1Y20A

Crystal structure of the nr1 ligand-binding core in complex with acpc
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
287
structure length
287
Chain Sequence
RLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanism of Partial Agonist Action at the NR1 Subunit of NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta 1
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 84
structure length 287
sequence length 287
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y20A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y20A02
2DS9A 3G3JA 4RPNA 3EPEA 3SERA 2F5XA 4EXKA 4O3CA 4RYAA 4DXUA 5ELVA 5I57A 2W7YA 3QIMA 3JV9A 3HCQA 3IJXB 1TT1A 4GD5A 5JTYA 3FZVA 4IO2A 4P0GA 4FE8A 3WAFA 2DWHA 2AL4A 3MAMA 3ZKKA 3UP9A 1MM6A 1LFIA 1BTJA 2VP1A 4FORA 1Y1MA 3R26A 3SKPA 1B52A 5ISUA 3UIFA 1AL3A 1SQYA 3FVGA 4H1XA 3K6WA 3MP6A 3K6UA 5H8QB 5KZTA 4GXAA 4U4XA 1QULA 3B6QA 3IX1A 1WVJA 4U2RA 4X1DA 2OWSA 1GTKA 5CRYA 1TFDA 3TTLA 3TELA 4M1VA 2F8DA 4GVOA 4AB5A 5I58B 2O84X 1T0KA 3E3KA 4YMBA 2O1MA 2V25A 1MY3A 1MM7A 2ZMBA 5CMKA 3Q27A 3R6UA 3H06B 3RTWB 4GLIA 3TTRA 1XOCA 4H6DA 2GHAA 2VHAA 1H45A 3RT8A 3W9WA 3QYTA 2O7IA 4ZEBA 1N7WA 4JBZA 1FCKA 4H0WA 3UGWA 1EZPA 1NH7A 1LLSA 3SEUA 1Y4CA 1M5CA 5FTIA 1B9JA 1Y1ZA 4QHQA 4OWDA 1B4HA 3SEVA 1NNKA 3FASA 5ITOA 5I2KA 3FVOA 3OENA 4NWDA 4ESWA 3ILTB 4BDMA 1AOVA 4EQBA 2DE4A 3MPKA 1SYIA 2Y84A 3IJOB 1BP5A 4XKPA 3CVGA 2F36A 2WKYA 4BDOA 3V83A 4X48A 1A99A 3DP4A 2CMOA 3KSJA 4YKKA 3CSBA 2Q88A 4G4PA 1MQJA 5JK4A 5HBCA 5M2VA 3VDFA 3MP1A 3USDA 3P7IA 3PPRA 5I56B 3C4MA 2Z8FA 3QUJA 4OHNA 3C36A 4OESA 1P1QA 2DVCA 1SI0A 4LP2B 3O28A 2F7CA 4MLQA 3KZGA 4RY1A 2XXTA 5ITPA 4F18A 4FEBA 2PT2A 2PYYA 4LZ8A 5I58A 4R6KA 1FW0A 4MLVA 3Q26A 2FYIA 3LSWA 4KD5A 4GWOA 4YB7A 3EQ1A 1NMUA 1B3FA 1R1NA 4RJZA 3GLBA 2HZKA 4EDPA 1OQHA 3OO7A 1R6ZA 1B32A 4ZEDA 1B0LA 3GBAA 1JVXA 2GH9A 5TP9B 1USYE 3OSRA 3LUYA 3N6TA 4G8NA 5AA1A 2KLFA 1NL5A 3CIJA 3MJNA 3MBPA 3SEXA 4XTCQ 3S9NC 4K3FA 1MXVA 3FJMA 2VOZA 4ELPA 3H4ZA 4ZECA 1WDNA 3Q28A 4JWYA 4H8IA 3H03A 1MDQA 2NXOA 1NNPA 1IZ1A 3TEPA 3KJTA 3K1MA 3B6TA 1IXHA 2DXYA 2AYSA 5AE4A 4QFOA 4C1TA 5HM4B 4I62A 1FQAA 3KN3A 4KCCA 5L9OA 4KI0E 2I58A 4OFJA 1DMBA 4YB5A 1I6AA 3GXAA 3VVFA 3A09A 3FIRA 1XT8A 4POXA 3I6VA 2UVGA 1YPNA 4EF2A 1QW0A 3C33A 1EZ9A 3CFLA 1GR2A 3K02A 3QSLA 1EU8A 4XKNA 5J1DA 1HSLA 3PPPA 4OQOA 2OLBA 3H6UA 3DP8A 2I6EA 1H44A 4IGTA 3LBSA 4ZEFA 3FGSA 1MQHA 3FXQA 5AA3A 1B7UA 2E1SA 2REJA 2YJPA 4ND9A 5TP9A 2Z23A 1N0TA 1USYH 1AH5A 1MXYA 1OQGA 2HEUA 2UVJA 2H25A 1RYOA 1JW5A 4Z0IA 3G7WA 3OELA 1ELJA 3MZBA 1A54A 4FECA 4ZS9A 1PDAA 2OWTA 5KDTB 3JYRA 3ONMA 3CRBA 4HCYA 4GOTA 1UIVA 1MQIA 1OMPA 5KCJB 4OFOA 1O7TA 2G29A 2VD3A 4GXSB 4RXLA 3B6WA 4NEDA 3FATA 4BDQA 2PBWA 1LB9A 2G93A 2HXWA 3R7XA 1IIWA 3KG2A 1DSNA 3V8XB 2XX8A 3OEMA 2PT1A 5IKBA 1LGBC 2ZXTA 2UVIA 3FJGA 3IORA 4EQ9A 3CFZA 3N26A 1D4NA 5B7DA 2V93A 1B58A 3OOAA 3RT6B 4QSCA 3U1OA 2OCUA 1ZMGA 3TCFA 2HAVA 2PVUA 1B3EA 2H98A 2O69A 2UYFA 1LCFA 5H8HB 4ECFA 2HAUA 4QF9A 2DSFA 4EUOA 2ZYMA 3M3FA 3RLFE 1XS5A 2XXWA 4KPTA 4WEPA 2GFEA 1YTVA 2D3IA 2QL3A 3QAXA 3TODA 1PB8A 3TDJA 1Y20A 1Y3NA 2RF1A 3O9PA 2I4CA 3A3CA 1FQFA 2B65A 4OERA 2V3TA 4LZ7A 1H3DA 4IY5A 2F78A 1QKBA 1ZU0A 3MC2A 4JWXA 3FXUA 1QJMA 4DXCA 1Y4TA 2FNCA 1A55A 4ONYA 3N6UA 3W9VA 3PUVE 3PU5A 1URSA 4RPOA 3PGFA 3OMBA 4OEUA 3CFXA 4H5GA 3KGCA 3H6VA 3O6IA 2ALUA 1Z7ME 3PPNA 1M5BA 5KDTA 1P1UA 3TAJA 1B3LA 1H76A 2Y7RA 5KCJA 4GF8A 5CMCA 3GZGA 3IO4A 4XXUA 3LSFB 3TTKA 3TKDA 2R71A 3TUSA 1B3HA 3Q29A 2ONSA 3TFLA 2OZZA 3I5OA 5DVFA 3AXFA 4TQUQ 3ZKLA 4ZDMA 1TFAA 4F2OA 3IOVA 4LVQA 4QSEA 2QJEA 4Q8RA 2I48A 4LZ5A 2ZNTA 3MP8A 4Q5TA 5JEIA 1VR5A 5H8HA 4BDLA 2RCAA 1IXCA 4PE5B 4QFPA 4FIMA 2HQ0A 2XHDA 1US5A 1RKMA 4TLLB 3PPOA 4U21A 3B7DA 2O51A 3IB0A 2QS1A 4JSOA 4TLMB 1R9QA 3BFUA 1FTOA 2R6GE 4PFYA 1Y3QA 5DVIA 2H5YA 1IXGA 2XXYA 2DOJA 4GRKA 1HSJA 3KOTA 4PQJA 2QS4A 5L9MA 3PMXA 5BUUA 3TCGA 4GL0A 1BIYA 5AA2D 1OLCA 4XKQA 3VV5A 1JVYA 1GGGA 4YU0A 1P1OA 4N13A 4O3AA 2I49A 3VVEA 1AMFA 3H7MA 2Z8EA 3H6TA 2GRVA 2XXHA 1FQEA 4YKPA 4POWA 3EHUA 5H8QA 3TQWA 1LB8A 4R2BA 3V5AA 3PUXE 5I2NB 4NTLA 3BKIB 3UA8A 1LAGE 4NF6B 1B1XA 1NH8A 4IO3A 3O29A 2ZNSA 4DZ1A 3FV1A 5K2YA 3MZ9A 1VE4A 4MH5A 4N6PA 2R9JA 4ZZEA 1WODA 2XXIA 2ZNUA 3U72A 3CG1A 1A8EA 1B46A 1N76A 3VFJA 1QVSA 1UTHB 3DLNA 1MPBA 1B4ZA 3K6VA 5CM6A 3TPAA 1ANFA 3LSLA 1A40A 4GQOA 2UVHA 4BDNA 4R73A 4OMBA 3QK6A 3U93A 1US4A 4PP0A 4ESXA 2V84A 4R9FA 1ZTYA 2YPNA 3OD7A 4G8HA 4KYEA 4NE4A 4GL8A 2RINA 1FTMA 2HZLA 1LFHA 3KFMA 4R6HA 1B05A 3FD3A 3L6GA 4OEVA 3G3HA 2QMXA 1DTGA 3T96B 2O7UA 3K2DA 3T9HB 4DCYA 4H65A 4ISUA 4YKIA 1LBCA 4U1ZA 1NNTA 3IOTA 2Q8JA 1D3KA 1RYXA 4HCWA 3O6HA 2X7PA 1P1NA 3PMVA 3C32A 3K1PA 3SDFA 4AQ4A 2IA4A 4OYVA 1IQ7A 2XXVA 1URGA 3UORA 3N5LA 2DE2A 1JNFA 1LAXA 5FHMA 4IB2A 1D9VA 1MPDA 3DELB 2UYEA 4IO6A 1MXZA 4PFTA 5I56A 4KQPA 1AIVA 1DTZA 2YLNA 3MUQA 4LUBA 4DLDA 3E4RA 4F1YA 2OJTA 2AL5A 4HTGA 5I2NA 2QS3A 3MWBA 2ONRA 4NF6A 3G3FA 5AA4B 3ILUB 4UACA 1Y9UA 1QUKA 3L6HA 3I3VA 1LBBA 3U8QA 2XD2A 1FTJA 4F39A 5FHOA 3CSGA 2I3VA 3RGYA 4GFRA 3WAEA 4TOZA 2LAOA 3TQLA 1SI1A 4RNSA 3T9UA 1SW4A 2XX7A 1QUIA 2VGQA 3D4CA 1FQBA 4E0WA 2NUVA 1A7LA 4Z7EA 5TPAB 1YCJA 2O1LA 1POY1 4M4GA 2X26A 4E0XA 1S7YA 3S4UA 3S9LC 1JEVA 4NF5B 5EHMA 5JTYB 4AB6A 1M5EA 5AA2B 1S50A 4G68C 3C31A 1MH3A 1DOTA 1IUDA 3RY3A 4FAJA 1B7ZA 1MRPA 4IO5A 4ELRA 3QUFA 4YMAA 2NOOA 2A5TB 3ODBA 2REGA 3M8UA 4R75A 5HPQA 4F1UA 4F29A 5ICQA 2M8CA 3UK4A 1DPPA 1JW1A 2XXRA 5A5XB 5H8NB 1QKAA 4I1DA 1J1NA 3C9HA 4H8JA 2ABHA 2RC9A 4RA1A 2OK2A 3SEWA 3EHTA 4OXVA 2ZYKA 2XD3A 3MW0A 2F7AA 3OEKA 4KCDA 5FTHA 4DXBA 1M5FA 2V3UA 2QRYA 1F9BA 2AIXA 1B7HA 2XXXA 4OVJA 3MVYA 4F3GA 2XX9A 3QXMA 1ZLQA 1TXFA 3CI8A 4IY6A 5AA4A 2HCAA 3CG3A 1I6BA 2Q2CA 4BDRA 5B70A 4QRZA 2Y7KA 4YICA 4F2QA 1SW2A 1OVTA 2F35A 5I2KB 1ATGA 4HW8A 4U4SA 1YAEA 3PD9A 1NNFA 4OZ9A 4N07A 3S2VA 2H99A 2I4BA 4OETA 1MY0A 3LR1A 4XKRA 3W15C 2F34A 3IOWA 3MVWA 1SBPA 1PB7A 3BBRA 3IL1B 4NMYA 3HPIA 3FXRA 1URDA 3T93B 4ELQA 3G3KA 4NF5A 3MZ1A 1CB6A 5AA2A 1B0HA 1H43A 5BWJA 4JSDA 2E0SA 3KN7A 4O3BA 4F19A 5DYHA 3LSXA 3T9XB 3MVXA 4FATA 3TYHA 1JW4A 4IO4A 3S9MC 3C35A 4R9GA 3O6GA 2I3WA 3PPQA 3JZJA 4G68B 1IXIA 4KHZE 2P1SA 5CBSA 2PMSA 2A5TA 1MG1A 5F7VA 3PD8A 4ZEKA 3G3GA 5DVJA 2B3BA 3RNNA 3MQ9A 3VLVA 4F1VA 3IAZA 1GV8A 5LOMA 1B2HA 1QUJA 1PB9A 2VD2A 2XXQA 3KN8A 1B3GA 4G77A 1SW5A 5A5XA 4F3SA 5H8NA 1B5HA 4JB7A 1PBPA 4C1UA 3KSXA 3OSQA 3TTMA 1B40A 1SD3A 2ONKE 1SW1A 1MXUA 5I59B 5H8SA 3IB1A 2BJJX 3SETA 3KOSA 1KWHA 2CZLA 3OO8A 3OXNA 1DPEA 1S9TA 3HO7A 2A5SA 3PUZE 2F6PA 4YKJA 1Q1KA 1GVCA 3MPLA 2RC8A 3RPWA 3U92A 3GBBA 3K01A 3VLUA 4RK2A 2DYXA 2ESNA 1SYHA 1B5IA 1HSEA 1POTA 3IK6B 4F22A 4PETA 1ZIUA 5IAIA 3DP6A 2DWJA 3KEIA 4EF1A 2H9BA 5DEXB 3FVKA 4QFLA 1LSTA 1MQDA 2ZYOA 4IGRA 2NWJA 3D4GA 4EQ7A 3SEYA 3RQTA 1FTKA 1B51A 1M5DA 2PX1A 2V3QA 1MY1A 3IO6A 3RTFB 4MFIA 1LFGA 1MQGA 1P1WA 1MS7A 2XXPA 5CC2A 5EYFA 1UIUA 3VXCA 1FTLA 3FVNA 3G3IA 3FJ7A 3KJ7A 4LA9A 5FHNA 4G2ZA 5L8DA 2THIA 2F7BA 4EXLA 1B6HA 5I84A 1O64A 1XVYA 4LQ2A 2F97A 1Q35A 3T66A 1Z7NE 4G68A 3UN6A 4QFKA 4NF8B 3RUMA 4GIZA 2QPQA 1B1HA 3F11A 3ZSFA 1MPCA 4H67A 3PUYE 1MY4A 3BFTA 2O6AA 3K00A 2RCBA 4FJPA 3VE1B 1ZBMA 3SESA 3IR1A 4JWOA 2XXUA 4ZZAA 5CI5A 4I8CA 2Y7PA 4QFNA 4X1BA 1Y3PA 4PFWA 2GHBA 5L9SA 2UXAA 5I59A 3O2AA 4JDFA 3T9VA 4OTEA 1MH4A 1N04A 2HFBA 4QSDA 4PFUA 4THIA 3CR9A 1OLAA 2DQVA 3HHFA 2DWIA 1VSOA 1XC1A 3E13X 3HV1A 3K0VA 3O66A 2DP8A 4KYDA 1VFEA 2H4IA 4YZZA 3C34A 3TZAA 1P99A 4OFLA 3PV0E 4F3BA 4WXJA 3ZS6A 5CMMA 3H6WA 4U1OA 4XIGQ 2I0CA 1EZOA 3K4UA 4KFQA 3OO9A 4LATA 3IOUA 4NF4B 3K6XA 5DEXA 4DDDA 3IB2A 5CMBA 2P2AA 1LAHE 4ZE8A 1BKAA 1ZKBA 3ECRA 4P11A 3VLWA 3N94A 5H8FB 1N3WA 2Q9TA 1LCTA 1UTBB 3S9EA 2Z8DA 1R9LA 1TWYA 1A8FA 1XHYA 5EHSA 4DE8A 1CE2A 2NVUB 4ELOA 4OENA 2D5WA 2D21A 4H5FA 4UA8A 3KBRA 3O97A 2B3FA 3E9XA 3TCHA 3RN8A 1ZJLA 3FUZA 3FV2A 2ANJA 4NF8A 4G8MA 4FEDA 3HHGA 2DXRA 4LQ5A 1PBQA 4U22A 4U23A 1BLFA 4Q30B 4P0IA 3TMGA 4R2FA 5DTBA 1IITA 4DIGA 3EN3A 1EH3A 1UTHA 1PC3A 2I0BA 1N7XA 1JEUA 2RKMA 3V89B 5TU0A 1N3XA 4HS7A 3LC8A 2O68A 5I57B 2QSXA 5DT6A 4MBPA 4L17A 3TTNA 4C0RA 2FA7A 3THIA 3VVDA 2F6GA 4R6YA 4R72A 1NKXA 2Y7WA 4LONB 3EF7A 4ZEIA 1LAFE 4JXIA 1FQCA 1UQWA 2Q89A 4YAHX 1MXWA 1O63A 2ZYNA 4KR5A 1MY2A 4WKMA 1I69A 1VFDA 2RC7A 3A3UA 5F1QA 4RK9A 4F3PA 4F31B 1MXXA 4NF4A 2DWAA 3M3KA 5K2XA 3MVZA 4IO7A 3DM0A 1OIBA 4ZE9A 1MDP1 3Q25A 4KYSA 1I6QA 4NWCA 1II5A 4R74A 2IEEA 3PMWA 4DCXA 1NFTA 5H8FA 1B5JA 4MF3A 2QS2A 1UTBA 4BLAA 1SVXB 4X9TA 3K1NA 2X7QA 1N84A 3T22A 3U94A 3VXBA 1JETA 3M3LA 1SDXA 4I9DA 2Q2AA 1D9YA 4WEDA 4Q0CA 3PUWE 2DE3A 1OVBA 1IEJA 1FQDA 3HN0A 2Z22A 3H3GA 2DVZA 5CBRA 2Y7IA 3EHSA 1XVXA 2OBGA 1L5TA 4YB6A 1PEBA 2QMWA 1JQFA 3HSTA 2P0SA 5TPAA 3OO6A 5ICTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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