1XS5A

The crystal structure of lipoprotein tp32 from treponema pallidum
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
240
structure length
240
Chain Sequence
KDETVGVGVLSEPHARLLEIAKEEVKKQHIELRIVEFTNYVALNEAVMRGDILMNFFQHVPHMQQFNQEHNGDLVSVGNVHVEPLALYSRTYRHVSDFPAGAVIAIPNDSSNEARALRLLEAAGFIRMRAGSGLFATVEDVQQNVRNVVLQEVESALLPRVFDQVDGAVINGNYAIMAGLSARRDGLAVEPDASAYANVLVVKRGNEADARVQAVLRALCGGRVRTYLKERYKGGEVAPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural evidence that the 32-kilodalton lipoprotein (Tp32) of Treponema pallidum is an L-methionine-binding protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords Membrane lipoprotein TpN32
molecule tags Membrane protein
source organism Treponema pallidum
total genus 82
structure length 240
sequence length 240
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-10-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xs5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xs5A02
4ZEBA 3IX1A 1B3HA 3FJ7A 1QKAA 2DWAA 4OQOA 5I84A 3V8XB 1PC3A 3H6VA 4DCYA 2B3BA 3V5AA 4U22A 1US5A 3UGWA 3PUVE 5I57A 3KFMA 1FQDA 4KHZE 5CBSA 1RYOA 2V84A 1FTLA 4ELOA 2O1MA 2VOZA 3DP4A 2XXPA 3IOVA 1XOCA 3V89B 3UORA 2XXUA 2X7PA 3IJXB 3H6WA 4KYSA 2H4IA 4H67A 1NH8A 2NUVA 2OCUA 2RC7A 4BDLA 3OSRA 1LAHE 1ZKBA 1LAFE 3K0VA 2OWTA 2O7UA 1B5JA 3FJMA 3FASA 4F2QA 1NNTA 2DSFA 1Z7NE 3FGSA 1CB6A 3DM0A 2DXRA 2RKMA 2F36A 5B70A 3IR1A 3MC2A 1T0KA 3IO6A 1MQJA 1UTBB 3C4MA 5KDTA 2DWIA 4E0WA 3MJNA 4G68B 3H6TA 2Y84A 2UYEA 1QJMA 2LAOA 5CRYA 4PFWA 5I58A 2I58A 2Z22A 3C32A 1O7TA 4POWA 4QFLA 3T9XB 1ZTYA 2P2AA 4JB7A 3PPRA 4ONYA 3HV1A 1URGA 3K4UA 2VD3A 1NKXA 5H8NA 2Z23A 3HPIA 2P0SA 3SEWA 1WODA 1RKMA 3VVFA 1MQIA 4JSDA 1R1NA 1IXGA 4NWCA 4QHQA 4X9TA 3C31A 5AA4A 3RLFE 4M4GA 2A5TB 5K2YA 1BTJA 1MY0A 2AYSA 1B32A 4BDMA 2GHAA 2OLBA 2QL3A 4ZS9A 1LFHA 2DWJA 2YLNA 3OO6A 2ZYKA 3QK6A 3Q26A 1AL3A 3TTRA 4GQOA 4MFIA 3KOSA 4DXUA 1IQ7A 1RYXA 3FVNA 4LP2B 1M5DA 5CMKA 4YMAA 5H8HA 4GD5A 2ZNUA 2R71A 3Q29A 3DP8A 2OBGA 5I59A 4HS7A 2I3VA 1OQGA 3KN3A 4GXAA 2RINA 1MM7A 5H8FA 5CI5A 3K01A 1GV8A 4PFTA 4G8HA 5FHMA 1B6HA 4QSCA 3ILUB 1GGGA 3MVXA 1IXCA 1UIVA 3E13X 3UK4A 3PUXE 4LZ8A 2HZKA 3KN8A 1SDXA 3T22A 1DOTA 5TP9A 1HSEA 3IK6B 4QFPA 2XXYA 2XXXA 4NF8A 2V3QA 3ILTB 3FV1A 3TPAA 3VLWA 5DVFA 1FQAA 3LSFB 3FATA 3PMVA 1IXHA 2UVGA 1UIUA 3PUZE 4EDPA 3MWBA 2R6GE 1AMFA 3ECRA 4N13A 3TUSA 4JWYA 4OZ9A 3H06B 3HN0A 4OENA 5TPAA 1B05A 3FIRA 1LFGA 3EF7A 5ICQA 4EF2A 1EU8A 1LAGE 4IO2A 4ZEFA 4OFJA 4KQPA 2XXVA 4ELPA 3U1OA 3O29A 1ZU0A 3BFUA 3RNNA 2DE3A 3T93B 4H5FA 3OD7A 1LSTA 4HTGA 4I1DA 3CVGA 4PETA 4THIA 4G77A 4NF5A 2GFEA 4IGTA 4U4SA 3K2DA 4E0XA 4QSEA 1A99A 3TTNA 3EN3A 4WKMA 2X7QA 5I56A 1XT8A 2Y7KA 3CFXA 2A5SA 5DEXA 2F5XA 3B6WA 3TKDA 4OERA 4GRKA 5F1QA 1JETA 1GTKA 3RUMA 2VD2A 4NWDA 3QSLA 1IIWA 1JQFA 3G3HA 4LZ5A 3FV2A 1EH3A 4BDNA 1A8FA 4GOTA 4HW8A 3RTWB 4M1VA 3KBRA 2I49A 2REJA 3B7DA 2G29A 4FAJA 2H98A 4O3AA 1PDAA 2DE4A 3CIJA 5KZTA 3QAXA 2HQ0A 4ND9A 2Q9TA 1B1HA 2R9JA 2F6GA 5M2VA 3O28A 1L5TA 1OLCA 2P1SA 1N7XA 2GHBA 4X1DA 2RCBA 4ISUA 4LUBA 5CBRA 2W7YA 2XD2A 1OVBA 3O6IA 4RYAA 4K3FA 5DVIA 4RXLA 2QS2A 1GVCA 4C1UA 1DPPA 3TZAA 2VP1A 3UA8A 3S4UA 3H6UA 1ZLQA 1R9LA 5AA3A 3TQWA 4U23A 2Z8EA 5AE4A 1N84A 2NVUB 5LOMA 3K1NA 4OFOA 2Z8FA 3SEVA 2Y7WA 1QW0A 4OETA 4LATA 4RPOA 2F8DA 2QRYA 3L6HA 3MW0A 4LVQA 1MY2A 4KPTA 3MZBA 4EXKA 5DTBA 3PUYE 3MAMA 5EHSA 4GIZA 2OZZA 4GL8A 3JV9A 3U8QA 3UP9A 3O2AA 1SW1A 5ICTA 5H8QA 3TQLA 1OMPA 4PFYA 3IB0A 3TMGA 1YCJA 2UVIA 1LLSA 1D4NA 5H8SA 1LB9A 1H3DA 5I2NA 1LGBC 3U72A 4BLAA 4KCDA 2HFBA 3G3IA 4IY6A 3PPPA 4H5GA 3KZGA 1JVXA 1MY1A 1SW2A 2VHAA 5ELVA 3IB1A 2CZLA 4Z0IA 4NF4B 4ECFA 1B51A 1B5HA 3B6TA 3FVGA 4ZE8A 2V3UA 2DE2A 4FATA 4ZDMA 2QPQA 3RY3A 3IOWA 3BKIB 3M3LA 1B7ZA 1I6AA 4Q0CA 1B0HA 3M8UA 2O68A 4X1BA 4I62A 1MXWA 4AB6A 4UACA 1TT1A 4NF6B 2PT1A 1D9YA 5DYHA 4OESA 3TEPA 2Y7RA 3D4CA 3USDA 2ANJA 3H7MA 2G93A 3CFZA 1NH7A 2REGA 4YMBA 4ZEKA 1UQWA 3TDJA 1M5BA 4FECA 1MH4A 3OO7A 4O3BA 3VXCA 2RC8A 1O64A 3E4RA 5A5XB 3CG1A 4F31B 3MVWA 4GF8A 2I48A 4IO3A 1N7WA 1ZIUA 1MG1A 5L9SA 3I6VA 3CSBA 5B7DA 1F9BA 3C35A 2GH9A 1A54A 5FTIA 1EZOA 1MRPA 1USYE 2F34A 4XKRA 4TOZA 4XTCQ 1VFEA 1MPBA 2NWJA 2XXQA 5J1DA 1JW4A 5JTYB 5ISUA 1JVYA 3I5OA 2Y7IA 1B7UA 4QRZA 1FQCA 3VLUA 1SD3A 1SYIA 4PP0A 3O66A 4N07A 4P11A 4QF9A 4R72A 2CMOA 1B0LA 3VVEA 3PV0E 1FQEA 3UIFA 4IO6A 3RT8A 2ZNTA 3HCQA 2RC9A 3P7IA 2FYIA 4RK9A 2O69A 3MQ9A 3Q25A 3T9HB 1XS5A 4R9GA 1CE2A 4DCXA 3JYRA 2ZNSA 5JK4A 5BWJA 1US4A 4F1UA 3O6GA 4MF3A 1B7HA 3QXMA 2XX8A 1UTHA 5KCJB 3MP6A 1MPCA 2Q8JA 4JXIA 2XD3A 1FCKA 4DIGA 4YU0A 2F7CA 1Q1KA 3FXRA 2YPNA 1MQDA 1HSJA 4OXVA 5I2KB 4R6HA 2DVCA 4LA9A 3QUFA 3EHUA 3FD3A 2X26A 4KFQA 3TTKA 4NE4A 3T66A 4RPNA 1MM6A 1Y9UA 3RN8A 3K6XA 1MDP1 4R6KA 4FEDA 1TXFA 1B5IA 4FE8A 1H43A 4IO4A 1B52A 4I9DA 1POY1 4C0RA 1PEBA 2DS9A 3RGYA 3N5LA 2F35A 3R7XA 4XKQA 4H65A 3LSXA 4U21A 2D3IA 5CMCA 1IZ1A 3IO4A 1TFDA 2XXWA 3G3GA 1DTGA 1MXVA 4PQJA 2HEUA 4FIMA 4OVJA 4FEBA 4U2RA 2HZLA 4U4XA 2H9BA 1FTOA 3T9UA 3OSQA 1MPDA 1SBPA 4WEPA 4HCYA 3QYTA 1I6QA 3SKPA 2ZYNA 3SEYA 2I3WA 4GFRA 1OVTA 1B2HA 3GXAA 1Y1MA 2DOJA 4NF6A 4YZZA 1P1QA 3A09A 3OENA 3S9LC 1YTVA 4ELRA 2RCAA 3S2VA 3EHSA 4H8IA 4YB5A 3ZKKA 4EQBA 3LR1A 1B3LA 3OEMA 4ZEIA 3SDFA 4Q30B 4G2ZA 3K00A 2I6EA 4BDOA 5A5XA 4JWOA 1N0TA 4H0WA 3CRBA 1PBPA 1P1WA 3KG2A 3DP6A 2XXTA 4OMBA 3TCGA 3VV5A 5I57B 1QUIA 2ONKE 3LSWA 3R26A 3PUWE 1ZMGA 4JWXA 2E0SA 3IOUA 1QUJA 3U92A 4JSOA 1DPEA 2DYXA 3B6QA 2AL4A 1N04A 1MY4A 1USYH 4F22A 1UTBA 1N3XA 4IGRA 1MQHA 3OXNA 3E9XA 4F3BA 4R2BA 4G68A 4QFNA 3VDFA 1MQGA 3Q28A 2AIXA 1D9VA 3TTLA 5HBCA 3IL1B 3A3UA 1EZPA 1SVXB 2Q89A 4OEVA 3VFJA 2I4BA 4QFKA 5KDTB 5K2XA 4ESXA 3N6UA 4LZ7A 3C34A 4YKKA 4U1ZA 4F39A 3OEKA 4GXSB 1BKAA 4DE8A 3N6TA 3K1PA 2THIA 1VE4A 2ESNA 2ZYOA 3LC8A 5I58B 2OJTA 4AQ4A 1H44A 1B4HA 5FHNA 2V25A 4DLDA 1IEJA 2A5TA 2B65A 4HCWA 3RT6B 4ZE9A 5BUUA 2DXYA 1AIVA 3SETA 1I6BA 5H8NB 4TQUQ 5ITPA 3R6UA 3S9EA 4FJPA 4Q8RA 4ZZAA 2QS3A 1II5A 5AA4B 1VSOA 1H76A 3TFLA 3E3KA 4P0GA 4R74A 3PMWA 3T9VA 4GL0A 4C1TA 3K02A 5AA2D 3CR9A 1Y3QA 2Y7PA 3KSJA 2FA7A 3HSTA 3O6HA 2IA4A 2PVUA 1AH5A 1H45A 4ZEDA 1SQYA 3GZGA 2E1SA 1EZ9A 5H8HB 3CSGA 2O51A 1IUDA 1N3WA 1M5FA 5AA2B 5I59B 4G68C 2H25A 1LBCA 2UVHA 1J1NA 3VVDA 4YB7A 1S9TA 3BBRA 4KR5A 2HXWA 5H8FB 1LFIA 4P0IA 2H99A 1B1XA 3LSLA 3MBPA 4R2FA 4KYDA 4DDDA 1D3KA 1FTJA 3C9HA 2I4CA 1JW1A 1B9JA 2V3TA 4XIGQ 3EQ1A 1VFDA 5TP9B 3W9VA 4NMYA 4ZECA 2Q2CA 1XVXA 2O1LA 3EHTA 3FXUA 2XXIA 4NF8B 4DXCA 4KI0E 2DQVA 3SERA 1MXXA 4EQ9A 1NL5A 2M8CA 3IB2A 2UVJA 3SEUA 4G8NA 2YJPA 1S50A 4Q5TA 1JEUA 1Z7ME 4WEDA 5TPAB 4IO5A 5CMBA 1SYHA 1JW5A 1QULA 1ELJA 1DSNA 3OO8A 4OHNA 4JBZA 3EPEA 4I8CA 1YPNA 3KN7A 4KYEA 5DT6A 1GR2A 4L17A 3KSXA 3M3KA 4YKJA 3HO7A 2NXOA 1YAEA 1PB8A 3Q27A 3THIA 4IY5A 3VXBA 3MUQA 4GLIA 3LUYA 1BP5A 3MVYA 3U94A 1ZBMA 3H3GA 2ABHA 4ZZEA 4DZ1A 4NF5B 3IAZA 2QS4A 3UN6A 3GLBA 3FVKA 1DTZA 2H5YA 5I56B 3OMBA 3CFLA 1B3GA 5DEXB 1TWYA 1PB7A 4JDFA 5AA1A 5HM4B 1PB9A 4MLVA 4YAHX 3PGFA 2F7BA 4F2OA 3G3JA 5JEIA 4EXLA 4F18A 4ELQA 4QFOA 3L6GA 1OLAA 1QKBA 5TU0A 4GVOA 3DLNA 3VLVA 2ONSA 1IXIA 2XXRA 3F11A 2ZYMA 5CM6A 4TLLB 4G8MA 3IJOB 1NNKA 2ONRA 4FORA 1LBBA 4OWDA 2PYYA 1OIBA 4OFLA 4F1VA 2UYFA 4H6DA 3WAEA 4KD5A 2D5WA 2F97A 1OQHA 4NEDA 4RA1A 4F3GA 1LAXA 2I0BA 3KJTA 4YKIA 4YKPA 1M5EA 3PU5A 1BIYA 2Q2AA 2F78A 3ODBA 5FHOA 1Y20A 3ONMA 1Y1ZA 1B3FA 2HCAA 4UA8A 2XHDA 4RNSA 4TLMB 1FTMA 2V93A 1LB8A 5DVJA 1VR5A 3AXFA 1A40A 3LBSA 4R6YA 5AA2A 4XKNA 3ZSFA 1IITA 1WVJA 2AL5A 1A8EA 4MBPA 1PBQA 1Q35A 3KJ7A 3C33A 2WKYA 5L9OA 4XXUA 2PT2A 2O6AA 3G7WA 4IO7A 3KEIA 5H8QB 3G3FA 3K6UA 4F19A 1SI1A 4NF4A 3PD9A 1FQBA 2Q88A 1B58A 5I2NB 4POXA 1A55A 4ESWA 4OYVA 4PE5B 4OEUA 4RY1A 2KLFA 2NOOA 5L9MA 1P1UA 2FNCA 1I69A 1B46A 4H1XA 3MPKA 2XXHA 4U1OA 3TCHA 3TCFA 1MXUA 1ATGA 3OOAA 5EHMA 2O7IA 5L8DA 3KGCA 4H8JA 3PD8A 3KOTA 4Z7EA 1BLFA 3MVZA 1JNFA 2Z8DA 1O63A 4NTLA 5CC2A 5ITOA 1KWHA 1TFAA 1FQFA 2I0CA 3S9MC 3DELB 3MP1A 1LCFA 2QMXA 4AB5A 5CMMA 1R6ZA 4EUOA 5IAIA 4QSDA 3PPQA 1NMUA 4EQ7A 5IKBA 3C36A 1S7YA 2ZMBA 4XKPA 4O3CA 1FW0A 4F1YA 3IORA 3D4GA 2F7AA 3O9PA 2DP8A 4BDRA 3PPOA 5EYFA 1SI0A 1POTA 2VGQA 4WXJA 4PFUA 1HSLA 4DXBA 3K6WA 3MZ1A 4YB6A 3W9WA 3PPNA 3CI8A 3H03A 4LQ2A 3OELA 1MS7A 1MDQA 1Y3PA 4YICA 2OK2A 1MXZA 3MPLA 3GBAA 2O84X 5JTYA 3RTFB 1N76A 3RPWA 3TODA 3G3KA 1SW4A 1MXYA 1ZJLA 3TYHA 3A3CA 1MY3A 1MH3A 3MZ9A 4IB2A 2OWSA 1SW5A 1URSA 3FJGA 3TAJA 3I3VA 4MLQA 1XVYA 4R9FA 4R75A 3QUJA 4OTEA 4F3SA 4F3PA 1Y4TA 3OO9A 1A7LA 1NFTA 4RK2A 3JZJA 2BJJX 3M3FA 1Y4CA 4N6PA 2PMSA 4LQ5A 2QJEA 3TELA 2F6PA 2UXAA 3K6VA 1P99A 1B40A 3O97A 1URDA 2DWHA 5KCJA 5HPQA 3CG3A 3V83A 2PX1A 2QMWA 3TTMA 1XC1A 1XHYA 3HHFA 4X48A 1M5CA 2B3FA 4LONB 3U93A 1B3EA 5I2KA 1WDNA 4EF1A 3N94A 4BDQA 3SESA 1FTKA 1UTHB 4RJZA 3QIMA 4G4PA 3S9NC 2IEEA 1QUKA 2QSXA 4MH5A 3ZS6A 3RQTA 2DVZA 2PBWA 3VE1B 3T96B 3BFTA 1ANFA 3N26A 1NNPA 2ALUA 1AOVA 2QS1A 1JEVA 1DMBA 3FUZA 3FVOA 2GRVA 3PMXA 2RF1A 5FTHA 3MP8A 3HHGA 3FXQA 3WAFA 2ZXTA 2HAVA 3FZVA 5F7VA 1LCTA 4F29A 3K1MA 2XX7A 3IOTA 4KCCA 2HAUA 3W15C 1B4ZA 3GBBA 4GWOA 3H4ZA 1P1NA 2D21A 1QVSA 3ZKLA 4R73A 1R9QA 1Y3NA 3SEXA 1NNFA 1P1OA 2XX9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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