1Y20A

Crystal structure of the nr1 ligand-binding core in complex with acpc
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
287
structure length
287
Chain Sequence
RLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanism of Partial Agonist Action at the NR1 Subunit of NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta 1
total genus 84
structure length 287
sequence length 287
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y20A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y20A02
5LOMA 4OFOA 5AA2A 1AIVA 3PMWA 4DDDA 4U2RA 3IL1B 3FASA 3OELA 2I3WA 1FTMA 1SBPA 2OZZA 1B3GA 1GGGA 1A7LA 1MY4A 3K1MA 4IB2A 5DEXB 2ZNSA 1MXUA 4U1OA 1MG1A 4IO4A 4F29A 2HAVA 4EF2A 3UGWA 4H5FA 3KBRA 1B0HA 1QKAA 2Y7RA 3R26A 2XD3A 3O29A 3C4MA 3SEUA 3PV0E 1MXVA 3MQ9A 3B6WA 1P1NA 5TP9B 2X7QA 2Y7KA 5AA2B 4THIA 1B51A 1PBQA 4JWYA 3G3IA 5DTBA 2XXYA 3FJGA 4EDPA 4OFJA 1OMPA 3S4UA 4DCYA 1OQHA 4YKKA 2ZYKA 1UQWA 1UIVA 3RY3A 4DZ1A 2ZNUA 1O63A 2F36A 1ZKBA 1MPBA 4LQ5A 5K2YA 4OZ9A 1PEBA 4YB5A 3KSXA 4GIZA 2V84A 1DOTA 2E1SA 4OHNA 2M8CA 2O1MA 4ZECA 4G68C 4N6PA 4R9FA 1MQIA 3SESA 4EQ7A 3S9LC 3EHSA 4NF6A 3U93A 1R1NA 2AYSA 3OENA 4FORA 2Y7WA 1JEVA 2DE2A 1SW2A 3SERA 3B6TA 2O69A 1P1OA 2O84X 3SKPA 4FATA 1MS7A 3PUXE 4QFKA 3EQ1A 4GFRA 2IA4A 3RUMA 4QHQA 4PE5B 1BP5A 4JWOA 2ESNA 5EHSA 1IZ1A 2DOJA 3WAEA 1S7YA 3MVXA 4YZZA 4LZ7A 1IXCA 2DYXA 1B4ZA 2XX7A 3Q26A 2XXVA 4H67A 1DPPA 4O3CA 5CMKA 3V89B 1MH3A 5I56A 3K6UA 1B3EA 1D3KA 4GXSB 2AL4A 4R6YA 4H8JA 1JW4A 2XXIA 4F2QA 3VLUA 3UORA 4LQ2A 5I58B 3PD9A 1FQCA 1Y1MA 4C1TA 3Q25A 3TZAA 3HHFA 3MAMA 3MC2A 1H76A 2NVUB 4I9DA 2H98A 2QS2A 5HPQA 1B46A 2RC9A 3UA8A 2B65A 3IB1A 3GXAA 4YB6A 1LCTA 5CC2A 3PPPA 3LC8A 1Z7ME 2I0BA 1FTLA 2RC7A 3G3HA 5I56B 5CMMA 2I58A 1URDA 4G77A 5F1QA 2UYFA 4FEDA 3O28A 4YKPA 4GQOA 3D4CA 2RINA 3VDFA 2F97A 3GBAA 2A5TA 1ATGA 1PDAA 1QW0A 1IITA 3VV5A 3ILTB 4MLVA 3PPQA 4AB6A 1ANFA 1POY1 2QJEA 1LAXA 4G8NA 3K0VA 4L17A 4P0IA 3VXBA 3FVNA 4GL8A 3FJ7A 1M5EA 1SW5A 3FXUA 3O9PA 3IK6B 5CMCA 4F22A 3G7WA 1VR5A 1MXZA 4U4XA 2QPQA 1SW1A 1I6QA 3W9WA 5J1DA 3TTLA 4R6KA 4N13A 1B9JA 3THIA 1SVXB 3G3GA 1MRPA 3IAZA 3RGYA 2CZLA 3VE1B 2QS4A 3LSWA 3SEWA 3C33A 3MP1A 3IOUA 2HQ0A 1WODA 4MF3A 1IIWA 1B7HA 2UVJA 4YKJA 1LFHA 1JVXA 3TCFA 2DS9A 3VFJA 2QSXA 2XXPA 1LB8A 1PB8A 3S9NC 1DTGA 3HN0A 5B7DA 1BKAA 2H99A 3K6VA 4LATA 5KCJB 3N26A 2RKMA 2OBGA 3IO6A 4P11A 2PX1A 4TOZA 4JSOA 4RPOA 3K00A 3T66A 5M2VA 4UACA 1XS5A 4KI0E 1A55A 1M5BA 3H06B 4XXUA 4TQUQ 4G68A 4YMAA 2I48A 1NNTA 3FXRA 3MBPA 1FQBA 2F34A 1MY1A 1ZIUA 2GHBA 4TLLB 5H8NB 2CMOA 2HXWA 2PBWA 5KZTA 3C32A 4AQ4A 5AA4A 5EHMA 2Z8FA 4H5GA 2V93A 5I57B 2D3IA 2NUVA 3C34A 4FECA 3CG1A 3AXFA 2V3QA 3TEPA 4M4GA 4X9TA 4KFQA 4BDRA 3O6HA 4KD5A 3IX1A 1M5FA 2F6PA 4Q30B 4QRZA 3N6TA 4ZZEA 4BDNA 1MXXA 5L9MA 3DP6A 2DWHA 4XIGQ 2DXRA 2NXOA 1B3FA 2GRVA 1VFDA 4OMBA 1N7WA 3H3GA 4F3SA 3O2AA 4DLDA 4NE4A 2I4CA 3TAJA 1KWHA 1Y4TA 1B4HA 2ANJA 2H5YA 1MXYA 4ELRA 1TWYA 1ELJA 4AB5A 3I5OA 5AA4B 2HFBA 2XX9A 4H6DA 3OD7A 4OFLA 1SD3A 4F3BA 3Q28A 4YU0A 1F9BA 3LSXA 1PB7A 3FVKA 1II5A 3RTWB 1VE4A 4EF1A 3T9UA 5TP9A 4R73A 3A3UA 4Q0CA 2ZYNA 3IOWA 3OOAA 4Z0IA 3VLVA 3DELB 3PUWE 1P1UA 1MDP1 1QKBA 3TUSA 4NF4A 3MJNA 4JSDA 4Q5TA 1B52A 5AE4A 3A09A 4GRKA 4FAJA 3QUFA 4F39A 3CFXA 3WAFA 1OIBA 3ECRA 4EQ9A 3BFTA 4BDMA 1SI0A 1FCKA 4WKMA 4JDFA 5I2KA 1Y1ZA 1JNFA 1AL3A 3H7MA 1XHYA 1URSA 2DWIA 1XOCA 3G3KA 4RYAA 1USYH 3IR1A 1O7TA 1SI1A 4HS7A 5F7VA 3SEXA 3K4UA 1JW1A 4NEDA 1JQFA 2B3BA 3H4ZA 1OLAA 4RNSA 5ITPA 1PC3A 4JB7A 4F1UA 4NF4B 4YICA 1B32A 4ZEBA 3I3VA 3IORA 2UXAA 1R9LA 3OEMA 3LSFB 1ZTYA 3USDA 3S9EA 3PMVA 1IXIA 5CI5A 3MZBA 1JETA 4LA9A 1OVBA 4MBPA 3UIFA 2R9JA 2XXTA 2XHDA 4YKIA 1NNFA 4OENA 4ZEDA 5I2KB 3L6HA 1ZBMA 1EH3A 1NH7A 3PGFA 1A54A 1GV8A 5DVJA 1RKMA 2REJA 1OQGA 3CG3A 2F8DA 3R6UA 3ILUB 1EZPA 5CRYA 1LAGE 2OLBA 3CVGA 4X48A 4ZE9A 3VVFA 2O7UA 4WEPA 5I58A 1B6HA 4ELQA 3C31A 3Q29A 2QS3A 4LZ8A 1Q1KA 1Q35A 5ICQA 4IY5A 4OTEA 3KGCA 1XVXA 2YPNA 2AL5A 1YTVA 3E9XA 5JK4A 1WVJA 1B58A 4LP2B 2VD2A 3FATA 2ABHA 3DM0A 4HW8A 4RPNA 5DVFA 3HHGA 4UA8A 1D4NA 2YJPA 4F31B 5TPAA 3PUYE 1GTKA 5KDTA 2PMSA 4GOTA 3U92A 5ELVA 3R7XA 2V3TA 3PU5A 3LBSA 2XXRA 3GLBA 4IGRA 4XKRA 2DP8A 2DE3A 2PVUA 3T9XB 2Z23A 1UTBB 1DSNA 2DWAA 4FE8A 4OEUA 2XXWA 1QJMA 1Y3PA 2Q9TA 2Q2AA 2GH9A 1D9VA 3T96B 2DVCA 4FIMA 4F3GA 4HCYA 1SYIA 5BWJA 4X1DA 2XXQA 1LSTA 1HSJA 3K6WA 3PPOA 4ZEKA 2D5WA 1B5JA 1TXFA 1XT8A 3TQLA 4RXLA 4ZEIA 4PFYA 2YLNA 4ELOA 3MWBA 5TPAB 4ELPA 1WDNA 5KDTB 2ZYOA 3KN7A 4KPTA 2HZLA 1R6ZA 4FEBA 3S9MC 1DMBA 2GHAA 3TKDA 4OERA 4R9GA 1B3HA 1YAEA 4BLAA 4DE8A 5L8DA 4OVJA 1QUIA 5I84A 1XVYA 2Q8JA 3B6QA 4G8MA 4OXVA 2ONSA 4ZZAA 3M3FA 3KOSA 2NWJA 1MY0A 3HPIA 4KYDA 3IB2A 3N5LA 4O3AA 3V83A 3GBBA 4DXUA 2QL3A 2R6GE 3IOVA 2F6GA 3DLNA 1TT1A 3OO8A 3PD8A 2PT2A 3FZVA 5KCJA 1TFDA 2KLFA 2VD3A 2ONKE 2I0CA 3RT8A 1HSLA 2F35A 4WXJA 3B7DA 1MXWA 1QULA 4OWDA 4I8CA 1R9QA 4H8IA 5B70A 3KZGA 3HCQA 3FVOA 2Q88A 4I62A 1LFGA 3TTNA 1S9TA 1USYE 4WEDA 3VLWA 3MZ9A 1QVSA 1MQDA 1MQJA 3H6UA 4RY1A 5H8NA 3TMGA 4PP0A 5H8HB 5L9SA 4C1UA 3PPNA 2O68A 1ZLQA 1AMFA 3PUZE 3KSJA 5I57A 1FQDA 4QFOA 4Z7EA 5FHOA 3SEYA 2ALUA 3PMXA 2O1LA 1LB9A 3KN8A 5AA3A 4R2BA 2I4BA 3U72A 5AA2D 1Z7NE 4GL0A 1B40A 3FIRA 3JV9A 4LONB 1EZ9A 4OEVA 3MPLA 2H9BA 4M1VA 5ITOA 3OO7A 3U1OA 3RT6B 1CE2A 3TCHA 4KYEA 1NKXA 3V5AA 2IEEA 1LBBA 2Q2CA 1FQAA 5FHMA 1JEUA 1PB9A 3VVEA 4ISUA 3V8XB 4BDOA 1DPEA 4NTLA 1HSEA 4KHZE 2ONRA 5H8QA 2Y7IA 3K1PA 3IOTA 5A5XB 2UVHA 1MDQA 3EHUA 3KN3A 3K2DA 4U4SA 1JW5A 4DIGA 4ND9A 3RN8A 1US4A 3RLFE 3FUZA 3KG2A 2LAOA 2A5SA 3TELA 3KOTA 1LAFE 2I6EA 1N3WA 5TU0A 2QS1A 2V25A 3OSQA 1I69A 4GWOA 3O66A 1CB6A 2R71A 3IJOB 5CMBA 3FJMA 4TLMB 1H3DA 4MLQA 1MY2A 1BLFA 3W9VA 3Q27A 1AH5A 4EQBA 4R72A 5H8SA 2I49A 3K02A 3HSTA 2P0SA 3TODA 1YPNA 5H8QB 3ONMA 2P2AA 1TFAA 3F11A 1J1NA 1Y3NA 2QMXA 3K01A 1LCFA 4NWDA 4RK9A 1I6AA 4LZ5A 2O7IA 1H44A 4XTCQ 3E3KA 3RQTA 3QSLA 2GFEA 1I6BA 2UYEA 3OXNA 3QK6A 2FA7A 2H25A 4DCXA 5ISUA 1SQYA 3MP8A 5CBRA 3S2VA 2NOOA 4BDLA 4ZDMA 4LUBA 2DSFA 1MQGA 4O3BA 3HO7A 2UVGA 3M3LA 3BBRA 3CI8A 2OCUA 2OWSA 4K3FA 5CM6A 2OJTA 4H65A 4KQPA 3TQWA 1POTA 3EHTA 2Y84A 3CFLA 2HAUA 3MW0A 4R2FA 3H6TA 3D4GA 1B5IA 1MM7A 5AA1A 3LR1A 2F7AA 2THIA 2RC8A 3BKIB 3CIJA 4IO7A 1D9YA 4OYVA 4HCWA 3EN3A 4QF9A 1B7ZA 3TPAA 2XXUA 4U23A 1IQ7A 4KR5A 3P7IA 1NL5A 5L9OA 4MFIA 3O6IA 1FW0A 4G8HA 4R75A 1Y9UA 1ZJLA 2Z8DA 1QUKA 3T22A 2O51A 1H43A 3QUJA 2PYYA 4N07A 3GZGA 1EU8A 3A3CA 1Y4CA 5HBCA 3EPEA 1UIUA 2RCBA 3DP4A 3SETA 2VOZA 2ZYMA 4QFLA 1LAHE 3TCGA 3I6VA 3BFUA 3MP6A 4NWCA 4IGTA 5ICTA 1PBPA 3VXCA 1UTBA 3RNNA 3JZJA 3IO4A 3UK4A 4ESXA 1L5TA 4JWXA 1JVYA 1B05A 4ONYA 1IXHA 3PPRA 4E0WA 5FTHA 2ZMBA 3EF7A 4JXIA 1A8FA 3KEIA 4POXA 4ESWA 3OMBA 4MH5A 4QFPA 1Y20A 5IAIA 3C35A 3OSRA 3OO6A 5DVIA 3TYHA 3UN6A 1IEJA 3L6GA 4YMBA 3FV2A 3H6WA 2DXYA 3N94A 3KJTA 1B0LA 3E4RA 1SYHA 3FV1A 3ZKKA 5FHNA 3FXQA 3PUVE 1MPCA 2BJJX 1MPDA 3DP8A 4XKPA 1A99A 4IO3A 4PFWA 1BIYA 3C36A 4F18A 4F1VA 1FQFA 2FNCA 1N84A 4X1BA 4NF5A 3M8UA 3SEVA 4E0XA 3LSLA 4NF6B 2PT1A 1T0KA 4I1DA 4QFNA 4H0WA 1FTKA 4G2ZA 4HTGA 4U1ZA 2Q89A 1N3XA 1IXGA 3JYRA 3RPWA 3QYTA 1LGBC 1Y3QA 4OQOA 3TDJA 1RYOA 1SW4A 4F3PA 3O6GA 1URGA 3K1NA 3W15C 2F78A 5JTYA 3MZ1A 4ZEFA 1VSOA 3C9HA 1M5CA 1QUJA 4IO2A 3ZKLA 3IB0A 1B2HA 2F5XA 2VGQA 1UTHA 2W7YA 3O97A 3MVZA 4EUOA 2Z22A 4GD5A 5H8FA 1BTJA 5H8HA 4PFTA 1A8EA 2ZNTA 3VVDA 3ZSFA 3H03A 1EZOA 4XKQA 2D21A 4YB7A 5BUUA 5I2NA 3U8QA 4NF5B 4PFUA 5CBSA 4U21A 2X7PA 1NH8A 2VP1A 2XD2A 3G3FA 4GXAA 3T93B 2REGA 5IKBA 5K2XA 3G3JA 3TFLA 1B3LA 2XX8A 2OK2A 5JTYB 4NF8A 1XC1A 4PETA 2XXHA 4BDQA 2HEUA 4NMYA 3LUYA 3M3KA 4KCCA 1SDXA 1P1WA 1UTHB 2FYIA 1ZU0A 4JBZA 1MY3A 3OO9A 1NMUA 3CFZA 2HCAA 3CR9A 4LVQA 3QAXA 5H8FB 3ZS6A 1M5DA 1S50A 3ODBA 4QSEA 4RA1A 3QXMA 2Y7PA 5A5XA 1MM6A 1NNKA 3N6UA 1P99A 2DE4A 3SDFA 5I2NB 2HZKA 2DQVA 5DT6A 3TTMA 1LFIA 2A5TB 4DXCA 2OWTA 3OEKA 4PQJA 4DXBA 2F7BA 4OESA 4GVOA 1B1HA 2G29A 3QIMA 4FJPA 1B7UA 3KFMA 4IY6A 2UVIA 1NNPA 5HM4B 4EXLA 3U94A 4YAHX 1OLCA 1B5HA 3MUQA 4NF8B 4F19A 1RYXA 1N0TA 4F2OA 4U22A 4IO6A 2X26A 2P1SA 4R74A 2VHAA 1LBCA 1YCJA 2H4IA 3FD3A 1NFTA 4KYSA 4F1YA 3MPKA 1FTJA 1GVCA 1P1QA 3UP9A 3FVGA 2ZXTA 2Z8EA 3H6VA 1US5A 5EYFA 2RF1A 2G93A 4Q8RA 5FTIA 4RJZA 4ECFA 3T9HB 1MH4A 3FGSA 3MVYA 4GF8A 2B3FA 2QRYA 4G4PA 1OVTA 4IO5A 5I59A 1MQHA 2DWJA 2F7CA 1A40A 5JEIA 1N76A 1N04A 1AOVA 2E0SA 2AIXA 5DYHA 2XXXA 3MVWA 2DVZA 3IJXB 3E13X 4H1XA 2I3VA 1VFEA 3T9VA 1H45A 1IUDA 3RTFB 1N7XA 3HV1A 4P0GA 2V3UA 4C0RA 3CSGA 4G68B 4XKNA 4QSCA 3TTRA 5DEXA 3TTKA 1O64A 3CSBA 4ZE8A 4OETA 1FTOA 3K6XA 2WKYA 1GR2A 1ZMGA 4POWA 1LLSA 1FQEA 3KJ7A 4ZS9A 5I59B 2O6AA 2RCAA 4RK2A 2QMWA 3CRBA 4R6HA 4QSDA 1DTZA 1B1XA 4EXKA 4KCDA 4GLIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LOMA 4OFOA 5AA2A 1AIVA 3U65A 3PMWA 4DDDA 4U2RA 3IL1B 3FASA 3OELA 2I3WA 1FTMA 1SBPA 2OZZA 1B3GA 1GGGA 1A7LA 1MY4A 1XI6A 3K1MA 4IB2A 5DEXB 2ZNSA 1MXUA 4U1OA 1MG1A 4IO4A 4F29A 2HAVA 4EF2A 3UGWA 4H5FA 3KBRA 1B0HA 2FHYA 2WYKA 1QKAA 2Y7RA 4PDHA 3R26A 2XD3A 4O7MA 3O29A 2CEYA 3C4MA 3SEUA 3PV0E 1MXVA 3MQ9A 3B6WA 1P1NA 1FBCA 5TP9B 4MNPA 2X7QA 2Y7KA 5AA2B 4THIA 1B51A 1PBQA 3LV0A 4JWYA 3G3IA 5DTBA 2XXYA 1FPEA 1KA1A 3FJGA 4EDPA 4OFJA 1VDWA 1OMPA 3S4UA 4DCYA 1OQHA 4YKKA 2ZYKA 1UQWA 1UIVA 3RY3A 4DZ1A 2ZNUA 1O63A 2F36A 4AS5A 1ZKBA 1MPBA 4LQ5A 4GX4A 5K2YA 4OZ9A 1PEBA 4YB5A 3KSXA 1YXIA 4GIZA 2V84A 1DOTA 2E1SA 4OHNA 2M8CA 2O1MA 4ZECA 4G68C 4N6PA 4R9FA 1MQIA 1FPDA 4H45A 5ESYA 3SESA 4EQ7A 3S9LC 3EHSA 4NF6A 3U93A 1R1NA 1FPJA 2AYSA 3OENA 4FORA 2Y7WA 1JEVA 2DE2A 1RDZA 1SW2A 3SERA 3B6TA 2O69A 1P1OA 2O84X 1KA0A 4N6DA 1MS7A 3PUXE 4I3EA 3SKPA 4FATA 4QFKA 3EQ1A 4GFRA 2IA4A 3RUMA 4QHQA 4PE5B 1FSAA 1BP5A 4QBAA 4JWOA 2ESNA 5EHSA 1IMBA 4PC9A 1IZ1A 2DOJA 1YZ0A 2V4CA 3WAEA 1S7YA 3MVXA 4YZZA 3BIGA 4LZ7A 1IXCA 2DYXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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