1Y20A

Crystal structure of the nr1 ligand-binding core in complex with acpc
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
287
structure length
287
Chain Sequence
RLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanism of Partial Agonist Action at the NR1 Subunit of NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta 1
total genus 84
structure length 287
sequence length 287
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y20A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y20A02
4O3BA 3T96B 3G3KA 1Z7ME 3G7WA 1Y3PA 2O68A 3RPWA 1XVYA 3UA8A 1Y20A 4N07A 3A09A 1B5HA 5CBSA 1AL3A 3IR1A 1VSOA 2REJA 3OEMA 2AIXA 4EDPA 3RQTA 2REGA 3K1NA 2RCBA 1N7WA 3L6GA 3OELA 3G3HA 3H6VA 1JETA 1LB8A 3W15C 3ZS6A 5BUUA 3CFZA 2UVJA 4GIZA 2DVZA 1D4NA 3MP6A 2DE3A 3PMWA 5H8HA 1OVBA 3MZ1A 2O1MA 4GL8A 1QULA 2DE4A 2Z22A 3IX1A 4KI0E 2I0CA 3UGWA 4RPNA 1B6HA 5KCJA 4QF9A 1OQGA 4YKJA 1OQHA 2V3QA 4IGTA 4PETA 3CG3A 5H8NA 3JV9A 4G4PA 1Y3NA 1PBQA 2IEEA 2ALUA 4PFYA 2F97A 3EQ1A 3TQLA 4KPTA 1RKMA 1ZJLA 2PVUA 4RYAA 4F18A 1MDQA 1B40A 1MG1A 4KFQA 1XT8A 3B6TA 3PD9A 1WVJA 3CSGA 4FATA 1H43A 1O64A 1TXFA 3FVKA 3QAXA 2ZNSA 4ZDMA 1MS7A 2B3BA 3D4GA 2H98A 1AH5A 3W9WA 4RK2A 2NXOA 1P1WA 4Q30B 4PQJA 1MQGA 2I3WA 3CIJA 3TPAA 2XX8A 5H8SA 1VR5A 2UVHA 4ZEKA 3QUJA 4RNSA 2QS2A 5I57A 3S4UA 4PFTA 2DSFA 4XXUA 2I3VA 1L5TA 4NF6A 3TCGA 4BDLA 1NNPA 4H5GA 2DE2A 4FIMA 2XD2A 2ESNA 2X7PA 2F78A 3EHTA 2E1SA 4DCXA 1HSEA 4NEDA 4ELRA 3K0VA 1IITA 4QFNA 3PPPA 2ZNTA 3IL1B 3EF7A 5L9SA 1YCJA 1XVXA 4JB7A 4LUBA 3O97A 3N6UA 1HSLA 1JEVA 3M8UA 2DS9A 1H45A 4ISUA 2ANJA 1PEBA 1UTBA 4P0IA 2Z23A 4OESA 2I48A 2A5SA 2F8DA 4N13A 4OYVA 3H6UA 1MH3A 1MY1A 2RC9A 4WEPA 1P1NA 3TAJA 4OETA 5L8DA 3KN7A 3KN3A 3O28A 2F6GA 2ZYKA 2WKYA 3DP4A 4ZZEA 3MWBA 1FQBA 1N76A 1B0HA 5FTIA 1SDXA 3VDFA 3KN8A 3A3UA 3PPNA 1IXHA 4ESWA 4DXUA 3VLWA 2M8CA 3PPQA 2FA7A 2V93A 4GXAA 2DVCA 4DXBA 2YLNA 2Q2CA 3RT8A 1P1OA 5DVIA 3RN8A 4DCYA 1M5EA 4H65A 3S9MC 3THIA 3FV2A 1MM6A 3TQWA 2DWJA 2QSXA 1B4HA 2RINA 1ELJA 2OK2A 2Y7WA 1B5JA 1AOVA 2VOZA 3LBSA 2F35A 4OTEA 3CFXA 2ABHA 3G3JA 3OD7A 1HSJA 1II5A 4GLIA 4R73A 3MVZA 5AA4B 1S50A 3C9HA 3OXNA 1FQEA 4TLLB 3TELA 5ITOA 1SD3A 1B46A 4LZ5A 2Y7IA 3HN0A 4QSCA 4F39A 1D9YA 2A5TB 3H6TA 1B05A 4F22A 3EHUA 5A5XB 1MQHA 3CI8A 3K1PA 5FTHA 1PBPA 4LP2B 1M5FA 4NWCA 1PB7A 2NOOA 2E0SA 3WAEA 5CI5A 3IORA 1QUJA 3FATA 2NVUB 2CZLA 5CMMA 1US5A 3IOTA 5DT6A 4XKRA 4JSOA 5FHNA 1R1NA 3C4MA 3R26A 1A40A 2QPQA 2H5YA 1BTJA 2GFEA 3TTLA 3MPKA 1LFIA 4PE5B 3IB0A 1B3HA 3DP8A 2W7YA 1XC1A 3RY3A 1TFDA 1US4A 1B3GA 3GZGA 5M2VA 4DLDA 3FIRA 4IO4A 3QYTA 3FV1A 2O7IA 1A8FA 3M3LA 1MXVA 3K2DA 4MBPA 3OO9A 1NKXA 1URGA 4RY1A 5HBCA 5DEXB 1LLSA 3SDFA 2B65A 1FTJA 4LONB 3IK6B 1NNKA 4OMBA 2XXVA 3CVGA 3MZ9A 2UYEA 4RPOA 4RJZA 3P7IA 1MQIA 4FAJA 2DP8A 3N26A 3PUXE 4NF4A 3C35A 3VLUA 4GWOA 1M5BA 3U8QA 3OO6A 1LBBA 1WODA 4OVJA 2OLBA 1SBPA 4R2FA 1NFTA 2QMXA 2HCAA 1DOTA 1IXCA 3WAFA 3UIFA 4M4GA 4X48A 5KZTA 1P1QA 3C33A 4U1ZA 3OSQA 2PMSA 4WKMA 3RGYA 5K2YA 4AB5A 1TFAA 1SW4A 1M5DA 1RYOA 3ONMA 1TT1A 2Z8DA 1R6ZA 1VFEA 4DIGA 3FZVA 2PX1A 1H44A 1XHYA 3EN3A 2DWIA 2XXHA 1B4ZA 3GLBA 4XKPA 3VXBA 1B5IA 2RCAA 1MQJA 4ZZAA 1B2HA 4G68C 3R7XA 2GHBA 2QRYA 1JVYA 4L17A 2Y7RA 2VD3A 5I56B 4I8CA 5F7VA 4IO2A 3Q28A 3FUZA 4BDRA 4GQOA 4KYEA 4JDFA 2XX7A 4OENA 5ITPA 5ISUA 2V25A 2ZYNA 3HO7A 4FECA 2HAUA 4GRKA 4MFIA 5TPAB 3MQ9A 3ILTB 3D4CA 1SW5A 2VP1A 3Q27A 2HAVA 3TMGA 4U21A 2O51A 4NF5A 1MQDA 3H6WA 3U1OA 2QL3A 4JWYA 4NWDA 1JQFA 4F3SA 1BIYA 1UIUA 2V3TA 1B7UA 2ZXTA 5H8QB 3PMXA 4N6PA 4EF1A 1PDAA 1SW1A 2ZYMA 2Q9TA 4QRZA 3H4ZA 2R9JA 3RLFE 3K6XA 2VHAA 4G8NA 1LAGE 3Q29A 1SQYA 3IAZA 4ZECA 5JTYB 2X26A 2PT2A 2DQVA 1NNTA 5KDTB 1UTHA 4KYDA 1CB6A 3KOSA 1FTMA 4HTGA 5AA2B 1BKAA 5I58B 1IQ7A 4FORA 3UORA 4OFOA 1XS5A 1A8EA 5AA3A 3QSLA 1O63A 4R6YA 4U23A 3VLVA 1LAFE 1PB9A 2Q88A 1B7ZA 1FQCA 5DVJA 3OSRA 1QVSA 4TLMB 1EZOA 3U94A 1YTVA 4F19A 3LSFB 3N6TA 3KSXA 2XXRA 3OO7A 3ZSFA 3GXAA 2OWTA 2ZNUA 1B51A 4F1YA 4DE8A 4YICA 3TYHA 5EYFA 5HPQA 2YJPA 3B7DA 2OCUA 2FNCA 4NF8B 3LSLA 4TQUQ 3B6WA 4E0WA 2XX9A 4KCCA 4P0GA 1OLCA 3T93B 1R9QA 3SEXA 3G3FA 1DTGA 3UN6A 1H76A 3LC8A 1FTOA 2OJTA 3MW0A 1D9VA 3RT6B 3TCHA 4EQBA 2Y7PA 3M3FA 5L9OA 1S9TA 2Y7KA 3MVXA 1FCKA 5TP9B 3SEYA 4JSDA 5B70A 3FVGA 4QFKA 1MRPA 2O1LA 4KHZE 2UVGA 4R9FA 1ZMGA 1B52A 4GL0A 2DXYA 1IXGA 2OZZA 2HZKA 3VV5A 4ND9A 1PB8A 4BLAA 1IZ1A 1Q1KA 1MH4A 1VE4A 3K1MA 3ILUB 3CRBA 1JW5A 3E3KA 2O69A 1NNFA 5DTBA 3K01A 4OFLA 1N3WA 1S7YA 3K02A 1NMUA 3C32A 3BFTA 4U4SA 1BP5A 5CM6A 4LZ7A 4LATA 5H8FB 3HHGA 3JYRA 3BBRA 1D3KA 5I59B 3H03A 3H7MA 1A7LA 1B3FA 3MUQA 4HW8A 1Z7NE 4FEDA 4U22A 3ZKKA 4F2OA 5I2NB 4ELQA 2THIA 3RNNA 1UQWA 1MPDA 4YKIA 4ELOA 3PUYE 4X9TA 3VE1B 3T9HB 5DYHA 4H5FA 5H8QA 2Q8JA 2V3UA 3GBAA 5H8HB 4OWDA 3W9VA 1ZLQA 3CSBA 4IB2A 2GHAA 1AMFA 4F31B 3VVEA 1Y4CA 1GVCA 3O66A 4C1TA 1USYH 4QFOA 3BKIB 5KCJB 4HCYA 4GXSB 1MY4A 3T9VA 4KYSA 4K3FA 4F1UA 2HXWA 5CMCA 1DSNA 4KCDA 5IKBA 3OMBA 2UYFA 5I58A 1XOCA 3G3GA 3H3GA 4WXJA 4ZEDA 4R6HA 4F2QA 1P99A 3PUWE 3HPIA 3VFJA 1MY3A 1SI0A 4G68B 4FE8A 3K6VA 1FTKA 4ZEBA 1UIVA 1SYIA 4GD5A 3HCQA 3SETA 4R75A 4BDNA 2DOJA 1I69A 2OWSA 1DPEA 3OENA 4Z7EA 1MDP1 4ZEFA 3IO6A 2XXYA 1B3EA 4X1BA 1LFGA 3LUYA 1CE2A 2H4IA 5I84A 4R9GA 3QK6A 4OZ9A 1URDA 5CRYA 2B3FA 2XXPA 1N84A 5EHMA 3QXMA 3O2AA 1B7HA 1MPBA 3DLNA 1FQDA 3IJOB 5I57B 3KG2A 1OIBA 2I6EA 3CR9A 4NF6B 3C36A 5JK4A 1EZPA 1DPPA 2R71A 3KJTA 3PGFA 2PT1A 3M3KA 1LBCA 3IOUA 4X1DA 4QFLA 1O7TA 1JW1A 1N04A 3FXUA 4BDQA 3PUVE 1P1UA 3DELB 3V5AA 1T0KA 3IB2A 1N3XA 2XXIA 3KJ7A 5I2KB 2Y84A 2Z8FA 4IO5A 2QS4A 4JBZA 4JXIA 1MY0A 2ZMBA 2F6PA 3PU5A 1MXXA 3ZKLA 5IAIA 4R72A 1QKAA 2XXWA 3U72A 1MXZA 2D3IA 1SVXB 2F5XA 4OXVA 3R6UA 1UTBB 3ECRA 4XIGQ 4EXKA 2I49A 4OERA 3IOVA 4OEUA 4I9DA 4H0WA 4LA9A 4EF2A 4G8HA 3RUMA 1JEUA 4BDMA 5FHMA 1B9JA 3KZGA 3SEVA 3QIMA 2D21A 2RC8A 3HSTA 5AA4A 1WDNA 5FHOA 2I4CA 4G77A 4Q8RA 4F3GA 2DXRA 4M1VA 1Y1MA 4R6KA 5H8FA 4C0RA 2QS1A 2O6AA 3MVWA 5I59A 1ZBMA 3E9XA 3O29A 4EXLA 3K6WA 4ONYA 2BJJX 2XXQA 3FVNA 4PFWA 1N0TA 2A5TA 1GTKA 1QJMA 2UXAA 5AA1A 5I2NA 1FQAA 4MF3A 2F34A 4YU0A 3DP6A 4POWA 4NE4A 1LAXA 3HHFA 5L9MA 5A5XA 1LFHA 2QMWA 3FXQA 4OFJA 1USYE 3N94A 2P2AA 3PD8A 1DTZA 5JEIA 2YPNA 3CG1A 2RF1A 1VFDA 3IB1A 5LOMA 1BLFA 4P11A 2Q2AA 4UACA 2PYYA 2LAOA 2O84X 1I6AA 2OBGA 3TTNA 4GOTA 4YMAA 1EU8A 2O7UA 1QKBA 3G3IA 3ODBA 1GGGA 4IGRA 4KQPA 5DVFA 3SEWA 4LQ2A 4IO3A 3HV1A 2DWHA 3N5LA 4G68A 3OOAA 4XKNA 1Y4TA 5TU0A 1I6QA 2VD2A 2NWJA 3V89B 1ZIUA 4IY6A 1EZ9A 1Y3QA 2Q89A 4DXCA 1F9BA 5DEXA 5ELVA 1B1HA 1DMBA 2P0SA 1ZTYA 4IO7A 3U92A 1A99A 4GFRA 1GV8A 2NUVA 5K2XA 1H3DA 3S9NC 2H25A 2AL4A 3SEUA 4R74A 2DWAA 4U2RA 4G2ZA 4YKPA 1B1XA 4IY5A 3O9PA 3TFLA 4ZEIA 3UP9A 2RKMA 1TWYA 1MXYA 3RTFB 4MLVA 4DZ1A 1MPCA 4PFUA 3TZAA 5AA2D 3U93A 4YB6A 1IIWA 3L6HA 3S9EA 2XXUA 1Q35A 3KFMA 1GR2A 3S9LC 3FXRA 3MPLA 4UA8A 2G93A 3S2VA 5I2KA 4YB7A 4F3PA 4H67A 3MP8A 1OMPA 4TOZA 4ESXA 2G29A 5ICQA 3VXCA 2H9BA 2ONRA 3FASA 4QHQA 2F7AA 1NH8A 5AE4A 3TDJA 4YMBA 4Q5TA 4HS7A 4F29A 4NF4B 4RK9A 3DM0A 4JWOA 3H06B 5CMKA 3K4UA 3TUSA 1A54A 3TKDA 1IXIA 4LQ5A 4LVQA 2QJEA 3KGCA 1FQFA 1IUDA 2ONSA 2F7CA 1J1NA 1MXWA 1B32A 4XKQA 1OVTA 5F1QA 2HQ0A 3FJGA 4EQ7A 5J1DA 3V8XB 2Z8EA 1POY1 5I56A 4H6DA 1NH7A 4F1VA 2ZYOA 4YZZA 4ZE9A 3K6UA 3I5OA 3E4RA 1MM7A 4Z0IA 2IA4A 3LR1A 2KLFA 3O6GA 4RXLA 4OQOA 4DDDA 3O6HA 3PUZE 2I0BA 5TPAA 2GH9A 4XTCQ 1LCTA 4F3BA 2R6GE 3FVOA 2DYXA 4YKKA 5EHSA 1M5CA 4I1DA 1FW0A 4LZ8A 3MAMA 1IEJA 3PMVA 2GRVA 1ZU0A 3F11A 2I58A 1LAHE 2UVIA 3FJ7A 4QFPA 1JW4A 2ONKE 1YAEA 3LSWA 5B7DA 4PP0A 5CBRA 4RA1A 3E13X 3PPOA 2F7BA 1ATGA 3K00A 3FJMA 4EUOA 3IO4A 1PC3A 4GF8A 3O6IA 1LCFA 1QW0A 3KBRA 1A55A 2AYSA 3V83A 1AIVA 3MZBA 5JTYA 2XD3A 3VVFA 3MP1A 4QSDA 4U1OA 4NF5B 5KDTA 4C1UA 5H8NB 3LSXA 4IO6A 2XHDA 4U4XA 3MJNA 1LB9A 3KOTA 3IJXB 5AA2A 3QUFA 4MLQA 4FJPA 3AXFA 3Q25A 3MC2A 1B0LA 2QS3A 1B3LA 4BDOA 4H8IA 1MY2A 4I62A 2CMOA 4ZS9A 3CFLA 1N7XA 4R2BA 1QUIA 3T9XB 4MH5A 3TCFA 1KWHA 4NMYA 4WEDA 1Y1ZA 1R9LA 2PBWA 4QSEA 4KD5A 3T66A 2HZLA 1NL5A 2HFBA 3TTRA 4GVOA 5CMBA 3MVYA 3SERA 3OO8A 1UTHB 1YPNA 3I6VA 3EHSA 3EPEA 4THIA 3IOWA 3FD3A 4H1XA 4FEBA 4ZE8A 3TTMA 4NF8A 4OEVA 3T9UA 1SW2A 5ICTA 3KEIA 2RC7A 2X7QA 2XXXA 4AB6A 1SI1A 3RTWB 2V84A 1URSA 4YB5A 3C31A 3GBBA 4AQ4A 1ANFA 2AL5A 3PPRA 5HM4B 1LGBC 1Y9UA 3Q26A 1QUKA 3JZJA 3FGSA 4O3AA 4G8MA 4O3CA 1JVXA 1MXUA 5BWJA 4HCWA 3B6QA 3T22A 1POTA 1LSTA 2HEUA 5TP9A 1RYXA 2VGQA 3I3VA 3USDA 1EH3A 3TTKA 1I6BA 3C34A 4Q0CA 5CC2A 2D5WA 2P1SA 4H8JA 4NTLA 4ECFA 4JWXA 1ZKBA 2FYIA 3A3CA 3TODA 1SYHA 1B58A 4KR5A 4OHNA 3MBPA 3PV0E 1JNFA 3BFUA 3TEPA 1OLAA 3KSJA 3UK4A 3SESA 2H99A 3OEKA 1FTLA 3VVDA 2XXTA 4POXA 2I4BA 3SKPA 4ELPA 2F36A 4E0XA 4YAHX 4EQ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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