1T0KA

Joint x-ray and nmr refinement of yeast l30e-mrna complex
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
GKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Joint X-Ray and NMR Refinement of the Yeast L30e-mRNA Complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*C)-3'
molecule tags Ribosome
source organism Escherichia coli
total genus 104
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA01
3L6HA 3KJ7A 4OERA 5CBRA 2I3WA 2XXXA 3LSWA 4YICA 2ZYMA 4RA1A 2UYEA 3TKDA 3T9UA 2DXRA 2E1SA 5HM4B 3TTNA 2LAOA 4F3GA 2X7QA 2O6AA 4YKKA 1MQDA 1B32A 3W9WA 4GL8A 3FD3A 1FTLA 1UTHB 1D9VA 4DZ1A 1IXCA 4NF8A 3O6GA 3C4MA 3M8UA 2R6GE 5H8NB 5I58A 4ZE9A 2DWHA 1ZLQA 1J1NA 4YB7A 1Z7ME 2E0SA 4GQOA 4R9GA 3GZGA 2QMWA 1GGGA 2O51A 4OFJA 2DVZA 4RPOA 5A5XA 2Q2CA 2QSXA 3IJXB 5CI5A 4EXKA 4YMAA 4ZE8A 3QSLA 3CG1A 4G68C 1NNTA 3RUMA 3DP4A 3TFLA 1HSLA 1F9BA 2PVUA 3MAMA 2REGA 4LP2B 3TPAA 1NNKA 4I62A 1SW2A 3U92A 3I5OA 4LZ7A 4DXCA 2X26A 3QUFA 4DDDA 3H3GA 2FYIA 2ONSA 3ECRA 5H8FA 1NL5A 3G3JA 3MBPA 1SI0A 4UA8A 3VLUA 3MVYA 3H7MA 4IO4A 2DXYA 2PT1A 5FHMA 2V25A 4ZEKA 4ONYA 4RJZA 2H5YA 1EH3A 1H44A 3OELA 4XKPA 5I59A 1N7XA 3V8XB 3L6GA 3GBAA 1LFHA 4F22A 1LB8A 4MLVA 5DVIA 2YPNA 5I56A 3GLBA 4IGRA 4JBZA 3PMXA 1O64A 1B3FA 1LCFA 2O7UA 3MVXA 1YCJA 4GOTA 2I4CA 2NUVA 4TLLB 3IX1A 1YAEA 4Q30B 5TP9B 4IO5A 3V5AA 2RC8A 1RYXA 5CC2A 3B7DA 3B6QA 1MDP1 3U1OA 3S4UA 1B3LA 2ZXTA 2IEEA 1SBPA 3OENA 2Y7RA 5DT6A 3KN7A 4KD5A 2GRVA 3TCGA 4GVOA 3EPEA 3U72A 1US4A 1FQAA 3H6VA 4F31B 3T9HB 3O97A 5L9SA 2Y7PA 3TCFA 1QJMA 4QSDA 2XXVA 5CMBA 2I58A 3K02A 4LVQA 3IOTA 1VSOA 4HCYA 1BLFA 4R2FA 3PPQA 2UXAA 5DYHA 3RPWA 5ICQA 2XXIA 1SD3A 4U4XA 4K3FA 4GFRA 5AA2A 5JTYB 2XXUA 3R6UA 2RC7A 4G8NA 4ZZEA 1A8EA 3FJGA 3K0VA 3E3KA 4DXUA 1NMUA 3D4CA 3OO9A 5L8DA 2I48A 3CVGA 3K1PA 4F29A 1WODA 1AMFA 3BKIB 1B0HA 3PUYE 1GR2A 2CZLA 5TPAB 1KWHA 1NNFA 4NF5A 1MH4A 3TTRA 3RLFE 2WKYA 1P1UA 4KQPA 4GWOA 1LAGE 3QIMA 1WVJA 1MY4A 5FTIA 5AA4A 4F3BA 3G3GA 4THIA 1OLCA 1A8FA 4R72A 3FXQA 3A3CA 3IB0A 2I0CA 3O9PA 4HW8A 2D21A 4IGTA 4PFYA 4QFNA 4OFLA 4N13A 3GXAA 1MPCA 3Q29A 4LZ5A 4WKMA 4G2ZA 1MXWA 1MXXA 3OD7A 3VVDA 1H45A 3ZKKA 1URGA 4FECA 2F6GA 2I4BA 4R6HA 4FORA 3K4UA 3K6UA 4I9DA 4GD5A 4DCXA 1R9LA 4AQ4A 3IOVA 3OO6A 2QMXA 4YMBA 3HSTA 4YAHX 2VD2A 4JWOA 1OVBA 2A5TB 1MQHA 3IK6B 1UIUA 3T9XB 5F1QA 1II5A 1IITA 4XKNA 3ZSFA 1B46A 1M5FA 1P1OA 4R73A 1N04A 1OQGA 4RXLA 1MM7A 4QSEA 4BDRA 2F34A 4M4GA 3LSXA 3DP6A 3H03A 1XS5A 3T22A 5I84A 4OWDA 3O6HA 2OWTA 5L9MA 1B5JA 4NF4A 4R6KA 2DE3A 3MPKA 1FTMA 5CM6A 4IO7A 3O6IA 3RQTA 1FCKA 4U23A 3KN8A 3M3FA 3PPNA 3SDFA 3K00A 5DVJA 2OLBA 4Q0CA 5BUUA 1DPPA 3MP8A 5DEXB 1LFGA 5KCJB 3U8QA 2PMSA 3TYHA 4ESXA 1N0TA 4KFQA 4F18A 3FXRA 4G77A 3TEPA 4U1ZA 4DLDA 2VD3A 3C31A 4ZS9A 5DTBA 3MWBA 3MUQA 3RN8A 3R7XA 1OMPA 3LUYA 2Z8EA 2VGQA 3K1MA 3CFXA 2QS4A 1MH3A 3MJNA 3THIA 4R74A 2HAVA 1MS7A 2UVIA 1XOCA 2FNCA 1N84A 4OFOA 3H6UA 3VE1B 5JK4A 3FUZA 1UIVA 4FATA 3N94A 3CFZA 3C35A 2OZZA 4JDFA 3KJTA 2RC9A 2F6PA 1WDNA 1IXHA 4C1TA 4C1UA 1Y4TA 3Q26A 4KYEA 5L9OA 1Q35A 1GTKA 1D3KA 3K6XA 2HEUA 5I57B 3OXNA 2H99A 1DTGA 2Z23A 5KDTB 4NWDA 3UK4A 1QW0A 4EUOA 3CG3A 4PP0A 4MF3A 3BFUA 3KSJA 1UTBA 4QF9A 3CI8A 3TUSA 1I6QA 3IR1A 4EF2A 2KLFA 2BJJX 1XVXA 4G68A 4YU0A 3TTKA 2H25A 4Q5TA 1BTJA 1IXIA 3V89B 3MW0A 2HCAA 4PFWA 2ZNTA 5IAIA 4JXIA 4PE5B 5FTHA 5H8QB 4X48A 2NWJA 4H8IA 4F3PA 3FV2A 5I2NA 3RNNA 3S2VA 3U94A 3PPRA 2F7BA 3OEMA 1OIBA 4NF6A 1M5DA 5H8SA 3RY3A 5JTYA 3SEWA 4KR5A 3UA8A 4FE8A 1H76A 3I3VA 2XXRA 3E9XA 3W15C 1AIVA 1QUJA 1H43A 4MLQA 1RKMA 4ZEBA 1ZJLA 2O84X 2DYXA 3U93A 1O63A 1Y1ZA 5ITPA 4OEUA 1IEJA 2YLNA 2B3FA 1JVYA 4QSCA 2A5SA 4O3BA 4OMBA 1M5BA 2NVUB 2REJA 3MVWA 4OZ9A 3RT6B 2F8DA 2QRYA 4R2BA 4P11A 1SDXA 3MZBA 5H8HB 5TPAA 2F36A 1L5TA 4BDLA 1N3WA 3MP6A 4RYAA 2ESNA 1XVYA 4OEVA 1MXUA 3BFTA 4ZZAA 3PD9A 4LQ5A 1QVSA 4LUBA 4KYDA 1PBQA 3HHGA 4GRKA 4KCCA 3TODA 3HHFA 3MP1A 2ZYOA 4H5GA 3PMVA 1BIYA 1NNPA 1R1NA 4ZEIA 5ISUA 1RYOA 4GIZA 1A7LA 3M3LA 4TQUQ 3D4GA 3TQWA 1VE4A 4XXUA 4PETA 1VFDA 4EQ9A 3CFLA 2RCBA 3MVZA 2DWIA 3JZJA 1LGBC 1CE2A 2Y84A 1SYIA 2OK2A 1XHYA 5ICTA 1S7YA 2XHDA 5J1DA 1XT8A 3G7WA 1LBCA 2AYSA 1MY1A 4KCDA 3PPOA 3OSQA 3C34A 3PUVE 1MQJA 2B65A 4EDPA 1MQGA 4F1UA 3DELB 5IKBA 2H98A 2RCAA 4NF8B 1MG1A 5I58B 2HFBA 4F39A 4GXSB 1B9JA 3GBBA 1FTKA 4G4PA 4U21A 3EHSA 3SEVA 1GVCA 2HAUA 3IB2A 4HS7A 4U22A 2ABHA 2DOJA 5KZTA 3DLNA 1B7ZA 1SW5A 5A5XB 3F11A 4ZECA 3H6WA 1A54A 2UYFA 1R9QA 2RINA 2NXOA 2I49A 3VVFA 4IB2A 4YKIA 3K2DA 3O28A 1PC3A 2QS2A 1MY3A 1PB8A 2DVCA 2Z8FA 3E4RA 2AL5A 2F7AA 1MPBA 1HSEA 1B2HA 4O3AA 4QFKA 3FIRA 4RPNA 3KEIA 3SESA 2GFEA 1FQFA 3HN0A 1HSJA 2ALUA 4G8HA 4RK9A 1B5IA 3Q28A 4DCYA 1SQYA 3C32A 2HZKA 5H8FB 1PBPA 4H5FA 1SYHA 3FVNA 3G3FA 4ELQA 1A40A 5KCJA 3VV5A 5LOMA 1D9YA 3EQ1A 3EHUA 3B6WA 2D3IA 1FQDA 1LAXA 2ONRA 3KGCA 4F2OA 1B7HA 2GHBA 2GHAA 5AA2D 1B7UA 4FAJA 3G3KA 3TZAA 1IUDA 3IO6A 2M8CA 3IAZA 5HPQA 1MQIA 4G8MA 5CMCA 4GXAA 5I56B 3H06B 4IY5A 1FW0A 4TLMB 1B4ZA 3T93B 4QFOA 3FJ7A 4H65A 3KOSA 4BDNA 4ZEDA 4POXA 2F78A 3QK6A 2OWSA 3ILUB 3UGWA 1DMBA 3VXBA 3MQ9A 3RT8A 1O7TA 4P0IA 5I2KB 1N7WA 4QRZA 4RY1A 2B3BA 1Y4CA 1NFTA 3R26A 1EZPA 3T66A 3CIJA 3IORA 3IOWA 2I0BA 5KDTA 2VOZA 3LBSA 3FASA 4F1VA 1IIWA 3TTMA 5AE4A 4WEPA 1B0LA 3OOAA 5AA1A 1UTHA 3RGYA 3N6TA 4IO3A 3SKPA 1EU8A 1A99A 1S50A 3OO8A 3PV0E 4KI0E 2G93A 5H8NA 4DIGA 3P7IA 3KOTA 4LONB 4H67A 1BKAA 5CRYA 3KG2A 4MFIA 3Q27A 1POTA 2ZYNA 4BDQA 4ISUA 4YKPA 3HPIA 1Y1MA 3IL1B 4ECFA 4O3CA 2P1SA 5K2YA 4I8CA 5AA2B 5ELVA 3E13X 1US5A 3RTWB 1SI1A 3SEUA 4PFTA 3ZKLA 1B1HA 4QFLA 4WEDA 2XXYA 3LR1A 1JW1A 3LC8A 1FTJA 1FQEA 3G3IA 5B7DA 4LQ2A 1ZTYA 1JVXA 4R9FA 1MXYA 2Z8DA 3EN3A 1AL3A 3A09A 4U1OA 3CR9A 5JEIA 2F35A 2UVJA 4ELOA 3PU5A 3N5LA 1ZBMA 2F7CA 1LLSA 3S9EA 4NF5B 1PEBA 1ANFA 5EHMA 2DE4A 2HZLA 3HV1A 4YB5A 2DS9A 4OYVA 4ZEFA 2PYYA 1PDAA 3BBRA 1JQFA 4XKQA 3B6TA 1NH8A 5AA4B 2QS3A 2V93A 2CMOA 5H8HA 1QKBA 1QKAA 2G29A 2O69A 4XKRA 2Y7KA 1TWYA 3TDJA 4YZZA 5BWJA 1N3XA 1FQCA 1B6HA 3QAXA 4LATA 3KFMA 3S9LC 2XX7A 1AH5A 1YPNA 3ODBA 4P0GA 4R6YA 2NOOA 3TAJA 3TQLA 2DE2A 3QYTA 1ATGA 4H1XA 5TP9A 1IQ7A 2V3UA 3ONMA 2IA4A 2QL3A 2I6EA 1MM6A 1TXFA 3Q25A 1JNFA 1SW4A 3UIFA 1B05A 3FZVA 4QHQA 2HQ0A 1M5CA 3VFJA 1AOVA 1TT1A 2DP8A 4ZDMA 4RNSA 5CMMA 3JV9A 1B52A 4M1VA 2RKMA 4GL0A 2AL4A 2OBGA 1D4NA 1VR5A 2XXPA 2XXHA 2VHAA 2UVGA 3AXFA 3KSXA 2F97A 2DWAA 3FV1A 1B51A 4NF4B 4KHZE 3TELA 4XTCQ 4U4SA 1LSTA 5EHSA 3S9MC 4OXVA 1OLAA 2P2AA 3RTFB 1Y3QA 2RF1A 4OENA 4FEBA 4MH5A 1P1WA 1ZIUA 2F5XA 1LAHE 3DM0A 4F3SA 1XC1A 3PUWE 3A3UA 2Z22A 2OJTA 2O1MA 4EQ7A 3EF7A 2ONKE 5CBSA 2PBWA 4JB7A 2QJEA 2THIA 1I6BA 2V84A 5B70A 2ZNSA 4AB5A 3S9NC 3SEYA 3KN3A 3CSBA 4IY6A 2X7PA 4H0WA 1B3EA 2OCUA 4KYSA 4ESWA 1CB6A 1MRPA 4X1DA 1MXZA 1DTZA 1LAFE 1FTOA 4DE8A 2Y7WA 3SETA 2Y7IA 1M5EA 3I6VA 2XX9A 1IZ1A 2XXWA 1NH7A 1P1NA 2UVHA 4KPTA 3OEKA 2Q2AA 3KBRA 1N76A 4JWYA 4NTLA 1ELJA 3VDFA 4AB6A 5I2KA 1QUKA 3VLVA 2O7IA 2P0SA 3FJMA 3O66A 4IO2A 2PT2A 1URDA 1I6AA 3WAEA 1YTVA 1ZKBA 4MBPA 3IJOB 2I3VA 1SVXB 3PUZE 4H8JA 3FVOA 1UTBB 3O29A 3EHTA 4UACA 4N6PA 2A5TA 2O68A 2VP1A 1MY0A 3PPPA 1TFDA 1SW1A 4G68B 4F2QA 1P1QA 2DWJA 1NKXA 3H4ZA 2ZMBA 1LB9A 3V83A 2XD3A 1POY1 2Q8JA 5I2NB 1B5HA 1FQBA 4E0WA 1I69A 4C0RA 4NWCA 3FVKA 4NF6B 3SEXA 1PB7A 3JYRA 2XXQA 3C33A 1A55A 4L17A 5K2XA 4DXBA 3PUXE 2PX1A 3MC2A 2D5WA 3H6TA 3WAFA 2XXTA 2H9BA 4X1BA 1DOTA 3IOUA 5F7VA 3K6WA 1VFEA 5DEXA 2ZNUA 3CRBA 1S9TA 2R71A 5DVFA 1USYH 1QUIA 4F1YA 1JEVA 4POWA 4LA9A 3TCHA 2FA7A 2QS1A 1B3HA 2O1LA 3FATA 4NE4A 3OSRA 4I1DA 5I59B 4EF1A 2Q9TA 1Y20A 3C36A 1B58A 1H3DA 3VLWA 1IXGA 3T96B 4ND9A 4R75A 5ITOA 3UP9A 1PB9A 1OQHA 2W7YA 5EYFA 3MZ9A 3VXCA 4HTGA 4H6DA 1URSA 2V3TA 3O2AA 2H4IA 4GLIA 3TTLA 4E0XA 3HCQA 3OMBA 1MXVA 4GF8A 4OESA 4ELRA 2ZYKA 2ANJA 4FEDA 4OQOA 3K6VA 4JWXA 3ZS6A 3USDA 5I57A 4U2RA 2YJPA 3K01A 4RK2A 3N6UA 3LSLA 3M3KA 4XIGQ 3K1NA 2XD2A 1OVTA 1T0KA 3IO4A 5TU0A 1R6ZA 5CMKA 1B40A 3UN6A 2XX8A 3PMWA 5FHOA 3QUJA 3QXMA 4PQJA 1MDQA 4BDOA 5HBCA 1ZMGA 2R9JA 4JSOA 4BDMA 3DP8A 2V3QA 2HXWA 3T9VA 4LZ8A 4ELPA 3PD8A 3HO7A 4OTEA 4NEDA 3SERA 1JETA 5H8QA 1EZOA 4JSDA 3G3HA 1LCTA 2DSFA 1TFAA 4FJPA 1DSNA 3KZGA 4FIMA 3MZ1A 1EZ9A 4NMYA 4OHNA 2AIXA 4F19A 1MPDA 4HCWA 4WXJA 1BP5A 2DQVA 1Q1KA 3MPLA 4QFPA 2Q89A 4Z0IA 3PGFA 1Y9UA 1B4HA 3UORA 1LBBA 4Z7EA 1Z7NE 1JW5A 1MY2A 4PFUA 4YKJA 3OO7A 1DPEA 1Y3NA 2GH9A 3FGSA 3FVGA 5M2VA 4IO6A 3TMGA 4TOZA 3LSFB 4EXLA 4N07A 1UQWA 3CSGA 1USYE 2QPQA 3VVEA 3FXUA 4OVJA 3N26A 1QULA 5AA3A 3C9HA 3W9VA 2Q88A 4EQBA 1GV8A 3IB1A 1B3GA 3ILTB 1B1XA 4X9TA 4OETA 1P99A 1ZU0A 1LFIA 1Y3PA 4BLAA 1JW4A 4Q8RA 4YB6A 5FHNA 1JEUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L6HA 3KJ7A 4OERA 5CBRA 1EYIA 2I3WA 4PAIA 2XXXA 3LSWA 4YICA 2ZYMA 4RA1A 2UYEA 3TKDA 3T9UA 1IMCA 2DXRA 2E1SA 5HM4B 1NI9A 3TTNA 4MX6A 2R8TA 2LAOA 4F3GA 1FBCA 2X7QA 2O6AA 4YKKA 1MQDA 1B32A 2QVUA 3W9WA 4GL8A 3FD3A 1FTLA 1FBFA 1UTHB 1D9VA 4DZ1A 3IFAA 1IXCA 4NF8A 3O6GA 3C4MA 3M8UA 3NOHA 2R6GE 4DI3D 5H8NB 5I58A 4ZE9A 2Q8MA 2DWHA 1ZLQA 1KA0A 1J1NA 1LBXA 4YB7A 4O7IA 1Z7ME 2E0SA 4GQOA 4R9GA 5EQ8A 3GZGA 2QVRA 2QMWA 1GGGA 2O51A 4OFJA 2DVZA 4RPOA 5A5XA 2Q2CA 2QSXA 3IJXB 5CI5A 4EXKA 4YMAA 4ZE8A 3QSLA 4N91A 3CG1A 4G68C 1NNTA 3RUMA 3DP4A 3TFLA 5EYHA 2QFLA 4NF0A 1HSLA 1F9BA 2PVUA 3MAMA 2REGA 3QMFA 4LP2B 3TPAA 1NNKA 2Y5KA 4I62A 1SW2A 1NUWA 4HE1A 3U92A 5ET6A 3I5OA 4LZ7A 4DXCA 2X26A 2XWOA 3QUFA 4DDDA 3H3GA 2FYIA 2ONSA 3ECRA 5IZ1A 5H8FA 1NL5A 3G3JA 3MBPA 1SI0A 4UA8A 3VLUA 3MVYA 2F3BA 3H7MA 4IO4A 2DXYA 2XWVA 4I3YA 2PT1A 5FHMA 2V25A 4ZEKA 2PCRA 2VT5A 4ONYA 4RJZA 2H5YA 1EH3A 1H44A 3OELA 4XKPA 5I59A 1N7XA 3V8XB 3L6GA 3GBAA 4PFIA 1LFHA 4F22A 3D1RA 1LB8A 4MLVA 5DVIA 2YPNA 5I56A 3GLBA 1IMBA 4IGRA 4JBZA 3PMXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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