 1MXYA 2OBGA 1R1NA 2ONSA 1Y1MA 3OEKA 1XVYA 2XX7A 1IITA 1VE4A 5LOMA 2I4CA 4LQ2A 1QKAA 1AMFA 4R9FA 3RN8A 1NL5A 1JQFA 2M8CA 1SBPA 3LBSA 2ZYOA 4LVQA 2DE2A 3G3KA 3CI8A 1ANFA 3W9VA 1GTKA 1XVXA 1B46A 1LAGE 3PD9A 1XT8A 2QS4A 1Y3NA 1XOCA 2RKMA 4TQUQ 4QHQA 5L9MA 2QJEA 4ZDMA 3C32A 1QULA 2RC7A 2O51A 3PV0E 2Y7KA 2F35A 3PUWE 3EF7A 4C1UA 3CR9A 2XXQA 2F97A 2Q89A 1MPCA 2Z23A 1MM7A 3V89B 4GWOA 3VLVA 5AA2D 1Y1ZA 3FV1A 2I0BA 4IGRA 3KFMA 4LUBA 5H8QA 1JEVA 3RQTA 3S2VA 1TFDA 2H4IA 3T9HB 2THIA 5J1DA 3S9MC 3DP8A 3MWBA 1H44A 4F3PA 3PPNA 3PPPA 2O68A 3TDJA 1M5EA 3LSFB 3SDFA 3HSTA 3SEWA 3IOTA 4F18A 1Y3PA 4WEDA 3CFLA 3K6VA 1B3LA 1MY2A 3O97A 1AIVA 1NH8A 1B0LA 3GBAA 4U22A 3IORA 1URSA 3OO8A 3EHTA 3LSLA 3WAFA 5FTIA 5FTHA 1MY1A 4G8NA 4OERA 1Y3QA 4QSDA 2F78A 4RK2A 1F9BA 4PE5B 4H1XA 4IO2A 2HXWA 1USYH 4KYSA 5I84A 4F1VA 3JZJA 1EU8A 3H6WA 1OMPA 4YMBA 3SKPA 1B1XA 3H7MA 2DE3A 4PP0A 3TPAA 2ZYMA 3K4UA 2F8DA 4TLMB 2O84X 2F34A 3PU5A 5M2VA 3C36A 3EN3A 5CBSA 1SYHA 4MBPA 2RINA 1B9JA 3SEYA 5H8NA 5I2NA 1Y20A 3CSBA 4NF6A 4OWDA 3K6XA 1A54A 2A5TB 3I6VA 3RNNA 3USDA 4U1OA 4XTCQ 3KOTA 4QSEA 4P11A 1PEBA 4EQ7A 1BIYA 3O6HA 3IB2A 1IQ7A 3IJOB 3OO6A 2HAUA 1FTKA 1XHYA 2H5YA 1N3XA 4OENA 3IOWA 3IJXB 3KSXA 1ZBMA 3VXCA 1ZU0A 4NEDA 2QPQA 2XXXA 2Q88A 3QYTA 2B3BA 2ONRA 3RT8A 1RYXA 1FTLA 3CFXA 5HM4B 1LCFA 3K1PA 4DZ1A 4N6PA 2QSXA 1SI1A 3QSLA 3E9XA 3BFUA 4WXJA 3Q28A 2V3TA 3TZAA 3M3KA 4Q8RA 1LAFE 3CVGA 3MVYA 1LGBC 3IL1B 3P7IA 3TTMA 4OESA 4K3FA 3DM0A 2Z8FA 3GZGA 5FHOA 4OFLA 5K2YA 2AL4A 3ZKKA 3CG1A 2ONKE 4ZEKA 5B70A 3MW0A 4RNSA 1NFTA 5HPQA 2XD3A 4KHZE 1WODA 3K01A 4YB5A 4Q5TA 1EZPA 3T96B 3JYRA 3CRBA 2HFBA 2FA7A 1B7HA 4LONB 1OLCA 1DOTA 2F7CA 2GHBA 5CRYA 5IAIA 4UA8A 1MQDA 3MQ9A 3M8UA 3FXQA 1LB8A 1B3GA 5I59A 2PX1A 2B3FA 4PFYA 2DXYA 2VD3A 3I5OA 4EDPA 2DQVA 1RKMA 4BDLA 2XXWA 2DXRA 4OVJA 1IIWA 5EHMA 1CE2A 3TCGA 2F6PA 3HHFA 5JK4A 3U92A 4OZ9A 1MDQA 3EPEA 1HSEA 4ZEFA 5EYFA 1M5BA 3TEPA 4M1VA 3AXFA 1P1OA 3VVDA 1VFDA 1UTBA 2HAVA 3K1NA 4LQ5A 1UTHB 2AL5A 3A09A 3RTFB 3IX1A 3CG3A 4LP2B 1Z7ME 2XX8A 4BLAA 3K2DA 3TODA 5F1QA 4PFUA 1Y4CA 3QK6A 2W7YA 3MP1A 4YKIA 2AIXA 1MXWA 1ZMGA 2X7PA 1VSOA 4BDNA 4NWCA 4F3BA 5AA2B 2Y7PA 1PC3A 3PUXE 1MQGA 4JWOA 4GXAA 3C35A 3K00A 4ELRA 2DWIA 3E4RA 2ESNA 3LSXA 3IAZA 4NF8A 3FXUA 4OMBA 5FHNA 3HN0A 3MPKA 3C31A 3ZSFA 3B6TA 3BKIB 1ZJLA 3KN3A 5TU0A 1BKAA 4N13A 1JEUA 1QJMA 4IB2A 4I62A 2ZXTA 3KJ7A 3ECRA 1BP5A 2H9BA 4LZ7A 1MQJA 3KN7A 1FTJA 3F11A 3VV5A 3C4MA 3Q25A 4PETA 2Q8JA 4AQ4A 1B4ZA 3T9XB 4MFIA 2F7AA 2XXVA 4G68B 4FECA 1BLFA 5IKBA 1US5A 1D4NA 4YB6A 3IO4A 3H4ZA 3TYHA 1B1HA 4ESWA 3MAMA 5JEIA 2I0CA 4H6DA 1MXZA 4GFRA 4F29A 4IY6A 1S50A 3DLNA 4M4GA 3IOUA 4G8MA 1D9VA 2UVIA 3ODBA 5I58A 1MG1A 1NNPA 1FQFA 3TTKA 1BTJA 3FVGA 1IXHA 1URGA 3L6HA 3DELB 4LA9A 3RT6B 3MUQA 5KCJB 4EXLA 3FJMA 1A8EA 1VR5A 3SESA 1ATGA 3T66A 1GGGA 5H8HA 2GH9A 3MVXA 1TXFA 4YB7A 1QUIA 3MZ1A 3U72A 1LFIA 1B6HA 3SEXA 2Z22A 1B05A 1OQHA 2XXRA 3OSQA 4YU0A 3KJTA 1A55A 1QUJA 4G4PA 1IXGA 3PPRA 1SW4A 1MQIA 3WAEA 4YICA 3A3CA 4ZEBA 3SETA 2O7UA 4DXCA 4ND9A 1FQCA 1PB8A 4U21A 2PT1A 1A8FA 1QVSA 4TLLB 3EHSA 2Y7IA 4FIMA 5H8FB 1FTMA 4WEPA 1AH5A 1KWHA 4F31B 3FZVA 4LZ8A 1Y4TA 2PYYA 1UQWA 1O64A 3DP4A 3FATA 5L8DA 1S7YA 4DXBA 4QFNA 2P0SA 3TAJA 5CBRA 2CZLA 5A5XA 3UA8A 3KZGA 3PMWA 2FYIA 1LLSA 1SD3A 2FNCA 1Q1KA 3I3VA 3G3JA 5H8QB 3OMBA 3K6UA 4RXLA 2QS3A 2ZMBA 3HHGA 3QUJA 1DMBA 3R6UA 4LATA 3TKDA 1B0HA 2XXHA 2NOOA 1H76A 5I56B 4EXKA 4R2FA 3PMVA 5ICQA 1T0KA 5TPAA 1P99A 2YPNA 4DCXA 5L9SA 2F5XA 1GR2A 2OWSA 1SW1A 4XIGQ 5HBCA 4JSDA 1L5TA 2VOZA 4MH5A 1MXVA 3KN8A 4RJZA 4GOTA 5F7VA 1ELJA 1Y9UA 2PBWA 2I49A 4ZE8A 4BDOA 4IY5A 1SDXA 3TQLA 4AB5A 4F19A 5TP9A 4QFPA 3FJ7A 5CMCA 3G3GA 1PB9A 3T93B 1FTOA 4H8JA 2VGQA 4I8CA 2DWAA 2DE4A 4GLIA 4IGTA 1N84A 1I6AA 2P1SA 2D3IA 1JW4A 3UK4A 1JW5A 3SEUA 3VXBA 4ELOA 2HCAA 3M3FA 2H25A 5H8NB 5KZTA 5I2NB 1NKXA 2OLBA 2DVCA 4NF6B 4EQBA 2ZNUA 1ZLQA 3RUMA 1B7UA 3H3GA 5DEXA 1A40A 1FQAA 4KR5A 4DDDA 1B5JA 1MDP1 3N5LA 1NNFA 2AYSA 4JBZA 1H3DA 4MLVA 2VHAA 4R6YA 2A5TA 1Q35A 3TUSA 5DVIA 1I69A 5I2KB 1MY3A 3MP6A 4QFOA 1PBPA 4HS7A 3PPOA 2A5SA 2F7BA 1FCKA 3FIRA 4MF3A 4POWA 2REGA 1B5IA 4WKMA 4OHNA 2QRYA 4KI0E 2O1LA 2X26A 5DTBA 1EZOA 4G68C 3MPLA 4Z0IA 4GIZA 1B4HA 3VLWA 5H8SA 4NTLA 4Z7EA 3D4CA 4KYEA 3H6TA 3B6QA 5AE4A 2HQ0A 4EF2A 4NF5A 3FASA 4DE8A 1P1NA 3G3IA 3PMXA 5BWJA 4ISUA 3KBRA 2GRVA 1XS5A 5DVJA 1MM6A 3U1OA 3OEMA 4XKPA 1US4A 4BDRA 2OCUA 1O63A 2ZYKA 4ZZAA 5FHMA 5ELVA 4YAHX 3VVEA 1N04A 3C9HA 3MBPA 4GXSB 4R74A 2I58A 5BUUA 3OELA 3VVFA 2Y7RA 1IEJA 5I59B 2HEUA 1PB7A 3VE1B 1P1UA 3CSGA 4RA1A 2I3VA 3N6UA 3MZBA 1TWYA 1Z7NE 2H98A 4OFOA 5I57B 1NMUA 1SVXB 3H6VA 2UVGA 3D4GA 4DLDA 1OLAA 2DVZA 3O9PA 2XXPA 4NF4B 2PVUA 4ZE9A 4RK9A 1USYE 4EF1A 3DP6A 1JETA 2R9JA 1P1WA 1B2HA 2H99A 3GBBA 3T22A 2UYEA 1N76A 3TFLA 2P2AA 3MVZA 1UTBB 4R73A 3W15C 2QMWA 4H0WA 1R9LA 1OVBA 2I48A 1O7TA 2UVJA 1R6ZA 4ESXA 5JTYA 2DSFA 1AL3A 3KGCA 1QW0A 3H6UA 3MP8A 1LFGA 4HW8A 5AA1A 1LAHE 4JDFA 3TCFA 3FV2A 3RGYA 3N26A 1FQDA 2ZNTA 1RYOA 5EHSA 1B7ZA 5AA4A 2I4BA 4KCCA 4X9TA 4GQOA 4HCWA 3ILTB 3QAXA 1QKBA 1SW5A 5L9OA 1YPNA 4R6KA 3H03A 1M5DA 4R9GA 2V84A 1HSJA 1GVCA 5KDTA 3EHUA 2REJA 4O3CA 3SEVA 5DT6A 4PFWA 3TTLA 3VFJA 1FQBA 3PUVE 3FUZA 2O69A 1FW0A 4ZECA 3TQWA 1H45A 4IO7A 2R71A 1MRPA 4OFJA 1N7XA 4U1ZA 3UIFA 2UXAA 3O6IA 1WDNA 3O29A 2X7QA 3JV9A 1B52A 1LAXA 1VFEA 3BBRA 2B65A 3U93A 4R72A 3ZS6A 4OEVA 3IK6B 4G68A 4ELQA 2XXYA 3FD3A 1QUKA 4OYVA 3C33A 4XKNA 2I6EA 3OOAA 4RY1A 4U4SA 3OXNA 3N94A 1HSLA 4YZZA 2VP1A 2ZYNA 3OO7A 3U8QA 1UIUA 5H8HB 1M5FA 2D21A 2QL3A 4QSCA 4KCDA 4BDQA 1H43A 1B51A 1LSTA 1N7WA 1MS7A 4QF9A 2OK2A 4F2QA 4ONYA 3IR1A 1JNFA 1MQHA 3G7WA 1MPBA 4QRZA 4GL0A 3UGWA 3HCQA 4ELPA 4H5GA 4G8HA 1POTA 1DPEA 5ICTA 4X48A 3GXAA 3TELA 2G29A 3MC2A 4JSOA 3MZ9A 4IO6A 1IXCA 2UVHA 3B6WA 2E1SA 2QMXA 2IEEA 4X1DA 2F6GA 3FJGA 1MH4A 4JWYA 4LZ5A 3LR1A 2DS9A 3S9NC 5A5XB 3T9VA 3QUFA 5CMMA 3B7DA 2RC8A 3TCHA 3Q27A 4C0RA 5H8FA 3K6WA 2O1MA 3FVNA 2KLFA 4F3GA 3K02A 4E0XA 1NNTA 1I6QA 1D9YA 2Q9TA 3L6GA 4QFLA 4QFKA 4GVOA 3S9EA 1TT1A 5TPAB 4YMAA 4XKRA 4AB6A 2OZZA 5CM6A 2IA4A 4XXUA 3ZKLA 5B7DA 3BFTA 4Q30B 4IO4A 2VD2A 1DTZA 3KG2A 4NWDA 1MY0A 2DYXA 1NNKA 5I56A 5DYHA 4JB7A 2XD2A 2OWTA 4GD5A 1IUDA 3R26A 2NWJA 3CIJA 5CC2A 4KPTA 4N07A 4GRKA 5TP9B 2PMSA 1DTGA 1DPPA 1MXXA 3O2AA 3HV1A 3FVKA 1GV8A 1P1QA 4NE4A 4PQJA 2DWJA 1S9TA 1PDAA 4FEBA 4F1YA 4F2OA 2R6GE 3C34A 3TTNA 1EH3A 4FE8A 3UP9A 3E13X 4ZS9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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