1Y9UA

Bordetella ferric binding protein
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
318
structure length
314
Chain Sequence
DEVSLYTTREPKLIQPLLDAFAKDSGIKVNTVFVKDGLLERVRAEGDKSPADVLMTVDIGNLIDLVNGGVTQKIQSQTLDSVVPANLRGAEGSWYALSLRDRVLYVEKDLKLDSFRYGDLADPKWKGKVCIRSGQHPYNTALVAAMIAHDGAEATEKWLRGVKANLARKAAGGDRDVARDILGGICDIGLANAYYVGHMKNAEPGTDARKWGDAIKVVRPTFAGGTHVNISGAAVAAHAPNKANAVKLLEYLVSEPAQTLYAQANYEYPVRAGVKLDAVVASFGPLKVDTLPVAEIAKYRKQASELVDKVGFDN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Anion-independent iron coordination by the Campylobacter jejuni ferric binding protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords putative iron binding protein
molecule tags Metal binding protein
source organism Bordetella pertussis tohama i
total genus 112
structure length 314
sequence length 318
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y9uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y9uA02
1IXGA 2AL4A 1H44A 1M5BA 3U94A 4I9DA 3SETA 1VFDA 1D4NA 4RPNA 5I56A 4U4SA 3K2DA 1N7XA 3SEYA 3CSBA 3PUYE 2PBWA 1NH8A 2DE3A 3ODBA 3O6IA 1POY1 5ITPA 2F78A 3W15C 2UVIA 2YPNA 2XXUA 2ONKE 4FE8A 3MAMA 4YKJA 3TKDA 2GRVA 5AA4A 3FVOA 3TPAA 1LCTA 4F2QA 3PPRA 3IL1B 4WEDA 1B3HA 3IB2A 3ILTB 2V3UA 3FIRA 4PETA 3HHFA 4PFWA 4ELQA 2B65A 1ZU0A 1POTA 2ONRA 4F1YA 1IEJA 1FTMA 3OD7A 5I57B 2P2AA 4LZ7A 1XC1A 4P0GA 5L9SA 1Y3NA 3KGCA 3EF7A 4F3PA 1DSNA 1FQAA 2Y7KA 3B7DA 4ZEFA 3H3GA 3CG1A 4FAJA 1II5A 2ZXTA 4ZZAA 1MG1A 3VXCA 4F18A 5H8HB 2F36A 2QSXA 2F6GA 3W9WA 1TWYA 2XXHA 4PE5B 2FYIA 4F29A 3C36A 1LFIA 3IOWA 4Z7EA 4U2RA 3SDFA 4ESXA 1I6QA 4NF8A 3LSWA 1I6AA 3U1OA 3VLUA 3H7MA 4WKMA 2F35A 4FORA 2HEUA 1M5CA 1O64A 1TFAA 2VGQA 4NF8B 4F31B 1HSLA 4WEPA 4OMBA 2V3QA 3F11A 1JQFA 1Y20A 3D4GA 1MDQA 4GRKA 1YAEA 1XHYA 3UK4A 3T9HB 1UTHA 2HZKA 3KOTA 4MH5A 4H8JA 1FW0A 3A3UA 4R9FA 2H98A 4LVQA 2QPQA 5FTIA 3LUYA 5BWJA 4KHZE 1AIVA 4I1DA 1M5FA 1OQGA 4EXLA 1F9BA 2OWTA 3OMBA 3MQ9A 1JNFA 3M3LA 2I48A 1SD3A 3H6UA 3VVEA 2IEEA 1YTVA 3G3JA 1N7WA 3K01A 2F8DA 2Q2AA 3VLVA 3K6UA 4OERA 5I58A 1SBPA 5I59A 4PFYA 5I2KA 3TELA 1ZKBA 3VV5A 1QKAA 1WDNA 4JSDA 1CE2A 5I59B 4OFOA 5LOMA 4HTGA 2NOOA 2UYFA 4U4XA 4IO3A 1RKMA 4ONYA 3OO7A 2VP1A 1URGA 4IGTA 2XXVA 4OEUA 1QUIA 3O66A 3JYRA 4LA9A 2QMXA 3K1PA 4H5FA 1GTKA 2O68A 3HN0A 4ELOA 5DEXA 3OEKA 2ZYOA 3CSGA 3GLBA 4IO5A 4EXKA 1NNKA 1MM7A 3HCQA 2PX1A 2ZYNA 1ELJA 3B6TA 1SVXB 5CMCA 3RT6B 1SW1A 4LATA 1OLAA 4JB7A 1B7UA 2G93A 4JSOA 2DWJA 3V5AA 2Q9TA 2XXWA 3FVGA 4ZE9A 4R75A 3FD3A 2I58A 4ZEKA 4HS7A 3SEXA 3N5LA 2XHDA 3B6QA 2A5TB 3G3GA 3SEWA 4Q30B 3K1NA 4YKPA 3E4RA 3TODA 1QKBA 1R6ZA 2DSFA 4LQ5A 3K6XA 2FNCA 3CVGA 1MQJA 3FJGA 4Q8RA 5DYHA 4IO7A 5TP9A 1MXZA 4NF4A 1ZIUA 4G77A 3IB1A 3OSQA 4OHNA 3GZGA 3TCHA 2O1LA 4L17A 1LBBA 5BUUA 5L9MA 4RA1A 3OO8A 3S9LC 1NNPA 2HAVA 4R6HA 5I2NA 2O51A 1Q1KA 1FTJA 1PB8A 3Q27A 1LB9A 2Z8FA 2XD2A 1OVBA 3MPLA 3Q25A 5I2NB 5HM4B 4HW8A 1JEVA 3PPOA 3TQLA 4YB5A 4U1ZA 2NWJA 4BDLA 3SEUA 1B52A 1B3LA 1YCJA 5JEIA 1ATGA 2Y7IA 4N13A 4RPOA 4G2ZA 3T9UA 2XD3A 3S9NC 3H06B 4QSCA 4BDQA 5ITOA 4DXUA 3H6TA 3RN8A 1GGGA 1JVYA 4OESA 1DPPA 3L6HA 1I69A 2Y84A 3FZVA 3DM0A 3MP8A 3VVFA 3CRBA 5CBRA 1B3FA 5B70A 3PUVE 2XXQA 5DTBA 5CMKA 2HAUA 2QRYA 1P1UA 2ESNA 4AQ4A 2AYSA 3WAEA 4QFLA 2GHAA 3OOAA 3IR1A 3RT8A 4H8IA 2Z22A 2X7PA 3Q26A 4IO6A 5CBSA 4G4PA 1GVCA 1P99A 3O9PA 4GLIA 3OO6A 1TFDA 2NUVA 3RGYA 5JK4A 2P0SA 3CFZA 5ICTA 2DYXA 4DIGA 4BLAA 4Z0IA 3MZ1A 4G68A 3UN6A 4GXAA 1NKXA 1LAXA 1VFEA 3GXAA 5IKBA 2RINA 3IX1A 4G68B 1QW0A 1FTKA 1B05A 1B5IA 4PP0A 3Q29A 1UIVA 2UVHA 1AMFA 4ZZEA 2XX8A 3KSJA 1KWHA 1QJMA 2G29A 1JW5A 4KCCA 3O97A 4X1DA 4GVOA 3VVDA 1SI1A 3R26A 5EHSA 2DWHA 3SEVA 1SQYA 4RK2A 1XVXA 2PVUA 4TLMB 3RTFB 3MWBA 2R6GE 3MVYA 3MUQA 3ONMA 2PMSA 3LBSA 1H43A 4PFUA 3E3KA 4WXJA 3W9VA 2ONSA 3OO9A 1H3DA 4FATA 1NL5A 2OK2A 4N07A 3QK6A 1VE4A 2RC9A 3V8XB 3U93A 4IY6A 5I57A 5FHOA 1HSEA 3QIMA 4EQBA 4DCYA 1DPEA 3QUJA 1MY3A 1M5EA 3UIFA 4RJZA 1LAGE 3PD8A 2H9BA 4R73A 2V93A 3EHTA 2UXAA 4KYEA 1MPDA 2GHBA 1MY0A 1MXYA 3VLWA 5H8HA 4KCDA 1NMUA 4OQOA 4I8CA 1S7YA 3USDA 4OTEA 1LCFA 3CFLA 1B4HA 1IXCA 3TTMA 2RC7A 3CIJA 1JEUA 2QS3A 3KEIA 1GV8A 2F6PA 1IUDA 3HSTA 3TTRA 4C0RA 4FIMA 2PYYA 4GF8A 4EQ7A 1B7HA 5H8FA 1VSOA 3WAFA 1FQFA 3JV9A 2IA4A 3RNNA 2XXYA 5B7DA 4JWXA 4NF6B 3ECRA 2DVCA 4TQUQ 2ZNSA 3E9XA 5H8FB 4EDPA 4K3FA 3TTKA 3KSXA 1A8FA 2I3WA 5FHNA 3H6VA 4FEBA 3O2AA 4F3BA 4IO2A 2HCAA 2WKYA 3DP4A 1XS5A 3PPNA 3VFJA 1LLSA 5A5XA 2Z23A 3K00A 1AOVA 2FA7A 4NF5A 3OXNA 2D5WA 2R9JA 2DWAA 3ZSFA 2REJA 2QS1A 3QXMA 4Q0CA 3UP9A 3V83A 3TTNA 1ZBMA 5A5XB 2DXRA 2BJJX 4NF5B 1IQ7A 1QULA 4F3SA 3FVKA 2DQVA 4OVJA 1UQWA 3ZKLA 4GIZA 2ZMBA 3DP8A 1D9VA 1P1OA 4JXIA 4O3CA 4H65A 3BFUA 3THIA 4LP2B 1LBCA 3LSFB 1BTJA 1Y9UA 3PUXE 1N04A 3TQWA 4U22A 4MBPA 1MY4A 2OJTA 4IB2A 3IO4A 1JW4A 3HV1A 1A55A 1LSTA 1Y4TA 2O84X 3KJTA 5CI5A 1MS7A 3MBPA 5CMMA 5AA1A 1MY2A 1SYIA 2Q88A 5FTHA 1FQCA 3RLFE 2OWSA 1EH3A 1FQDA 4IGRA 1Q35A 1OIBA 2E1SA 3OSRA 4RNSA 1MPBA 1FTLA 4MF3A 2DWIA 3A3CA 4RYAA 3UA8A 1B46A 1MH3A 4R9GA 1PEBA 4QSDA 1J1NA 3O29A 1BLFA 1HSJA 4PQJA 2F34A 3DLNA 4ELPA 1OLCA 4YB6A 4GOTA 1ZJLA 5DT6A 3FV2A 3O6HA 1MM6A 2ZYMA 1MQDA 2F97A 3PMXA 4F3GA 1BIYA 2VD3A 3MVZA 1AL3A 1A8EA 4TLLB 2O6AA 1T0KA 4C1UA 2A5TA 2QS4A 4NWCA 1O63A 3SERA 3S9MC 3C32A 2X7QA 4XXUA 5H8QA 3U72A 3IOVA 1RYOA 4JBZA 1MXUA 2XXRA 2I0CA 2H99A 5DVJA 3IORA 5H8QB 2Z8DA 3RTWB 1DTZA 3FV1A 3FJMA 1N76A 4DXCA 3M3FA 1XT8A 3T9XB 3R7XA 1B1HA 1MQGA 4KYDA 1FQEA 3FUZA 4LONB 1B3GA 3H03A 1B32A 2I4CA 4KYSA 2RCAA 3KN3A 4R6KA 1LFHA 2W7YA 1XVYA 5H8SA 5TPAB 4XTCQ 4H5GA 1B5JA 4KD5A 3QAXA 5ICQA 4X1BA 1B40A 1N0TA 4F2OA 3L6GA 3GBAA 1WVJA 4ZS9A 1R9QA 2REGA 2UVJA 4U23A 3T9VA 4XKNA 3O6GA 2F7AA 2B3FA 2RKMA 4EF2A 3M3KA 3AXFA 1A7LA 3TAJA 2I49A 4P0IA 4NTLA 2XX9A 4YZZA 4DLDA 5AA2D 1B0LA 1UIUA 5KDTB 3SESA 3FVNA 4GWOA 5FHMA 3PPPA 2GH9A 3CFXA 4EUOA 4LZ5A 4QSEA 4G8HA 1NH7A 3RY3A 1FQBA 2QJEA 1NFTA 5IAIA 1FCKA 3C33A 4F1UA 2CMOA 2I4BA 3FJ7A 3CI8A 5CMBA 2HXWA 1Y3PA 4YU0A 1B6HA 3LSLA 3PGFA 5CRYA 4NMYA 1IZ1A 3K0VA 3EPEA 1PBPA 2DXYA 4JWYA 3S4UA 1N3XA 4OENA 3KN7A 4YKIA 3G3IA 4E0WA 2I0BA 4ESWA 3FXRA 5AA2A 3EN3A 3R6UA 1MY1A 1EZPA 2DP8A 5KCJA 3VDFA 5M2VA 2Q89A 3KN8A 1B51A 2PT1A 5AA2B 3LR1A 5KCJB 4OXVA 4H67A 1B0HA 4IO4A 2R71A 4GFRA 2X26A 3ILUB 4R2BA 1L5TA 4FEDA 4C1TA 3P7IA 4BDOA 5ISUA 1US5A 4M1VA 4QFKA 1B9JA 1I6BA 5J1DA 1SW4A 4GXSB 2B3BA 2YLNA 3TTLA 1PB7A 2Y7RA 4KFQA 5HBCA 2AIXA 2Y7PA 3N6UA 5DVIA 3EQ1A 4U21A 1B2HA 3FGSA 4QF9A 3TYHA 4X48A 3PU5A 4QRZA 5EYFA 1PB9A 2HFBA 3T96B 2RC8A 1AH5A 1QVSA 4GL8A 3K1MA 4NEDA 4F22A 1LFGA 3HO7A 1Y3QA 1SDXA 4R72A 2F7BA 3IO6A 3IJOB 1MXVA 5I56B 4POXA 1M5DA 1IXHA 1US4A 4JWOA 4MFIA 3BFTA 3T22A 3LC8A 1MXWA 1IIWA 5K2XA 3MVXA 2D3IA 1OMPA 2HQ0A 1PC3A 3C9HA 1JVXA 4U1OA 3MP6A 5AA4B 4NWDA 1OQHA 4GQOA 4ZEIA 2KLFA 4E0XA 3H4ZA 1ZLQA 3TCFA 3E13X 4YKKA 2H25A 3MP1A 4NF6A 3K4UA 1EU8A 3U92A 4ZEDA 1BP5A 5CM6A 3IOTA 3IJXB 1LGBC 4FJPA 4LQ2A 5AE4A 3C34A 2P1SA 3N94A 4OFLA 2ZYKA 1OVTA 1LB8A 2THIA 1TT1A 4YICA 4YMBA 4GD5A 4R2FA 1FTOA 2DE2A 2UVGA 3VXBA 2HZLA 3PUWE 4EQ9A 5L9OA 3SKPA 1S50A 4QHQA 3PV0E 4F39A 2XXIA 2ZNTA 3KJ7A 1JETA 4M4GA 4ZEBA 1CB6A 4LZ8A 1A99A 1NNTA 3BKIB 2OBGA 4XKRA 3FXUA 3K6WA 3O28A 3IB0A 3TUSA 3RUMA 3A09A 4ELRA 2Z8EA 3KBRA 1DOTA 2XX7A 2RF1A 2D21A 4OZ9A 4YMAA 2VHAA 3UGWA 1B58A 1UTHB 1ZMGA 4DZ1A 1B1XA 4X9TA 2AL5A 1EZ9A 4THIA 2V25A 1JW1A 3PMVA 2XXXA 1D9YA 4YB7A 1DTGA 1MQIA 2H4IA 2RCBA 1Y1MA 1XOCA 3C35A 3PUZE 1UTBA 3D4CA 1B7ZA 1B5HA 3M8UA 1USYH 3TEPA 3MZBA 1URSA 1Y4CA 1EZOA 4OFJA 3TDJA 4BDNA 1UTBB 2QMWA 2Q2CA 1MXXA 2H5YA 5I58B 4H6DA 2NVUB 1P1NA 3Q28A 4QFPA 3MJNA 4OWDA 5EHMA 5I2KB 4AB5A 3MZ9A 1SI0A 1ZTYA 2GFEA 1Z7ME 1H76A 1SYHA 2I6EA 4BDRA 4H1XA 1TXFA 1A54A 4GL0A 3PMWA 4O3AA 4XKPA 2QS2A 4MLVA 3T66A 1MDP1 3G3FA 3H6WA 2O7IA 5K2YA 1R1NA 5H8NA 4OETA 2O1MA 5CC2A 5I84A 5F1QA 3C4MA 1H45A 2V3TA 5DEXB 4KR5A 4KQPA 5H8NB 1P1QA 3OEMA 3QSLA 3N6TA 4AB6A 4OEVA 1SW5A 3TZAA 3DP6A 3B6WA 1ANFA 2Q8JA 3V89B 1MPCA 3FASA 1RYXA 3ZS6A 1LAFE 3MW0A 3BBRA 5HPQA 1Y1ZA 3TMGA 4YAHX 1PBQA 2VOZA 2NXOA 3I3VA 4BDMA 2LAOA 3EHUA 3RQTA 3ZKKA 3QYTA 4F1VA 3FXQA 2A5SA 1MQHA 5TPAA 1B4ZA 1IXIA 3EHSA 1N3WA 3HHGA 4XIGQ 2F7CA 1PDAA 5L8DA 3G7WA 1QUKA 3S2VA 5TP9B 3KG2A 4ZDMA 4NF4B 4PFTA 1IITA 4UACA 3CR9A 4ECFA 1P1WA 2XXPA 4O3BA 4POWA 4P11A 4G8MA 4NE4A 5F7VA 4KI0E 4R74A 4DXBA 4KPTA 2PT2A 2E0SA 3KOSA 2F5XA 4IY5A 4G68C 5KZTA 3IK6B 1MRPA 4JDFA 1A40A 3TFLA 2DE4A 3G3KA 2OCUA 5KDTA 3G3HA 2ANJA 4HCYA 3IAZA 1USYE 3DELB 5JTYA 3CG3A 2Y7WA 2O7UA 4RXLA 1VR5A 3I6VA 4R6YA 3S9EA 4ND9A 5JTYB 4H0WA 2ALUA 3LSXA 1GR2A 3GBBA 4N6PA 3MVWA 3PD9A 1B3EA 2ZNUA 4DE8A 3QUFA 2M8CA 3UORA 5AA3A 1WODA 2O69A 1MH4A 4RK9A 4QFOA 4DDDA 1R9LA 1LAHE 4RY1A 4MLQA 4UA8A 4G8NA 2V84A 2ABHA 4TOZA 3U8QA 3T93B 2UYEA 1O7TA 3OELA 3HPIA 1DMBA 2VD2A 5DVFA 3MC2A 4F19A 1BKAA 3IOUA 3KFMA 3PPQA 1QUJA 1S9TA 5TU0A 2DS9A 2YJPA 4ZE8A 3C31A 3MPKA 3K6VA 2DVZA 2XXTA 3VE1B 4ISUA 1D3KA 1N84A 1NNFA 4Q5TA 4ZECA 2CZLA 4EF1A 3OENA 2OZZA 4FECA 1Z7NE 2QL3A 4OYVA 3K02A 3TCGA 4QFNA 1URDA 4HCWA 4XKQA 1SW2A 4I62A 5ELVA 4LUBA 3N26A 1YPNA 2OLBA 3JZJA 2DOJA 2I3VA 4DCXA 3KZGA 3RPWA 3FATA 3I5OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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