1TWYA

Crystal structure of an abc-type phosphate transport receptor from vibrio cholerae
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SEITISGSTSVARIMDVLAEKYNQQHPETYVAVQGVGSTAGISLLKKGVADIAMTSRYLTESEAQNTLHTFTLAFDGLAIVVNQANPVTNLTREQLYGIYKGQITNWKQVGGNDQKIAVVTREASSGTRYSFESLMGLTKTVKDREVSDVAPTALVVNSNSMMKTLVNHNTQAVGFISIGSVDKSVKAIQFEKADPTSDNIAKHTYQLSRPFLILHYSDNADEQTKEFIAFLKSESAKKLIVEYGYIMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Vibrio cholerae o1 biovar eltor
publication title Crystal structure of hypothetical ABC-type phosphate transporter
rcsb
molecule keywords ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
total genus 71
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12727 PBP_like PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1twyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1twyA01
2GHBA 4NF5B 1MXYA 5DVIA 3THIA 1B32A 1XVYA 2H9BA 4OEUA 4R72A 3PUXE 5AA4B 3FD3A 3TAJA 5TP9A 3V8XB 1B3HA 3BFTA 3TODA 1B7HA 3MVZA 1FQCA 1XVXA 3CFLA 4EUOA 4RY1A 4Z0IA 3MVYA 1B1HA 3O6HA 2ZYOA 2I3VA 4HCYA 4R2FA 3T93B 5A5XA 2ALUA 4HTGA 1IITA 1LBBA 1R6ZA 5F7VA 1Y1MA 3T9VA 1I69A 2FA7A 1LLSA 2F34A 3K2DA 1AMFA 1QKAA 3C34A 2QJEA 1ANFA 5FTIA 2ZNUA 1B3FA 4FJPA 2DVZA 4OTEA 2Z8FA 2ZNSA 5H8QA 2QS3A 3HPIA 4OWDA 2V3TA 1Y9UA 3Q25A 2ONKE 4PFTA 2HAUA 2Z8EA 3CG3A 3FJMA 1II5A 3KSJA 3O66A 4YKKA 4YB6A 3IORA 3VFJA 4ELQA 3TUSA 1USYE 1MH4A 2ZYNA 3T9HB 4F3BA 3VLVA 3CRBA 3G3JA 4P0GA 3WAEA 1J1NA 1A8FA 5I2KB 4H5FA 1N3XA 3A09A 4G8HA 1US5A 3H6VA 4F22A 3PMXA 1MY1A 3MVXA 3EHSA 3S9MC 4BDRA 4KHZE 5DEXA 3M3LA 4O3CA 4GIZA 1QUJA 3OO6A 4ZEKA 2F6PA 4ZZEA 5BWJA 1ZJLA 5TPAA 5FHNA 4R9FA 1A99A 2Y84A 4NEDA 4GLIA 4NF8A 1PBPA 1M5EA 4NF5A 2XXPA 5LOMA 2PVUA 4R73A 3MW0A 4NWCA 2RF1A 3VV5A 3K1PA 2BJJX 4RXLA 3I5OA 3HO7A 5AA4A 1JNFA 3LC8A 2ZYMA 1NNKA 3SEVA 1ZMGA 1N84A 1FQEA 3MPLA 4NF4A 3KN8A 1N3WA 2NXOA 4IY5A 3OOAA 3K6XA 4OESA 2GHAA 1MDP1 2DWAA 3IAZA 4N6PA 2NVUB 4KD5A 3TCFA 1SI1A 1ZBMA 4KFQA 4F2OA 4ZEIA 3WAFA 5CBSA 2I3WA 3VDFA 1USYH 2H4IA 4I62A 3CR9A 1R9LA 3B6TA 1ATGA 4C1TA 1N76A 4HCWA 1S9TA 4YU0A 4LONB 4OENA 4I8CA 3LR1A 5EYFA 3VVFA 2REGA 4YB7A 4ZEBA 5CRYA 2UXAA 3O29A 3E13X 1Y3NA 3K1MA 1PEBA 4QSCA 1UTBB 2H98A 1MM6A 2ZNTA 2B65A 5B70A 3QUFA 3O28A 1AIVA 1XT8A 3GBBA 4XKQA 1HSEA 4MLQA 4F18A 3E4RA 4EQ7A 3CFXA 4G68B 5AA2D 1PB8A 4EDPA 1H45A 3IJXB 3IO4A 5I2KA 4LA9A 3R7XA 3KGCA 5I56B 3HN0A 5TU0A 4YMAA 4RNSA 4NE4A 3ZKKA 2DQVA 1MG1A 1SQYA 3VXBA 4OQOA 4FE8A 3N94A 3TQWA 4HW8A 3PD8A 3FXRA 3TTKA 4JDFA 3MP6A 1A7LA 2RC9A 3TYHA 4XTCQ 1PB9A 2QMWA 1B1XA 4GL0A 1JW1A 4H5GA 4KCDA 1RYXA 1Q1KA 4FEDA 5AE4A 3KOSA 4ZEDA 2X7PA 5KCJB 3OENA 5FHMA 1M5DA 2QL3A 3GBAA 4GWOA 1B52A 5AA3A 1FTOA 4GQOA 1JETA 2A5SA 4OMBA 3T66A 2XXRA 1P1QA 2Q89A 1OVBA 2QS2A 1I6BA 4JBZA 4JB7A 3JZJA 1B4HA 3G7WA 2UVGA 3N5LA 2F97A 1B7UA 4QSDA 4RK9A 4YKIA 3PMVA 1RYOA 4YKJA 3IK6B 5H8FA 3PPQA 3K0VA 1TWYA 3A3CA 5I2NB 4MLVA 3IJOB 3KJ7A 3SDFA 4Q30B 1BTJA 1N04A 3IOUA 1YPNA 3RY3A 1FTLA 1IXGA 2F35A 5JK4A 2ANJA 3PPRA 5F1QA 1IIWA 3CG1A 3MWBA 3P7IA 1QJMA 2DWHA 4ONYA 3KN7A 2FYIA 4BDQA 1DSNA 3S2VA 2F7AA 2ZMBA 4H67A 2PBWA 4Z7EA 1UTBA 2V25A 1DPPA 2XD2A 1LSTA 2I48A 4MBPA 4FIMA 2H99A 3FASA 1AL3A 2VD3A 2V3QA 2YJPA 2O6AA 3KZGA 3KSXA 3U92A 1Y3PA 1IQ7A 3RUMA 3BBRA 3LSWA 3T96B 5I58B 4F3SA 1Y4CA 1DOTA 2OBGA 2RC7A 5I56A 4WXJA 3Q29A 1AOVA 2DVCA 1Y4TA 3H6WA 5M2VA 4GVOA 4DXUA 1B4ZA 1M5BA 1Z7NE 4IY6A 3U8QA 3ONMA 3U94A 4Q0CA 4FEBA 3CSBA 1TT1A 4DXCA 2M8CA 3V89B 2OWTA 1LFIA 3F11A 2I4CA 4U4XA 3IB0A 5I84A 2I0CA 4R2BA 3O97A 3TZAA 1PB7A 2GFEA 4P0IA 4YKPA 4QFOA 1MDQA 4G77A 4L17A 3CFZA 4GOTA 4MH5A 4JWYA 4QSEA 3G3FA 4LQ5A 2XHDA 1PBQA 2XXIA 4JWXA 2P2AA 4QFPA 1MQJA 3S9LC 3MJNA 2UVIA 4EQ9A 4QFLA 4N07A 2DE3A 3C9HA 4Q8RA 4ZE8A 5L9SA 2F78A 4KYEA 1H76A 4F39A 4M1VA 2B3FA 5I2NA 2Y7RA 4X48A 5IKBA 4K3FA 1O64A 1VR5A 3TPAA 5CBRA 3L6HA 3FV2A 3H4ZA 4EF2A 1XOCA 4MF3A 2Q8JA 3PUWE 4UACA 5ITOA 4M4GA 1MQIA 3ILTB 3EPEA 4DZ1A 3OEKA 4GL8A 3HHGA 4N13A 1D3KA 1QUKA 2HXWA 1MPDA 4F2QA 4OFOA 3OSRA 5JTYB 2ZYKA 2O51A 3QXMA 3SEYA 4BDMA 3FJGA 3IOTA 3TTRA 5I58A 4OYVA 4ECFA 1WDNA 3OSQA 1CE2A 5L9MA 3V5AA 1ZU0A 1YCJA 1FTKA 1LCTA 3IO6A 3LSLA 1XHYA 3FVNA 4POXA 2XXUA 3H06B 4TLMB 3PUZE 3USDA 2QRYA 1ZTYA 3KEIA 2AL4A 1QW0A 4XKNA 3ZSFA 1SW4A 2H5YA 1HSLA 5ISUA 4RA1A 5FTHA 2Y7KA 3TTNA 2F8DA 2REJA 5CM6A 5L8DA 4PP0A 3RTWB 1BLFA 3CSGA 1R9QA 2A5TA 2QMXA 2XX9A 3TTMA 3QYTA 2D5WA 4BDLA 1PDAA 2X7QA 1QULA 1YTVA 3SKPA 4ZS9A 3VLUA 1I6QA 4ELRA 3TCHA 3U1OA 1IXCA 2XXQA 5FHOA 2ABHA 2ONSA 4F31B 1B0HA 2OZZA 3QUJA 2FNCA 3UN6A 3UORA 1ZLQA 3SERA 2O7UA 4POWA 4TQUQ 2OLBA 3Q27A 2WKYA 4ZECA 3K01A 1OIBA 1O7TA 4OFLA 2DXRA 1EU8A 1B51A 3E9XA 3H03A 1N7WA 3O6IA 4ISUA 1MH3A 3FZVA 1M5CA 5BUUA 3GZGA 1WVJA 4NMYA 3FGSA 4IB2A 3OEMA 1B5IA 2XD3A 3VLWA 2O7IA 1M5FA 2VGQA 4ESWA 1D9VA 4F3GA 4YMBA 2QPQA 1QVSA 4TLLB 1MY4A 2QS4A 1IEJA 3U72A 1B5JA 4G8MA 2XX7A 3MPKA 3KOTA 1B05A 1LB8A 2HZKA 4JWOA 4NF6B 3TKDA 4RPNA 2F5XA 1AH5A 2PMSA 3JV9A 3ODBA 4LATA 4GXAA 1SW2A 4R6KA 2Z22A 1NL5A 5HM4B 4WKMA 4LP2B 3RQTA 5CC2A 4OEVA 4EQBA 1SD3A 4PETA 1MY0A 4RPOA 3VVEA 4DIGA 2Q9TA 3D4GA 2E0SA 2Y7WA 2R71A 1IUDA 1MQHA 3HHFA 1LAFE 1TFAA 4KCCA 1FTJA 2W7YA 5EHMA 1MRPA 2RKMA 1Y3QA 3IOVA 1P1NA 2DE2A 2UVHA 3QIMA 2DOJA 4OXVA 1JW5A 3EF7A 3VXCA 1OLCA 3H3GA 4RYAA 3T22A 4LZ5A 3T9UA 3EHTA 3SEUA 3B7DA 3UA8A 5CMCA 3K02A 1NNFA 5ICTA 3BKIB 3C31A 1N0TA 4PFWA 4X1BA 5H8HB 4OHNA 4ZDMA 3L6GA 2XXTA 3FXQA 2DP8A 3EQ1A 4X9TA 5CMMA 1B3EA 3KFMA 4EF1A 2H25A 2P1SA 1VFEA 2I4BA 2P0SA 1T0KA 1LGBC 1S50A 1H44A 4JXIA 4QF9A 3TMGA 1FQDA 3G3HA 2THIA 1B46A 5H8NB 3D4CA 4HS7A 1P1WA 4KPTA 2QS1A 3MP8A 4IGTA 3O2AA 3QSLA 4FORA 4YICA 4F1UA 2AL5A 3S9EA 2AYSA 4DLDA 2XXWA 3LSXA 1DMBA 2IEEA 2OCUA 4GFRA 3K00A 3MBPA 3N6TA 4IO5A 3ZS6A 1VSOA 4XIGQ 1B3LA 4NF6A 1JEUA 1OVTA 3V83A 3IL1B 3EHUA 2PYYA 2YPNA 2HEUA 1XC1A 2NUVA 5KZTA 2DS9A 5L9OA 3FUZA 5TP9B 3RT6B 1MXUA 1MXXA 4ESXA 1BIYA 2PX1A 1P99A 4F1YA 1N7XA 2O1MA 2ZXTA 1VFDA 3JYRA 4DCYA 2CMOA 2NWJA 5A5XB 2GH9A 3TTLA 4LQ2A 4BLAA 1FCKA 3C4MA 1JVXA 5H8SA 4I9DA 4ZEFA 4LZ7A 3C32A 1DTGA 1FTMA 3B6QA 3DP8A 4G68A 1B40A 4ELOA 3MAMA 3N6UA 4KI0E 1GVCA 3IOWA 1GTKA 3PU5A 3H6UA 4O3BA 3ECRA 3H7MA 4O3AA 1BKAA 5H8HA 1OLAA 4FAJA 5ELVA 3M3FA 3SEWA 2X26A 2Q2CA 1DTZA 4ZZAA 5CI5A 4R6YA 1NFTA 3MC2A 3M3KA 5DTBA 5KCJA 5DEXB 5AA2B 3N26A 3I6VA 3IB2A 1SDXA 3M8UA 3TCGA 3RT8A 3MUQA 3IR1A 1MQDA 3VE1B 1UIUA 4U2RA 1LAHE 2XXYA 3ZKLA 1KWHA 5HPQA 4U4SA 1FQBA 1HSJA 2NOOA 3LBSA 1B6HA 1URDA 1ZIUA 1NH8A 4NF8B 3DM0A 1Y1ZA 4Q5TA 2DWJA 3UK4A 4DE8A 3TELA 4OFJA 3PPNA 1F9BA 3H6TA 1QUIA 3SESA 1RKMA 1B3GA 4THIA 2Y7PA 5IAIA 5ICQA 4ND9A 4NF4B 1SI0A 2XX8A 1MPBA 4WEPA 2XXHA 4PE5B 4F29A 4PFUA 1H43A 3RN8A 2HQ0A 3PGFA 1URGA 1MQGA 1NKXA 3K1NA 3PUYE 4GXSB 3C36A 4YAHX 1MXZA 3FVKA 1MY3A 1A40A 3EN3A 1TFDA 5DYHA 2XXVA 1B2HA 2RCAA 4C1UA 4LZ8A 3A3UA 1I6AA 1NMUA 1DPEA 5I57B 1H3DA 2ESNA 2Q2AA 1UTHB 4NTLA 1GV8A 3Q26A 1EZOA 1POTA 2HAVA 3IX1A 4YB5A 4IO3A 4PQJA 3OMBA 1A54A 3E3KA 4KQPA 4U21A 1A8EA 3HV1A 2O69A 4R9GA 3OO9A 4G8NA 3AXFA 4GRKA 1XS5A 4EXLA 4F3PA 2V3UA 1Z7ME 4QRZA 1LB9A 2RC8A 3RGYA 3K6UA 5AA2A 4MFIA 5KDTB 1ELJA 1URSA 2Z8DA 4OETA 4R75A 2V93A 3UIFA 2AIXA 4C0RA 2Z23A 4OERA 1OQHA 4AQ4A 4H6DA 3K6WA 2RINA 2IA4A 1FQAA 3QK6A 1B58A 4GD5A 2UYFA 3FXUA 4OVJA 4E0WA 3W9VA 1JQFA 3GLBA 3RNNA 5J1DA 2F7CA 3BFUA 3DLNA 2PT2A 3G3IA 3U93A 4DCXA 1GGGA 1UIVA 1LAXA 1OMPA 4KYDA 1FW0A 3KN3A 3TDJA 1P1UA 4AB6A 3KG2A 4IO4A 4BDOA 1NNPA 1US4A 5DVJA 3FJ7A 3CIJA 1IZ1A 4RJZA 1B9JA 5H8FB 1O63A 3GXAA 2G93A 2I6EA 3PPOA 5DVFA 3RLFE 4FECA 5JTYA 3OELA 4U1ZA 2ONRA 2RCBA 5ITPA 1ZKBA 2HCAA 2KLFA 1OQGA 2E1SA 2UYEA 4PFYA 3G3KA 1B7ZA 2D3IA 5I57A 1IXIA 1POY1 1SYHA 1UTHA 2VHAA 3R26A 3SETA 2OK2A 2OJTA 2F7BA 3O6GA 5CMKA 2DSFA 3TEPA 3UP9A 1SW5A 5B7DA 5EHSA 3PUVE 3RPWA 2XXXA 3O9PA 3CI8A 4BDNA 4H65A 4U23A 2F6GA 4KYSA 2YLNA 3MZBA 3R6UA 1JW4A 4FATA 5I59B 3HSTA 3LSFB 1LFGA 4ELPA 4LVQA 3PPPA 1JEVA 2I0BA 3DP6A 4G68C 3ILUB 1EZPA 1Q35A 2DYXA 4XKRA 1GR2A 3T9XB 3FVOA 5KDTA 3OO8A 4G4PA 4I1DA 2B3BA 1PC3A 1B0LA 1FQFA 4P11A 4JSOA 4RK2A 3DP4A 2LAOA 4QHQA 4DDDA 3FVGA 2DWIA 1B5HA 1BP5A 1QKBA 2CZLA 4F1VA 2G29A 1P1OA 4U1OA 4G2ZA 2V84A 1SYIA 2Q88A 1MS7A 3FATA 2D21A 2VP1A 5HBCA 3MZ1A 4DXBA 4H1XA 4R74A 4R6HA 4H0WA 1MXVA 3OXNA 3QAXA 5JEIA 4F19A 1NNTA 3G3GA 2F36A 4IO6A 3DELB 1JVYA 4NWDA 3OO7A 3S4UA 3I3VA 4QFNA 1LFHA 3W15C 4WEDA 2GRVA 4XKPA 3LUYA 3RTFB 2DXYA 3Q28A 4XXUA 2VOZA 4TOZA 3KBRA 2I49A 3C35A 4IO7A 1NH7A 1VE4A 4UA8A 4H8JA 2R6GE 1MM7A 1CB6A 2OWSA 4ZE9A 1WODA 3FIRA 2R9JA 3OD7A 2VD2A 1A55A 1R1NA 1TXFA 1EZ9A 3PV0E 3VVDA 1S7YA 4IGRA 5DT6A 5H8QB 4QFKA 1YAEA 4JSDA 1LAGE 3SEXA 1MY2A 3CVGA 1SVXB 3TQLA 3MVWA 3B6WA 4GF8A 4H8IA 5CMBA 3MZ9A 2O84X 1D9YA 4AB5A 3PMWA 5I59A 4U22A 3MP1A 1SW1A 4OZ9A 2DE4A 3UGWA 1SBPA 4IO2A 1LCFA 3K6VA 5K2XA 2UVJA 3TFLA 4X1DA 4YZZA 1D4NA 1LBCA 1L5TA 2I58A 3MQ9A 3FV1A 1MPCA 2A5TB 2Y7IA 3HCQA 3PD9A 2O68A 2HFBA 3C33A 3KJTA 2HZLA 5H8NA 5K2YA 3IB1A 1MXWA 4E0XA 3W9WA 1EH3A 2PT1A 3K4UA 1IXHA 4KR5A 5TPAB 4LUBA 2O1LA 1Y20A 1UQWA 4EXKA 3S9NC 5AA1A 2QSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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