1Y3NA

Structure of algq1, alginate-binding protein, complexed with an alginate disaccharide
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Direct Evidence for Sphingomonas sp. A1 Periplasmic Proteins as Macromolecule-Binding Proteins Associated with the ABC Transporter: Molecular Insights into Alginate Transport in the Periplasm(,)
pubmed doi rcsb
molecule keywords AlgQ1
molecule tags Sugar binding protein
source organism Sphingomonas sp.
total genus 172
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3nA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3nA02
2XXQA 4BDLA 4JWXA 3KFMA 2V3TA 1SW4A 1Q1KA 1JEUA 5DVFA 1LFGA 4ZEIA 4H65A 2F6PA 4IY5A 5EHSA 1SI1A 4XTCQ 4F1UA 1DPPA 5L9OA 1MXVA 2QS2A 4OESA 2V3UA 4G8MA 1EH3A 2F78A 2XD3A 1M5CA 3C34A 3DM0A 1B3HA 5FHNA 4OQOA 5H8FA 3HHFA 2NUVA 2VD2A 1R1NA 1IXHA 3RPWA 2DP8A 2REJA 4F2QA 3PMWA 3TTMA 4KQPA 2AL4A 1LFIA 4NF8B 4YU0A 3QYTA 2UYFA 1N7WA 2B3FA 3IO6A 4E0XA 4BLAA 1P1QA 4HTGA 4TLLB 4JXIA 3CIJA 3KN3A 3VFJA 4GWOA 5CMKA 2F7AA 5ELVA 1UTBA 2ZYNA 4H0WA 4I9DA 4OFJA 3H4ZA 1Y4CA 4E0WA 4ONYA 4OTEA 3MAMA 2RF1A 4F3PA 5H8SA 3RY3A 1MPBA 3P7IA 2D5WA 4LZ5A 2UVGA 1LB8A 4U1OA 4LZ8A 1I69A 2V25A 1B9JA 1N3WA 4R6HA 1MY2A 4IB2A 3K6WA 1A40A 3G3HA 5CI5A 4XKQA 1IZ1A 1N3XA 4JDFA 1ZMGA 1UTHB 2G93A 4IO7A 1S50A 3FASA 2HEUA 3T9HB 2RCAA 1QUIA 4G2ZA 2G29A 5B7DA 3FJMA 1LBCA 2UVHA 1B3LA 4FECA 1LBBA 4EQ7A 5CMMA 4BDOA 3OSRA 4BDQA 4LUBA 1CE2A 2XXWA 5IKBA 4IY6A 5H8QB 4LA9A 1ATGA 4GD5A 2A5SA 2Q89A 4ELOA 3C35A 3R6UA 2DWHA 4ZEKA 1XVXA 4PFWA 4QSCA 4I1DA 3FIRA 3O6GA 4PFUA 5M2VA 5ISUA 4GIZA 2XXVA 4Q8RA 3FATA 5CMBA 1OVTA 4GRKA 4HCYA 4MH5A 1VSOA 4RNSA 2QJEA 4ZZAA 5KCJA 1MY3A 2H25A 4GL8A 3JZJA 1SW1A 4NWDA 3IOWA 4LZ7A 2DVCA 3FXQA 5ICQA 4F19A 4P11A 3I5OA 3ILUB 3U1OA 2OK2A 3N94A 1IIWA 5BWJA 1LB9A 4ND9A 1N7XA 1H43A 3PUYE 3K00A 4POWA 1Y4TA 4NWCA 3IJOB 4XIGQ 5H8FB 3VVEA 4IO4A 3FZVA 2D21A 4LATA 1LLSA 2FYIA 3MPLA 3FVGA 3B6WA 3SEYA 3I6VA 4RA1A 2THIA 1N04A 3V83A 3VXCA 3G3FA 1FQEA 3HN0A 2PMSA 4I62A 4OWDA 1B0LA 1OVBA 2QPQA 4NF4A 4IO2A 4C0RA 3TYHA 1MM6A 1JVXA 2XX7A 4MLVA 3S2VA 3UK4A 2F36A 2I3VA 3CSBA 3LSXA 2E1SA 1UTBB 5EYFA 1S9TA 4WEDA 3R26A 4ZDMA 2DSFA 1D4NA 3TTRA 4DZ1A 3ILTB 4H67A 3JV9A 5DEXB 4MBPA 3MW0A 3M3LA 4F29A 4KI0E 2V3QA 2ZMBA 1WVJA 1LAGE 1AIVA 4BDNA 4U21A 3WAFA 2DWJA 2IEEA 1OQGA 3H6VA 2XXUA 1GTKA 2F6GA 1FW0A 5I58A 4U4XA 3T9XB 1MM7A 4OMBA 3EQ1A 3EF7A 3IOTA 1LAHE 3KOTA 2Y7WA 3IOVA 4YKIA 1MY0A 4Q0CA 1B32A 2B65A 5TPAA 1R9QA 3IB0A 4FIMA 3DLNA 3K1NA 3O2AA 2R71A 2R9JA 1SI0A 4ZE9A 5L8DA 1MPCA 3C32A 1URGA 1L5TA 3CI8A 3ZSFA 4X9TA 2XXTA 3IB1A 3FJGA 1NMUA 4R73A 1MPDA 3U92A 3BKIB 1VFDA 1MDP1 3TZAA 1BIYA 1SQYA 3GLBA 4N07A 3MJNA 4ZS9A 4YMBA 3S9MC 2Q2AA 4QHQA 1ZU0A 3ZKLA 4NF5A 1SYHA 4GFRA 4RPNA 3H6UA 4ESWA 4F1YA 2PT1A 1MQGA 4HCWA 1POY1 4OVJA 3T96B 2Y7KA 4QSEA 2NXOA 3CSGA 1NFTA 4LVQA 1Y9UA 1N84A 5KCJB 2O68A 1B2HA 4XKNA 3FV2A 5I59A 1Y20A 1O7TA 4EQBA 1VR5A 5AA4A 3S9EA 4KYEA 1GR2A 2RKMA 3KSJA 2O7IA 4R75A 1MQHA 4EDPA 1WDNA 3O66A 4DE8A 5I2NA 3VLUA 4QFKA 3EHSA 2DE4A 4WKMA 1MXXA 3T9VA 1B3FA 1DSNA 3ONMA 3TODA 5DYHA 4U22A 1MY4A 5LOMA 1PDAA 2HQ0A 2ONSA 3KJ7A 1P1WA 3TQWA 5K2XA 3PPOA 2I4CA 3PMVA 3K02A 3V5AA 3RQTA 4I8CA 5H8QA 1I6QA 3H3GA 4H5FA 2P0SA 4JWYA 2HZLA 1NKXA 1A54A 2PT2A 2H99A 1MXZA 4UA8A 4XKPA 1B58A 4P0GA 2AYSA 4NTLA 3TFLA 4MFIA 1DTGA 3MWBA 3RLFE 4JB7A 3K01A 4OENA 4FATA 1BP5A 5IAIA 3H03A 4OXVA 3I3VA 5ITPA 2Q9TA 2ZYMA 4OHNA 2Y84A 4R9FA 3G7WA 3RN8A 1B4ZA 1A55A 3TEPA 4NE4A 5I58B 1Y1MA 4M1VA 2XD2A 2AIXA 1B1XA 4X1DA 3OO8A 1I6BA 3MP6A 1JW5A 2FA7A 2I48A 3UORA 3C33A 3KJTA 1B51A 2DYXA 2OCUA 5TPAB 1MS7A 4FAJA 3O9PA 3TTLA 1IEJA 4H1XA 3TDJA 4EUOA 4KFQA 1KWHA 3FXUA 1MDQA 3E9XA 1D9YA 1RYOA 5AE4A 4G68A 3HHGA 1HSEA 4LQ5A 4R9GA 1DPEA 2Z8FA 2YPNA 3DP4A 3HO7A 2H9BA 2LAOA 3SKPA 4ESXA 4NF5B 2F7CA 3MQ9A 3PUZE 1NNKA 1ZJLA 3T66A 5DEXA 1H76A 3BFUA 3K6XA 3LBSA 3TTNA 1NNFA 1QJMA 2QMWA 3B6TA 2GRVA 3Q27A 3IORA 4GF8A 5I59B 1FTOA 4GOTA 1EZOA 5AA4B 3O97A 1PB9A 3N6TA 2ZNSA 5HM4B 3W9VA 2Q2CA 1FTMA 5I2NB 1MXUA 5AA2B 2P2AA 1B5HA 1JNFA 4G8HA 3Q29A 1UIVA 5A5XB 2HFBA 2PBWA 4DLDA 3IR1A 1DMBA 4GXSB 4GLIA 1GGGA 3TKDA 1ZTYA 2OZZA 4DDDA 3MVZA 2VOZA 1ZLQA 2QL3A 3S4UA 4IGTA 1JW1A 1NL5A 2ZNUA 4O3AA 5ITOA 1BTJA 3U72A 1YTVA 1JETA 2NOOA 1FQBA 3MVYA 2QSXA 1B4HA 1UQWA 2FNCA 3RNNA 2I0CA 1FTKA 3Q28A 3KG2A 3VVFA 5DVJA 3QAXA 4RK2A 2I3WA 3OO7A 4ZZEA 1PBPA 1Z7ME 4UACA 4KCCA 2VP1A 2XXYA 1O64A 4ZE8A 3VE1B 1USYH 5CC2A 4QSDA 1OQHA 5AA2D 1TXFA 2M8CA 1P1OA 1D9VA 4H8IA 5JTYA 1B1HA 4RYAA 2Y7RA 3M3KA 4AB5A 1AOVA 4PETA 1F9BA 3K1MA 1R9LA 1LGBC 3FXRA 2UXAA 4R6YA 2ZYKA 4ELRA 2ZXTA 3EN3A 2QS1A 4F2OA 1IUDA 4OFLA 1IXCA 2X7QA 3E3KA 2Q88A 3RUMA 1FTLA 5HPQA 4Q30B 3CFZA 4YMAA 3OO6A 3SETA 4G68B 2R6GE 3KSXA 3USDA 1LSTA 2IA4A 2DE3A 2F97A 3VLWA 1WODA 1JQFA 3TQLA 4R2BA 4YICA 4KHZE 4F31B 3L6GA 1IXGA 1YAEA 3G3GA 1NH7A 2QS3A 4DXBA 4TQUQ 3Q26A 3K6UA 5F1QA 2V84A 2I6EA 5DTBA 5I2KA 1ELJA 5HBCA 4Q5TA 3E4RA 5DT6A 4G68C 1LFHA 2ONKE 1VFEA 3UA8A 3C31A 1M5BA 3UIFA 5CRYA 5I57A 4GVOA 1B05A 3FV1A 4X48A 1N76A 5H8NA 1P1UA 2Q8JA 1D3KA 3A09A 4N13A 4KD5A 3MP8A 1YPNA 4H6DA 3JYRA 1MQIA 1B7UA 2Z8EA 3LUYA 3O28A 3OXNA 1XS5A 3PGFA 4GL0A 4IO6A 1M5DA 5J1DA 1MRPA 4FJPA 3PD8A 1MG1A 2DQVA 2I49A 1URSA 3UP9A 2PVUA 2Y7IA 3SEXA 3RT6B 4QF9A 3PD9A 2X26A 2O84X 3B7DA 4OERA 1B7ZA 5I56A 3K6VA 4P0IA 5B70A 1B0HA 4Z0IA 3FJ7A 1TT1A 4H8JA 2O51A 4XKRA 4N6PA 4U1ZA 1B3GA 1VE4A 1MXWA 3IOUA 3HCQA 4RK9A 1RKMA 4THIA 3V89B 3SDFA 1Y3QA 4KYSA 3PMXA 3MZBA 3A3CA 1OMPA 3SEUA 3OENA 5I84A 3KZGA 3CR9A 1AMFA 3RTFB 1IITA 1JEVA 5KZTA 1XC1A 1MXYA 2RCBA 4F39A 3FVOA 4YZZA 3MZ9A 5H8HA 4LONB 5JTYB 1PB7A 3ZS6A 4RPOA 4R2FA 5AA3A 2OWTA 5AA2A 4K3FA 4EXLA 2VGQA 4ZEFA 1Q35A 3DELB 3U8QA 5A5XA 5TU0A 4L17A 2Z23A 1BLFA 3H7MA 4TLMB 1YCJA 4YB6A 3QUFA 1A7LA 1AL3A 2I58A 3LR1A 3K4UA 4WXJA 4FORA 1EZ9A 1FQAA 4FEBA 3PPQA 3W9WA 4ZEBA 3SESA 3GZGA 2DWAA 3MVXA 4O3BA 2DXYA 3LC8A 4NEDA 3OEKA 4KCDA 4NF6A 3IX1A 4OYVA 1O63A 4YB5A 3D4CA 3OMBA 5EHMA 5K2YA 2UVIA 2RINA 4ELPA 4F1VA 2DE2A 3BFTA 3DP6A 2RC8A 2O1MA 3TUSA 4XXUA 3CFLA 3R7XA 4QRZA 2GH9A 3VDFA 3RGYA 1NNTA 1US5A 5FHMA 3TAJA 3GBBA 5I2KB 3CFXA 3VXBA 3FD3A 3SERA 5F7VA 3N6UA 5TP9A 1XHYA 1J1NA 2DVZA 5I57B 4EXKA 3EHTA 2RC9A 5H8NB 4YKJA 4DCYA 2X7PA 1QW0A 4ELQA 1PC3A 4OFOA 2GHAA 3KN7A 2XXIA 4C1TA 2D3IA 1USYE 3PPNA 3D4GA 3FGSA 3K2DA 3H06B 1BKAA 1MH3A 1H45A 4DXUA 4G8NA 3HPIA 3LSLA 3IAZA 3LSWA 1US4A 3O6IA 1MH4A 2QRYA 3IK6B 3WAEA 5CBSA 3KEIA 2OWSA 2PYYA 4U2RA 3PU5A 4IGRA 1B40A 2ONRA 5I56B 3C4MA 2WKYA 4R74A 3FVKA 4PE5B 3G3JA 4JSOA 5BUUA 3MBPA 2V93A 1N0TA 1XVYA 1FQDA 1M5EA 1RYXA 2VHAA 1CB6A 3HV1A 5CBRA 4MLQA 3IL1B 3MPKA 3TCHA 3U93A 3SEWA 1JVYA 1A8EA 4F22A 4RY1A 4EQ9A 2O1LA 3VVDA 3PPRA 4WEPA 3U94A 4ZECA 1Y1ZA 2ALUA 2I0BA 2BJJX 5H8HB 4GXAA 2H4IA 3SEVA 2GFEA 3ECRA 3VV5A 4TOZA 3OOAA 3K0VA 2CMOA 4C1UA 1AH5A 1QKAA 4AB6A 2NWJA 1SW5A 4ECFA 3V8XB 2B3BA 1QUJA 1LCFA 3AXFA 4X1BA 4FE8A 1P99A 3TPAA 3TTKA 1QVSA 1MQDA 4QFOA 1ANFA 4LQ2A 4NF6B 2ESNA 1SVXB 2OBGA 4IO5A 1QULA 3G3KA 2E0SA 2ZYOA 2DWIA 1H3DA 2HAVA 3HSTA 2F8DA 1URDA 3KBRA 1B52A 2DS9A 3M3FA 4H5GA 4QFPA 1FQFA 1LAFE 3QSLA 2HXWA 3T22A 3N5LA 3S9NC 2XXRA 2YJPA 2W7YA 3EHUA 1SBPA 3LSFB 4FEDA 5KDTB 3GBAA 4R6KA 5CM6A 5JK4A 2REGA 1ZKBA 2O6AA 2ANJA 5TP9B 4QFLA 1GVCA 1FCKA 2DXRA 3UGWA 1EZPA 3OEMA 4U4SA 3B6QA 4DCXA 2XXXA 3TCFA 4KPTA 3MVWA 3UN6A 3PUVE 4DIGA 4BDMA 5L9MA 2XHDA 5AA1A 4M4GA 1NNPA 1MY1A 2GHBA 3A3UA 3K1PA 3IO4A 5FTIA 1IQ7A 3O6HA 3FUZA 4ISUA 2A5TA 2YLNA 3E13X 2QMXA 1HSJA 2AL5A 2XX8A 2ABHA 3N26A 1LAXA 1JW4A 1P1NA 1TFDA 3TMGA 3Q25A 4RXLA 4G4PA 4OZ9A 5ICTA 1TWYA 1II5A 1HSLA 3F11A 5JEIA 1B46A 2UYEA 4F18A 4ZEDA 3QK6A 3G3IA 3MP1A 2XXHA 3FVNA 4PQJA 3DP8A 1FQCA 2RC7A 1MQJA 4PFYA 4PFTA 3OSQA 2Z8DA 1B7HA 1PB8A 2HCAA 4Z7EA 1POTA 4POXA 4F3BA 1IXIA 1OLAA 1I6AA 3QXMA 3T93B 3IB2A 4OEVA 3O29A 1Z7NE 2F5XA 4LP2B 3RTWB 1B3EA 2HZKA 5FHOA 1DTZA 2UVJA 4EF1A 2OJTA 1QKBA 1B5IA 4GQOA 4YAHX 2H98A 3OO9A 5DVIA 2P1SA 1FTJA 4YKPA 4EF2A 2HAUA 2F35A 3H6WA 1TFAA 4BDRA 3ZKKA 3GXAA 1PEBA 1A8FA 3L6HA 4HW8A 1A99A 4NF8A 4O3CA 3CVGA 3H6TA 3VLVA 4RJZA 3EPEA 4JWOA 3QIMA 1LCTA 1ZIUA 4PP0A 3TCGA 1Y3NA 1SDXA 3IJXB 1UIUA 3CG1A 3BBRA 2NVUB 4YKKA 2O7UA 4U23A 5FTHA 2F7BA 2O69A 4AQ4A 2Y7PA 3T9UA 1SYIA 1QUKA 2XXPA 4MF3A 3KOSA 1R6ZA 4QFNA 4KR5A 3MC2A 3THIA 3W15C 1EU8A 3KN8A 2DOJA 4JSDA 3PUXE 4KYDA 2OLBA 3ODBA 3OELA 3CRBA 1Y3PA 1ZBMA 4DXCA 1UTHA 1OLCA 4F3GA 2I4BA 4IO3A 2ZNTA 3CG3A 2KLFA 1GV8A 4JBZA 3C9HA 1B6HA 4NMYA 1XOCA 2PX1A 3PV0E 2A5TB 1M5FA 3OD7A 3PUWE 1NH8A 2XX9A 4OETA 1OIBA 1DOTA 2H5YA 1XT8A 3C36A 2CZLA 3RT8A 1SW2A 3PPPA 2VD3A 3MUQA 1SD3A 1S7YA 3QUJA 1H44A 4HS7A 5CMCA 1PBQA 5L9SA 3MZ1A 3M8UA 1T0KA 2QS4A 4NF4B 2Z22A 4YB7A 2F34A 4OEUA 3TELA 5KDTA 1B5JA 3KGCA 4G77A 4F3SA 4R72A 3S9LC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XXQA 4BDLA 4JWXA 3KFMA 2V3TA 1SW4A 1Q1KA 1JEUA 5I5PA 5DVFA 1NV1A 1LFGA 4MCOA 4ZEIA 4QBAA 4H65A 2F6PA 4IY5A 5EHSA 1SI1A 4XTCQ 4F1UA 1DPPA 2Q8MA 3IFCA 5L9OA 1MXVA 2QFLA 2QS2A 2QVRA 5A5LA 4OESA 2V3UA 4G8MA 5IM2A 1EH3A 2F78A 2XD3A 4P1LA 4OVPA 1M5CA 3C34A 3DM0A 2WYPA 1B3HA 1K9ZA 5FHNA 4OQOA 2VT5A 5H8FA 2FHYA 3HHFA 2NUVA 2VD2A 1R1NA 4PFIA 1IXHA 2V4CA 1G0IA 3RPWA 4PE3A 1FPFA 2DP8A 2REJA 4F2QA 3PMWA 3TTMA 4KQPA 2AL4A 1LFIA 4NF8B 5LDZA 4YU0A 3QYTA 5ESYA 2UYFA 1N7WA 2WX9A 2B3FA 3IO6A 4E0XA 4BLAA 1P1QA 4HTGA 2HPGA 4TLLB 4JXIA 3CIJA 3KN3A 3VFJA 2F3DA 4GWOA 5CMKA 2F7AA 3IFAA 5ELVA 1UTBA 2ZYNA 4H0WA 4I9DA 5FBPA 4OFJA 3H4ZA 1Y4CA 4GX3A 4E0WA 4ONYA 4OTEA 3MAMA 2RF1A 4F3PA 5H8SA 3RY3A 1MPBA 2FIXA 4O7MA 3P7IA 2D5WA 1YXIA 4LZ5A 2UVGA 1LB8A 4U1OA 4LZ8A 1I69A 3A29A 2V25A 1B9JA 1N3WA 4R6HA 1MY2A 4IB2A 2QVVA 3K6WA 1A40A 3G3HA 5CI5A 4PDDA 4XKQA 1IZ1A 1N3XA 5J16A 4JDFA 1ZMGA 1EYIA 1UTHB 2G93A 5I7IA 2VPNA 4IO7A 3LUZA 4N91A 1S50A 3FASA 2HEUA 3T9HB 4PCDA 2RCAA 2L5VA 1QUIA 4G2ZA 2G29A 5B7DA 3FJMA 1LBCA 2UVHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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