1UTBB

Dntr from burkholderia sp. strain dnt
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
227
structure length
227
Chain Sequence
YALNTLQTALTTRDSFDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLSEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFSELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPERFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Development of a Bacterial Biosensor for Nitrotoluenes: The Crystal Structure of the Transcriptional Regulator Dntr
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
molecule tags Transcription regulation
source organism Burkholderia sp.
total genus 61
structure length 227
sequence length 227
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
B PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1utbB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1utbB02
4ISUA 3TPAA 2ZNUA 5FTIA 3SEUA 2ABHA 1XHYA 3Q26A 3V89B 5TP9A 4ZEKA 4KHZE 3C4MA 4GWOA 1DPEA 3C34A 3MZ1A 3HHFA 3VVFA 2YJPA 4EQ9A 4I1DA 3M8UA 4EXLA 3LSWA 2XD2A 3K6XA 2I3VA 3LUYA 2DXRA 3VLVA 4O3AA 2NVUB 1OQGA 3KG2A 3G7WA 1LFHA 1XOCA 1NL5A 1B5HA 1AMFA 1WVJA 5ITPA 4U22A 3RTWB 3T9VA 1R6ZA 4WEPA 4OEVA 5I59B 3FZVA 1FTKA 2VGQA 4OHNA 5TU0A 2H25A 5CRYA 4DXCA 3KJTA 1IXGA 4ELQA 4H0WA 4R6YA 1B1XA 2DWIA 3FV1A 1DOTA 3B7DA 3QIMA 1XVYA 4RK2A 3O9PA 3FIRA 3K6VA 5H8SA 3V83A 2IEEA 3PMXA 1PB7A 2QS2A 4MFIA 1MPCA 1US4A 4F3GA 2HAUA 4LONB 1B5IA 4U2RA 5FTHA 4IO7A 3BFTA 4JWXA 3MVYA 1LAXA 1UTHB 4TLLB 5DVIA 1B6HA 3W9VA 2Y7KA 2UYEA 3IOUA 2DOJA 1Y1ZA 2KLFA 3H6TA 1B3FA 1Y9UA 1HSEA 3E13X 3H6VA 3RT6B 2Q2AA 4IB2A 2GFEA 4F2OA 3OEKA 3I5OA 4O3BA 3TAJA 2HEUA 2DXYA 5KDTB 1PBQA 3LR1A 2X7PA 3OOAA 3DELB 2ZYOA 4AB6A 1SW4A 1A55A 3F11A 1UIUA 3RUMA 4OESA 4R2BA 1MDP1 1MRPA 4G68B 3IAZA 4ESXA 3PD9A 1B7ZA 1I69A 2RC8A 4H8IA 5ISUA 1ZJLA 3KGCA 2R9JA 2F7BA 2ZNTA 3IORA 4BDRA 2Y84A 4PFWA 3Q29A 5A5XA 2DWJA 3UA8A 2UVJA 1MXUA 4ZZEA 5TP9B 2I3WA 2X7QA 4WEDA 1O63A 2E1SA 2GH9A 2Z8DA 1I6BA 1S9TA 4U4SA 1A8FA 4ZEIA 1B4HA 3PUZE 1B1HA 5H8FA 4ZZAA 1B51A 5DVFA 1MS7A 2YLNA 3OO9A 4EF2A 2HAVA 3PUYE 2AYSA 1H76A 3E9XA 4BLAA 3THIA 3BBRA 3KN7A 2UXAA 1MQHA 4ZS9A 2ZYMA 4JXIA 4PFYA 3M3KA 1ATGA 1SD3A 2VP1A 1YAEA 3FUZA 2I0CA 4EF1A 3L6GA 3MVWA 3PUXE 3SEWA 1LCTA 1MY1A 4KYSA 5FHNA 3K1NA 4H6DA 3GLBA 2RKMA 2VD2A 3TTRA 4DE8A 1D3KA 1BLFA 4M1VA 3MZ9A 4GD5A 3LSXA 1TWYA 2H9BA 1B4ZA 1ZU0A 1MY3A 4H67A 3MAMA 3R26A 5I58A 1H44A 3G3GA 5JK4A 4XKRA 1JVXA 4TLMB 3PV0E 1PDAA 1USYH 1US5A 1QKAA 2XX9A 4POXA 4QSCA 3HO7A 1GGGA 1R1NA 1B7UA 1B32A 2ZXTA 4NF4A 3OSRA 2XXXA 1MH3A 2O7UA 4KCCA 1SYIA 1PB9A 1PC3A 3RN8A 3IK6B 3O66A 1N84A 1VSOA 3C35A 5ICTA 3IOWA 3OO8A 4LZ7A 2HCAA 2QMXA 5H8QA 3FVGA 3EHUA 3CSGA 2AIXA 4FATA 3K6WA 3TFLA 2O69A 1B58A 2HFBA 1LAFE 4FECA 2REJA 3PPPA 1ANFA 3H06B 5EHSA 2WKYA 1FQAA 3KZGA 4RPOA 3SEXA 3SESA 3ZSFA 3CIJA 3G3JA 3EPEA 1JQFA 1HSJA 3FASA 1QW0A 1OMPA 4LQ2A 1DMBA 4ZDMA 4H8JA 3N5LA 3MP1A 2P0SA 1N3WA 3PUWE 2DE2A 4H1XA 1SW5A 5AA2B 4U1ZA 5BWJA 2GRVA 5I2NA 5I2KA 4OFLA 5A5XB 1J1NA 1IUDA 2D21A 3FXQA 4X9TA 1IXHA 1VE4A 3SKPA 1JW5A 1D9VA 4UA8A 2A5TA 1QKBA 3QUFA 5H8FB 1II5A 1SYHA 1YCJA 3T9XB 4XTCQ 5I84A 3O2AA 1Y4TA 3QSLA 4U21A 1B2HA 3U93A 3GBAA 4EQ7A 2HQ0A 2B3FA 4RXLA 2A5SA 3UORA 1QUJA 3VV5A 1GTKA 3OELA 1URDA 3IO6A 3CSBA 1IQ7A 1Y3NA 4GLIA 1A54A 2Y7PA 5FHMA 4RNSA 5HPQA 2I49A 3KSJA 3EN3A 3SERA 3T9HB 1KWHA 3MZBA 2VHAA 4DCYA 4QFNA 1BP5A 3PPOA 4FORA 5J1DA 1IITA 3CI8A 2I4CA 1IIWA 3R6UA 3S4UA 3TMGA 4KYDA 3PUVE 1B46A 4ZE9A 1B0HA 4Z7EA 3MJNA 5CBSA 2ZMBA 3UIFA 3EHSA 3T22A 2ONSA 3T96B 5I58B 1LFIA 3O6GA 1VR5A 4IO4A 3FXRA 4IY5A 1N0TA 5LOMA 3N94A 3DP4A 1T0KA 4LA9A 4C1TA 4RK9A 3JZJA 4RY1A 4JDFA 4G68A 3T66A 2XD3A 3S9NC 1QULA 1Y4CA 2UVHA 4NF4B 1Y3QA 3HPIA 5CM6A 4R2FA 2YPNA 4DLDA 2RC7A 1URGA 2Q88A 4R73A 3K6UA 1VFDA 2IA4A 3IOTA 2V3UA 4XXUA 4LATA 5H8QB 4YB6A 1MG1A 4R9FA 1NH8A 3VVEA 3E3KA 1MXXA 3TCGA 3KOSA 4QFPA 4K3FA 1N3XA 4RPNA 4AQ4A 4F3SA 4F3BA 1XT8A 2DQVA 2F35A 1XS5A 4RYAA 2F6PA 4QFKA 2F7CA 2FYIA 2I0BA 1IZ1A 5EHMA 3TEPA 4FJPA 1OLCA 1ELJA 3A3CA 2P1SA 5ICQA 2F34A 3PPNA 4IGTA 1LAHE 4JSDA 4R6HA 4GRKA 1DTZA 3C33A 5I2NB 5I2KB 4IO2A 2AL4A 5L8DA 3UP9A 4JWYA 4OQOA 3MW0A 2A5TB 2RC9A 1M5CA 4I9DA 4OXVA 1UTBA 3N6TA 4KPTA 5DVJA 3I3VA 3OO7A 4MLQA 1LB8A 1MPBA 1Z7ME 3AXFA 4BDQA 4KCDA 1B3EA 4EDPA 3Q27A 3S9LC 2O7IA 3CVGA 4PFTA 4X1BA 2XXHA 3H3GA 4C1UA 3U72A 3MQ9A 2HZKA 2ALUA 5F1QA 1B3GA 4PQJA 3VLUA 3CG3A 2DVZA 2DE4A 2XXQA 3W15C 1SW2A 4DXBA 5CC2A 2NUVA 1SW1A 1UQWA 3PPRA 3CR9A 3PMWA 2XXWA 1QJMA 4YKIA 1M5FA 4PE5B 2O6AA 5CMMA 3IOVA 2QL3A 3TTMA 4F22A 1NFTA 4F29A 1IXCA 4QHQA 1JEUA 1MPDA 3K4UA 4JWOA 5AE4A 3DLNA 4YB5A 4IY6A 3VXBA 5ELVA 4JBZA 4Q5TA 1SQYA 3KJ7A 1L5TA 3CFLA 4QFLA 3EHTA 2GHBA 2PT1A 3KSXA 4NF8A 3OD7A 3K02A 3TKDA 5AA2A 5CMCA 3B6WA 1P1OA 3A3UA 3I6VA 2ANJA 4YICA 3CFZA 3S9EA 2I4BA 2Y7IA 1OVTA 4R72A 1O64A 3PGFA 1FQCA 1TXFA 3RGYA 2DWHA 4OMBA 5AA4A 1B0LA 4DDDA 4BDLA 1B40A 3SEVA 1FQDA 1USYE 1P1QA 3KOTA 2OCUA 4DZ1A 5KCJA 3DM0A 1SBPA 2M8CA 1D9YA 3RQTA 2I48A 4KD5A 5B70A 3KN3A 2Q8JA 4I62A 4DIGA 4O3CA 3B6TA 3K1MA 1RYOA 3LSLA 1B3LA 4G8HA 1O7TA 3FJMA 4GOTA 4I8CA 2OWTA 1MY0A 3VXCA 4QSEA 2F78A 2O68A 5K2XA 3VFJA 1FCKA 1JW4A 2DWAA 5L9MA 4GQOA 2OBGA 1LBBA 1MQGA 4GXSB 4LUBA 5JEIA 5H8NA 2QS4A 1FTJA 1OVBA 3DP6A 3C36A 3H6UA 3ECRA 3MBPA 1UTBB 4OFOA 3VE1B 1BTJA 3IL1B 2ZNSA 3LSFB 3IJXB 1A99A 4NF6A 3TYHA 4R6KA 1EZOA 2PYYA 1Q35A 3GXAA 3WAFA 2ZYKA 5B7DA 2H4IA 4KFQA 1FQEA 4YU0A 4BDMA 4E0WA 2REGA 2PMSA 2LAOA 4NMYA 4MH5A 2XXVA 5DEXA 3D4GA 4POWA 1R9LA 3FJGA 4ND9A 5H8HA 5FHOA 4P11A 3IB2A 1DPPA 2DE3A 1EZPA 3IX1A 2XX8A 2XXIA 3SETA 4MBPA 4NWDA 1P1NA 2ZYNA 1NMUA 4OTEA 4PP0A 5L9OA 3ILUB 4Q30B 1B3HA 2H99A 3HN0A 2I58A 3VLWA 1URSA 2XXYA 5I57A 3V5AA 4R9GA 4GFRA 4NF8B 3KEIA 4EQBA 2V3QA 4KYEA 1MXYA 4YKJA 2Y7WA 4KI0E 4YKPA 1F9BA 3ILTB 3TZAA 1R9QA 1NNTA 3HV1A 1UIVA 5JTYA 4BDOA 4OZ9A 1MQIA 2Q9TA 1P1UA 3T9UA 3TTNA 2V3TA 1B5JA 3TQWA 1FTMA 4H5GA 5AA4B 3CRBA 4F31B 4U4XA 2UVGA 4OEUA 3WAEA 3TQLA 2O1MA 5AA2D 5KCJB 3LBSA 3OEMA 4KR5A 4X48A 3IR1A 2XXUA 1M5EA 2RCBA 3O6IA 3KFMA 4TOZA 2F8DA 2H98A 3E4RA 4F1UA 4Q0CA 4ECFA 2CZLA 1HSLA 3BFUA 2QPQA 3RT8A 5TPAA 3USDA 4MF3A 3FJ7A 4LVQA 1POY1 3O28A 1Y20A 5H8NB 4OVJA 1NH7A 4NE4A 3O6HA 3SEYA 2NWJA 2THIA 2O51A 3K0VA 5BUUA 4ELOA 2B3BA 2F7AA 2ESNA 2O84X 2PVUA 3T93B 3W9WA 4PFUA 5HBCA 1Q1KA 4NF6B 3V8XB 1A7LA 1P99A 3MC2A 4GF8A 3S2VA 3FVNA 3MP6A 3HHGA 4YAHX 1N76A 1VFEA 1EH3A 1N7XA 5HM4B 4IO6A 1ZKBA 4IO3A 2B65A 1AIVA 2F36A 4YKKA 5DEXB 4ESWA 4OWDA 3MWBA 3MVXA 5H8HB 1QUIA 4JSOA 3OSQA 1LB9A 4QSDA 1YPNA 3EF7A 1S7YA 4UACA 3QAXA 3MPKA 2HZLA 4GL0A 5CI5A 1M5DA 1GVCA 4OERA 1GV8A 3MUQA 1PB8A 3PU5A 3GZGA 1N04A 5CMBA 1DTGA 1LGBC 2Z8FA 5I57B 4C0RA 1RKMA 2AL5A 2PBWA 4AB5A 2OLBA 4OENA 3JYRA 2Y7RA 1ZLQA 5I56A 4GXAA 3P7IA 2PT2A 3B6QA 2X26A 5JTYB 3IB0A 3GBBA 3QYTA 2V93A 1LAGE 2Q2CA 4NF5A 1EZ9A 3RLFE 4U23A 3N26A 3H03A 3QK6A 4JB7A 3OXNA 1FTLA 2UVIA 1AL3A 1MXVA 4H65A 3U8QA 3U92A 5ITOA 3TODA 4H5FA 4YZZA 2FA7A 3C31A 4FIMA 2XXPA 4LZ5A 3O97A 5CBRA 3G3HA 1MXZA 4NWCA 3RY3A 2VD3A 3VVDA 1NNPA 1MXWA 4ZECA 3N6UA 3QXMA 4IGRA 1MQDA 1N7WA 2Q89A 4F2QA 1XVXA 4F1VA 2DP8A 4P0IA 2R6GE 5F7VA 1Y1MA 1NNKA 1POTA 1NKXA 5TPAB 4OETA 2OK2A 3LC8A 2ONKE 5EYFA 4XIGQ 4F3PA 3MPLA 4G2ZA 1JW1A 3G3KA 4YB7A 4GL8A 3RPWA 4THIA 1NNFA 4HW8A 1TFAA 3L6HA 2QJEA 3TCFA 4Q8RA 1I6QA 1TT1A 1BKAA 2P2AA 1JVYA 4ZEFA 3ZS6A 4G8NA 2G29A 3Q28A 3OMBA 1MY4A 4N6PA 4U1OA 3M3LA 2O1LA 3TCHA 2OJTA 2HXWA 2H5YA 1GR2A 1TFDA 2ONRA 3KN8A 4RJZA 3PD8A 4TQUQ 1MM6A 1SVXB 1CE2A 4G77A 1QUKA 3H7MA 2XXRA 2I6EA 3O29A 4LQ5A 1ZTYA 4NTLA 1B05A 3PPQA 4YMBA 3TTLA 4QFOA 1PEBA 2D3IA 2RINA 4WKMA 4GVOA 4G68C 3TTKA 1SDXA 4R74A 3U94A 3KBRA 1FQBA 3PMVA 1SI0A 3CFXA 1XC1A 4ZEBA 5I56B 3ONMA 4L17A 1WODA 3ZKLA 5AA3A 4FEDA 1JETA 1Y3PA 3K1PA 2RF1A 4EUOA 2UYFA 4LZ8A 4DCXA 4NF5B 4IO5A 2QSXA 2QRYA 5AA1A 2DVCA 1FQFA 4M4GA 2XX7A 4YMAA 1Z7NE 4N13A 4XKPA 2NOOA 2QMWA 3M3FA 2QS3A 3OENA 4ELPA 3H6WA 2F5XA 4F39A 4Z0IA 2GHAA 4ZE8A 4GIZA 4PETA 4RA1A 1MY2A 1FTOA 4NEDA 3SDFA 2BJJX 3TUSA 4E0XA 1B52A 1MDQA 3C9HA 1CB6A 2DYXA 3HCQA 1IEJA 3QUJA 1LSTA 4QRZA 3G3IA 4XKQA 1B7HA 3IJOB 3R7XA 3HSTA 3TELA 3Q25A 3VDFA 2FNCA 1ZBMA 1OLAA 3ZKKA 3FV2A 4KQPA 1MM7A 4G4PA 3FVKA 4G8MA 5M2VA 3DP8A 3IB1A 4R75A 1A8EA 1WDNA 2OZZA 2Z22A 1RYXA 5K2YA 3UK4A 2RCAA 3EQ1A 4F1YA 1LBCA 1SI1A 3K00A 2E0SA 3FVOA 4F19A 1I6AA 4ZEDA 4N07A 3UGWA 1ZIUA 2F6GA 3RTFB 4LP2B 2W7YA 4OFJA 2XHDA 4OYVA 2VOZA 3D4CA 5I59A 1M5BA 3U1OA 3RNNA 3G3FA 1OIBA 1AOVA 4HCYA 1A40A 3BKIB 2Z23A 5DTBA 3MP8A 1MQJA 4QF9A 4EXKA 4HS7A 5L9SA 2CMOA 4ONYA 2QS1A 3JV9A 2DSFA 1QVSA 3FGSA 1JEVA 1ZMGA 3MVZA 4DXUA 3H4ZA 3K01A 5DYHA 2V25A 1LCFA 5CMKA 1FW0A 1S50A 1JNFA 1UTHA 1BIYA 2NXOA 3A09A 4FEBA 3UN6A 3C32A 4ELRA 4FE8A 4HTGA 1MH4A 2Z8EA 4XKNA 4WXJA 2XXTA 1IXIA 3FD3A 1YTVA 5IAIA 3CG1A 5DT6A 2DS9A 2G93A 3OO6A 2V84A 2R71A 3K2DA 1PBPA 2PX1A 1D4NA 1H43A 4BDNA 5KDTA 2D5WA 3S9MC 1OQHA 3FATA 2OWSA 1DSNA 3FXUA 3ODBA 1EU8A 4P0GA 4FAJA 1H3DA 1LLSA 3TDJA 5KZTA 1H45A 3IO4A 4F18A 1P1WA 1B9JA 5IKBA 4HCWA 4MLVA 2F97A 1AH5A 4X1DA 1LFGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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