1TFDA

High-resolution x-ray studies on rabbit serum transferrin: preliminary structure analysis of the n-terminal half-molecule at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
299
structure length
294
Chain Sequence
VRWCAVNDHEASKCANFRDSMKKVLPEDGPRIICVKKASYLDCIKAIAAHEADAVTLDAGLVHEAGLTPNNLKPVVAEFYGSKENPKTFYYAVALVKKGSNFQLNELQGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVASFFSGSCVPCADQLCQLCPGCGCSSSQPYFGYSGAFKCLKDGLGDVAFVKQETIFENLPSKDERDQYELLCLDNTRKPVDEYEQCHLARVPSHAVVARSVDGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSGDFQLFSSPHGKNLLFKDSAYGFFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Resolution X-Ray Studies on Rabbit Serum Transferrin: Preliminary Structure Analysis of the N-Terminal Half-Molecule at 2.3 Angstroms Resolution
pubmed rcsb
molecule keywords TRANSFERRIN
molecule tags Iron transport protein
source organism Oryctolagus cuniculus
total genus 67
structure length 294
sequence length 299
ec nomenclature
pdb deposition date 1990-08-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1tfdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1tfdA02
5B70A 2XXUA 4R73A 4THIA 3KJTA 3HN0A 4H1XA 3WAFA 3V5AA 5CBRA 2I48A 3I6VA 4GLIA 5L9MA 4R9FA 4H5GA 1UTHA 2G93A 2R71A 3JYRA 2UVGA 3MVWA 1VR5A 2QJEA 4WEPA 4DXBA 4X1BA 3USDA 1JNFA 1PBQA 5A5XB 3IL1B 4FAJA 2R6GE 3R7XA 4R74A 1UIVA 3MAMA 3W15C 1ZKBA 3OO8A 3PPNA 1MG1A 1MY2A 1URSA 1NH8A 2UVHA 5K2XA 2XD2A 4Z7EA 4ISUA 4X9TA 3OOAA 1UQWA 3OSQA 4ZE9A 4TQUQ 1CB6A 3O9PA 2Q89A 4R9GA 3U1OA 4OZ9A 1OMPA 1MY4A 2H5YA 4NF8A 3QYTA 3FVNA 2VOZA 1MY3A 4F39A 2RF1A 4IY6A 4PETA 4IO4A 3TODA 3O6GA 2H99A 1XT8A 2I58A 1XC1A 4JWOA 3IB1A 2ZYKA 5FTHA 2A5TB 4PFUA 3KN7A 3G7WA 1EH3A 1MXUA 4AB5A 5TP9B 4U22A 2I0CA 4XXUA 1EZPA 4QHQA 1N0TA 5DTBA 4M1VA 4ELOA 4NE4A 3LSFB 3UGWA 1Y9UA 3S2VA 1B58A 1II5A 1M5CA 3G3JA 2XX7A 3DP6A 2XXRA 2Z8DA 1MH3A 2DXYA 2UYEA 4M4GA 1EZ9A 2ESNA 3O6HA 1J1NA 3GBBA 3JZJA 4OQOA 1H3DA 2OWTA 1SW5A 1QUKA 4NF5A 5FHOA 2H9BA 1N3XA 1S9TA 4K3FA 1ZU0A 1QKBA 3ZKKA 3H4ZA 1NNPA 1TXFA 3CFXA 1AMFA 3MZ1A 1F9BA 4GFRA 4EQ9A 1QW0A 4KHZE 4OXVA 1GGGA 1US5A 1M5EA 2OWSA 1LLSA 2IA4A 4G8HA 2P1SA 2HQ0A 1R9QA 3GLBA 4ZZEA 1S7YA 3RT6B 3B6QA 2GHBA 3SEWA 1N84A 1R6ZA 5BWJA 5ISUA 3TELA 4RA1A 2O68A 3MP1A 5F7VA 1IUDA 1NMUA 3EN3A 4PQJA 2FYIA 1N7XA 2UYFA 4OFJA 4QFKA 4ZEKA 3TFLA 3O66A 3T9VA 1P1NA 1Z7NE 2CZLA 4AQ4A 1MM6A 3U92A 1UTBA 2HXWA 4GVOA 3L6GA 4F3PA 2HAVA 5AA2D 4GQOA 2W7YA 3K00A 2I3VA 4RYAA 4KYDA 3V83A 2UVJA 4OERA 4MF3A 4GL8A 2DQVA 4Z0IA 4ZEIA 3TTMA 3V89B 5H8NA 3T66A 1RYXA 3S9EA 3A09A 3D4GA 2QPQA 2REJA 4PP0A 1LBBA 2Y7KA 1ZMGA 2DVZA 1P1QA 1DMBA 5TPAA 4TOZA 3K6VA 1VSOA 3FVGA 3P7IA 1LAXA 4OVJA 5ICQA 5AA1A 3H6WA 2DYXA 4ZECA 1N04A 4RPNA 3TTNA 4H67A 4OMBA 2O1LA 2DE4A 5AA3A 3MC2A 3K02A 1MPBA 4N13A 2GRVA 1B51A 1SI0A 3K1NA 3BKIB 3PGFA 3VV5A 2RCBA 1LAGE 1Q35A 1PBPA 3K2DA 3LSXA 2F5XA 4BDNA 4OETA 3MVZA 4Q0CA 3RTFB 2I6EA 4YKIA 2QS4A 3MVYA 1B3GA 3FATA 4NF6A 1FTKA 3KFMA 4O3AA 5H8HA 3RQTA 2PYYA 1FQAA 1H76A 2XXXA 1SQYA 1T0KA 4QRZA 1M5DA 3M3LA 2GFEA 1URGA 4BDLA 2V84A 2YPNA 3HV1A 3EPEA 1B3FA 2Y84A 1B46A 4JSDA 2XX9A 5EYFA 2XD3A 1B3EA 4TLMB 3MZBA 4OFOA 4QSCA 4R72A 1N3WA 4U2RA 1MS7A 4ND9A 5H8FA 3FJ7A 2KLFA 1OVBA 4KCDA 4FECA 2Z22A 3QUJA 3N6TA 1POTA 3QAXA 1N76A 4EUOA 5I57A 2RC7A 4RK2A 4GWOA 3TCGA 2F7CA 3OEKA 1DTGA 1FQDA 2QRYA 5KCJB 3U72A 1Y3NA 3IK6B 3SEXA 5DYHA 1MPDA 2UXAA 3G3FA 5AA4A 2OK2A 4GXAA 4IO2A 4DXUA 4HTGA 1Y20A 2VP1A 4E0WA 4IO3A 2ZMBA 1A55A 4ZEDA 1BIYA 3PUXE 5KDTB 5DVFA 5HBCA 1NNFA 4NF4B 2ALUA 5DVIA 3KBRA 2Q2AA 1H44A 1ZBMA 2O51A 3KN8A 3GZGA 1ANFA 1FTJA 3OO9A 2NXOA 4ELPA 1PB9A 1JEUA 1SD3A 4F31B 5J1DA 1DPEA 3FZVA 4DZ1A 1O63A 1FQEA 3C33A 3S9LC 1LAHE 3PU5A 1WODA 3G3IA 3L6HA 3M3FA 4FEDA 2F78A 4E0XA 3TAJA 1LCTA 2XXTA 3UORA 3E4RA 3T96B 1Q1KA 1I6AA 4LONB 1MY0A 5CMMA 3KOTA 2ONKE 5JEIA 5FHMA 1TFDA 5JTYA 2ONSA 2Z8EA 2RINA 4YKPA 3F11A 4OTEA 3MBPA 1AL3A 4BDQA 2I4CA 1Y3PA 1QJMA 4QFPA 1FTOA 1LFIA 5H8QB 3IOVA 2P2AA 3TDJA 4HCWA 1JW1A 4KQPA 1MXZA 1NNTA 4F1UA 4KI0E 1PDAA 3WAEA 4R2FA 3KOSA 3C9HA 4P11A 1SW1A 3FV1A 4F19A 3IOUA 3KSJA 3M8UA 5DEXA 2ZXTA 4G68A 1YCJA 1B0LA 3UK4A 3ZS6A 3H06B 3SEYA 2OBGA 4NF5B 3MWBA 2VD2A 3VVDA 4HW8A 4NWDA 4YKJA 4NEDA 4WXJA 1MH4A 5HM4B 3OSRA 2ZNTA 1DSNA 1B7UA 5JK4A 4PFWA 2O6AA 4EF2A 3TQLA 3TPAA 1M5BA 4ZDMA 3EHUA 4H0WA 1XVYA 3KJ7A 3PPQA 4DE8A 4OFLA 3MJNA 3IORA 3H7MA 3I5OA 1OLCA 2O69A 1B4HA 1SBPA 3IX1A 4I1DA 2OZZA 4N07A 4OEVA 4DLDA 4F1YA 3VFJA 2VD3A 1BP5A 5B7DA 2HZLA 2RCAA 1A40A 3OD7A 1PC3A 2F35A 3CG1A 4POXA 2XHDA 5ELVA 1ZLQA 4F2QA 3ODBA 1OVTA 4DIGA 3RTWB 1I6QA 1OLAA 4XIGQ 3FVOA 1US4A 1QULA 2Z23A 1MXYA 1SYIA 4I8CA 4FEBA 1IZ1A 2D3IA 4YKKA 4GIZA 1B5JA 2DVCA 3CR9A 4YB5A 3ONMA 3VLUA 1URDA 3CVGA 2ZNSA 4YMAA 2QSXA 3ZKLA 5ICTA 1OQGA 1O64A 1IITA 4F2OA 2OJTA 4IGRA 4EXLA 5CMCA 4DXCA 2A5TA 1LAFE 2GH9A 3K4UA 2Z8FA 2H25A 2F36A 3SEUA 3U93A 5TP9A 3OEMA 4PE5B 1SW2A 3TMGA 3TQWA 4G8NA 5FHNA 5H8SA 4H8JA 1USYE 3C36A 4BDOA 1XOCA 1ZJLA 4U1ZA 4RPOA 4Q5TA 4QFOA 1MY1A 4F3SA 1MDQA 1IXCA 4O3BA 4NWCA 4KD5A 3EHTA 4I9DA 2THIA 4U4SA 1GV8A 3VLVA 4U23A 1MQDA 2PVUA 1VE4A 1A8FA 4QFNA 1NFTA 3T9HB 4IB2A 2ANJA 1A8EA 2PBWA 4FE8A 2ZYNA 3O2AA 4JDFA 3VLWA 1B5IA 1H45A 1RYOA 4UACA 5H8HB 5I56A 3LR1A 3DM0A 4JWXA 4F22A 3QXMA 4LQ2A 2V3TA 3MP6A 3K01A 1QUJA 3E3KA 1PB7A 4ELRA 5L8DA 3EQ1A 1JQFA 3C32A 3FXRA 3VVEA 4ZEFA 1B6HA 1ZIUA 5I2KB 3U8QA 2VHAA 2QMWA 3M3KA 4I62A 1AOVA 3T93B 2A5SA 2ONRA 4G2ZA 3IO6A 4FORA 4HCYA 4F3GA 4F18A 1QKAA 3PUWE 4HS7A 1B32A 1SI1A 4KPTA 2E0SA 2XXWA 3PUZE 3W9VA 5I58B 3B6TA 3QUFA 4EDPA 4GF8A 3IJOB 4YZZA 4XKNA 4H6DA 1LFGA 2DOJA 1TFAA 1BTJA 2XXHA 4EXKA 1M5FA 1B0HA 3IB0A 3Q28A 1NL5A 1HSJA 2FNCA 5I59A 4JSOA 4BLAA 3MUQA 1P99A 3SETA 1CE2A 1D9VA 1MXXA 3MZ9A 3QSLA 1NKXA 1LB8A 4IGTA 3TTKA 2Q2CA 3IJXB 1A99A 5L9OA 5I2NB 1YTVA 1FTMA 1XS5A 1JVXA 2F34A 1QVSA 3E13X 1YPNA 2PT1A 1HSEA 4EF1A 3OMBA 3IO4A 1SDXA 1FTLA 3S9MC 3IOTA 1IQ7A 1B05A 3K1MA 2GHAA 4QSEA 1KWHA 2DWAA 3FASA 1LCFA 4JXIA 1ZTYA 2CMOA 3PMVA 4QFLA 1MXVA 1Y1ZA 3T9UA 1B5HA 2B65A 3IB2A 1D3KA 3PD8A 3U94A 2FA7A 4LA9A 1ELJA 5I84A 1B3LA 1UTHB 2AIXA 4LVQA 1H43A 3A3UA 1JEVA 5CI5A 4PFTA 1Y3QA 1TWYA 1UIUA 1GTKA 2Q88A 3QK6A 4LZ5A 3H6TA 2HEUA 3B6WA 2PX1A 1D4NA 3VVFA 1D9YA 4XTCQ 2LAOA 2HZKA 1Z7ME 4GL0A 4YB7A 3Q27A 3PV0E 3Q26A 3D4CA 3SEVA 4H65A 3MVXA 5IAIA 4C0RA 5CC2A 2XXQA 1Y4TA 2H98A 2V3UA 3RUMA 2D5WA 4NF8B 1FW0A 4U4XA 5ITOA 1WVJA 4OHNA 3MQ9A 1FQCA 1RKMA 4F1VA 1QUIA 3JV9A 1B1XA 5KCJA 2I4BA 2RKMA 2I0BA 3R26A 4G77A 1IEJA 3RPWA 2WKYA 3HSTA 2V93A 5KZTA 4NTLA 1LB9A 3LUYA 3HCQA 4ZEBA 2PMSA 2IEEA 1Y1MA 1JW4A 3C4MA 2R9JA 3ILUB 3N6UA 4IY5A 4R6HA 3RNNA 5KDTA 2F8DA 3CFLA 5CBSA 3Q29A 4MH5A 3B7DA 4YICA 4NF4A 5IKBA 3TZAA 1O7TA 3OXNA 2AYSA 3BFTA 5AA2A 4FIMA 3O97A 4G8MA 2QS3A 2QMXA 3RGYA 3EHSA 3THIA 2ZYMA 3IOWA 3SESA 4DDDA 4R6KA 4GOTA 2NUVA 4U1OA 4C1TA 3UA8A 3HPIA 2DE3A 1BKAA 2X7PA 5F1QA 3TCFA 3FVKA 2I49A 4R75A 2XX8A 1B52A 1VFEA 1DPPA 5CMKA 1MQJA 1MDP1 3FD3A 4OEUA 3HHGA 4MBPA 3W9WA 1BLFA 1AH5A 3A3CA 1FQFA 3TTRA 2DE2A 3RLFE 4QSDA 2ABHA 3GBAA 3R6UA 5EHMA 2B3FA 5A5XA 3SKPA 2DXRA 3C31A 1FQBA 3LC8A 1LGBC 3T9XB 4ONYA 2DS9A 4DCYA 1GR2A 5ITPA 3S9NC 4OENA 2O7IA 5H8QA 1R1NA 3PUVE 3EF7A 4N6PA 3S4UA 3Q25A 3RT8A 3HHFA 1YAEA 3O6IA 1UTBB 1DTZA 2NWJA 4IO7A 4KFQA 2UVIA 1B7HA 4R6YA 1N7WA 1AIVA 1JW5A 2P0SA 3GXAA 2YLNA 4GRKA 4GD5A 3OENA 2VGQA 1USYH 3DLNA 4LP2B 4JWYA 2O84X 3LSLA 5H8NB 2B3BA 3LSWA 4ESWA 2F97A 4UA8A 3DP8A 4AB6A 2D21A 2HCAA 3G3KA 1MPCA 2AL4A 3TKDA 5I56B 1TT1A 1EU8A 2BJJX 3FXQA 5TPAB 4WKMA 4ESXA 2Y7WA 2QS2A 2AL5A 4JBZA 3BFUA 3TCHA 4YMBA 1JVYA 4ZS9A 2YJPA 1ATGA 1POY1 5DT6A 1MQHA 3V8XB 4OWDA 3T22A 1B4ZA 3FV2A 3KZGA 3IR1A 1MRPA 1XVXA 3FGSA 3I3VA 3CI8A 5CM6A 4XKQA 3CRBA 4O3CA 3OELA 5EHSA 2RC8A 4H5FA 2I3WA 4DCXA 4RJZA 3N26A 4YAHX 3G3HA 1SVXB 2X7QA 3KG2A 2Y7IA 2DP8A 3FJGA 4U21A 3RN8A 1P1WA 1WDNA 4KR5A 4F3BA 1P1UA 4NF6B 3ILTB 2DSFA 3H03A 5CMBA 3O29A 5K2YA 4P0GA 1FCKA 3KGCA 2HFBA 2QL3A 1B9JA 3N94A 5I59B 3MPLA 2DWIA 3C35A 2Y7RA 2OCUA 2RC9A 3PD9A 3UN6A 3PPPA 3CIJA 2XXVA 1LBCA 3ECRA 4KYSA 3H6UA 4FATA 2XXYA 4LATA 3FUZA 3PPOA 3UP9A 1EZOA 1LFHA 3H6VA 3CFZA 2E1SA 2OLBA 2ZNUA 1IIWA 4FJPA 3K1PA 5FTIA 4MFIA 3KN3A 4R2BA 3N5LA 3TTLA 2REGA 4F29A 1IXHA 3CSGA 1P1OA 5L9SA 5H8FB 3C34A 4LUBA 4X48A 4RK9A 1JETA 2G29A 4XKRA 1B3HA 5I57B 3PMWA 1MQIA 3E9XA 3TYHA 3SERA 4TLLB 2HAUA 5TU0A 3AXFA 1NNKA 1OIBA 4ECFA 4G68C 1MXWA 3MPKA 1I6BA 3SDFA 3UIFA 5AA4B 1DOTA 2Q8JA 1VFDA 1B7ZA 3K0VA 2NOOA 1I69A 3IAZA 2Q9TA 3ZSFA 4RNSA 5DVJA 4C1UA 1SW4A 4KCCA 2DWHA 3OO6A 2F7BA 5HPQA 4POWA 4ZE8A 1IXGA 4LZ7A 2DWJA 2Y7PA 4LQ5A 1R9LA 5I2KA 5LOMA 3K6XA 1MM7A 3VXBA 3DELB 4YU0A 4KYEA 3K6WA 3FIRA 5M2VA 1HSLA 3PUYE 3O28A 5BUUA 4L17A 2O7UA 4P0IA 4YB6A 2F6GA 4X1DA 1XHYA 3G3GA 1PEBA 5I58A 4PFYA 3VE1B 2XXIA 2V3QA 4MLVA 3VXCA 2V25A 4RY1A 3TEPA 3HO7A 2F6PA 2H4IA 4G4PA 3MW0A 4ZZAA 1NH7A 4BDMA 4QF9A 1B2HA 4EQ7A 3BBRA 2NVUB 4XKPA 2QS1A 3CG3A 4IO6A 2ZYOA 3TUSA 4JB7A 1MQGA 4OYVA 4NMYA 1LSTA 2PT2A 3DP4A 5JTYB 3OO7A 3MP8A 2M8CA 1A7LA 1Y4CA 3LBSA 1OQHA 4H8IA 3H3GA 5CRYA 4LZ8A 4WEDA 4BDRA 3RY3A 5I2NA 1GVCA 3FJMA 4RXLA 3PMXA 4EQBA 1PB8A 5AA2B 4IO5A 2XXPA 2F7AA 5DEXB 1IXIA 2O1MA 1A54A 3CSBA 4Q30B 3VDFA 2X26A 4G68B 1L5TA 4Q8RA 3QIMA 3FXUA 1B40A 1S50A 3K6UA 1B1HA 4MLQA 5AE4A 3PPRA 3KEIA 4ELQA 3KSXA 1SYHA 4OESA 4GXSB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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