1XVXA

Crystal structure of iron-loaded yersinia enterocolitica yfua
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
SNDSGIVVYNAQHENLVKSWVDGFTKDTGIKVTLRNGGDSELGNQLVQEGSASPADVFLTENSPAMVLVDNAKLFAPLDAVTQAQVAQEYRPEHGRWTGIAARSTVFVYNPEKISEAELPKSIMDLAKPEWKGRWAASPSGADFQAIVSAMLELKGEKATLEWLKAMKTNFTAYKGNSTVMKAVNAGQIDGGVIYHYYRFVDQAKTGENSGKTQLHYFKHQDPGAFVSISGGGVLASSKHPKEAQEFVKWITGKSGQDILRTNNAFEYAVGVDAASNPKLVPLKDLDAPKVEPSKLNSKKVVELMTEAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Novel Anion-independent Iron Coordination by Members of a Third Class of Bacterial Periplasmic Ferric Ion-binding Proteins
pubmed doi rcsb
molecule keywords YfuA
molecule tags Iron binding protein
source organism Yersinia enterocolitica
total genus 115
structure length 311
sequence length 311
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xvxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xvxA02
1GTKA 3T66A 2XX7A 1URSA 3IJOB 5ISUA 3IOTA 3RY3A 1Y3QA 4GL0A 4NF5B 3LUYA 3PPRA 3W9VA 1P1UA 3OMBA 2XXHA 1MPDA 4OEUA 1J1NA 4RPNA 1Y1MA 4EQ7A 4F39A 4BDNA 5DEXA 1MS7A 1PEBA 4TLLB 1JEUA 4DXBA 4ZEKA 1QULA 4KYDA 2OCUA 3A3CA 5TU0A 4GF8A 1MQDA 2F8DA 4GVOA 4GXAA 3OOAA 1MQGA 4FATA 1B3FA 1B4HA 4OQOA 4EUOA 4OETA 5H8QA 2DE3A 4H5FA 1CB6A 3QSLA 2Z8DA 3I6VA 4IGRA 4KHZE 3FJGA 2OZZA 1B4ZA 1HSJA 4EXLA 4ELRA 3TCGA 5KDTB 1MPBA 3SEUA 4FJPA 5FHNA 3M8UA 4RK2A 1WDNA 3TYHA 3N26A 1PC3A 4QRZA 3QK6A 3TTRA 1B7UA 4NTLA 2X7QA 1M5DA 4G8MA 3VE1B 3OSRA 3MC2A 3TQWA 3H03A 1OQGA 3OO9A 3IO6A 3CFZA 2I58A 1ZKBA 1M5FA 4R72A 1H76A 1UTBA 3ZSFA 2G29A 4FIMA 4H5GA 4OTEA 4JDFA 2AYSA 3Q29A 1ANFA 4F2OA 3MPLA 1OQHA 1USYH 4OEVA 4MLVA 4LZ8A 2NUVA 3W15C 1I69A 4KPTA 4R74A 3PPQA 3IK6B 5I2NA 2PT2A 3BKIB 1VSOA 1B58A 3IOUA 1Y3NA 2O1LA 1BIYA 4ONYA 3DP6A 2F34A 1Q1KA 4RK9A 1SYIA 5AA2B 3ODBA 4UA8A 4GXSB 1Y3PA 4DLDA 4LUBA 1NNKA 2ONSA 2ZXTA 1BP5A 1A55A 4OMBA 2Y7WA 4H8IA 3TEPA 4I1DA 2DQVA 5AA1A 3FV2A 2DSFA 1SQYA 4NF8B 2V3TA 2DVZA 4FECA 3TKDA 4BDQA 3FD3A 5I2KA 1LFIA 3SEVA 3V5AA 1NNFA 4XKPA 2DXYA 3KN3A 3FXUA 3RTWB 3G3KA 3M3KA 1TWYA 5H8HB 4FE8A 1B40A 4F3GA 3FUZA 2QL3A 4LZ7A 3CI8A 1US4A 4XKRA 3EHUA 3S9LC 2HZKA 4PFWA 3C36A 3RTFB 2FYIA 1D9YA 2Z8FA 4P11A 4RNSA 3TELA 2YJPA 2UYEA 2QMWA 2ABHA 3OELA 4HCWA 3FXQA 4YMBA 4NF4B 1YPNA 2UVJA 2Q89A 1MH4A 2XXPA 2ZYMA 5F7VA 4NEDA 4LZ5A 1MM6A 4AB6A 2CMOA 1PB9A 1A8EA 2G93A 3E9XA 3U93A 3MZ1A 2DVCA 4DE8A 2QMXA 2UYFA 2UVHA 5CRYA 3TPAA 2IEEA 3EHSA 3H4ZA 4NF6A 4UACA 3P7IA 5I58B 3O97A 3E13X 1HSEA 2ESNA 3PPPA 3QIMA 1S9TA 1MY3A 1MDQA 1AOVA 2GFEA 4KD5A 3PD8A 2VD2A 3UP9A 5TPAB 4HCYA 5EHMA 1EZ9A 3TCHA 4G4PA 5EHSA 3D4CA 1IZ1A 1MPCA 4G8NA 4GD5A 2QS1A 3JYRA 3WAFA 4U1OA 3U94A 3SETA 1B2HA 4WKMA 1S50A 1HSLA 5JEIA 1B5IA 4ZEBA 4ZECA 3LSLA 4JWOA 3LBSA 2OJTA 3IL1B 4ELOA 3TODA 2AIXA 1UTHA 2NVUB 2I49A 4NMYA 3TFLA 2LAOA 3FIRA 1SD3A 3S9MC 1B3HA 4F2QA 5DVJA 1IUDA 4M4GA 3IR1A 3K0VA 3FVGA 3KBRA 3U1OA 1O64A 5ICTA 1OVBA 1GGGA 2DYXA 2WKYA 1B9JA 1JETA 2XXWA 3O6GA 2UVIA 2XX9A 1A40A 3BBRA 3TDJA 1BLFA 2HEUA 1LAGE 5I56B 4WXJA 1DTGA 1Y9UA 3GXAA 3RQTA 1Z7NE 5ICQA 4HTGA 4G68B 3CG3A 4E0XA 5FHOA 4IY6A 3A3UA 3EHTA 3TTLA 2DE4A 2D21A 4P0IA 2NWJA 1RYXA 4DXUA 1N3WA 2DOJA 2X26A 1II5A 5I56A 1FTOA 4Q8RA 4OFJA 5KCJA 1MRPA 5K2XA 2ZNTA 3DLNA 3T9HB 5DEXB 1A99A 1FQEA 3OEKA 4X48A 5DT6A 4U4XA 1MY2A 2QS3A 1JW1A 3UIFA 4YKPA 4R6YA 2XXIA 3HHGA 2XXYA 1SW4A 3QUFA 5A5XB 4KCCA 4KI0E 1TFDA 2NOOA 4XKNA 4HS7A 1SI0A 4ZZAA 2E1SA 1XHYA 4MF3A 4DDDA 1POTA 5H8QB 3LSXA 4JSDA 3VLWA 1MXWA 5CBRA 1I6BA 3MP8A 2RC9A 3PUZE 1QKBA 2O7IA 2GHAA 2E0SA 1JW5A 2O84X 2Q88A 4U23A 4JXIA 3PGFA 5HBCA 2I6EA 1N84A 2F7BA 1MXVA 3FJMA 4GL8A 2M8CA 2O7UA 3QXMA 5ITOA 4L17A 4C1TA 3IOWA 1VR5A 5A5XA 2A5TA 3O9PA 2QS4A 3MZ9A 2V3QA 2DWHA 5K2YA 3I5OA 4QSEA 5I59B 2V84A 3KG2A 1LFHA 3TCFA 4YU0A 3ZKLA 4EDPA 1LB9A 2XHDA 3ILTB 4H6DA 3IORA 2O51A 4ZE8A 2REGA 1XOCA 4IO3A 4OERA 4H0WA 3CSBA 3B6WA 1OLAA 5DYHA 1FCKA 4U22A 1UTBB 3C34A 3Q27A 3KN8A 5DVIA 1R1NA 5L8DA 1FTLA 2F5XA 1DPPA 5I59A 3GLBA 3VVDA 3KJ7A 1POY1 4RJZA 4Q30B 3H6UA 5AA4A 4IGTA 2PX1A 1PDAA 3R26A 3O28A 4WEDA 5I2NB 5DTBA 1AMFA 1P1QA 3JV9A 4RPOA 3E4RA 1B5JA 1WVJA 1FTKA 3MP1A 3RN8A 4H8JA 5L9MA 2QJEA 1BKAA 2B3BA 4OVJA 4LONB 1N04A 4YKIA 1B7ZA 2OLBA 3CIJA 3T9VA 1ZU0A 1JW4A 4PFTA 2ANJA 2YPNA 1Y20A 4THIA 1R9QA 4RY1A 1SW5A 2R6GE 3A09A 1URGA 3UGWA 2P1SA 3MW0A 2XXXA 4DCYA 2D3IA 2XXVA 3FVNA 5I2KB 1SW2A 1F9BA 3SEXA 4ND9A 4LP2B 5L9OA 4O3CA 3SEWA 5H8FA 4YB7A 1P1WA 2I0CA 2HCAA 3IB0A 4OESA 3T9XB 3PPNA 2ONRA 4GIZA 3LSFB 4YMAA 3CSGA 3K02A 3HCQA 5H8NA 3JZJA 2Z8EA 2RC8A 4LATA 3DP8A 1QVSA 2FA7A 4BLAA 4F19A 1O7TA 3LSWA 3O29A 2OWTA 1XVYA 2QSXA 3PMVA 3USDA 1EZPA 1WODA 1JEVA 3K6VA 3TAJA 1SW1A 3G3HA 5L9SA 2F36A 4PP0A 3IAZA 1LCFA 2V3UA 4NWDA 4I62A 4OZ9A 3OO6A 3KZGA 5CMBA 1LB8A 1DSNA 1OMPA 4YB5A 4OYVA 5LOMA 3VXBA 4G77A 3S9EA 4NF6B 1UIVA 2F6GA 2HAUA 2ZYNA 4LA9A 5B7DA 1XC1A 3EQ1A 3ILUB 5AA2D 3TTMA 1Z7ME 1B32A 3B6QA 2XXTA 3DELB 3RT8A 3FJ7A 2Q8JA 1QUJA 3IOVA 1EZOA 1FQBA 4ZZEA 3M3FA 3C4MA 1AIVA 2VP1A 2DWAA 4XIGQ 4EQBA 2Z23A 2I4BA 1QKAA 3K01A 4F3SA 3E3KA 4IO2A 4OXVA 3PUYE 3SEYA 3Q26A 5B70A 4AQ4A 3C35A 3RLFE 3Q28A 4RXLA 1FQAA 1JVXA 5H8SA 2QRYA 4MBPA 1MM7A 3FXRA 3MVYA 3PPOA 1ELJA 1NNPA 4F1VA 2F6PA 5CC2A 1UTHB 2VHAA 3OEMA 3FASA 1M5EA 4R2BA 4ELQA 1MH3A 4KYEA 1NH8A 1RKMA 1OVTA 1R6ZA 3HN0A 4QFKA 1AL3A 3U8QA 3C33A 2HAVA 4GLIA 2F35A 2F78A 4F29A 2YLNA 3KOSA 4YKJA 3RUMA 4F18A 2HFBA 4GQOA 1SBPA 3SDFA 2H9BA 4XXUA 1SDXA 4ESWA 3VVEA 3N6TA 3QAXA 2RINA 3R7XA 5JK4A 4PQJA 1MY0A 2F7AA 1ZLQA 1MQJA 4POWA 4YICA 1AH5A 1L5TA 1LAXA 3K6UA 3TMGA 4U2RA 4R9GA 2ZYOA 4BDMA 4IY5A 3KSJA 3WAEA 1H3DA 3R6UA 3PD9A 2HXWA 3MVXA 3MPKA 3KGCA 3T9UA 3B6TA 3ZS6A 3H3GA 1QJMA 1A7LA 3TQLA 4OHNA 4X1DA 3SERA 1LSTA 2R9JA 3G3FA 5FTHA 3Q25A 1NNTA 1D4NA 3RGYA 2I3WA 3KJTA 2GRVA 1JVYA 1DOTA 3QUJA 3HO7A 4JBZA 3HV1A 4RYAA 1OIBA 5ELVA 4H67A 5EYFA 4NWCA 1FTJA 2ZMBA 4JB7A 5KCJB 3PUXE 1MY1A 3K00A 3T93B 5IAIA 4R2FA 4IO7A 4F3PA 3K6XA 4R6KA 5AA3A 4HW8A 1ZBMA 3G3IA 4KQPA 3LC8A 3CR9A 1H43A 1LFGA 3D4GA 3N94A 4O3BA 3FGSA 4H65A 4U21A 3KFMA 4YB6A 4DZ1A 3OSQA 3W9WA 3UORA 1T0KA 3N5LA 4RA1A 2Y84A 1I6AA 3TTKA 1Y4TA 1FQFA 1ZMGA 2QPQA 4M1VA 3CRBA 2Y7PA 1QUKA 1FTMA 3O66A 4R6HA 1D9VA 2Y7KA 1B52A 5IKBA 3VDFA 1LGBC 2Y7IA 5JTYA 1B0HA 2A5TB 5I57A 1MXYA 3FZVA 1ZTYA 3MWBA 5CMMA 4XKQA 3V8XB 3ECRA 1LAHE 2RCAA 3V89B 4F1YA 4U1ZA 2RF1A 1MXXA 2H25A 3MZBA 2AL4A 4O3AA 3K4UA 4IO5A 3V83A 2KLFA 4MH5A 2NXOA 3TTNA 4I8CA 1XT8A 4F3BA 2W7YA 2Q2CA 3O2AA 1CE2A 3VLUA 3KEIA 2XXUA 2UXAA 2DWJA 1SVXB 4YAHX 3HHFA 2AL5A 3HPIA 1ZJLA 5AA4B 3LR1A 5J1DA 3ONMA 1DMBA 2I4CA 3DP4A 3OENA 3MVWA 4PFYA 3U92A 1IXGA 2H4IA 4I9DA 1N3XA 4KCDA 1MG1A 1N76A 3N6UA 4NF5A 2V25A 2H99A 3PMWA 1H44A 2BJJX 3CVGA 1MXUA 3OO8A 3S4UA 4QHQA 2I48A 3BFTA 2X7PA 1PB8A 1N7XA 3C32A 4EQ9A 2B65A 2F97A 5AE4A 2DWIA 4H1XA 4LQ5A 2PBWA 4LVQA 1UIUA 2FNCA 5CM6A 1UQWA 4Z0IA 1GR2A 4N6PA 1B51A 4F1UA 1S7YA 2VOZA 1B6HA 3EF7A 5HPQA 2REJA 4OFOA 1I6QA 1M5BA 4XTCQ 4GRKA 1LBCA 3G7WA 3PV0E 2DP8A 5KDTA 3K1MA 1NMUA 1LAFE 1URDA 2P0SA 2THIA 4WEPA 3U72A 5H8FB 3S9NC 3IB2A 4N07A 3B7DA 1USYE 3BFUA 2DXRA 3M3LA 3I3VA 3MAMA 4K3FA 1P1NA 3VV5A 3KSXA 2IA4A 2RC7A 5H8NB 2O6AA 1NL5A 3HSTA 1LLSA 2Z22A 4PETA 1B46A 1JQFA 4LQ2A 3RT6B 4GWOA 2CZLA 4X9TA 5BWJA 2HZLA 3UA8A 2XXRA 1B3LA 4KYSA 2XXQA 1IIWA 4KFQA 4G8HA 3IJXB 4C1UA 3THIA 4QSCA 3SKPA 1GVCA 4QFOA 3CFXA 4ZEDA 3MQ9A 1EU8A 2XX8A 4G68C 4QSDA 4IO6A 4Z7EA 1PBQA 5DVFA 4R9FA 3VFJA 2ZNUA 1FQDA 2QS2A 1N0TA 4U4SA 3MUQA 3PMXA 1OLCA 4KR5A 1MXZA 4BDLA 1H45A 1IXHA 3RPWA 3IO4A 5M2VA 1P1OA 1NKXA 3K1NA 4ZEIA 1NFTA 2A5SA 1D3KA 3L6GA 1XS5A 3QYTA 3GBBA 5AA2A 2PMSA 4BDRA 3OXNA 4FEBA 4FEDA 2R71A 3VVFA 3TZAA 2Q2AA 2H98A 1TFAA 2XD3A 5CMKA 2O68A 2I3VA 4MFIA 2Y7RA 1JNFA 4NF8A 4POXA 2OWSA 3MVZA 4QF9A 4N13A 3G3GA 1A8FA 1LCTA 1SYHA 4TLMB 3KN7A 4ZEFA 1US5A 5ITPA 3SESA 2Q9TA 2B3FA 3T96B 3H06B 2P2AA 5I84A 1Y4CA 5H8HA 1BTJA 4FORA 5BUUA 1B05A 3CFLA 1B3EA 1Y1ZA 1GV8A 1M5CA 3F11A 1O63A 4NE4A 3GZGA 3UK4A 1ZIUA 1KWHA 1FW0A 4F22A 5HM4B 1B1XA 1MY4A 3H7MA 1RYOA 1IQ7A 3O6IA 1N7WA 3H6WA 3VXCA 2ZYKA 1YTVA 1VFDA 3VLVA 2ALUA 1EH3A 4NF4A 2RCBA 3K2DA 3O6HA 4JSOA 3C31A 2D5WA 4ISUA 3TUSA 1IXCA 5TP9B 1IEJA 4YKKA 3L6HA 1A54A 2DS9A 5CBSA 1PBPA 1B0LA 5F1QA 4JWXA 1Q35A 3FVOA 2HQ0A 5I58A 4GOTA 3RNNA 4P0GA 1QW0A 2F7CA 1PB7A 5TP9A 2XD2A 5TPAA 4DXCA 1FQCA 5FHMA 1MQIA 3KOTA 4YZZA 3FATA 1VE4A 4TQUQ 4AB5A 1TT1A 3PUVE 1DTZA 4EF1A 4OENA 3ZKKA 3T22A 4FAJA 4C0RA 3MJNA 4F31B 3MP6A 4R75A 2GHBA 4DCXA 4JWYA 1R9LA 2DE2A 4IO4A 2RKMA 3K6WA 4QFLA 5CI5A 1B5HA 3GBAA 3G3JA 3MBPA 1DPEA 3FV1A 2PYYA 4IB2A 1TXFA 4MLQA 1YAEA 2VD3A 1ATGA 1MDP1 2ONKE 4ESXA 1IITA 1YCJA 1B1HA 4G2ZA 4QFNA 3PU5A 4R73A 2PT1A 2H5YA 1MQHA 4ZE9A 4OFLA 2O69A 1SI1A 1P99A 1B3GA 3DM0A 5JTYB 4ECFA 2GH9A 4Q0CA 3IX1A 4ZDMA 4ZS9A 5I57B 1XVXA 3PUWE 2OK2A 4E0WA 4TOZA 3K1PA 2V93A 4ELPA 3S2VA 4EF2A 4BDOA 4OWDA 1VFEA 4Q5TA 2PVUA 3H6VA 2UVGA 3FVKA 2I0BA 4DIGA 3IB1A 3EPEA 4PFUA 2OBGA 2VGQA 1LBBA 4PE5B 3H6TA 3OD7A 3EN3A 1NH7A 3CG1A 4GFRA 5FTIA 4QFPA 4G68A 1QUIA 4EXKA 3AXFA 4X1BA 3OO7A 2ZNSA 2O1MA 5CMCA 3C9HA 1IXIA 5KZTA 3UN6A 1B7HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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