1Y9UA

Bordetella ferric binding protein
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
318
structure length
314
Chain Sequence
DEVSLYTTREPKLIQPLLDAFAKDSGIKVNTVFVKDGLLERVRAEGDKSPADVLMTVDIGNLIDLVNGGVTQKIQSQTLDSVVPANLRGAEGSWYALSLRDRVLYVEKDLKLDSFRYGDLADPKWKGKVCIRSGQHPYNTALVAAMIAHDGAEATEKWLRGVKANLARKAAGGDRDVARDILGGICDIGLANAYYVGHMKNAEPGTDARKWGDAIKVVRPTFAGGTHVNISGAAVAAHAPNKANAVKLLEYLVSEPAQTLYAQANYEYPVRAGVKLDAVVASFGPLKVDTLPVAEIAKYRKQASELVDKVGFDN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Anion-independent iron coordination by the Campylobacter jejuni ferric binding protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords putative iron binding protein
molecule tags Metal binding protein
source organism Bordetella pertussis tohama i
total genus 112
structure length 314
sequence length 318
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y9uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y9uA02
1GTKA 4IO7A 3IOWA 3IL1B 1XS5A 2OCUA 4PP0A 2RC7A 2H25A 3MVXA 2DE2A 2NVUB 2I49A 3E4RA 3GBBA 3TUSA 3PU5A 3N6UA 5FTIA 3N94A 2UVJA 1Y4CA 2I4CA 5AA2B 3Q28A 2Q88A 2V84A 3T96B 1DTZA 4KPTA 3EHSA 2OBGA 3C32A 3IX1A 3CFZA 5CRYA 3A09A 4O3CA 2ZYNA 3U93A 5DEXB 2IA4A 4ZEKA 2H99A 4IO6A 2UXAA 4TLMB 4H5GA 4AB6A 2XD3A 2I4BA 1URGA 3UA8A 3T9HB 4U4SA 4F2OA 4RPNA 1B3GA 1LFHA 3RT6B 2HFBA 4OESA 2OK2A 5CC2A 2VOZA 3H6WA 1QKAA 2ZYOA 5KDTB 1R9LA 1MQHA 4IO5A 1DPPA 2DYXA 2AIXA 3RQTA 1M5BA 2O51A 1MDQA 4IO4A 5I2NB 3S4UA 1B40A 4XIGQ 1XOCA 4POXA 4FATA 5I2KB 2RINA 2V3TA 4YB5A 2DXYA 1PBQA 1QUIA 4RNSA 3T9VA 1KWHA 4I62A 5DVJA 2A5TB 1IXCA 4F3SA 4ZECA 1FTLA 3T22A 4RA1A 1L5TA 3GZGA 2QS3A 1Y3PA 1Z7NE 4JWOA 1LCFA 2Z23A 4FAJA 4ZDMA 4U4XA 2Y7PA 1A55A 4R2FA 1MXYA 1LAGE 4HCYA 3LSWA 1FTJA 3R7XA 1B9JA 4R9GA 5CMBA 3LUYA 4LUBA 1ZU0A 4ELRA 1DMBA 4PQJA 1A8FA 4R75A 2H5YA 3C34A 5AA2A 4LATA 2CMOA 3WAEA 2Z8EA 3FJGA 3PPNA 1GGGA 5L8DA 3IO4A 4NF8A 5KCJA 1B3LA 4TQUQ 3V89B 1ZKBA 2NUVA 3H7MA 4LP2B 4MFIA 1TT1A 2R71A 3K01A 1B0HA 4LA9A 3T9UA 1P99A 3E3KA 3VVFA 4OZ9A 3H3GA 3A3UA 4OQOA 4OERA 3SEWA 1MY2A 4RY1A 3SESA 1J1NA 3MP8A 3UIFA 1D9VA 5KDTA 4ECFA 4XXUA 4ISUA 4MH5A 3PGFA 4HS7A 3K6VA 2X26A 3A3CA 1ZBMA 2Y7IA 2ALUA 1SYHA 5IKBA 3N6TA 1QVSA 3FXRA 2GHBA 3GBAA 1VFEA 2XX9A 2ONKE 5I2KA 2XD2A 4THIA 1H76A 4BDMA 2YJPA 2O69A 3FXUA 3K4UA 3PUYE 3B6WA 5ITOA 1US5A 4NF4B 3MUQA 4BDQA 1HSJA 4YKKA 1FW0A 4G2ZA 3RTFB 4FEDA 1LB9A 3U1OA 4KHZE 3O9PA 1H43A 1Y20A 3CI8A 4KYDA 1SW5A 3OD7A 3KSXA 3RNNA 5H8NA 4JDFA 3IOTA 3VV5A 1A8EA 1NNKA 2P1SA 2ABHA 1MXWA 4QSEA 1POY1 1BKAA 4OENA 3FD3A 3B6TA 3TELA 1NNTA 4IY5A 3TZAA 3M3KA 4DCYA 4Q8RA 1IZ1A 2DWIA 1IIWA 1N3WA 3KN8A 4BDLA 3M3LA 3OOAA 3K02A 4KD5A 1JW4A 1UTBB 4F29A 2REJA 1SI1A 1RYOA 4QFOA 3K6UA 4QRZA 1B5HA 3U92A 2PX1A 1B1XA 1MQGA 1LBBA 4R9FA 3FV2A 3MZ9A 4ELQA 2F5XA 3I5OA 3OELA 3UP9A 1MM7A 5DVIA 3F11A 3EQ1A 3Q26A 5EYFA 2F78A 4PFTA 3ZSFA 4WKMA 3KBRA 3TYHA 2GRVA 1Q1KA 1XC1A 2RC8A 3KEIA 5ICTA 4Z7EA 4M4GA 1M5DA 5J1DA 3KOSA 3K2DA 1JW1A 1P1UA 4JSDA 3TCFA 1EU8A 4ZE9A 1IEJA 1OLCA 5M2VA 2M8CA 1SYIA 3IB2A 1OVBA 3OENA 2V3QA 4F1VA 4ZEBA 1N3XA 5AA4B 3KZGA 4F31B 1MY3A 2E1SA 2I3VA 3FIRA 3H6VA 1FTOA 5JTYA 1NNFA 3MP1A 1JNFA 3DP6A 3Q27A 4MF3A 4O3AA 4ZEFA 3GXAA 5FHOA 1FCKA 4H8IA 4QFPA 3K1MA 3CR9A 1H45A 1I6QA 1R6ZA 5HM4B 4PFYA 3U8QA 3M8UA 1B4HA 4G8HA 1EZPA 1Y9UA 1EZ9A 5H8FA 1O7TA 2ZYMA 4HCWA 2ZYKA 4RK2A 2F97A 2PVUA 4EXLA 4G68C 2GHAA 3L6GA 1QW0A 1H44A 3TCGA 1DSNA 4GVOA 3OO8A 4PE5B 5I84A 1B7UA 5KZTA 2GFEA 2P0SA 3IK6B 2OWSA 3MPLA 3IAZA 2AYSA 1MH4A 1B3HA 4GL8A 3C9HA 2D5WA 4G8NA 3BFUA 3G7WA 3BFTA 3VVDA 4BDRA 1BP5A 1SW2A 4QFLA 4NWDA 2QL3A 2XXIA 2HQ0A 4LONB 2O68A 2F35A 2Q89A 2XXXA 5B7DA 2IEEA 3IB1A 3I6VA 3FVOA 3B7DA 1MXVA 4RK9A 4NF5A 1XHYA 1OIBA 4M1VA 3C4MA 1ELJA 2QJEA 3TKDA 2DXRA 4F22A 1CE2A 2VGQA 1A40A 3VDFA 3OEKA 2XXUA 5F1QA 1QUKA 2Z8FA 1A7LA 1N84A 3PD9A 3MPKA 4G68B 1FQDA 5CMCA 3ZKKA 1UIUA 4DXCA 1JVYA 3RY3A 1MRPA 1QKBA 3H6TA 3PUWE 2Y84A 5I58B 5L9MA 4ONYA 1H3DA 1NH8A 1PC3A 5I59A 4F18A 1FQFA 4LZ5A 3IJXB 4F3GA 3O6IA 3B6QA 5CMMA 4YMAA 1R1NA 2RC9A 1PEBA 3EHTA 2ZNSA 4IB2A 1PB7A 3RUMA 4GLIA 5TP9A 3SKPA 2ESNA 4P11A 1B46A 3FVKA 3FVGA 4DE8A 1DPEA 5H8HB 4DZ1A 1OQGA 2ZMBA 4GF8A 2H98A 4RYAA 3VLWA 2XHDA 3PPRA 1PB9A 1M5FA 2VP1A 4OMBA 3MP6A 3PPOA 1LAFE 2Z22A 3KFMA 2XX8A 4Q30B 1URSA 3L6HA 1SDXA 1A99A 1VFDA 3O28A 3OO7A 2BJJX 2DSFA 4H5FA 4G8MA 3EHUA 3JV9A 2O84X 3MVYA 3R6UA 1JEUA 4IO2A 4GWOA 1YPNA 1S9TA 4OXVA 3VXCA 2XXTA 4C1TA 4WEPA 4O3BA 2DQVA 3QIMA 1F9BA 3R26A 4YU0A 2Q2AA 5CI5A 1NKXA 3SDFA 3IO6A 1DTGA 5B70A 2PYYA 4HTGA 5DT6A 5DEXA 3PUXE 3KN3A 4F1YA 1DOTA 4KYEA 1MPDA 1URDA 1B0LA 3E13X 3ONMA 2QPQA 3CVGA 5TU0A 3G3KA 2DVZA 4OEVA 3W9WA 3W9VA 1B3EA 3N26A 5JEIA 4ZS9A 5AA1A 3W15C 3VLVA 3S9NC 3PV0E 3IORA 3UK4A 5CBSA 3CFXA 2G29A 2DP8A 2ZNUA 5F7VA 3PD8A 5I2NA 3MZ1A 1Z7ME 1GR2A 1JVXA 1POTA 1N04A 4DIGA 5CM6A 5I57B 4N13A 2NOOA 4NF6B 2A5TA 4R6YA 5I56B 1BTJA 2WKYA 4LQ5A 4OHNA 4X9TA 3ODBA 3MZBA 5L9OA 4YB6A 3O6HA 3KG2A 2HAVA 3K1PA 4IY6A 4GXAA 2HCAA 3MQ9A 2W7YA 1P1WA 1CB6A 5A5XB 4QFNA 3IOUA 3O2AA 4F3BA 2D3IA 4I1DA 1BLFA 2X7QA 4EQ7A 4YICA 1OLAA 4JXIA 5ISUA 1Y3QA 4AQ4A 1ZJLA 3D4GA 2REGA 3C35A 4GL0A 1B5JA 2X7PA 4N6PA 3TDJA 2DWHA 2F6PA 1WDNA 3SEXA 3OO9A 4I8CA 4MBPA 5CBRA 3T93B 2YPNA 4YMBA 3LC8A 2FNCA 2Y7RA 1MDP1 3V83A 1JEVA 4ZEDA 3JYRA 3HHFA 1PDAA 3DLNA 2H9BA 5EHMA 4EDPA 3SEYA 1FTMA 1P1QA 3TTLA 1AMFA 4QHQA 4BLAA 1SI0A 2GH9A 4F19A 3QYTA 3ILTB 4XKQA 4ESXA 3KOTA 2QMWA 2AL4A 4TOZA 4AB5A 4JBZA 2KLFA 5BWJA 1UQWA 3KJ7A 3PMWA 4OVJA 4HW8A 5HPQA 4OETA 5H8SA 1MG1A 3OEMA 4OYVA 4RJZA 4QF9A 2Q9TA 1RYXA 1ZMGA 4QFKA 3HV1A 1ANFA 1IXHA 3OSRA 5I57A 1N76A 1O64A 1MY4A 4YKPA 4R74A 5DYHA 4UACA 4IGTA 1OVTA 1I6BA 2V25A 4PETA 2Q2CA 1TWYA 3PPPA 1MY1A 2H4IA 4RPOA 2RF1A 4NF4A 2I48A 3VXBA 3TTNA 4I9DA 2O6AA 1MPCA 4FE8A 4IGRA 3ILUB 5A5XA 2DVCA 3HCQA 3MBPA 2AL5A 4MLVA 5TPAB 3H6UA 3UN6A 2PT2A 1WODA 3FVNA 3OXNA 2I3WA 4XTCQ 1FQCA 4FJPA 2D21A 1OMPA 1JQFA 4XKNA 2NWJA 3QUJA 4H6DA 5FHNA 4XKPA 3S9MC 3TAJA 1EZOA 3RTWB 4KYSA 1OQHA 1N0TA 2HZKA 1NMUA 1B1HA 3VE1B 4Z0IA 5H8QB 1UTBA 3O66A 1TXFA 2F7AA 1B6HA 3C31A 4DDDA 4F1UA 4GXSB 4R6HA 2RCAA 4YAHX 4H8JA 1IXGA 2QS2A 4R6KA 2Q8JA 3AXFA 3K00A 4GIZA 1Y1ZA 4KFQA 4OEUA 3OSQA 1B7ZA 3KJTA 2ONSA 2XX7A 3P7IA 2HZLA 1YTVA 1IXIA 1WVJA 4OFOA 3CSGA 3MAMA 2I6EA 2DWJA 4QSDA 3ZS6A 3CFLA 1MXXA 1NNPA 3FGSA 3IOVA 3CSBA 2HXWA 4U23A 3M3FA 1B52A 3USDA 5AA3A 3V8XB 2PMSA 1SBPA 5DTBA 2R9JA 3LSFB 1FTKA 3THIA 1TFAA 1S7YA 4X1BA 3UGWA 2I58A 1MY0A 3TPAA 3CIJA 4DXBA 1IITA 3D4CA 5ELVA 5AA4A 4ZZAA 4C1UA 4X1DA 1JW5A 2UYFA 3G3IA 2P2AA 2QRYA 4G77A 3TEPA 2UYEA 1TFDA 2DOJA 2UVGA 1N7XA 3G3FA 1N7WA 4H67A 5CMKA 5TPAA 1O63A 1B5IA 4F39A 4NF8B 2HEUA 3EPEA 5KCJB 4KCDA 4EF1A 4U2RA 2UVHA 1M5EA 3LSLA 2UVIA 3QXMA 3WAFA 1T0KA 3FZVA 2YLNA 4FORA 2Y7KA 2O1MA 3PMVA 4YKJA 2OLBA 1FQEA 2R6GE 1Q35A 2XXWA 4NEDA 3FV1A 4F3PA 3LSXA 2XXRA 3FJMA 3S2VA 1UTHB 3RLFE 3TTMA 4P0GA 3MW0A 3IJOB 3I3VA 2DS9A 2VD2A 3RN8A 4KI0E 5H8QA 4Q5TA 1SQYA 4LZ8A 2I0BA 1LAXA 5DVFA 1LLSA 3SEVA 1PBPA 3HO7A 1S50A 2F6GA 2QS4A 1B05A 4R72A 1HSLA 1USYE 3UORA 1IUDA 1LFGA 4EQ9A 2E0SA 1NH7A 3H4ZA 4KQPA 1FQBA 4OTEA 1B2HA 4RXLA 5ICQA 2XXVA 1ATGA 2NXOA 1D9YA 1LCTA 2ANJA 4LQ2A 3MVWA 5AE4A 3K1NA 2V93A 4EQBA 2OZZA 1MXUA 1B3FA 4C0RA 4MLQA 3TCHA 1AIVA 3BBRA 1QUJA 1AOVA 3GLBA 1YCJA 3S9LC 4UA8A 1LBCA 3HN0A 1D4NA 2F7BA 3QSLA 5L9SA 3EN3A 4L17A 5H8NB 1UIVA 1SW4A 3C33A 1ZLQA 3HPIA 5JK4A 2F8DA 4G68A 2HAUA 1PB8A 1JETA 4N07A 2G93A 4JWXA 1LGBC 4H1XA 1XVXA 3IR1A 3FATA 3MJNA 4X48A 3C36A 5I58A 4TLLB 2QMXA 4E0XA 2FYIA 3H03A 5FHMA 3TTKA 1MPBA 2Z8DA 1GV8A 4OFLA 4KCCA 4P0IA 1UTHA 2FA7A 3CG3A 1ZTYA 4JSOA 1VR5A 3RGYA 3TQWA 4JB7A 5H8HA 4POWA 4OWDA 4OFJA 4ELOA 1LB8A 2B3BA 1HSEA 2B3FA 4Q0CA 4PFUA 1Y3NA 1B58A 3JZJA 4ESWA 1NL5A 3U94A 4NE4A 4ND9A 4F2QA 3H06B 5EHSA 5ITPA 1ZIUA 4FEBA 2ZNTA 2VHAA 4GD5A 1MH3A 3HHGA 3FJ7A 3E9XA 1SVXB 1RKMA 2THIA 1MQDA 5JTYB 1MQJA 3DP8A 3ZKLA 3MVZA 1Y4TA 1GVCA 2O7UA 3G3HA 4YB7A 3V5AA 2B65A 3IB0A 3TODA 2XXPA 4IO3A 1AL3A 3T9XB 2PBWA 2XXYA 1Y1MA 4FIMA 5H8FB 2VD3A 4LZ7A 1I6AA 3N5LA 4NMYA 4BDNA 3MWBA 2F34A 3KGCA 3U72A 1EH3A 1MS7A 3KSJA 3FASA 3SEUA 4DXUA 2CZLA 3T66A 3TFLA 1B7HA 3KN7A 4H0WA 2ZXTA 1QULA 2I0CA 2O1LA 3QUFA 3PUZE 4LVQA 4GQOA 4JWYA 4GOTA 3G3JA 3MC2A 1BIYA 1I69A 3Q29A 1A54A 3CRBA 2F7CA 3Q25A 4EXKA 3FXQA 1R9QA 3PUVE 4G4PA 5AA2D 4ZE8A 2DWAA 4U22A 4NF6A 3RT8A 3S9EA 1SW1A 3ECRA 1MM6A 5K2YA 5I56A 4BDOA 4DLDA 4WXJA 2PT1A 4R2BA 4NWCA 3OMBA 3TQLA 3VVEA 3FUZA 1D3KA 1XT8A 3BKIB 3TTRA 3VLUA 1LAHE 4ZEIA 4GFRA 4QSCA 4NF5B 4YKIA 3RPWA 2OJTA 4ZZEA 4K3FA 2XXHA 3DELB 2LAOA 5IAIA 4DCXA 3SERA 3CG1A 1USYH 2F36A 4ELPA 4H65A 1LFIA 1M5CA 4XKRA 4EUOA 2ONRA 1P1OA 3TMGA 4E0WA 1AH5A 1P1NA 3OO6A 3PPQA 4U1ZA 1IQ7A 3DP4A 4YZZA 3O97A 3PMXA 1MQIA 1B51A 2QSXA 1QJMA 3VFJA 3DM0A 1US4A 5FTHA 4KR5A 5I59B 2DE4A 3SETA 3QAXA 3O29A 1II5A 2DE3A 3O6GA 1VE4A 1YAEA 2QS1A 2XXQA 1XVYA 1NFTA 2RKMA 5BUUA 4WEDA 5TP9B 3HSTA 2O7IA 3QK6A 2A5SA 4U21A 3LR1A 1B4ZA 4R73A 4FECA 4EF2A 1B32A 4GRKA 4U1OA 5HBCA 4NTLA 5LOMA 3LBSA 1LSTA 3K0VA 3EF7A 2Y7WA 2V3UA 1FQAA 2OWTA 1SD3A 5K2XA 4PFWA 3K6WA 3G3GA 1VSOA 2RCBA 1MXZA 3K6XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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