1SDXA

Crystal structure of the zinc saturated c-terminal half of bovine lactoferrin at 2.0 a resolution reveals two additional zinc binding sites
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the zinc-saturated C-terminal lobe of bovine lactoferrin at 2.0 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Transport protein
total genus 113
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA02
3FVNA 2V3TA 3E13X 3C32A 4KFQA 5L8DA 2F7BA 2XX9A 1B3FA 5I56B 2XXQA 3K1NA 4U1OA 4ECFA 5CMBA 2XXIA 2REJA 4QHQA 1MXVA 2XXPA 3FJGA 1Y1ZA 2RC7A 3FIRA 3TKDA 3TTMA 3FXUA 3RT8A 4X1DA 2A5TA 2IA4A 1JW5A 3D4CA 4U22A 4AQ4A 4NEDA 4F3BA 4R6HA 5FHMA 2F7AA 2H99A 4R9FA 2Q89A 3OMBA 3QYTA 3OSRA 3KZGA 3OO7A 1B7ZA 1P1NA 3MQ9A 1YCJA 3A09A 4N13A 5I2KB 1QUJA 1GTKA 1LAXA 4ZS9A 3RUMA 3PV0E 4PE5B 1NNFA 2I3VA 1AL3A 1B1XA 2F35A 1YPNA 2ZNUA 3H4ZA 5DTBA 5FTHA 2QPQA 3K02A 4GRKA 2GHAA 4IO2A 5DEXA 5AA4B 4G8NA 3TDJA 4EQ9A 4LP2B 3GXAA 4RK2A 3O29A 3PD8A 1Y1MA 3TCHA 5H8HB 4LZ5A 4XKNA 4LA9A 2Q2AA 1MG1A 2PVUA 1JW4A 1SD3A 3M8UA 1QVSA 1NNKA 1A55A 2XX8A 3M3LA 1DSNA 4YKPA 1VFEA 1OLAA 3UA8A 2XXTA 2XX7A 1BKAA 4DCXA 1B58A 1NNPA 2QJEA 4KHZE 3CR9A 4GWOA 1Y3NA 5FHNA 1VSOA 1SDXA 4NF8B 1URSA 3SKPA 1MPDA 4PFYA 1H44A 1URGA 4NWCA 2RCAA 1S7YA 1MY3A 4RXLA 1B5HA 4GQOA 1MQJA 3HCQA 1YTVA 5I58A 4FEBA 3S9EA 2Z8EA 3IO6A 4POWA 2OJTA 2ONKE 1USYH 4KR5A 4GL0A 4G77A 2LAOA 2E0SA 1M5DA 1EZPA 4YAHX 4H0WA 5K2YA 4F3SA 1XT8A 1FTJA 3PPQA 3PMWA 4IY6A 1OIBA 3IOTA 2Z23A 1PC3A 5ELVA 1B51A 2ABHA 4NF6A 4OMBA 3CFXA 2DSFA 1EH3A 3CI8A 1B1HA 1FQBA 4H65A 1JEVA 4HW8A 4P0GA 2Z22A 1GVCA 3CG3A 2F78A 1JW1A 4ISUA 2VOZA 3FGSA 1B6HA 4YB7A 2I49A 3USDA 4KCCA 1A99A 5B70A 3K1MA 4OVJA 3VXBA 4O3BA 3LSLA 4RK9A 3JYRA 1M5EA 4LUBA 3T9VA 2F6GA 1P1WA 4IO7A 1DPPA 1OVTA 5TU0A 3G3IA 3CVGA 3EN3A 1DOTA 5EHMA 2O68A 4DZ1A 3IORA 2VGQA 3G7WA 5ICQA 1I6AA 1UQWA 4F1UA 2VHAA 2F7CA 2XD2A 5I2NA 2F36A 5L9SA 4JWOA 1P99A 4OQOA 2XXYA 3W9WA 4JSDA 2ZYNA 5H8QB 2ESNA 2CMOA 1MQIA 4PFTA 4NF5B 3PUZE 2Q9TA 5K2XA 4G8HA 1M5CA 5CRYA 1ATGA 3ZS6A 1M5FA 1ZIUA 1PBPA 1ZMGA 1B52A 3MAMA 4DLDA 1EZOA 3W9VA 4U1ZA 5J1DA 1MDQA 4Z7EA 1TXFA 3KGCA 2P2AA 3T66A 3S9LC 5F1QA 2V25A 3WAFA 1TWYA 4LONB 4HS7A 3MVXA 3C33A 1SW1A 4OYVA 2GH9A 3OEMA 3L6GA 3KBRA 1B05A 1N04A 2PT1A 1SW2A 1PB8A 3SEUA 3VDFA 1I69A 3OENA 2UXAA 1H76A 3R7XA 1Y4CA 2V3UA 4OEVA 3TQWA 3VE1B 3BFTA 3HSTA 1T0KA 3KEIA 2HCAA 4FIMA 5CC2A 3SETA 2B65A 2XXRA 3KJTA 1IXCA 2ZYKA 3PUYE 1A7LA 1D9VA 3KFMA 1PDAA 4JWYA 2RC8A 2XXXA 2BJJX 1OQHA 1Y3QA 1PBQA 4F3GA 1NH7A 5H8SA 2Q88A 4ZEIA 3T93B 4LVQA 5I84A 3RLFE 1LBBA 3QIMA 3MP8A 5H8FA 2ONRA 3UORA 4I9DA 2HAVA 1LGBC 2CZLA 4YICA 4G2ZA 4OESA 5BWJA 3U72A 5I57B 3O6GA 4G4PA 3QAXA 1RYOA 1MXYA 2QS4A 1A8FA 4ZEFA 3ILUB 3KN7A 4EUOA 5JK4A 3K6UA 3FD3A 3FVOA 4U4XA 3S2VA 3I5OA 1A40A 4KCDA 3Q26A 4RA1A 3VLVA 1AOVA 4QFOA 1SW4A 4ESXA 1UTBB 2YLNA 5TPAB 3MVWA 3Q29A 1LFHA 1DPEA 1AMFA 1P1UA 1QJMA 4G68A 4XKQA 4H6DA 3IR1A 5KCJB 3G3FA 1SYHA 2DS9A 2WKYA 4WXJA 2XXWA 2GRVA 5AE4A 1XHYA 4EXLA 1JQFA 3C31A 2RCBA 3H6UA 3GBBA 2E1SA 4OHNA 4RY1A 2Q8JA 5FTIA 1MXWA 5AA4A 4UACA 4E0XA 4I62A 3RTFB 5I59B 4Q30B 5M2VA 1B3EA 2H9BA 3RGYA 1FQCA 4DDDA 1IITA 2FYIA 4X9TA 4WKMA 2XHDA 3OO6A 3E4RA 3N5LA 4YKJA 3FJ7A 5AA2B 3FXQA 2OZZA 2OLBA 5BUUA 1QULA 1VE4A 3H7MA 1FW0A 1B5JA 3O28A 1KWHA 3FJMA 2PT2A 2Y7WA 3FXRA 3IOVA 2F34A 4OZ9A 3RTWB 5JTYA 2W7YA 1B9JA 1B4ZA 3V5AA 4F1YA 4BDQA 1Y9UA 4ZE9A 1Q1KA 4F2OA 4WEPA 3LSXA 1LCTA 4P11A 4IGTA 1OMPA 2RKMA 1SYIA 2HAUA 1LAGE 1UTHB 4IO3A 1OLCA 1R1NA 4AB6A 1VFDA 3VLWA 2B3BA 3V83A 1J1NA 4HCWA 1USYE 1FQFA 4GFRA 4ONYA 2RC9A 4YZZA 2A5SA 5CMKA 2DWHA 4NF4B 4EF2A 2HZLA 4PFUA 3ECRA 1P1QA 1HSLA 3OO8A 2H25A 3TPAA 1OQGA 1SVXB 1WVJA 3B7DA 1IUDA 4ELRA 3LC8A 4MLVA 3KN8A 3GBAA 2DYXA 2F97A 2IEEA 1B40A 1B5IA 3U93A 1POTA 3IOUA 1A8EA 1B4HA 3MP1A 3TMGA 3K2DA 2I0BA 3MVYA 1DTZA 5A5XA 1JETA 3C35A 1NFTA 3S9MC 3OXNA 3TQLA 4H5GA 1FTMA 3CFLA 4H8JA 4RPNA 3SESA 2AL5A 2I6EA 4C1UA 3BBRA 3SEYA 4NE4A 3TTKA 5DVFA 3G3KA 1N3XA 5H8NA 2A5TB 3TFLA 3JZJA 2DOJA 3TYHA 4Q8RA 4PETA 3PUWE 2VD3A 3EQ1A 1R9LA 1IEJA 2UVIA 3PU5A 3N94A 3A3CA 1XVYA 1FTOA 3EHSA 4RYAA 3U94A 3M3KA 2PX1A 4OTEA 2UVHA 5JEIA 1IZ1A 3DELB 3T96B 1WDNA 3PMVA 1H45A 4DCYA 3PPOA 4BDNA 2FA7A 2Y7KA 1AH5A 3RT6B 2NXOA 1SBPA 4GL8A 5L9MA 4F39A 4R6YA 1MQHA 3LBSA 2YPNA 1JEUA 4BDMA 1ANFA 3Q25A 4DXBA 4TLLB 1FQEA 1SQYA 3IX1A 2O7UA 2DE4A 2THIA 4R74A 1GR2A 3U8QA 3O9PA 3K6XA 4GF8A 3IAZA 4QSCA 2G29A 3KG2A 1MY0A 4KQPA 1A54A 4BDOA 2F5XA 5LOMA 2R6GE 3TTNA 4I8CA 4ESWA 3FV1A 3CSBA 4MF3A 2PMSA 3T9UA 4ZEKA 3Q27A 1B0LA 3GLBA 1IQ7A 1LAFE 2DE3A 4YKIA 1B7UA 4IO6A 1LFIA 3PD9A 1FQAA 2PBWA 3T9HB 3ODBA 4RJZA 2DQVA 1IIWA 2M8CA 5I58B 1BP5A 1ZKBA 3IJOB 4DXCA 1FCKA 3B6QA 3K01A 3RY3A 3TTRA 4XIGQ 2DVCA 2DP8A 4RPOA 1Y3PA 4LATA 3RPWA 5HPQA 3QSLA 4OENA 2X7QA 3TEPA 1BTJA 1QW0A 3HPIA 4QFLA 4YMBA 4R6KA 4QSEA 3O6HA 2ZMBA 4OXVA 1MM7A 4XXUA 3LUYA 2Z8DA 3V8XB 5CM6A 4FECA 4NF6B 1N84A 2Z8FA 4Q0CA 3ZSFA 1B32A 4F2QA 4GD5A 5TP9A 2ZYOA 4R9GA 4ZZEA 4FATA 4OWDA 4R2BA 2XXUA 5KDTA 3MW0A 4LQ5A 2RF1A 2XXVA 1D3KA 4GLIA 3TELA 3SEWA 5DT6A 5ICTA 2GFEA 2YJPA 4OFOA 3IB0A 3VLUA 2OWSA 4QFKA 1XC1A 2QMXA 3KJ7A 2I3WA 2GHBA 2AYSA 3H6TA 4JB7A 5AA2D 1ZBMA 2I58A 4GIZA 3UGWA 3ZKLA 4IO5A 1NH8A 4OETA 4JDFA 4OFLA 4H8IA 4XTCQ 3MVZA 3R6UA 1LFGA 5I56A 1NL5A 1LBCA 3F11A 3SEXA 4F19A 4QSDA 1QUKA 4YB6A 2ONSA 4K3FA 4R73A 1H43A 2DE2A 2DWIA 1GV8A 4F22A 3OOAA 2UVGA 4U21A 1CE2A 2P0SA 2DVZA 1FQDA 3VVFA 5AA3A 1ELJA 1POY1 2DXYA 2ZYMA 1LB8A 4ND9A 3PUXE 4EQBA 3QK6A 1N7WA 2ZNTA 4NWDA 2QSXA 3GZGA 1QKAA 2HXWA 3JV9A 3H03A 4DXUA 2D21A 2D3IA 4XKPA 1B2HA 3K00A 3EHUA 3L6HA 2F8DA 2HEUA 1P1OA 1O7TA 4MFIA 5I2KA 4R72A 1Z7ME 3PPNA 2QMWA 2HZKA 4FJPA 2O6AA 4IB2A 2QS3A 4JXIA 3MP6A 1ZLQA 3C34A 4TQUQ 2I4BA 1MDP1 5B7DA 2NOOA 1DMBA 1O64A 5ISUA 3TTLA 3CRBA 4WEDA 4HCYA 4ZEBA 4NMYA 1MQDA 4POXA 5HBCA 1XOCA 3IB1A 3FVKA 5H8HA 3MZ1A 4X48A 4GXAA 5AA1A 1LB9A 3I3VA 3SEVA 4JWXA 4DIGA 1I6BA 1MXZA 1LAHE 4THIA 4QRZA 3RQTA 5ITOA 5H8FB 3DM0A 3C4MA 3MPLA 3P7IA 3ZKKA 4PFWA 2ALUA 4NF8A 5L9OA 1URDA 3D4GA 4TLMB 1TT1A 1DTGA 4FE8A 1SW5A 1MXUA 4U4SA 2VD2A 2AL4A 5IKBA 4LZ7A 3DP6A 3CFZA 4DE8A 2H98A 5CMCA 1D9YA 4XKRA 4KPTA 4ELQA 3BFUA 3DLNA 3BKIB 3QXMA 3A3UA 3E3KA 1US5A 3ONMA 3TCGA 2Q2CA 1IXIA 3THIA 4G68B 2HQ0A 2PYYA 1RKMA 4L17A 2OWTA 4KI0E 3G3HA 1ZJLA 3KN3A 4H1XA 2ANJA 3EF7A 3N26A 5KZTA 2X7PA 3FZVA 1UIUA 2D5WA 3OEKA 2O1MA 3O2AA 2OBGA 2UYEA 3W15C 3OELA 3UN6A 1LSTA 3H3GA 3SERA 4EF1A 2O69A 1LCFA 4IY5A 3C9HA 5EYFA 5CBRA 1S50A 3QUJA 3CG1A 1H3DA 3K6WA 4KYSA 3IOWA 2V84A 1MY2A 4NTLA 2FNCA 1EZ9A 4P0IA 3PGFA 1B3HA 3LSWA 3U1OA 1TFAA 4X1BA 5DVIA 3PMXA 3U92A 2UVJA 3FV2A 3OSQA 1S9TA 4YB5A 2QRYA 1MM6A 3K0VA 3IO4A 3MZBA 5CI5A 1N0TA 1MQGA 1N3WA 3I6VA 5JTYB 4F29A 2O7IA 2RINA 4M4GA 4H5FA 3HO7A 4PP0A 3IJXB 1AIVA 4EXKA 2ZNSA 2V3QA 1B46A 3FVGA 3O97A 5HM4B 3S9NC 2H4IA 4Z0IA 5H8QA 1R6ZA 2O84X 4LQ2A 4NF5A 3MJNA 3VXCA 3TAJA 3FUZA 4FEDA 1MS7A 2QL3A 3FASA 1FTLA 4GVOA 4FAJA 5F7VA 2XXHA 1BIYA 3HV1A 3MPKA 3ILTB 2P1SA 5DEXB 1Z7NE 2XD3A 4G8MA 1IXGA 1MH3A 3IK6B 2REGA 4O3CA 5CMMA 3MWBA 3OO9A 2HFBA 4I1DA 3G3GA 2AIXA 4N07A 1NNTA 2O51A 5CBSA 4C0RA 4M1VA 1JNFA 1QKBA 3E9XA 3H6VA 3HHGA 4BDLA 3WAEA 4RNSA 3VFJA 3K6VA 2Y7RA 5A5XB 4U2RA 1GGGA 4FORA 3N6TA 4EQ7A 3K1PA 4KYDA 2DWAA 4BLAA 1B3LA 4YMAA 1US4A 3UP9A 3O6IA 1LLSA 4F18A 5IAIA 2DXRA 1F9BA 1XS5A 2R9JA 1YAEA 1L5TA 4IGRA 3MC2A 1M5BA 5H8NB 2R71A 4QFNA 3T22A 2NVUB 1I6QA 4MBPA 3VVDA 4YKKA 2V93A 2OK2A 2NWJA 4QFPA 4H67A 5ITPA 1MPCA 3H06B 3KSJA 4N6PA 5I57A 1N7XA 1TFDA 2OCUA 1EU8A 3RNNA 1MPBA 2G93A 3PPPA 3DP4A 3VVEA 1PB9A 3EHTA 4ZE8A 1Q35A 5FHOA 3EPEA 1VR5A 3TODA 2Y7PA 1QUIA 4F1VA 1UTBA 4OERA 3PPRA 5TPAA 4EDPA 4ELOA 3MUQA 4MH5A 1ZU0A 5KCJA 3DP8A 1II5A 1O63A 4ELPA 4JSOA 4OEUA 4YU0A 1B3GA 4ZECA 1WODA 1D4NA 1FTKA 1NMUA 1ZTYA 5EHSA 2Y7IA 2KLFA 1B0HA 1R9QA 3CIJA 3UIFA 2NUVA 3IB2A 3G3JA 2QS1A 3RN8A 4ZEDA 5I59A 3KOSA 3SDFA 4G68C 3IL1B 2B3FA 5I2NB 4OFJA 3HHFA 1B7HA 1CB6A 3LSFB 5AA2A 2O1LA 4U23A 4QF9A 4LZ8A 3AXFA 2H5YA 3V89B 3KSXA 3H6WA 4MLQA 1N76A 3MZ9A 3Q28A 3MBPA 4IO4A 1UIVA 2I4CA 2DWJA 1Y4TA 4PQJA 4C1TA 3B6WA 4AB5A 1MRPA 2VP1A 1Y20A 3QUFA 2QS2A 1OVBA 5DYHA 3T9XB 4TOZA 3N6UA 1UTHA 3O66A 2F6PA 5TP9B 1MXXA 3B6TA 2X26A 4R2FA 1SI0A 1XVXA 2Y84A 1HSEA 3LR1A 5KDTB 1MY1A 4JBZA 5DVJA 2ZXTA 4E0WA 1MY4A 4GXSB 4BDRA 3S4UA 3K4UA 4F3PA 1HSJA 4NF4A 1MH4A 3OD7A 3FATA 4Q5TA 4KD5A 3C36A 3UK4A 1PB7A 4R75A 1IXHA 4KYEA 3PUVE 1JVYA 3CSGA 4F31B 1BLFA 1NKXA 4ZDMA 3TZAA 3M3FA 1SI1A 4GOTA 1RYXA 3HN0A 4ZZAA 1PEBA 2UYFA 2I0CA 1JVXA 4HTGA 3VV5A 4O3AA 2I48A 3R26A 3TUSA 4UA8A 3KOTA 3TCFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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